コメント欄でおわかりのように、匿名さんからいろいろなご意見をいただいています。
本来、コメント欄で返すのが筋ですが、こちらで色付き文字の方が、読者が理解しやすいと感じたのでこちらに書きます、
匿名さんが引用された文章は青字で書きます。

yap*ari*w*katt*na*さんの説明
・「AならばB」という命題が真である場合、(中略)「AでなければBではない」は必ずしも真とはいえない。

この説明は正しいです。
学とみ子は、彼らの説明のすべてが間違っていると指摘しているわけではありません。
これが正しいとのコンセンサスは得られています。
ですから、私はそこにはふれません。問題ある部分だけ書いています。

当たり前に正しいと相互理解ができている事と、まだ相互理解ができていない事の区別が、匿名さんにはついていないのではありませんか?

Plusさんも一生懸命に書いていらっしゃいますが、とても複雑化させていることを除けば、間違っているわけではありません。

すでに、この単純な必要十分条件の命題ひとつとっても、私と匿名さんとの間で、意見がすれちがっています。

匿名さんの文章 (茶字)
>学とみ子が言ったのは、体細胞のTCRがないから、初期化ではないとバカなことを言っている人がいると言ったのである。
また誰も言ってないことを言ったことにして。。。

ES派はそう言ってきました。
しかし、あなたの中では、そこがつながっていないと私は感じました。

こうしたことひとつをとっても、結局、議論がどこで食い違っていて、どこで同意ができているかにつき、あなたが区別していないのかもしれない?と、私は懸念しました。

あなたは、論理以前の問題だからとか言っています。
当方に言わせれば、匿名さんご自身の手の内を見せない、見せる必要はないとの態度や考え方は、論理的でないと私は感じますよ。

あなたは、総論をうまく話す才能がある方と思いますが、(細胞)各論には弱いと思います。
あなたは、ご自身では総論なら、各論を知らなくてもうまく書けると思っている部分があるかもしれません。(こう言うと、あなたは否定するでしょうが、論点を明確にするためにあえて書きました。すみません)
本来は、総論とは各論知識を極めてから後で書くものです。

このブログには、STAPに興味がある方が来ています。
そうした中で、あなたはSTAPを語らず、学とみ子をとがめる激しい言葉を繰り返しても、あなたのせっかくの努力が実を結びません。
学とみ子は傷つき、あなたは不快感だけが残ることになります。

ここで、あなたが激しい意見を吐くと、それをES派は都合よく利用するだけです。

前にもかきましたが、例えば、あなたの英語を生かして、日本におけるSTAP議論を発信するとのお考えはないのでしょうか?そうしてくれた方が良いと思います。

日本語であれば、あなたがノフラー氏ブログの論調を経年的に追ってくれて、その変化とかを書いてくれたら、皆、集中して読むと思います。
ノフラー氏のSTAP細胞の気持ちは、最初より変化していると思います。

STAPの場合は、AならばBという命題が適応できる課題ではありません。
TCRの有無は、初期化につきものではありません。
なくてはならぬものではないのです。
つまり、AはBに含まれないのです。

ABの条件は、限定した場合にのみ適応できるだけです。

A(キメラ体細胞のTCRの証明)に限り、Bである(STAP細胞が初期化してキメラ体細胞を作った)と言うことができるというだけです。
最初から、逆にしたり、裏にすることのできない命題です。

「馬でないことがわかったから、動物であることを証明できなかったのですよ、皆さ~ん、STAPは偽物ですよ~ん」
と、ES派がいくら言っても、これが間違いであることは誰でもわかってしまいます。

しかし、「キメラのTCRが無いから、STAP細胞から出来たとは言えないのですよ~、皆さ~ん」と言われた時には、普通の人には、馬と動物のようには間違いであることに気づきません。
これがES派の戦略でした。

ES派は、STAPの証明には、TCRはなくてはならぬものと言ってきました。
TCRは初期化の根幹であると言ってきたのです。
NHKも、“立ち止まって考えるべき”と言いました。
しかし、立ち止まる必要なんか、ないのです。
キメラにはTCRは無かった、検出できなかった そこでピリオドです。

今、STAP細胞について語り合おうとする時、相手のSTAP細胞理解を十分、配慮し合わないと、どこまでも解決できません。
あなたは、“それ以前の問題だ”なんて言っているけど、そここそが非論理的ですよ。

結局、STAP細胞は、お互いが十分把握してこその議論です。
STAP細胞のように極めて専門的な対象について、非専門家同志で意見を交換しあう時には、誤解がおきやすいです。
ですから、お互いを尊重し合い、理解の元で、STAPを論じあう必要があります。

しかし、ため息氏、Plus氏、やっぱり氏との議論はそうした質のものではないことは、一目瞭然です。
今回、キメラの免疫機能(推論)について、重要な前進がありました。

私がLコメントのこの部分が大事と指摘したのですが、ため息グループの方は、その記述をさがせませんでした。
結局、ため息氏は、以下のように書いています。
(青字)
http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13394

>ドナーのT細胞由来のT細胞はできないだろう」とおっしゃっているわけです。T細胞に関しては、『2018/5/18(金) 午後 10:11 学とみ子』説と、L さんの考えているメカニズムと一致するのかはわかりませんが、結果的に一致しています。しかし学とみ子説は注入したT細胞全滅説ですからこれを裏付けているわけではありません。L さんはT細胞由来の体細胞ができることを否定しているわけではありません。また「生まれない」ではなく「その様な胎児が生まれてくるだろう」とおっしゃっています。
引用終わり

ため息氏はLコメントの場所について、5チャンから情報を得たようですが、それを素直に書いています。
ため息氏も、体内時計さんも、Lさんコメントの大事な部分が記憶になく、この部分がキモであると読めていないのです。

一方、学とみ子は、PCR増幅後のTCRゲル図の方法では、元TCRバンドが検出できるようなキメラはできないと言っています。
学とみ子は、ここに至るには、いろいろな条件を書いていますが。そこをため息氏は理解できていません。
小学生のような全面否定となります。
結果、学とみ子が正しくないとの印象を読者が持つように、ため息氏は目論んで、上記記事を書いています。

実際にTCR再構成後のT細胞は、D2J2の短いDNA変化が起きているのではなく、TCRβがジャームラインから大きく変容してしまっています。10-100位の塩基で構成される各D遺伝子、J遺伝子の変化に限りません。

ジャームラインには、D遺伝子25個、J遺伝子6個(数には若干のばらつきがあります)で、
V遺伝子は数が多く、さらに再構成の様相も複雑ですが、そこも変化しています。
ただ、検査では、D2J2の部分で代表させただけですが、その検査法の精度から、キメラの尻尾での検出に失敗しています。
ヤッパリ氏は、これらが理解できていないと感じます。

というより、元T細胞が尻尾部分の体細胞を構成できる証拠はなく、可能性は低いと考えます。もし、万一TCRが検出できたら、儲けものという感じを私は持ちます。
マウスとヒトでは違いますが、機能的には似ています。

細胞として遺伝子が変化している元T細胞は、胚内で、他の増殖プロフェッショナル細胞に負けるだろうと私は考えたのですが、ここもあくまで推論です。

これらの影響が、胚の他細胞とのせめぎあいにどう影響するかはわかりません。
ただ、確実に言えるのは、酸浴細胞と、他の人工改変細胞と比較をしてはいけないという点です。
酸浴細胞の遺伝子変化は、まだ、スタートラインに立ったにすぎません。

ES細胞と合体させたり、iPS細胞に変化させたりの、T細胞を人工的に改変方法と、酸浴は現象が全く違うことを理解しないといけません。
しかし、ここをいくら説明しても、ため息氏らを説得するのは難しいです。
ため息グループの方は、学とみ子を最初から否定する扱いしかしません。
ため息グループの方は、真を理解ようとの気持ちが無いまま、学とみ子潰しを楽しんでいます。
楽しくてしょうがないようです。

彼らの考えはどうでもよいですが、大事なのは、キメラが生まれたという事実です。
キメラが生まれたという事実を前提に、生まれたキメラはどのような状態であったか?を遡って考えるのが普通です。

病気を調べることにより、さまざまな遺伝子のしくみ、遺伝子制御のしくみが解明されてきました。

“病気は結果である”という考え方は、すぐ理解できる人もいるでしょうが、ため息グループタイプの人は難しいと思います。
自論に凝り固まっている人が多いからです。
さらに、最初から、学とみ子の言ったことなど、必ず否定してやろうと構えてしますので・・・。

病気という結果から、その元の原因を科学的に探るという話をしても、彼らはどの位、理解してくれるものなのでしょうか?
案外、バイアスの無い はなさん の理解が一番、良いかもしれませんね。

学とみ子は、キメラが生まれてこない条件に注目して、いろいろ考察しています。
核移植も、iPS細胞も生まれる確率は低いです。
今回のoTake氏の著作は、そうした部分にも目を向けています。

今回は、oTake氏の記事の場所について、私は誤認してしまい、大変申し訳なかったです。

この記事を、ため息グループでは誰も注目していませんでした。
つまり、この新記事を読んで理解しようと誰もしないのです。
彼岸花の話や、サンマの話ではありません。

oTake氏自身は否定されると思いますが、このoTake氏のコメント記事は、学とみ子を意識して書かれたものと思います。
私が熱心に読むであろうと、oTake氏は考えています。

見えない部分で、ネット読者もoTake氏のコメント記事を参考にされたと思います。
しかし、内容はため息グループの方には難しすぎます。

こういう言い方は、学とみ子の印象を悪くすること十分承知して書いています。
この書き方を読まれた方は、学とみ子が傲慢であると反感を持つでしょう。
それでも、しかたありません。

ネットサーフィン読者が、学とみ子は認知症とは思えないから、学とみ子の主張を読んでみようかな?となればうれしいし、STAP細胞に興味を持とうとなる人を増やしたいです。

oTake氏も、わからない人は無視して、この記事を書いています。
Lコメントも、多くの言葉が省略されています。
わからない人の理解が進むように書かれていると思いますが、それでも、難しいことには変わりありません。

特に、Lコメントをわかったふりをする人は、理解の進みが遅いでしょう。
今はまったくわからない人であっても、素直に読み込む人たちは、ふりする人より、先を越してしまうでしょう。

せっかくのoTakeさんの力作ですので、学とみ子のエントリー記事として紹介させていただきます。
oTakeさん、記事の場所を間違えて、大変、お騒がせしました。

事前承諾となりますが、この記事をここにアップすることを、お許しください。
臨床系の話では、未解明な部分が多く、oTake作品ほどクリアには語れないと思います。
アルコール入りとご謙遜でも、oTake作品すばらしいです。

oTake より:

ES 細胞をいくら培養しても、マウス個体にはならない為、ES 細胞のような多能性細胞由来の個体を作製するには、胚の持つ力(発生する力)を利用して、キメラマウスにするわけです。
3〜4 週齢のメスマウスにホルモン投与することで排卵を誘起し、8 週齢以降のオスマウスと交配させ、そこから 8 細胞期・胎盤胞期の胚を得る。これがキメラマウスのホスト(宿主)胚となります。
このホスト胚を使い、8 細胞期胚と目的とする細胞を共培養して凝集させる (1) アグリゲーション(細胞凝集)法、若しくは、ホストの胚盤胞腔内に目的とする細胞を注入する(2) インジェクション法で、ホスト胚と目的細胞のキメラ胚盤胞を作ります。
この作製されたキメラ胚盤胞を仮親マウスに移植・着床(偽妊娠)させ、産仔マウス(キメラマウス)が誕生します。
キメラマウスが出来たとしても、キメラ個体は二種類以上の細胞から成り立っているヘテロ個体の為、各組織・器官においてそれぞれランダムに寄与していることが想定されます。ここまではキメラマウスの一般的な話です。
特定の遺伝子を欠失させたマウスを作製し、欠失させた遺伝子の影響を調べたりということが盛んに行なわれています。当然、免疫系の細胞が作られない免疫不全マウスも色々作られています。“TCR 遺伝子の再構成のある初期化細胞が免疫細胞に分化寄与した場合”、免疫不全等の症状が出るであろうことが論理的に予想されます。
今回の STAP 研究に於いて、キメラマウスは『健康であった』ということから、免疫不全等の症状が出ていないということでもあり、(1) TCR 遺伝子の再構成のある初期化細胞は免疫細胞に分化寄与していない、(2) 免疫細胞はホストマウスに依存、(3) 胎仔自身の免疫ではない母体つまり胎盤経由での受動免疫“passive immunity”の 3 つが考えられます。
L さんの回答『仮にT細胞STAPができたとしても、2Nキメラへの寄与はモザイク(組織によって寄与率がバラバラ)になります。この場合、T細胞系では宿主が圧倒的なアドバンテージを持つので、キメラ体内のT細胞はほぼ100%宿主由来で占められ、正常な免疫機能が保たれると予想されます。』ですが、これは(1)と(2)にあたることであり、私もこの内容を支持しています。
4N キメラマウスの場合、その分化の過程で4N の細胞(ホスト)は胎盤等には分化できてもその他の細胞種には分化出来ないので、最終的に殆どの細胞が注入された細胞のみの分化細胞を持つキメラマウス個体を得られます。その場合、先程の (2) の“免疫細胞はホストマウスに依存”はあり得なくなり、免疫は (3) の受動免疫のみに頼ることになります。つまり、4N キメラマウスは免疫不全に陥ります。
仮に、TCR 遺伝子の再構成のある初期化細胞が免疫細胞に寄与した場合、キメラマウスは免疫不全になる可能性が高いわけですが、このマウスは細菌やウィルス等の易感染性を持つわけで、その症状としては“発育不良・感染症”等が出て、それによる致死(流産も含む)の可能性はあるものの、様々な免疫不全マウスを実験的に作製が可能であるということを考えると必ず産まれないということは無いでしょう。
次に、学とみ子氏は『胚細胞相互の感知能力? 遺伝子異常感知能力?』と言っているようですが…そんなものが確実に機能しているのであれば、妊婦の着床前遺伝診断で以下のような染色体および遺伝子の検査(PGD・PGS等)を行なう必要がありません。
まず PGD(Preimplantation Genetic Diagnosis)について。遺伝疾患の原因となる遺伝子遺伝子異常を診断するもの。次に PGS(Preimplantation Genetic Screening)について。こちらは染色体数異常の有無を目的としたもの。これらは遺伝子による重篤な病気・流産を防ぐ為に行なわれます。
何らかの遺伝子異常があった場合、胎児は生存していないか、重篤の障害を伴って生まれる可能性が非常に高い。しかし、このような異常胚であっても健康な子が生まれるケース・報告も多々あり、『異常胚は、正常胚の無い女性の選択肢として考慮すべきである』という話が生殖医療学会ではなされています。
異常胚でも健康で産まれれば良いのですが、遺伝的難病として障害を持った形で産まれてくる胎児もいます。特に免疫系の遺伝子異常な場合、“原発性免疫不全症候群”といった分類になるかと思います。
胚に“遺伝子異常感知能力”が本当に備わっていたら、こんな苦労ありませんよ。医療従事者が適当なことを言ってはいけませんよ。
キメラマウスの TCR 遺伝子再構成のある初期化細胞の体細胞の寄与に関しては、STAP 研究でのキメラマウスを作製する為に用いられた細胞塊は、TCR 遺伝子の再構成の有るモノと無いモノの混合であるということ、再構成のあるモノの含有量をまず考えなければなりません。
このような混合状態だと、TCR 遺伝子再構成を調べた細胞群に必ず TCR 遺伝子の再構成の有るモノが含まれるわけではありません。更にホストマウスや外部からの異物のコンタミも考慮しなければなりません。
丹羽先生らが会見で『キメラマウスに於ける TCR 遺伝子再構成のある細胞の寄与確率』『2 倍体キメラから作製したマウスでは、TCR 再構成があっても、宿主側のマウスのものと区別がつかない。』のことを仰ってましたが、まさにこの事ですよ。
実験のクォリティを上げるにはどうすれば良いかですが…
[1] TCR 遺伝子再構成の有るモノを確実にセレクトし、キメラマウスを作る。モノクロナールの話ですね。
[2] [1]を前提に 2N キメラマウス(ヘテロ個体)どうしを掛け合わせ、目的とした遺伝子型を持つホモ個体を作製する。
[3] [1]を前提に 4N キメラマウスを作製する。
L さんの話に少し疑問が…キメラマウスの胎仔に関しては、細胞の成長、分化、そして、形態形成“Morphogenesis”の過程を考えなければいけないわけですが、その過程に於いて個体が免疫を獲得する(T 細胞等が作られる)前に、TCR 遺伝子再構成に関して調べれば、ホストの T 細胞等が混ざることは無い…との話が出ていましたが…理論的には可能であろうということは分かるのですが、実験作業の具体的な問題として、日数以外の方法で、T 細胞等が作られていないという確証をどのようなアプローチを取れば良いのか? (大した疑問では無いのですが…)
数々の再現実験や理研の STAP 細胞の検証実験に於いても、キメラマウスの作製に成功していません。その理由は、注入した細胞が、通常の胚の 8 細胞期・胎盤胞期の内部細胞塊と状態がかなり異なるからだと考えられますね。つまり、ES 細胞から遠い。
STAP 研究に於いてのキメラマウスが出来たのは、ES 細胞由来だという結論でもあるので、T 細胞由来の初期化細胞を用いたキメラマウスに関する振る舞い(TCR 遺伝子再構成等)に関しては、実際に作ることが可能な iPS 細胞で実際に実験して確認するのが一番良いと私は思います。
と、ウイスキーを飲みながら、酔っ払いながら、適当にまとめてみました。

学とみ子の緊張がほどけたコメント
http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/


ため息氏の上記コメント(青字)にて、学とみ子は力が抜けました。


>桂委員会の委員の方々は、たしかに、大学教授(あるいはそれ相当)の地位にある方々で、その分野のトップの方々で権威があります。これらの方々すべてを存じ上げているわけではありませんが、存じ上げている方もいて、STAP細胞事件以前から、そして現在の職・地位になる前から信頼しているお方です。ですから権威があるからというわけではありません。


2018/10/18(木) 午前 9:02[ ため息 ]
> セイヤさん
「ある方って誰?」
「地位にある方々」のこと?あまり良い日本語ではないようでした「地位におられる方々」のほうが良いと思います。訂正します。これらの方々の名前は桂報告書にあります

地位にあるとか、ないとか、その言い方とかに関係ありません。
下線の部分だけが重要でした。

えっ、そうなの?
なぜ、もっとそこに早く気づけなかったのだろうか?と、学とみ子は自問自答しました。

追記 10月20日(土)21:19

午後 6:21 [ ため息 ]のコメントの意味がわからなかったのですが、以下の書き込みを見て、彼のトンデモ誤解がわかりました。
学とみ子は桂報告書の委員の名前を知らなかったから、このエントリー記事「えっと、そうなの?」を書いたと、ため息氏は考えたようです。
”桂報告書に委員の名前があることを知らないおバカな学とみ子”と、ため息氏が言っています。
桂報告書を何度も読んでいれば、最後に委員の名前が載っていることなど、皆、知ってます。
そんなこととは関係ありません。

なぜ、学とみ子の考えとは無関係に、ため息氏は勝手な連想をするのか?わかりません。
ため息氏は言っています。青字
桂委員会委員の氏名が報告書にあることを知らなかったようです。桂委員会報告書を、ホントに読んだのでしょうか?
ですので、以下のようなコメントをしてみました。2018.10.20 18:27頃
(コメント終わり)

ため息氏は、なぜ、ご自身の手の内をみせてしまったことを、大失敗!と思わないのでしょうか?
桂報告書の委員をため息氏が知っていると書いてしまえば終わりです。
ため息氏が桂報告書を擁護する理由は、知っている人が委員にいるからとなってしまうのです。
これでは、ため息氏が科学的正当性をいくら叫んでも、誰も信用しません。
知っている学者を擁護するための行動か?となってしまいます。
ため息氏は、本当にここがわかってないのでしょうか?

なぜ、知人関係で白けてしまうか?を、逆の面で考えてみましょう。
例えば、学とみ子は小保方氏を知っていると仮定します。
(実際には、学とみ子は、小保方氏や理研のSTAP研究者たちと一切の面識はありません。)
そうなると、学とみ子が科学的な事実を根拠に説明した場合、"学とみ子は、小保方氏を擁護したいから書いてるだけだ!”となります。

このブログで、学とみ子がSTAPを擁護するのは、科学的根拠に基づいてES説では、説明がつかないと感じているからです。
学とみ子が、「気の毒なお友達を擁護しています」となったら、科学を論じている他の方々は白けると思います。

以上、これに関する学とみ子の主張です。

以下は別件です。
これとは直接関係しないのですが、学とみ子はためいきブログに申し訳ないことをしたのではないか?と心配しました。
今朝の”oTake氏のコメント記事が無くなってしまった?!”、問題を懸念しています。
今朝、oTake氏のコメント記事をお読みになった方がいれば、ぜひ教えて欲しいです。

oTake氏のコメントは、かなりの長文で、Lさんが「キメラのT細胞がなぜ、ホスト由来と考えているのか?」について、その根拠を説明したものです。

キメラ胚が分裂増殖してマウス生体となる過程で、何が臓器形成に寄与するか?について、oTake氏は、詳細に、かつ、要領よくまとめています。
TCR再構成のある元T細胞が、なぜ、キメラのT細胞系として増殖できず、キメラT細胞はホストT細胞で占められるのかを考察しています。

以前に、oTake氏がキメラの免疫機能についてのコメントを書かれた事がありましたが、その時のような大雑把なものではありません。この時は、キメラは生まれるし、免疫不全があっても注意すれば生存可能と書かれていました。

学とみ子は、不利を克服して生まれた場合だけをもって、論じるのは問題があると言いました。
むしろ、不利な条件を抱えた胚は子宮内で育たず生まれてこないと考えるべきと反論しました。

恐らく、その後、Lコメントの意味を確かめるために、oTake氏は、いろいろ文献を当たられて、考察を深めてから、再度、書かれたものと思われます。
今回は、胚が不利な条件を抱えた場合、胚が育たない理由についても書いています。

学とみ子は、すごい!進化した!と必死に読んだのですが、朝の時間がなく、後でゆっくり読もうと思っていました。
まさか、消えてしまうとは思いませんでした。

はなさんが無い!と書かれたので、学とみ子が確認したところ、oTake氏の記事は無くなっていました。
なんとも、悲しい限りです。

oTake氏は、この記事アップを失敗と感じてしまったのでしょうか?

私が余計なことを言ったことで、oTake氏を傷つけてしまったのでしょうか?

それとも、STAPキメラのTCRについて、積極的に科学的事実を書いてしまったことをまずいと感じてしまったのでしょうか?

いわゆる「火中の栗を拾う」になってしまうような行為を、oTake氏は避けたのでしょうか?

oTake氏は、今夕、以下のように書かれています。

oTake より:    
学とみ子氏は亡霊でも見てるのでしょうか?
私は何も消してませんが?
再アップしようにも心当たりが全く無いので?
直近の私のコメントは全部ありますし?
(oTake氏のコメント終わり)

当方が、このoTake氏を読んで、学とみ子ブログに書いたコメントは、2018/10/20(土) 午前 8:59
です。
私が「アルコールが無い時に勉学されたのでしょう」と書いた理由は、oTake氏の記事の最後に、アルコールを飲みながらこのコメントを書いたと結んであったせいです。
そこを学とみ子は、「いやこれはアルコールは入っていない時の勉学でしょう」と書いたわけです。

判明しました。22:36
oTake より:


ため息 氏が、以下のように書いています。青字部分
2018/10/16(火) 午前 10:24
 
 (続き)
原理的なことは理解しているわけですね。学さんはどうだったかしらないけど。ですからSTAPでTCR遺伝子の再構成があったと聞いた時(実はなかったんだけど)、初期化が証明されたとだれもがが思ったわけですね。
方法論はLさんのような方しか問題点を揚げることができないですけど、原理は誰もがが理解できたわけで、だから すげー ということになったんですよね。
その原理的なことを、以前から、yap*ari*w*katt*na* さんが言っているのにこれまで理解できていなかったというのはどういうことでしょ?

私は第一回のTCR議論の時から、ため息氏は細胞学の知識に薄いと感じたのですが、ため息氏が、教官であることを考え、はっきりは書きませんでした。
しかし、今は、ため息氏が、「学とみ子は無知でたらめ」と攻撃してくるので、はっきりとため息氏の理解が十分でないと書いています。

私は、他の方よりSTAP理解が遅れています。
その分、ある程度、議論が固まってから参加した関係上、すでにSTAP情報について評価が尽くされていましたので、理解はしやすかったです。
そして、NHKのTCR解説もあきれましたし、関氏、尾関氏の解説にもあきれました。

最初、STAP論文の話を聞いた時には、ため息氏とは違い、あまりすげえーとも思わなかったです。
STAP現象に無知でした。

その後の騒動が起きてから、日経サイエンスの記事の詫摩氏記事の内容が、小保方氏を犯人に仕立てようと意図的に書かれていることに驚きました。
読んだ最初から、意図的でひどい!と感じました。
そして、この記事は目的をもって書かれたのではないか?と疑問を感じました。

その後、STAPについて学ぶうち、初期化にはいろいろな状態があることを論文などを読んで知りました。
iPSの初期化についても均一的なものでないと言うことも知りました。
初期化の前の細胞種によって、初期化の状態も異なることも知りました。

学とみ子は、最初から、酸浴により細胞の遺伝子状態が何もかも変わってしまう現象が起きるとは考えませんでしたよ。
何がどう変化したのか?どこまでわかっているのかあ?とだけは思いました。

やっぱりさんは、学とみ子よりTCRの知識が進んでいるわけではありません。
彼は、やみくもに学とみ子を否定しています。
ご自身は、良く知っているんだとパフォーマンスをしているだけです。
ため息氏は、ヤッパリ氏がパフォーマンスしていることが理解できていないから、ヤッパリ氏が学とみ子に教えていると感じてしまうのでしょう。

ヤッパリ氏ご自身で、「やっと学とみ子の理解を進ませた!」なんて言ったりもしていますのでね。
学とみ子は最初からTCRを理解して、同じことを言っているのですが、そうではないとヤッパリ氏は何度も書くのですよ。
ヤッパリ氏が、一般人向けに学とみ子無知論を叫んでいるのです。
こうした専門的議論は、一般の方は、どちらが正しいことを言っているのかはわかりませんからね。

ため息さんへ
ため息氏は、ヤッパリ氏の単なるパフォーマンスであることがどうして見抜けないのですか?
彼は、読者を混乱させるよう、学とみ子がでたらめであると印象づけることが目的なのです。
だから、悪口も一杯書き込みます。
ヤッパリ氏は、狸氏、aruimi氏も利用し、多くの人が学とみ子の認知症が本物であるとわめきちらし、認知症との印象操作をしています。
すべて、STAP理論が理解できない人向けのパフォーマンスですよ。
ヤッパリ氏は、TCRについては専門的知識はお持ちでないことを、ご本人は自覚できていると思います。

ため息氏
>学とみ子様はこの(ホストのT細胞の混入)ような指摘をこれまでしてきたわけではないです。「キメラ体細胞にTCR再構成が見られないだろう、あったとしても、注入したT細胞のTCR再構成パターンがわからないから一致しているかどうか判定できず証明にならない」

特許のキメラマウスのTCRは、以前から、ホストのT細胞の汚染ではないか?と言われてきたのです。私だって知ってますよ。
そんな、皆がわかっていることなんて、わざわざ書く必要はないです。
私は、他の人がわかっていないこと、だまされていることを書きたいのですから。

このキメラマウスの体細胞のTCR検出実験に関して、私はさらに、Lさんに質問しています。
母胎血の汚染(ホスト血液でないですよ)をとり除けるのか?
あるいは、母胎血由来TCR遺伝子断片(D2J2に影響を与える部分)が、キメラに混入することはないのか?これは重箱の隅をつつくような質問です。
ため息氏には質問の意味は分からないでしょうか?  

胚盤胞にいれたのは、いろいろな種類の細胞です。
こんな実験、STAPだけでしょう?
もし、T細胞が生き残って体細胞を構成すれば(前提)、そこにはTCR再構成済の細胞となるという意味です。前提があるかないかで、イエスノーが違います。

以下、ため息氏が学とみ子が間違っていると読者に印象付けようとする以下の書き込みもご参照ください。



yap*ari*w*katt*na* :TCR再構成を持つ多能性細胞からキメラマウスを作成した場合、その多能性細胞由来の体細胞の遺伝子上にはTCR再構成が見られます。
学とみ子:ここは正しいです。
えー、ずっと前から当方もyap*ari*w*katt*na* さんも言っていたことなんですけどね。なにをいまさら。学さんは、そもそもそんなキメラはできないだったのではないでしょうか?






コメントが多いので移しました。


             コメント(98)
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    学さん

    あまりに酷い。学さんと他の方でどちらが論理的かといえば、一目瞭然です。

    たとえ学さんの中で筋が通っていたとしても、学さんは論理的に説明できていませんし、一般人に分かりやすく解説もできていません。TCRを理解しているかどうか以前の論理のレベルで、学さんの知的水準を疑ってしまうコメントばかりです。また、学さんが他の方のコメントを解釈するやり方を見ると、論文を論理的に読む能力にさえ疑問符が付きます。
    削除
    2018/10/18(木) 午前 5:22[ 匿名 ]返信する
    > 匿名さん
    申し訳ありませんが、あたなは、STAP細胞がまだ理解できていません。

    関連知識は一生かかって自分のものにしていく分野です。
    他の仕事をしている人が、ウイキで勉強すれば補強できる分野ではありません。

    今回、久方ぶりの御登場だと思いますが、STAP細胞を語らずして、学とみ子を否定するだけのコメントは今後承認されません。

    ため息ブログでは大歓迎さから、どうぞ、そちらでコメントなさってください。

    STAP細胞を理解したいと気持ちが高まったら、又、こちらに戻ってきてください。期待しています。

    体内時計さんとは匿名さんは気があうかもしれませんよ。
    削除
    2018/10/18(木) 午前 8:42学とみ子返信する
    顔アイコン
    >申し訳ありませんが、あたなは、STAP細胞がまだ理解できていません。

    論理レベルの問題だと言っているのに、またずれた(ある意味想定通りですが)返しをするんですね。

    >関連知識は一生かかって自分のものにしていく分野です。
    取り下げられた論文の関連知識をですね。どうぞ学習を続けられてください。不正調査や社会の仕組み・ルールの理解にも、もう少し時間を割いてこられれば良かったですね。そうすれば指摘がここまでずれてしまったり、周りから相手にされないこともなかったでしょう。
    削除
    2018/10/18(木) 午前 8:51[ 匿名 ]返信する
    顔アイコン
    やれやれ、、何をどういったものか。


    >学とみ子は最初からTCRを理解して、同じことを言っているのですが、そうではないとヤッパリ氏は何度も書くのですよ。


    何十回も同じことを説明しているのに、いまだにこんな出鱈目をかいて誤魔化そうとするのですね。

    私が言っているのは、学さんは「STAP論文におけるTCRの意味を理解していない」ということです。
    それに対して学さんは、wikipediaなどで「免疫学におけるTCR」の解説などを引っ張り出して、学とみ子はTCRを理解している、やっぱり氏や他の専門家もTCRを理解していない、という頓珍漢な反論をしているだけなんですよ。

    そもそも、学さんはSTAP論文にTCR再構成の記載があることすら知らなかったし、TCR再構成をどのように調べるのかすらご存知では無かったのですからね。
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    2018/10/18(木) 午前 9:54[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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    ここにも触れておきましょう。



    >特許のキメラマウスのTCRは、以前から、ホストのT細胞の汚染ではないか?と言われてきたのです。私だって知ってますよ。

    こんな話は、ほとんど誰もしていません。そもそもSTAP論文にはキメラマウスのTCR再構成のPCR結果が掲載されていないということが疑問視されていたのですから。

    特許にゲル図があるなんて話は、不正調査の結果が出てから一部のマニアが掘り出してきて、ごく一部であれこれ言う人がいましたが、そもそもまとにも議論なんてされてない話です。
    学さんの認識に問題があることの典型事例ですね。
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    2018/10/18(木) 午前 9:57[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
    > 匿名さん
    >学さんは論理的に説明できていませんし、一般人に分かりやすく解説もできていません。

    ここは認めます。当方の力不足です。

    あなたもSTAP理解には、多くの時間がかかることを理解してくれているのはうれしいです。

    Ooboeさんもここ数年ずいぶんと努力していると思います。

    ため息氏と学とみ子の意見が食い違ってしまう様を見てもお分かりのことと思いますが、たった一つの小さな条件や知識の欠落で、討論が暗礁に乗り上げてしまいます。

    あなたが細胞を知らずして、学とみ子が論理的でないと言いたいのなら、どうぞ、ため息氏ブログにお願いします。

    あちらでは、ES説で終息させたい意図的な人が集まっています。
    ため息氏もアカデミズムで研究人とつながっています。

    つまり、向こうには、本物の煽動的ES派と、科学勉強途上(初期)コースな人しかいません。(初期は外して結構です)

    つまり、あなたが本気でSTAP細胞を理解しようとするなら、彼らは障害になります。
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    2018/10/18(木) 午前 10:44学とみ子返信する
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    >あなたが細胞を知らずして、学とみ子が論理的でないと言いたいのなら、どうぞ、ため息氏ブログにお願いします。

    こういうところが論理的でないと言っているのですけどね。

    私は細胞の理解についての議論はしていません。意見構成が論理的であるために細胞の理解が必要というのなら、その論拠・思考プロセスを明瞭に説明して欲しいと思っています。学そんはいつも「想像してよ、分かるでしょ!」と言ってるだけですよね。もしかしたら、医師という権威があれば、論理的説明もなく多くの人が表面的に有難がってくれて、これまで論理的議論を訓練する機会があまりなかったのかもしれませんね。
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    2018/10/18(木) 午前 10:59[ 匿名 ]返信する
    はなさんのコメントです。

    >細胞の専門的知識はなくとも、通常の感覚を持っていれば極初期で論文作法のおかしさで、このnature論文は信用できない、撤回妥当と考えられます。

    一般の人の感情をうまく煽った様が見えます。正直な方です。
    ES捏造説が黙っていても、そこが広まった過程が良く解る著作です。

    ジャーナリストの尾関氏も言ってました。ジュースにつけるだけで細胞が多能化するのか?あきれた話だ! 嘘っぽい! そうした印象なのだと思います。

    動画で記録した様々な酸浴後細胞の改変に、笹井氏が感激したことの重要性などを説明しても、こうした方にSTAPの重要性を説得させられないです。

    💧💧💧一杯、ため息ものです。
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    2018/10/18(木) 午後 1:37学とみ子返信する
    はなさんは言ってます。

    >細胞の専門的知識はなくとも、通常の感覚を持っていれば

    普通の感覚では語れません。
    己が知らないから理解出来ないのではないか?Ooboeさんはその意識を持ってます。

    知識が無ければ捏造の判断はできません。

    他の問題でも良いですが、そうした四面楚歌の修羅場に、はなさんは身を置いた事がありますか?

    ため息氏だってこんなに混乱してるじゃあないですか?だから、この問題で、学とみ子を論破してやろうと、のめり込んでるのでしょう?

    はなさんも、STAP細胞をもっと知ってください。
    削除
    2018/10/18(木) 午後 1:56学とみ子返信する
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    >己が知らないから理解出来ないのではないか?Ooboeさんはその意識を持ってます。
    >知識が無ければ捏造の判断はできません。

    学さんは、自分が書いたコメントについて、ご自身に当てはめて考えることなどされないのでしょうか?

    あなたは不正調査の現場や実態をご存知ないですよね?しかも、不正調査でどのようなことに留意すべきかの知識もないように見受けられます。知識がなければ不正調査が適正に行われたかの判断はできません。

    さらに、学さんに指摘している方のだれも「捏造の判断」なんてしていないと思いますよ。そんな非論理的なことばかり言うから、ため息氏に「藁人形」と批判されるのです。
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    2018/10/18(木) 午後 2:19[ 匿名 ]返信する
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    論理的思考の訓練ができておらず、他人の論理的な文章をこれだけ曲解・誤解し、英語の理解もままならない学さんが、科学論文を読んで正しい知識を得ているとは到底考えられない、というのが私の学さん評です。

    学さんが感情的に反論すればするほど、周りにはそのような評価が広まっていくと思います。
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    2018/10/18(木) 午後 2:22[ 匿名 ]返信する
    匿名さん、

    あなたの今回の投稿は、私への批判ばかりなので承認できません。
    せっかく書かれたのですから、ため息ブログ投稿されれば、あちらは大歓迎でしょう。

    はなさんの文章は論理的、学とみ子は非論理的なんですね。
    なぜ、そうした印象をあなたが持つか?考えたことありますか?

    学とみ子の文章は普通の文章のようでも、専門的な意味が隠れていたりするので、普通の人に読みにくいのです。非論理的と感じるかもしれません。

    特殊な文章として、ご容赦ください。こうしたものは、誰でも読んでの理解が辛いです。

    特にここでは、学とみ子を貶めるコメントに溢れています。あなたへの影響は無いですか?

    私はわざとわかりにくく書いているのではないのですが、論じているSTAPの難しさの影響があるか?と感じます。

    私の文章力の影響もあるでしょうが、そこだけの問題ではありません。

    Lさんコメントも、いろいろな方の読み間違いが起きています。専門性が高いです。

    今後も、私は気をつけて行きたいと思います。

    まあ、こうしたことを言っても、ご理解いただけないか?と思いますが&#
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    2018/10/18(木) 午後 3:57学とみ子返信する
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    > 学とみ子さん

    >ヤッパリ氏が、一般人向けに学とみ子無知論を叫んでいるのです。
    こうした専門的議論は、一般の方は、どちらが正しいことを言っているのかはわかりませんからね。


    同感です。下記を見ればそれが理解できますね。

    yap*ari*w*katt*na*
    2018年9月28日 2:16 PM
    >日本語が理解できない、論理的思考ができない、相手の意見が理解できない、そういう人とまともな意見交換を行おうとしても虚しいだけなんだけどね。
    キメラマウスに原料となったT細胞由来のTCR再構成が見られれば、初期化の証明といえる。
    「AならばB」という命題が真である場合、
    「BでなければAではない」は真であるが、
    「BならばA」と「AでなければBではない」は必ずしも真とはいえない。
    このような論理学の基本中の基本も身についていない故と思われますね。

    一般の方でも、
    Aを馬、Bを動物として考えると一、二行目は正解ですが、
    三行目は、「動物ならば馬である」となるので命題そのものが変だと気付くでしょう。
    削除
    2018/10/18(木) 午後 4:45[ WAINSHUTAIN ]返信する
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    > 学とみ子さん

    「ため息氏だってこんなに混乱してるじゃあないですか?」
    はあ?どこが混乱してるの?指摘してちょうだい。

    人のことはどうでもいいから、きちんと元情報を正しく引用するという習慣をつけてくださいね。学さんの不正確情報のおかげでひどく時間を無駄にしたのは当方だけではないですよ。

    もう承認制はやめてくれません?
    当方のコメントや他の方のコメントも、学様のところに掲載されたりされなかったりで、当方のブログに常にコピーを置かないと、学とみ子様は非承認のコメントに対して応答したりするので、なにがなんだかわからなくなっちゃうのですよ。

    コメント欄をマネージする能力がないのだから、コメント欄を完全オープンにするか、完全に閉じるか、どちらかにしてちょうだい。
    削除
    2018/10/18(木) 午後 5:52[ ため息 ]返信する
    > ため息さん

    最初に、批判コメントを読んだ時は学とみ子は悲しい💧💧💧

    でも、相手に時間を使わせてしまったと思うと責任を感じます。

    まあ、そうした訳で、承認の気持ちが変わるんです----。
    削除
    2018/10/18(木) 午後 6:22学とみ子返信する
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    WAINSHUTAIN さん

    >一般の方でも、
    >Aを馬、Bを動物として考えると一、二行目は正解ですが、
    >三行目は、「動物ならば馬である」となるので命題そのものが変だと気付くでしょう。 

    つまりそれはyap*ari*w*katt*na*さんが正しいということですよ。
    「AならばB」という命題が真である場合、
    「BならばA」と「AでなければBではない」も真になるような命題は
    BとAが集合としてイコールの場合です。
    この場合は「馬ならばHorseである」であれば「Horseであれば馬」『馬でなければHorseではない」ですね。
    馬と置くからバカバカしいですが、「直角三角形であれば三平方の定理が成り立つ」「偶数ならば2の倍数である」などを考えれば良いのですね。

    馬と動物ではAがBの部分集合なので「AならばB」は真、「BならばA」は偽になります。
    9の倍数であれば3の倍数であるは真ですが、3の倍数なら9の倍数であるは偽です。
    合同であれば相似であるは真ですが、相似であれば合同であるは偽です。
    x=2ならばxの自乗は4は真ですが、xの自乗
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    2018/10/18(木) 午後 7:15[ plus99% ]返信する
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    >はなさんの文章は論理的、学とみ子は非論理的なんですね。

    なぜはなさんという方の文章がいきなり出てくるのか理解できません。最近のコメントを見返しても、はなさんからの投稿はすぐに見当たりません。今回の記事の中にも出て来ません。そのためはなさんの文章についての評価はできませんが、このように、議論していない内容(おそらく学さんの頭の中だけの内容)が唐突にでてくることからも、学さんの文章は非論理的といえます。

    >なぜ、そうした印象をあなたが持つか?考えたことありますか?
    はい。多くの理由がありますが、ざっと思いつくのは
    1.論理の飛躍が非常に多い
    2.用語の定義が一定でない
    3.主張・論拠が入り乱れ整理されていない
    4.文章の途中で主旨が変わり、一貫性がない

    冒頭の例もそうですが、これらは議論内容の知識レベルとは無関係です。専門家同士では伝わると書かれていましたが、本当に伝わっているのか怪しいものです。単に内輪で事を荒立てたくなくて、突っ込んだ質問がされていないだけでは?

    しかしこれだけ論理的思考ができないと、おそらく知識の体系化もできていないと想像されます。
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    2018/10/18(木) 午後 8:31[ 匿名 ]返信する
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    論理学の基礎が身についた人なら、WAINSHUTAINさんの指摘が的外れなことはすぐに気付くと思うのですが。学さんはどうですか?

    (どうでもいいことですが、なぜWEINSTEINじゃないのでしょう?)
    削除
    2018/10/18(木) 午後 8:35[ 匿名 ]返信する
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    > plus99%さん

    やっぱり氏は、「「BならばA」と「AでなければBではない」は必ずしも真とはいえない。」と言っているのでAとBは同値とはいえませんね。
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    2018/10/18(木) 午後 10:42[ WAINSHUTAIN ]返信する
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    > 匿名さん

    書きならべてくれたご指摘、厳しいですね。
    私の議論が論理的でないと感じる原因について、私の問題点もありますが、あなたは、新細胞としてのSTAP細胞を知らないことも関係していると思います。
    ビジネスだったら、まず金儲け、そして社会貢献ですよね。
    そのようなはっきりした目的がみえているわけではありません。

    私たちは、答えが簡単にでない困難な問題を議論しています。

    例えば、ため息氏の学とみ子への質問の条件は、毎回、同じではありません。
    元T細胞のSTAP細胞がキメラをつくったら、キメラの体細胞からTCRは見られるか?
    の質問に対しては、学とみ子の答えはイエスです。

    しかし、STAPキメラができたら、その体細胞からTCRが検出できるか?の質問に対しては、学とみ子の答えはノーです。(可能性がとても低いという意味です)
    削除
    2018/10/19(金) 午前 0:07学とみ子返信する
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    こうした内容をあなたはフォロウできていますか?
    STAP細胞について、その未知なる部分をどの位、あなたの中で理解されているのでしょうか?

    議論している内容が難しいので、私以外の人たちも皆、混乱するのです。
    理路整然と考えることがまだ難しい内容のことを議論しています。
    STAP問題は、世界中で未知のことを、答えがはっきりしないことなのです。
    こうした未知なる現象をいろいろ議論したことがあなたはあるのでしょうか?
    恐らく、あなたにはこの不確かな疑問点を想像できず、私の能力の低さしか、あなたには感じられないのだろうと思います。
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    2018/10/19(金) 午前 0:08学とみ子返信する
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    あなたはSTAP細胞の未知なる現象に興味がなく、ここへ批判だけをしに来られる目的は何なのですか?
    立場や扱う対象の違いの考慮もなく、他分野の人を批判しても意味ないと思いますけど・・・。

    以前の話ですが、あなたは、幹細胞治療効果の実態(一部の治療は根拠あり、一部は根拠なし状態で、効果の評価の議論には条件設定が必要)も確かめもせず、幹細胞情報に関して、私のブログ情報をノフラー氏ブログに書き込みました。これだって、失礼な行動だと思いませんか?あなたは反省をされたのでしょうか?
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    2018/10/19(金) 午前 0:09学とみ子返信する
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    > WAINSHUTAINさん
    ベン図でも一度描いてみたらいかがでしょうか?
    結局のところyap*ari*w*katt*naさんが正しいという結論に落ち着きますが。
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    2018/10/19(金) 午前 0:29[ joy ]返信する
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    >あなたは、新細胞としてのSTAP細胞を知らないことも関係していると思います。

    何度も言っていますが、私の指摘はSTAP細胞を知っているかどうかとは全く関係ありません。そして学さんは、知識が論理構築能力に関係するというご自身の主張を論理的に説明できていません。挙げられた具体例も、ご自身の主張との関連性が明瞭に示されていないため、全く説得力を持ちません。
    (そもそも新細胞かどうかも分からないSTAPについて知っているとの主張自体が矛盾を孕んでいます。)

    学さんの頭の中にしか存在しない想像・連想を読み手に強要し、ご自身は他人の主張の論理構成を読み取れないままに自分の頭の中の想像・連想で曲解する。こんなやり方で科学論文や不正報告書を正しく理解できるはずがありません。
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    2018/10/19(金) 午前 2:22[ 匿名 ]返信する
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    >幹細胞治療効果の実態(一部の治療は根拠あり、一部は根拠なし状態で、効果の評価の議論には条件設定が必要)も確かめもせず、幹細胞情報に関して、私のブログ情報をノフラー氏ブログに書き込みました。

    申し訳ありませんが、学さんは何か誤解されているようです。あなたがそのように解釈するのは勝手ですが、あなたの誤解を私のせいにしないでくださいね。
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    2018/10/19(金) 午前 2:30[ 匿名 ]返信する
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    > 匿名さん

    >こんなやり方で科学論文や不正報告書を正しく理解できるはずがありません。

    議論のターゲットを知らずして、こんな大上段にかまえてコメントができるあなたはすごい!

    皆、プロの研究者ではありません。それぞれの立場で知識を得て、相手を論破しようとがんばっています。
    皆、不十分ながら、学んだ知識をぶつけあっています。

    あなたは、STAP議論に参加せず、あなたが他者を巻き込んで学とみ子を悩ませたことすら当方の誤解と切り捨て、当方が抱えた理由を質問したりもしない人だとわかりました。

    私は理研の調査実態は知らないけれど、出てて来た結果で、いろいろ書いています。

    私が調査の実態を知らないのは当たり前なのに、あなたは見当はずれに、「学とみ子が調査の実態を知らないでものを言う」などともコメントする。

    STAP細胞について知らなければ、あなたはコメントできる立場にありません。
    見当はずれなことをあなたは大事だと思い、問題視しています。
    削除
    2018/10/19(金) 午前 6:04学とみ子返信する
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    これらは、強気で人生をやってきた方だと思うので、それもありだと思います。

    私がノフラー氏に英文で”あなたの幹細胞治療支援を尊敬します”などと、このブログに載せざるを得なくなった理由について、あなたはその理由を想像することもせず(ご自身の行為との関連を考慮できず)、学とみ子の誤解で切り捨てました。
    すべてあなたがこの分野に対する無知のなせる技です。

    あなたの世界では、自信が大事なのでしょうから、これからもここを生かしてがんばったら良いと思います。
    削除
    2018/10/19(金) 午前 6:05学とみ子返信する
    以下は、匿名さんの文章ですが、世の中の人にこれだけ確信的に、STAP細胞が捏造と信じ込ませた理研科学者たちの責任は重いです。

    関係者たちに近い人たちは、この情報を理研に伝えてください。
    科学者であれば、関係者は、胸が痛いでしょう。

    つまり、STAP細胞を擁護する人は論理も無く、根拠もなく妄想を語るだけの人達であり、STAP捏造を国民に本気で惑わす罪を理研は犯したと----。

    匿名さんの文章
    >そもそも新細胞かどうかも分からないSTAPについて知っているとの主張自体が矛盾を孕んでいます。)
    削除
    2018/10/19(金) 午前 7:12学とみ子返信する
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    >学とみ子さん、匿名さん、その他擁護の方々

    匿名さんの、学とみ子さんの記事・コメントに対する指摘;
    1.論理の飛躍が非常に多い
    2.用語の定義が一定でない
    3.主張・論拠が入り乱れ整理されていない
    4.文章の途中で主旨が変わり、一貫性がない
    は、以前から当方も指摘しているところで同意します。更に当方は
    5.根拠となる事実、記載等の引用元を示さない
    6.記事タイトルと本文内容が一致していない
    を加えたいです。
    これらの指摘は、誤解を招かない議論の方法、マナーであって、STAP現象・筆頭著者に対して批判・擁護の立場とは関係ありません。コメント欄を設け、読者の応答を期待するのなら、守るべき事項だと思います。

    所謂擁護と思われる方々(最近コメントされている 渋谷さん、mjもんた君、WAINSHUTAINさん、セイヤさん Ooboeさん)へ、 匿名さんや当方の上記の様な指摘に同意できます?
    同意できないのなら理由を添えてお返事を。
    削除
    2018/10/19(金) 午前 7:15[ ため息 ]返信する
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    WAINSHUTAINさん

    命題が真であれば対偶は常に真、命題の逆と裏は
    真であるときと、偽であるときの両方があるのです。

    よって、命題が真のとき逆(または裏)は必ずしも真とは言えない、は正しいです。

    逆や裏を使って命題の真偽に言及しても無効である、陥りがちな論理的なミスである、という場面に使われる表現ですね。

    「逆は必ずしも真ならず」はことわざ同然によく使われる表現なんですが。そこにつまずくとは。
    削除
    2018/10/19(金) 午前 7:32[ plus99% ]返信する
    > ため息さん
    この不承認コメントに関する議論そちらでお願いします。理研関係者と近いあなたと知って、学とみ子は力が抜けました。

    もう、議論する必要はありません。学とみ子はあなたから解放されました。
    削除
    2018/10/19(金) 午前 7:40学とみ子返信する
    匿名さんの以下の文章を肝に命じましょう。
    こうした方を相手して、エネルギーをロスしてはいけません。

    >そもそも新細胞かどうかも分からないSTAPについて知っているとの主張自体が矛盾を孕んでいます。)
    削除
    2018/10/19(金) 午前 7:44学とみ子返信する
    顔アイコン
    >議論のターゲットを知らずして、こんな大上段にかまえてコメントができるあなたはすごい!

    これに続く文章は、学さん、全てあなたがやっていることです。そして、単一コメント内でさえ矛盾した主張となっていることにもお気づきでないのでしょう。

    STAP細胞の議論以前の話です。あなたがやっているのは議論ではなく、井戸端会議、妄想披露会です。

    Lさんが言った意味は、学とみ子は、誤解などしていません。

    >ドナーのT細胞由来のT細胞はできないだろう」とおっしゃっているわけです

    Lさんはこれだけしか言っていません。

    >そのうなると胚で育たず生まれないとなります。生まれたら、その子は不利な部分は克服している。

    この学とみ子文章の意味も、[キメラのT細胞に問題があれば]
    が省略されています。
    Lコメントをしっかり読めていれば、学とみ子とLコメントの違いは解るはずです。

    >この自らの言葉を引用し、L さんの発言が、学とみ子説を裏付けているといいたいようです。

    こうした区別が読みとれないで、学とみ子を窮地に落とし込もうとしている?

    誤解ないように、Lさんコメント貼り付けます。

    この文章の意味をしっかり読み取れないと、いつまでも、不可解なES説で悩むのです。

    http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13222#comments

    L
    2018年10月6日 8:11 AM
    仮にT細胞STAPができたとしても、2Nキメラへの寄与はモザイク(組織によって寄与率がバラバラ)になります。この場合、T細胞系では宿主が圧倒的なアドバンテージを持つので、キメラ体内のT細胞はほぼ100%宿主由来で占められ、正常な免疫機能が保たれると予想されます。4Nキメラの場合はSTAPの寄与率100%で免疫不全になりますが、4Nキメラを成体マウスまで育てて調べたかどうか、少なくとも論文中には記載がなかったように記憶しています。

    特許の2NキメラでのTCR再構成バンド、確かに怪しいです。が、論文中には配列も読んだと書いてあるんですよね。この怪しいバンドの中に、一本でも再構成されたTCRとして矛盾しない配列が得られていれば、 意味があるデータである可能性も残る(宿主由来が否定できる条件である事を前提としますが)と思います。現状で得られている情報だけでは、決定的な事が言えないので、結論は保留すべきであると考えます。より詳細な情報、特にサイエンスに投稿されたバージョンそのもの(査読内容ではなく)が公開されていれば、もう少し断定的な事が言えたとは思います。


    追記
    これは、5チャンの文章だが、この人自身は解っていて、あえて、解らない人向けの文章を作っている。

    現実に、キメラは生まれてきている。

    しかし、学とみ子の説では生まれてこないはずだから、と言っている。
    学とみ子はキメラが生まれたことすら知らない!と言いたいのかも知れないが、敢えてそうは書かない。

    書いたら、良く解らない人でも、さすがに気づく。
    だって、キメラが生まれたことはみんな知ってるもん。

    特とご覧あれ❗️
    悪意に満ちた以下の文章を

    http://itest.5ch.net/test/read.cgi/life/1537890390/l50

    >学はLの話を全く理解していないだけではなく、逆の結論を書いている。
    Lは、2NのキメラではT細胞のほぼ100%、宿主(STAPが注入された胎盤胞のほう)の細胞で、占められるので、キメラの免疫系は異常がないだろうって言っている。
    つまり2Nのキメラは生まれてくるって言っている。本当に分かってないんだなぁ〜。

    (5チャンの引用終わり)


    以下、10月18日(木)に追加の文章を書きました。

    2018/10/16(火) 午前 9:12学とみ子
    >元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。
    Lさんが元T細胞STAPは、体細胞になっても、リンパ球にはなれないだろうと貴重なアドバイスをくれました。そうなると胚で育たず生まれないとなります。生まれたら、その子は不利な部分は克服している。(学とみ子の文章)

    上記、下線部分にT細胞のTが抜けていることが、ため息氏を混乱させたようです。
    また、スムーズにこの部分を教えなかった学とみ子にも問題があるでしょう。
    体内時計さんは、上記10月6日のLさんコメント 「2Nキメラへの寄与はモザイク・・・・・}コメントをずいぶんさがしてくれたようですし・・・。
    ここは不十分な書き方で御免なさい。

    このLコメントは、ごく最近のため息ご自身のブログへのコメントなので、ため息氏ご自身で簡単にさがせると思いましたし、どなたかすぐ教えてくれるだろうとも思いました。
    結局、5チャンに答えがあったのですね。
    5チャンでなくとも、そちらは集団ですから、学とみ子よりずっと早く、大事なLコメントをさがせると思いましたよ。
    ため息氏がこの大事なコメントをさがせないのは、(失礼ですが)最初に読んだ時に理解できなかった?と考えます。

    そちらの方々は、STAP派に理論武装となるような知識が流布するのを、絶対に打破したいのでしょう?

    そうした中で、学とみ子とため息一家とは、好意的に意見を交換する関係でありません。
    何かあれば、足をすくってやろうと、そちらは集団で学とみ子を狙っているではないですか?

    現実の毎日においては一般論として、相手が専門的知識を理解できていなくとも、相手をせめたりはしません。
    知識が専門的になれば、その理解に時間がかかります。
    お互いが勉強途上であることを理解し合っているのが、現実生活です。

    しかし、今は、当ブログとため息ブログとは、常識的な人間関係は無いです。
    学とみ子を潰すための活動ばかりだから、学とみ子も「そちらの人は理解が足りない!」
    と言わざるを得ないです。

    ため息ブログに集まる方は、自らの専門知識が中途半端なまま、自説の正当性を主張する方が集まっている印象です。
    今回、Lコメントに対するため息各人のコメントを読むと、それぞれの人ごとに、大事な理解が抜け落ちている様が露呈していると感じました。

    これだけ、STAP細胞の専門性が高くなれば、その知識を知らなくても恥ずかしいことではありません。
    しかし、そちらの方は、己の知識の限界を見つめることなく、不十分な理解状態で相手を打破しようとします。
    己の理解の及ばないところは、相手が間違っている、相手の理解が足りていないと思ってしまう方が集まっています。

    ES派にとっては、当ブログはとても厄介なものだと思います。
    ヤッパリ氏に象徴されるかもしれませんが、ES派はSTAP派に理論武装をさせないよう、必死の活動をしています。
    学とみ子を認知症と言って、ここに書いてあることを根幹から否定しようとします。
    そうした頑張る人の姿を見ている当ブログの読者の中には、ヤッパリ氏にシンパシーを感じる読者もいるようです。

    ES説が科学的破綻をしていることは、普通の人にはわからないです。
    普通の人には理解できない専門分野であるからこそ、そこを利用して、一部の科学者が暴走したのです。
    知識人が専門知識を利用して、問題行動をした現実があるのです。
    そこが理解できないと、”学とみ子は、本当にひどい奴だ!”と思ってしまいます。

    一方、学とみ子ブログに集まる方は、自らの知識の限界を知りながらコメントをくれます。
    一般社会では、ほとんどの方は、お互いに意見を尊重しあい、意見が食い違っても、じょうずに処理しています。
    いらぬ相手への非難は、それぞれ、心にとどめ置きます。

    以前の私は、相手に理解してもらおうとがんばった時期もありましたが、当方が説明すると、さらに面倒な状況に陥るのでもう止めています。

    相手が好意的に議論しようとのスタンスに立たず、相手は、学とみ子を否定するためのコメントしか出してきません。
    こうした状態では、学とみ子は相手に「理解が足らない!」と指摘し、その人と戦わざるを得ません。

    学とみ子を傲慢と感じる人がいるなら、どうぞ、STAP細胞の理解を進めてください。

    ため息氏及びその一家とは、お互い議論して、理解を進ませる関係ではもはや無いということです。

    L
    2018年10月6日 8:11 AM
    仮にT細胞STAPができたとしても、2Nキメラへの寄与はモザイク(組織によって寄与率がバラバラ)になります。この場合、T細胞系では宿主が圧倒的なアドバンテージを持つので、キメラ体内のT細胞はほぼ100%宿主由来で占められ、正常な免疫機能が保たれると予想されます。4Nキメラの場合はSTAPの寄与率100%で免疫不全になりますが、4Nキメラを成体マウスまで育てて調べたかどうか、少なくとも論文中には記載がなかったように記憶しています。

    特許の2NキメラでのTCR再構成バンド、確かに怪しいです。が、論文中には配列も読んだと書いてあるんですよね。この怪しいバンドの中に、一本でも再構成されたTCRとして矛盾しない配列が得られていれば、 意味があるデータである可能性も残る(宿主由来が否定できる条件である事を前提としますが)と思います。現状で得られている情報だけでは、決定的な事が言えないので、結論は保留すべきであると考えます。より詳細な情報、特にサイエンスに投稿されたバージョンそのもの(査読内容ではなく)が公開されていれば、もう少し断定的な事が言えたとは思います。
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    > 学とみ子さん

    Ts.Markerさんや和もがさんの解釈は、あくまで彼らの考えですので、学さんが彼らのブログを読んで、その内容を理解した上で賛同するのであれば、私がどうこう言う事はないです。私自身の見解は、彼らの解釈とは異なりますが、この点については、学さんとではなく、彼らと議論すべきと思っています。削除
    2018/4/20(金) 午前 6:17[ L ]返信する
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    FI-SC3の90%と占めるとされるB6ホモ(かつOct4-GFP陽性)の細胞が、もしES系であれば、GOF-ESかGLSが有力と思われます。これらの細胞でSox21発現がどうなっているか、見る必要がありますよね。RNAseqで解析されたES細胞サンプルは、和もがさんのサイトを見る限りB6129F1の遺伝的背景(少なくともGOF-ESではない)のようで、このES細胞でSox21が発現していないからといって、GOF-ESでも発現していないとは言えません。削除
    2018/4/20(金) 午前 6:19[ L ]返信する
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    若山研からは、2細胞から8細胞期の胚を直接feederにプレートしてES細胞を樹立する方法も報告されており、このような方法で早期胚からGOF-ESが樹立されていた場合(推測です)、Sox21の発現がどうなるか、ちょっと興味深いです。

    いずれにせよ、学さんとではなく、Ts.Markerさんや和もがさんと議論すべき事と思います。ここでやるのは不適切なようにも思うので、ここまでにします。もし不適切と思われれば、非開示にしていただいても構いません。

    下書きして出そうと思ったら、Ts.Markerさんからコメントがあったようですね。私の論点には変わりありません。削除
    2018/4/20(金) 午前 6:19[ L ]返信する
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    一つコメントがはじかれてしまったようです。以下のコメントが2番目に入る予定だったものです。

    FI-SC的な細胞が存在するとすれば、それはCdx2とOct4の共発現をsignatureとする細胞であろうと思われます。よって一個のTSマーカー遺伝子だけで何か言うのであれば、Cdx2の発現を見るべきと考えます。Sox21単独ではなんとも言えません。文献的には、ES細胞でもラインによってはSox21 をそこそこ発現している報告(TSほどではありませんが)もありますし、胚発生初期に trophoblast系にコミットする細胞は、むしろSox21の発現が低下しているとの報告もあります。(この論文は、西川先生のサイトで日本語で解説されています。)削除
    2018/4/20(金) 午前 6:21[ L ]返信する
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    久しぶりに、桂報告書を読み直してみたのですが、以前読み飛ばしてしまった所で、新たに気がつく点が色々とありました。混入犯の特定を試みる過程で、関係者間のメール送受信記録を調べたと記載されてますね。「小保方氏は渡されたマウスの遺伝的背景を把握していなかった」と調査委が結論するにあたり、これらメール記録も考慮されていたのならば、遠藤先生のクレームをどう考えたら良いのでしょう? メール記録を調査委内部で止めるのではなく、開示せよという事ですかね?削除
    2018/4/19(木) 午前 7:47[ L ]返信する
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    129/B6 F1での実験では、基本的に若山先生がSTAP用の交配をして、マウスを小保方氏に手渡ししていたと書かれています。1週齢ですので、親から離れて手渡されれば、すぐ実験に使用することになります。よって、小保方氏の記録がなくても、若山先生のノートから、いつ実験が始まったか(手渡したか)わかります。実験が上手く行けば、その一週間後にはSTAP細胞塊として戻ってきた事もわかりますし、そこからFI-SCを樹立した事も確認できたと思いますので、この辺りの情報から、桂報告書で示されている見解(Oct4-GFPのFI-SCは樹立していない)が導かれていると考えられます。削除
    2018/4/19(木) 午前 7:48[ L ]返信する
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    ところが、GOFの実験では、若山研で維持されているマウスのケージから、小保方氏がマウスを取り出して実験に使用したと記載されています。よって、Oct4-GFPのSTAP実験に関しては、いつ酸処理が行われたか若山先生のノートを見てもわからない(動物舎の記録には残っているかもしれませんが)と思われます。よって、小保方氏がGOFマウスからSTAPを作って細胞塊を若山先生に渡す際に、情報伝達が不正確だったりした場合など、Oct4-GFPと認識する事なく若山先生がFI-SCを作成する事になった可能性も、否定できない気がしてきました。削除
    2018/4/19(木) 午前 7:49[ L ]返信する
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    RNAseqに関する記載を改めて読むと、TruseqのFI-SC3は、Oct4-GFP/B6ホモの細胞(90%)と、CD1の可能性が高い別細胞(10%)の混合物とされています。このサンプルにおけるB6由来の遺伝子発現を、ES細胞マーカーとTS細胞マーカーに絞って調べれば、90%を占めるB6細胞はGOF-ESとして矛盾しないのか、それともOct4-GFP/B6ホモのFI-SC的な細胞が作成されていて、それがFI-SC3として提出された可能性があり得るのか、議論可能になるかもしれませんね、Ts.Markerさん。削除
    2018/4/19(木) 午前 7:50[ L ]返信する
    万能細胞 iPS ES STAP
    [ L ]
    2018/10/4() 午前 2:54
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    サイエンスの査読者の最大の誤解は、STAP細胞はモノクローナルでキメラに寄与すると思い込んでいた事です。ポリクローナルな細胞塊の形で胚盤胞に注入した事を強調して論文に記載していれば、このような誤解は避けられたかもしれませんが、一方で、ポリクローナルである事は多能性の証明においてかなりdisadvantageなので、Natureに通すためにはあまり強調できなかった面もあったのでしょう。何れにせよ、論文の書き方としては相当巧み(NHKの番組では、阪大の仲野先生が、「手練れ」と表現されてました)ですが、本来ならば論文記載の仕方ではなく、データの質で勝負すべきだったと思います。本庶先生はこの辺を気になさっていたのではないかと思いますよ。削除
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    万能細胞 iPS ES STAP
    [ L ]
    2018/10/4() 午前 2:54
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    アルイミさんのFACSソートのコメントですが、「97%の純度」と言った場合は、最終的に分離された細胞の純度になります。抗原ごとの純度ではありませんので、二種類の抗原を組み合わせても、1/1000の純度にはなりません。例えば、採取した組織サンプルから血液細胞と血管内皮細胞を除去するためにCD45(血液マーカー)とCD31(内皮マーカー)でダブル染色し、CD45-CD31-の非血液、非内皮細胞をソートで分離したとしても(ちなみにこの分離は一回の染色でできますが、二回繰り返しても良いです)、その純度は97%、すなわち3%は血液あるいは内皮の細胞が混じっているという事です。前述のように、PCRの感度は高いので、このコンタミ率は無視できません。ソートのコンタミは、CD45ソートでSTAPを作った場合にも問題になります。ちなみに、アルイミさんの言う「ダブルポジティブ」というのは、レパトア解析やクラススイッチの話ではないと思いますよ。例えば、単純にB細胞マーカーのCD19T細胞マーカーのCD3で二重染色して、ソートでこれらの細胞を取り除くような実験をイメージしていると思います。削除
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    万能細胞 iPS ES STAP
    [ L ]
    2018/10/4() 午前 2:54
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    ホストT細胞の混入はこの実験系の問題点の一つ(もう一つはD2J2再構成T細胞の脾臓での頻度)で、やっぱりさんのコメントは言い過ぎと思います。ほとんどの組織は血液から酸素供給を必要とし、血管が入り組んでいます。よって成体マウスの組織採取では、混入する血管内のT細胞由来TCR を検出する可能性が高く、混入T細胞を完全に除去するプロセスを挟む必要があります。おそらくフローサイトメトリーを用いた手法になりますが、その純度の問題は次のアルイミさんへのコメントで書きます。よって、ホストT細胞の混入を防ぐためには、Rag-KONOG-SCIDなど、T細胞がないマウスをホストとして用いる、あるいは発生学的にホストT細胞ができる前段階(例えば、検証実験でキメラ解析された胎生10日あたりであれば、ホストのT細胞はまだできてない時期と思われます)での解析が必要になります。特許の2NキメラでのTCR再構成 実験でどんなサンプルを用いたものか不明ですが、もし胎生10日のキメラサンプルであれば、 非特異増幅でないことをシーケンスで確認できれば、データとしての意味があったでしょう。削除
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    万能細胞 iPS ES STAP
    [ L ]
    2018/10/4() 午前 2:53
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    いくつか提案したい事がありますので、書いてみます。未承認で構いませんが、学さんから皆さんに、何らかの形で伝えていただけると幸いです。

    最初に、京大(当時は横浜理研)の河本先生の、胎児胸腺細胞におけるTCRb再構成追跡の論文
    ttp://www.jimmunol.org/content/jimmunol/179/6/3699.full.pdf

    を見て下さい。Double negative (DN) T細胞の培養系を用い、TCRb再構成の多様性を追跡しています。DN1DN2の細胞を、シングルセルから培養して増やすと、その間にTCRb再構成がランダムに起き、多様な再構成パターンが見られる事が、PCRを用いた網羅的なD1J1及びD2J2の再構成検出により示されています。「ポリクローナル」な細胞集団の多様な再構成パターンを、PCRである程度 網羅できる事を示しています。PCRの場合、増幅サイクルを増やしたり、増幅プロセスを2段階にする事により、再構成されたTCRが1コピーでもあれば検出可能(理論的には)ですから、モノクローナルである必要はないです。 削除

     
    STAP細胞は、元の細胞が何かがわからない。CD45のもろもろ細胞集団のままで、それがESとされて終わってしまった・・・。
    万能細胞 iPS ES STAP
    [ L ]
    2018/10/4(木) 午前 2:54
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    サイエンスの査読者の最大の誤解は、STAP細胞はモノクローナルでキメラに寄与すると思い込んでいた事です。ポリクローナルな細胞塊の形で胚盤胞に注入した事を強調して論文に記載していれば、このような誤解は避けられたかもしれませんが、一方で、ポリクローナルである事は多能性の証明においてかなりdisadvantageなので、Natureに通すためにはあまり強調できなかった面もあったのでしょう。何れにせよ、論文の書き方としては相当巧み(NHKの番組では、阪大の仲野先生が、「手練れ」と表現されてました)ですが、本来ならば論文記載の仕方ではなく、データの質で勝負すべきだったと思います。本庶先生はこの辺を気になさっていたのではないかと思いますよ。 削除
    [ L ]
    2018/10/4(木) 午前 2:54
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    アルイミさんのFACSソートのコメントですが、「97%の純度」と言った場合は、最終的に分離された細胞の純度になります。抗原ごとの純度ではありませんので、二種類の抗原を組み合わせても、1/1000の純度にはなりません。例えば、採取した組織サンプルから血液細胞と血管内皮細胞を除去するためにCD45(血液マーカー)とCD31(内皮マーカー)でダブル染色し、CD45-CD31-の非血液、非内皮細胞をソートで分離したとしても(ちなみにこの分離は一回の染色でできますが、二回繰り返しても良いです)、その純度は97%、すなわち3%は血液あるいは内皮の細胞が混じっているという事です。前述のように、PCRの感度は高いので、このコンタミ率は無視できません。ソートのコンタミは、CD45ソートでSTAPを作った場合にも問題になります。ちなみに、アルイミさんの言う「ダブルポジティブ」というのは、レパトア解析やクラススイッチの話ではないと思いますよ。例えば、単純にB細胞マーカーのCD19とT細胞マーカーのCD3で二重染色して、ソートでこれらの細胞を取り除くような実験をイメージしていると思います。 削除
    [ L ]
    2018/10/4(木) 午前 2:54
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    ホストT細胞の混入はこの実験系の問題点の一つ(もう一つはD2J2再構成T細胞の脾臓での頻度)で、やっぱりさんのコメントは言い過ぎと思います。ほとんどの組織は血液から酸素供給を必要とし、血管が入り組んでいます。よって成体マウスの組織採取では、混入する血管内のT細胞由来TCR を検出する可能性が高く、混入T細胞を完全に除去するプロセスを挟む必要があります。おそらくフローサイトメトリーを用いた手法になりますが、その純度の問題は次のアルイミさんへのコメントで書きます。よって、ホストT細胞の混入を防ぐためには、Rag-KOやNOG-SCIDなど、T細胞がないマウスをホストとして用いる、あるいは発生学的にホストT細胞ができる前段階(例えば、検証実験でキメラ解析された胎生10日あたりであれば、ホストのT細胞はまだできてない時期と思われます)での解析が必要になります。特許の2NキメラでのTCR再構成 実験でどんなサンプルを用いたものか不明ですが、もし胎生10日のキメラサンプルであれば、 非特異増幅でないことをシーケンスで確認できれば、データとしての意味があったでしょう。 削除
    [ L ]
    2018/10/4(木) 午前 2:53
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    いくつか提案したい事がありますので、書いてみます。未承認で構いませんが、学さんから皆さんに、何らかの形で伝えていただけると幸いです。

    最初に、京大(当時は横浜理研)の河本先生の、胎児胸腺細胞におけるTCRb再構成追跡の論文
    ttp://www.jimmunol.org/content/jimmunol/179/6/3699.full.pdf

    を見て下さい。Double negative (DN) T細胞の培養系を用い、TCRb再構成の多様性を追跡しています。DN1やDN2の細胞を、シングルセルから培養して増やすと、その間にTCRb再構成がランダムに起き、多様な再構成パターンが見られる事が、PCRを用いた網羅的なD1J1及びD2J2の再構成検出により示されています。「ポリクローナル」な細胞集団の多様な再構成パターンを、PCRである程度 網羅できる事を示しています。PCRの場合、増幅サイクルを増やしたり、増幅プロセスを2段階にする事により、 再構成されたTCRが1コピーでもあれば検出可能(理論的には)ですから、モノクローナルである必要はないです。 削除