ヤッパリ氏、お得意の攻撃がありました。
学とみ子の文章をヤッパリ氏はあえて曲解して説明をすることによって、学とみ子が誤解をしていると、他の人向けに知らしめるいやがらせ手法です。

特に、議論が理解できない人向けに、いかに学とみ子がまちがっているのをパフォーマンスするのが目的です。
すでにTCRを理解している人は、ここでヤッパリ氏が誘うような誤解はしません。
議論が理解できない人は、文章の意味していることが理解できず、誤解しやすいのです。
誤解を誘うために、ヤッパリ氏は学とみ子がまちがっていると書いているのです。

このヤッパリ氏のいやがらせコメントは承認されていません。
そこには、Lさんに謝れとか、アルイミ氏の悪口も書いてあります。
ヤッパリ氏のこのコメントは、他のサイト向けです。
やっぱりさん、そちらで、披露してください。
あなたの戦略が良く見えるコメントですよ。

皆、キメラ細胞にTCRがあったら、STAP細胞からできたことの証明になる事はわかっているのです。ここを理解した人は、まちがえません。
体細胞と書いてあるのですから、ここをしっかり読み取るのです。
ですから、Lさんの指摘も理解します。
Lさんは、4Nキメラでも4N自身で作ったTCRはコンタミすると言っているのです。

今回、やっぱり氏はやっぱり、いかにも、学とみ子が間違って理解しているというように書いてきました。
そして、学とみ子自身では、自らの間違いに気づけないだろうとまで言ってきました。

無視しようと思いましたが、ため息ブログに投稿して、又前回と同様に、わからない人を相手に、学とみ子をバカよばわりするだろうから、ここにヤッパリ氏お得意の(TCRを知らない人向けに)誤解を誘うことを目的とした、究極の揚げ足的いやがらせヤッパリ手法の説明をもう少し進めます。

まず、Lさんはこのように言いました。
ため息ブログのL さんコメントです。
2018年12月4日 12:48 PM
>4倍体のキメラであっても、脾臓CD45のSTAPを用いた場合は、B細胞やマクロファージ由来のSTAPからT細胞のレパトアが再構築され、血中を循環すると解釈され、2Nキメラにおけるホスト由来T細胞混入と同様の問題になると思います。


それをうけて、学とみ子は以下のように言いました。
学とみ子はこのように言ったのです。
「4Nキメラ細胞でTCRがあれば、T細胞からキメラができたことが証明されると考えられてきましたが、Lさんはそうではないとおっしゃっています。」

この学とみ子の文章を読んだヤッパリ氏は以下のように書いたのです。

>ヤッパリ氏のコメント文章(紫部分)

おやおや、私の投稿は承認されないと思って、昨日はチェックしてませんでした。
返事が遅れてすみませんね。 でも考える時間があったでしょ?
学さんのあの短いコメントに間違いがあるといえば、簡単にわかるはずですが。

学さんの記載
「4Nキメラ体細胞でTCRがあれば、T細胞からキメラができたことが証明されると考えられてきましたが、Lさんはそうではないとおっしゃっています。」

Lさんは、そんなことは言ってません。

4Nだろうが2Nだろうが、キメラ体細胞に元のSTAP細胞にあったTCR再構成が見られればそのSTAP細胞からキメラができたことは証明されるということ自体は、Lさんは否定していません

Lさんはそうではないとおっしゃっています。」 と書いた学とみ子の文章を、ヤッパリ氏は、あえて誤解させるように説明をしています。
細胞からTCRが証明できれば、元T細胞のSTAPからキメラができた証明です。
当然、Lさんは否定していないし、他の人も否定してないよ。
体細胞にTCRが証明されればOKなのは、もう誰でもわかっています。
しかし、ヤッパリ氏は、学とみ子がここを理解できていないと主張するのです。

皆が知っていることは、省略していかないと科学の説明が進みません。そこを逆手にとって、ヤッパリ氏は、学とみ子を攻撃しています。

「4Nキメラ体細胞でTCRがあれば、T細胞からキメラができたことが証明されると考えられてきました」の文章部分をLさんが否定したと、学とみ子が書いているよ!と、ヤッパリ氏は解説するのです。

学とみ子の頭の中のイメージでは、Lさんが否定した部分は赤字の部分ではないのです。
学とみ子が意味する「Lさんはそうではない」は、4NキメラでTCRが出ても、体細胞由来のTCRかどうかはわかりませんよ!とLさんが解説してます!です。
Lさんは、4Nキメラ自身の血液細胞からもTCR再構成が起こりますよ!だから、TCRが検出できたとしても、そのTCRは体細胞由来はどうかはわかりませんよ!と言っているのです。

つまり、ヤッパリ氏は、上記の赤字部分全体を、Lさんが否定している!と、学とみ子がまちがって説明しているかのように書いてきたのです。

本当に、ヤッパリ氏はいやな人なのだなあと思います。

今、問題になっているのは、TCRが体細胞由来だということをどうやって証明するか?でもめてるのでしょう。

ヤッパリ氏はこうも言っています。
>具体的な実験手法に関して、T細胞を含む血液細胞の混入を防ぐのが難しいので、キメラ体細胞にTCR再構成があることを証明するのが難しいという話をされているのですよ。

この部分を読んだ時に最初、学とみ子には、意味がわかりにくかったですよ。
もうさんざん、ここで議論していることなのに、ヤッパリ氏は何でいまさら書いてくるのか?
ヤッパリ氏は、学とみ子が全く理解していないという認識から一歩も出ていないとの主張なのだなあ~と思いましたよ。
わざとそうした誤解を、読み手に誘うためです。

あなたは、いつも自分(ヤッパリ氏)だけはわかっていると自負しているから、こうした言い方になるのです。
つまり、あなたは、相手(学とみ子)は”理解していない人”と決めつけて文章を解説するのです。
初歩的な問題を持ち出して、相手を否定する手法です。

あなたは、TCR再構成を小さなDNA領域の変化だと言ったんですよ。
そしてその訂正をしようとしない。間違ったと認めたらいかがですか?
TCR再構成とは、数百塩基単位のDNAの変化であるとの誤ったあなたの認識は解除されたのですか?

やっぱりさん、くれぐれも言うけどね。体細胞からTCRが出たら、STAP細胞からキメラができた証明になることは、もうみんな、知っているの。
だからね、私の文章に省略があっても、あなたのような間違った読み方は、誰もしないの。
私の文章の流れについてこれないのは、あたなだけでしょう。

ヤッパリ氏はこんなことも言っています。
>基本的に、「T細胞の混入を防ぎ。、キメラ体細胞にTCR再構成があるかを調べれば良い」という点では、私と同様のことを考えているのですよ。

あなただけでなく、誰でも言っている事よ。もう、みんなもう知っているの。
どうして、自分だけが知っているなどと、いつまでも思っているのですか?

ヤッパリ氏は、こうも言っています。
>上記のような実験手法ではなく、繊維芽細胞でも何でもいいけど増殖能のある体細胞を採取、増殖させて、そのDNAを調べれば、T細胞混入の問題は回避できると思います。
 目印としてのTCR再構成を有する多能性細胞由来のキメラ体細胞には、基本的に同じTCR再構成は複製されていくのですから、、


TCRの入った皮膚の繊維芽細胞を取ってこれたらの話でしょう?
TCR再構成後のDNAを持つ繊維芽細胞が存在するべき!を前提にしないでよ。

議論の相手を、初歩的なミスをしていると決めつけて、バカにするのをいいかげんやめたら!
その究極の意地悪さがあるなら、ゲル2図の2NキメラのTCRの図の説明をしてください。

こうした人たちによってSTAPはつぶされたのよ。

追記
STAP事件にはいろいろな考え方があり、ヤッパリ氏のコメントにおいても、科学についての記載部分があります。
ヤッパリ氏の科学部分の記載を尊重するために、コメントアップすることにしました。
ご興味ある方は、ヤッパリコメントをご覧になってご意見をください。




         コメント(38)
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>学とみ子さん

だから、学とみ子説:TCR再構成のあったT細胞由来のキメラ体細胞はT細胞が”淘汰”されるからできることはない:で「ゲル2図の2NキメラのTCRの図の説明をしてください。」と、何回もお願いしているんですよ。TCR再構成があるかのようぬ見えるレーンが3つもあるんです。削除
2018/12/15(土) 午前 6:12[ ため息 ]返信する
そうそう、[がん]という文庫本にTCRの事が書いてありました。

この中で、TCRはDNAと細胞表面蛋白の両方の意味で使われるが、どちらであるか?は、普通、文章の流れの中で理解すると書いてありました。

やっぱりさんは文章の流れを理解できず、毎回、毎回、その区別が必要なのでしょう。そして、議論の相手(学とみ子)にも区別を求める…。
学とみ子はそれをしていないとバカにする。

そんな事、あなたの周りでしか通用しない。いちいち、区別しないと理解しない人たちばかりでしょう。削除
2018/12/15(土) 午前 7:56学とみ子返信する
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アノ姐さんがコメントしました。

あなた、ご自身でド素人と言っているから、あなたが何を言っても、ド素人の戯言ですよ。ド素人には、妄想かどうか?は判断できません。

だから、私ときちんと議論する気なら、あなたは、自らのド素人を取り下げないといけないわね。

一研究者さん、マスコミ、サイエンスライター、ここに来るES派の方々、等々、皆一様に誤解から解き放されていないSTAP細胞、幹細胞です。
皆、細胞の新規性が理解できません。

あなたは、ド素人を取り下げ、逃げないで、議論に参加したいと思いませんか?このまま、逃げ道を確保しておきたいですか?

あなたは、ド素人のエックスキューズと逃げ道を作っておいて、学とみ子の妄想といい続けますか?

あなたは、ため息ブログで、こう書いてます。

2018年12月14日 5:19 PM
>やれやれ。学さんが科学議論をしていると思っているのはご当人だけですよね。(笑
科学のイロハを無視した議論は科学の議論ではありませんから。根拠も示さず、科学のイロハも踏まえてないから妄想だと言われているんですけどね。お解りでないようですね削除
2018/12/15(土) 午前 10:15学とみ子返信する
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まあまあ。本人もド素人といってるんですから、ド素人でいいじゃないですか。若山さん、笹井さん、丹羽さんが小保方に騙されたと言い張ってる人ですから、ド素人に間違いないですよ。あ、違うか。ド素人でも、そんなバカなことあるかな?と疑うよなー。疑わない人なので騙されやすいタイプのド素人なんでしょうね。削除
2018/12/15(土) 午後 0:57[ カツラ報告書 ]返信する
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> カツラ報告書さん

当方は、まず、若山氏が騙され、笹井氏が若山氏が故に騙されたと推測しております。
学とみ子さんとカツラ報告書さんは、あの記者会見で騙された多くの方々の一人ですね。かわいそうに。騙されたほとんどの方々はもう見向きもしていないのに。まだ意固地になったまま、STAP現象の存在を疑っていないのですね。STAP現象の存在を信じている素人ではない方はいるのでしょうかね。もしおられたらその方の書いた論文・対談記録・インタビューなんでもいいですからご紹介ください。某武田教授はちがいますよ、奇をてらったことを言うのが商売ですからね。専門家でもないし。削除
2018/12/15(土) 午後 3:21[ ため息 ]返信する

> カツラ報告書さん
コメントありがとうございます。
確かに、アノ姐さんは素直な方なのでしょう。

実生活でも、答の無い最先端の際まで到達したことはなく、まだ、学びの途上の方のようです。

STAP細胞を論じるには、高度な知識を必要とするのですが、アノ姐さんにはそうした認識がなく、ご自身が実生活で持ち合わせる経験や知識と同じような感覚でSTAP細胞を論じているようです。今後のアノ姐さんの進化に期待したいです。

アノ姐さんは、難しい症例や事例は、専門家に廻すというようなお仕事のようです。

アノ姐さんの今やってることは、難しい症例を専門家に回さず、独自の理解でその症例を苦しめてるってとこです。

専門家でも意見が別れて喧々諤々となるような問題を、ド素人のアノ姐さんは扱った事が無いのでしょう。削除
2018/12/15(土) 午後 3:48学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

STAP細胞を論じるに必要な高度な知識をお持ちの学とみ子さん。
学とみ子説:TCR再構成のあったT細胞由来のキメラ体細胞はT細胞が”淘汰”されるからできることはない:をサポートする論文等をご紹介ください。この説に基づいて「ゲル2図の2NキメラのTCRの図の説明をしてください。」TCR再構成があるかのように見えるレーンが3つもあるんです。削除
2018/12/15(土) 午後 4:36[ ため息 ]返信する

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小保方さんの発言、もちろん信じてますよ。後、丹羽さん、笹井さん、2014年2月までの若山さん。疑っているのは、調査報告書。ふさふさに見えてもあれはカツラだと。後、疑っているのは若山さんの3月以降の発言、エイプリルヒッポさん。

STAP細胞の存在は信じてますよ。そうじゃないと、初めてキメラが出来たときの状況を説明できませんから。若山さんは塊を引きちぎって入れたらキメラが出来たと言ってるので、引きちぎるのはSTAP細胞隗しかないですから。また、小保方さんも、STAPを持っていったら、若山さんが今日からマイクロナイフで切るって言って、10日後にキメラが出来たと聞いたと言ってますから。逆立ちしてもES細胞混入じゃ無理です。

若山さんが騙された、騙されたというけど、どうやって若山さんを騙したか考えないまま言ってますよね?何か騙す方法ありますか?ないでしょう。方法が思いつかない。後、一流の研究者がこと研究に関して他人の言葉を鵜呑みにするなんてあり得ないですね。笹井さんはライブセルイメージングとインビトロの三胚葉分化、丹羽さんは胎盤の切片を見てます。削除
2018/12/15(土) 午後 6:04[ カツラ報告書 ]返信する
> カツラ報告書さん
コメントありがとうございます。

他の諸々のイベントより、一番優先すべき事ってあります。
それが、上記の事ですね。

優先順位がわからない人っていますね。こちらがあれば、あちらは無視して良いと言った判断ができない人です。

小保方氏に責任を集中させるために取って付けたような意図的イベントは、優先順位が低いです。削除
2018/12/15(土) 午後 7:57学とみ子返信する
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2018/12/16(日) 午前 10:18[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん

墓穴掘ってますよ。

体細胞からTCRがでたら初期化間違えないでしょう。
ここすら、学とみ子が理解していないと主張するおつもりですか?
あなたの説明を必要とするような、学とみ子のTCR知識では無いと、あなた自身はわかっているのです。

学とみ子がTCRを全く知らないとあなたは主張したいのですか?

でも、このサイトでは、もう皆、TCRの意味を知ってるんですよ。Lさんが言おうとした事を理解できるレベルになってます。


あなたのターゲットはTCRではないですね。

TCRの問題について、あなたからのバカ呼ばわりを私は我慢しながら、皆と多くを議論しました。

TCRの何が問題か?は、ため息ブログの体内時計さんも理解しました。

あなたは、もう、学とみ子とやりあうのをやめたのではないですか?

しかし、あなたは、今回、ここに揚げ足とりを見つけた。そして、又攻撃開始した。

一般人をバカ呼ばわりして、優越感を感じるのが、あなたの趣味と思いますよ。削除
2018/12/16(日) 午前 11:17学とみ子返信する
学さん
まずは、次の文章をしっかり読んでください。

「4Nキメラ体細胞でTCRがあれば、T細胞からキメラができたことが証明されると考えられてきましたが、Lさんはそうではないとおっしゃっています。」削除
2018/12/16(日) 午後 3:21[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
> ため息さん

>第三者も御本人すら再現できないこと、残っていたSTAP幹細胞はES細胞で

バカンティ氏も参加したハーバード大学の再現実験での問題点をLさんが指摘してたけど、あなたの見解は?

科学は新規性ゆえに間違いが許されます。クローンのメッカの若山研究室では、DNA構造を調べても細胞起源などわかりません。税金の無駄遣いです。調査委員会がここに気付かなかったのでしょう。遺伝子発現解析の必要性にも気付きませんでした。ここにも反論をお願いいたします。

2NキメラのTCRゲル図がなぜあるのか?調査はしたのか?
理研のお友達に聞いていただけませんか?

TCRはSTAP細胞ではあるけど、幹細胞では無くなっているという事実だって、元T細胞は増殖に不利な証拠ですよ、。あなたは、そうした推論もしませんね。削除
2018/12/16(日) 午後 4:08学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

「バカンティ氏も参加したハーバード大学の再現実験での問題点をLさんが指摘」:そのソースを教えてください。どんな問題でしょ?

「科学は新規性ゆえに間違いが許されます。」:ケアレスミスは許されるかもしれませんが捏造はいかなる場合も許されません。

「調査委員会が...遺伝子発現解析の必要性にも気付きませんでした。」:限られた時間と予算と人的資源では、報告書にある内容で、STAP現象の否定が十分だったからでしょう。

「理研のお友達に聞いていただけませんか?」:理研の知り合いは全く違う分野の方です。大学の呼吸内科の方に同じ大学とはいえ皮膚科で生じたことを聞いてもしょうがないでしょ?学とみ子さんが聞いたらいいのではないでしょうか?

「TCRはSTAP細胞ではあるけど、幹細胞では無くなっているという事実だって、元T細胞は増殖に不利な証拠」:とは言えません。そもそもSTAP細胞にあったという小保方氏の実験結果すら信頼できませんからね。STAP幹細胞はES細胞だったのだからTCR再構成は認められないのは当然です。削除
2018/12/16(日) 午後 4:49[ ため息 ]返信する
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ため息さん

ため息ブログのGel2図は、理研が調査で集めた資料で、著作権者が公表に同意しなかった代物ですよ。その図をブログで公表していますが、承諾は得ているんでしょうね。
あれだけ、mさんや学さんに、盗用、引用について厳しく言ってきた人だから抜かりはないと思いますけど。

TCR再構成について、吉村さんは「STAP幹細胞にはTCR再構成のあとはありません。予想はしていたけれどこれは衝撃的だ」として誘導説を否定し、選択説を肯定するが、この、「もともとある幹細胞が選択された」という考え方が短絡的ではないかと思う。元々あったという細胞はいねぇーから!

マウス新生児の脾臓に未分化の細胞が残ってその細胞から、STAP細胞のようにテラトーマ、キメラマウスまででき、生まれたマウスの脾臓に胎児にも胎盤にも寄与できるような幹細胞は、まだこの世にないんだから有力な反証仮説にならない。

STAP細胞は、分化した体細胞がリプログラミングされたと、誘導説をとっても差し支えないのに、ケチ付けてSTAPを潰したい目的だろうなと思う。このことは最初にケチ付けた山中さんにも言える。削除
2018/12/16(日) 午後 7:38[ セイヤ ]返信する
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学さん
>あなたは、TCR再構成を小さなDNA領域の変化だと言ったんですよ。
>そしてその訂正をしようとしない。間違ったと認めたらいかがですか?

はて? 私が何をどう間違ったというのでしょうか?
今度こそ、理解できる日本語で説明してくださいね。

ちなみに、学さん自身のTCR再構成に関する記述は以下のように極めていい加減であったことは、よく自覚しておいてくださいね。


「何らかの別の方法で、元のマウス由来T細胞が確認できたら、遺伝子の一部が切り取られた細胞が生き残り、遺伝子欠損のまま増殖し、かつ次の生き物になれるというすごい発見になりますね。」

「TCR再合成の無いマウスは生まれない(胎内で淘汰、流産する)と考えるのが普通ですけどね。」

「もし、遺伝子が切り取られたT細胞で、キメラ部分が構成されていたら、元マウス由来T細胞がその部分を作ったことになり、4Nだったら全胎児を作ったことになりますね。」

「キメラやテラトーマは、遺伝子欠損した細胞で構成されていなければ、STAPから作られたと言えないとの主張ですね。」削除
2018/12/18(火) 午後 4:21[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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石井調査委員会のゲル図2の1回目アップ分ついては、当時、どのような議論があったのでしょうか?
どなたか、議論の経緯を知っている方や、サイトがあったら教えてください。

議論に向けて、関連する部分を、ここに書いてみました。

もし、このキメラTCRゲル図が当時、論文ウオッチャーたちがいろいろ議論していたら、STAP事件の方向は変わっていたのかもしれないと思っています。

もし、この図をねつ造とするなら、小保方氏ねつ造の証拠として、当時のES派がなぜ騒がなかったのか?

もし、この図をねつ造とするなら、ねつ造をしたのは、小保方以外の人が小保方氏への研究イタズラをしたのか?なんていうトンデモ推理も飛び出しますよ。

もし、この図がねつ造でないなら、この実験を行った研究者たちは、ゲル実験の際のサンプル調整にずいぶんと気を使い、間違いをしないように複数の研究者同志でチェックしたと思います。
そうした実験の経緯の記録はどうなっていたのか?
実験の際、間違いを避けるために、何度かゲル図を流して再検査もしたのではないだろうか?
こうして完成させたゲル図が、論文データとして採用されなければ、研究者間での大議論にもなったはずだ。

小保方氏にとっても、キメラTCR図が本物であっても、偽物であっても、この図の存在は、彼女にとっては有利だったものだ。若山研究室でのいろいろなトラブルについては、小保方氏は語っていない。最後は、若山氏の助けが来る事を小保方氏は期待していたと思う。

もしかすると、ゲル図はSTAP論文の第三報として準備されていたのか?の可能性も上げておきたい。


2Nキメラ図でのはっきりとしたTCRラダーは、体細胞由来TCRD2J2部分が多くサンプルに存在していたことを示しています。
これが確認できたら、PCRで増幅しなくてもバンドが見れるかどうかの実験をしないのだろうか?
一方、特許図20などの他のキメラのサンプルでは、バンドが薄くてコンタミ風だ。
尻尾細胞の大部分を構成している細胞由来のDNA成分のようには見えない。、

体内時計 より:
修正前:http://web.archive.org/web/20140314222554/http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20130314_1/document-5.pdf
修正後:http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20130314_1/document-5.pdf


皆様への質問です。
一研究者さんのブログでは、幹細胞のことは書かれているのですが、どこかでキメラTCRのゲル図については、書かれているのでしょうか?
あるいは、このブログでの膨大なコメントの中で、石井調査委員会の1回目のゲル図2についてのコメントはあったのでしょうか?

以下は1研究者さんのブログの一節です。

「暗黙の前提」と「法の精神」

丹羽先生のプロトコールの論文も極めて問題であり、すぐに撤回すべきだ。「親論文の撤回」という理由以外にも、小保方さんの結果と異なる結果であることを承知しながら、「小保方さんの方法の詳細な解説」として発表している(小保方さんは「STAP細胞ではTCR再構成が起こっている」という結果だったのに対して、丹羽先生の論文は「起こっていない」という結論である)。「最も重要な結果が異なっていることを「認識」していながら、あたかも「同一の結果が得られているかのように記載」しているとすれば、これは倫理面において問題となりうる行為だ。(一研究者ブログ引用終わり)

この考え方は今となると間違っているのだが、これが研究者層の一般的考えだったらしい。一研究者ブログのコメントには、幹細胞にTCRが無くても良いとする反論が書かれている。こちらの方が一般的だが、一般論より、ブログ主の考え方が支持されたと言うことなのでしょう。マスコミにとって、こちらのブログ主の考え方の方が理解しやすかったということなのだ。

こうした人たちは、STAP細胞とSTAP幹細胞との関係が理解できていないのだ。
これから五年たった今も、ため息氏は、STAP細胞とSTAP幹細胞とを分けて考える事をしない。細胞は変化していくことを理解しようとしないのだ。


小保方氏は、[あの日]で、STAP幹細胞はいかに作られたかが不明であった事を訴えたかったのかもしれない。

幹細胞作成方法もキメラTCRも、
[私(小保方)は、報告を受けただけで詳細はわかりません]
だったかもしれない。
小保方氏は、実験中に研究妨害されたのでは?の懸念を持った事もあったであろうが、そうは[あの日]に書けず、彼女は悩んだのだろう。そうした躊躇の結果、無言を続けたことで、全ての疑惑を彼女一人で背負わされる事になったのだ。
悪いのは、いつでも小保方氏に帰すとが、ES説の考えだ。

以下は、ため息ブログにても、Lさんの解説です。
L より:    
細胞はすごく柔軟性があります。
生体内の細胞の一部の機能がだめになってしまった時でも、他の細胞が重複や補佐的な機能を発揮します。

いままでは、4Nキメラ体細胞でTCRがあれば、T細胞からキメラができたことが証明されると考えられてきましたが、Lさんはそうではないとおっしゃっています。

ため息ブログのL さんコメントです。
2018年12月4日 12:48 PM

>4倍体のキメラであっても、脾臓CD45のSTAPを用いた場合は、B細胞やマクロファージ由来のSTAPからT細胞のレパトアが再構築され、血中を循環すると解釈され、2Nキメラにおけるホスト由来T細胞混入と同様の問題になると思います。

学とみ子は、染色体異常やその他の遺伝子異常を持つ胎児は流産しやすく、生まれる頻度が少ない事実から、TCRのあるキメラマウスの誕生は確率が低いと考えてきました。

子供の場合は、生まれる数が多いのですから、異常児は確率的に低くても、一定の確率で生まれてしまいます。トリソミーで生まれる子供の染色体は一部に限定されていて、限定染色体以外にトリソミーが生じると、胎児は流産となります。

胚は特殊な環境です。胚は生物体の中でもっと柔軟で許容的なものかもしれません。

しかし、胚は、正常に増殖分化していく使命があります。
胚においても、遺伝子コピーに異常の生じた細胞は淘汰される原則があります。
核移植細胞もiPS細胞も、人工操作が成功するのは一部にすぎません。
TCR再構成済の細胞が大きく増殖して臓器の一部を形成し、サザンブロットでTCRバンドが証明される可能性は低いだろうと想像していました。

キメラマウスができることからわかるように、胚において、遺伝子の異なる細胞が排除し合わず同居でき、お互いが増殖できる免疫的寛容環境でもあります。
胚内では、自らの分身以外の細胞すら許容できるのです。

TCR再構成をしていても体細胞になる時には不利でないから、元T細胞でも、他の細胞と同じ確率でキメラ寄与はできるという考え方はあります。数を多くキメラ実験をすれば、元T細胞はキメラ貢献をするかもしれません。ただし、これらはすべて想像でしかありません。

実際に、体細胞にTCRを持つキメラができていたら、体細胞では不利ではなかったということが証明されます。数多くSTAP細胞を注入してキメラ実験をすればTCRを体細胞に持つキメラはできるかもしれません。

しかし、一旦、人工培地で培養を繰り返した幹細胞では、TCRを持った細胞が幹細胞として生き残るのは難しいような気がします。ですから、幹細胞をキメラ実験に用いた場合ではTCRのあるキメラの作出は難しいと思います。
すべて、学とみ子の想像です。

STAP論文で採用されなかったキメラTCRの図は、やはりとても興味深いです。

これを調査委員会がどのように扱ったのかも注目できますが、それより、論文発表前に、著者間でどのように扱われたのか?の問題が重要ではないでしょうか?
ここは謎につつまれています。
論文発表前に、シニア研究者たちは、小保方氏にはねつ造は無かったと考えていたでしょう。共同研究者として、名を連ねても良いとシニア研究者は考えました。若山氏も多くの問題を抱えながらも、共同研究者として、発表の場に出たのです。こうしたシニア研究者の行為は真に大事なことです。

しかし、その後、この研究の実験主体である若山氏その人からクレームが出たのです。
その大きさに比べたら、遠藤氏もネット情報も意味が少ないです。


STAP論文は、著者らの間で、お互いに不信感が高まってしまった経緯があります。
キメラTCRの取り下げは、分化細胞からの多能性の獲得というSTAP証明データの否定でした。

著者らの間、およびデータを共有していた研究者層の間において、深刻な対立を生んだように想像します。

キメラTCR取り下げ問題が深刻だった故に、小保方氏は「あの日」に書かず、桂報告書も触れなかったのでは・・・?と思いました。
ここも想像です。




アノ姐さん、
ピリ辛コメントとはどれだか良くわからないです。
以下ですか?

>絶大なる自(過)信はどこから生まれるのでしょ?


学とみ子には、こうした事に疑問を持つ事が興味深いんです。私は素朴に自分の意見を書いてだけです。

捏造論、小保方無能論はムリクリなのだけど、信じている人がいるな~、なぜかなあ?との私の印象です。

私には、なぜES説を信じれてしまうのか?が謎です。ES派閥とお友達でなく、それでもES説堅持で活動するの人の心はどういうものなのでしょう?

複数のシニア研究者を、新人が騙すことが可能とあなたが考えている事を聞いてえっと思いました。ここが、ギャップの根幹かな?私にとって冗談のようなことを、アノ姐さんは本気のようです。


そちらでは、学とみ子のプライドが高いとか言うけど、ネットでお互いの素性も知らずにやり合う場において、プライドはどうでも良いと思います。 削除
2018/12/11(火) 午前 8:07 学とみ子 返信する
匿名さんも、学とみ子のプライドとか、マウンテングとか言ってたけど、STAPを論評したい人は、もっと細胞を知ってからES疑惑を論じて欲しいとの私からのメッセージです。

論文を読むと、ES説は説明になってないです。

専門家たちは、話したがらないのです。話したがら無い理由を考えてください。

ES派は、専門家の沈黙をなるほど!と思わずに、STAP擁護の学者はいない!と結論付けてしまいます。

片手落ちで、かつ、独断なのですが、ES派はそう信じてしまえると言うことなのでしょう。残念です。 削除
2018/12/11(火) 午前 8:58 学とみ子 返信する
>学様の主張は木っ端微塵に粉砕されたと言うわけです。

あなたが私を、粉砕した!ザマア見ろ!と思っても、私は構わないです。

得意になった?アノ姐様をみた第三者が、ES説をどう思うか?が勝負ですよ。

第三者が、ES説はやっぱり問題あるんだなあ~と思ってくれたら良いです。 削除
2018/12/11(火) 午後 0:36 学とみ子 返信する
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> 学とみ子さん

>複数のシニア研究者を、新人が騙すことが可能とあなたが考えている事を聞いてえっと思いました。ここが、ギャップの根幹かな?私にとって冗談のようなことを、アノ姐さんは本気のようです。

以前にも書きましたがこういう人は、おとぎ話を実話だと教えられた哀れな人たちだと思います。自分の頭で考えれば素人でも、いや子供でもわかる事です。
どんな屁理屈並べようが、まともな人なら判る事です。 削除
2018/12/11(火) 午後 9:23 [ m ] 返信する
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> 学とみ子さん > mさん

「複数のシニア研究者を、新人が騙すことが可能とあなたが考えている事を聞いてえっと思いました。」 → 学とみ子さん自身があの記者会見で騙された・続けている事実を認識されたらいいでしょう。

「専門家たちは、話したがらないのです。話したがら無い理由を考えてください。」 → オワコンで興味もないからです。

「第三者が、ES説はやっぱり問題あるんだなあ~と思ってくれたら良いです。」 → 学とみ子さんを始めとする擁護の方々以外から5年にもなるのに、出てきませんね。

「(m)自分の頭で考えれば素人でも、いや子供でもわかる事です。」 → m君があの記者会見から変化がないのは、自分で考えることができないからでしょ。 削除
2018/12/12(水) 午後 1:14 [ ため息 ] 返信する
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ため息氏は、古田氏の”奇妙なことに”は、何を指しているのか、などと意味のない問題にかみついてきたりします。

一方で、今回、ため息氏がSTAP幹細胞からつくられたキメラにTCRがあった?などと言っていることに、今回の記事で学とみ子が反論したのに、そうした大事な問題にはからんでこないのはどういう事なのでしょうか?

お互い、ここらで、それぞれの道を行くので、良いのではないでしょうか? 削除
2018/12/12(水) 午後 8:48 学とみ子 返信する
アノ姐さん、

あなたと実際にお会いして、お互いの主張をやりあったら、最後は共感できるかもしれません。

あなたの問題点は、以下の文章でもわかりますが、あなたご自身が持つ理解や判断は、他の人たちの理解、判断と同じと思ってしまうところです。

ご自身はド素人と言いながら、この独断はなぜでしょうか?あなたは、本音ではド素人なんて思っていないと判断されますよ。責任を持たずして逃げてるだけと----。

>みっともない姿を曝しているだけなんですけどね。「恥」を知らない人には処置なしですね。

あなたの周りには、笹井、丹羽、小保方級の方々がいないから、一流の考え方が、あなたの頭に入ってこないのです。

今のあなたに必要な事は、ため息氏の見当外れに追従しないこと、そして、Lさんのコメントを理解できるようになれば良いでしょう。 削除
2018/12/13(木) 午前 8:47 学とみ子 返信する
oTakeさん、
>今年の年末年始に、特許出願の Fig.20 に該当する元図レプリカを試しに作って見ましょうかね。

ぜひ、お願いいたします。Tリンパ球集合体とキメラTCRパターンの出方に違いがあれば、体細胞にTCRを持つキメラがいた?の可能性に近付くのかも。

単一あるいは多くとも2-3個のTCRが出るであろうキメラTCRと、T細胞集合体TCRの違いについてのoTake氏の考察に期待します。

もちろん、キメラを作成するわけではないので、理論的考察で構いません。
よろしくお願いいたします。 削除
2018/12/13(木) 午前 10:19 学とみ子 返信する
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> 学とみ子さん

2018/12/12(水) 午後 8:48 学とみ子:「奇妙なことに”は、何を指しているのか、などと意味のない問題」:
他の方の文章を正しく理解できず、自分の頭で勝手に作り上げて議論しているとういうことが問題だといっているんですよ。学とみ子さんの頭を問題にしているんです。

「ため息氏がSTAP幹細胞からつくられたキメラにTCRがあった?などと言っていることに、今回の記事で学とみ子が反論...」:
当方の主張が何で学とみ子の反論はどれ?
当方の主張はSTAP細胞からキメラができたという証拠がないから、キメラのTCR再構成云々は意味がないと言っています。

「それぞれの道を行く」: 最初から別の道です。学とみ子さんが妄想やデマを振りまき歩いているのを批判しているのです。

「ため息氏の見当外れに追従」: どこが見当はずれ?学とみ子さんが騙されてあらぬ道を歩いているよ といっているのです。

TCR再構成のあったT細胞はキメラの体細胞に貢献できない説の学とみ子さんがoTakeさんに何の期待をしているの?Gel2のキメラのレーンはありえないという 削除
2018/12/13(木) 午前 10:38 [ ため息 ] 返信する
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> 学とみ子さん

アノ姐さんに対して、「Lさんのコメントを理解できるようになれば良いでしょう。 」なんて書いてますけど、学さん自身はいまだにLさんのコメントが理解できていないようですね。


L さんコメント
>4倍体のキメラであっても、脾臓CD45のSTAPを用いた場合は、B細胞やマクロファージ由来のSTAPからT細胞のレパトアが再構築され、血中を循環すると解釈され、2Nキメラにおけるホスト由来T細胞混入と同様の問題になると思います。


これに対する学さんの解釈
「4Nキメラ体細胞でTCRがあれば、T細胞からキメラができたことが証明されると考えられてきましたが、Lさんはそうではないとおっしゃっています。」 は間違っていますよ。

どこが間違っているのか、学さんには理解できないと思いますけどね。 削除
2018/12/13(木) 午前 10:44 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん

あなたの今回のコメントは、ここで承認がなければ、ため息ブログの方に書き込むと思います。その時は、学とみ子の何が間違っているのかもしっかり書いてくださいね。

ため息ブログなら、やっぱりさんの説明が正しいかどうかを、Lさんがコメントくれると思いますので。 削除
2018/12/13(木) 午後 0:48 学とみ子 返信する
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学さん

こちらの学さんの記事へのコメントですので、こちらで対応すべきだと思いますけどね。

まあ、学さんは自分が間違っていることを意地でも認めようとはしないのでしょうけど。(笑) 削除
2018/12/13(木) 午後 2:26 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん

何が間違っているのか?学とみ子がどのように修正すれば正しくなるのか、ここでもいいからお書きになれれば、皆さんの参考になります。

やっぱりさんは、どう間違っているのか書かずして、学とみ子をバカ扱いするだけなので、あちら向きと言ってるんです。 削除
2018/12/13(木) 午後 2:46 学とみ子 返信する
アノ姐さん、

>論文の責任はシニア研究者にあると擁護してましたけど、今度は笹井先生、丹羽先生と同列扱い。

学とみ子は、責任はシニア研究者にあるとはいってないです。小保方氏は、桂報告書に書かれたような無能な人ではないですね。

無能なのは、謎を説明出来ないES説を持ち出し、それでSTAP論文が説明可能と考えた研究者たちです。

そして、今もそのES説で一般人が納得していると考えている連中も無能です。 削除
2018/12/13(木) 午後 4:10 学とみ子 返信する
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> 学とみ子さん

おやおや、私の投稿は承認されないと思って、昨日はチェックしてませんでした。
返事が遅れてすみませんね。 でも考える時間があったでしょ?
学さんのあの短いコメントに間違いがあるといえば、簡単にわかるはずですが。

学さんの記載
「4Nキメラ体細胞でTCRがあれば、T細胞からキメラができたことが証明されると考えられてきましたが、Lさんはそうではないとおっしゃっています。」

Lさんは、そんなことは言ってません。

4Nだろうが2Nだろうが、キメラ体細胞に元のSTAP細胞にあったTCR再構成が見られればそのSTAP細胞からキメラができたことは証明されるということ自体は、Lさんは否定していません。

具体的な実験手法に関して、T細胞を含む血液細胞の混入を防ぐのが難しいので、キメラ体細胞にTCR再構成があることを証明するのが難しいという話をされているのですよ。

学さんは、Lさんの記載を科学的に理解できていないから、出鱈目な解釈をして、Lさんが言ってもいないことを言ったと捏造しているのです。 Lさんに謝罪すべきですね。 削除
2018/12/14(金) 午前 7:58 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
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(続き)
Lさんのコメントは流石に現役研究者だけに鋭い着眼点で敬服しますが、、

そもそも、体細胞のDNAに目印としてのTCR再構成があるかどうかを確認する時に、組織をすり潰して抽出したDNAを調べるという手法しか想定しないから、T細胞を含む血液の混入を防ぐのが困難という話になるのでしょう。

この件は、かなり前にため息氏のブログだったかで、私は記載していますが、、

上記のような実験手法ではなく、繊維芽細胞でも何でもいいけど増殖能のある体細胞を採取、増殖させて、そのDNAを調べれば、T細胞混入の問題は回避できると思います。
目印としてのTCR再構成を有する多能性細胞由来のキメラ体細胞には、基本的に同じTCR再構成は複製されていくのですから、、

ある意味幼児ちゃんは、ハンナ論文はPCRではなくサザンであることを見落としてたとか、トリプシン処理で単離した細胞にはFACSでソートできないとかで、Lさんにやり込められてましたが、、

基本的に、「T細胞の混入を防ぎ。、キメラ体細胞にTCR再構成があるかを調べれば良い」という点では、私と同様のことを考えているのですよ。 削除
2018/12/14(金) 午前 8:03 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
L より:
周回遅れのコメントですいません。私が言わんとした事は、ため息さんがおっしゃられている通りです。T細胞系と体細胞系を分けて考える事により、学さんの誤解が解けないか、自分なりの試みとして、学さんのところで2、3回同様のコメントをしました(未承認前提だったのですが、最後のコメントだけ承認されてます)。結局うまく行かず、このような形でお騒がせする事になり申し訳ありません。 
oTakeさんの質問に関してですが、成熟T細胞が存在しない免疫不全マウスが何種類かありますので、その胚盤胞(もしくはより早期の初期胚)を宿主としてキメラを作れば、宿主T細胞の関与のない実験系になります。理論上は可能と思いますが、個人的にはそのような実験の経験はなく、何らかの技術的な問題があるかもしれません。
TCRの件をはじめとする擁護派と否定派の論争(?)や、桂報告書の記述そのものの中に、心理学者の河合隼雄先生が「中空均衡構造」と仰っていた、日本的な構造が透けて見える気がします。正(テーゼ)と反(アンチテーゼ)を統合してアウフヘーベンするヨーロッパ型の「中心統合構造」とは異なり、中心を空にする事により、その周りを回るように、互いに相反したり矛盾したりする概念(正と反)が、統合される事なく共存する構造のようで、古事記など日本の神話時代の記述にすでに見られるそうです。相反する概念を均衡共存させる、誤解を恐れずに言えば「手打ちにする」みたいな感じで、桂報告書の真骨頂のように感じます。狸さんの言葉を借りれば、「闇とうまく付き合う」感じでしょうか。
私は心理学については全くの素人ですので、的外れだったらすいません。ここのコメンテーターさんの中では、例えばアノ姐さんとか、この分野が専門かも、という印象を持っているのですが、ユングとか箱庭とか、お嫌いでしょうか?
学さんの場合、明らかに理論構築がおかしかったり、一貫性のない行き当たりばったりな記載が見られたりしますが、これまでのSTAP論者とは異なるユニークな視点を提供しているのも事実と思います。間違っている所をどんなに理詰めで説明しても、それが統合される事は(ほとんど)ないと私たちは思い知ったわけですが、その点にはちょっと目をつぶって、均衡共存を目指すというのも、日本人的な知恵かもしれないと思ったりします。
plus99%(1103)さんには、またどこかでお会いしたいと願っております。


L より:
本物のプロは、不十分な情報しかない状況で、断定的な事を言ったりしませんよ。筆頭著者から情報が十分出てない(この事自体は非難されるべき事です)状態で、『異常な本です』と言い切ってしまう方を、私は尊敬できないですけどね。NHKの番組に出てらした研究者の方々や、桂調査書をまとめた研究者の方々が、どのような表現をされていたか、思い出してみては如何でしょう? 彼らは、本物のプロだと思いますよ。
ところで、線路はどこまで続くのでしょう?


L より:
このゲル写真は、Scienceのfigureでも使われたものでしょうか? もしそうなら、Scienceのreviewで ”spliced in” と指摘されている ”lanes 3 and 6”(別スレでの体内時計さんのコメント参照)というのは、どのレーンなのでしょうね? Lane 3は、このゲルでも3番目の「リンパ球」とラベルされているレーン(切り張り確定済み)である可能性が高いと思われますが、lane 6はどれでしょう? 順に追えば、6番目のSACs #3かと思いますが、このレーン(と次のレーン)はGLのバンドが非常に弱く、CD3で純化した細胞からのSACでないと説明つかないかもしれませんね。
個人的には、 SAC由来2Nキメラサンプルの#1が興味を引きます。これが本当にtail tipのサンプルだとすると、血球混入では説明できないレベルのTCR rearrangeが見られる事になります。T細胞由来STAPがキメラに貢献した証拠になり得るので、このキメラは徹底的に解析すべきだったと思うのですが、、、
一方で、Scienceのreviewで指摘されたlane 6が、キメラ#1のレーンだった場合は、意図的な切り張りの可能性も否定できません。その場合は、lane 3の「リンパ球」レーンの切り張り(これは科学的結論にほとんど影響しない)より、はるかに深刻な問題になり得ますね。
この特許のゲル写真の切り張りについて、 詳細ご存知の方がおられたら、教えてもらいたいです


L より:
ため息さん、私がこれまでに見た記憶があるのは、oTakeさんのおっしゃるGel 1&2だけで、今回のは初めて見ました。色々な意味でちょっと驚きです。特許に疎いので、基本的な事で申し訳ないのですが、何点かお伺いしてよろしいでしょうか?
(1) この写真は、2016年11月16日出願の国際特許での図、すなわち小保方さん抜きでVacantiが英語で出願した書類の翻訳版に含まれている図、という理解でよろしいでしょうか?
(2) その場合、この写真はVacantiが自分で特許書類に新たに加えた図と考えてよろしいでしょうか?
もしそうであれば、この写真はVacantiの手元にある何らかの図表をコピペしたものではないかと考えます。STAPがらみで過去に論文投稿されたバージョンはすべて、Vacantiに送られていると思いますので、そこで使われた図表からのコピペではないかと邪推しています。最後のNature版にはこの図は入っていないので、Science版あるいはそれ以前の投稿で用いられた図を引用し、ラベルだけ翻訳された可能性を考えます。
荒い画像にもかかわらず、解析どうもありがとうございます。素直にSACs#3をlane 6の切り張りと捉えるのが妥当なようですね。とすると、SAC由来2Nキメラサンプルの#1が、一体何のサンプルなのか、色々な意味で興味深いです。


L より:

今更ですけど、Gel-2は面白いですよね。レーン27、28の2NキメラのTCR再構成パターンが、CD3+ T細胞とは異なっています。一番下のバンドをプライマーダイマーとして除外すると、一番小さいDJ2のバンドがレーン27、28で見られません。このバンドは一番出やすい(例えば、PCRのかかりが悪いレーン17でも見られます)のですが、2Nキメラでは見られない事から、このキメラでのTCR再構成は、ホスト由来のT細胞のコンタミとは考えにくいです。どのようなサンプルなのか、詳細な情報を出してもらえれば、 科学的な議論が十分可能なデータなんですけどね。
以前にも書きましたが、吉村先生の「せいぜい1本」というのは、過小評価の可能性があります。前提となっている諸条件が、信頼できる考察に基づくのかどうか、よく考えられた方が良いかと思います。

L より:
oTakeさん、色々とありがとうございます。図の切り張りのストラテジーについては、何となく理解できた気がします。いずれにせよ、SAC由来2Nキメラサンプルの#1が、どのような由来なのか、情報がないと何とも言えないですね。
個人的には、SACとSTAP clusterは同義(細胞塊をそのままピックアップしてゲノムDNA抽出したサンプル)と考えています。“Sorted Oct4+”は、光っている細胞塊を集めて、一回シングルセルにしたのち、FACSでGFP高発現細胞をソートしてゲノムDNA抽出したサンプルと思われます。ソートがきちんと行われていれば、“Sorted Oct4+”サンプルは、初期化された細胞が高純度で集められたものと解釈可能ですが、STAPチームはFACSをきちんと使えてなかった可能性が高いので、ソートの意味がどれほどあったかは不明です。


L より:

4倍体のキメラであっても、脾臓CD45のSTAPを用いた場合は、B細胞やマクロファージ由来のSTAPからT細胞のレパトアが再構築され、血中を循環すると解釈され、2Nキメラにおけるホスト由来T細胞混入と同様の問題になると思います。なので、微弱な再構成バンドでは、T細胞由来STAPの証明にはならないと思いますよ。
もしデータが公開されているのなら、私も見てみたいですけどね。


L
2018年12月7日 5:18 AM
私の場合、よく分かってない学生さんが出してくるデータの方を信じる事が多いです。技術的な問題は、ポジコン、ネガコンを用いた評価を徹底する事によりある程度解決できるので、その上で再現性のある「変なデータ」を持ってくる学生さんとの議論は楽しいです。知恵がついてくると、どういうデータを出すとボスの仮説にあうか忖度したり、論文に載るのはどういうデータか戦略的に考えるようになって、バイアスが入りやすくなります。そこを見抜いて指導していくのは、ちょっとしんどいです 。

小保方さんの場合は、その両方が混在しているように思います。突拍子もないデータもあれば、忖度のデータもあると思います。後者については不正絡みのものも多いだろうと思うのですが、元々は純粋な観察で得られた「変なデータ」から始まった話と思っています。最初から意図的な捏造で作られた話と決めてかかるような論調だと、ちょっとかわいそうかな、と思います(甘いかもしれませんが)。

STAP論文の最大の特徴として、コントロールの欠落が挙げられると私は思っています。コントロールがないと、「変なデータ」の評価はできないですので、この点は、論文投稿される前に指摘されるべきだったと思います。STAP論文の共著者の中で、誰が指導的な立場にあったのかは、議論が分かれるところだと思いますが、 論文作成段階では全著者が「シニア」としての責任を果たすべきだったと考えます。コントロールがないのに、この「変なデータ」をそのまま論文にしてしまった責任は、全著者が負うべきなのに、小保方さん一人に偏りすぎているように感じます。以前に引用されていた本庶先生のTCRコメントでは、笹井先生、若山先生、丹羽先生の責任をかなりきつい口調で指摘されていたと思います。ハーバードや女子医の指導者の責任も大きいと思いますが、何も追及されていませんね。

ゲルに戻ると、Gel-2に関しては、論文に採用されていない2Nキメラサンプルをミスラベルする動機が存在しないように思うので、意図的なミスラベルではないだろうと思っています(エラーの可能性は否定できません)。一方で、特許の方は、十分な動機があると考えており、多少疑いの目で見てます。これらのTCRデータは、複数の「シニア」が見たと思われ、その上で、少なくとも笹井先生と丹羽先生は、コントロール実験の欠落や、システムの不備を理由に、論文から外す決断をしたと思われます。特許あるいはサイエンス投稿バージョンなど、笹井先生、丹羽先生が参加する前の段階では、どのような議論が行われたのか、 情報がないように思います。

返信


L
2018年12月7日 6:23 AM
あまり議論する意義がないですが、T細胞由来STAPが1個でもあれば、最大で2本のDJ2再構成バンドがでる可能性があります。2個あれば最大で4本です。脾臓のCD45陽性細胞のうち、T細胞は1%から4%とする前提が、間違っている可能性もあります。T細胞STAPのキメラができていたかどうかとは関係ない話です。間違った理論構築に基づいている可能性がある言説を、都合が良いからとそのまま受け入れるのは、擁護の方々の発想と同じであり、あまり感心しません。

返信

ため息ブログは、STAP細胞を考えるソースとしての重要な情報を提供してくれます。
彼らはおおまじめに、アンチSTAP論を主張しているのですが、結果、STAP事件の背景にあったいろいろな説明不可能な事実を暴露してくれています。
オオッと思う情報が多いですね。

とりわけ、今回、石井委員会が一時的に公表し、その後、ひっこめたキメラTCRの図と、特許申請用のキメラTCRの図の情報提供は、大変、貴重な資料です。
そして、これらの資料に対する、ため息氏らのコメントも又、貴重です。
彼らは、ES論を確かなものにしようと議論しているのですが、学とみ子には、STAP事件の背景を考えるための貴重な情報源になっています。


キメラTCRの情報は、むしろ、アンチSTAP派には不利ではないか❓と考えてしまうほどです。
”言わなきゃそれまで!”的なものですけど・・・。トホホな情報かもしれません。

でも、アンチSTAP論者たちの議論は、良く意味が分からない人が読むと、又、別の印象を持つようですね。
「学とみ子は、他の人の議論についていけない愚かな人」「論文が読めない人」とも、思い込むみたいです。

こうしたせっかくの証言を消されてしまったら残念なので、こちらにコピペをしておきましょう。
今回、一番大事な証言は、ため息氏のものです。
彼は、キメラTCRの図20を、ナンジャラホイと言っています。
ため息氏は、この図の存在を知りながら、以前にはそうしたことをおっしゃっていないので、他の人からの説明を聞いてからゲル図を理解したのでしょう。

そして、このようにもおっしゃっています。
「もはや、なんのサンプルを流したのかわからなくなってしまっているのではないでしょうか。ラベルが本当かどうかも疑わしい。」

ため息氏でなくても、キメラTCRの図は謎です。
まずは、この図を拝見した学とみ子は、ラベルの貼り間違いとしか言えないようなサンプルと言ってしまいました。

この図を作ったのはだれなのでしょうか?と、学とみ子は考えます。
キメラTCRのDNAサンプルを作ったのは誰なのでしょうか?
流したゲルの順番を間違ったら、作者(実験者やサンプル調整者)は、大変なねつ造者の疑いをかけられることになります。
実験者は、それをわかっているから、念には念を入れてゲルを流したはずです。
そして、後でラベルをつける時も、レーンを間違えないように、念には念を入れたでしょう。

このDNAサンプルを作った人がわかれば、調査委員会は、調査の方向が変わるかもしれません。
調査委員会は、キメラTCRねつ造の証拠を確定できるかもしれないし、逆にSTAP細胞は本当にあった可能性が出たことになり、ES混入説などは採用できなくなります。
調査は振り出しにもどります・・・・。

ESねつ造が本当なのか?、あるいは元T細胞からSTAPキメラは本当はいたのか?は、このキメラTCRゲル図の背景を調査すれば、かなりの事がわかるはずです。
その証拠を調査委員会はどこまでつかめたのでしょうか?

では、まず、手始めに、TCRに入る前に、アノ姐さんコメントからみてみましょう。
アノ姐 より: 青字         

・・・・竹市元センター長は、ノーベル賞候補の呼び声も高い優秀な研究者だけど、一貫して筆頭著者擁護でしたもの。彼女の振舞いに目が曇らされていたとしか思えません。共同研究をした研究者たちが軒並み騙されたのも同じ理由かと思います。だから他のブログや掲示板でも、筆頭著者は新興宗教の教祖樣になればよかったと言われる由縁でしょう。・・・

このコメントの何が、学とみ子サイドからみると、問題になのか?を書かせていただきたいです。
アノ姐さんは、CDBの学者たち、武市、笹井、丹羽、若山氏らのそうそうたる研究者を、小保方氏がが騙したと言っているようです。
学とみ子がこの文章を読むと、これらの人がだまされなければ、STAP論文は生まれなかったと、アノ姐さんが言ってくれたと、感じてしまうのです。

つまり、学とみ子に言わせれば、STAP論文が完成するためには、上記研究者に加え、さらに遺伝子解析をしたCDBの研究員、ライブセルイメージングの研究者すべてをだまさないといけないということです。
野依元理事長が、「STAP論文はすべて虚構だった}との言葉は、逆説的に、そう考えなければ、事件を説明できないという意味でもあると思います。

一人の新人研究者が、CDB研究員の多くをだまさないと、ESねつ造論文を仕上げることはできないと言うことです。ここはとても大事なことです。
ESねつ造論を創作した研究者は、ここまで状況を考えたのでしょうか?

ではため息氏の問題発言を見てみましょう。
ソースは、タイトルTCRβ鎖再編成解析を示すの図
sigh より:

oTakeさん
そうですよね。キメラでTCR再構成があったのなら堂々と図示すべきですけど、特許申請にはあって、論文にないのは何故でしょね。丹羽氏はキメラのTCRを否定しているのだから、このGel1、Gel2 どこまで信用できるのかから始まって、これから合成された特許申請の図20はナンジャラホイですからね。
もう撤回された論文の結果を、あそこが捏造だ、いやちがうなんて議論する意義はないですからね。
でも、中毒になってしまったので、有る限り止められない…トホホ。

sigh より:

L さん
果たして小保方氏はこのようなデータをシニアの研究者との間で議論してきたのでしょうか?
仮説に都合の良い(誤解でも)と思ったデータしか示さない(実験の天才と褒められたという話がある)とか、若山氏はメチル化のデータを使えないといった(真偽不明)ため、捏造したとの話があるように、シニアとの間でデータをきちんと議論したのか疑っています。
一方、このゲルの記録がきちんとあるのでしょうかね。もはや、なんのサンプルを流したのかわからなくなってしまっているのではないでしょうか。ラベルが本当かどうかも疑わしい。
学生が、予想と異なる結果を持ってくることがしばしばあります。そのときは、しつこく、どういう状況で記録したのかを問いただします。理由が分かる場合もありますし、わからない場合もあります。当方の場合、多くの場合、予想と違うというのはネガティブな結果で、技術的に未熟な場合が多く、仮説をひっくり返すような結果がでてきたことはありませんでした(見逃したのかも)。どうなるかわからない・あるかどうかわからないというような実験もありますが、どちらにしろ、何回も繰り返し再現あるデータを必ず採用しましたけど。

oTake より:

・・・・・

そもそも論文に“調べたのに結果に関しての情報が無い”のが不味いんですよ。
調べたのに結果が無かったら、誰でも『調べたのは良いけど、その結果は?』となりますよ。
ところで「公表されてないキメラTCRデータを、著者以外の科学者層が多く知っていた」とは何ぞや???
Gel2 の 2N chimera(CD45+)は一度公開されたからであり、特許上のキメラマウスのデータは公開情報ですし、キメラマウスの TCR 遺伝子再構成データの解釈による論文掲載を見送った話は共著者(笹井・丹羽両先生)によるものですし、全て公開・公表されたものだと思いますが?
Gel2 のものは公表されてないことにはなりませんよね。

yap*ari*w*katt*na* より:
・・・・
すなわち、今回のケースでは、sighさんのコメントのこの部分:
「TCR再構成の意味のわかっている学者=ほとんどの生物学・医学の学者はTCR再構成が 「STAP幹細胞にあった・キメラにあった」という結果の意味が理解できているからです。」
前後の文脈が読めていれば、通常の日本人であれば誤解のしようはないはずですが、、、
「TCR再構成はSTAP幹細胞にもキメラにもあったというデータはNATURE論文にはない」のに、「STAP幹細胞にあった・キメラにあった」と書いてあるので、「公表されてないキメラTCRデータを、著者以外の科学者層が多く知っていたとの事実」という奇妙奇天烈な解釈をしたんだと思いますよ。
前後の文脈が読めていれば、通常の日本人であれば誤解のしようはないはずですが、、、


学とみ子より:学とみ子が疑問に思うことがあります。、
第一には、石井委員会がこのデータを公開する時に、著者らとの議論はどのようなものであったのか?

第二には、Gel2 が公開される前に、石井調査委員会内では、このキメラTCRを見て、STAPがあったのではないか?についてどのような議論があったのか?

第三は、理研の著者以外の研究者たちの中は、STAP論文発表前からこのデータをあることを知っていたのではないか?

第四は、STAP論文発表後に、STAP疑義が出た時に、キメラTCRのデータが流出してしまったのではないか?



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    コメント(49)
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アンチSTAP派の皆さん、学とみ子一人が誤解しているとコメントしてきます。やはり、♯1のキメラでTCRがあるように見えることは、ES説堅持にとってマイナスだからでしょう。

もし、小保方氏がこの実験の、DNA調整あるいはゲル図作成にかかわっていたのなら、笹井氏、丹羽氏は疑惑をそのままにして、論文発表には進むことはしないと思います。何らかの三者合意はあったはずです。

石井及び桂調査委員会は、DNA調整あるいはゲル図作成の責任者をそれぞれ特定してほしかったですね。でも、論文には載ってないので、ミッションでは無いとの判断でしょう。

石井調査委員会へのゲル図提出時だって、裏では石井調査委員長と三者間のやりとりがあったはずです。削除
2018/12/7(金) 午後 0:33学とみ子返信する
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中間報告で石井委員長は元のちゃんとしたゲル図があるのに何でそれをそのまま使わなかったんでしょうね?と首をかしげていたので、ゲル図は不正認定されないだろうと思ってましたが、最終報告ではちゃんと不正認定してましたね。それから調査過程で本人には一切、事実確認をしていないというのでこれまたびっくりしました。まあ、世間の空気を読んだ日和見調査に過ぎない調査だったということですね。削除
2018/12/7(金) 午後 1:07[ カツラ報告書 ]返信する

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> 学とみ子さん

2018/12/7(金) 午後 0:33 学とみ子 :「やはり、♯1のキメラでTCRがあるように見えることは、ES説堅持にとってマイナス」
いいえ、事実ならそんなことはありません。キメラはES細胞からつくったようなので、TCR再構性がみられるようなレーンは、体細胞のサンプリングの際、ホストのT細胞が混ざったことが考えられますからね。削除
2018/12/7(金) 午後 4:53[ ため息 ]返信する
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> 学とみ子さん

なるほど、答えたくない質問は承認しない ですか。
議論したいんでしょ?

すべてコピーが掲載されていますよ。削除
2018/12/7(金) 午後 5:58[ ため息 ]返信する
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> ため息さん

質問しても答えが無い時は、以下の可能性をかんがえてください。

質問の意味が分からない時(双方に誤解があって、相手の聞きたいことがわからない時)
質問に答えても意味が無いと学とみ子が判断する時
質問を理解できても、その内容に意味が無いと感じる時
うっかり答えると、誰かを傷付けることになる時
うっかり答えると、次なる(意味のない)質問がくることが予想できる時

要は、学とみ子が“よそう”と思った時は、質問に答えません。削除
2018/12/7(金) 午後 7:13学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

5項目あります
1.質問の意味を聞き直せば?
2.答えても意味が無いことを説明すれば?
3.質問に意味が無いことを説明すれば?
4.傷付ける の誰かには学とみ子さんが含まれるわけですね。プライドが損なわれるからですね。
5.次に質問が来ないような返事をすれば?

「”よそう”と思った時は、質問に答えません」。返事をしないのならコメント欄を閉じたほうがよろしいかと。擁護の方々は学とみ子さんを支持するのではなくコメント欄で自分の言いたいことを言うだけですからね。コメント欄を設けるのですから質問があったら、答えられないでもいいですから返事をすべきでしょ。臨床医なので人とのコミュニケーションに長けているんでしょ。学会で質問を無視したらどのくらい評価が下がるかご承知でしょ。削除
2018/12/8(土) 午前 7:02[ ため息 ]返信する
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(つづき)
しかし、読みちがい、はやとちり等の単純ミスなら、訂正すればいいのに。間違いをそのまま残すより、訂正したほうが恥を晒さないことになりますよ。

上記の4の理由で答えが無いということは、指摘が正しく学とみ子さんのプライドにとって不利になると解釈できますね。

今回は、誤まりであったことを認識したことがバレる、プライドが許さない という4のケースと解釈になります。なにせ今度の質問(ttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13934&cpage=1#comment-24998)は、STAPもTCRも関係の無い国語の問題です。選択問題です。意味不明ではないと思います。TCRの論理的質問でもないですからこの後に質問が続くとは思えません。取り違えた理由を推察し、迂闊な方でコチコチの頭、該当文書から自分の考えに沿った単語をピックアップし、再配置して文書を構成する なんですなという感想でてくるかもしれません。すでにあるけど。削除
2018/12/8(土) 午前 7:03[ ため息 ]返信する
STAP事件の背景をあれこれ考える上で、意味の無いコメントの例です。

>古田氏が奇妙といったのは
(1)(2)
どちらなんでしょ。お答えを頂いておりません

>信じたくないことは見ないようにしてしまう、それだけで人は白昼でも穴に簡単に落っこちてしまうらしいですよ。

以上、STAPの謎と関係ないです。


私が期待するコメントは、調査委員会ではキメラTCR図はどのように評価されたか?

アノ姐さんは、小保方氏が多くの研究者を騙したなんての失言した事をを反省してるのか?とかも聞きたいですね。謎と関係するからです。削除
2018/12/8(土) 午前 7:31学とみ子返信する
> ため息さん

>STAPもTCRも関係の無い国語の問題です。

だから、そうした質問は意味が無いのです。

学とみ子から、そう言われるだろうと予想したらいかがでしょうか?削除
2018/12/8(土) 午前 7:49学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

「STAPもTCRも関係の無い国語の問題の質問は意味が無い」
学とみ子さんは常に自分に都合の良いように誤って引用するので注意しているのがわからないのですか?読み間違えだったら間違えたと訂正してもだれも批判しません。

間違って解釈したんでしょ。だから答えられないんでしょ。なに、つっぱっているんですか。学とみ子さんのプライドはそんなに高いのですか。だからおちょくられるのですよ。

常に自分の妄想に都合のいいように引用して論を構築しているので、読み違えを指摘し、学さんが素直に訂正するようなっていったら、学とみこ子説が説得力を持つ論になるかもしれないという妄想(あるいはありえない期待)に負けた当方の行動でした。削除
2018/12/8(土) 午前 8:39[ ため息 ]返信する
L さんコメントです。
2018年12月4日 12:48 PM

>4倍体のキメラであっても、脾臓CD45のSTAPを用いた場合は、B細胞やマクロファージ由来のSTAPからT細胞のレパトアが再構築され、血中を循環すると解釈され、2Nキメラにおけるホスト由来T細胞混入と同様の問題になると思います。

これは従来無かった新知見と思います。専門者のコメントはしばしば不親切なものです。

そちらでは、誰も食い付かないようです。

専門者は、非専門者の相手の要望に応じて親切に説明してあげる時間がありません。削除
2018/12/8(土) 午前 8:55学とみ子返信する
> ため息さん
>間違って解釈したんでしょ。

まさか!
文章の前後の問題じゃあないです。

古田氏らは、ES説を一般に広め、ES説を本当だと勘違いした役人、政治家が、理研上層部に圧力をかけたのじゃあないですか?
世界に日本の科学の闇をさらしたと思います。
だから、あなたはES説を守ろうとしてるのでしょう?
ここに答えてくださいよ。

文章の前後関係など、些細な事は問題ありません。マスコミは間違った説を広げたのですが、売れれば目的は達せられます。

何が重くて、何は無視して良いのか?そのメリハリがないのじゃあ~ないの?削除
2018/12/8(土) 午前 9:48学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

「そうした質問は意味が無いのです。」のではなく、きちんと他所様の文書を理解しなさいといっているのがわからないの?

STAP現象はなかったと結論されているので、問題にしているのは根拠のないデマを撒き散らしている学とみ子さんの行動です。だから批判しているのです。削除
2018/12/8(土) 午前 9:55[ ため息 ]返信する
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> 学とみ子さん

えええ?あの日本語を間違えて解釈していないというのですか?だれでも、何回読んでも、古田氏は「TCR再構性がSTAP幹細胞に、キメラにあったかが書いてない」ことが奇妙だといっていますよ。そう読めないのは学とみ子さんの国語能力が小学生以下だということですよ。

「文章の前後の問題じゃあないです。」:意味不明です。古田氏の該当文書の前後など関係ないです。

「古田氏らは、ES説を一般に広め、ES説を本当だと勘違いした役人、政治家が、理研上層部に圧力をかけたのじゃあないですか?」
どっからでできた妄想ですか?根拠なくデマを広げないでください。

「だから、あなたはES説を守ろうとしてるのでしょう?」
何行っているんですか。学とみ子の妄想、デタラメを拡散したくないといっているでしょ。

メリハリの問題?? なにいっているの。あんたの国語能力の問題だよ。削除
2018/12/8(土) 午前 10:07[ ため息 ]返信する
書き直そうとしたら、素早く書き込まれてしまいました。
ため息氏の気合い入ってます。
ウオッチしてますね。

追加です。
想像です。

行政人が理研上層部に圧力をかけたのじゃあないですか?あるいは、行政人が(ES説で解決せよ!と)言っていなくとも、言ったかのように情報操作されたのかも知れませんね。

いづれにしろ、 ES説では、いろいろ説明出来ない事を理解できない人の仕業です。

世界はビックリでしょうけど、深い闇にたじろいでいるでもいるでしょう。削除
2018/12/8(土) 午前 10:16学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

「行政人が理研上層部に圧力を...」なんて問題ではないのです。
学とみ子さんの国語能力が問題なんですよ。古田氏の文書、再度よんでください。なにが奇妙だといっています?削除
2018/12/8(土) 午前 11:28[ ため息 ]返信する
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アルイミオウジ氏のツイートの文面が全く理解出来ん。
学さんの事をスタップ無い派に位置づけようとしている文面だけど、彼がどう解釈しようと勝手だが、何故スタップ研究を否定しようとしている連中と一緒になって学さんを攻撃しようと目論んでいる事が理解できない。削除
2018/12/8(土) 午前 11:37[ hidetarou ]返信する
> hidetarouさん

アルイミオウジ氏は、尊敬しているはずのLさんにも何か言ってます。しかし、小保方氏の事は評価しているので、STAP擁護です。

全般的に、他人に対して、批判的スタンスの方なのでしょう。学とみ子が何を言っても批判的だと思います。削除
2018/12/8(土) 午後 0:40学とみ子返信する
> ため息さん
そちらでは、政治的解決などと言ってる人いませんでしたっけ?

CDBの研究者にとっては、ES説は受け入れがたいものだと思います。しかし、すべてが虚構と言わざるを得ない野依理事長の心境を思い図ると、研究界に属する人たちは、深い闇を黙って許容するしかないのでは----と。
想像です。削除
2018/12/8(土) 午後 0:49学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

「CDBの研究者にとっては、ES説は受け入れがたい」??
どこにそんな根拠があるの?

「研究界に属する人たちは、深い闇を黙って許容するしかない」??
すごい妄想ですな。

「政治的解決」??
何故、誰が、誰に対して、どぼような政治的解決を図るの?

日本語ができないと思ったらいきなり誇大妄想ですか??削除
2018/12/8(土) 午後 2:11[ ため息 ]返信する
> ため息さん
ES説は、CDBの研究者たちが、小保方捏造に協力した、小保方氏のおかしな行動を見て見ぬふりをしたとの説ですよ。CDB研究者たちが大いに傷つきました。

読解力も大事だけど、想定力、想像力も働かせましょう。

ES説は、細胞研究の質を知らない人が、一部の現象を見て全てと錯覚し、その頭の中で作り上げた空想的創造物と思いますね。削除
2018/12/8(土) 午後 7:49学とみ子返信する
  

ため息さん
(古田文書)
ですが奇妙なことに、論文には、STAP細胞からできたSTAP幹細胞やキメラマウスの細胞に遺伝子再構成があったかどうかは書かれていませんでした。「再構成を調べた」とは書いてありますが、結果が載っていない。つまり、キメラマウスやSTAP幹細胞には、リンパ球からできたという証拠がないのです。

奇妙だというのは、「書かれていない」ではなく、「つまり、キメラマウスやSTAP幹細胞には、リンパ球からできたという証拠がないのです。」と説明している方です。
これは「証拠がない」つまり、キメラ、STAP幹細胞にTCR再構成が見られないことを意味します。
だから、「STAP細胞からできたキメラ、STAP幹細胞であれば、あって当然のTCR再構成が実はなかったのです。皆さん、奇妙でしょ」と言う意味で使っているのです。

古田氏は、前段で吉村教授の「論文に初期化されたという証拠がない」という前振りをしてるから、TCR再構成がないことをもってSTAP批判をしているのは明らかです。
論文に結果が書かれていなくても、Nature 誌も査読者も、奇妙とは思わなかったから掲載 削除
2018/12/9(日) 午後 5:20 [ セイヤ ] 返信する
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> セイヤさん
解説をありがとうございます。

ため息氏のしつこい主張は、“奇妙だと古田氏が指摘したのは、(著者らが)キメラTCRを調べたと言いながら結果がない事だ”なのだそうです。
それを学とみ子が理解できないから、小学生以下の読解力とか言ってます。

ここまでして、学とみ子をバカよばわりしたいようです。
このバカから、ため息氏の方がいろいろ学んでいるのですがね・・・。

ところで、したらばでも議論があるように、“専門領域に素人が割り込んできた”と言えるキメラTCR部分の議論ですね。こんなこと、素人が議論してはいけない分野でしょう。

CD45細胞とはなんぞやもわかっていない人が、そこからできた多能性細胞が、リンパ球からできたことが証明されていないとなじり、STAP細胞はねつ造物へとつなげてしまうのですからね。

吉村先生は、特殊な条件つけでものを言っているのですが、古田氏はその条件すら読み取れない理解力で、STAP細胞を解説してしまっています。

マスコミ解説が正しい知識であるかのように、日本中に広まってしまったということです。 削除
2018/12/9(日) 午後 9:48 学とみ子 返信する
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科学者と言われる人の解説も、ずいぶんまちがっていましね。それだけ、STAP細胞は、特殊でかつ新規だったということです。

ES説で説明ができると言う人は、素人か、思惑を抱えた人です。 削除
2018/12/9(日) 午後 9:49 学とみ子 返信する
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アルイミさんからクレームについて、今回に限りここでもコメントさせて頂きたいと思います(ため息さんのところでは上手くいきませんでした)。承認するかどうかはお任せします。

アルイミさんのツイッターで、B細胞由来iPSのIgH(JH)再構成を調べた論文の図が引用されており、尻尾組織のB細胞混入を否定する根拠とされています。”EcoR1 digest – 3’ JH probe”と記載されており、抽出したゲノムDNAをEcoRIという制限酵素で消化した断片をゲルに流して、”3’ JH probe”を用いたサザンブロットでバンドを検出していると思われます。JH再構成によりEcoRIに認識される配列が消失すると、より大きなサイズの断片が現れるので 、iB-iPS#8のサンブルではGLより大きなサイズのバンドが検出されると考えられます。PCRとは異なり再構成バンドがGLの下流に出るとは限らず、Spleen B cellsのレーンでGLバンドの下流にあるバンドがJH再構成かどうかは、再構成によってEcoRI認識配列がどう変化し、検出されるバンドのサイズがどう変わるかが分からないと判断できません。 削除
2018/12/10(月) 午前 3:24 [ L ] 返信する
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マウスの尻尾を切ると、血が出ます。血液が流れてるので血球の混入は避けられません。よって、抽出したゲノムDNAにB細胞のゲノムが混じるのは間違いないです。問題は、その混入を検出できる感度の実験系を使っているかどうかです。

アルイミさんが引用したサザンブロットの図で最も重要なのは、一番右のレーンで、この検出条件で普通のtail組織から抽出したゲノムDNAを解析すると、GLのみ検出され、JH再構成は検出下限未満である事がわかります。よって、この条件ではコンタミするB細胞由来の再構成は検出されないので、 iB-iPS#8のバンドはコンタミB細胞由来ではないと判断できます。

STAPキメラのTCR解析で欠けているのは、このネガコンです。例えば、ES細胞で作ったキメラのtail組織からゲノムDNAを抽出し、TCR再構成のPCRをかけた場合に、再構成バンドが全く出ない条件をまず決定し、同じ条件でSTAPキメラを解析したならば、T細胞STAPのキメラへの寄与を検討できると思います。このネガコンがなかったから、笹井先生はキメラのTCRデータを論文から外したと、私は思っています。 削除
2018/12/10(月) 午前 3:25 [ L ] 返信する
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サザンブロットとPCRでは、再構成検出感度が異なりますし、PCRでは回すサイクル数など、実験設定毎に感度が異なります。一般論としてPCRの方が感度が高いので、コンタミするBあるいはT細胞の検出リスクはPCRの方が高いと予想されます。この検出限度を実験毎に評価するために、前述のコントロール実験が必要という事です。

尻尾からゲノムDNAを抽出する場合は、直接組織を消化(破壊)するので、細胞を選別することはできません。尻尾の組織に混入する血液細胞を除去したい場合は、 酵素処理など細胞を殺さない方法で組織をバラした後、FACSでCD45陰性細胞をソートする必要がありますが、あまり一般的ではないですね。

アルイミさんのツイッターをちょっとだけ見てみましたが、David Bowieに関するリツイートがありましたね。私はHunky Doryに入っているQuicksandという曲が好きなのですが、そのサビの歌詞より。

Don't believe in yourself, don't deceive with belief
Knowledge comes with death's r 削除
2018/12/10(月) 午前 3:29 [ L ] 返信する

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ため息さん

返答がないので、その可能性を考えてみました。
5項目あります
1.指摘されて、ため息さんが自分の誤読に気づき、恥ずかしさと自己嫌悪感で悶絶した。
2.指摘されても、「三木弁護士のキャッフレーズ説」とか「キメラ説」とかの空想が沸かなかった。
3.指摘されても、相手が「粘着タイプ」ではないので、黙ってやり過ごしたいと思った。
4.ため息さんは、再構(性)と書くほどアッチの方がお好きで、房事過度のため腎虚になった。
5.指摘されていることが理解できなかった。

5.の場合は、ため息先生の資質に疑念が生じるので、もう一度聞いてみます。
先生が自慢の骨董品を見せたところ、A君、B君それぞれが意見を述べた。
A君:先生、この茶碗は割れていますけど、いい茶碗ですね。
B君:先生、この茶碗はいい茶碗ですけど、割れていますね。
さて、先生はどちらの学生を評価するでしょうか?

とここまで書いて、ブロブを覗くと、返答らしきものがあった。
どうやら今回は「グーグル翻訳最強説」らしい。何のこっちゃわからん!
やっぱ、1.の方だと思うな。 削除
2018/12/10(月) 午後 9:07 [ セイヤ ] 返信する
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> セイヤさん

返事を差し上げたのに承認されなかったわけです。返事は
ttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13934&cpage=1#comment-25357
にあります。

セイヤ君の読解力には呆れ返るだけですね。正確な読み方を再学習してください。

Google翻訳のコメント
ttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13934&cpage=1#comment-25355
は、日本語の文章構成が正確だと、正しい英語構文に翻訳してくれます という意味ですよ。わからないの? 削除
2018/12/11(火) 午前 8:17 [ ため息 ] 返信する
> ため息さん

>学とみ子さんの妄想だという考えを否定できるような記事をお願いします。

とうに人間関係が破綻している者同士で、一方が他方に対して、理解できるまで説明せよ!と要求できるものなんですかね?

私の記事の内容に納得できなかったら、それ以上はあなた自らで研鑽するしかないですね。

学とみ子は間違っている!間違っている!と、ご自身のブログに書き連ねれば良い事でしょう。 削除
2018/12/11(火) 午後 2:28 学とみ子 返信する
承認する
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> セイヤさん

Google翻訳について:これだけでは、わからないかとも思うので、説明を加えます。英語に翻訳された Strangely enough, however, it was not written whether the STAP stem cells made from STAP cells or the cells of chimeric mice had genetic rearrangements. を読んでごらん。機械的に読んで英訳しても 遺伝子再構成の有無が書いてない であって、証拠がないではないでしょ。Googleさん程度の読解力がほしいですね。 書いてない は 証拠がない とはちがいますからね。
漢字の誤変換の指摘ありがと、訂正しました。 削除
2018/12/11(火) 午後 5:45 [ ため息 ] 返信する
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学さん、すいません、もう一本だけ、お願いします。アルイミさんへのお返事の続きを、teabreakさんのところに書きました。アルイミさんが気づいてくれないと意味がないので、ここでお伝えさせて下さい。これで、本当に最後です。 削除
2018/12/12(水) 午前 11:06 [ L ] 返信する

> Lさん
今回のコメントは大変、参考になりました。ありがとうございます。
皆さん、Lさんにいろいろ期待しています。

当ブログでなくても、これからもご教授ください。
よろしくお願いいたします。 削除





ため息ブログにおいて、体内時計 さんのコメントがありました。
まずは、紹介をありがとう。
内容は学とみ子には驚くべきものでした。
古田講演終了後の質疑応答で、STAP擁護論も出たと思いますけどね・・・。
議論は、どうだったのでしょうか?

体内時計 の文章は青字です。    
一昨年、古田彩氏が、慶應大学で塾生向けに『STAP戦争:謎の”万能細胞”の正体究明に挑んだ研究者たちの300日』というタイトルで講演(http://www2.st.keio.ac.jp/koza/img/poster57b.pdf)されました。
どのようにしてSTAP細胞の正体が解明されていったのか、わかりやすく纏められています。
また、小保方氏が先に論文撤回に同意したのが、不正が認定されたArticleではなくLetterの方だったのは何故だったのか、について、私はもっと単純に考えていましたが、古田さんのご推測が合っているとすれば、残念ながら極めて悪質だと言わざるを得ません。
時間がなく、文章を引用することはできませんが、ご興味のある方は、「慶應義塾大学学術情報リポジトリ」(
http://koara.lib.keio.ac.jp/xoonips/)に、「STAP」を入力、検索すると読むことができます。

最初の部分は、斜め読みで読み飛ばしましたが、マスコミがSTAP細胞なるものの基本を理解できていなかった背景がわかる内容となっています。

この講演は、2016年ということですが、この頃になると、STAP派の主張も出回るようになっていましたし、事件当時よりねつ造論に対して、いろいろな疑問が出ていました。
ねつ造論は、多くの疑問には一切答えられない説であるにもかかわらず、古田氏は、STAPねつ造論を強く訴える内容となっています。

むしろ、これだけはっきり古田氏に書いていただけると、マスコミがいかにSTAP細胞という新規の細胞のコンセプトを取り違えていたかがよくわかります。

というより、STAP細胞の新規性を取り違えた学者層から、多くの情報をマスコミがもらったという事実です。
マスコミがこれだけ、手の内を見せてしまったのは、驚くべきことです。

レター論文は、アーティクル論文がねつ造なら、必然的に存在できません。
だから、撤回はレターが先でおかしなことはありません。
それを、遠藤氏のNGS解析を無力化させるためにレター論文を先にしたなどとの憶測がなぜ生まれるのか不思議です。
それを本気にするため息氏にもびっくりです。

小保方氏がこの古田文章を読めば、多くの反論をすぐに書き綴れてしまうような内容でしょう。
小保方氏は、この文章を元に、「あの日」第二バージョンを書いても良いのではないでしょうか?
その位、この講演内容は、マスコミの誤解が良く書かれています。

学とみ子は、「問題部分がめだつなあ~」との思いで読み始めましたが、読み進めると、ほとんどが問題ある部分になってる!と感じます。
最初の序文的な部分はあまり意味がありません。
ですから、学とみ子は、最初の部分はほとんど読まず、18頁でまず最初につっかかりました。

18頁4行目、STAP細胞にTCRがあったのに、STAP幹細胞にはないことが、”奇妙なことに”と表現されています。奇妙でも何でもない、細胞はそうした状態であった事実があるだけの話です。
奇妙だとの表現そのものが、生物をよく知らないということなのです。

丹羽氏が、STAP幹細胞にTCRが無いと発表したことに対し、研究界は騒然となったと書かれている。
ここに、学とみ子の最初の大きな、「ええっ」がありました。
騒然となった学者たちは、学者層の一部でしかないと思うからです。
TCRは、T細胞にあるわずかな痕跡との理解の学者たちがいて、そうした人からマスコミは情報をもらったのです。
偏向した学者層がマスコミを支配していたとの事実が伺えます。
この方々は、STAP近縁分野の専門家たちではない人たちでしょう。

実際に、STAP(幹)細胞に、TCRがなかったことは不思議でも何でもありません。
幹細胞までTCRが続かなかった(TCR再構成を持つ細胞はいなくなった)というだけの事実にすぎません。
生き物は、環境に適したものが生き残るという大原則をふまえていない学者たちからのみ、マスコミは情報を得た!という事実があきらかです。


古田講演では、遺伝子発現を解析した遠藤氏が抱いた疑惑についても語られています。
現在尚、遠藤氏が残しているスラドに残る文章は、STAPとESの遺伝子が酷似しているとしていますが、学とみ子は「なるほど」と思える内容です。
FES1とFES2の遺伝子比較をもっと正しくやるようにとの助言があります。
論文で使われた細胞がないと調査委員会の見解や、遺伝子発現を調べていないと、調査委員会に疑問を呈しています。
しかし、古田氏の講演では、遠藤論の到達点とは異っています

STAP細胞は実験のたびに作られます。だから、トリソミーになることもあるし、TCRがないこともあります。
陽性コントロールでTCRバンドが見えたSTAP細胞は、CD45+細胞をさらにT細胞に純化したものです。
一方、TCRバンドを持つSTAP細胞群は、人工培養で消えてしまったのかもしれません。
いづれにしろ、TCRを持つSTAP細胞は、NGSデータに使われなかっただけのことでしょう。
遠藤氏はこの事を理解しています。

TCRに関しては、STAP著者らは、問題が残るデータは論文には書かなかっただけのことなのでしょう。この点については、現在も議論中です。

従来とは違う細胞背景を持つSTAP細胞でしたが、その新規性を理解せず、誤解からくる不信感を持つ学者層がマスコミと一緒に、STAP否定論を日本中に蔓延させてしまいました。

STAPの新規性を理解しない学者層、マスコミ層がSTAP細胞を誤解し、それに基づくねつ造論が拡散し、STAP細胞は消されてしまったのです。
彼らは、一時期、本気で小保方ねつ造を信じたと思います。

2年前に、こうした講演が行われたわけですが、もし、今、古田氏に講演を依頼すれば、同じような論旨の話になるのだろうか?
それでは、科学的には寂しすぎます・・・。えーんえーんえーん

12月5日追加


12頁
「一握りに人たちが自発的に解析をすすめ、理研も無視できなくなって・・・」
と古田氏は講演したようだ。

STAPの撤回は、共著者からの撤回の要請がでたからです。
主宰研究室の実験者が、ここがまずい、ここが違うと言われたら、その論文は存在できません。
マウスの系統はその主宰研究者しか知りません。だれも確かめようがありません。

30頁
「遺伝子は完全に一致することはありません。STRが多数、一致したら同一人物とみなされます。」
と古田氏は講演したようだ。

これはあくまで人の話。若山研究室は世界でも有数の核移植のクローンマウスを研究しているところです。
だからどんなに遺伝子が一致しても、同一性は確かめられません。
遺伝子検査は、高額な公費を使ってやられましたが、STAP調査では意味がありません。
真に大事な遺伝子発現データは公開データがあるにもかかわらず、解析されません。

まだまだ、たくさんありますが、STAPを語るなら、こうしたこともきちんと学生や一般人に説明すべきです。




コメント(25)
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>学とみ子さん

「18頁4行目、STAP細胞にTCRがあったのに、STAP幹細胞にはないことが、”奇妙なことに”と表現されています。奇妙でも何でもない、細胞はそうした状態であった事実があるだけの話です。
奇妙だとの表現そのものが、生物をよく知らないということなのです。」

学とみ子さん。小中高と国語の成績はどうでした?
奇妙なことは、STAP幹細胞、キメラに遺伝子再構成があったかどうかが論文に書いて、データの提示がないことです。STAP幹細胞にTCR再構成なかったことが奇妙なのではないのです。調べたといいつつそのデータがないということが奇妙なんですよ。そう読めませんか?生物をよく知らないとかの問題ではないのですよ。削除
2018/12/5(水) 午前 8:12[ ため息 ]返信する
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学とみ子さん

古田さんの案内
ヒント満載でした。
ありがとうございます。削除
2018/12/5(水) 午前 8:36[ Ooboe ]返信する
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>学とみ子さん

「丹羽氏が、STAP幹細胞にTCRが無いと発表したことに対し、研究界は騒然となったと書かれている。
ここに、学とみ子の最初の大きな、「ええっ」がありました。
騒然となった学者たちは、学者層の一部でしかないと思うからです。」

騒然となった学者たちは、学者層の一部ではなくほとんどの方だと思います。
TCR再構成の意味のわかっている学者=ほとんどの生物学・医学の学者はTCR再構成が 「STAP幹細胞にあった・キメラにあった」という結果の意味が理解できているからです。

STAP細胞は初期化された体細胞でキメラになるという主張の最大といってもいい根拠がTCR再構成がキメラにあるということで、これがあるかのように書かれていたからですね。それが、TCR再構成がSTAP幹細胞になければキメラにTCR再構成が認められるわけがないので、なんじゃこれということになったわけです

「偏向した学者層がマスコミを支配していたとの事実が伺えます。
この方々は、STAP近縁分野の専門家たちではない人たちでしょう。」:
近縁でななくたって理解できます。偏向しているのは学と削除
2018/12/5(水) 午前 8:45[ ため息 ]返信する
> ため息さん
オオーッと感じてしまいました。

>キメラになるという主張の最大といってもいい根拠がTCR再構成がキメラにあるということで、これがあるかのように書かれていたからです


公表されてないデータを科学者層が多く知っていた事実をばらしていませんか?削除
2018/12/5(水) 午前 9:15学とみ子返信する
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訂正です
2018/12/5(水) 午前 8:12 [ ため息 ]
論文に書いて、データの提示がない → 論文に書いてない、データの提示がない

2018/12/5(水) 午前 8:45 [ ため息 ] 。偏向しているのは学と → 偏向しているのは学とみ子さんです。削除
2018/12/5(水) 午前 9:22[ ため息 ]返信する
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> 学とみ子さん

「公表されてないデータを科学者層が多く知っていた事実をばらしていませんか?」
意味不明です。わかりやすく解説していただけませんか?削除
2018/12/5(水) 午前 9:29[ ため息 ]返信する
> ため息さん
「公表されてないキメラTCRデータを、著者以外の科学者層が多く知っていたとの事実を、ため息さんは、このコメントを通じてばらしてしまったのではありませんか?

著者に近い研究者が、仲間たちにキメラTCRをばらしたのでしょうか?」削除
2018/12/5(水) 午前 10:11学とみ子返信する
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学さんへ

https://blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/15782886.html
是非こちらのブログも参考になさってください。

今週の週刊新潮(2014.8.28号)の「『STAP細胞』とは何だったのか?」という科学者、サイエンスライターら5人の「本音座談会」の中から、気になった部分を抜粋しておきます。
※ 5人とは、池田清彦、丸山篤史、榎木英介、竹内薫、緑慎也の各氏です。削除
2018/12/5(水) 午前 10:42[ hidetarou ]返信する
キメラTCRについて、理研内では、どのような評価であったか?第三者にはわかりません。削除
2018/12/5(水) 午前 10:57学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

まだ意味不明です。丁寧に説明してください。

「公表されてないキメラTCRデータを、著者以外の科学者層が多く知っていたとの事実を、ため息さんは、このコメントを通じてばらしてしまったのではありませんか?

「「公表されてないキメラTCRデータを、著者以外の科学者層が多く知っていたとの事実」とはなんでしょ。具体的にその事実を挙げてください。まだ意味不明です。

公表されてないキメラTCRデータとは、石井委員会の中間発表のGel2のことでしょうか? もしそうなら、このデータは一時的に公開されただけで、多くの科学者が知っていたのか、知らなかったのかは当方にわかるわけがありません。どなたかが取ったアーカイブ(魚拓)がありますが周知されていたのかどうかも知りません。

「著者に近い研究者が、仲間たちにキメラTCRをばらした」とは具体的になんでしょ?キメラTCRとはなんでしょ?
論文にないキメラにTCRがあるかもというデータは、上記のGel2 にあるようですけど、これを石井委員会に提示したのは笹井氏と小保方氏ですね。削除
2018/12/5(水) 午前 11:11[ ため息 ]返信する
顔アイコン
> 学とみ子さん

「生き物は、環境に適したものが生き残るという大原則をふまえていない学者たちからのみ、マスコミは情報を得た!という事実があきらかです。」

何回も問い合わせているのですが、学とみ子説ー環境に適したものが生き残るーの根拠となる論文等をお知らせください。TCR再構成のあるT細胞が酸浴で初期化されたわけですが、それでも他の初期化された細胞とは違い、胚盤胞の中で競争に負けて死んでしまうだろうという説の根拠を示してください。TCR再構成のあるT細胞由来iPS細胞は増殖分化できますよ。初期化の質とはなんでしょ?根拠を添えて説明していただきたいのです。

慶応の吉村氏、京大の本庶氏を始めとする科学者達は、TCR再構成のあるT細胞が初期化されたらキメラの体細胞に貢献できるだろうという想定でコメントしています。学とみ子説をふまえた科学者を知りません。ですから「(学とみ子説を)ふまえていない学者たちから[のみ]、マスコミは情報を得」るしかないでしょ。

酸浴で初期化できないから証明はできないし・意味がないわけですけど、妄想と言われたくなかったら学とみ子説を支持する論文をお削除
2018/12/5(水) 午後 1:20[ ため息 ]返信する
> hidetarouさん

この対談は、以前も問題になりましたね。丸山氏は最初良いコメントだったのに押しきられた感があります。酸浴一週間でTCRのある細胞がいても、人工培地で幹細胞になるまでに、いろいろな選択圧がかかりますね。そうした解説をするのがプロですが、それをしていないです。

STAPを支援するとマスコミが取り上げないという状況があったと思います。削除
2018/12/5(水) 午後 3:25学とみ子返信する
> ため息さん
理研内には、ネーチャー論文発表前からキメラのTCRのゲル図がありました、著者たちしか見れませんが、これが著者以外に漏れていたのではないですか?石井委員会の公表より前の話です。

>TCR再構成がSTAP幹細胞になければキメラにTCR再構成が認められるわけがないので、

ここも違いますよ。たまたま8幹細胞にTCRがないということだけで、キメラに使われたのは別細胞でしょう。
キメラのTCRデータは公表されていません。

サイエンスの査読も漏れるし、著者らに不利なことがいろいろあったと思います。削除
2018/12/5(水) 午後 4:00学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

「理研内には、ネーチャー論文発表前からキメラのTCRのゲル図がありました、著者たちしか見れませんが、これが著者以外に漏れていたのではないですか?」

このような発言をする根拠をお示しください。根拠がなければ、妄想ですね。

で、仮に漏れていたら、論文にキメラにTCR再構成があったのごとく書いてあるわけでどのような不都合があるのですか?Gel2はぴったりでは?

「キメラのTCRデータは公表されていません」のになぜ、8つの例ではSTAP幹細胞にTCR再構成の痕跡がなく、キメラに使ったSTAP幹細胞にはあったといえるのですか?これも妄想ですか?

で、"学とみ子説"を支持する論文を教えてちょうだい。削除
2018/12/5(水) 午後 4:16[ ため息 ]返信する
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> 学とみ子さん

コメント 2018/12/5(水) 午前 8:12 [ ため息 ] に対するご返事は?
小中高と国語の成績はよかったんでしょうね。
そしたら、学とみ子さんが読み違えたという当方の指摘はどうなんでしょ?
揚げ足取りではないですよ。学とみ子さんの日頃の偏見の結果がよく出ていることを示しているつもりですよ。削除
2018/12/5(水) 午後 4:29[ ため息 ]返信する
> ため息さん
どうぞ、学とみ子に対して、たくさん偏見を吹聴してください。

それにしても古田講演要旨はつっこみ向きに書けています。

野依理事長の研究自体が虚構と言われたとの件でも、
[CDB挙げて研究者たちが捏造研究に協力したって言いたいのか?そんなはずないだろう!]と野依理事長は本当はいいたかったのではないか----と学とみ子には聞こえますけどね。

STAP細胞を再生医療に使うには、毎回新生児マウスを殺さなければならない!とか古田氏は言ってます。
人の医療に新生児マウスなんて必要ないでしょう。それを何にどう使うの?

人の細胞を酸浴させ、どのような生体環境を整えるとSTAPが多能性の役割を果たせるのか?将来研究に繋げる可能性など古田氏は全く語れてないですね。削除
2018/12/5(水) 午後 5:23学とみ子返信する
oTakeさん、
>キメラマウスや STAP 幹細胞は調べたのに結果を載せてない”ことを奇妙だと仰っているのは明らかですよね。

彼女は結果が無いことをいっているのではないです。幹細胞にもキメラにもTCRがなくてはいけないとマスコミは言い続け、捏造の論拠にしています。

論文メソッドに方法が書いてあるだけで、TCRの結果が本文に書かれていなければ、読者は諦めるのが普通でしょう。

すべての裁量権は著者にあり、読者は受けるだけです。それをしつこく、結果をごまかしたとそちらで話題にしてます。

oTakeさん、皆さんを注意してください❗️削除
2018/12/5(水) 午後 6:39学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

「彼女は結果が無いことをいっているのではないです。幹細胞にもキメラにもTCRがなくてはいけないとマスコミは言い続け、捏造の論拠にしています。」

古田氏の文書のどこに、そんなことが書いてあるのでしょうか?
学とみ子さんの頭の中に書いてあるのならわかりますけど。

誰が読んでも古田氏は結果の記載がないことを奇妙だといっています。

さて、著述家の渋谷さんを始めとする擁護の方々はどう思います?セイヤさん、xyzさん、国語の問題さん、mjもんた どう思います?削除
2018/12/5(水) 午後 6:54[ ため息 ]返信する
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追伸

Ooboeさん、指名に欠けていました。すみません。この古田氏の文書、どう思います?結果がないのが奇妙だとしか読み取れないと思うのですけど。

「結果をごまかした」と指摘しているのは本庶氏(ttps://www.mbsj.jp/admins/committee/ethics/20140704/20140709_comment_honjo.pdf)もです。削除
2018/12/5(水) 午後 7:05[ ため息 ]返信する
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511 名前:名無しゲノムのクローンさん 2018/12/05(水) 20:25:50.29 ID:POTNdxX00
学が古田氏が言っても無いことを言ったことにして古田氏をけなしているけど、これって名誉毀損だよね。

古田氏はマウスレベルの研究の話をしているのに、学は一足飛びに人間のSTAP細胞による再生医療の話に持っていってる。
そんなわけ無いだろ。削除
2018/12/5(水) 午後 8:29[ 5ちゃん ]返信する
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> 5ちゃんさん
これはあなたのコメントなの?それともコピーなの?
コピーコメント止めてと言ったよね。
まあ、5ちゃんならどうでもいいか?

>古田氏はマウスレベルの研究の話をしているのに、

マウスの研究の話ですか?へえ~
見当はずれなこと言っちゃって・・・。

古田氏らは、プロのマスコミなのよ。売れることが価値観なの。小保方氏がねつ造したと書いたから売れたし、賞ももらえたのよ。
マウスの話だったら、マスコミが食いつくはずないじゃあないの?

だから、古田氏は本気で赤ちゃんマウスを酸浴して人の再生医療に利用することを想像したと思うわね。

他人をねつ造者扱いしたら、その人もねつ造扱いされた時に反論できないという社会的判断がでたと思うけどどね・・・。

古田氏は、小保方氏がねつ造した(確定されていない事実)と書いているのだから、古田氏の判断が間違っていると反論されてもしかたないじゃあないの?削除
2018/12/5(水) 午後 10:08学とみ子返信する
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>>コピーコメント止めてと言ったよね。

ため息ブログのコメンテータのコメントをコピペしまくってる人間がよく言うわw削除
2018/12/5(水) 午後 10:28[ 笑うしかない ]返信する
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> 学とみ子さん

「彼女(古田氏)は結果が無いことを」奇妙だと行っています。違った解釈をしているのは学とみ子さんだけです。
ほかの擁護の方々(渋谷、セイヤ、xy、Ooboe,mjもんた、国語の問題 さん等)はどう思うのでしょうか?
自分の仲間でも誤りは誤りと指摘してあげるのが、ホントの仲間でしょ?

「古田氏は、小保方氏がねつ造した(確定されていない事実)」:
4件が不正と確定した事実です。増殖グラフ、メチル化は御本人が捏造と認めています。でたらめを書かないように。

「マウスの話だったら、マスコミが食いつくはずないじゃあないの?
」:
マウスでもマスコミは食いつきました。削除
2018/12/6(木) 午前 11:54[ ため息 ]返信する
oTakeさん、

そちらで、学とみ子解説係、ありがとうございます。
ため息の勘違いや理解の行き違いにつき、ご解説いただいています。

ため息氏が食らいついてくる疑問点
が、学とみ子の言わんとする事と違う事があります。
えっ、(ため息氏が)問題にしてるのはそこなの?とかの行き違いですね。

でも、以下のあなたのコメントには
反論します。

>“STAP 幹細胞”のことが念頭にあるのは明らかです。
その文意を読み取れず、

oTakeさん、ここは読み取れるとかの問題ではないですね。
一般向けに書かれた日本語ですから、誰でも読み取れます。

古田氏は、新生児マウスと再生医療の関連をイメージしたのは間違いないでしょう。酸浴実験は、人の細胞にすぐ応用できるのではないか?が期待されたんですよ。実験的に、マウスの細胞で代用しただけの事です。

古田氏がその先に幹細胞の話に繋げたとしても、彼女の発想がいかにも貧相だということです。削除
2018/12/6(木) 午後 1:11学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

oTakeさん曰く(ttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13934&cpage=1#comment-24764)
「古田さんは“STAP 細胞のものは載せてあるのに、キメラマウスや STAP 幹細胞は調べたのに結果を載せてない”ことを奇妙だと仰っているのは明らかですよね。」

ため息曰く(2018/12/5(水) 午前 8:12 [ ため息 ])「奇妙なことは、STAP幹細胞、キメラに遺伝子再構成があったかどうかが論文に書いてない、データの提示がないことです。」

学とみ子曰く(2018/12/5(水) 午後 6:39 学とみ子)「彼女は結果が無いことをいっているのではないです。幹細胞にもキメラにもTCRがなくてはいけないとマスコミは言い続け、捏造の論拠にしています。」
こんなこと古田文書のどこに書いてあるのでしょ?。

というわけでoTakeさんとため息(他の方々も)の日本語の読み取りは一致しています。一致していないのは学とみ子さんだけです。
当方の勘違いとはなんでしょ?削除
2018/12/6(木) 午後 3:28[ ため息 ]返信する

STAP細胞の新規性が十分に解説される間もなく、激しいSTAP攻撃が始まってしまったと、当ブログにかいています。

そして、その新規性が多くの研究者層に警戒感を持たせました。
多能性細胞専門領域の研究者たちの疑惑と不快感をつのらせ、彼らはSTAP細胞に対する疑問と抗議を噴出させました。

日夜、苦労して多能性細胞を生み出すための遺伝子挿入実験を繰り返している科学者にとって、冗談じゃない!と言いたくなるようなSTAP細胞登場だったのではないか?と思います。

しかし、専門分野の研究者にとっては、STAP細胞は、ES細胞とは違う、iPS細胞とも違うということは良くわかっていたと思います。

ES細胞は、多能性を維持したまま増殖できるという人工的に誘導された細胞です。
一方、STAP細胞は、細胞自らの持つ機能を人工的に引き出すとのコンセプトです。
人工的な酸浴環境をつくり、多能性を引き出す細胞変化の実験です。
STAP細胞が、自己増殖できないというところは、ES細胞とは全く違います。
細胞に起きている変化は、各多能性細胞間で、相当に異なると思います。

(若山氏は、増殖できないSTAP細胞を幹細胞化させましたが、今回エントリー記事ではここに触れません)

STAP細胞は、ES細胞や受精卵類似の多能性を持つ性質を持つとされました。
受精卵は全能性を持ち、分化能と増殖能は同時進行で進みます。

ES細胞は人工的細胞で, 一方、受精卵は自然にある状態です。そして、STAP細胞はどちらにも属せず、新しい細胞能力ですが、3者に共通するのは、生体にするには子宮環境を必要とすることです。分化増殖を進ませるためには、子宮内という環境が必須です。
子宮内の降り注ぐ増殖因子、分化因子が必要です。

多種多様な増殖因子、分化因子は、母胎のサポートを受けながら、細胞自らで作っていきます。
この新規的なコンセプトのSTAP細胞への熱狂は、1週間位で終わり、後は疑惑疑惑の連続でした。

マスコミのサイエンス担当者も、「ジュースに漬けるだけで、万能細胞が作れるって!おかしなこと言うなよ、ねつ造じゃあーないのか?」そうした感を持ったと、当ブログで尾関氏の弁を紹介しています。

さらに、専門領域の研究者層だけでなく、他の領域の研究者層も、STAP細胞に疑惑を募らせたようです。いろいろな異分野領域の研究者を怒らせたようでした。

そうした他分野の研究者の弁は、今も科学未来館ブログで読めます。
科学未来館に書き込まれたコメントで、“ともさん”の疑問と不信感が良くでています。青字
最初から、STAP細胞を疑いの目で見たと言っています。
そうした疑問に、ていねいに吉村氏が返答されています。
何度も引用されていますが、大事な部分です。
吉村氏は、ほぼ1個程度の元T細胞の体細胞への寄与を前提としている点にご注目ください。
http://blog.miraikan.jst.go.jp/topics/20140317stap-2.html

>最初に論文を読みながら違和感を感じたのが、キメラマウスに使った細胞(cag-gfp)と、STAP細胞(Oct4-gfp)が違っている点でした。GFPを目安に実験する手軽さについつい流されがちですが、キメラマウスでTCRの再構成を確認していない点は、レフリーが指摘していないのかな、と不思議でした。レフリーの意見を無視して、natureのエディターが掲載した可能性も高いですが、こんな実験はPCRを一回やるだけだし、なんでやってないんだ?、と思いました。慶應の吉村先生のブログを見て、その考えが間違ってないんだなー、とちょっと嬉しかったり。
そのうち、TCRのPCRの写真で切り貼りが発覚して、ああ、こりゃダメだと思い、もう疑いの目でしか見られません。今となってはキメラに使ったのがSTAP細胞に由来するものじゃないんだろう、と思っています。

>もとさんの『一つの細胞から分化した細胞ならTCR再構成で見えるバンドは1つ(または2つ?)のはずなので、こんなにいっぱいバンドが見えるのが何故かは私にはさっぱり判りません。』は完全に正しい推論です。胚盤胞に入れられる細胞はせいぜい20個でそのうちマウス組織になるのは数個なので、この方法で見れるバンドはせいぜい1本です。この2Nキメラの解析結果が不自然であることを理研の先生たちは理解しているからこの図をもって『キメラにTCR再構成がある』と言わないのだろうと思います。

ため息ブログでは、理研の石井委員会の当初でていたキメラTCRデータが、2回目ではなくなっていたとの話題で盛り上がっています。

あちらには、Lさんもいらしているので、学とみ子は“およびで出ない!”のは明らかです。
学とみ子としましては、ため息ブログに出品された第1級の貴重な情報提出に、まずはお礼を言いたいです。
体内時計さんの魚拓情報提出もありがとうございます。

学とみ子にとって、特許の図20が見れたこと、又、石井委員会で当初公開されたとされるTCRのゲルのTCRラダー図を見れたのはとても感慨深いです。

石井委員会で当初公開されたとされるTCRゲル2のレーン、27,28,29で、キメラサンプルがリンパ球系の細胞と似たようなTCRパターンを示しているように見えますが、これがなぜ、当時、もっと話題にならなかったのか不思議です。

もちろん、魚拓がとられていることから、意識の高い方がいらしたからこそ、今、それが見れるわけですね。

このゲル図キメラTCRは、その後に理研が公開を中止し、問題点としてキメラTCRを論じることを理研は止めたということでしょう。
このデータを誰がどう判断して公開を止めたのか?とても大事ですね。
あちらの方も、その懸念を表明されてます。

そして、意味の少ないと思えるリンパ球の切り貼りだけを石井委員会は問題にしたのですね。
肩すかしのように・・・。
リンパ球は、ソートしていても、ソートしていなくても、あまりデータ上は変化がなかったということでしょう。
いづれにしろ、STAP細胞の陽性コントロールなので、ここを話題にしても意味ないです。

特許の図20には、キメラ♯1が載っています。
このゲル図を提出したのは誰か?

又、石井委員会の発表で、TCRのラダー図を公開してしまったのはだれ?
小保方氏、笹井氏、丹羽氏のSTAP派はどう関与したのか?むしろ、STAP派は、TCRの公開を中止した方ではないのか?
TCRのラベルを貼り間違えたら大変!となる事を知らない人でないと、このミスは起こさないでしょう。

STAP派は、ネーチャー論文には、問題があったキメラのTCRを載せない合意があったと思います。学とみ子の勝手な予想ですが、STAP派がTCR図を調査委員会に提出するとは思えないのですが・・・。

他の方の意見は、小保方氏がゲル図をねつ造したとつなげていくのでしょうか?
学とみ子は、そうは想像しませんけど・・・。それで何か?

そして、下記に示した特許図の図20では、Lさんが問題点を指摘されています。

キメラ♯1だけ、他のキメラとTCRパターンが違っていて、これはラベル貼りのミスなのではないか?と学とみ子は考えました。
ここも、とても大事な部分ですね。

他のキメラTCRは,、確かにホストマウスのコンタミ風に見えます。
キメラ体細胞サンプルではTCRは不鮮明になるはずが、キメラ♯1だけ違います。
もう少し、キメラ♯1とラベルされたサンプルについて、いろいろな方のご意見を聞きたいです。
小保方氏のさらなるねつ造との指摘がある一方で、ES派が追及される弱点になるかもしれませんよ。

それでは貴重な情報となりましたため息氏のブログをコピペさせていただきました。茶字
TCRβ鎖再編成解析を示す図 http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13881#comments
審査書類情報照会の特許出願番号に 2017-501108 を入れて 「照会」 ボタンをクリックする。
2. 2016/11/11 :国際出願翻訳文提出書
—-/–/– :明細書
—-/–/– :配列表
—-/–/– :請求の範囲
—-/–/– :要約書
—-/–/– :図面
が出てくるから。
明細書 をクリックする。【図面の簡単な説明】【0006】に、
「 【図20】SACおよびCD45+細胞由来のSACから誘導されたキメラマウスのTCRβ鎖再編成解析を示す図である。2Nキメラマウス#1、#2、#3、#5、#6、#7、#8および#9に再編成DNAの発現がみられた。」とある。
SAC とは明細書の【0180】に「ストレス変化幹細胞(Stress Altered Stem Cel(SASCまたはSAC)と呼ぶ。」とあるから酸浴して生き延びた凝集した細胞群=STAP細胞から作成した幹細胞=STAP幹細胞のことでしょうね。
図面をクリックし、図20をスクロールして探す、
イメージ 1






顔アイコンコメント(36)
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https://www.j-platpat.inpit.go.jp/web/tokujitsu/pfwj/BTmPFWJ_GM402GetContentsAction.action
ヴァカンティ教授と小島医師が発明人のもう一つのスタップ関連の特許
特許願2017-501108
タイトル
多能性細胞に関連する方法削除
2018/11/30(金) 午後 10:40[ hidetarou ]返信する
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学さんへ
ティブレークさんのブログも参考にしてください。
https://blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/18082069.html削除
2018/11/30(金) 午後 10:55[ hidetarou ]返信する
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学さんへ
この記事の内容と関連すると思いますか。
http://saigaijyouhou.com/blog-entry-2206.html削除
2018/11/30(金) 午後 11:06[ hidetarou ]返信する
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> hidetarouさん
情報をありがとうございました。
いろいろな可能性が考えられますね。

結局、各実験の責任者をきちんと特定する作業を理研はしなかったことが問題でしょうね。闇が深いです。削除
2018/12/1(土) 午前 6:57学とみ子返信する
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お昼の続きです。

Lさんがアチラでコメントなさってる
とのことで、閲覧しました。

Lさんによると

>SACと Stap Clusterは同義で
>(細胞塊をそのままピックアップして
ゲノムDNA抽出したサンプル) と
考えます

>Sorted Oct4+は光っている細胞塊
を集めて、一回シンプルセルにした後
FACSでGFP高発現細胞をソートして
ゲノムDNA抽出したサンプルと思われます。
(ソートがきちんと行っていればsorted Oct4サンプルは初期化された細胞が高純度で集められたものと解釈が
可能です)

とご説明されてます。

そして、♯1に注目されてます。削除
2018/12/1(土) 午後 7:39[ Ooboe ]返信する
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Lさんによりますと、

>FACSソート作業が
きちんと出来ていたなら。と
但し書きがあります。

小保方さんの不慣れな
FACSソート作業による♯1は
信頼おけないようです。

私は、小保方さんには、作法不適切や
ミス、見栄え加工があっても、
悪意の加工などなさらない方と
素直に小保方さんを信んじていますから

このゲル図はそのままに受け止めて
います。削除
2018/12/1(土) 午後 7:54[ Ooboe ]返信する
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> Ooboeさん

毎回、STAP細胞をつくるたび、細胞凝集塊を構成する細胞成分が異なります。つくるたびに、違う種類の細胞が異なる構成成分で凝集塊を形成するのでしょう。

FACSでソートしているのは、CD45の血液細胞の方です。

2Nキメラの方は、尻尾細胞をどのように処理したからはわかりません。図20のキメラの場合のTCRラダーの形が違う原因として、異なるマウスだからと思います。

♯1キメラのゲル図は、♯2~9のキメラとはTCRが異なります。
♯1キメラのゲル図は、GLが薄く、TCRラダーが出ています。ラベルミスか?の可能性を考えました。。

尻尾に流入したホストマウス由来T細胞が持つTCRパターンが違う結果、ラダーの形に変化がおきるのだと思います。

ただし、この方法では、キメラ尻尾の構成細胞の一部に元T細胞が寄与しても、ゲル図ではわかりません。

尻尾細胞DNAサンプルから、ホストマウス由来、母体マウス由来TCRを排除する方法は現実的でないと思います。削除
2018/12/1(土) 午後 8:11学とみ子返信する
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> Ooboeさん

>♯1はラベル張り付けミスでは、?とのことですが
いろいろな推論の中のひとつにすぎません。

小保方氏は、リバイスの時に、笹井氏や丹羽氏と有用な議論した様子が「あの日」第6章に書かれています。当然、議論の末、TCRの実験を除くことになったと思うのですが、削除の理由は知っていると思います。

もし、キメラのTCRが陽性なら、それが論文に採用されない理由については、すべて想像でしょう。

次なる論文の主題を予定していた?とか、事情を知らない人が調査委員会に間違って?提出してしまったとか、いろいろ可能性はあります。この時の理研では、なんでもありの状態だったのではないでしょうか?

いづれにしろ、キメラTCR削除までの経緯の詳細は不明です。

キメラTCRの載ったゲル図を、小保方氏が間違って調査委員会に提出したというのは考えにくいように思います。削除
2018/12/1(土) 午後 10:02学とみ子返信する
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>♯1はソート作業が的確だった試料?
♯2、3、4、5、6は
ホスト細胞が混ざってしまった試料?
♯7、8、9、は
まずまずの良好結果?

TCRは増幅されていて、ホスト細胞由来のTCRを取り除けません。この実験では、どちらのマウスDNA由来のTCRをみているのかはわかりません。

尻尾に元T細胞由来の体細胞が増えていれば、そのT細胞由来のTCRも増えているので、はっきりバンドが出ることになります。

♯2-9のTCRのパターンでは、はっきりしたバンドがなくぼけているので、ホストマウス由来のTCRだろうということになります。削除
2018/12/1(土) 午後 10:26学とみ子返信する
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学とみ子さん

学さんが案内された「ため息プログ」に
Lさんがコメントなさっておられるとの
ことで閲覧してきました。

引用
>個人的には、Stap由来2Nキメラの
♯1 が興味を引きます。
これが本当にtailtipのサンプルだとすると
血球混入では説明できないレベルのTCR
rearrangeが見られる事になります。
T細胞由来Stapがキメラに貢献した
証拠になり得るので
このキメラは徹底的に解析すべし

と、ありました。

続きます。削除
2018/12/2(日) 午前 8:50[ Ooboe ]返信する
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Lさんコメント引用です。が

SAC と Stap Clusterは同義
(細胞塊をそのままピックアップしてゲノムDNA抽出したサンプル)と考えます

”sorted Oct4+“は
光っている細胞塊を集めて、
一回シンプルセルにした後
FACSでGFP高発現細胞をソートして
ゲノムDNA抽出したサンプルと思われます。

ソートがきちんと行われていれば
sorted Oct4+サンプルは
初期化された細胞が高純度で
集められたものと解釈可能です。

Lさんは♯1を
このように考察されています。削除
2018/12/2(日) 午前 9:03[ Ooboe ]返信する
> Ooboeさん

>擁護派よりとても熱心に小保方Stap否定論陣を続けています。

学とみ子は、STAP事件の背景となる人の心に興味を持ちます。ES混入論の背景となる人の心です。そこだけ見れば、なるほどと思える事が多いと思います。いろいろな立場の人の不公平感が強かったと思います。

だから、STAP派、ES派の皆さん、自説にこだわります。

もちろん、真実追及への興味もあると思います。

なぜ、キメラのTCRは陽の目を見ることができなかったのでしょうか? 小保方氏が怪しいが真実はわからないとの落しどころで、関係者たちは合意したのでしょうか?削除
2018/12/2(日) 午後 4:21学とみ子返信する
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あちらのブログでは、以下のコメントありました。

>軒下管理人 2018年11月29日 7:58 PM
トホホなかーま(笑)。
ここまで来ましたので、トコトンお付き合いさせていただきます。

トホホなかーま(笑)の意味がわかりません。
トホホ仲間の意味ですか?ため息氏と関係しますか?
ため息氏が、わざわざ、理研が見せたくなかったキメラのTCRを話題にしてしまったことを言っていますか?
この想像、間違っていたらすみません。
貴殿からの情報提供を期待しますので、おつきあいをよろしくお願いいたします。

このキメラのTCRは、理研にとって出してはいけないものだったのですよね?次の論文だったりしたのでしょうか?

oTakeさんは以下のように言っています。
>(3) 調査委員会に“小保方氏の TCR 遺伝子再構成の実験結果(PCR)”として提出されたもの(例のGel1 & 2)

(例のGel1 & 2)は、キメラのTCRが出ていることをよくわからない人(小保方氏以外の人が無断で?)が、調査委員会にうっかり提出してしまったのではないですか?削除
2018/12/2(日) 午後 8:40学とみ子返信する
>調査委員会は調査資料として Gel1 & 2 の写真図を公開した。ところが小保方氏が『未発表のデータまで公開されている!』と委員会にクレーム付けたわけだ。

調査委員会に、小保方氏が提出したと言うなら、ゲル2の結果について、その時、小保方氏と委員の間でなぜ議論が起きないのでしょうか?つまり、公開してはいけない❗️と。

この議論は公開されなくとも、不正調査の一部と思います。調査委員会もプロなのだから、論文に無い新知見を公開してはいけない事は知っているはずです。削除
2018/12/3(月) 午前 8:20学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

Gel1, Gel2 は小保方氏から石井委員会に提出されたと、委員長が明言しています。
ttps://www.youtube.com/watch?v=RVp-Rn1ICWM
1:33:00 〜
レーン3が切り貼りであることのみ議論していたので、そして、どのような生データを使ったのかが焦点だったので、信頼性を保つために生データをそのまま公開したんでしょ。小保方氏から抗議があったので一部のみ公開に変更しただけで、この手続・操作になにか疑問があるのでしょうか?削除
2018/12/3(月) 午前 9:29[ ため息 ]返信する
> ため息さん
キメラのTCRの入ったデータを公開したのは問題あります。プロなんだから。

プロがこうした事をすると、一般人の誤解を煽ります。実際、そうなりました。小保方氏からの要請受け入れが遅れたと思います。削除
2018/12/3(月) 午前 9:50学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

「キメラのTCRの入ったデータを公開したのは問題あります。プロなんだから。...一般人の誤解を煽」る。

はて、どんな誤解を煽ったのでしょうか?データを提示しないから、少ない生データから皆さんが色々推定するだけでしょ。

公開したのは石井委員会の誤りだったかもしれません。だから訂正したのでしょう。この点を非難するのは結構ですが、キメラにTCR再構成があったかもしれないという生データは、STAP現象があったという主張に結びつくものですから、擁護の方々には嬉しい間違いでは?

さて、このキメラにTCR再構成の痕跡があったらしいというGelの図と特許の図と、キメラの前段階であるSTAP幹細胞でTCR再構成を調べたら、最初はあったという報告だったが、その後、再現できなかったという小保方氏の証言(桂委員会報告書p27)をどのように、学とみ子さんは解釈するのでしょうか?削除
2018/12/3(月) 午前 10:19[ ため息 ]返信する
>4N キメラマウスのものはかなり薄い等 TCR 遺伝子再構成が見られたとするには問題点があるので論文には含めていない

4N キメラマウスでも出ると言うことは母(仮親)由来のDNA断端ではないのか?つまり、この検査方法の精度の限界でしょうか?削除
2018/12/4(火) 午前 9:32学とみ子返信する
人の体の皮膚一部、例えば背中に、毛が濃い部分がある人がいます。そこは、他の普通の毛の部分とは、毛を濃くする遺伝子発現が異なり、毛が濃くなるのでしょう。皮膚のキメラとも言えそうーー----。
所詮、動物は気まぐれです。

人はとっさにおもしろい事を言ったりするものです。
背中の毛は、頭の毛が薄くなるのと平行して薄くなってしまったとの事でした。削除
2018/12/4(火) 午前 9:47学とみ子返信する

TCRβ鎖再編成解析を示す図

審査書類情報照会の特許出願番号に 2017-501108 を入れて 「照会」 ボタンをクリックする。
2. 2016/11/11 :国際出願翻訳文提出書
—-/–/– :明細書
—-/–/– :配列表
—-/–/– :請求の範囲
—-/–/– :要約書
—-/–/– :図面
が出てくるから。
明細書 をクリックする。【図面の簡単な説明】【0006】に、
「 【図20】SACおよびCD45+細胞由来のSACから誘導されたキメラマウスのTCRβ鎖再編成解析を示す図である。2Nキメラマウス#1、#2、#3、#5、#6、#7、#8および#9に再編成DNAの発現がみられた。」とある。
SAC とは明細書の【0180】に「ストレス変化幹細胞(Stress Altered Stem Cel(SASCまたはSAC)と呼ぶ。」とあるから酸浴して生き延びた凝集した細胞群=STAP細胞から作成した幹細胞=STAP幹細胞のことでしょうね。
図面をクリックし、図20をスクロールして探す、
イメージ 1


STAP細胞由来のキメラ動物#1〜#9でTCR再構成があったことを示している。この記事のタイトルに再編成とあるのは申請書にあるからですよ。
学とみ子さん、何故この図が論文にないのでしょ?
[ 追伸 ] 2018.11.30 10:05
2018/11/30(金) 午前 8:24 学とみ子
勉強させてもらってます。この先、当該記事を消さないようくれぐれももお願いしたいと思います。
とのご返事をいただきました。このあとの応答に期待します。しかし、消
ため息ブログでは、でたらめ情報(学とみ子ブログ)を信じる人を増やさないようにと、心していくとの書き込みがあります。

軒下管理人  2018年11月27日 6:57 AM  
・・・デマを広めないためです。同調者を増やさないためです。それに尽きます。
誤った情報が広まる前に、徹底的に潰す必要があるのです。それをしないと、2年前までの状況が復活してしまいます。

学とみ子はアクセス数もさほど多いわけではなく、影響力も少ないでしょうけど、アンチSTAPの方々には何らかの脅威なのでしょうか?

当ブログの読者層の年齢は、以前は60代が半分以上であったのが、最近は50代が一番多く、次が40代と60代がほぼ同数、30代、20代も増えてきています。

性別は男性が6-7割です。
男性は、STAP事件に科学心をくすぐられ、かつ、権力抗争ストリーの人間ドラマに興味を感じるのかもしれません。

STAP事件は、科学知識を学べる一方で、権力抗争を疑わせるドラマ的側面があります。
超一流の秀才同士がしのぎをけずる業界で犠牲者が出たこと、研究不正の名の調査により女性の名誉が奪い取られ、渦中にある女性を擁護したい方も、当ブログにいらっしゃるのかもしれません。

相棒などのドラマが長い間人気を博しているのも、科学捜査の魅力に加え、権力抗争などの人間ドラマがからむおもしろさがあるためでしょう。

STAP事件は、科学心への刺激、権力抗争、権力を持たない者への応援、など、人間ドラマの要素に満ちています。

アンチSTAPの方々は、学とみ子がここで書いている内容はでたらめと前提していますので、やはり彼らは何かを守ろうとする特別のミッションを持つ人たちの集まりでしょう。

学とみ子は当然、でたらめを書いているつもりはありません。
専門知識を持ち、情報を発信すべき科学者層が沈黙を守っているため、学とみ子は、非専門分野にもかかわらず、日夜、STAP事件を書いています。

昨日、エントリー記事について、誤解のないように、今日はここに書き足します。

“STAPあるべき論”とは、造語なのですが、この論の意味するところは、「達成不可能な能力を過剰にSTAP細胞に求める考え方」の意味です。

アンチSTAP論者さんたちがSTAP細胞に要求した内容は、高い達成度であったことを指摘しています。

一般的に、細胞を酸に接触させるというのは、がん細胞研究の一部でやられ、初期化をターゲットにした酸浴データはありませんでした。
しかし、酸に接した細胞では、初期化マーカーを出すことから、初期化研究につながりました。

細胞学者であれば、酸浴により、細胞レベルでの変化について想像するかもしれません。
常識的な初期化の状態を、細胞学者は想像するでしょう。
酸浴後に初期化マーカーが出たとしても、酸浴直後の細胞が、まるっきり別の細胞に変化してしまうとは考えないと思います。

しかし、STAP細胞が発表になった時、細胞学者たちは想像を超えるレベルの初期化を要求したのです。
STAP細胞がそんなにすごいならなんでもできるはず!との論調になったのです。
分子生物学会は、最初から不正ありきの追及となりました。

アンチSTAPとなった人たちは、STAP細胞の能力を一般的な想像より高いところまで要求しました。
STAP事件がこうした特異的な経過をたどった事は、今後も、議論すべきポイントではないかと感じています。

STAP細胞は過剰なる期待をなぜ負わされたのでしょうか?
STAP細胞の作製の過程が従来のものと全く異なり、一見、簡単そうな印象で、ES細胞並みの臓器形成が論文で示されたからと思います。
さらに、幹細胞変化においても、従来の人工培地で継代するだけで、多能性と増殖能も達成できました。

こうした論文内容が、競合する研究分野の人たちを刺激し、そして、結局は怒らせたのではないか?と思います。
手技が簡単で、なおかつ、初期化達成度が高い!そんなものあるのか?!と・・・。
こうした不信感が、STAPの高い要求度の背景になったと思います。
組織において、同時進行で起きていた人間ドラマの関与も否定できません。

毎日、苦労してiPS細胞作製に取り組んでいる科学者たちにとっては、STAPの登場は不快だったかもしれません。
さらに研究層の人たちにとっては、将来、研究予算などのお金の分配問題もからみます。

しかし、ここまでは、一般的な競争社会に生きる科学エリートたちの感情だと思いました。
しかし、その後の出来事は異常だったと思います。

STAP-ESねつ造論がすぐに出回り、小保方氏はES細胞を混ぜた人として激しい追及を受けました。

もともと、STAP論文発表前から、内外にその火種がありました。
いろいろ別の理由で、アンチSTAPの準備状態はあったようです。

元々、ハーバード大学では、臨床系の細胞学教室であるバカンティ研に対して、基礎学者たちは対応意識を燃やしていたでしょうし、古い戦前からの組織である理研においては、上層に対する不満層が点検作業に励んでいたのでしょう。

しかし、そうしたことをさしおいても、疑惑ばかりが先行した結果、STAP細胞の新規現象への理解が得られなくなってしまいました。

STAP細胞は自律的な増殖能は持たない、しかし、初期化遺伝子発現をする、こうした細胞を胚盤胞に入れたらキメラができた!の事実が社会に受け入れられたのはほんの数日でした。

アンチSTAPの方々は、証拠なくキメラは偽物と言います。
学とみ子は、実験者たちが証言したことは真実であるとの性善説に基づきます。

キメラができたのは、胚という特殊な生体条件が、STAP細胞増殖に貢献したと考えます。
分割卵細胞同士は接触してお互いの分化増殖を支え合います。
多数の増殖因子も分泌されます。

こうした分化増殖のメカニズムはまだ、十分には解明されていませんが、多くの刺激物質がSTAP細胞に降り注がれ、再生能力が高い酸浴細胞がキメラを形成しました。クローン化された特殊な人工的マウス由来細胞だけ、特殊な反応となるかもしれません。

STAP論者さんは、注入前にT細胞に純化した後、酸浴させていたとおっしゃっています。
このT細胞に純化した細胞からはキメラはできなかったのでしょう。CD45細胞の一部に酸浴刺激に反応する細胞がいたのです。それが何か?は、次の論文で知りたいと、科学者層が期待するのが、従来の反応です。

丹羽先生による検証実験で、肝細胞を用いたATP酸浴後細胞の中から巨細胞が出現した結果をおもいだしてください。
何かの起源の細胞(もしかすると一部に分化能を残した細胞)が、巨細胞変化をしました。
この実験はこれで中止しましたが、酸浴により分化能が呼び戻された細胞が巨細胞化して、キメラを作った可能性があります。

これについては、以前、Lさんが丹羽先生の実験の巨細胞は、肝細胞以外の細胞であるだろうと言っています。
STAP、STAP幹細胞の初期化遺伝子発現を合わせ考えると、STAP細胞にはキメラ形成能を有している可能性は十分にあります。

但し、新規実験では、どの時点においても、実験のミスはあり得ますが、不正ではありません。

STAP細胞に要求された高い要求度の最たるものが、元T細胞によるキメラ体細胞への寄与でした。

学とみ子は、元T細胞が体細胞になるのは難しいと従来から言っています。
STAP論者さんは、元T細胞からキメラ体細胞になるに不利はないとおっしゃっています。
他の科学者の方も、元T細胞からキメラ体細胞になる無理ではないとおっしゃっています。

STAPライバル研究者は、STAPに対する高い要求性があると思います。
STAP細胞に対する批判の一部と思われます。
しかし、だれもやったことがない実験だからこそで、答えは無いです。

T細胞はキメラ構成に不利ではない場合でも、体細胞になれた元T細胞に、D2J2部分の再構成をサザンブロッティングやPCR増幅でTCRバンドが証明できるとは限りません。

ヤッパリ氏は、TCR再構成とは、30億塩基対の内のVDjunctionの部分の数百の塩基対が欠損しただけのことだと言っているので、TCRを理解しているとは思えないです。

吉村氏は、
「D2J2のプライマーでPCRを行う程度の検出の信頼性では、受精卵由来の細胞の影響(ノイズ)があって筆者らの方法の精度では結論を出す事は難しい。」
と言っています。

STAP論者さんは、元T細胞はキメラ体細胞を作れるはずと言っています。
尻尾において、元T細胞の高い寄与率を示すとの条件が達成されれば、TCRバンドは証明できでしょうけど・・・・。
ここも条件付きですね。
PCRで増幅したら、ホスト血液混入は避けられませんよね。

では、最後に、以前にも紹介しました、吉村先生のTCR解説を載せておきます。
当ブログhttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15554962.htmlに吉村先生の解説が載っています。

http://n-seikei.jp/2014/03/stap-1.html
T細胞(somatic cell)は酸処理くらいでは(増殖可能な)万能細胞にはなれません。それってやっぱりselectionを示唆しているのでは?
ついでに今度3年になる学部学生に。TCRやBCRの遺伝子再構成は当然講義します。Nature論文のPCRプライマーではTCR再構成が起こった場合、クローンでみるとバンドが見えなくなる場合があります。クローンで見る場合はむしろ不適切かもしれない。その場合はプライマーを選ばないといけない。この理由を試験問題に出したいと思うので講義をよく聞いて欲しい。
追記)STAP細胞とSTAP幹細胞は違ってもよいのでは?とご指摘を受けた。確かにSTAP細胞のほうはまだわからない。しかし私の関心は増殖できないSTAP細胞ではなく応用可能なSTAP幹細胞。免疫分野の者なので『分化したT細胞が酸処理で増殖可能で多能性を有するiPSやESのような幹細胞になるのか』により関心があった。増えてくれないことには医療応用できないと思う。答えはNoと明確に示された。一方STAP細胞は試験管内では増殖しにくいが胚盤胞へinjectionするとマウスや胎盤になる。STAP細胞の一部はT細胞由来でそのなかに様々な組織になりうる細胞はあるかもしれない。つまり『分化したT細胞が酸処理で(胚盤胞にinjectionすると)胎盤にまでなれる万能性を有するSTAP細胞になった』可能性はもちろん残る。これを結論づけるにはキメラのTCR解析の結果を知りたいものだが、しかしD2J2のプライマーでPCRを行う程度の検出の信頼性では、受精卵由来の細胞の影響(ノイズ)があって筆者らの方法の精度では結論を出す事は難しい。明確な結論を出すには4Nやキメラの子孫で確認するべきと思う。キメラの子孫のT細胞はすべて単一TCRβを発現するはずなので(少なくともβ鎖は。αはちょっと違う。)検出はFACSで容易にできる。あ、FACSは苦手だったか(座布団一枚ください)。
クローン8個程度の解析では数が少ないかもしれないという議論はなりたつが、ともかくずっと気になっていたこと『STAP幹細胞はT細胞由来か?』が著者側から明確に回答されたので私自身は納得です。
追記2)上記英文ではCD45+細胞から造ったSTAP幹細胞を8クローン調べたとなっているがT細胞分画由来のSTAP幹細胞の間違いではないかと思う。T細胞は血球細胞の多くて10%くらい(新生児は知らない)なものなのでわざわざ8個のクローン程度でTCRを調べ、それについてコメントしたからにはT細胞分画由来STAP幹細胞を調べたものと解釈したい。論文ではCD45+なのかT細胞(リンパ球?)なのかよくわからない箇所があるので筆者も混乱しているのではないかと思う。もし全血球由来STAP幹細胞8クローンではTCR再構成がなかった、ということなら、今回の検証では『T細胞がSTAP幹細胞になったという証拠は得られなかったが、数を増やせば出てくる可能性はあるかもしれない』程度しか結論できない。積極的にpossibility of negative cell-type-dependent bias と言うからには出発はT細胞であると推測する。丹羽先生が不確かなことを言うはずがない。
上記はよく考えたらSTAP-clusterが細胞数100くらいと考えるとつじつまがあうのか。スタートはCD45+でもよいのかもしれない。10%T細胞が含まれるとして、そのクラスターから得たSTAP幹細胞にはT細胞由来がない。これなら8個のクローンであっても母数が大きいのでだいぶ信頼できるだろう。結論は同じで『T細胞はSTAP幹細胞になれない』。それでも確実なことを言うためにはT 分画由来のSTAP細胞からSTAP幹細胞を誘導したほうがよいにこしたことはない。
・・・・
追記4)同様のことを何人かがおっしゃっている。『STAP細胞TCR再構成は無かったという話の衝撃』『STAP細胞の非現実性について』勝手ながら引用させていただく。特に後者のかたはデータベースに登録されたSTAP細胞のDNA配列情報からSTAP細胞もTCR再構成の痕跡が無いと言われている。もしそれが本当なら明らかに論文のPCRの図と矛盾する。はやり組織幹細胞か何かをみていたのか?そうするとinduction説はますます弱くなる。








昨日、免疫専門家STAP論者さんのコメントです。
>T細胞は不利にはならないと確信できますか?→確信できます。

yap*ari*w*katt*na*さんは、本日、以下のようなコメントです。
(コメント自体は不承認。理由はいつもと同様の悪意に満ちた悪口がひどいため)

>LさんもSTAP論者さんも、aruimiさんもため息さんも私も、本庶先生や吉村先生も、科学的な考察ができるほぼすべての人が、学さんの珍説は間違いである、という意見なんですけどね。


皆さんは、それぞれ、アンチSTAPのニュアンスに若干、違いがありますが、共通性があります。
アンチSTAP 論者は、それぞれに、“STAP細胞あるべき論”を強く主張されていると思います。
STAPはすごい細胞でなければいけない、論文にそう書いただろう!との主張です。

キメラのTCRは無くてはいけないか?との疑問に対しても、無くてはいけないと主張する方々がここに集まってきています。
今日は、ここを考えてみます。

アンチSTAP 論者は、STAPはすごいものであるべき、そうしたものでないなら、ねつ造が疑われてもしかたない!、疑われるのは当然だ!との主張なのでしょう。

aruimiさんは少し立場が違いますが、T細胞はキメラにならない(なりにくい)説はよく検討せよ!と言っています。

一方、STAP論者さんは、確信をもってT細胞は不利にはならないと言っています。
STAP論者は免疫学の専門家とのことです。

吉村先生も免疫学の教授です。彼も、元T細胞から条件付きでSTAPキメラになると言っています。(この条件を読み取れる人が少ないです。)

なぜ、皆さん、このようにはっきりとおっしゃるのでしょうか?
STAP細胞は増殖力の無い細胞です。初期化の程度も解明されていません。
そのSTAP細胞に、なぜ、ESと同じとの高い要求があるのでしょうか?

一般的に、専門家なる方は慎重な物言いをなさるものです。
過去の論文に書かれていない、過去にやられた実験でない、研究者ご本人もやったことがない実験については、確信ある答えを言わないものです。

なぜ、皆さん、iPS細胞などの遺伝子改変細胞の例しか知らないのに、こんなに元T細胞STAPキメラに確信的なのでしょうか?
STAP細胞は、酸浴後1週間の培養ですが、iPS細胞では、多能性と増殖性をもたせるまでには、大変、てまひまかかります。

てまひまかかるというのは、T細胞作製でも同じです。
T細胞への達成も維持も、条件が大変なのは、多くの論文に示されています。
多能性細胞からT細胞にするまでに随分と手間ひまがかかる(なかなか達成できない)ことは、分化を極めた細胞種は、構造が複雑だからです。
酸浴による初期化直後のT細胞に一大変化が起きるとは、専門家は普通は考えないです。
にも関わらずに、専門家からSTAP絶対否定の言動が出てくることは、STAP事件の特異性です。

この「必ずキメラはできる」はずの強い主張の背景には、科学的理由だけでない社会的理由が感じられます。

それぞれの方のアンチSTAPとなる理由は、同じではありません。
しかし、それぞれ抱えるアンチSTAPの強い気持ちは共通しています。

アンチSTAPの理由から科学的理由を除くと、社会的理由です。
例えば、若山研究室を擁護したい方、事件関係者とお知り合いの方、iPS研究者などの研究ライバルの方など、STAP細胞の登場に危機感を抱いている立場の方など、さまざまな社会的理由が考えられます。

そして、上記の皆さん、科学的にも強いアンチSTAP論を展開されています。
プロになるほど、多くの箇所でSTAP論文の問題点が見えてくるのだろうと思います。

STAP論文の悲劇的な事は、筆頭著者がかかわりの薄い実験が多いにもかかわらず、上司の指示により、論文作製の立場に追い込まれてしまったことです。
そうして、書き上げた論文の撤回を望む共著者から、さまざまな抗議と攻撃が出たことです。

若山氏が、多くの実験データをそのまま小保方氏にわたしたとマスコミに語っています。
小保方氏は、自らやらない実験を含めた論文を書くように言われ、素直に指示に従ってしまいました。
しかし、小保方氏はキメラ実験には関与していないし、幹細胞も作れなかったと言っています。

特に、アンチSTAPの専門家たちが追及するポイントは、”STAP論文で、ES並みの多能性があると書いたではないか!”です。
根拠の実験は、キメラのSTAP細胞の寄与率ではないか?と思います。

こんなすごい分化能と増殖能を論文に書き、STAPはES並みであることを示した、だから、T細胞からキメラもできなければいけないとの論拠ではないか?です。

「STAP細胞は、元T細胞からでもキメラができるほどのすごい酸浴効果のはずだろう!」
「できないなんて言わせないぞ!」
が、アンチSTAP論者たちの主張のように見えます。

アンチSTAP論者さんたちが抱える怒りにも似た、“STAPあるべき論”です。

STAP細胞は、キメラにおいて臓器寄与率が高く、複数のキメラマウスでの数値が論文に書かれています。下に示したアーティクル論文Fig4 d です。
STAP細胞からできたキメラマウスの各臓器のSTAP細胞寄与率が示されています。
縦軸は百分率です。

STAP細胞は、酸浴後1週間で凝集してきた細胞にすぎません。
それを胚盤胞に入れたら、こんなにすごい臓器をつくれるのだから、何でもできるべきだろうと追及したくなるのでしょう。

調査委員会の質疑の席上で、小保方氏の多くの弁明は認められませんでした。
酸浴以外のSTAP実験については、調査委員会は基本で触れない、小保方氏が関与しないとのスタンスは取らないだったのでしょう。

「あの日」ではイエスノーで答える質問が多かったと思います。
小保方氏は、調査委員会に対して、酸浴実験は独自にやったが、他は若山氏の指導による実験でその実態についてはわからないと言ったでしょう。
しかし、この弁明は認められず、多くの他の実験の責任を追及されました。

調査の席上、小保方氏は聞かれもしないのに、ご自身から「私はESを混ぜていない」といったそうです。

小保方氏にとって、調査委員会が真相を調べてくれるという信頼が持てなかったからではないか?、そして、小保方氏がESねつ造した方向で調査委員会が話をまとめていこうとしている様子に耐えられなくなったのでは?を思わせます。
いづれにしろ、ひどい話です。

こうした体験は、本当にメンタルを傷つけると思います。
小保方氏が一番、聞いて欲しいと思うことを、調査委員たちは聞かず、小保方犯行への方向だけで質問が続いたことへの抗議だったのではないでしょうか?

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