上の尾関氏講演の動画を見ての短い感想を、前回記事のコメント欄に追加しましたが(青字)、今日は、更なる追加で、私の感想を若干書いてみようと思いました。
サイエンスカフェと名付けられた啓発活動の催しで、関氏や尾関氏によりSTAP細胞が語られていました。

この動画の後に、たまたま続いてできた動画では、元朝日新聞記者の講演があり、その中で、こんな話がありました。講師の尾関 章氏は、知人の中に、京都大学の生命倫理の学者がいるそうで、この専門家はSTAP現象はあると言っているとのことです。しかし、尾関氏は無いといっています。なぜ、尾関氏は専門家の意見を尊重できないのでしょうか?
これがマスコミの実態ですね。若いエリート女性のねつ造事件は、世の興味をひくということなんだなあ~とのため息ものでした。ため息先生とは関係ないですけど・・・。引用おわり

尾関氏について上のような評価をしてしまっていますが、実は書きすぎでした。すみません。
マスコミは皆、ESねつ造派か?という先入観も災いしました。

尾関氏は専門外ということもあるようで、実は、あまりSTAP細胞の実験内容には触れていません。無いとは思う立場だが、あるかもしれないとの言い方です。

むしろ、STAP細胞については、一般人が持ちやすい素朴な疑問を語っています。
こちらの方が、学とみ子には興味深いものでした。

ベテラン記者である尾関氏でさえ、STAP細胞は偽物っぽい!との漠然とした第一印象を持ったようです、

あの大々的なSTAP細胞の記者発表の時には、すでに尾関氏は記者を引退していました。
一般人の立場で、同僚が書いた新聞発表を見たようです。

うら若き女性がノーベル賞級の発見をしたということがすごい事だとは思ったが、なぜかさめていて、心躍ると言うことは無かったと、尾関氏は語ってします。
そして、尾関氏が自ら感じたこの空虚感は何なのだろうかと自問自答したそうです。

尾関氏は、理由をいくつかあげていたのですが、本当の話でないような印象があったとのことでした。彼は、本当の話ではないと言っているのではありません。そこが遠藤氏の言い回し(あり得ないと表現)とは違っています。

“何百年にもわたる細胞生物学の歴史を愚弄する”との表現は、論文発表時に新聞にも載った位、有名になりました。

画期的との言葉が強調されすぎて、かえって尾関氏の心がマイナス方向へと進んでしまったのです。

理研や笹井先生が使った画期的を強調した説明が、逆に、信じがたいこととして、記者たちに伝わった部分もあったのかなあ~?

紅茶と同じ位の弱酸性の溶液につけるだけで、細胞が初期化して増殖を始める?!
本当なのか?
酸性雨だってその位だろう?
酸性雨にあたったら、そこの皮膚から何か出来物ができるというのか?

植物では、接ぎ木や挿し木で葉や茎などの組織が再生するけど、動物の細胞は厳密にそこはコントロールされているはずじゃあなかったのではないか?
といった疑問だったとのことです。

朝日新聞は、“刺激で細胞が初期化する”との見出しを載せたのですが、 “刺激だけ”の部分が強調され、ええっ!“刺激”で細胞が受精卵のようになっちゃうの?との嘘っぽいイメージが第一印象にあったようでした。

生物系の人間にとっては、細胞を紅茶に付けるとのイメージは無いし、酸性以前に浸透圧でダメになってしまうと考えます。よっぽど、気をつけないとすぐ死んじゃうと考えます。

まして、人の体は緩衝液や、腎機能、呼吸機能、代謝機能など多くの生体反応で、厳密に酸性度がコントロールされています。酸素供給の途絶えた体内では、生体を維持しているエネルギーがすぐ枯渇して、細胞を生かすための電池切れが起きます
人工的に細胞を培養するときにも、培地の酸性度は厳密に保たれています。
生物系の人間なら、酸浴が危険がことはすぐわかります。

STAP細胞実験での酸浴条件でも、設定が難しいです。
プロトコールエクスチェンジではこのあたりも多くに触れていて、STAPアーテクル論文Extended Fig1では、aからhまで、19個の図表を載せて議論されています。
PH 4から6.8までの条件で、Octの発現がどのように変化していくかが記載されていますし、酸浴後0日、3日、7日と経過を追って、GFP+のCD45―へと変化した細胞がどのような割合で増えてくるのかの詳細結果が、酸浴有無の条件別で載っています。
ここらあたりは、小保方オリジナルな実験結果でしょうね。想像するに、手早い作業が必要ですし、全体としては手間暇かける実験ではないでしょうか?

そして、尾関氏は次のようにも言っています。
記者発表では、簡単な刺激と言いながら、実際の論文を見てみたら、Discussionには、“それまで細胞が経験したことのないような強い刺激にさらされると多能性の細胞になる”と書いてあるじゃあないか?と言っています。
つまりこの強い刺激との記載部分と、新聞発表のギャップに疑問を感じたと言います。

裸の状態の細胞が生き延びるには、それなりに厳密な培養条件管理が必要であることから考えると、上記の赤字文章は生物系の人間なら、何の問題も無いと思うのですが、なじみの無い人にとっては、こうした些細な記載が、その後の大きな誤解につながることがわかりました。

予想できないところで、人びと(彼らは記者だけど・・・)の誤解を招くようなことがあったのです。騒動が起きた時、笹井氏や小保方氏が、人びとの誤解の質にアプローチできたら、解説内容も変わったかもしれません。

記者会見では、記者たちの消化不良な専門質問が飛びかい、基礎から掘り起こした解説的なSTAP細胞のしくみに関する質疑応答がありませんでした。
ES派学者の熱心なマスコミむけ広報活動が成果をあげ、人びとの誤解が募る状況だけが重なっていったようでした。
STAP細胞の数回の記者会見で、強い口調で批判する記者たちの質問内容を聞いていると、ES派の学者たちから吹き込まれた情報そのままという印象を持ちます。
強い調子で追及する記者の姿は、ねつ造を暴こうと頑張っている人たち(つまりねつ造は本物)のように思えるとの印象を、一般の人々に与えたのか知れません。

今後の話になりますが、こうした一般人の誤解を前にすると、小保方氏が直接DVDで解説をするなどの企画もありと感じました。誤解解消に役立つのではないでしょうか?
小保方氏がDVDに登場すれば、まさに真打の登場です。

彼女自身でDVDのナレーションをして、細胞の柔軟性について図表を示して語りながら、混入などをしたら、この成績は出す事ができませんと解説や啓発をすればよいでしょう。
今の世の中、”うんこ漢字ドリル”だって、教育ツールになっています。

実は、尾関氏はSTAP細胞の真偽についてはあまり触れていないのです。

むしろ、尾関氏が気にしていることは、文科省のガイドラインに権力的締め付け要素が感じられるとの解釈でした。
つまり、理研への官僚的支配を懸念しているようでした。
“国益”に沿った研究環境のあり方と言ったような表現に、彼は抵抗を示していました。

朝日新聞は、国家的権力に対して常に批判的スタンスですし、そこで育った尾関氏は、権力組織が科学研究所を管理する体制を懸念しており、むしろ、そこが講演の主軸となっていたようです。

文科省のガイドラインの最後の部分の結語は、朝永博士の言葉を引用して、“理研は研究者の楽園”として充実した研究組織であることに努めたいと結んであるようです。
(当方では、内容の確認はしていませんが)

文科省のガイドラインの最後に、知的活動の格調を感じさせる部分があることから、尾関氏は、結語を書いた人は、本文を書いた人とは違うでしょうと言っていました。
記者であれば、政治的資料は、どの部分は誰が書いたとかがわかるからですね。

尾関氏の主眼は、STAP細胞の真偽より、理研の管理体制の在り方でした。
これはこれで大事なことであるとは思います。

机上の空論のようなガイドラインより、“理研は研究者の楽園”であるためには、STAP事件のフェアな裁きは必須でしょう。
https://www.youtube.com/watch?v=Q_mKm9El658
tai*****さん、ご紹介のビデオみました。ショックですね。

彼は、この時点で本気でESねつ造を信じています。だから、第三者への説得力もあるのかなと思いました。

今、彼はどのように思っているのか、桂報告書、トランスクリプトーム解析、丹羽氏のOct発現実験などのその後の成績が出てきている今、どのように考えが変わっているのでしょうか?
ご自身のES混入説に疑問を感じているなら、とてもうれしいですけど・・・。

ビデオざっと見て、特にNo3と質疑応答を見ました。講師の関氏は、この時点で本気でESねつ造を信じています。

小保方氏らが出したストレス後の0-3日後の細胞のビデオを出していましたが、これが緑色をだしています。これが論争を呼んだのですかね?まず、酸浴後0-3日後の細胞のビデオでは、STAPの存在はわからないでしょう。

Oct-GFPは、ストレス後翌々日から出現し始め、7日目ピーク(分母の全細胞数は少なくなるので割合では7日がピーク)の緑色凝集塊を生じている細胞です。

ビデオ画像が酸浴後0-3日後であり、多能性を獲得したSTAPはこの後にできてくる凝集塊の細胞です。酸浴後3日でまでに、細胞数は三分の一から半分に減り、7日間全体では8割前後(実験でばらつく)が死滅するようです。論文Fig1dは、最も成功した実験でしょう。

そして、関氏は彼自身でも線維芽細胞を酸浴させて観察し、緑と赤フルターで光ったのは死細胞の証拠であると言いました。
関氏は酸浴後7日まで経過を見て凝集塊を確認したとは言っていません。恐らく見ていないでしょう。彼の実験では、酸浴で皆死んだのですよ。

その位、酸浴実験の条件は難しいのではないですか?世界中で失敗しているのはそのためでしょう。
しかし、関氏には酸浴が難しいとのイメージが無いと、学とみ子は感じました。

だから、STAPはねつ造に違いないと関氏は信じました。
それでも、ES用の培地でSTAPなる細胞が死滅するのはおかしいなあと思っていたところに、ES用培地でSTAP(実はESと関氏は信じている)が死ぬとの実験は、小保方氏の手によるとの若山発言を聞いて、さらに、小保方論文はねつ造であると信じたのだとわかりました。

そして小保方氏は、僕ら(関氏のこと)とは違う特殊な人だと言っています。小保方氏は、自ら、やっていることが分からなくなる人だと言っていました。この発言はびっくりです。

小保方氏は、細胞をすりかえてもすりかえたことが分からなくなる人ではないか?と関氏は言っていました。そして、関氏は、小保方氏については何の感情ももっていないし、倫理的なことはわからないので、真実探求にのみ興味を持ったと言っています。

関氏の頭の中では、もし、間違ったら小保方氏に申し訳ないとかを懸念するとか、自分(関氏)が小保方氏の立場だったらどうしようかとか、そうした配慮は無いことがわかりました。

関氏はそうした特殊な嘘つきに会ったことがあるのでしょうか?
一流学者がとりまく研究環境で、周りからも信用されていてかわいがられていた人(小保方氏)が、実は大嘘つきで、自らの嘘にも気づかない人であったと、関氏が本気で信じているということは驚きでした。

関氏は、興味本位な精神科医の話につられ、小保方氏はそうした人であると信じて疑わないように見えました。

マスコミもそうした報道を盛んにしましたよね。
ひどい精神科医がいたものです。医者はピンキリです。

歳を重ねた人であれば、知的分野で機能している社会人で、自らの嘘に気づかないような精神障害のある人に、一生の間に出会える確率が極めて低いことがわかりますよね。
ほとんどの人は、生涯のうちに知り得る人の中にはいないでしょう。

世の中には、嘘をつく人、時間がたって嘘を忘れてしまう人もいるでしょう。
しかし、若い知識人で、嘘と本当が分からない人などいますか?

関氏は若いですね、そして生命科学です。生身のメンタルトラブルを抱えた人にも触れたことがないのではないでしょうね?

このビデををみて、tai*****さんはSTAPの理解を深めたのですか?
それでは、もうしばらく学とみ子のブログサイトにて、STAPについて徹底討論しましょうよ。
これは、根本氏のブログ、 “石川智久氏の告発対象の細胞の件”での文章です。青字
https://blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/18312247.html

もし最初の告発状や受理された告発状に、若山清香氏が作製し盗まれたものとして特定して記載してあるのは、保全リストNo117の129B6ICSIESと、No132番のntESBDF1GFP5の2本のみということがはっきりしているのであれば、話が違ってきます。

この議論は、今後次第のところがあります。

議論噴出の原因として、婦人公論での小保方氏の書き方に問題ありとの意見があります。

しかし、現時点での状況では、混入疑惑の渦中の小保方氏が、思わせぶりとか、かけひきと言われようが、自らの無実のための行動をしているというところだと思います。
名誉回復の戦いは何より大事です。

混入しただけでは、STAP論文は書けません。
仮に、若山夫人が129/GFP ESの持主だったとしても、彼女が混入の犯人にはなりえません。

混入説の採用した場合、STAP論文の構成から考えると、混入犯は小保方氏しかいません。
ESをまぜるだけでは、STAP論文は成立しないのです。

若山研究室では、幹細胞がESが異なるとの実験をしました。
少なくとも、若山氏は小保方氏を含み若山研究室スタッフらの実験を監督管理しました。

その後、笹井氏、丹羽氏の指導と協力で、小保方氏は追加実験をしたようです。
これらができたのは小保方氏しかいません。
混入説では、小保方氏以外の若山研究室スタッフが、ES混入してキメラはできても、その後をねつ造することはできないでしょう。

撤回されたとはいえ、STAP論文が今後もダウンロード(有料)できてしまうということは、この論文は、生物学のみでなく、他の分野などの研究材料となるかもしれません。

研究や議論の対象としての事例に使われるということになるかもしれません。
例えば、STAP事件が社会学の分野で研究対象として、“研究所で起きるトラブルの背景”に興味を持つ研究者もいると思います。

婦人公論暴露の余波が続いている影響で、当ブログのアクセス数が増えている。
以前の読者は、6割強が60代で、性別では男性が6割であったが、このところ、50代が6割であり、アクセス者が若返っている。
せっかく、婦人公論余波でアクセス者が増え、読者も若返ったこの機会に、このブログの主張点をまとめてみた。

まず、このブログでは、ESねつ造は無いと言っている。
「あの日」にあるように、実験は行われているし、小保方氏は実験に取り組み、若山研究室も独自で実験を行い、そのクレジットは大きい。
ES混入説では、STAP論文を完成させられない。

しかし、若山氏はなんらかの理由でSTAP論文を撤回したかった。
第三者機関が遺伝子の挿入部位を15番と間違えたことをきっかけに、若山氏はその他の著者らに論文撤回を呼びかけた。
その公の理由は、テラトーマ画像や使用マウスが間違っている事であったが、他にも論文には複数で間違いがあると若山氏自らが言った。

その後に発売された「あの日」に、若山氏は再現実験ができないことを理由に、笹井氏に責任著者を降りることを申し出た事実が書かれている。
さらに、驚くべきことに、論文執筆中に、小保方氏と若山氏の間に会話が無いという異常状態があったこともわかった。

STAP細胞が再現できない事、マウスが異なる事、論文ミスが多い事は、若山氏の撤回主張の主たる理由となっているが、実は、若山氏にとって、もっと大きな撤回理由があるかもしれず、あるいはどの要因が最大なのかは、若山氏のみが知る。
そして、若山氏自身でも耐えられない事の優先順序が変化していったかもしれない。

いずれにしろ、多くの実験を担った若山氏が、STAP論文のミスを指摘したのだから、小保方氏はひとたまりもない。

若山氏が実験を行い、写真をとったのであれば、彼の言う事がすべてである。
例えば、若山氏がESの写真だと言えばESであるし、違う写真に見えても、若山氏が同じマウスだと言えば同じマウスである。

本来、小保方氏の実験でも同様な扱いであり、小保方氏が渡されたマウスからSTAP細胞を作ったといったら、その細胞は、小保方氏の主張通りに作られている。
誰もES由来だとは言えないはずだ。
論文に書かれた実験内容において、著者の言い分は正しい。

研究現場においては、実験者の行為や主張は周りも肯定する。
たとえば、第三者が、実験者に疑義のある行為の疑いを持つことはできても、そうであると決めつけることはできない。

実験室の内部で行われる行為、サンプルを移動させた、片付けた などの操作でも、研究者でトラブルになることがあるが、こうしたことに警察は動かない。

さらに、盗難、偽装行為などの犯罪や不正であっても、後になって警察が踏み込んだ時、その問題行為の証拠探しは難しく、警察は決定ができない。
サンプルが持ち主以外の人に荒らされても、解決が難しい。

今回話題になっている129/GFP ESについて、若山夫人が作ったものであっても、実際に、それが盗まれたかもしれない。
盗んだ人が小保方氏の冷凍庫に入れておいたかもしれないとのストリーもある。
若山夫人が129/GFP ESの持ち主であったとしても、混入犯になるわけではない。
混入できる人は、不特定で存在する。

桂調査委員会による調査で、STAP(幹)細胞は、ESとほぼ同じゲノム構造であった。
しかし、小保方氏がESを混ぜてないと言えば、一般常識では、この主張は認められるべきである。

主張が認められない場合とはどのような状態かを考えると、混ぜている現場を誰かに見られているとか、本人が自白するとかしかない。それ以外に、何かあるだろうか?

若山研究室には、近交系マウスを扱い、ほとんど遺伝子型が同じマウスがいて、クローンマウスの技術も世界一である。
こうした研究環境で起きた事件で、ゲノム構造で細胞同一性を語ることなどはできないはずである。

しかし、マスコミや理研の研究者の一部が、小保方氏をES混入犯に仕立てた。
最後の頼みの綱として、桂調査委員会の公正裁定に期待したが、桂調査委員会までもES混入と結論づけた。

そして、おまけに、理研は、“STAP細胞はESから作られた”との論文の発表までした。
実は、この論文を書いた研究者たちは、将来にわたり、研究者として不利な事をしてしまったのではないか?と私は思う。
あくまで、STAP細胞は既存のES細胞と酷似であるとのタイトルにとどめていた方が良かったのではないか?と思っている。

なぜ、このタイトルになったのかの裏事情は不明ではあるが、想像した。
事の顛末に不満を持つネーチャー編集部のなせる業か?である。
つまり、ネイチャー編集部の方から、このES由来とのタイトルを著者らに要望したのではないか?

何度も言うようだが、ここで強調したいのは、ES混入させたらSTAP論文はできあがっていないという事である。
前回の投稿ブログで書いたように、STAP細胞は膨大なデータで、ESとの比較実験が行われている。

こうした多数の図表をねつ造するなどの大々的な不正行為が真実なら、学術界の反発は途方もなく大きいものだ。
実際には、こうした反発は無く、小保方氏に直接接している研究者たちは彼女をサポートした。

桂調査委員会は、研究不正についての調査が目的であるとの主張にこだわり、各実験の正当性について掘り下げなかった。そして、若山氏、小保方氏の実験ノートの調査を未公開とした。

個々の実験責任者には一切触れず、小保方氏が実験データを出さないから調査ができず、調査できないものは不正ではないとした。
故意か偶然かと問わず、ES混入を結論的事実として示した。

もちろん、この裁定には、若山研究室も不満であったはずである。
ES混入を採用してしまうと、犯人がいることになる。

小保方氏がESを混入させて、その罪を若山氏になすりつけるストリーと、若山氏がES混入をして、その罪を小保方氏に負わせるストリーしかない。

押し付けた方も、押し付けられた方も、一生を通じた大変な心の負荷になる。

こうしたことを考えてみても、自尊心が高く、頭の良い研究者がやるような不正行為ではない。
まして、今回の事件は、なすりつけ行為が、天下にしらしめられ、世界的レベルなのである。

若山氏は、諸々の事情で、STAP論文を撤回しようと必死になった。そうした若山氏の行動が、マスコミやESねつ造派の人たちに利用されてしまった可能性がある。

若山研究室の窮地を知った石川氏は、告発を決意し、STAP実験の実態がもっと明らかになる(ねつ造実験ではないことがわかる)ことをもくろんだかもしれない。

石川氏による告発は、若山夫妻も望んだ展開(混入説の否定)であったと想像するのは、あながち、的外れでもないのではないか?



コメント(145)
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>ES混入説では、STAP論文を完成させられない。

ですが、論文の筆頭著者は「あの日」で若山氏がESを混入したことを示唆するような書き方をしています。
これはとても不可思議な事ですね。何故なら、小保方氏は若山氏が作製したFI幹細胞を自ら解析し、ES細胞との違いを証明しているのですから。
学さんはこの小保方氏の矛盾をどう説明されますか?

>今回話題になっている129/GFP ESについて、若山夫人が作ったものであっても、実際に、それが盗まれたかもしれない。

129/GFP ESは、若山清香氏が作製したものではないことが明らかになりました。
学さんは
「もし、小保方氏の発言が129/GFP ES以外の細胞であったらら、STAP派はがっかりですね。公開日記に思わせぶりを書いたことになりますから・・・。この件は、彼女の名誉がかかっていると思います。」
と書かれていましたが、思わせぶりな事を日記に書いた小保方氏に対し、今どのように感じていらっしゃるのでしょうか。


書き込みを控えると言いながら、長居をしてすみません。もう少し、お邪魔させてください。削除
2018/3/6(火) 午前 0:20[ tai***** ]返信する
> tai*****さん

>129/GFP ESは、若山清香氏が作製し たものではないことが明らかになり ました。

今後の情報次第ですが、129/GFP ESではないかもしれません。そうなるとどのサンプルであっても、盗まれたとの証言自体が大事となります。
その場合でも、ここでの混入説否定論はそのままです。

権力のない立場の人が、上から潰された時、どう戦うか?について、このブログはフォローしています。削除
2018/3/6(火) 午前 7:50学とみ子返信する
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>129/GFP ESは、若山清香氏が作製し たものではないことが明らかになりました。

必死なのは良く分かりますがね。明らかになったと言えるのは、129/GFP ES以外のES細胞で告発当初の石川さんの行動を説明出来てからですね。削除
2018/3/6(火) 午前 11:21[ チラ見 ]返信する
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学さん
>権力のない立場の人が、上から潰された時、どう戦うか?について、このブログはフォローしています。


このブログの趣旨がそういうことなら、「ES混入説では、STAP論文を完成させられない。」などと書かない方がいいと思います。

学さんが仰る様に、STAP論文はES細胞の混入を否定しています。そして、その実験を行ったのは小保方氏です。
であるなら、彼女は最後までES細胞の混入を否定するはずです。
彼女は何故、「あの日」で若山氏に疑惑を向ける様な記述をしたのですか?

ES細胞混入の否定をした論文を書いた小保方氏は、「あの日」でさらにそれを訴えるべきだったのではなかったのですか?削除
2018/3/6(火) 午後 3:59[ tai***** ]返信する
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> tai*****さん
小保方氏の気持ちはわかりませんから、今までに出た情報から、上記のように考えてみたというところです。
他の方の意見をお聞きしたいです。

「あの日」を読む限り、小保方氏が若山氏に抱く感情は複雑であろうと感じますが、基本は、「どうか、若山先生、(私を)助けてください」だと思います。

そして、「私にも覚悟があります」と、少しの凄みもきかせたかな・・・と。削除
2018/3/6(火) 午後 7:11学とみ子返信する
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桂調査委員会の近縁率表については、2015年4月に、DORAのブログですでに問題にされていましたね。
「バックグラウンドが同じであれば、別々に細胞が樹立されても99.95くらいの一致率はあるわけである」と。

辻褄が合わない(DORAのブログ)
2015/4/12(日)
https://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/13150608.html

桂調査報告の例のスライドのことなのだが、ちょっとおかしなことに気がついた。
FES1と、129/GFP ES、FLS3、CTS1との一致率がそれぞれ99.28、99.33、99.16。
129/GFP ESと、FLS3、CTS1との一致率がそれぞれ99.95、99.93。
見ての通り、一致率がひと桁違う。これは明らかに有意な差である。
さらに言えば、ntESG1とntESG2の一致率は99.95である。おそらく、ntESG1とntESG2はバックグラウンドが同じである。つまり、バックグラウンドが同じであれば、別々に細胞が樹立されても99.95くらいの一致率はあるわけである。(続く)削除
2018/3/7(水) 午後 0:20[ gen**ron ]返信する
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(続き)
したがって、一致率がこの程度であれば、バックグラウンドが同じであることは言えても、同じ細胞であるとは断定できない。これはひとつのコントロールといっていいと思う。
そこで、一番言いたいのは次のことである。反オボの描いたストーリーでは、「FES1=129/GFP ES」だったはず。両者はまったく同じ細胞株であるはず。なのに、99.28の一致率しかないというのは、どういうことなのだろうか。129/GFP ESとFLS3との一致率(99.95)よりひと桁低いというのは、どういうわけだ? あり得ない。どう考えてもおかしいだろう。
こういうデータを出しておいて、「FLS3の正体はFES1です」と判定する調査委の神経がわからない。
とりあえず、言えることは、この解析結果には、人為的な細工がある。どのサンプルに、どうラベルしたかが不明だ。削除
2018/3/7(水) 午後 0:20[ gen**ron ]返信する
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これはその第二弾。

辻褄が合わない(その2)(DORAのブログ)
2015/4/13(月)
https://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/13152199.html

まず、もう一度繰り返しておくと、FES1と、129/GFP ES、FLS3、CTS1との一致率は、それぞれ99%台である。
そして、129/GFP ESと、FLS3、CTS1との一致率は、どちらも99.9%台である。
これだけオーダーが揃っていると、これは誤差ではなく、有意な差であると見なしていいと思う。
つまり、一致率がひと桁異なるのである。
このことを念頭に置いた上で、反オボのストーリーを述べる。
反オボによれば、大田氏はFES1を全て持ち去ったつもりが、一部忘れ残した。それが、小保方さんのフリーザーで見つかった129/GFP ESである。つまり、129/GFP ESのチューブの中味は、FES1そのものである。
にもかかわらず、99.28%の一致しかないというのは、おかしい。ntESG1とntESG2でさえ、99.95%一致しているのである。(続く)削除
2018/3/7(水) 午後 0:23[ gen**ron ]返信する
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(続き)
まったく同一細胞株であるにもかかわらず、その程度のオーダーの一致率というのは、おかしい。
さらに、反オボによれば、129/GFP ESを用いてFLS3を捏造したことになっている。つまり、129/GFP ESを培養して出来たのがFLS3である。129/GFP ESとFLS3、この二つの一致率が99.95%もあるのである。
なんと、同一細胞株であるはずのFES1と129/GFP ESとの一致率(99.28)は、129/GFP ESとそれを培養してできたFLS3の一致率(99.95)よりも、ひと桁も低いのである。
反オボの描いたストーリー、そして桂調査報告書の出した結論は、この時点で破綻していると思う。
おそらく、129/GFP ESの中味はFES1ではない。したがって、FLS3の由来はFES1ではない。FLS3は捏造ではなかったことになる。

※ntESG1(129B6F1G1)の樹立は2007/8/3、ntESG(129B6F1G2)の樹立は2005/1/20。削除
2018/3/7(水) 午後 0:29[ gen**ron ]返信する
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約3年前の記事で、すでに論破済みのものを持ち出して、、

素人さんがまた恥をかきたいのかな?削除
2018/3/7(水) 午後 1:30[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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必死ですね(笑)。削除
2018/3/7(水) 午後 2:05[ gen**ron ]返信する
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返答に窮した時の「時間の無駄」、自身の荒唐無稽を否定された時の「必死ですね(笑)」。

ほんと、ワンパターン。必死なのはあなた。削除
2018/3/7(水) 午後 2:19[ 渋谷さん ]返信する
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必死な人がたくさんいる(笑)。削除
2018/3/7(水) 午後 2:36[ gen**ron ]返信する
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論破済みって、2回のNGSデータの測定誤差が3.03×10^-4あるから細かいデータを比較しても意味ないって話ですか?
これ、2回のデータが技術的誤差のときはという話で、生物学的誤差の場合は培養変異がデータに表れたという話になりますよね。このデータ載せた人、2回のデータが生物学的な重複なのか技術的な重複なのか分からないって言ってますけど?削除
2018/3/7(水) 午後 6:11[ チラ見 ]返信する
> チラ見さん

勝手に人の意見を妄想しないように。

そもそも、「まったく同一細胞株であるはずの」というブログ主がおかしいでしょ。
不正調査報告書には、FLS, CTS, 129GFP はFES1由来、とあります。
その時点で相手にする必要のない戯言なんですよ。削除
2018/3/7(水) 午後 7:28[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
だから、そのへんの議論も終わってるんですよ。「由来」であることは何の関係もないの。わかってんのかな。削除
2018/3/7(水) 午後 7:44[ . ]返信する
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DORA氏は、NGS解析の素人です。専門的な解析結果に関する、素人の想像に基づく批判を読んでも仕方がありません。ちゃんとした専門家を探し、説明を受けましょう。>皆さん

こういうと、「権威主義だ」という人が出てくるんですね。

だから、私は、自分でもNGS解析をやってみて、DORA氏の書いていることが、NGS解析の詳細を理解していないことによる間違いと分かります、と言うわけです。

すると、「匿名のブロガーなので信憑性が低い」と言われるわけです。

じゃあ、自分で信用できる専門家を探してセカンド・オピニオンを貰ったらどうか?と私は言うわけです。

だけど、そうしないんですね。ちゃんとした確認をしたくないんです。自分の信じていることが間違っている可能性を検証したくないからですね。おそらく。
(つづく)削除
2018/3/7(水) 午後 7:56[ kanso2 ]返信する
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そもそもDORA氏が書いた報告書への批判が本当に正しいなら、何年もほっとかれるはずがありませんね。要するに、まともな人たちは、誰も相手にしていない、なぜなら、正しくないからです。あるいは、ちゃんとした、検証の場に出さないで、ヘンな人達の間だけで信じているからですね。検証しないんです。似非科学の典型的なあり方です。削除
2018/3/7(水) 午後 7:56[ kanso2 ]返信する
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必死ですね(笑)。削除
2018/3/7(水) 午後 8:02[ . ]返信する
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素人の妄言と思うなら、そんなにご自身の主張に確信があるのなら、ほっとけばいいんじゃないですか?
誰も相手にするはずがないし、いずれ誤りは正されるのですから。

相対性理論は間違っていた、というブログ記事があったり、コメント欄にそうした投稿があったとしても、「○○氏は、相対性理論の素人です。専門的な相対性理論の検証に関する、素人の想像に基づく批判を読んでも仕方がありません。ちゃんとした専門家を探し、説明を受けましょう。>皆さん」などと書き込む専門家は、まずいません(学生でもいないでしょうね)。

なのに、STAP細胞騒動については、それもある特定の方面の話題になると、突然専門家を名乗る人、あるいはその方面に詳しいそぶりをする人が出てくるのはなぜなんでしょうね。いつも不思議に思うのですが。削除
2018/3/7(水) 午後 8:47[ gen**ron ]返信する
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この人の多次元スケーリング(MDS)の図、細胞間の類似度を距離で表してるんですよね。細胞の種類をnとするとマッピングには(n-1)次元必要で、2次元(平面)で表わせるのは3種類まで。細胞、9種類あると8次元空間じゃないとマッピング出来ないです。それを強引に2次元上にマッピング。でも、MDSのアイデアをみると4種類が平面上にうまくマッピングされてるから9種類でも出来ると騙まされてしまうかもね。これ、最初に4点を適当に平面上にプロットして、その2点間の距離を逆に測って、その数値を書き込むという手口ですよね。削除
2018/3/7(水) 午後 8:48[ チラ見 ]返信する
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> gen**ronさん
>素人の妄言と思うなら、そんなにご自身の主張に確信があるのなら、ほっとけばいいんじゃないですか?

何度も何度も説明されているけど、その素人の妄言に基づいて誰かに対する誹謗中傷をやめないからでしょう。「いつも不思議」って、何回説明されても聞いていない(聞く気がない)だけじゃん。削除
2018/3/7(水) 午後 9:18[ 匿名 ]返信する
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> 匿名さん
> その素人の妄言に基づいて誰かに対する誹謗中傷をやめないからでしょう。

DORAのブログ記事に基づいて誰かを誹謗中傷した人っているんですか?

あと、「誰かに対する」とは誰のことでしょうか?削除
2018/3/7(水) 午後 9:32[ gen**ron ]返信する
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> gen**ronさん
やっぱり聞く気なんてないんですね。

その記事を含め、素人の妄言に基づいて、
・桂委員会は仕組まれた調査だった
・ESねつ造は偽装された。若山研の誰かの陰謀だ。
といったコメントが止みません。明確な根拠があるならまだしも、素人の妄言に基づくそういった憶測は、桂委員会や若山研メンバーへの謂れなき誹謗中傷です。削除
2018/3/7(水) 午後 9:36[ 匿名 ]返信する
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何度説明しても聞く気なんてない、そして理不尽な誹謗中傷を繰り返している自覚すらない人のために、kanso2さんやyappariさんのような人たちが根気よく説明しているのに、自分の主張が通りそうになくなると、「必死ですね(笑)」で逃げる。その無限ループてす。削除
2018/3/7(水) 午後 9:45[ 匿名 ]返信する
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UNIXをかじった人なら、理系でなくとも(多分)自宅PC程度でWGSのデータをみることができる。
既成のソフトにかけるだけだ。(HDDはでかいほうがいいかど)

BCAの著者やkanso2さんは今でも疑念はないのかな?削除
2018/3/7(水) 午後 9:49[ Ts.Marker ]返信する
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> Ts.Markerさん
トランスクリプトーム解析をなさっていますね。
解析なさってわかった事実を、今後も啓発していってください。小保方氏の大きな味方ですよ。

あなた方のように、頭の良い方の中には、こうしたことができてしまう方がいるってことですね。
本当に、すばらしいと思います。日本の科学は、人びとの努力で変わります。

kanso2さんやyappariさんのような人たちは、この成績にどのような評価をするかを、書かなければいけない立場ではないですか?削除
2018/3/7(水) 午後 9:58学とみ子返信する
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ちゃんと読んでわかってもないのに偉そうに言うから笑われるのよ。削除
2018/3/7(水) 午後 10:05[ . ]返信する
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匿名さん
>何度説明しても聞く気なんてない、そして理不尽な誹謗中傷を繰り返している自覚すらない人のために、kanso2さんやyappariさんのような人たちが根気よく説明しているのに、自分の主張が通りそうになくなると、「必死ですね(笑)」で逃げる。その無限ループてす。


同感です。
間違った情報に騙されることがないように。
罪を犯していない人が、謂れのない誹謗中傷を受けることがないように。

真剣に根気よく議論している方々に対して、「必死ですね(笑)」と嘲笑うかのようなコメントする人間性は、いったいどこから来るのでしょうね。削除
2018/3/7(水) 午後 11:35[ tai***** ]返信する
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> tai*****さん
> 真剣に根気よく議論している方々に対して

「約3年前の記事で、すでに論破済みのものを持ち出して、、
素人さんがまた恥をかきたいのかな?」

「返答に窮した時の「時間の無駄」、自身の荒唐無稽を否定された時の「必死ですね(笑)」。
ほんと、ワンパターン。必死なのはあなた。」

これが「真剣に根気よく議論している方々」ですか?

ただ、tai*****さんの言う「罪を犯していない人が、謂れのない誹謗中傷を受けることがないように」は賛成です。
本当に、その通りと思います。削除
2018/3/7(水) 午後 11:50[ gen**ron ]返信する
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> .さん

>だから、そのへんの議論も終わってるんですよ。「由来」であることは何の関係もないの。わかってんのかな。

そうですね、貴方が何を書いてるのかは、全くわかりません。

そのへんの議論って、何ですか?
どう終わってるのですか?
「由来」というのは重要なキーワードなんですが、なぜ貴方は何の関係も無いといわれるのでしょうか?


できれば、通じる日本語でコメントしていただきたいですね。削除
2018/3/8(木) 午前 7:29[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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さて、リアルでは色々と忙しいし、放置しても良かったのだが、何故か理解できないおかしな人達(?)から絡まれたままなのも嫌なので、なるべく判りやすく説明してみよう。

まず、DORA氏の近縁率99.9x%と99.2-99.3%の違いへの着目は鋭いといえる。
これを普通に考えるなら、例えば、忘れ残されたFES1のサンプルがあり、これを様々なSTAP研究に使用するために増殖・継代培養を何回か行い、複数のチューブに小分けして保存し、あるものはFLS作成時やCTS作成時の混入に使用され、あるものは129/GFP ESのラベルを付けて保管されていたとすると、、
増殖・継代培養の間に生じうる培養変異が蓄積されていくことを考えれば、FLS、CTS、129/GFP ESの間の近縁率はお互いに99.9x%であり、FES1との近縁率は99.2-3%であったという結果も説明がつくし、
「FLS、CTS、(129/GFP ES)は、FES1由来である」という調査報告書の記載ともしっくりくる。
(続く)削除
2018/3/8(木) 午前 7:58[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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(続き)
ところが、折角の鋭い着眼点なのに、これからDORA氏は無理のある「反オボの描いたストーリー」なるものを勝手に作り上げ、さらには誰も使っていない「まったく同一細胞株である」という独自の表現も付け加えて、「反オボのストーリーは破綻している」というおかしな結論にしているのだ。

まあ要するに、間違ったストーリーを勝手に「反オボのストーリー」と妄想して、それが破たんしていると指摘するという、いわば不正なマッチポンプ、愚劣な詭弁、悪質な猿芝居というようなものだろう。


しかし、、 そんな酷い過去の記事をわざわざ3分割連投でコピペしてきた人の意図はどこにあるんだろうか?
まさか、小保方擁護者はこんなに出鱈目なことばかりしているんですよ、ということを晒し者にしたいわけではあるまいが。削除
2018/3/8(木) 午前 8:00[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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DORA氏の議論への私見

・「近縁率表」で主張されているのは、3つの細胞株(FLS3, CTS1, 129/GFP ES)が、FES1、FES2と較べて、FES1により近縁であるということである。それ以外の目的に使えるかどうかは不明である。
・「近縁率表」は、FES1―FES2間で違う(と判定された)塩基についての情報でしかない。その意味で、FES1(のシーケンスデータ)はデータ処理上で特殊である。FES1と他の3つの細胞株の1つの間の「近縁率」と、他の3つの細胞株の間での「近縁率」を、比較して良いか分からない。検証が必要である。少なくとも、他の比較軸でも「近縁率表」を作ってみる必要があるだろう。
・つまり、FES1-他の細胞間で、他よりも「近縁率」が小さめなのは、解析上の見かけのものかもしれない。
・実際に、特別な塩基だけを抽出せずに4つの細胞株間を比較すると、値だけを見たときに、FES1と129/GFP ESの間が最も近いという結果も得られる(自解析)。
・すなわち、DORA氏の議論は、解析の詳細・意図を理解せずに行ったものであり、おかしい。

というのが私の意見削除
2018/3/8(木) 午前 8:39[ kanso2 ]返信する
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私の書くことが科学的説明だと思ってらっしゃるかもしれない匿名さんらへ

・私はNGS解析のアマチュアですし、専門家のレビューを受けたわけでもないです。だから、私のNGS解析の説明は、DORA氏の書くことと同じく、正しいと信じてはいけません。
・じゃあなぜ書くのかというと、一参考意見としてです。おかしな説を出して、全く反論がないようなことを言う人が居るからです。また「権威主義」ではないことを示すためです。
・私は、gen**ronさんのようなコピペを繰り返す人を相手に、科学議論をするつもりもないし、説明しているわけでもないです。言いたいことは、コピペされた内容は、専門家のレビューを受けたわけでない、素人の書き込みなので信用できませんよ、ということです。
・そもそも、専門家のいない場所で、その分野の論争をしてもほとんど無意味と思っています。削除
2018/3/8(木) 午前 8:40[ kanso2 ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
ですから、あなたのその書き方を見ると、3年前の議論を全然読んでないな、ということがわかるんですよ。
培養変異の話もさんざん行われていましたよ。
DNA複製エラーの確率の話も出ていましたが、それは知っていますか?
議論を読んでいれば知っているはずですが。削除
2018/3/8(木) 午前 9:10[ . ]返信する
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チラ見さん
> この人の多次元スケーリング(MDS)の図、細胞間の類似度を距離で表してるんですよね。
(...)
> その数値を書き込むという手口ですよね。

それは誤解です。説明不足なのは私のせいです。
全塩基を用いた場合の近縁度(実際には木村の方法による、配列間距離)の値は、塩基間の一致不一致のみから決めています。これのみを議論に用いています。

MDSは、おまけです。あくまでも細胞の近さを2次元の図として可視化しようとするときに使っているだけで、本質ではありせん。ここでの議論には一度も関係していません。削除
2018/3/8(木) 午前 9:25[ kanso2 ]返信する
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木村 Kimura-1980の配列間距離について勉強して下さい。
近縁率と(大小関係は逆転するが)等価と見なせるはずです。
別にどのような方法で表しても良いのですが、私は分子系統樹の方法に倣って、この指標を選んだだけです。
手口とか、そういう、つまらないことをやっている暇はありません。削除
2018/3/8(木) 午前 9:31[ kanso2 ]返信する
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> DORA氏は、NGS解析の素人です。専門的な解析結果に関する、素人の想像に基づく批判を読んでも仕方がありません。ちゃんとした専門家を探し、説明を受けましょう。>皆さん
> こういうと、「権威主義だ」という人が出てくるんですね。
> だから、私は、自分でもNGS解析をやってみて、DORA氏の書いていることが、NGS解析の詳細を理解していないことによる間違いと分かります、と言うわけです。

この文章「DORA氏は、NGS解析の素人です。」「専門的な解析結果に関する、素人の想像に基づく批判を読んでも仕方がありません。」「ちゃんとした専門家を探し、説明を受けましょう。」「だから、私は、自分でもNGS解析をやってみて、DORA氏の書いていることが、NGS解析の詳細を理解していないことによる間違いと分かります、と言うわけです。」を見ると、なるほど、kanso2さんはNGS解析の専門家なのだと、普通思うと思うけど。(続く)削除
2018/3/8(木) 午前 9:37[ gen**ron ]返信する
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(続き)
「私はNGS解析のアマチュアです」という文章を見て飛び上がるほど驚いた人は少なくないのでは。
まあ、kanso2さん風に言うと、一連の近縁率表の議論については、素人が素人を批判していたと言うことか。

最後の文章も強烈ですね。
「そもそも、専門家のいない場所で、その分野の論争をしてもほとんど無意味と思っています。」
kanso2さんは、「そもそも、専門家のいない場所で、その分野の論争」を好んでしてきた人の一人と思っていましたが。削除
2018/3/8(木) 午前 9:37[ gen**ron ]返信する
> .さん

>培養変異の話もさんざん行われていましたよ。
>DNA複製エラーの確率の話も出ていましたが、それは知っていますか?

私なりには知っているつもりですが、貴方が知っている内容と違うかもしれないので、貴方の知っている話を書いていただけますか?削除
2018/3/8(木) 午前 9:42[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん
そうすると、やはりあのときの議論を読んでませんね。
読んでたら、内容が違うわけないし、即答できるはずです。
少なくともいえるのは、DNA複製エラーの確率から言えば、0.1~0.01%のオーダーで培養変異が起こるわけないということです。
このことは、当時Ts.Makerさんがしきりに主張していたと記憶していますが。
とにかく、あのときの議論の量は膨大です。せめて、それらを読んでから議論することをお勧めします。削除
2018/3/8(木) 午前 10:14[ . ]返信する
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以下は、和モガ氏がブログに書いた内容である。青字
http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-96.html

小保方氏のハードワーカー振りは論文が発表された直後の「SpermEgg Journal Club」掲示板のコメントに紹介されている。Cumulinaという人物は若山氏のはずだ。Cumulina(クムリナ)とは最初のクローンマウスに付けられた名前である。

No. 2172 (2014/02/02 02:51) Cumulina
べさま コメントをありがとうございます。核移植を一番の専門にしているのに、核移植のいらない初期化方法を発表して、自分で自分の首を絞めている論文の関係者です。今回の小保方さんの発見はすごすぎたのかレフェリーに相手にしてもらえず、ずいぶん苦労しました。いまマスコミでリケジョとか違う方向で話題になっていますが、本当にすごい研究者で膨大な実験を徹夜続きで行いました。論文ですが、サプリにたくさんのデータが乗っていますが、それもほんの一部です。たとえば細胞の樹立がなかなかできず、STAP細胞を注入したキメラ胚を使って初めて樹立に成功したデータは、当初それだけで論文にするつもりでしっかりした表と解析を行っていたのですが、途中から直接簡単に樹立できるようになり、葬り去られました。実験中にどんどん発展していったのでしょうがないですが、STAP細胞の将来がすごく楽しみです。

若山氏が書いたのでは?と和モガ氏が紹介した上記文章から、和モガ氏は、最初のSTAP細胞からの幹細胞化は、STAP細胞を胚盤胞に注入して、そこから取り出すという手法が使われたと推察できるとしている。

その後は、胚盤胞に注入しなくても、そのまま培養液の変更条件するだけで、STAP細胞から幹細胞が樹立できていくとのことである。

レター論文では、STAP細胞をACTH+LIF培地で培養すると、STAP幹細胞になり、Fgf培地ではFI細胞になると書かれている。

レター論文の本文で、TS細胞の一般的な作り方も説明されていて、胚盤胞の一部細胞を取り出してFGF入り培地で接着培養を継続させるとTS細胞を得ることができるとある。

Fgf入り培地は、TSとFI細胞は増殖可能であるが、ESは生存できない。
逆にESの増殖をサポートする2i培地(MEKインヒビター入り、MEKiと略 )では、TSもFI細胞も増殖は止まる。
その理由は、TSやFI細胞の生存は、FgfとMEKのシグナル伝達に依存しているからだとレター論文に書かれている。

そして、その後に続く実験で登場するFI細胞は、和モガ氏の説明のように、二種類の方法で作成したものが各実験で使われているようである。
すなわち、胚盤胞に一旦いれてから取り出して作った①FI細胞(blastcyte-injected Fgf stem cell)と、②Fgf培養だけで誘導作成したFI細胞の2種類である。

STAP細胞塊をそのまま96穴のプレートにいれてFgf入りの培養条件とすると、7-10日後に30%以下の割合でフラットコロニーが生じてくるが、この方法で作成したFI細胞は、TSマーカー(Itga7, Eomes)を発現している。この方法で作られた②FI細胞は、FGF入り培養で、30代ほど継代することができる。

FI細胞①②は、胚盤胞由来TS細胞とは若干異なった動態を示す。
TS細胞は胎児への貢献がないが、FI細胞は貢献がある。しかしここで使われたFI細胞は、胚盤胞を通して作成したFI細胞①(blastcyte-injected Fgf stem cell)の方のようである。
つまり、一旦胎内に戻すことで、STAP細胞は何からの変化を獲得する可能性がある。

こうした手技の違いによる細胞への影響は、ES混入騒動が起きてからは、その後に語られたことはなかった。
研究者が心血をそそいで行った実験より得られた各細胞の違いは、ESが使われたとする邪推で押し流されてしまったのである。

TS細胞はOctの発現がほとんど無いが、FI細胞はOct・Nanog蛋白が中・低レベルで検出できる。
FI細胞では、Cdx2の転写は十分であるが、Cdx2蛋白は、核内より細胞質に集積していて転写後レギュレーションが起きている。

STAP細胞もFI細胞と似たような状況ではあるが、Cdx2やEmosのトランスクリプトームはあるものの、核内蛋白の集積像はない。

さらに、TS細胞とFI細胞は、Fgfを欠く培養で細胞変化に違いが出てくる。
Fgfを欠くと、TS細胞は巨核の大きな細胞へと変化していくが、FI細胞では7‐10日で死滅してしまう。
https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15258822.html  2017/11/19(日)にも類似の記事があります。


今回のSTAP事件では、専門家がほとんどコメントをしない中、探求心が旺盛な非専門家の人たちにより事件解決に向けての努力が続けられている。
これは、とても“今的”だと言える。

とかく、“今的”情報過多社会はマイナス要素として語られることがあるが、STAP事件は、情報過多社会のプラス要素として、興味深い社会現象ではないか?と思う。

非専門家の意見は、最初から正しいものでなくとも、洗練されていなくとも、考察や情報交換をする過程で、正しいことや、常識的なことが残っていく。

複数の人たちによる試行錯誤の中で、間違いは修正されるし、現時点で答えのないものは答えがないと認識されていく。
世に出ている情報で、その人自身が知識を深める過程を楽しむのである。

STAP事件は、科学を楽しみ、社会を知り、人の心を考える人生三大要素がある。

和モガ氏が以下のように書いている。http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-177.html
「STAP細胞事件」-誰も知らなかったSTAP細胞の実像
阿塁未央児氏が、公共データベースに登録されているSTAP細胞のTruseqデータの遺伝子発現パターンは「XEN細胞」のパターンに似ていると言っているとの情報から、和モガ氏が以下のように書いている。青字

STAP細胞のTruseqデータとは、Oct3/4の発現が低く、ダメSTAPと思われていたものであるが、「XEN細胞」の遺伝子マーカーGata4、Gata6、Sox17が高発現していた。(詳細は阿塁未央児氏のOneDriveの「XENとSTAPの遺伝子プロファイルの酷似」)
・・・
残念なことに、この事実は小保方氏自身も気付いていなかった。もし、STAP細胞は3者の幹細胞間で揺らぐと一言でも書いていたら、STAP細胞はES細胞を混入して作ったなどという言い掛かりは誰も出来なかっただろうと思う。

生体は、ひとつの受精卵から分化していくのだから、ある時期には移行状態の細胞があるだろう。体内には、分化を止めて存在している細胞群もある。

つまり正常細胞の分化において後戻りしないように鍵をかける遺伝子発現の条件設定は、どのようになっているのか?

その仕組みの探求のために、山中氏らは、人工的な遺伝子導入操作をした。
一方、別のアプローチとして、異変をきたした細胞を調べることで得られる知見もある。

正常な体の機能を調べるためには、病気になった人を対象に、いろいろ考えていくことから出発することが多い。近代医学は、病気を元に正常機能を解明していった。
正常に機能している体は、とっかかりを出さない。じょうずに調節されている体は、どうなっているのかがわかりにくい。

例えば、
今年も、2月の末からかなり数が増えてきた花粉症の原因物質IgEは、体内にごく微量しか存在しない。
この未知で微量な物質を測定することがいかに難しいことかは想像に難くない。
だから、最初の研究は、IgEを過剰につくってしまう病気の人(IgEミエローマ、骨髄腫)の血液から精製して、ものとして取り出すことをしてから、IgE研究が可能になったのだ。

STAP細胞も元の細胞の遺伝子構造に異常が多くあり、自然の仕組みが狂っていたからこそ新発見があったのではないか?
それは、人工的に細胞操作をする研究につながっていくだろう。

STAP細胞は、人工的条件(培養)で、機能の異なる細胞の行きつ戻りつが観察できるということだ。これをみつけたのは若山研究室であろうし、そのための実験も行ったのだろう。
ESねつ造論を採用されたのでは、自らの研究室としてのプライオリティを失う。。

その細胞の柔軟性に、笹井氏も、丹羽氏も興味を持ち、さらに実験を追加した可能性がある。
小保方氏にとって初めての経験が多く、若山氏、笹井氏、丹羽氏の一流上司たちの研究協力の成果がSTAP研究だ。

論文発表後のトラブル発生時には、プロトコールエックスチェンジなども丹羽氏が書いたと、「あの日」に小保方氏が書いている。

なんと言っても、若山研究室で主要なSTAP実験が行われ、方向付けられていたSTAP論文が、若山氏の同意無しにその後の追加実験で様相が変わってしまったことが、若山氏を不快にさせたようだ(想像です)。

しかし、STAP論文の図表の多さ、内容の多彩さからみると、多くの研究者の努力が見える。
だからこそ、小保方氏単独のESねつ造では、論文の説明がつかないのである。
STAPはESとは違うと、多彩な実験で裏づけながら語られている。

STAP論文の目的は、細胞の柔軟性の追求であり、和モガ氏曰く、“STAP細胞は3者(ES,TS,Xen細胞)の各幹細胞間で揺らぐ”である。

実は、レター論文の679頁には、以下のように書いてある。
ここには、和モガ氏の指摘と同様に、ESとTS間の変動、すなわち両細胞間の揺らぎが書かれている。青字

STAP細胞が単一細胞として取り出せないことで疑問点が残る。
STAP細胞集合体としてみれば、多能性の2方向(ESとTS)は確認できても、単一細胞レベルで全能性(ESにもTSになれる)を保有するのか?、それとも一方的なTS、ESの能力の保有なのか?あるいは、TS,ESの間を行き来する(fluctuating)のかの答えは、今後次第ではある。

しかし、今回のSTAP実験でのFI細胞の動態を見る限り、ES細胞、TS細胞としての機能を持つ細胞が別々に存在するとの考え方はしにくい。
STAP変換とは、多能性(ES)変化のみでなく、TS変化も可能であるというものだ。
27日に発売になった婦人公論で、小保方氏が一歩、STAP事件の解決に踏み込んだ事実を書いていることが話題になっています。

現時点で、大手マスコミはとりあげていませんが、小保方氏の二冊目が発売予定になっていることとあわせて、世間を騒がすことになるのではないかと予想します。

今後、大手のマスコミがどのような対応をしていくのか?興味あるところですが、大手マスコミ社内で、対応に意見は分かれるかと思います。
しかし、マスコミは、最後は、仁義よりお金(人気)ではないか?と思います。

マスコミが社会をリードするなら、世論がマスコミをリードする事態があっても良いと思います。
マスコミが動くと政治家が動き、社会が変わります。

石川氏によると、盗まれたのはリー氏の1箱分のESと、持ち主不明のESと書かれたサンプルです。そして、盗んだES細胞で小保方氏がSTAP細胞を捏造したと言います。

今回の記事では、今まで不明となっていた細胞について、自ら作ったと警察に言った人がいた事が書かれています。

これが話題に呼んでいるのですが、現時点で、不明な細胞と小保方氏が呼んだ細胞が、ねつ造に使われたとされる129/GFP ESを指すかどうは断定できていません。

以下をご参照ください。



129/GFP ESは、FES1と同じ細胞で、主要なSTAP幹細胞であるFLS、CTSのねつ造に使われたとされた細胞です。

これをエイプリルヒッポさんが作ったとなると、太田氏が残したFES1を解凍して培養してチューブに入れ直したのかな?となります。そして、129/GFP ESとのラベルを貼っておいたということです。

そして、エイプリルヒッポさんがこの細胞の存在を忘れていて、桂調査委員会の調査の際には思い出さず、警察の取り調べの際には思い出したということになるのでしょうか?
(そこまでは手記には書かれていません)

あるいは、警察にエイプリルヒッポさんが証言したのは、他の細胞についてであるとの見方もあります。
tai*****さんという方が、作製したES細胞はラベルが斜め巻きに貼られていた「129B6 ICSI P4 ES1 3/17/05」「ntES-BDF1GFP5 12cm2 06/22/08」の二本でしょう。
と、他のブログに書かれています。

今までの調査の経緯では、関係者の誰もが知らないとされた細胞は、129/GFP ESです。
人によっては、129/GFP ESと若山研究室の接点を持たせたくないとの考えの方もいるようです。

小保方氏も、諸事情で、129/GFP ESと書かれたチューブの作製者を実名で書けない事情があるかと思いますが、当事者の間では、お互いにわかっている話です。

しかし、今まで、表舞台にでてこなかったエイプリルヒッポさんが、ここで登場するのは、STAP事件の今後の新たな展開を予期させるものです。

エイプリルヒッポさんは、桂調査委員会と警察には違う証言をしたであろうとなり、世間の目がきびしくなります。

結局、本人が証言していなければ憶測にすぎず、これ以上に触れてもしかたないことです。
むしろ、エイプリルヒッポさんと小保方氏の扱われ方が大きく違うことに注目したいです。

ねつ造派からみれば、小保方は犯人、若山夫人は被害者だから扱いが違って当たり前だろうとなるでしょう。しかし、実は女性からみると、この扱われ方の違いが、大いに不満です。世界規範とは違う日本のかかえる問題点と感じるわけです。
社会において、女性の立場の違いによる差別は大きいもので、ここを理不尽と感じます。
エイプリルヒッポさんは、今まで、とっても手厚く守られてきたと思います。
後ろ盾があり、疑惑を持たれず、周りのライバルの追い落としから守られているという境遇に住む人です。

多くの一般人が持つSTAP事件への疑問は、研究者が協力して仕上げた仕事のミスの責任を、なぜひとりの研究者の悪行でかたづけられたのか?だと思います。

だからこそ、今回、小保方氏が一歩踏み出した発言を歓迎する一般人は少なくないでしょうし、今後も増えていくのでしょう。

自らの潔白を主張することは、男女を問わず大事です。一般社会には、理不尽に追い落とされる立場の女性を応援しようとする判官贔屓があります。
日本も世界も、男女共同参画を目指しています。

この視点から、政府がこのSTAP事件を見直してくれないか?と願います。

まず、小保方氏が立ち上がる事が先決で、さらに、今後、明らかになることがもっとあるはずだと思うのです。

今回、小保方氏がひとり悪者にされてしまった背景に、事件を早く決着させろ!との上からの圧力があったのではないか?の憶測があります。
その組織の権力は絶大であったと人々が考えています。

小保方氏は汚名挽回のチャレンジをして、戦うリケジョ、今後の女性研究者の進みべき道を示す姿勢が社会的に評価されれば、上の権力も社会の要望を無視できなくなるでしょう。

その結果、再度のSTAP事件の調査に乗り出すとなることも夢ではありません。

そうした場合、再現実験などをやり直す必要は無く、世の中に出回っているSTAP細胞のトランスクリプトーム解析の追試だけで十分ではないでしょうか?
そして、論文の条件は満たさずとも他のスタイルで再びネーチャー誌に投稿するのです。

科学は、いつも、新しい知識に上書きされるものだとネーチャー編集部も言っています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4908587/ 筆頭著者Avik Som氏
2月7日の当ブログに以下の記事を書いたが、その時に話題となった論文が上記だ。
Acidic extracellular pH of tumors induces octamer-binding transcription factor 4 expression in murine fibroblasts in vitro and in vivo

2月7日の当ブログは、ESねつ造論者が集まる他者様のブログでの話題の紹介であった。
その時、他者様のブログで話題となっていたのは、この論文の訳をめぐっての議論だ。

上記の論文は、腫瘍細胞が周りの環境を察知して、細胞の周りの環境を変えていくという観察結果を報告した論文であった。

環境を変える理由は、腫瘍細胞の生き残り戦略のひとつである。
腫瘍細胞は、取り巻く環境を酸性条件に変えて、周りに影響を与えて細胞を変化させていた。
PH条件以外にも、細胞が影響を受ける環境因子は多彩であり、間質(支持組織)の酵素、サイトカイン、コラーゲンや、低酸素などである。

この論文で登場するのは腫瘍細胞という特殊な条件があるのだが、この細胞は周囲の環境を酸性条件に傾かせることができ、周りの細胞を変えていくことができることに注目したい。
細胞は生存のために、周りに影響力を発揮するのである。

つまり、生存力の高い腫瘍細胞は、血管や神経や足場を築いて栄養路を確保しながら、腫瘍を拡大させていくことができる。
こうした拡大や転移能力がどの程度なのかで、腫瘍の悪性度が決まる。

これらの細胞の生き残りの手段のひとつとして、周りを酸性条件にするのだが、その時、周りの細胞に初期関連遺伝子が働きだす事が確認できたとのことだ。
著者らに言わせると、環境が酸性になりOCTが発現するとの観察結果の確認は初めであると言う。

間質(支持組織)というのは、聞きなれない言葉かもしれないので、少し触れる。
生体の臓器は、実際に働きを持つ細胞(実質細胞)と、それを支える細胞がある。
この支える構造物が、間質(支持組織)だ。
そして、支持構造にも各種細胞が存在し、実際に働く細胞を支える役割を担う。支持細胞からも他の細胞に指示が出という相互的な構造となっている。

この論文は、腫瘍細胞(実質細胞)が、周りで支えてくれる支持細胞を変化させていくという話である。周りを変化させていくための手段として、腫瘍細胞自身で酸性の環境を作るらしい。
ここで、酸が登場するとなると、STAPストリーへとつながっていく。

STAP細胞の酸浴は、初期化に関連しているが、腫瘍細胞の場合の酸浴は、腫瘍化である。
つまり、(悪い)腫瘍細胞が影響力を発揮して、周りの細胞を同じ(悪い)仲間にさそっていくとの話である。

そして、注目すべきは、この論文では引用論文に小保方STAP論文が登場することである。

2016年の上記論文が、2014年のSTAP論文を引用している。
酸ストレスが、幹細胞にOCT発現を報告した過去の文献としてネーチャーのSTAP論文を引用している。
STAP論文は撤回されたとはいえ、今でも引用は可能であり、実際に、引用してくれる研究者がいるのは、うれしいことと思う。
2018/2/21に stemness さんから以下のコメントをいただきました。青字
ありがとうございました。

小保方methodでは小ハサミで粗分離した後、事前に用意されたパスツールピペットの先端を焼いて伸ばした細管の中に細胞塊を通して分離させることを”強く推奨”しています。(STAP HOME PAGE参照)
両者は後に細胞ストレーナに通しますが、小保方さんの方は細胞ストレーナ分画に伴う表面張力が生まれる弊害を無視するような粗っぽい操作はしていません。
 細管に通すコツはSTAPの肝であって酸浴の前に物理的刺激により細胞たちにある程度の初期化認識の決断を加速させる下準備も含んでいるのかも知れません。小保方さんの理研UL採用時、西川先生が驚愕したプレゼン発言「生への欲求は生物の本能である」の第一段階。

>Obokata et al記載のプロトコールに従って低pH培地で処理した。

酸浴細胞を低pH培地で処理するなら細胞はいずれ死滅します。何の為に37度C25分酸浴インキュベートしたのか意味を持ちません。第一リン酸Na、第二リン酸NaでpHや浸透圧調整されたPBSを含むbFGF溶液を使う以上、酸浴後の培地のpHは上清液を除き新たに加えた液体培地は中性領域pH7.4辺りだと考えます。Tang論文は上清液のpHが5.7の値をしつこく確認しただけの無意味そのもので、それからもずっと低pH培地で処理したかの如く誤解を招きます。

>脾臓細胞は、7日目まで終えていない原因は不明です。

考えられるのは、obokata et al.のマテメソから酸浴に至る過程の時間的記述が分からないので条件を変えて1-7日の期間を考えたのでしょうか。
 脾臓細胞に7日がないのは死滅した可能性がありデータとして残せないかもです。
そもそも酸浴前に7日空ける実験計画なんてナンセンスですよ。考え方によっては、もし小保方 methodで細管を通すのが肝ならば、細胞たちが危機意識を感じて初期化の準備のステータスが日が経てば経つ程、安心して起点に戻ることになります。小保方さんなら即酸浴するでしょう。小保方methodにない細胞分画の粗っぽさや培地選択にも両者には厳密には違いがあり追試に疑問符が付きます。マテメソから手技の隠れた意味合いを読み取れていないなら追試の難しいところでしょう。細胞の初期化は酸浴前の準備段階から繋がって構想されていると想います。
Tang追試実験結果のデータの列挙は、もっともらしく見えても実は雑に感じます。STAP追い討ちの印象しか感じません。

学とみ子は、現在、ネットにアップされている小保方著なるプロトコールエクスチェンジをもう一度見てみました。

まず、“細胞の取り扱い方、培養条件、最初の細胞の選択に細心の注意を要するとあります。

酸浴後1日目は、細胞は生存している(1日以内には死なない程度の酸浴条件)。
2-3日後では80%が死滅する。(この程度のストレス条件をかけることが必要で、強くても、弱くてもだめ)

上記の死滅の条件を満たすには、酸性条件に限定されるのではなく、多因子が関与する。
例えば、酸浴前後の細胞の扱い方法の影響を受けるし、使用する細胞の元が培養細胞であったらSTAP転換はしないだろう。

取り出した組織は、パスツールピペットでバラバラにするか、トリプシンやコラゲナーゼなどの酵素を使用し細胞同士を単一細胞レベルとする。
リンパ球に、赤血球が付着しているとリプログラムしにくくなり、細胞マトリックスの付着も効率を低下させる。
CD45抗体をつかってFACS Ariaでソートする。
これをやらないとリプログラムはしやすくなるが、細胞のアイデンティティがあいまいになる。

私たち(小保方ら)の使ったマウスは、理研で維持されているトランスジェニックマウスGOF18-GFP line11でホモでトランスジーンを保有しているものであった。
これでなければダメとは書いていない)

マウスは1週令を超えると、リプログラムしにくくなる。オスの方が効率が良い。

HBSSの緩衝性は弱いので、4℃であらかじめ冷却したHBSS494μに細胞ペレットを浮遊させ、希釈HCL液6μ(590μのHBSSに35%HCL10μ)を加える。あるいは、PH5.4のHBSS液に細胞ペレットを浮遊させる。
PHが5.7であるように予備的にHCL量を調整し確かめる。酸浴後、室温1000回転で5分遠沈をする。

HBSS浮遊細胞中の細胞生存状態は、注意すべきポイントであり、酸浴後、日で大きな細胞死があるようなら、酸浴時間を15分にすると良いかもしれない。

酸性液を除いた後の細胞を、非接着性の培養プレート(DMEM/F12液に1,000単位のLIFと2%のB27)に置く。
接着性のプレートでは、細胞の動きを悪くして凝集塊の形成を悪くするかもしれない。細胞の数も大事で、10の5乗から6乗とする。
STAP細胞は、混合された細胞であり、単一細胞由来ではない。

”STAP細胞は、混合された細胞種であり、単一細胞由来ない。”
と書かれた部分は、興味深い。

細胞種が混じっているSTAP細胞から、単一細胞種であるSTAP幹細胞への転換はいかにして達成されたのか?について、ご意見やご教授があればコメントください。
また、実験系の手技についての誤訳がありましたら、ご指摘を賜りたいです。
在原業平殿と小野小町様が,、TS氏紹介の論文にご興味あそばされているようです。
TS氏、ご関心の論文であることと、殿上人のご両人が興味を持たれたことに触発され、学とみ子も論文をのぞいてみたいと思いました。

熊本大学発です。

最近、腸内細菌の免疫調整機能についての話をよく聞きます。
免疫、小児科学など、この領域の研究者たちにとっては、昔からの研究分野ですが、昨今の腸内細菌の話題は、多分に、食品メーカーの過剰効能宣伝に利用されてしまっていて、効能を謳う論文結果には抵抗があります。
外国の論文でも、乳酸菌が子供のアレルギーを防いだとかの成績については、ねつ造噂が絶えません。

このブログも、初期の頃のアレルギーの話題には、腸内細菌をだいぶ取り上げていました。
(今は、STAP一色だ~)

こうしたきらいがあることは置いておいて、TSさんご紹介の論文の話に戻ります。

今回の論文は、細菌と人類の関係についての話題ではあるものの、方向性が少し違っています。

昨今、すでに分化してしまった動物の体細胞でも再び、初期化できることがわかってきましたが、細胞の初期化変化を可能にする物質は不明でした。
その物質は何か?の答えとして、この論文は“それはリボソーム”とのことです。

科学の進歩により、遺伝子からタンパク合成までの翻訳機構の担い手は、リボソームであることがすでに明らかにされてきました。
しかし、リボソームの働きは、これだけではありませんでした。
リボソームは、翻訳機能のみでなく、体内で幅広く機能することがわかってきました。
腫瘍形成、免疫シグナル伝達、および発生制御にも関与しています。

つまり、このリボソームに含まれるタンパク質は、すでに解明されていた遺伝子翻訳機能に加えて、さらなる複数の機能を有していることがわかってきたのです。
外から取り込んだリボソーム、あるいは細胞内部に抱えているリボソームが、細胞の初期化に深くかかわっている事実の解明です。

そして、今回の論文では、細菌由来のリボソームが、人の細胞の初期化に関連していると論じています。

以前から、リボソームは月明り(副業をする)蛋白と言われていて、遺伝子構造からタンパク合成を導くものと言われていたのですが、さらに、細胞レベルでも細胞を導くとのことでした。
13.Jeffery, C. J. Moonlighting proteins: old proteins learning new tricks.

この話を聞くと、細胞がXen TS  ESと、横に機能を移動させていくとの和モガビー玉説にも通じるような話です。和モガビー玉説は、わくわくしますね。
細胞をビー玉にたとえて、柔軟に横に動かしていく力を発揮する候補物質がリボソームか?などと想像は膨らみます。

論文のアブストラクトです。
最近、我々は、細菌の取り込みがヒト線維芽細胞の細胞分化転換を誘導することを報告した。
しかし、細菌内在性細胞分化転換因子は未知のままであった。
ここでは、細胞の分化転換がリボソームによって引き起こされることを発見した。

原核細胞(細菌など)でも真核細胞(細菌以外)由来でも、これらの細胞から取り出されたリボソームは、細胞に胚様体様集団(クラスター)を作らせることができる。
細胞は、トリプシン活性化エンドサイトーシス(細胞内取り込み機構)を働かせて、細胞質と核の両方にリボソームを取り込む。
リボソームを取り込んだ細胞は、クラスター形成をする。
細胞がリボソームで誘導されて細胞クラスター(RIC)を形成すると、この細胞群は、いくつかの幹細胞マーカーを発現し、3つの胚葉すべての派生物に分化する能力を獲得する。

リボソーム誘導性細胞クラスター(RIC)は、増殖したり、多能性遺伝子のメチル化状態を変えたり、奇形腫またはキメラ形成には寄与しない。
このように、RICは、自らの増殖はできないがにもかかわらず、細胞周期を変えずに上皮間葉移行のマーカーを発現する。
細胞が移行する現象の発見は、宿主細胞は、自らを分化させることに、リボソームを利用する。細胞は、可塑性を示すものである。

論文のイントロダクションはこのように始まります。
最終的に分化した体細胞は安定していると考えられてきた。しかし、体細胞が多分化能を持っている事実は、カエルの体細胞の核を卵に移植することによって達成できることで示される。
さらに、特異的な転写因子の強制発現によって多能性幹(iPS)細胞を誘導できることもわかってきた。
最近の研究で、多能性幹細胞は、小分子化合物のカクテルを用いてマウス体細胞から作れるようになった。

人類は、生直後に微生物と接触し、人類は、生涯、病気、栄養吸収、免疫系の発達などを通じて、微生物と広く相互作用する。細胞の運命は、微生物の影響を受けている。

ハンセン病桿菌は、細胞再プログラミングをハイジャックして感染を拡大することが観察されている。腸内微生物叢は宿主腸内の神経グリアの発生を制御する。

ヒトの腸内微生物は広く分析されており、乳酸菌はヒトの恒常性と免疫と密接に関連している腸内微生物叢中の主要細菌である。

これまで、我々は、ヒト皮膚線維芽細胞(HDF)への乳酸菌の取り込みが細胞の運命を変え、3胚葉すべての細胞に分化することを実証した。

しかし、現時点で、体細胞を変換する細菌固有の形質転換因子は同定されていない。・・・・・・