STAP事件での学とみ子の一番の疑問点は、実験はいかにしてやられたか？という問題なのです。
桂調査委員会は若山氏が提出した多くの実験ノートを公開しなかったのです。
前回の2月７日のエントリーでの議論が盛り上がり煩雑になりました。
しかし、参考になる議論なので、こちらで別建てして、少し考えを整理をしてみました。
前回の2月７日のエントリーでは、以下のような記述があります。
“学とみ子が若山氏だったら”と、おこがましくも設定し、若山氏のせりふを想像したものです。青字
「STAP幹細胞がどのような性質のものか？幹細胞としての機能と性質をしっかり保有しているかの実験は、私たちの研究室でやった。幹細胞の能力に関する実験を小保方氏一人で空実験ではできない。私は、直前に論文を見せられたが、空実験であれば、即座に空実験とわかるので、その場で論文発表に反対するし、私が論文発表会に参加する事など考えられない（怒り）」
“学とみ子が若山氏だったら”と、おこがましくも設定し、若山氏のせりふを想像したものです。青字
「STAP幹細胞がどのような性質のものか？幹細胞としての機能と性質をしっかり保有しているかの実験は、私たちの研究室でやった。幹細胞の能力に関する実験を小保方氏一人で空実験ではできない。私は、直前に論文を見せられたが、空実験であれば、即座に空実験とわかるので、その場で論文発表に反対するし、私が論文発表会に参加する事など考えられない（怒り）」
幹細胞を作るというのは、その性質を実験で確かめることを含むものだ。
そこに、gen**ronさんがいろいろご意見をくれました。茶字
＞STAP細胞潰し（研究予算）、小保方氏潰し（嫉妬）、笹井氏潰し（嫉妬＋研究予算）、CDB潰し（研究予算）が目的だったのだと思いますよ。
あとは野となれ、という感じで。
＞STAP細胞潰し（研究予算）、小保方氏潰し（嫉妬）、笹井氏潰し（嫉妬＋研究予算）、CDB潰し（研究予算）が目的だったのだと思いますよ。
あとは野となれ、という感じで。
たとえ、研究所に問題が山積していても、どこの社会も、耐えがたきを耐え、忍び難きを忍ぶものでしょう・・・と、この時の学とみ子は無常観を感じました。
本文には、学とみ子が以下のように書いていました。
｛このスモールワールドに属する人たちは、STAPがESから作られたとする説では、論文を説明するのができない事が分かっている人たちである事だと｝
そこへ、みずとりさんが、すーとすべるように登場です。
学とみ子に対するみずとりさんの反論（青字）がありました。
＞学さんの論文の捉えている場所が違うのです。
２つの図の＜ねつ造＞のみならず、残存試料（幹細胞、キメラ、テラトーマ）からESが検出された事実は、本論文の最もインパクトがあったキメラマウスの成功を十分に説明しています。
論文においてその考察がどんなに巧妙であったとしても、その基礎となる実験結果の部分が少しでも揺らげば、それらは全て空論となり、論文と共に打ち捨てられるのです。そういう理解です。
これに応じて、思わず学とみ子からも出たのが以下のコメントでした。
＞キメラ、テラトーマは傍証でしかないと・・・。
（学とみ子としては、この実験の重要性を否定するつもりはなかったのですが・・・。STAP論文については、その先も論じて欲しいとの希望でした）
学とみ子からみずとりさんへ質問しました。
＞若山氏が記者会見（6/16）で、STAPがESとそっくりだったら、ゲノム解析をしても何も言えないとした若山発言について、どのような解釈をしますか？
以下がみずとりさんに答えです。青字
＞若山氏が記者会見（6/16）で、STAPがESとそっくりだったら、ゲノム解析をしても何も言えないとした若山発言について、どのような解釈をしますか？
以下がみずとりさんに答えです。青字
＞幹細胞、テラトーマ、キメラなどの残存試料を解析する前の発言ですから、STAPがある可能性をどこか念頭にしておられたので、そのような発言になったのだと思っています。
すでに、この時、若山氏はSTAP細胞が元マウスとは違う遺伝子構造であったことを知っていました。若山氏は、STAP幹細胞の質についても、確かめているはずです。そうした実験の経緯を思い出すと、若山氏は今でも、STAPはあったかもしれないと考えているかも・・・と、学とみ子は想像します。みずとりさんは考えたことがありますか？
さて、次なる登場は、kansoさんです。
近縁率から想定される細胞の作成順についての和モガ説への反論です。茶字
近縁率から想定される細胞の作成順についての和モガ説への反論です。茶字
＞## 近縁率表について
ここで「近縁率表」と呼んでいるのは、「STAP細胞論文に関する調査結果について」ページにある「調査報告書（スライド）」の１１ページのことです。
「FLS3, CTS1,129/GFP ESは FES2よりFES１により近縁である」という表題が付いています。
ここで「近縁率表」と呼んでいるのは、「STAP細胞論文に関する調査結果について」ページにある「調査報告書（スライド）」の１１ページのことです。
「FLS3, CTS1,129/GFP ESは FES2よりFES１により近縁である」という表題が付いています。
FES1, FES2 というゲノムのよく似た細胞があります。その異なった塩基のうち、点変異と見なせそうな部分 24649塩基を抽出し、その範囲だけでいくつかの細胞を比較すると、FLS3,CTS1,129/GFP ESという３つの細胞株が、FES1の方によく似ている（近縁率 > 99%）ということを示しています。つまり、よく似た細胞が２つあって、さらにそのうちの１つに３つの細胞が非常によく似ていることを示すデータです。
和モガさんは、３つの細胞とFES1の間の近縁度に、３つの細胞の間で微妙な違いがあることに着目し、その数字の差が、培養による変異の蓄積の程度を反映しており、細胞の作られた順番に影響されると決めつけて議論を進めています。でも、そんな証拠はありません。値の違いに測定値としての意味があるのかどうかすら確かではありません。そう言うためには、実験や見積もりなどの議論が必要です。
和モガさんは、３つの細胞とFES1の間の近縁度に、３つの細胞の間で微妙な違いがあることに着目し、その数字の差が、培養による変異の蓄積の程度を反映しており、細胞の作られた順番に影響されると決めつけて議論を進めています。でも、そんな証拠はありません。値の違いに測定値としての意味があるのかどうかすら確かではありません。そう言うためには、実験や見積もりなどの議論が必要です。
## 全塩基でゲノムを比較したときの近似度について
たとえば、これが私が計算してみた一例です。
expo70.xyz/image/k80-distance-matrix-4.png
このときの値は、木村の方法による配列間距離で表しています。つまり、値が小さいほど、配列が似ています。配列は測定によるばらつきをどこまで許容するかによって変わってきます。だからここでの値も、相対的なものです。また、同じ細胞株を２回シーケンスしたサンプルの間で、既に 3.03 x10^-4 の違いがあります。つまり、FES1や他の３つの細胞株の間の違いというのは、測定に伴う「ばらつき」ぐらいしかないということです。
expo70.xyz/stap-related-cells.html
にまとめてあります。
expo70.xyz/stap-related-cells.html
にまとめてあります。
さらに細かく違いを見ても、（２回のシーケンスで異なる測定による「ばらつき」らしきものを除くと）ほとんど塩基は細胞株間で一致しています。
expo70.xyz/image/FES1-FES2-specific-SNVs-in-STAP-related-cells.png
ここから推測するに、「近縁率表」で見ている近縁率の違いというのは、シーケンスに伴う「ばらつき」に因るのではないかと思います。データから言えるのは、３つの細胞株のゲノムは、ＦＥＳ１のものにほぼ一致していている、また、３つの細胞株の間の違いは「ばらつき」とほとんど区別ができず議論できない、ということだと思います。
以上、kansoさんのご説明でした。式に関するところは、当ブログレベルでは無理です。どなたかご解説を。
一方、和モガ氏が近縁率から想定した作成順は、2015年7月22日のエントリーで論じられています。
この時は、誰も知らない小保方冷蔵庫内の129/GFP ESが何であるか？を解説する事などに、和モガ氏の主眼があると思います。そして、FES2,核移植ESにも注目しています。
そして、和モガ氏お得意の推理で、誰かが小保方冷蔵庫内にES（=129/GFP ES）とラベルされたSTAP幹細胞FLS3を置いたのではないか？としました（あくまで推理です）。
そもそも、誰も知らない細胞が理研冷蔵庫内にあるということが奇異ですし、すでにこの時点で理研冷蔵（凍）庫内残存サンプルを調べても意味がないことを示しています。
しかし、検体の正当性という基本を反故にして、混入確定の結論が出ました。
検体は正当か？の疑問は、遺伝子の理解がない一般人であっても、容易に不信に思える点でした。
次なるはyap*ari*w*katt*na*さんです。
今回、以下の重要なご指摘をいただきました。
今回、以下の重要なご指摘をいただきました。
yap*ari*w*katt*na*さんはプロの科学者でないと宣言されました。
但し、この発言の解釈はブログ読者次第です。
そのyap*ari*w*katt*na*さんから以下の貴重なコメントです。青字
＞小分けしたチューブ間であっても、この解析方法で出される近縁率に差は出る。
その時、差の大きい方が後から作成されたという結論を導くのは、科学的に明らかに間違いである、という、極めて単純な話なんですけどね。
まず、塩基決定時には測定時に機械的誤差が生じる。
これに加え、塩基コピーミスは、ひとつの細胞レベルで起こること。
この個別のミスが全体の細胞集団にどのような影響を与えるかは別もの。
（ミスは除去されたり、修正されたり）と、細胞集団が変化していく事を考慮すべきということでしょうか？ESでも分化しやすいもの、死滅するものと、ずいぶんと細胞能力ばらつくはずです。
このように、ゲノム決定には、測定機器の誤差を考慮すべき点、細胞培養継代条件の不透明さにも配慮が必要との事でした。
近縁率と作成順の関連性を論じる時は、慎重にすべきとのことです。
一方、gen**ronさんは、理研は、塩基決定の不安定さを考慮して、近縁率の数値を公表すべきだったとおっしゃっています。
学とみ子は、いらしてくれたyap*ari*w*katt*na*さんに質問しました。
＞理研はなぜ機能解析をせずに、塩基配列にこだわったのでしょうか？
yap*ari*w*katt*na*さんは答えられました（青字）。
細胞の由来を調べるのに塩基配列を解析するのは当然のことで、なぜそこを疑問に感じるのか、全く理解できません。
として、学とみ子の聞きたかった”理研はなぜ機能解析をしなかったのか？あるいは公表しなかったのか？”についてのご意見はスルーされてしまいました。
この乱戦の経過中に、ため息先生風貌の匿名さんが参戦されました。
私は「暴論」「無意味」という（yap*ari*w*katt*na*さんの）見解に賛同です、 とおっしゃっています。
尚、せっかくいらしてくれた匿名さんにも、学とみ子が聞いてみました。
＞相澤氏らが検証実験前に言っていたのは、残存アンプルの正当性は信頼できないから検査しても意味が無い！！でした。それが、検証実験をやる理由でしたね。・・・理研内のSTAP派は、残存アンプルの正当性を最初から疑っていたのですよ。
ここに匿名さんのご意見ありますか？
ここに匿名さんのご意見ありますか？
これに対しては、匿名さんの答えは今のところ無い気配です。
そして、終盤の終わりに、yap*ari*w*katt*na*さんによる以下の記述となります。青字
仮に、ここに学さんの脳細胞と心筋細胞があったとしましょう。
それぞれ、ひねくれていたり毛が生えていたとしても、塩基配列を調べれば、学さんの細胞であることが判りますよね。
ここに、gen**ronさんの拙い脳細胞を持ってきて比較しても、塩基配列は異なります。 判りますよね？
それぞれ、ひねくれていたり毛が生えていたとしても、塩基配列を調べれば、学さんの細胞であることが判りますよね。
ここに、gen**ronさんの拙い脳細胞を持ってきて比較しても、塩基配列は異なります。 判りますよね？
STAPはESで作られたとの理論で、ネイチャー論文を書いた理研の研究者たちは、yap*ari*w*katt*na*さんのこの途方もない解説に泣きますよ。
Ooboeさんは、こうした議論には加わらず、自らの方向性を決意されています。
以上、皆様からそれぞれに貴重なご意見でした。
で申し訳ないですが、学とみ子の独断と偏見の視点でまとめてみました。
学とみ子の間違い、勘違いはあるかもしれませんが、すみませんが、以後のご指摘に応じない場合もあります。
又、建設的なご意見をお待ちしています。