婦人公論暴露の余波が続いている影響で、当ブログのアクセス数が増えている。
以前の読者は、６割強が６０代で、性別では男性が６割であったが、このところ、５０代が６割であり、アクセス者が若返っている。
せっかく、婦人公論余波でアクセス者が増え、読者も若返ったこの機会に、このブログの主張点をまとめてみた。
まず、このブログでは、ESねつ造は無いと言っている。
「あの日」にあるように、実験は行われているし、小保方氏は実験に取り組み、若山研究室も独自で実験を行い、そのクレジットは大きい。
ES混入説では、STAP論文を完成させられない。
しかし、若山氏はなんらかの理由でSTAP論文を撤回したかった。
第三者機関が遺伝子の挿入部位を１５番と間違えたことをきっかけに、若山氏はその他の著者らに論文撤回を呼びかけた。
その公の理由は、テラトーマ画像や使用マウスが間違っている事であったが、他にも論文には複数で間違いがあると若山氏自らが言った。
その後に発売された「あの日」に、若山氏は再現実験ができないことを理由に、笹井氏に責任著者を降りることを申し出た事実が書かれている。
さらに、驚くべきことに、論文執筆中に、小保方氏と若山氏の間に会話が無いという異常状態があったこともわかった。
STAP細胞が再現できない事、マウスが異なる事、論文ミスが多い事は、若山氏の撤回主張の主たる理由となっているが、実は、若山氏にとって、もっと大きな撤回理由があるかもしれず、あるいはどの要因が最大なのかは、若山氏のみが知る。
そして、若山氏自身でも耐えられない事の優先順序が変化していったかもしれない。
いずれにしろ、多くの実験を担った若山氏が、STAP論文のミスを指摘したのだから、小保方氏はひとたまりもない。
若山氏が実験を行い、写真をとったのであれば、彼の言う事がすべてである。
例えば、若山氏がESの写真だと言えばESであるし、違う写真に見えても、若山氏が同じマウスだと言えば同じマウスである。
本来、小保方氏の実験でも同様な扱いであり、小保方氏が渡されたマウスからSTAP細胞を作ったといったら、その細胞は、小保方氏の主張通りに作られている。
誰もES由来だとは言えないはずだ。
論文に書かれた実験内容において、著者の言い分は正しい。
研究現場においては、実験者の行為や主張は周りも肯定する。
たとえば、第三者が、実験者に疑義のある行為の疑いを持つことはできても、そうであると決めつけることはできない。
たとえば、第三者が、実験者に疑義のある行為の疑いを持つことはできても、そうであると決めつけることはできない。
実験室の内部で行われる行為、サンプルを移動させた、片付けた などの操作でも、研究者でトラブルになることがあるが、こうしたことに警察は動かない。
さらに、盗難、偽装行為などの犯罪や不正であっても、後になって警察が踏み込んだ時、その問題行為の証拠探しは難しく、警察は決定ができない。
サンプルが持ち主以外の人に荒らされても、解決が難しい。
今回話題になっている129/GFP ESについて、若山夫人が作ったものであっても、実際に、それが盗まれたかもしれない。
盗んだ人が小保方氏の冷凍庫に入れておいたかもしれないとのストリーもある。
若山夫人が129/GFP ESの持ち主であったとしても、混入犯になるわけではない。
混入できる人は、不特定で存在する。
桂調査委員会による調査で、STAP（幹）細胞は、ESとほぼ同じゲノム構造であった。
しかし、小保方氏がESを混ぜてないと言えば、一般常識では、この主張は認められるべきである。
主張が認められない場合とはどのような状態かを考えると、混ぜている現場を誰かに見られているとか、本人が自白するとかしかない。それ以外に、何かあるだろうか？
若山研究室には、近交系マウスを扱い、ほとんど遺伝子型が同じマウスがいて、クローンマウスの技術も世界一である。
こうした研究環境で起きた事件で、ゲノム構造で細胞同一性を語ることなどはできないはずである。
こうした研究環境で起きた事件で、ゲノム構造で細胞同一性を語ることなどはできないはずである。
しかし、マスコミや理研の研究者の一部が、小保方氏をES混入犯に仕立てた。
最後の頼みの綱として、桂調査委員会の公正裁定に期待したが、桂調査委員会までもES混入と結論づけた。
そして、おまけに、理研は、“STAP細胞はESから作られた”との論文の発表までした。
実は、この論文を書いた研究者たちは、将来にわたり、研究者として不利な事をしてしまったのではないか？と私は思う。
あくまで、STAP細胞は既存のES細胞と酷似であるとのタイトルにとどめていた方が良かったのではないか？と思っている。
なぜ、このタイトルになったのかの裏事情は不明ではあるが、想像した。
事の顛末に不満を持つネーチャー編集部のなせる業か？である。
つまり、ネイチャー編集部の方から、このES由来とのタイトルを著者らに要望したのではないか？
何度も言うようだが、ここで強調したいのは、ES混入させたらSTAP論文はできあがっていないという事である。
前回の投稿ブログで書いたように、STAP細胞は膨大なデータで、ESとの比較実験が行われている。
こうした多数の図表をねつ造するなどの大々的な不正行為が真実なら、学術界の反発は途方もなく大きいものだ。
実際には、こうした反発は無く、小保方氏に直接接している研究者たちは彼女をサポートした。
桂調査委員会は、研究不正についての調査が目的であるとの主張にこだわり、各実験の正当性について掘り下げなかった。そして、若山氏、小保方氏の実験ノートの調査を未公開とした。
個々の実験責任者には一切触れず、小保方氏が実験データを出さないから調査ができず、調査できないものは不正ではないとした。
故意か偶然かと問わず、ES混入を結論的事実として示した。
もちろん、この裁定には、若山研究室も不満であったはずである。
ES混入を採用してしまうと、犯人がいることになる。
小保方氏がESを混入させて、その罪を若山氏になすりつけるストリーと、若山氏がES混入をして、その罪を小保方氏に負わせるストリーしかない。
押し付けた方も、押し付けられた方も、一生を通じた大変な心の負荷になる。
こうしたことを考えてみても、自尊心が高く、頭の良い研究者がやるような不正行為ではない。
まして、今回の事件は、なすりつけ行為が、天下にしらしめられ、世界的レベルなのである。
若山氏は、諸々の事情で、STAP論文を撤回しようと必死になった。そうした若山氏の行動が、マスコミやESねつ造派の人たちに利用されてしまった可能性がある。
若山研究室の窮地を知った石川氏は、告発を決意し、STAP実験の実態がもっと明らかになる（ねつ造実験ではないことがわかる）ことをもくろんだかもしれない。
石川氏による告発は、若山夫妻も望んだ展開（混入説の否定）であったと想像するのは、あながち、的外れでもないのではないか？
コメント（145）
ですが、論文の筆頭著者は「あの日」で若山氏がESを混入したことを示唆するような書き方をしています。
これはとても不可思議な事ですね。何故なら、小保方氏は若山氏が作製したFI幹細胞を自ら解析し、ES細胞との違いを証明しているのですから。
学さんはこの小保方氏の矛盾をどう説明されますか？
＞今回話題になっている129/GFP ESについて、若山夫人が作ったものであっても、実際に、それが盗まれたかもしれない。
129/GFP ESは、若山清香氏が作製したものではないことが明らかになりました。
学さんは
「もし、小保方氏の発言が129/GFP ES以外の細胞であったらら、STAP派はがっかりですね。公開日記に思わせぶりを書いたことになりますから・・・。この件は、彼女の名誉がかかっていると思います。」
と書かれていましたが、思わせぶりな事を日記に書いた小保方氏に対し、今どのように感じていらっしゃるのでしょうか。
書き込みを控えると言いながら、長居をしてすみません。もう少し、お邪魔させてください。
＞129/GFP ESは、若山清香氏が作製し たものではないことが明らかになり ました。
今後の情報次第ですが、129/GFP ESではないかもしれません｡そうなるとどのサンプルであっても、盗まれたとの証言自体が大事となります｡
その場合でも、ここでの混入説否定論はそのままです｡
権力のない立場の人が、上から潰された時、どう戦うか？について、このブログはフォローしています｡
必死なのは良く分かりますがね。明らかになったと言えるのは、129/GFP ES以外のES細胞で告発当初の石川さんの行動を説明出来てからですね。
＞権力のない立場の人が、上から潰された時、どう戦うか？について、このブログはフォローしています｡
このブログの趣旨がそういうことなら、「ES混入説では、STAP論文を完成させられない。」などと書かない方がいいと思います。
学さんが仰る様に、STAP論文はES細胞の混入を否定しています。そして、その実験を行ったのは小保方氏です。
であるなら、彼女は最後までES細胞の混入を否定するはずです。
彼女は何故、「あの日」で若山氏に疑惑を向ける様な記述をしたのですか？
ES細胞混入の否定をした論文を書いた小保方氏は、「あの日」でさらにそれを訴えるべきだったのではなかったのですか？
小保方氏の気持ちはわかりませんから、今までに出た情報から、上記のように考えてみたというところです。
他の方の意見をお聞きしたいです。
「あの日」を読む限り、小保方氏が若山氏に抱く感情は複雑であろうと感じますが、基本は、「どうか、若山先生、（私を）助けてください」だと思います。
そして、「私にも覚悟があります」と、少しの凄みもきかせたかな・・・と。
「バックグラウンドが同じであれば、別々に細胞が樹立されても99.95くらいの一致率はあるわけである」と。
辻褄が合わない（DORAのブログ）
2015/4/12（日）
https://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/13150608.html
桂調査報告の例のスライドのことなのだが、ちょっとおかしなことに気がついた。
FES1と、129/GFP ES、FLS3、CTS1との一致率がそれぞれ99.28、99.33、99.16。
129/GFP ESと、FLS3、CTS1との一致率がそれぞれ99.95、99.93。
見ての通り、一致率がひと桁違う。これは明らかに有意な差である。
さらに言えば、ntESG1とntESG2の一致率は99.95である。おそらく、ntESG1とntESG2はバックグラウンドが同じである。つまり、バックグラウンドが同じであれば、別々に細胞が樹立されても99.95くらいの一致率はあるわけである。（続く）
したがって、一致率がこの程度であれば、バックグラウンドが同じであることは言えても、同じ細胞であるとは断定できない。これはひとつのコントロールといっていいと思う。
そこで、一番言いたいのは次のことである。反オボの描いたストーリーでは、「FES1＝129/GFP ES」だったはず。両者はまったく同じ細胞株であるはず。なのに、99.28の一致率しかないというのは、どういうことなのだろうか。129/GFP ESとFLS3との一致率（99.95）よりひと桁低いというのは、どういうわけだ？ あり得ない。どう考えてもおかしいだろう。
こういうデータを出しておいて、「FLS3の正体はFES1です」と判定する調査委の神経がわからない。
とりあえず、言えることは、この解析結果には、人為的な細工がある。どのサンプルに、どうラベルしたかが不明だ。
辻褄が合わない（その2）（DORAのブログ）
2015/4/13（月）
https://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/13152199.html
まず、もう一度繰り返しておくと、FES1と、129/GFP ES、FLS3、CTS1との一致率は、それぞれ99％台である。
そして、129/GFP ESと、FLS3、CTS1との一致率は、どちらも99.9％台である。
これだけオーダーが揃っていると、これは誤差ではなく、有意な差であると見なしていいと思う。
つまり、一致率がひと桁異なるのである。
このことを念頭に置いた上で、反オボのストーリーを述べる。
反オボによれば、大田氏はFES1を全て持ち去ったつもりが、一部忘れ残した。それが、小保方さんのフリーザーで見つかった129/GFP ESである。つまり、129/GFP ESのチューブの中味は、FES1そのものである。
にもかかわらず、99.28％の一致しかないというのは、おかしい。ntESG1とntESG2でさえ、99.95％一致しているのである。（続く）
まったく同一細胞株であるにもかかわらず、その程度のオーダーの一致率というのは、おかしい。
さらに、反オボによれば、129/GFP ESを用いてFLS3を捏造したことになっている。つまり、129/GFP ESを培養して出来たのがFLS3である。129/GFP ESとFLS3、この二つの一致率が99.95％もあるのである。
なんと、同一細胞株であるはずのFES1と129/GFP ESとの一致率（99.28）は、129/GFP ESとそれを培養してできたFLS3の一致率（99.95）よりも、ひと桁も低いのである。
反オボの描いたストーリー、そして桂調査報告書の出した結論は、この時点で破綻していると思う。
おそらく、129/GFP ESの中味はFES1ではない。したがって、FLS3の由来はFES1ではない。FLS3は捏造ではなかったことになる。
※ntESG1（129B6F1G1）の樹立は2007/8/3、ntESG（129B6F1G2）の樹立は2005/1/20。
素人さんがまた恥をかきたいのかな？
ほんと、ワンパターン。必死なのはあなた。
これ、2回のデータが技術的誤差のときはという話で、生物学的誤差の場合は培養変異がデータに表れたという話になりますよね。このデータ載せた人、2回のデータが生物学的な重複なのか技術的な重複なのか分からないって言ってますけど？
勝手に人の意見を妄想しないように。
そもそも、「まったく同一細胞株であるはずの」というブログ主がおかしいでしょ。
不正調査報告書には、FLS, CTS, 129GFP はFES1由来、とあります。
その時点で相手にする必要のない戯言なんですよ。
だから、そのへんの議論も終わってるんですよ。「由来」であることは何の関係もないの。わかってんのかな。
こういうと、「権威主義だ」という人が出てくるんですね。
だから、私は、自分でもＮＧＳ解析をやってみて、ＤＯＲＡ氏の書いていることが、ＮＧＳ解析の詳細を理解していないことによる間違いと分かります、と言うわけです。
すると、「匿名のブロガーなので信憑性が低い」と言われるわけです。
じゃあ、自分で信用できる専門家を探してセカンド・オピニオンを貰ったらどうか？と私は言うわけです。
だけど、そうしないんですね。ちゃんとした確認をしたくないんです。自分の信じていることが間違っている可能性を検証したくないからですね。おそらく。
（つづく）
誰も相手にするはずがないし、いずれ誤りは正されるのですから。
相対性理論は間違っていた、というブログ記事があったり、コメント欄にそうした投稿があったとしても、「○○氏は、相対性理論の素人です。専門的な相対性理論の検証に関する、素人の想像に基づく批判を読んでも仕方がありません。ちゃんとした専門家を探し、説明を受けましょう。＞皆さん」などと書き込む専門家は、まずいません（学生でもいないでしょうね）。
なのに、STAP細胞騒動については、それもある特定の方面の話題になると、突然専門家を名乗る人、あるいはその方面に詳しいそぶりをする人が出てくるのはなぜなんでしょうね。いつも不思議に思うのですが。
>素人の妄言と思うなら、そんなにご自身の主張に確信があるのなら、ほっとけばいいんじゃないですか？
何度も何度も説明されているけど、その素人の妄言に基づいて誰かに対する誹謗中傷をやめないからでしょう。「いつも不思議」って、何回説明されても聞いていない(聞く気がない)だけじゃん。
> その素人の妄言に基づいて誰かに対する誹謗中傷をやめないからでしょう。
DORAのブログ記事に基づいて誰かを誹謗中傷した人っているんですか？
あと、「誰かに対する」とは誰のことでしょうか？
やっぱり聞く気なんてないんですね。
その記事を含め、素人の妄言に基づいて、
・桂委員会は仕組まれた調査だった
・ESねつ造は偽装された。若山研の誰かの陰謀だ。
といったコメントが止みません。明確な根拠があるならまだしも、素人の妄言に基づくそういった憶測は、桂委員会や若山研メンバーへの謂れなき誹謗中傷です。
既成のソフトにかけるだけだ。（HDDはでかいほうがいいかど）
BCAの著者やkanso2さんは今でも疑念はないのかな？
トランスクリプトーム解析をなさっていますね。
解析なさってわかった事実を、今後も啓発していってください。小保方氏の大きな味方ですよ。
あなた方のように、頭の良い方の中には、こうしたことができてしまう方がいるってことですね。
本当に、すばらしいと思います。日本の科学は、人びとの努力で変わります。
kanso2さんやyappariさんのような人たちは、この成績にどのような評価をするかを、書かなければいけない立場ではないですか？
＞何度説明しても聞く気なんてない、そして理不尽な誹謗中傷を繰り返している自覚すらない人のために、kanso2さんやyappariさんのような人たちが根気よく説明しているのに、自分の主張が通りそうになくなると、「必死ですね(笑)」で逃げる。その無限ループてす。
同感です。
間違った情報に騙されることがないように。
罪を犯していない人が、謂れのない誹謗中傷を受けることがないように。
真剣に根気よく議論している方々に対して、「必死ですね（笑）」と嘲笑うかのようなコメントする人間性は、いったいどこから来るのでしょうね。
> 真剣に根気よく議論している方々に対して
「約3年前の記事で、すでに論破済みのものを持ち出して、、
素人さんがまた恥をかきたいのかな？」
「返答に窮した時の「時間の無駄」、自身の荒唐無稽を否定された時の「必死ですね(笑)」。
ほんと、ワンパターン。必死なのはあなた。」
これが「真剣に根気よく議論している方々」ですか？
ただ、tai*****さんの言う「罪を犯していない人が、謂れのない誹謗中傷を受けることがないように」は賛成です。
本当に、その通りと思います。
＞だから、そのへんの議論も終わってるんですよ。「由来」であることは何の関係もないの。わかってんのかな。
そうですね、貴方が何を書いてるのかは、全くわかりません。
そのへんの議論って、何ですか？
どう終わってるのですか？
「由来」というのは重要なキーワードなんですが、なぜ貴方は何の関係も無いといわれるのでしょうか？
できれば、通じる日本語でコメントしていただきたいですね。
まず、DORA氏の近縁率99.9x％と99.2-99.3％の違いへの着目は鋭いといえる。
これを普通に考えるなら、例えば、忘れ残されたFES1のサンプルがあり、これを様々なSTAP研究に使用するために増殖・継代培養を何回か行い、複数のチューブに小分けして保存し、あるものはFLS作成時やCTS作成時の混入に使用され、あるものは129/GFP ESのラベルを付けて保管されていたとすると、、
増殖・継代培養の間に生じうる培養変異が蓄積されていくことを考えれば、FLS、CTS、129/GFP ESの間の近縁率はお互いに99.9x%であり、FES1との近縁率は99.2-3%であったという結果も説明がつくし、
「FLS、CTS、（129/GFP ES）は、FES1由来である」という調査報告書の記載ともしっくりくる。
（続く）
ところが、折角の鋭い着眼点なのに、これからDORA氏は無理のある「反オボの描いたストーリー」なるものを勝手に作り上げ、さらには誰も使っていない「まったく同一細胞株である」という独自の表現も付け加えて、「反オボのストーリーは破綻している」というおかしな結論にしているのだ。
まあ要するに、間違ったストーリーを勝手に「反オボのストーリー」と妄想して、それが破たんしていると指摘するという、いわば不正なマッチポンプ、愚劣な詭弁、悪質な猿芝居というようなものだろう。
しかし、、 そんな酷い過去の記事をわざわざ３分割連投でコピペしてきた人の意図はどこにあるんだろうか？
まさか、小保方擁護者はこんなに出鱈目なことばかりしているんですよ、ということを晒し者にしたいわけではあるまいが。
・「近縁率表」で主張されているのは、３つの細胞株（FLS3, CTS1, 129/GFP ES）が、ＦＥＳ１、ＦＥＳ２と較べて、ＦＥＳ１により近縁であるということである。それ以外の目的に使えるかどうかは不明である。
・「近縁率表」は、ＦＥＳ１―ＦＥＳ２間で違う（と判定された）塩基についての情報でしかない。その意味で、ＦＥＳ１（のシーケンスデータ）はデータ処理上で特殊である。ＦＥＳ１と他の３つの細胞株の１つの間の「近縁率」と、他の３つの細胞株の間での「近縁率」を、比較して良いか分からない。検証が必要である。少なくとも、他の比較軸でも「近縁率表」を作ってみる必要があるだろう。
・つまり、ＦＥＳ１-他の細胞間で、他よりも「近縁率」が小さめなのは、解析上の見かけのものかもしれない。
・実際に、特別な塩基だけを抽出せずに４つの細胞株間を比較すると、値だけを見たときに、ＦＥＳ１と129/GFP ESの間が最も近いという結果も得られる（自解析）。
・すなわち、ＤＯＲＡ氏の議論は、解析の詳細・意図を理解せずに行ったものであり、おかしい。
というのが私の意見
・私はＮＧＳ解析のアマチュアですし、専門家のレビューを受けたわけでもないです。だから、私のＮＧＳ解析の説明は、ＤＯＲＡ氏の書くことと同じく、正しいと信じてはいけません。
・じゃあなぜ書くのかというと、一参考意見としてです。おかしな説を出して、全く反論がないようなことを言う人が居るからです。また「権威主義」ではないことを示すためです。
・私は、gen**ronさんのようなコピペを繰り返す人を相手に、科学議論をするつもりもないし、説明しているわけでもないです。言いたいことは、コピペされた内容は、専門家のレビューを受けたわけでない、素人の書き込みなので信用できませんよ、ということです。
・そもそも、専門家のいない場所で、その分野の論争をしてもほとんど無意味と思っています。
ですから、あなたのその書き方を見ると、３年前の議論を全然読んでないな、ということがわかるんですよ。
培養変異の話もさんざん行われていましたよ。
ＤＮＡ複製エラーの確率の話も出ていましたが、それは知っていますか？
議論を読んでいれば知っているはずですが。
> この人の多次元スケーリング(MDS)の図、細胞間の類似度を距離で表してるんですよね。
(...)
> その数値を書き込むという手口ですよね。
それは誤解です。説明不足なのは私のせいです。
全塩基を用いた場合の近縁度（実際には木村の方法による、配列間距離）の値は、塩基間の一致不一致のみから決めています。これのみを議論に用いています。
ＭＤＳは、おまけです。あくまでも細胞の近さを２次元の図として可視化しようとするときに使っているだけで、本質ではありせん。ここでの議論には一度も関係していません。
近縁率と（大小関係は逆転するが）等価と見なせるはずです。
別にどのような方法で表しても良いのですが、私は分子系統樹の方法に倣って、この指標を選んだだけです。
手口とか、そういう、つまらないことをやっている暇はありません。
> こういうと、「権威主義だ」という人が出てくるんですね。
> だから、私は、自分でもＮＧＳ解析をやってみて、ＤＯＲＡ氏の書いていることが、ＮＧＳ解析の詳細を理解していないことによる間違いと分かります、と言うわけです。
この文章「ＤＯＲＡ氏は、ＮＧＳ解析の素人です。」「専門的な解析結果に関する、素人の想像に基づく批判を読んでも仕方がありません。」「ちゃんとした専門家を探し、説明を受けましょう。」「だから、私は、自分でもＮＧＳ解析をやってみて、ＤＯＲＡ氏の書いていることが、ＮＧＳ解析の詳細を理解していないことによる間違いと分かります、と言うわけです。」を見ると、なるほど、kanso2さんはＮＧＳ解析の専門家なのだと、普通思うと思うけど。（続く）
「私はＮＧＳ解析のアマチュアです」という文章を見て飛び上がるほど驚いた人は少なくないのでは。
まあ、kanso2さん風に言うと、一連の近縁率表の議論については、素人が素人を批判していたと言うことか。
最後の文章も強烈ですね。
「そもそも、専門家のいない場所で、その分野の論争をしてもほとんど無意味と思っています。」
kanso2さんは、「そもそも、専門家のいない場所で、その分野の論争」を好んでしてきた人の一人と思っていましたが。
＞培養変異の話もさんざん行われていましたよ。
＞ＤＮＡ複製エラーの確率の話も出ていましたが、それは知っていますか？
私なりには知っているつもりですが、貴方が知っている内容と違うかもしれないので、貴方の知っている話を書いていただけますか？
そうすると、やはりあのときの議論を読んでませんね。
読んでたら、内容が違うわけないし、即答できるはずです。
少なくともいえるのは、ＤＮＡ複製エラーの確率から言えば、0.1～0.01％のオーダーで培養変異が起こるわけないということです。
このことは、当時Ts.Makerさんがしきりに主張していたと記憶していますが。
とにかく、あのときの議論の量は膨大です。せめて、それらを読んでから議論することをお勧めします。