生物学の実験は同じ条件を揃えることができません。STAP実験も同様でしたが、当時の日本では、世界で再現が試みられたが、STAP細胞の作製に成功しなかったと報じられました。
再現実験などナンセンスと反論する専門家は多かったのです。
理研より上の組織から圧力があったのでは?・・・との見方がありますが、非専門家が専門家の見解を無視して、事が進んだ悪い事例でした。


日本でも行われた理研の再現実験が、小保方氏にとって屈辱的な再現実験であったことは多くの人が知っています。

とても、科学とは言えない再現実験であり、それに対して上層部が抵抗できなかったということは、この事件の問題の大きさを象徴していると思います。
理研の再現実験ですら、同じ条件のマウスは揃えられませんでした。
というより、撤回論文で使われたのは、どのマウスが用いられたのかはわからないのです。
ES論者は、ESが使われたから、マウスは何でもよかったなどと暴言を言います。

それぞれのSTAP再現を試みた実験の違いを少し書いてみました。
読むとわかると思いますが、それぞれの論文には、それぞれに都合の悪いところ、説明できないところがあります。著者はそこを書きません。
論文には新しいことを書くのだから、査読者も寛容の精神に立つはずです。
STAP論文は、専門家なら無視できる問題点が、マスコミらによってズタズタにされ、一部の専門家が煽りました。

今回は、原著(小保方版)、Tang版、相澤版です。

撤回されたアーティクル論文の記載 (小保方版)
1週齢のOct4-gfp C57BL / 6マウスから脾臓を切除し、ハサミで細かく刻んだ後、ピペットで機械的に細胞同士を離した。
DMEM 培地に再浮遊させ、Lympholyteを加え1000gで20分間遠沈し、FACS AriaでCD45をソートする。
ph5.7のHBSS溶液に25分、37度で漬け、上清を捨てるために5分遠沈する。LIF入りDMEM/F12培地入りの非接着性の培養プレートに入れる。

小保方氏らは、2014年5月のプロトコールエクスチェンジの記載で、処理した脾細胞は、速やかに次のステップにつなげなければならないと言っています。酸性の条件うんぬんより、酸浴後の次の細胞処理が大事とのことです。
彼女の実験では、Octの出現は、酸浴後7日がピークです。

Tangらの論文
5日齢のOct4 –GFPマウスの脾臓を、細胞ストレーナ(グリッドサイズ70μm)に通して組織を分散させ、脾細胞を離す。
 脾細胞を1200rpmで5分間遠心分離することによってペレット化し、室温で5分間、ACK溶解緩衝液(M NH 4 Cl65m、M KHCO3 10mおよび0.1Mの Na 2 -EDTAを含む蒸留水でpH7.3に調整)で、残留赤血球を除去の目的として再懸濁した。
 次いで、脾細胞を、10%FBSおよび1%PSを補充したDMEMに再懸濁した。 このクルード(粗)な脾細胞を37℃および5%CO 2で1〜6日間維持した。

この粗脾細胞をPBS中で(1×10 7乗細胞/ ml)再懸濁した。 細胞を、4℃で30分間、FITCラット抗マウスCD45抗体を結合させたCD45 +脾臓細胞を、セルソーサー(BD LSRFortessa Cell Analyzer)で選別精製した。
6匹の新生仔の脾臓由来の同じ脾細胞プールを3回に分けて使用して実験した。

Obokata et al記載のプロトコールに従って低pH培地で処理した。5×10 5細胞/ mlのCD45 +脾細胞を低pH HBSS(HClでpH5.7に調整)で37℃で25分間処理した。 次いで、酸処理細胞を1200rpmで5分間遠心分離した。 上清を除去した、上清は再検査して、pHが依然としてpH5.7であることを確認した。 較正されたpHメーター(Mettler-Toledo、USA)を用いて上清の酸性度を測定した。 酸処理細胞ペレットを1×B27および1,000U LIFを補充したDMEM / F-12培地に1×10 5乗/ ml細胞の濃度で再懸濁した。

Tangらの実験で気になるのは、一旦、処理した細胞を、酸浴前に1-6日間置いている点です。
さらに、酸浴後7日目のデータが無く、6日目で観察や測定が終わっている点です。
彼らは肺由来の繊維芽細胞を用いて同じ酸浴実験をしていますが、これは7日目のデータがあります。脾臓細胞は、7日目まで終えていない原因は不明です。
どなたか、何か助言、有ればお願いします。

彼らは、酸度を厳密にしたと言っていますが、小保方氏はそれを求めていません。
科学者なら、初期化実験がうまくいかない場合、その時に用いた実験系で工夫すべきです。
Tang論文ではそこの検討をしていません。
Tang論文では、STAPは無い!…と考えていたのではないか?と言いたくもなります。
他の手技では小保方の方法を変えているのに、酸浴のところだけきっちり同じにして、そして失敗しています。

一方、丹羽氏は工夫や改変をしています。HCl使用で初期化が達成せず、酸性条件を変えたり、ATPでやり直したりしています。

相澤論文
脾臓細胞は、以前に記載された方法で調製した(Obokataらの原著論文2014)。
FACS選別によるCD45陽性細胞の濃縮は省略した。
製造元の指示通りの処理で(Cedarlane Laboratories、Ontario、Canada)リンパ球を集めた。

HClだけでなくATP処理による実験もした。ATPを使用した理由は、Obokataらが使っていたことと、又、STAP特許出願に記載されている(米国特許出願第14 / 397,080号)ことによる。

1×10 6個の細胞を494μlのHBSS(ハンクス平衡塩類溶液)に懸濁し、6μlの200mM ATPを添加し、37℃でCO 2インキュベーター中で15分間の酸浴を行った。

和モガ氏の新作でました。そのエントリータイトルは、「STAP細胞事件」-ビー玉モデルです。

細胞が致死的刺激を受けて、一旦、山から転げ落ちてしまう。
そのまま、動かなくなってしまえば、細胞は死んでしまうが、転げ落ちた際の刺激が、ある程度に適度であると、落ちた勢いで、ビー玉が次の小山を上ることができ、Xen細胞となる(Trusecで解析された細胞)

Xen細胞までは、比較的、できやすいが、ビー玉にとって、刺激が適切な強さな場合、次のステップの小山までビー玉が登ることができて、TS細胞になれる。

さらに適切で強い刺激をビー玉に加わえることができれば、ビー玉を次の山まで、つまり、ES細胞の山の上まで運よく登らせることできるとのことである。

しかし、刺激が強すぎると、ビー玉はTSの山も、ESの山ものり越えて、その向こう側の谷に落ちてしまうとのことのようだ。

この適度な刺激というのが、小保方実験の重要な軸であった。彼女しか、適切刺激ができない。彼女がそうした技に達した理由は、彼女が、長く実験を繰り返し、観察してきたことに他ならない。

小保方氏は、緑色蛍光と、特徴的な凝集形態から、細胞の初期化を確認していた。
増殖能の高い大きな凝集塊を形成できた細胞は、初期化に成功した細胞群である。
選び抜かれたそれぞれの細胞は突起を出して動き廻り、細胞同士で生き残りのための会話をしていたのだ。

小保方氏は、そうした細胞の発するメッセージを感じ取っていただろう。
特徴的な形態の凝集塊から、細胞のメッセージを感じ取れるまで、実験を繰り返す必要がある。

一方、再現実験をしたというTangらは、脾臓細胞を酸浴させて、7日目まで観察したと書きながら、図には3-6日の観察の結果しか書いていない。
そして、そこまでで、Oct,Sox,Nanogが出ない、初期化など起こらないと結論した論文を書いている。

一方、小保方氏は、酸浴後7日目にOctがピークと書いている。結局、これでは、同じ条件の実験とは思えない。再現実験の試みは、すべて、同一条件でやられているわけではない。

この部分の文献的考察は、今後にゆずるとして、刺激の強さとタイミングに応じて、細胞が能力を変えていくという和モガ氏発想に戻ろう。

ころがるビー玉に細胞変化をたとえる発想は、ユニークで、和モガ氏がいろいろに考えた成果なのか?あるいは、才能ある人は、こうした発想が一瞬にひらめくのか?

この先に、このビー玉がどのように展開していくのだろうか?
和モガ氏が以前に言っていた言葉で、「正しい推理は、その後の事実がついてくるもの」と言った。
このビー玉説も、いろいろに展開していくのか?はたまた、次なる新たな発想へとつながるのか?・・・・。楽しみだ。

実際にこの分野で研究している人は、実験中、条件ごとの細胞変化への影響を見ているだろうから、その時の細胞の動態から、実験者なりに思いつくこと、想定するモデルはあると思う。

本来、STAP研究は、細胞の柔軟性を科学として証明することであった。
才能の万能性を何に例えるかは、実験者の特権のようなところがある。
笹井氏の女神の神殿も、研究のモチベーションが高まってでてきた夢物語だろう。

広がる自由の中で、その人自身で思いつく発想は、わくわくする興奮がある。
そして、人に話してみたくなるだろう。

生き物の体内では、いろいろな状態の幹細胞が存在するが、ESとか、TSというのは、増殖能を保ちながら、同一性質を維持する状態で取り出した細胞である。
人工培地で維持された人工的細胞と言える。
この人工的に誘導してきた細胞をいかに操るか?は、将来の臨床応用だ。

どのような刺激で細胞をどの状態の細胞まで持っていけるのか?の研究は将来展望がある。

当然、ビー玉説への異論とか、ナンセンスだとする人も出てくるだろうが、人が抱く発想は自由だ。
発想したことの展開が行き詰まったら、発想を再考したり、取り下げたりすれば良いだけだからね。

ビー玉説へ反論する人たちに対しては、彼らのお手並み拝見を待ってみようではないか?
STAP事件での学とみ子の一番の疑問点は、実験はいかにしてやられたか?という問題なのです。
桂調査委員会は若山氏が提出した多くの実験ノートを公開しなかったのです。

前回の2月7日のエントリーでの議論が盛り上がり煩雑になりました。
しかし、参考になる議論なので、こちらで別建てして、少し考えを整理をしてみました。

前回の2月7日のエントリーでは、以下のような記述があります。
“学とみ子が若山氏だったら”と、おこがましくも設定し、若山氏のせりふを想像したものです。青字
「STAP幹細胞がどのような性質のものか?幹細胞としての機能と性質をしっかり保有しているかの実験は、私たちの研究室でやった。幹細胞の能力に関する実験を小保方氏一人で空実験ではできない。私は、直前に論文を見せられたが、空実験であれば、即座に空実験とわかるので、その場で論文発表に反対するし、私が論文発表会に参加する事など考えられない(怒り)」
幹細胞を作るというのは、その性質を実験で確かめることを含むものだ。

そこに、gen**ronさんがいろいろご意見をくれました。茶字
>STAP細胞潰し(研究予算)、小保方氏潰し(嫉妬)、笹井氏潰し(嫉妬+研究予算)、CDB潰し(研究予算)が目的だったのだと思いますよ。
あとは野となれ、という感じで。

たとえ、研究所に問題が山積していても、どこの社会も、耐えがたきを耐え、忍び難きを忍ぶものでしょう・・・と、この時の学とみ子は無常観を感じました。

本文には、学とみ子が以下のように書いていました。
{このスモールワールドに属する人たちは、STAPがESから作られたとする説では、論文を説明するのができない事が分かっている人たちである事だと}

そこへ、みずとりさんが、すーとすべるように登場です。
学とみ子に対するみずとりさんの反論(青字)がありました。

>学さんの論文の捉えている場所が違うのです。
 2つの図の<ねつ造>のみならず、残存試料(幹細胞、キメラ、テラトーマ)からESが検出された事実は、本論文の最もインパクトがあったキメラマウスの成功を十分に説明しています。
 論文においてその考察がどんなに巧妙であったとしても、その基礎となる実験結果の部分が少しでも揺らげば、それらは全て空論となり、論文と共に打ち捨てられるのです。そういう理解です。

これに応じて、思わず学とみ子からも出たのが以下のコメントでした。
>キメラ、テラトーマは傍証でしかないと・・・。
(学とみ子としては、この実験の重要性を否定するつもりはなかったのですが・・・。STAP論文については、その先も論じて欲しいとの希望でした)

学とみ子からみずとりさんへ質問しました。
>若山氏が記者会見(6/16)で、STAPがESとそっくりだったら、ゲノム解析をしても何も言えないとした若山発言について、どのような解釈をしますか?
以下がみずとりさんに答えです。青字

>幹細胞、テラトーマ、キメラなどの残存試料を解析する前の発言ですから、STAPがある可能性をどこか念頭にしておられたので、そのような発言になったのだと思っています。

すでに、この時、若山氏はSTAP細胞が元マウスとは違う遺伝子構造であったことを知っていました。若山氏は、STAP幹細胞の質についても、確かめているはずです。そうした実験の経緯を思い出すと、若山氏は今でも、STAPはあったかもしれないと考えているかも・・・と、学とみ子は想像します。みずとりさんは考えたことがありますか?

さて、次なる登場は、kansoさんです。
近縁率から想定される細胞の作成順についての和モガ説への反論です。茶字

>## 近縁率表について
ここで「近縁率表」と呼んでいるのは、「STAP細胞論文に関する調査結果について」ページにある「調査報告書(スライド)」の11ページのことです。
「FLS3, CTS1,129/GFP ESは FES2よりFES1により近縁である」という表題が付いています。
FES1, FES2 というゲノムのよく似た細胞があります。その異なった塩基のうち、点変異と見なせそうな部分 24649塩基を抽出し、その範囲だけでいくつかの細胞を比較すると、FLS3,CTS1,129/GFP ESという3つの細胞株が、FES1の方によく似ている(近縁率 > 99%)ということを示しています。つまり、よく似た細胞が2つあって、さらにそのうちの1つに3つの細胞が非常によく似ていることを示すデータです。
 和モガさんは、3つの細胞とFES1の間の近縁度に、3つの細胞の間で微妙な違いがあることに着目し、その数字の差が、培養による変異の蓄積の程度を反映しており、細胞の作られた順番に影響されると決めつけて議論を進めています。でも、そんな証拠はありません。値の違いに測定値としての意味があるのかどうかすら確かではありません。そう言うためには、実験や見積もりなどの議論が必要です。

## 全塩基でゲノムを比較したときの近似度について
たとえば、これが私が計算してみた一例です。
expo70.xyz/image/k80-distance-matrix-4.png
このときの値は、木村の方法による配列間距離で表しています。つまり、値が小さいほど、配列が似ています。配列は測定によるばらつきをどこまで許容するかによって変わってきます。だからここでの値も、相対的なものです。また、同じ細胞株を2回シーケンスしたサンプルの間で、既に 3.03 x10^-4 の違いがあります。つまり、FES1や他の3つの細胞株の間の違いというのは、測定に伴う「ばらつき」ぐらいしかないということです。
expo70.xyz/stap-related-cells.html
にまとめてあります。

さらに細かく違いを見ても、(2回のシーケンスで異なる測定による「ばらつき」らしきものを除くと)ほとんど塩基は細胞株間で一致しています。
expo70.xyz/image/FES1-FES2-specific-SNVs-in-STAP-related-cells.png
ここから推測するに、「近縁率表」で見ている近縁率の違いというのは、シーケンスに伴う「ばらつき」に因るのではないかと思います。データから言えるのは、3つの細胞株のゲノムは、FES1のものにほぼ一致していている、また、3つの細胞株の間の違いは「ばらつき」とほとんど区別ができず議論できない、ということだと思います。

以上、kansoさんのご説明でした。式に関するところは、当ブログレベルでは無理です。どなたかご解説を。

一方、和モガ氏が近縁率から想定した作成順は、2015年7月22日のエントリーで論じられています。
この時は、誰も知らない小保方冷蔵庫内の129/GFP ESが何であるか?を解説する事などに、和モガ氏の主眼があると思います。そして、FES2,核移植ESにも注目しています。
そして、和モガ氏お得意の推理で、誰かが小保方冷蔵庫内にES(=129/GFP ES)とラベルされたSTAP幹細胞FLS3を置いたのではないか?としました(あくまで推理です)。

そもそも、誰も知らない細胞が理研冷蔵庫内にあるということが奇異ですし、すでにこの時点で理研冷蔵(凍)庫内残存サンプルを調べても意味がないことを示しています。

しかし、検体の正当性という基本を反故にして、混入確定の結論が出ました。
検体は正当か?の疑問は、遺伝子の理解がない一般人であっても、容易に不信に思える点でした。

次なるはyap*ari*w*katt*na*さんです。
今回、以下の重要なご指摘をいただきました。

yap*ari*w*katt*na*さんはプロの科学者でないと宣言されました。
但し、この発言の解釈はブログ読者次第です。
そのyap*ari*w*katt*na*さんから以下の貴重なコメントです。青字

>小分けしたチューブ間であっても、この解析方法で出される近縁率に差は出る。
その時、差の大きい方が後から作成されたという結論を導くのは、科学的に明らかに間違いである、という、極めて単純な話なんですけどね。

まず、塩基決定時には測定時に機械的誤差が生じる。
これに加え、塩基コピーミスは、ひとつの細胞レベルで起こること。
この個別のミスが全体の細胞集団にどのような影響を与えるかは別もの。
(ミスは除去されたり、修正されたり)と、細胞集団が変化していく事を考慮すべきということでしょうか?ESでも分化しやすいもの、死滅するものと、ずいぶんと細胞能力ばらつくはずです。

このように、ゲノム決定には、測定機器の誤差を考慮すべき点、細胞培養継代条件の不透明さにも配慮が必要との事でした。
近縁率と作成順の関連性を論じる時は、慎重にすべきとのことです。

一方、gen**ronさんは、理研は、塩基決定の不安定さを考慮して、近縁率の数値を公表すべきだったとおっしゃっています。

学とみ子は、いらしてくれたyap*ari*w*katt*na*さんに質問しました。

>理研はなぜ機能解析をせずに、塩基配列にこだわったのでしょうか?
yap*ari*w*katt*na*さんは答えられました(青字)。
 細胞の由来を調べるのに塩基配列を解析するのは当然のことで、なぜそこを疑問に感じるのか、全く理解できません。
として、学とみ子の聞きたかった”理研はなぜ機能解析をしなかったのか?あるいは公表しなかったのか?”についてのご意見はスルーされてしまいました。

この乱戦の経過中に、ため息先生風貌の匿名さんが参戦されました。
私は「暴論」「無意味」という(yap*ari*w*katt*na*さんの)見解に賛同です、 とおっしゃっています。

尚、せっかくいらしてくれた匿名さんにも、学とみ子が聞いてみました。
>相澤氏らが検証実験前に言っていたのは、残存アンプルの正当性は信頼できないから検査しても意味が無い!!でした。それが、検証実験をやる理由でしたね。・・・理研内のSTAP派は、残存アンプルの正当性を最初から疑っていたのですよ。
ここに匿名さんのご意見ありますか?

これに対しては、匿名さんの答えは今のところ無い気配です。

そして、終盤の終わりに、yap*ari*w*katt*na*さんによる以下の記述となります。青字
 仮に、ここに学さんの脳細胞と心筋細胞があったとしましょう。
それぞれ、ひねくれていたり毛が生えていたとしても、塩基配列を調べれば、学さんの細胞であることが判りますよね。
ここに、gen**ronさんの拙い脳細胞を持ってきて比較しても、塩基配列は異なります。 判りますよね?

STAPはESで作られたとの理論で、ネイチャー論文を書いた理研の研究者たちは、yap*ari*w*katt*na*さんのこの途方もない解説に泣きますよ。

Ooboeさんは、こうした議論には加わらず、自らの方向性を決意されています。

以上、皆様からそれぞれに貴重なご意見でした。
で申し訳ないですが、学とみ子の独断と偏見の視点でまとめてみました。
学とみ子の間違い、勘違いはあるかもしれませんが、すみませんが、以後のご指摘に応じない場合もあります。

又、建設的なご意見をお待ちしています。
昨日、書きました文章の続きで、ネイチャー編集部から、科学者、著者に対するメッセージ文章です。青字 

幹細胞の分野は、治療に向けた大きな可能性を秘めています。
その結果、重要な主張はすべて公開前に十分な注意を払って確認する必要があります。
このレビューでは、再プログラミングや多能性の分野において、複数の実験モデルで実証され、それぞれ独立的な再現性を確かめることを勧めています。

ネイチャーは、この再生分野において、約束事が達成されるよう望み、再現性のある研究を支援する方法を検討しています。

たとえば、ネイチャーは、著者に対、使われた方法の詳細を研究結果に含めることを求めます。著者らは、プロトコル交換(www.nature.com/protocolexchange)のような自由にアクセス可能なプラットフォームに順次的に実験プロトコルを知らせることをぜひしてほしいです。
これを編集者の裁量で要求されることがあります。

著者らは、癌細胞株の場合と同様に、使用する細胞株の起源を確認することが求められます(Nature 520、264; 2015参照)。

このレビューでは、「科学は最終的に科学共同体を旨とし、協力的な役割を果たす自己修正プロセスである」と結論づけています。
この意味において、幹細胞研究分野はその役割に優れており、賞賛すべき状況にあります。

とこのように書かれていて、ネイチャー編集部もSTAP騒動には大変、気をもんだ経緯がわかります。
ネイチャー編集部も、”科学とは常なる再チェックを要するもの”と説いているのですから、今後のSTAP派が希望を持ち続けても良さそうです。最後は、少しゴマスリ?ぽいですけど・・・。

ネイチャー編集部が、撤回後のSTAP論文の扱いについての2015年に記事を書いているのでここに載せます。大幅な周回遅れですみません。
今は、グーグル訳が良くなっていますので、マシーン訳も併用しています。意訳のところもあります。
STAP関係研究者にとっては、過去の話とは思いますが、興味ある方は、ご自身で確かめにいってください。グーグル訳もあることですし、これから興味を持っていく人たちを増やしましょう。

STAP支持派は、思うところはあります。
これだけの証拠なるものが、主要実験者からなんらのコメント公表無くして、結論されたということですね。

今週、ネイチャー編集部は、近年、最も議論のあった以下の科学論文について再考した
:細胞を再プログラムできるとされた新方法で発見された刺激誘発性による多能性獲得(STAP)。

ネイチャーウェブサイトでは、STAP論文取り下げに関連する2件のBCA(Brief Communications Arising)を出した。 さらに469ページには、多能性に関する関連のレビューを掲載した。

この記事に関連する3論文Related stories
1}STAP細胞は、ES細胞に由来する•STAP cells are derived from ES cells
日本の理研発の論文
2}STAP細胞現象を再現できない•Failure to replicate the STAP cell phenomenon
3}レビュー論文•多能性の特徴 •Hallmarks of pluripotency

1つのBCAは、STAP現象を再現するために多くの研究所で試みられたスタディを詳述したもの(A. De Los Angelesら、Nature)

もう一つは、日本の理化学研究所による2014年の調査の一部として行われたスタディであるが、これまでに発表されていないSTAP細胞のゲノム解析の結果を提示したもの

このスタディは、シーケンシングベースのアプローチを用いた。
この分析結果は、STAP細胞株の全てが胚性幹細胞の混入があり、混入が結果に影響を与えていることを示している。

 De Los Angelesとその同僚のBCAには、元の論文に掲載された配列決定結果の分析も含まれており、混入に関する同様の結論に達した。

多能性幹細胞が専門の著名科学者たちが共同研究で作成されたこのレビューは、state-of-the-artの要約がついていて、細胞が多能性能力を有するかどうかを判断のための研究者用のチェックリストを提供している。

なぜNatureはこれらの論文を公開しているか?主な理由は、科学的記録を見直すことであった。

STAP撤回通知の文言は、その現象が本物である可能性を残していた。それは、「複数のエラーは研究の信頼性を損なうものであり、STAP-幹細胞現象が本当であるかどうかを疑いなく言うことができない」であったからだ。

調査結果を再現するためのコミュニティ主導の取り組みは重要であった。
いくつかのSTAP否定的な結果は、論争中に非公式に公表されたが、時間のかかる実験では、即答は不可能であった。しかし、最終的には、再現性に取り組んだ論文が査読された。

ネイチャーがこの3作品を発表するもう一つの理由は、幹細胞分野のみならず広範にわたる研究分野から議論が湧き上がり、多くの関心を集めた疑問点に対し、間接的な取り組みを示すためである。

レビュー論文は、発表後に起きてくる苦情や、すでに論文として掲載された論文に対して、研究者、編集者、査読者からの主張を可能にする最良な方法に向けたガイドラインを意図している。
当ブログで、周回遅れで相澤論文の話題をアップしたが、研究者層、すなわち、その筋の人たちからのコメントはなかった。研究者層のコメントがあるとしたら、どんな内容か?は少し気になったが・・・・。

このブログでは、相澤論文を文言通りに理解してはいけない、相澤論文は小保方パートの限界をしっかり示し、挑戦はあくまでキメラに限定し、その確認が得られなかったのでSTAP論文は再現できないと結論したまで!と言っている。

相澤氏がキメラにこだわったのは、小保方氏擁護であった。それを受けて、オーステンスミス氏も、STAP細胞とSTAP論文を分けて考える必要性を示しながら、コメントを書いている。

いづれにしろ、STAP問題は現状でも、結論が出ていない状況で、それを思えば、相澤論文の解釈について、同意でも反発でも出てもおかしくないかと・・・。

2016年、相澤論文が出た頃は、ネットでどのような議論があったのか、ネット検索をしていくと、
やはり、いろいろ、擁護派に大変な出来事があったようだった。

残念ながら、専門家によるサイトでは、多くがSTAP細胞を否定している学者たちによる議論となっている。
専門家と思われる人のうち、STAP否定者はネット書き込みをするが、STAP擁護の人は、ネットに不用意な書き込みはしないとの構図がある。

もともと、学者界は、選ばれた人たちによるスモールワールドであるわけだから、その中でもSTAP細胞否定をしている学者たちからしか意見が出ないのは残念であるし、ここにSTAP事件の問題点がある。

専門家たちによるESねつ造推進サイトやブログと言えど、書き込み者はHNしか書かれていない。
結局、書き手はどこの誰かはわからないのだが、このスモールワールドに属する筋の人たち同士では、ある程度には、それぞれがお互いに、どこの研究所か、どこの大学の人であるかはわかっているのかもしれない。
しかし、その筋の人以外の素人にはわからない。

学とみ子にとっては、HNしか書かれていないコメント内容を、勉強させてもらったりしながら、書き手が専門家かどうかを判断するしかない。

そして、感じることは、このスモールワールドに属する人たちは、STAPがESから作られたとする説では、論文を説明するのができない事が分かっている人たちである事だ。

もちろん、この筋の人たちは、公開サイトには、ESねつ造論は正しいとしか書かない。
ESねつ造論で矛盾がでてくる部分には触れない。
STAP細胞の柔軟性を論じた論文の結論には触れない。
STAP細胞はフェイクだから、論じる必要など無い!と言う。
そして、論文結論に影響がでないような図表のミスに執着して批判文を書いている。

STAP実験は小保方氏による空実験では説明がつかないとの指摘に対して、この筋の人たちは決して議論に入ってこない。
この筋の人たちは、学とみ子が当ブログに、STAP細胞とES細胞との比較実験の責任者は誰だ?!と騒いでいても、無視している。
ESねつ造で矛盾が出てくる部分など無い!とのスタンスを崩さないようだ。

話は少し変わるが、ESねつ造論をかつぐその筋の人たちが集まるサイトの話をしたい。

そのサイトで、科学論文の和訳をめぐって論争が起きた。
対象となった論文とは、細胞が周りの環境を察知して、生き残りのために細胞の周りの環境を変えるという結果を示したものであった。

酸性条件により、細胞が変化するとの論文であった。
腫瘍細胞が、細胞周囲の環境を酸性条件に傾かせ、周りの細胞に影響を及ぼすとの観察である。
酸性条件になることで、細胞に初期関連遺伝子が働きだす事が確認できた。
つまり、(悪い)腫瘍細胞が影響力を発揮して、周りの細胞を同じ(悪い)仲間にさそっていくとの話である。

STAP現象と共通するところがあるのではないか?との議論が、擁護派から起きたようだ。

それに呼応するように、この論文の興味深い部分を、ES論者ブログ管理人が和訳をアップしてくれた。

しかし、それを読んだ一読者(仮にA氏)がかみついた!
「この訳は間違っている、あなた方は、どうしてそんなに英語ができないの?」と。

この挑戦的なコメントを発した人は、英語は得意なのだろうが、科学者ではない。
だから、細胞が周りの環境を酸性にするとか、細胞が薬に抵抗するとかが理解できていないようであった。

生物学を知らない人にとっては、細胞が電気を作ったり、細胞同士、接触してお互いを感じ合ったりしている現象を理解していないであろうから・・・。

この挑発に乗せらされた形で、このサイトの常連さん(科学者たち)から、
「訳は間違っていない!」の応援のコメントが寄せられた。

科学者である常連さんは、当然、科学用語には詳しい。おまけに、日常的に科学英文を書いているし、“使える英語”を操る人たちだ。

A氏のような一般人で英語が多少得意なだけでは、常連さんたちに太刀打ちができるわけはない。
しかし、このA氏も強気な人で、自身の主張をなかなか曲げなかったため、議場は大いに盛り上がった。

当然、A氏は科学的な知識がないので、科学者たちが日常的につかっている用語の意味がわからないのである。
辞書には訳が無いなどつっぱっていたが、最後は、A氏は折れた。

このやり取りを読んでいて、学とみ子が感じたことは、
ここに書き込んでいる人達の中には、実際にSTAP裁定に関与した人たちはいるであろう?
最終の報告書が書かれる前に、調査内容の情報が入ってくる立場にいた人もいるのだろう?
であった。
そして、若山氏がどのような証言をしたのかも、知っているかもしれない・・と思った。

桂調査員会は、小保方氏や若山氏を呼んで質疑応答(尋問)をしたが、その実態は全くのブラックボックスである。
小保方氏は、ある程度に調査の様子を「あの日」で語っているが、若山氏の発言は全く不明である。

若山氏は、STAP細胞は特殊な条件で一過性にできたかも知れない?・・・と言ったのだろうか?
学とみ子の勝手な想像で恐縮だが、こんな若山発言があってもよいかと思う。

「STAP幹細胞がどのような性質のものか?幹細胞としての機能と性質をしっかり保有しているかの実験は、私たちの研究室でやった。幹細胞の能力に関する実験を小保方氏一人で空実験ではできない。私は、直前に論文を見せられたが、空実験であれば、即座に空実験とわかるので、その場で論文発表に反対するし、私が論文発表会に参加する事など考えられない(怒り)」
以上の記述は、あくまで想像ですが、幹細胞を作るというのは、その性質を実験で確かめることを含むものだ。

いつか、若山氏からこうしたSTAP幹細胞の話を聞ける機会はあるだろうか?

そして、この筋の人たちが、いつかSTAP事件で見聞きした事を語ってくれる時はくるのであろうか?・・・




コメント(90)
顔アイコン
>幹細胞を作るというのは、その性質を実験で確かめることを含むものだ。

若干、本文の内容を追加しました。
特定個人の発言を想像したりして、恐縮だが、2論文の実験内容については、その筋の人たちが触れたがらない部分であることは確かだ。
写真の取り違えは、実験者の若山氏が言えば、そこが正解だ。

STAP論文は、細胞機能の柔軟性について語った論文で、どの遺伝子がどのように変化すると、遺伝子発現カスケードに影響を与えあっていくのかについて、今後の研究に示唆を与えるものだと思う。

しかし、その筋の人たちは、細胞増殖曲線とか、メチル化実験とか、FACSの実験ミスの話しか語らない。

桂委員会は、幹細胞の実験の実態について、若山氏に何を聞き、若山氏が何を答えたか?は、究極的に重要な点だと思う。

桂委員会は、あえて触れなかったとは言わないが、掘り下げようとはしなかった可能性もあるのか?削除
2018/2/8(木) 午後 10:46学とみ子返信する
顔アイコン
> 学とみ子さん
> しかし、その筋の人たちは、細胞増殖曲線とか、メチル化実験とか、FACSの実験ミスの話しか語らない。

そこしか攻めどころが無いからでしょうね。
分化した細胞が外部からの物理的な刺激により初期化する可能性がある、という論文の主旨とは関係ない話で、問題があるというなら再実験すればいいだけ。

結局、STAP細胞否定派、批判派は、その中心勢力は、STAP細胞潰し(研究予算)、小保方氏潰し(嫉妬)、笹井氏潰し(嫉妬+研究予算)、CDB潰し(研究予算)が目的だったのだと思いますよ。
あとは野となれ、という感じで。

彼らは目的は果たしましたが、笹井氏に関してはやり過ぎてしまった。
一方、小保方氏とその支援勢力(たぶんいるんだと思います)は着々と反撃体制を整えている、というのが現状ではないでしょうか。削除
2018/2/9(金) 午前 0:32[ gen**ron ]返信する
> gen**ronさん
シャープな解説ありがとう。
今後を楽しみにします。削除
2018/2/9(金) 午前 7:00学とみ子返信する
顔アイコン
>そして、感じることは、このスモールワールドに属する人たちは、STAPがESから作られたとする説では、論文を説明するのができない事が分かっている人たちである事だ。

それは違いますよ。
学さんの論文の捉えている場所が違うのです。

2つの図の<ねつ造>のみならず、残存試料(幹細胞、キメラ、テラトーマ)からESが検出された事実は、本論文の最もインパクトがあったキメラマウスの成功を十分に説明しています。

論文においてその考察がどんなに巧妙であったとしても、その基礎となる実験結果の部分が少しでも揺らげば、それらは全て空論となり、論文と共に打ち捨てられるのです。そういう理解です。削除
2018/2/9(金) 午後 0:58[ みずどり ]返信する
顔アイコン
> みずどりさん
>それは違いますよ。学さんの論文の捉えている場所が違うのです。
>論文においてその考察がどんなに巧妙であったとしても、

私がとらえている場所とは、“巧妙な考察”の部分でしょうか?
その“巧妙な考察”を証拠(実験)をもって確定し、完成させたのが論文ですかね。
そうした意味では、キメラもテラトーマもSTAP理論の傍証でしょう。
STAP細胞の場合は、この実験による傍証が間違っていたという事で、論文は撤回されました。

しかし、STAP理論は続いていて、どの方向に展開するかはわからないと思います。
酸性条件が人工的な誘導か?細胞の自律的な機能か?はたまた、想像もつかないような細胞機能が発見されるかもしれません。

みずとりさんは、若山氏が記者会見(6/16)で、STAPがESとそっくりだったら、ゲノム解析をしても何も言えないとした若山発言について、どのような解釈をしますか?削除
2018/2/9(金) 午後 3:41学とみ子返信する
顔アイコン
> 学とみ子さん
>そうした意味では、キメラもテラトーマもSTAP理論の傍証でしょう。

STAP論文において、キメラやテラトーマは傍証ではありません。それらの存在が細胞の多能性獲得の証明そのものだからです。STAPの存在を強く示唆する直接的な実験結果だからです。逆に言えば、それらの結果なくしては、もはやSTAPはないのです。

>STAP細胞の場合は、この実験による傍証が間違っていたという事で、論文は撤回されました。

違います。論文の撤回理由は、理研の調査委が認定した2つの研究不正(DNAのゲルの写真とテラトーマの図)を加えた論文上の多数の誤りでした。

>しかし、STAP理論は続いていて、どの方向に展開するかはわからないと思います。

実証的根拠のないものを「理論」とは、実験科学の世界では言わないと思いますよ。言うならば「仮説」ですね。削除
2018/2/9(金) 午後 5:19[ みずどり ]返信する
顔アイコン
>みずとりさんは、若山氏が記者会見(6/16)で、STAPがESとそっくりだったら、ゲノム解析をしても何も言えないとした若山発言について、どのような解釈をしますか?

幹細胞、テラトーマ、キメラなどの残存試料を解析する前の発言ですから、STAPがある可能性をどこか念頭にしておられたので、そのような発言になったのだと思っています。削除
2018/2/9(金) 午後 5:26[ みずどり ]返信する
顔アイコン
学さん
パートナーの各機関への開示手続き
について
「有志の会」で報告していますので
ご覧くださいね。

それから、みずどり、さんと
応答されてますが

学さんの用語使用についてのみずどり、さんの指摘は妥当なところがあると
私も思います。
素人なのに
でしゃばりな、私ですいません、
訂正をお進めさせて下さいね。削除
2018/2/10(土) 午前 0:08[ Ooboe ]返信する
顔アイコン
みずどり、さん

>2つの図の〈捏造〉
のみならず
残存試料(幹細胞、キメラ、テラト-マ)
からESが検出された、事実は、
本論文の最もインパクトがあった
キメラの成功を十分に説明しています。

(残存試料)STAPはESに由来するとの
最大の根拠となったacrcag共挿入ES
京都大学、大田マウスESの
比較調査試料として取り寄せ解析した
桂調査報告は、最新分析機器による
科学解析に入る前の段階で
その手続きだけの無効性だけでなく
調査サンプルそのものに疑議が
浮上してきています。

残存試料サンプルの調査解析した
桂調査報告書は、もはや
信用性、信頼性が担保されていなかった
文書と主張出来ます。

みずどり、さんの残存試料根拠は、
どんどん弱くなりつつあります。削除
2018/2/10(土) 午前 0:39[ Ooboe ]返信する
顔アイコン
> みずどりさん
> 残存試料(幹細胞、キメラ、テラトーマ)からESが検出された事実は、本論文の最もインパクトがあったキメラマウスの成功を十分に説明しています。

残念ですが、それは違っています。
残存試料のゲノム解析からわかったことは、STAP幹細胞、キメラ、テラトーマのゲノムと残存するES細胞のゲノムが非常に似通ったものだったということだけです。

ES細胞からSTAP幹細胞、キメラ、テラトーマが作成されたと解釈することも、STAP幹細胞からES細胞が作成された(ラベルを貼り替えた)と解釈することもできます。

実際、桂調査委員会の「調査結果報告」にある近縁率表から、ES細胞は事後に作成されたとする議論も出ています。

また、ES細胞説では「光る胎盤」を説明できません。

さらに言えば、STAP細胞とES細胞とでは形状が大きく異なっています(笹井氏の記者会見資料)。
ES細胞のスペシャリストである若山氏、笹井氏、丹羽氏は、実際にSTAP細胞を作成する過程を目撃しています。
これらの人がES細胞とSTAP細胞を混同(誤認)する可能性はゼロといっていいでしょ削除
2018/2/10(土) 午前 5:21[ gen**ron ]返信する
> みずどりさん

>幹細胞、テラトーマ、キメラなどの 残存試料を解析する前の発言です

若山氏は幹細胞の解析結果で十分だと思いますよ。

シークエンスでは、細胞機能を評価できないとの基本論を語ったまでです。あの時、記者が突っ込んだら、残存サンプルのシークエンス解析には限界があると言ってくれたかもしれません。そうなら、
その後の展開が大きく変わったかも…削除
2018/2/10(土) 午前 8:21学とみ子返信する
顔アイコン
> gen**ronさん
>ES細胞からSTAP幹細胞、キメラ、テラトーマが作成されたと解釈することも、STAP幹細胞からES細胞が作成された(ラベルを貼り替えた)と解釈することもできます。

ラベルの張り替えですか・・・。
何でそんなことをわざわざしなければいけないのでしょうか?

>実際、桂調査委員会の「調査結果報告」にある近縁率表から、ES細胞は事後に作成されたとする議論も出ています。

お聞きしていると陰謀論に導くような議論ですね。

わたしはサイエンスと陰謀論とは最も相性の悪いものだと思っています。削除
2018/2/10(土) 午前 8:46[ みずどり ]返信する
> みずどりさん

陰謀論とかでなく、状況が不明であって、誰かが混ぜたとする結論には持って行けないとする意見です。
結果から導ける可能性が他にいろいろあると言うことです。削除
2018/2/10(土) 午前 8:59学とみ子返信する
顔アイコン
みずどり、さん

gen**ronさんの主旨は
陰謀論ではないことは、コメント全体
の流れを汲みとれば理解できます。

また、あなたがgen**ronさんを
陰謀論と指摘した
事案の可能性について、
その疑念が示唆される状況根拠情報や
客観的資料が次々明らかになりつつ
あります。このような事実究明行為を

「陰謀論」「妄想」という
一言で否定できる、便利にくぐれる
用語です。アンチ小保方論者はよく
多用してきました。

「陰謀論」とは、客観的資料根拠に
基ずかず、憶測的なバイアスから
主張を展開して論じることです。
「陰謀論」という言葉の響きは
一般の方々には、
胡散臭い「論」との印象を与える効果が
あります。

着実な検証作業による論旨も
「陰謀論」の一言で否定できる
便利な用語ですね。削除
2018/2/10(土) 午後 1:12[ Ooboe ]返信する
顔アイコン
アンチ小保方論者に
共通しているスタンスは

学さんの全体的な論旨に対する正面からの反証を避け、
部分的に反証できるところに
突っ込みを入れてきます。

このパタ-ンは、STAP論文全体に流れる主旨価値の正面反証はスル-し
論文の本質的でないところの
部分的に反証出来るところだけ
突っ込みを入れるスタンスが
共通していますね。

論文は撤回され否定されたから
論文全体にながれる主旨の
今後の可能性は、ない
再現における、有意な現象にも
見向きもしない。

科学者なら、あらゆることをヒントに
汲みとれる価値には
貪欲であるべきでは?削除
2018/2/10(土) 午後 1:46[ Ooboe ]返信する
顔アイコン
学さんの様々な
科学的考察テ-マ提示には
専門家から、反応がなかったようです。

揚げ足が入れれる時には、これまで
反応して来ていましたのに。
一度、最近の学さん提示テ-マの
全体論旨に対する
正面反証をしてほしいものです。削除
2018/2/10(土) 午後 1:59[ Ooboe ]返信する
顔アイコン
44 名前:名無しゲノムのクローンさん 2018/02/10(土) 08:48:11.29 ID:ph4Xa3l10
STAPとESがすごく似てるとしたら、小保方はなんで捏造してまで
STAPとESは違うというデータを作って公表したのかを説明しないといけなくなる。
学は、そういう都合の悪いことは全部なかったことにしてるから。
小保方と同じ精神構造w削除
2018/2/10(土) 午後 3:06[ 5ちゃんより ]返信する
顔アイコン
5チャンより、さん

あなたは、したらば分身さんのところで
考察の邪魔をして、
荒し続けている輩と同じ精神構造ね

あなた達と同じ小保方否定論を
こちらでは、整然と小保方反証否定論を
主張されておられる方々の
品位を下げてしまうことに
そろそろ自覚されては?

荒しの行為をしてしまうのは、
悪意の精神構造があるからです。
そんなアンチ荒し達と
同一視されては迷惑でしょうから、、、
こちらの一般閲覧の方々は、
そういう現象からも判断するものですよ

小保方否定者になぜこんな輩が多いのか
と、そこに一定の悪意グル-プの
存在があるのでは?と感じてしまうの
です。削除
2018/2/10(土) 午後 6:26[ Ooboe ]返信する
顔アイコン
> Ooboeさん
「陰謀論または陰謀説とは、ある出来事について、広く人々に認められている事実や背景とは別に、何らかの陰謀や策謀があるとする意見を指す名称である。 (ウィキペディア)」

調査資料のサンプルのラベルを誰かが貼り替えることや、

調査結果報告にある近縁率表から事後にES細胞が作成されたとするようなことは、そこに陰謀や策謀が絡んでいるっていうことでしょう?

そうは思いませんか?削除
2018/2/11(日) 午後 5:11[ みずどり ]返信する
顔アイコン
> みずどりさん
> 調査結果報告にある近縁率表から事後にES細胞が作成されたとするようなことは、そこに陰謀や策謀が絡んでいるっていうことでしょう?

近縁率表は桂調査委員会報告書(スライド11ページ)に書かれていることですよ。
桂調査委員会が陰謀論者ということですか?(笑)削除
2018/2/11(日) 午後 6:54[ gen**ron ]返信する
顔アイコン
> gen**ronさん
そのスライドは知っているのですが、
「「調査結果報告」にある近縁率表から、ES細胞は事後に作成された」

というこのあなたの表現では、恣意的に近縁率表が作られた後、それに合わせて、後でES細胞が作られたっていう意味だと思ったのですが、違いますか?削除
2018/2/11(日) 午後 9:21[ みずどり ]返信する
> みずどりさん
>恣意 的に近縁率表が作られ
た後、

調査委員会は、調査結果をそのまま出しましたが、それを見た和もが氏が、細胞が作られた順序を推理したと、私は考えました。

みずとりさんには、とんでもない和もが説なので、もちろん納得できないですよね。削除
2018/2/12(月) 午前 6:09学とみ子返信する
顔アイコン
> みずどりさん
> 「「調査結果報告」にある近縁率表から、ES細胞は事後に作成された」
> というこのあなたの表現では、恣意的に近縁率表が作られた後、それに合わせて、後でES細胞が作られたっていう意味だと思ったのですが、違いますか?

なぜそのように解釈するのか、理解に苦しみますね。
「近縁率表」は「調査結果報告」に掲載されているものです。
桂調査委員会が作成したものですから、恣意的なものでなく、科学的に厳密に作成されたものと思われます。
その「近縁率表」から、「ES細胞は事後に作成された」という結論が導き出されているということです。
それも、科学的、論理的にです。
そのことについて、STAP細胞を否定する側から明確な、科学的、論理的な反論は、私の見ている限り出ていないようです。削除
2018/2/12(月) 午前 6:18[ gen**ron ]返信する
顔アイコン
和モガという人が、桂報告書に付属するスライドの「近縁率表」から、細胞の樹立の順番を論じていますが、暴論です:

* 「近縁率表」は、FES1とFES2が異なる部分について、他の細胞間の塩基の一致度を調べた表です。全塩基を調べたものではなく、そこでの差が、全体的な細胞の違いを表すかは不明です。
* 実際に、全ての塩基について、近縁率を調べると、「近縁率表」とは違った結果が出ます。私のサイトに結果があります。
* 「近縁率表」の数字から、細胞の樹立の順番が分かるというのは、勝手な決めつけです。多くの未証明の仮定が必要です。
* 近縁率が仮に培養時間を反映しているとしても、後で樹立された細胞のほうが、塩基決定までの培養時間が長いこともあり得ます。削除
2018/2/12(月) 午前 8:28[ kanso2 ]返信する
顔アイコン
和モガという人の科学的な説明がどれくらい正しいのか、信用できる専門家に問い合わせ、セカンドオピニオンを得てください。少なくとも、私が見る限り、間違いや暴論が非常に多いです。

「近縁率表」の議論は、和モガという人が言っているだけです。このような、非専門家が言っているだけの暴論(根拠は先に書いたとおりです)、他の研究者には全く認められていない考えをもとに、細胞のラベルの張り替えなどの不正を仄めかすことは異常です。また、そのような暴論を支えに、書類などの証拠を探そうとする試みというのは、馬鹿げています。そういうのは、世間一般では、陰謀論者と呼ばれると思います。無駄なことに労力が使われ、誰も救われません。世のためにならないです。削除
2018/2/12(月) 午前 8:29[ kanso2 ]返信する
顔アイコン
桂報告書に付属するスライドの「近縁率表」は、

* 細胞の樹立の順番を表すデータとして示されたものではないです。ある細胞が非常に似ていることを示した表です。
* その他のことが表から言えるのかどうかは不明です。発表者が主張することについては根拠があるはずですが、その他のことについては、元データに戻って、最終的な数字が使えるのかどうか、過程を検討しなおす必要があります。
* 最終的な論文にも採用されていません。つまり、プレリミナリーなものです。

プレリミナリーなデータの数字から、データの表すもの以外について、決めつけの議論を行うのは危険です。そういうことを平気でする人は科学的に信用出来ません。何度も言いますが、専門家にコンタクトしてセカンドオピニオンを貰って下さい。削除
2018/2/12(月) 午前 8:45[ kanso2 ]返信する
顔アイコン
> kanso2さん
> * 「近縁率表」の数字から、細胞の樹立の順番が分かるというのは、勝手な決めつけです。多くの未証明の仮定が必要です。

> * 細胞の樹立の順番を表すデータとして示されたものではないです。ある細胞が非常に似ていることを示した表です。

桂調査委員会報告書の近縁率表のページのタイトルは「FLS3, CTS1, 129/GFP ES はFES2よりFES1により近縁である」となっています。
桂調査委員会は「FES2よりFES1により近縁である」と勝手に決めつけたということでしょうか?

> 和モガという人の科学的な説明がどれくらい正しいのか、信用できる専門家に問い合わせ、セカンドオピニオンを得てください。少なくとも、私が見る限り、間違いや暴論が非常に多いです。

この分野にお詳しそうなので、ぜひ和モガ氏と議論されたらいかがでしょうか。
私には「間違いや暴論」があることはわかりませんし、近縁率表についてなら、セカンドオピニオンなどという迂遠な方法をとるよりも、和モガ氏のブログで議論していただくと、非常にわかりやすいと思いますが。削除
2018/2/12(月) 午後 5:38[ gen**ron ]返信する
顔アイコン
失礼、ケアレスミスです。
> * 近縁率が仮に培養時間を反映しているとしても、後で樹立された細胞のほうが、塩基決定までの培養時間が長いこともあり得ます。

> 塩基決定までの総培養時間が**短い**こともあり得ます。

しかし、これはマイナーな点です。先に書いた「多くの未証明の仮定が必要」のほうが重要でしょう。例えば、「近縁率表」の数字の微小な差が、培養による変異の蓄積の程度の差を反映したものなのかすら定かではありません。それを前提として進める論は暴論です。削除
2018/2/12(月) 午後 5:41[ kanso2 ]返信する
顔アイコン
> kanso2さん

Kanso2様、お久しぶりです。コメントありがとうございます。
以前、いろいろご教授いただき、ありがとうございました。

和モガ氏は、以前、FES2にFLS3が混ぜられていると推理しましたが、今は訂正しています。この時は、専門家から“間違い”指摘がありました。
このようにはっきりと間違い指摘があると、専門家ではない人は助かります。
Kanso様は、以前、遺伝子の専門家ではないとのことでしたが、研究界にいて専門家と日常的に議論されている方と思います。

今回の様に、漠然と“専門家ではない人は間違う”とのコメントでは、どこが間違いなのか?素人はわかりません。素人と言えど、自分の頭で考えています。
専門家からの指摘でも、指摘が具体的でない場合は、指摘自体を疑います。
ぜひ、今話題の、ミトコンドリアヘテロプラスミーの疑問、FES1の実態?についての専門家のコメントを聞きたいです。
又、最近の和ガモ氏の“STAP細胞は、3つの幹細胞、①ES細胞様、②TS細胞様、③XEN細胞様の三者間で揺らいでいる”の推論について、コメントをいただきたいです。削除
2018/2/12(月) 午後 9:24学とみ子返信する
顔アイコン
> 学とみ子さん
> 和モガ氏は、以前、FES2にFLS3が混ぜられていると推理しましたが、今は訂正しています。この時は、専門家から“間違い”指摘がありました。

この「この時は、専門家から“間違い”指摘がありました」はどの記事をさしているのでしょうか?
とりあえず見てみたら

「129+Terと解析されている核移植ES細胞ntESG1にはちゃんと該当する塩基が現れているが、3つのSNPのFES2にはどれも129+Terの塩基はなかった。
ということはFES2はFLS3を混ぜて作ったわけではなく、もとから129X1B6の受精卵ES細胞だったということになる。」

くらいしか見つからなかったのですが。削除
2018/2/13(火) 午前 5:57[ gen**ron ]返信する
> gen**ronさん
その記載です。
その筋と思われる複数の人から混ぜても解析結果はそうならない!!とのコメントありませんでしたか?

和モガ氏は、過去の文章を残したまま、次なる推論を書きます。つまり、過去の推論が正しいなら、その後の情報がついてくると言っています。
ここが人々の信頼を集めると思います。

新しい情報が出たら、再検討をするのが科学でしょう。そうした意味で、公開データは再検討を要する状況ですね。

和モガ氏は早くから核移植ESにも注目していました。削除
2018/2/13(火) 午前 7:58学とみ子返信する
顔アイコン
学とみ子さま

> ぜひ、今話題の、ミトコンドリアヘテロプラスミーの疑問、FES1の実態?についての専門家のコメントを聞きたいです。
> 又、最近の和ガモ氏の“STAP細胞は、3つの幹細胞、①ES細胞様、②TS細胞様、③XEN細胞様の三者間で揺らいでいる”の推論について、

こんにちは。私の見解では、基本的には、

1.複数の可能性が在る中で恣意的に決めつけている暴論
2.実験記録のない細胞のデータからは現象について何も言えない

で切り捨てることになると思います。和モガさんが主張したいなら、実験科学の方法に沿って研究を行い、発表してピアレビューを受けて下さいということです。アマチュア議論をブログに書いても相手にされないし、何も起こらないです。削除
2018/2/13(火) 午前 8:03[ kanso2 ]返信する
顔アイコン
(つづき)

それよりも、その分野の信頼できる専門家にコンサルタント料を支払って、説明を受けられたらどうですか。つてをたどって紹介を受けるか、論文に載っている連絡先から見つけます。今回の場合には、ゲノム解析や発現解析の専門家です。例えば和モガ氏の書く内容を見せて、見解を聞くわけです。そうでもしなければ、ちゃんとした説明は受けられませんし、納得できないんじゃないでしょうか? 医者に病院で診て貰うのと同じことです。削除
2018/2/13(火) 午前 8:04[ kanso2 ]返信する
顔アイコン
kansoさん

あなたが、出された、全塩基解析による
近縁率を
桂調査スライドぐらいの
纏め方をなさって
こちらで、分かり易く
説明していただけませんか?削除
2018/2/13(火) 午前 8:26[ Ooboe ]返信する
顔アイコン
補足です。

> 2.実験記録のない細胞のデータからは現象について何も言えない

これがなぜ重要かというと、記録がなければ、他人によって検証できないからです。何をどのような条件で培養して取ったデータなのか分からないと、実験を追試出来ないということです。科学というのは、他人を納得させてくプロセスです。その基本には、再現できるということがあります。他人に確かめられない現象というのは科学の対象になりません。データがあるだけで、それはもはや、「ネッシー」を撮影したらしい謎の写真と同じことです。いくら詳細な議論をしても、その正しさを確かめる方法がないので、どうしようもないです。やるべき事は議論でなく、現象を再現する方法を示すことです。削除
2018/2/13(火) 午前 8:30[ kanso2 ]返信する
顔アイコン
kansoさん

和モガ暴論説を支えに、書類など証拠を
探そうという試みは、馬鹿げている
とは、パートナーと私のことを差していると思いますが
やはり小保方否定論者は、陰謀論者というくぐり方をするんですね

私達は、STAP問題における社会的、
人事的、組織的疑議からアプロ-チしています。和モガ説を支えに展開など
していません、
考察の参考にはいたしますが。削除
2018/2/13(火) 午前 8:44[ Ooboe ]返信する
> kanso2さん
>医者に病院で診て貰うの と同じことです。

知識のない医者、バカな医者を判断するのは患者サイドです。患者は命かかっています。患者はいろいろ調べたり、医者と話し合います。医者が間違ったら、返ってくるのは患者サイドです。

一部の医者が公にでたらめを言ったら、他の医者が反論しますよね。今回、そういう状況が無いんです…。

研究者層から和もが説への反論を期待しています。

私には和もが説がとても勉強になっています。そして、世の中への影響力は大きいです。この説に問題あるなら、研究者層は動かないといけないでしょう…。削除
2018/2/13(火) 午前 9:23学とみ子返信する
> Ooboeさん
>あなたが、出された、全塩 基解析による 近縁率を

お手数ですが、この近縁率のサイト教えてもらえますか?削除
2018/2/13(火) 午前 9:39学とみ子返信する



このブログでは、科学教室をやるつもりはない。そもそもブログ主は科学の先生ではない。
しかし、STAP細胞の謎を考えるには、細胞の性質をかじっていた方が良い。

Oct4、Sox2、Klf4およびc-Mycの4個の山中因子(遺伝子)を、レトロウイルスを使って体細胞(体細胞の意味は、すでに分化して体の一部となった細胞の事)の中に入れ込むと1%前後の確率で誘導多能性幹細胞(iPSCs)ができることは良く知られている。

iPSは、そこから人工的な組織や臓器を作り、医学や治療に役立てようとの試みがあり、人びとの熱い期待が向けられているのである。

しかし、iPSができる確率は高くない。他の残りの細胞はさまざまな状態に変化してしまい、死滅したりで実験には使えない状態となってしまう。
不安定な細胞は医学研究には使えない。細胞ごとの能力は均一ではない。

体細胞は刺激により、それぞれにリプログラムされるが、一定の性質を維持できる状態になれるかどうかは、細胞の性質や能力に依存する。

iPSとして幹細胞化する確率が低いのは、そうなる能力を持つ細胞が少ないからであろう。
超エリートは少ない。
幹細胞は、自らと同じ状態を維持したまま増殖できる細胞である。そうならないと幹細胞とは呼べない。

STAP細胞がキメラも作れず、幹細胞にもなれないとしたら、STAP細胞は科学として何の意味もない!再現性がないからSTAPはねつ造だ!と考えている人がいたら、その個人は細胞そのものに興味を持ってみると良い。
小保方氏への気持ちだって変化していく。

実は細胞の初期化という試みは、がんの研究にも重要なテーマとなっている。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23144933

上記の論文は、線維芽細胞から、山中因子を入れ込んで培養を繰り返し、がん細胞を作成し、その遺伝子制御を調べる研究である。
遺伝子を導入させた(ウイルス感染させた)線維芽細胞は、その後継代を続けると、最初は元の細胞の形態を保っているが、やがて分化し始め、これをハンギング(つりさげ)培養すると、多能性を発揮する細胞に変化していく。
ハンギング培養で底に落ちた細胞は、増殖能をもつ幹細胞に変化するとのことである。

つまり、自己と同じ状態にある細胞を生み出す能力と、増殖する能力を共に維持した細胞となるのだ。これは、自己再生性多能性を持つ癌幹細胞(iCSCs)を作ったことになる。
この一次癌細胞を免疫不全マウスのリンパ節に注入して、採取できた細胞は二次癌幹細胞とのことだ。STAPでも登場するテラトーマの作成だ。
つまり、選ばれた再生能力の高い細胞を人工的に安定的に得て、がんの遺伝子制御を知るための研究材料とするのである。

上記論文の意訳
ヒト誘導多能性幹細胞(iPSCs)は、体細胞における転写因子の一過性発現によって再プログラムされる。体細胞の約1%をiPSCに再プログラムすることができる。自己再生性多能性細胞から多能性癌幹細胞(iCSCs)へと誘導できる。誘導上皮幹細胞(iESC)から、胚様体形成および連続継代すると安定的なiCSCとなる。 iESCおよびiCSCは、免疫不全マウスへ移植すると効率良く奇形腫を作る。第1のiCSCから奇形腫が作られ、さらに第2のiCSCを作れる。この細胞は安定的に維持される。
体細胞に多能性腫瘍原性が加わる機序は、iPSCのフルリプログラミング機構に先立ち、多能性コア因子およびMyc関連因子活性化が体細胞に起きてくるためである。





相変わらず、周回遅れの文章を書いていて申し訳ないが、前回ブログで書いた通り、学とみ子が今思っていることをもう少し書いてみる。

すでに解明されていること、有力な説があることなど、学とみ子が間違いであると言えることは、ご指摘ください。
但し、小保方氏によるESねつ造は絶対確定!などの意見では困ります。

まずは、STAP論文の撤回理由書の英文がある。
ここには、“STAP幹細胞は、疑い無く実在するとは言えない”と書かれている。

注目すべきは、撤回理由はSTAP幹細胞だったということだ。
つまり、小保方パートではない。

この文章は、技巧的な英文に見えるが、書いたのは誰であるか、どなたか情報がある方はおられるであろうか?

ネイチャー編集部との交渉には、バカンティ氏、若山氏、笹井氏があたっていたのだろうが、ネイチャー編集部の意向はどのように働いていたのか?

STAP論文の撤回理由は、幹細胞が再現できないからと謳っているのである。
撤回は若山氏が率先して行ったと多くの人が思っているが、「あの日」には撤回文章が書き換えられたと、小保方氏は書いている。

文章を書き換えた人は、若山氏その人であるか?若山氏は、どの程度にネイチャー編集部へ主張できたのかはわからない。若山氏は文章を書き変えたのは、ご自身ではないと言っている。他の人の手により文章が書き変えられたのかもしれない。

撤回理由書における英文と日本語版との関連は不透明と思う。
日本の分子生物学会あげてねつ造主張をしていたのだから、ネーチャー編集部に対する日本からの抗議は相当に強く、その波の影響をネイチャー編集部も受けていたと想像できる。

しかし、この時の学会理事長が違う学閥の学者であったら、ここまで学会からの抗議は高まらなかったと思う。
分子生物学会に属する多くの学者たちが、ESねつ造を支持したわけではない。
学者たちはそれぞれが戦士であり、独自の戦略を持つ人たちだから、相互の意見はまとまらない。
理事長のポストも順番で廻ってくる仕組みと思う。

しかし、桂報告書が断定してしまった今となっては、学会員から自由な意見は出にくい。
国や理研、そして学会に逆らう行為はあえて避けざるを得なくなる。
だから、専門者からES否定の意見が出てくるのは、あと数年は待たないとならないだろう。

専門者からES論を否定する意見が出ていないとの事実をもって、ES説の正当性を訴える人は、諸事情を考えていないと思う。

しかし、時間がたっても、NHK、毎日、日経などのマスコミが、ES混入否定論をサポートするとは思えない。

理研の一部の学者たちは、ES論で世界を納得させようと、ネーチャーに論文を載せた。
この論文をアクセプトすることが、ネーチャー編集部が期待した事なのか?
ネーチャー編集部が世論を見て、何かを判断した結果だろうが、その意図はわからない。

これとて、ESねつ造論を信じる学者が書いたものに過ぎず、論文とはそうしたものである。
著者が信じた事を科学的証拠と一緒に示せば論文となる。
著者が間違えていないという保証はない。
しかし、この論文で示した結果が、恒久的な正解を示したものであるかのような評価をマスコミはしている。

この撤回騒ぎの前、かねてから、バカンティ研究室の実験内容に反発するライバル的なハーバードの基礎学者たちは、ネイチャー編集部に強く抗議をしていたであろうし、ノフラー氏なども率先してSTAPを否定した一人であろう。

論文がアクセプトされない査読の時点ですでに、ルール違反ぎりぎりのさまざまな情報が、ネイチャー編集部に寄せられていたかもしれない。

結局、撤回までの全貌を知り得る人はいないと思う。

その後、「あの日」が発売になった時、前ブログで紹介したように、マスコミからは小保方氏を非難する記事が書かれた。
つまり、「あの日」は、上司である若山氏に対し、部下の小保方氏が責任をなすりつけるために書いたもので、とんでもなくひどい本であるとマスコミは騒いだ。

しかし、実際の「あの日」は、小保方氏が若山氏に真実を語ってほしいとの強い願いをこめて書いたものと思う。しかし、マスコミはそうした視点では語らない。

「あの日」には、検証実験において、理研が、常識がはずれた厳しい監視体制を実施したことが書かれているが、この時に理研組織は、従来の上層部とは異なる層の人たちに実権を握られていたと思われる。やりすぎた監視体制は、とりもなおさず、成功されては困るとのねつ造派の懸念を示すものであった。

ここまでやるなら、実施者は、監視の実情を英文で書いて世界に紹介すれば良かったではないか?と思う。
今となっては、こうした事実のひとつひとつが、STAP事件の異常性として列記できる。

マスコミは、小保方氏非難を徹底してやっているわけだが、一方で、マスコミは若山氏の立場も悪くしている。
若山氏は追うべき責任を逃れてポストを維持したと非難する一般人は少なくない。
この状況で、マスコミは、若山氏の立場をさらに悪くしてもかまわない。
窮地にある人への取材は、マスコミにとって次なるネタだ。

STAP事件後、笹井氏、小保方氏のメンタルはボロボロであったのだが、このつらさは若山氏も同様であり、彼の思考過程も相当に乱れていた可能性がある。

そうした状態の若山氏は調査委員会で何を語り、どのような証言をしたかは、全くブラックボックスである。

提出された若山氏の実験ノートはどのようなものであったのかも、詳しい情報は公表されていない。
桂報告書は、小保方氏が実験ノートを提出しないと非難したが、担当した実験の実態を明らかにしていないのである。

調査委員会において、若山氏が小保方を擁護する発言もしたであろうし、一緒に実験をしていた若山氏は、小保方氏の様子は一番良くわかっているはずだ。(これには反論はあるかもしれないが・・・・・)

6月16日の若山氏の記者会見では、STAP細胞がESとそっくりな構造であったら、どんなに遺伝子調査しても、何も言うことができないと若山氏は専門的な説明を行っている。

調査委員会でも再度、若山氏はこれと同様な発言をしたかもしれないのである。
この理論があれば、STAPはESを混ぜって作られたとの結論には持ってこれないのである。
(しかし、そうした実験者の発言があったにもかかわらず、調査委員会はゲノム構造解析を集中して行っい、そして結論した・・・・)

STAP細胞、STAP幹細胞についても、桂調査委員会は、ES細胞との比較実験についての聞き取り調査を慎重にしたであろう。その時、若山氏は、これらの専門的実験のすべてを、小保方氏がひとりでやったなどと証言したとは思えない・・・。桂調査委員会の委員たちも、小保方氏が一人で空実験をしたとは思わないだろうから、疑問は出ていたはずだ。

幹細胞が、培地の条件やシグナル操作により、ESやTSの状態の遺伝子制御の間を行ったり来たりするとの実験成績は、高度にこの分野に長けた研究者のなせる技の実験である。

いづれにしろ、若山氏が何を証言したのかは、調査委員会が情報を出さないために全く闇の中なのである。
若山氏は自らの責任を回避していた!小保方さんが怪しいと若山氏は思っている! などの嘘の情報を第三者が流してしまうこともできるのである。

調査委員会における実際の若山発言は無視された部分もあるかもしれないし、若山氏自身では多くを語ることができなかったかもしれない。

ESが混ぜられた、かつ、大事な実験は小保方氏による空実験であったとしないと話がまとまらないのである。
STAP事件への調査背景として、周囲からの画策がさまざまな形であった事が想像できる。

共著者同志の対立をあおれば、著者同志でお互いを疑わしく思い攻撃しあってしまう。
それぞれの著者らが、ESねつ造論に反駁しようとするエネルギーを、別の人が削ぎ取ることができてしまう。
 
すべての調査が終わって残ったものは、小保方氏にとっても、若山氏にとっても、その後の人生が耐えられない程に不利なものになってしまったのではないだろうか?

世界の研究者の評価は、日本のようにマスコミ的興味本意のものとは異なる。

STAP事件から人々は多くを学べると思う。未来ある研究者たちが、権力抗争や画策の犠牲にならないためにだ。

研究者が足元をすくわれず、それぞれの研究にまい進できる研究環境を確保してこそ生まれる、生物系科学界の新発見なのだろう。
相澤論文は2016年に書かれたものなので、当時はこの論文が書かれた時に、議論がおきたはずです。学とみ子は周回遅れで相澤論文を書いているわけで、申し訳ないところがあります。

それで、以前に相澤論文やオースティン・スミス教授にふれている記事がないか?とネット検索をしましたら、やはりありました。
オースティン・スミス教授とアイリーン ラザロ博士について、詳しく載っていました。写真も載っています。
相澤論文に対する査読の文章の訳も載っていました。
http://ryobu.hatenablog.com/entry/2016/09/20/192250
http://ryobu.hatenablog.com/entry/2016/09/10/035327

大変、くわしく訳文が載っていますので、ご興味ある方は読みに行ってください。

過去の情報に気づかず、昨日の学とみ子が記事を書いてしまったのですが、学とみ子の情報不足でした。

オースティン・スミス教授について書かれているサイトがありました。中村公政氏がブログ主です。
http://lunedi.sblo.jp/article/176837238.html

前エントリーにひき続いて、相澤論文の査読者であるオースティンスミス教授、イレーン ラザロ氏 (Irene de Lazaro氏、マンチェスター大学)の文章を紹介しよう。

幹細胞研究の大御所であるオースティンスミス教授は、キメラ達成をもって軸とするのをSTAP論文と呼び、脾臓細胞から万能性を獲得した細胞をSTAP細胞と呼んで、言葉の使い分けを意識して文章を書いてくれている。

オースティンスミス教授は、最初に概略を述べている。第三者の人が実験の様子を監督する状況で、小保方氏が作成したSTAP細胞が、以後のキメラの実験に使われたが、STAP論文は再現できなかったとした。科学界にとって不透明な疑問として残っていた部分について、相澤氏らは再現実験を行い、その結果、有用なデータを得たのが、今回の相澤論文であると評価している。そして、蛍光を発する特徴的な細胞形態から、小保方氏がSTAP細胞らしきと判断できる凝集塊を得ることができたと言っている。(ここ大事です)

オースティンスミス教授は、状況が明らかになったのは良かったと言っている。しかし、オースティンスミス教授はこれ以上は語らず、ただ、良かったといっているだけである。

知的な常識人であれば、STAP論文の背景には、公表できない裏事情があることを悟ると思う。それぞれネーチャー論文を担った実験者の立場に配慮して、オースティンスミス教授は多くを語りたくないと考えたと推察する。

彼は、単純にESが混ぜられてSTAP細胞ができたとは考えていないと思う。ESねつ造説なら、あの膨大で精力的なSTAP細胞とES細胞の比較実験はどうなってしまうのか?研究者なら、まず、ここが気になるところであるはずだ。

理研はお家の事情で語りたくないようなので、オースティンスミス教授もつっこまないというスタンスなのではないだろうか?

しかし、科学的見地から、オースティンスミス氏は、1回目の査読では、レポーター遺伝子(GFP)の入っていない野生型マウスでは、蛍光はどうなるのか?ESの緑色蛍光の強さと比較するとSTAP細胞ではどうか?子宮に戻す前の注入胚の細胞が生きているかの確認をしてるか?どの位の量の細胞があればキメラ形成となるのか?などの、質問をしている。

一方の イレーン ラザロ氏は、以下のようなコメントであった。
多数の胚にSTAP細の注入を試みたデータからしても再現ができなかったとする結果であったとまず総括し、実験そのもののは良く組み立てられていると評価している。

イレーン ラザロ氏が疑問に思う点があり、そこを(相澤氏が)考察をすることで、相澤論文の役にたてば幸いだというソフトな論調で複数のコメントを語っている。言葉は丁寧だが、実際には、いろいろな興味深い重要な指摘をしている。

① 元ネーチャー論文では、FACSでCD45+を集めているが、今回はコマーシャル試薬(Lympholyte M)を用いているが、なぜか?

② CAG-GFPマウスが、元ネーチャー論文とは違う系統のマウスか?

③ 元ネーチャー論文では、STAP細胞を4.5日胚へ注入しているが、今回の相澤論文では、2.5-3.5日胚への注入になっているが、なぜか?

④ Tangらや、Angelesらは、赤色蛍光は、自家発光だと主張しているが、この点が明らかにされていないがどうか?緑色の自家発光なら、GFP抗体で消えるか?GFPのqPCRやGFP蛋白を測定するとかはしないのか?GFPを持たない野生型マウスと比較しても自家発光の有無がわかるのではないか?

⑤ 2016年に発表された丹羽らによる検証実験の論文成績があるが、厳しい監視条件下で小保方氏が作成したSTAP細胞を使用したのかどうなのか?

⑥ Angelesらは、自家発光を厳しく論じているが、どうなのか?

これらの,イレーン ラザロ氏の指摘に対して、相澤氏は次のように答えています。
① コマーシャル試薬(Lymphocyte M)を小保方氏が以前は用いていた。ですから、この実験がうまくいったら、次はFacsを用いてソートする予定だった。

② 元ネーチャー論文で使われたCag-GFPマウスの系統や種類は不明である。若山氏によればハワイ大学で維持していたマウスとのことだが詳細はわからない。Cag-GFPマウスの種類は元ネーチャー論文と今回の実験では異なるが、その違いが成績に影響したかはわからない。

③ 元ネーチャー論文では、zona pellucida(透明帯)に注入したとあるが、4.5日胚ではzona pellucida(透明帯)は消失している。そこで、私たちは、2.5-3.5日胚への注入となった。4.5日というのはタイプミスか、あるいは、若山氏による胚の発育を遅らすなどの独自の手技があったのかもしれないが、私(相澤氏)にはわからない。

④ GFP が光っているSTAP細胞凝集塊では、RT-PCR反応で確認できた。しかし、緑色蛍光が出ていても、必ずしもRT-PCR反応で確認できないが、これはpreliminaryなデータだ。

⑤ 丹羽氏のデータは、小保方氏の作成したSTAP細胞を用いたものでなく、私(相澤氏)の検証実験とは別物だ。

以上で、相澤氏の答えは終わりです。

以下は、学とみ子のブログ記事です。
これらのコメントなどを読んで、考えることは、人それぞれに多様と思う。

日本のような情報操作に巻き込まれていない外国なら、知識人たちはSTAP事件に対して、日本とは異なる評価があるはずである。、