STAP細胞の新規性が十分に解説される間もなく、激しいSTAP攻撃が始まってしまったと、当ブログにかいています。
そして、その新規性が多くの研究者層に警戒感を持たせました。
多能性細胞専門領域の研究者たちの疑惑と不快感をつのらせ、彼らはSTAP細胞に対する疑問と抗議を噴出させました。
日夜、苦労して多能性細胞を生み出すための遺伝子挿入実験を繰り返している科学者にとって、冗談じゃない！と言いたくなるようなSTAP細胞登場だったのではないか？と思います。
しかし、専門分野の研究者にとっては、STAP細胞は、ES細胞とは違う、iPS細胞とも違うということは良くわかっていたと思います。
ES細胞は、多能性を維持したまま増殖できるという人工的に誘導された細胞です。
一方、STAP細胞は、細胞自らの持つ機能を人工的に引き出すとのコンセプトです。
人工的な酸浴環境をつくり、多能性を引き出す細胞変化の実験です。
STAP細胞が、自己増殖できないというところは、ES細胞とは全く違います。
細胞に起きている変化は、各多能性細胞間で、相当に異なると思います。
（若山氏は、増殖できないSTAP細胞を幹細胞化させましたが、今回エントリー記事ではここに触れません）
STAP細胞は、ES細胞や受精卵類似の多能性を持つ性質を持つとされました。
受精卵は全能性を持ち、分化能と増殖能は同時進行で進みます。
ES細胞は人工的細胞で, 一方、受精卵は自然にある状態です。そして、STAP細胞はどちらにも属せず、新しい細胞能力ですが、３者に共通するのは、生体にするには子宮環境を必要とすることです。分化増殖を進ませるためには、子宮内という環境が必須です。
子宮内の降り注ぐ増殖因子、分化因子が必要です。
多種多様な増殖因子、分化因子は、母胎のサポートを受けながら、細胞自らで作っていきます。
この新規的なコンセプトのSTAP細胞への熱狂は、１週間位で終わり、後は疑惑疑惑の連続でした。
マスコミのサイエンス担当者も、「ジュースに漬けるだけで、万能細胞が作れるって！おかしなこと言うなよ、ねつ造じゃあーないのか？」そうした感を持ったと、当ブログで尾関氏の弁を紹介しています。
さらに、専門領域の研究者層だけでなく、他の領域の研究者層も、STAP細胞に疑惑を募らせたようです。いろいろな異分野領域の研究者を怒らせたようでした。
そうした他分野の研究者の弁は、今も科学未来館ブログで読めます。
科学未来館に書き込まれたコメントで、“ともさん”の疑問と不信感が良くでています。青字
最初から、STAP細胞を疑いの目で見たと言っています。
そうした疑問に、ていねいに吉村氏が返答されています。
何度も引用されていますが、大事な部分です。
＞最初に論文を読みながら違和感を感じたのが、キメラマウスに使った細胞(cag-gfp)と、STAP細胞(Oct4-gfp)が違っている点でした。GFPを目安に実験する手軽さについつい流されがちですが、キメラマウスでTCRの再構成を確認していない点は、レフリーが指摘していないのかな、と不思議でした。レフリーの意見を無視して、natureのエディターが掲載した可能性も高いですが、こんな実験はPCRを一回やるだけだし、なんでやってないんだ？、と思いました。慶應の吉村先生のブログを見て、その考えが間違ってないんだなー、とちょっと嬉しかったり。
そのうち、TCRのPCRの写真で切り貼りが発覚して、ああ、こりゃダメだと思い、もう疑いの目でしか見られません。今となってはキメラに使ったのがSTAP細胞に由来するものじゃないんだろう、と思っています。
＞もとさんの『一つの細胞から分化した細胞ならTCR再構成で見えるバンドは１つ（または２つ？）のはずなので、こんなにいっぱいバンドが見えるのが何故かは私にはさっぱり判りません。』は完全に正しい推論です。胚盤胞に入れられる細胞はせいぜい20個でそのうちマウス組織になるのは数個なので、この方法で見れるバンドはせいぜい１本です。この2Nキメラの解析結果が不自然であることを理研の先生たちは理解しているからこの図をもって『キメラにTCR再構成がある』と言わないのだろうと思います。
ため息ブログでは、理研の石井委員会の当初でていたキメラTCRデータが、２回目ではなくなっていたとの話題で盛り上がっています。
あちらには、Lさんもいらしているので、学とみ子は“およびで出ない！”のは明らかです。
学とみ子としましては、ため息ブログに出品された第１級の貴重な情報提出に、まずはお礼を言いたいです。
体内時計さんの魚拓情報提出もありがとうございます。
学とみ子にとって、特許の図２０が見れたこと、又、石井委員会で当初公開されたとされるTCRのゲルのTCRラダー図を見れたのはとても感慨深いです。
石井委員会で当初公開されたとされるTCRゲル２のレーン、２７，２８，２９で、キメラサンプルがリンパ球系の細胞と似たようなTCRパターンを示しているように見えますが、これがなぜ、当時、もっと話題にならなかったのか不思議です。
もちろん、魚拓がとられていることから、意識の高い方がいらしたからこそ、今、それが見れるわけですね。
このゲル図キメラTCRは、その後に理研が公開を中止し、問題点としてキメラTCRを論じることを理研は止めたということでしょう。
このデータを誰がどう判断して公開を止めたのか？とても大事ですね。
あちらの方も、その懸念を表明されてます。
そして、意味の少ないと思えるリンパ球の切り貼りだけを石井委員会は問題にしたのですね。
肩すかしのように・・・。
リンパ球は、ソートしていても、ソートしていなくても、あまりデータ上は変化がなかったということでしょう。
いづれにしろ、STAP細胞の陽性コントロールなので、ここを話題にしても意味ないです。
特許の図２０には、キメラ♯１が載っています。
このゲル図を提出したのは誰か？
又、石井委員会の発表で、TCRのラダー図を公開してしまったのはだれ？
小保方氏、笹井氏、丹羽氏のSTAP派はどう関与したのか？むしろ、STAP派は、TCRの公開を中止した方ではないのか？
TCRのラベルを貼り間違えたら大変！となる事を知らない人でないと、このミスは起こさないでしょう。
STAP派は、ネーチャー論文には、問題があったキメラのTCRを載せない合意があったと思います。学とみ子の勝手な予想ですが、STAP派がTCR図を調査委員会に提出するとは思えないのですが・・・。
他の方の意見は、小保方氏がゲル図をねつ造したとつなげていくのでしょうか？
学とみ子は、そうは想像しませんけど・・・。それで何か？
そして、下記に示した特許図の図２０では、Lさんが問題点を指摘されています。
キメラ♯１だけ、他のキメラとTCRパターンが違っていて、これはラベル貼りのミスなのではないか？と学とみ子は考えました。
ここも、とても大事な部分ですね。
他のキメラTCRは,、確かにホストマウスのコンタミ風に見えます。
キメラ体細胞サンプルではTCRは不鮮明になるはずが、キメラ♯１だけ違います。
もう少し、キメラ♯１とラベルされたサンプルについて、いろいろな方のご意見を聞きたいです。
小保方氏のさらなるねつ造との指摘がある一方で、ES派が追及される弱点になるかもしれませんよ。
それでは貴重な情報となりましたため息氏のブログをコピペさせていただきました。茶字
審査書類情報照会の特許出願番号に 2017-501108 を入れて 「照会」 ボタンをクリックする。
２. 2016/11/11 ：国際出願翻訳文提出書
—-/–/– ：明細書
—-/–/– ：配列表
—-/–/– ：請求の範囲
—-/–/– ：要約書
—-/–/– ：図面
が出てくるから。
明細書 をクリックする。【図面の簡単な説明】【０００６】に、
「 【図２０】ＳＡＣおよびＣＤ４５＋細胞由来のＳＡＣから誘導されたキメラマウスのＴＣＲβ鎖再編成解析を示す図である。２Ｎキメラマウス＃１、＃２、＃３、＃５、＃６、＃７、＃８および＃９に再編成ＤＮＡの発現がみられた。」とある。
SAC とは明細書の【０１８０】に「ストレス変化幹細胞（Ｓｔｒｅｓｓ Ａｌｔｅｒｅｄ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌ（ＳＡＳＣまたはＳＡＣ）と呼ぶ。」とあるから酸浴して生き延びた凝集した細胞群=STAP細胞から作成した幹細胞＝STAP幹細胞のことでしょうね。
図面をクリックし、図２０をスクロールして探す、
コメント（36）
ヴァカンティ教授と小島医師が発明人のもう一つのスタップ関連の特許
特許願2017-501108
タイトル
多能性細胞に関連する方法
ティブレークさんのブログも参考にしてください。
https://blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/18082069.html
この記事の内容と関連すると思いますか。
http://saigaijyouhou.com/blog-entry-2206.html
情報をありがとうございました。
いろいろな可能性が考えられますね。
結局、各実験の責任者をきちんと特定する作業を理研はしなかったことが問題でしょうね。闇が深いです。
Lさんがアチラでコメントなさってる
とのことで、閲覧しました。
Lさんによると
＞SACと Stap Clusterは同義で
＞（細胞塊をそのままピックアップして
ゲノムDNA抽出したサンプル） と
考えます
＞Sorted Oct4＋は光っている細胞塊
を集めて、一回シンプルセルにした後
FACSでGFP高発現細胞をソートして
ゲノムDNA抽出したサンプルと思われます。
（ソートがきちんと行っていればsorted Oct4サンプルは初期化された細胞が高純度で集められたものと解釈が
可能です）
とご説明されてます。
そして、♯1に注目されてます。
＞FACSソート作業が
きちんと出来ていたなら。と
但し書きがあります。
小保方さんの不慣れな
FACSソート作業による♯1は
信頼おけないようです。
私は、小保方さんには、作法不適切や
ミス、見栄え加工があっても、
悪意の加工などなさらない方と
素直に小保方さんを信んじていますから
このゲル図はそのままに受け止めて
います。
毎回、STAP細胞をつくるたび、細胞凝集塊を構成する細胞成分が異なります。つくるたびに、違う種類の細胞が異なる構成成分で凝集塊を形成するのでしょう。
FACSでソートしているのは、CD45の血液細胞の方です。
２Nキメラの方は、尻尾細胞をどのように処理したからはわかりません。図２０のキメラの場合のTCRラダーの形が違う原因として、異なるマウスだからと思います。
♯１キメラのゲル図は、♯２～９のキメラとはTCRが異なります。
♯１キメラのゲル図は、GLが薄く、TCRラダーが出ています。ラベルミスか？の可能性を考えました。。
尻尾に流入したホストマウス由来T細胞が持つTCRパターンが違う結果、ラダーの形に変化がおきるのだと思います。
ただし、この方法では、キメラ尻尾の構成細胞の一部に元T細胞が寄与しても、ゲル図ではわかりません。
尻尾細胞DNAサンプルから、ホストマウス由来、母体マウス由来TCRを排除する方法は現実的でないと思います。
>♯1はラベル張り付けミスでは、？とのことですが
いろいろな推論の中のひとつにすぎません。
小保方氏は、リバイスの時に、笹井氏や丹羽氏と有用な議論した様子が「あの日」第６章に書かれています。当然、議論の末、TCRの実験を除くことになったと思うのですが、削除の理由は知っていると思います。
もし、キメラのTCRが陽性なら、それが論文に採用されない理由については、すべて想像でしょう。
次なる論文の主題を予定していた？とか、事情を知らない人が調査委員会に間違って？提出してしまったとか、いろいろ可能性はあります。この時の理研では、なんでもありの状態だったのではないでしょうか？
いづれにしろ、キメラTCR削除までの経緯の詳細は不明です。
キメラTCRの載ったゲル図を、小保方氏が間違って調査委員会に提出したというのは考えにくいように思います。
♯2、3、4、5、6は
ホスト細胞が混ざってしまった試料？
♯7、8、9、は
まずまずの良好結果？
TCRは増幅されていて、ホスト細胞由来のTCRを取り除けません。この実験では、どちらのマウスDNA由来のTCRをみているのかはわかりません。
尻尾に元T細胞由来の体細胞が増えていれば、そのT細胞由来のTCRも増えているので、はっきりバンドが出ることになります。
♯２－９のTCRのパターンでは、はっきりしたバンドがなくぼけているので、ホストマウス由来のTCRだろうということになります。
学さんが案内された「ため息プログ」に
Lさんがコメントなさっておられるとの
ことで閲覧してきました。
引用
＞個人的には、Stap由来2Nキメラの
♯1 が興味を引きます。
これが本当にtailtipのサンプルだとすると
血球混入では説明できないレベルのTCR
rearrangeが見られる事になります。
T細胞由来Stapがキメラに貢献した
証拠になり得るので
このキメラは徹底的に解析すべし
と、ありました。
続きます。
SAC と Stap Clusterは同義
（細胞塊をそのままピックアップしてゲノムDNA抽出したサンプル）と考えます
”sorted Oct4＋“は
光っている細胞塊を集めて、
一回シンプルセルにした後
FACSでGFP高発現細胞をソートして
ゲノムDNA抽出したサンプルと思われます。
ソートがきちんと行われていれば
sorted Oct4＋サンプルは
初期化された細胞が高純度で
集められたものと解釈可能です。
Lさんは♯1を
このように考察されています。
＞擁護派よりとても熱心に小保方Stap否定論陣を続けています。
学とみ子は、STAP事件の背景となる人の心に興味を持ちます。ES混入論の背景となる人の心です。そこだけ見れば、なるほどと思える事が多いと思います。いろいろな立場の人の不公平感が強かったと思います。
だから、STAP派、ES派の皆さん、自説にこだわります。
もちろん、真実追及への興味もあると思います。
なぜ、キメラのTCRは陽の目を見ることができなかったのでしょうか? 小保方氏が怪しいが真実はわからないとの落しどころで、関係者たちは合意したのでしょうか？
＞軒下管理人 2018年11月29日 7:58 PM
トホホなかーま(笑)。
ここまで来ましたので、トコトンお付き合いさせていただきます。
トホホなかーま(笑)の意味がわかりません。
トホホ仲間の意味ですか？ため息氏と関係しますか？
ため息氏が、わざわざ、理研が見せたくなかったキメラのTCRを話題にしてしまったことを言っていますか？
この想像、間違っていたらすみません。
貴殿からの情報提供を期待しますので、おつきあいをよろしくお願いいたします。
このキメラのTCRは、理研にとって出してはいけないものだったのですよね？次の論文だったりしたのでしょうか？
oTakeさんは以下のように言っています。
＞(3) 調査委員会に“小保方氏の TCR 遺伝子再構成の実験結果（PCR）”として提出されたもの（例のGel1 & 2）
（例のGel1 & 2）は、キメラのTCRが出ていることをよくわからない人（小保方氏以外の人が無断で？）が、調査委員会にうっかり提出してしまったのではないですか？
調査委員会に、小保方氏が提出したと言うなら、ゲル２の結果について、その時、小保方氏と委員の間でなぜ議論が起きないのでしょうか？つまり、公開してはいけない❗️と。
この議論は公開されなくとも、不正調査の一部と思います。調査委員会もプロなのだから、論文に無い新知見を公開してはいけない事は知っているはずです。
Gel1, Gel2 は小保方氏から石井委員会に提出されたと、委員長が明言しています。
ttps://www.youtube.com/watch?v=RVp-Rn1ICWM
1：33：00 〜
レーン３が切り貼りであることのみ議論していたので、そして、どのような生データを使ったのかが焦点だったので、信頼性を保つために生データをそのまま公開したんでしょ。小保方氏から抗議があったので一部のみ公開に変更しただけで、この手続・操作になにか疑問があるのでしょうか？
キメラのTCRの入ったデータを公開したのは問題あります。プロなんだから。
プロがこうした事をすると、一般人の誤解を煽ります。実際、そうなりました。小保方氏からの要請受け入れが遅れたと思います。
「キメラのTCRの入ったデータを公開したのは問題あります。プロなんだから。...一般人の誤解を煽」る。
はて、どんな誤解を煽ったのでしょうか？データを提示しないから、少ない生データから皆さんが色々推定するだけでしょ。
公開したのは石井委員会の誤りだったかもしれません。だから訂正したのでしょう。この点を非難するのは結構ですが、キメラにTCR再構成があったかもしれないという生データは、STAP現象があったという主張に結びつくものですから、擁護の方々には嬉しい間違いでは？
さて、このキメラにTCR再構成の痕跡があったらしいというGelの図と特許の図と、キメラの前段階であるSTAP幹細胞でTCR再構成を調べたら、最初はあったという報告だったが、その後、再現できなかったという小保方氏の証言（桂委員会報告書p27）をどのように、学とみ子さんは解釈するのでしょうか？
4N キメラマウスでも出ると言うことは母(仮親)由来のDNA断端ではないのか？つまり、この検査方法の精度の限界でしょうか？
所詮、動物は気まぐれです。
人はとっさにおもしろい事を言ったりするものです。
背中の毛は、頭の毛が薄くなるのと平行して薄くなってしまったとの事でした。