過去(2018年6月)Lさんからご希望があり、Lさんコメントアップをひかえておりました。
それが引き続きのご希望であったようですが、今回、学とみ子はその要請を守れませんでした。
大変、申し訳ないです。

今回、過去の不承認コメントリストを確認してみたのですが、Lさんから不承認要請コメントを6月17日にいただいております。

Lさんのお気持ちとしては、その後も、学とみ子がアップしないことを前提として、今回の記事(以下の青字部分)を書かれたようですが、当方はそこを正しく理解しませんでした。
学とみ子からすると、専門家としての貴重なご意見でもあり、Lさんコメントは当ブログにとっての貴重な財産にもなりますので・・・。

以前の不承認要請から時間も経過しているので大丈夫だろうと感じてしまいました。
(病床にある)aruimi氏もLさんコメントを熱望していました。
言い訳を並べておりますが、今回の件は大変、申し訳なかったです。

以下は、今回、Lさんが学とみ子記事のタイトルへ書かれたコメントです。

万能細胞 iPS ES STAP [ L ]   2018/10/4(木) 午前 2:53            
いくつか提案したい事がありますので、書いてみます。未承認で構いませんが、学さんから皆さんに、何らかの形で伝えていただけると幸いです。・・・・
以上で、Lコメントの引用終


6月頃の、1回目TCR論争の時、「アップしないでください」とのLさんからのコメントあり、アップを控えました。その後、しばらく、Lさんからの投稿がありませんでした。
今回はしばらくたっており、上記のLさんのメッセージでした。
せっかくの専門家の意見であり、貴重と思いましたので、そのままアップしました。
手続きを間違えてすみません。

1回目のTCR論争の時は、学とみ子が間違っているという流れが強かったです。
Ooboeさんも、学とみ子がまちがっているのではないかと感じたということです。

私は、1回目も2回目も、TCRに関しては、同じことを言っていますが、しかし、ヤッパリ氏などには違って聞こえるようで、学とみ子否定を連呼していました。今も、同じ状態です。
とにかく、学とみ子の言っていることは、でたらめ、認知症というのがヤッパリ氏の論法ですので・・・。

ちょっと、この話、何言っているのか?の理解が難しい読者の方、良くわからないと思う方は、ため息ブログでLさんコメントを見てください。

Lさんコメントがこちらに無いのはさみしい限りですが、当方の不徳のなせる結果です。
私はため息ブログの方で、又読ませていただきたいです。
Lさん、今後もご解説をよろしくお願いいたします。




コメント(87)
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追加
2018年6月の、当ブログの不承認コメント欄機能を利用して、当時の記録を確認しました。

Lさんからの不承認要請前にいただいたLコメントのうち、不承認として残っているコメントはありませんでした。

6月12日に、Lさんがため息氏、ヤッパリ氏を擁護するコメントをなされた後も、Lコメントはアップされています。

学とみ子は、貴重なLコメントをアップしているつもりです。

但し、当方で誤って消去してしまった可能性はゼロではありません。もし、不承認要請前に Lコメントがあったなら、当方のミスとしてご容赦ください。
不愉快な思いをさせてすみませんでした。

それらも含めてここに謝罪いたします。削除
2018/10/14(日) 午前 11:55学とみ子返信する
STOP細胞さん

>あとまた要らん茶々を入れてくるとみ子一家の渋谷さんも同じく何を言いたいのかわからない人。結局身内に向かって言ってるんでしょうか。それも理解出来ていない?w

ここは自由な集まりで、一家という意識はないです。
淡交です。
自由に来て、自由に去る----。

そんな中で、渋谷氏は、いつも示唆的です。

STOPさんもこちらにいらしてたでしょう?
そちらの集団に属するより、一匹狼でやったらどうですか?

あなた自身でSTAP細胞を論じてください。さすれば、学とみ子が探れるものがあるかも。削除
2018/10/15(月) 午前 6:47学とみ子返信する
yap*ari*w*katt*na*さんは、相変わらず、頭固いことを言っています。

2018年10月10日 11:04 AM
sighさんが[丹羽氏の説明よりもっとT細胞が含まれる可能性は高いわけですね。]
にたいして、T細胞でなくTCRを持ったT細胞だとやっぱり、言い直しています。
話の流れからして、TCRのあるT細胞に決まってるじゃあないか?削除
2018/10/15(月) 午前 7:02学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

学さん

話の流れが見えていないのか、科学的な議論を行うための知能が著しく劣っているのか判りませんが、、、

話の流れはこうですよ。

「1週令マウス脾臓由来CD45陽性血液細胞の10−20%がT細胞で、
そのうち10−20%がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ。」

という丹羽氏の説明に対して、Lさんがご自身の経験も踏まえて、2行目の部分「そのうち10−20%がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ」について、10-20%ではなくほとんどがTCR再構成を持つと思うという疑義を挙げられたのです。

それに対してsighさんが、なるほどと同意を示したわけですが、、、

T細胞にはまだTCR再構成されていないものとされたものがあり、その比率が論点なのですから、「もっとT細胞が含まれる可能性」というのは明らかに不適切であり、「もっとTCR再構成を持つT細胞が含まれる可能性」と記載すべきなのです。削除
2018/10/15(月) 午前 10:53[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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(続き)



科学の議論においては、科学用語に対する論者の認識が一致していないとまともな議論は不可能です。

(TCR再構成を指して、「TCR遺伝子が欠損」なんて目も当てられないようなタイトルにするような人とは科学的な議論は不可能と思われるのですよ。)


sighさんもその点をご理解されてるからこそ、私の指摘をすなおに受けて下さってます。


まともに議論ができるブログでは、ブログ主が不都合なコメントを未承認にすることもなく、お互いに不適切な部分や間違いと思われる部分を指摘しあったり、相互の認識の齟齬を埋めるようなやり取りが行われるものなのですよ。

ご理解できないのでしょうか????

どこぞの悪臭ブログに集まる蛆虫のような輩は科学的な内容も判らずに糞ブログ主の言う事は何でも賛成の様ですが、、削除
2018/10/15(月) 午前 10:54[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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さて、ついでに記事本文にもコメントしておきましょう。


>私は、1回目も2回目も、TCRに関しては、同じことを言っていますが、しかし、ヤッパリ氏などには違って聞こえるようで、学とみ子否定を連呼していました。今も、同じ状態です。


おやおや、本当に認知機能に問題を抱えているのでしょうか?
ちょうど最近plus99%さんが挙げてくれた、学さんの過去の発言を貼り付けておきますね。今でも学さんはこのコメントが間違いではないという認知なんですね??


>2018/5/18(金) 午後 10:11 学とみ子
>TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。キメラマウスのリンパ球は常に産生されていて、体内対外に存在する新たな抗原にめぐりあって新たなTCRを構成するのです。削除
2018/10/15(月) 午前 10:59[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
やっぱり氏コメントは、あまりの悪口羅列なので承認してませんが、彼らの戦法は、学とみ子の言っていることがでたらめ❗️であると、読者に印象付けることです。

ですから、議論の科学的内容は問わず、連呼してでたらめと強調することが大事なんですね。

STAPでは、その作戦で成功したので、又同じ手なのでしょう。学とみ子のTCR解説は、ずっと変わりません。

ES派は、以下のように言っています。

>ブログ主の言う事は何でも賛成の様ですが、、

ES派の懸念を表しています。STAP派が増えては困るんです。削除
2018/10/15(月) 午後 1:52学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

>この文章の何が間違っているというの?plusさんも、やっぱりさんも、TCRの理解はどこまでも進んだの?

え?
本当に理解できないのですか?
私だけでなく、どちらかというと小保方擁護(?)系のaruimioujiさんもLさんも、表現こそ違え、皆が学さんが間違っていることを指摘して、いろいろ教えてくれてたのに、、、

いかに、キメラマウスのリンパ球は常に産生されていて新たなTCRを構成していたとしても、T細胞以外に分化した体細胞の遺伝子上には目印としての元のTCR再構成があるのですよ。



最近になってようやく、学さんも

>>STAP‐T細胞がキメラの体細胞を形成したことを証明できれば実験は成功だったことは、皆、知っています。”キメラ体細胞にTCRがある”で、”キメラはT細胞からできた”が十分です。

と記載していたので、もうこのことは理解したと思っていたのですが、、、削除
2018/10/15(月) 午後 2:42[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
>TCR遺伝子が欠損」なんて目も当てられないようなタイトルにするような人とは科学的な議論は不可能と思われるのですよ。

私は難しい話を分かりやすく説明することを心掛けています。

体内に侵入する、あるいは体内にある個々のたんぱく質質断片に合うように、動物のT細胞は、TCRを膨大な多種類で作ります。

この時に、T細胞は自らの完全長さのTCR遺伝子(DNA配列)の一部を切り取り、又繋げる作業を繰り返し、短い長さの遺伝子(DNA配列)に変化させます、この反応を 私が[切り取る] [遺伝子欠損した]と表現しただけです。

こう言えば、人々の理解が進みます。やっぱり氏は、この言い方に反対のようです。削除
2018/10/15(月) 午後 2:43学とみ子返信する
体内時計さん、

>小保方氏に批判的な意見」に対して、東北大学や山梨大学に所属しているというだけで、「彼らが言ったに違いない」と思い込んでいるのは学さんご自身です。学さんは調査委員の五十嵐氏や久保田氏に対して、ご自身がどれだけ失礼な事を述べているか、自覚されているのでしょうか。

この記述も、議論すると疲れます。学とみ子が悪いんですか?

限られた数でしかない誰かのうちの一人と、須田氏はバラしちゃたのです。そうした人が調査委員にいたと皆知るのです。

本に名前が出てなくても、噂は広まります。限定されるような事実を書いたのは須田氏でしょう?

それが問題となる事を、理解してほしいです。。削除
2018/10/15(月) 午後 5:58学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

「大学教官ですら、TCR再構成のメカニズムを理解してない」:これは当方へのあてつけですな。しかし、当方がTCR再構成を理解していないとした学さんの根拠はなんでしょ?具体的に指摘してください。

これまでの経由を考えると、学さんのほうがWiKiとかで慌てて勉強したように思えるんですけどね。学さんの年齢から考えると、学部時代にTCR再構成が講義にでてきたとは思えません。アレルギーの専門医のようですけど、臨床の先生は忙しいので、系統的に勉強するのは大変です。これを克服したとは、専門用語を言い換えちゃったりすることからみて、思えないんですけどね。

「学とみ子は、名前を出していません」:ご冗談でしょ。桂委員会の委員の東北大と山梨大所属の方と言ったんだから、名前を出したも同然でしょ。どうして、そのような言い逃れをするんですか?こういうことを言うから認知行動に障害があるといわれちゃうんですよ。

「本に名前が出てなくても、噂は広まります。」とでたらめな噂を流しているのが学さんですね。いい年して、立派な地位にいるのに恥ずかしくないんですかね。削除
2018/10/15(月) 午後 6:47[ ため息 ]返信する
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ため息氏の攻撃が続いています。
こちらでは、アップいたしません。

桂調査委員会の委員名は、報告書に書いてあります。

アノ姐さんは、ため息ブログに以下の記事を書いています。
>(捏造の科学者 文庫版 P420 須田氏が取材した調査委員の証言)

http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13272&cpage=1#comment-18647

誰もこの委員が誰かは書いていません。でも、書かれた人はうわさでも困るでしょうね。

須田さんは、著書の表紙の件といい、研究者に対する配慮は無いですね。
今後の彼女は、研究者層への取材は、難しくなると思いますよ。削除
2018/10/15(月) 午後 7:35学とみ子返信する
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ため息さん

>「同じく桂報告書に疑念を持つ一般人に、真摯に応えてくれている人」と評価するのは結構ですが、その記事が、phrase salad あるいは sentence salad で理解しがたいのはいいのですか?

フレーズ・サラダであろうが何サラダだろうが、食べている自分は十分消化してますよ。記事の意味を理解しがたいとは思いません。
「理解しがたい」というのは、意味は分かるがどうしてもケチをつけないではおれない「ため息さん」の虐め体質の所為ではないですか?
「ため息さん」が、幼少のころは近所の人から可愛がられて「坊っちゃん」「坊っちゃん」と言われて育った子と、一緒に遊んでいたからでしょう。

「真実不在の事件」とは、STAP細胞=ES細胞というのは真実を語っていないという意味ですから、私も同意しますよ。
私が疑念に思うのは、残存試料を調べたらES細胞だったというなら、なぜES細胞を使って残存試料の通りに作って見せないのか?ということです。
試料のラベルのミス(ipsの研究所でもあった)など、試料を疑うことも必要だと思うが、今でも残る桂調査報告書に対する疑念です削除
2018/10/15(月) 午後 7:48[ セイヤ ]返信する
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ため息氏の言う事は、検討はずれが多いです。
以下の意見もひどいですね。
>学さんのほうがWiKiとかで慌てて勉強したように思えるんですけどね。

臨床をやっていない人の意見は、一般素人より認識が悪いです。免疫学の知識は、病気を理解する上で必須のものです。

TCRはやっぱり氏もため息氏も理解が十分ではないです。
だから、こんなにいやがらせをするのでしょう。

というより、細胞生物学の研究者にとって、TCRは専門性が高度で専門外だったようです。

TCRがSTAP誤解につながったと、当ブログ読者は皆、理解するようになりました。

医系の人間は、病気が先にあり、病気を理解するためのツールとして免疫学の知識を得るという順です。
何十年もかかって免疫学が自分のものになっていきます。
知識と経験を得るのに、一生かかります。
どの職種もそうした面はありますね。

日常で病気と治療に接して、その機序を考えて行く上で免疫学は必須ですし、日進月歩で知識が増えていく分野でした。削除
2018/10/15(月) 午後 8:26学とみ子返信する
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この順序での理解は、基礎系の人?にはわかりません。
つまり、人工培地などの実験が中心の研究者は、TCRなどを知らなくても済むのでしょう。

キメラマウスの実験で、キメラのTCRが不鮮明となり、何だかわからない結果になった若山研究室員たちは困惑したでしょうね。

基礎学者は、TCR遺伝子に固定した共通の痕跡が残るはずと誤解したのではないか?と思います。
そういえば、オホホポエムさんもヒステリーを起こしていましたね。
結局、キメラTCRは最終論文から除かれてしまい、実験者らはどんな感情だったのでしょうか?

誰が実験をしたのは明らかにされていませんが、若山研究室内の複数が実験に協力し、お互いに議論を練って、サイエンス論文にキメラTCRを載せたのでしょう。削除
2018/10/15(月) 午後 8:26学とみ子返信する
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> 学とみ子さん
> 須田さんは、著書の表紙の件といい、研究者に対する配慮は無いですね。
> 今後の彼女は、研究者層への取材は、難しくなると思いますよ。

慧眼ですね。
文春文庫として出た『捏造の科学者 完全版』の解説は誰が書くのかと思ったら、生物系の研究者でなく、同業のサイエンスライターでした。
やはりそうした配慮の無さが影響したのかもしれませんね。削除
2018/10/15(月) 午後 10:46[ gen**ron ]返信する
> gen**ronさん

毎日新聞科学部そのものに、どの分野での科学者層からでも、当分は、コメントくれなくなる可能性あります。

あんなに親切に、須田氏をサポートして科学情報を流してくれた笹井氏が気の毒💧💧💧とみんな思います----削除
2018/10/16(火) 午前 7:55学とみ子返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん

>T細胞以外に分化した体細胞の遺伝子上には目印としての元のTCR再構成があるのですよ。

だから、それを実験的にどうやって証明するのか?でしょう。

もしかすると、あなたはまだ理解できてないの?あなた、元?科学者でしょう?

どうして、いまだに学とみ子が間違っていると言い続けるの?

学とみ子は、アルイミさんからTCR、BCRを教わったわけじゃないです。

そう言うあなた本人が、理解が足りないのじゃないか?削除
2018/10/16(火) 午前 8:06学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

>>T細胞以外に分化した体細胞の遺伝子上には目印としての元のTCR再構成があるのですよ。

>だから、それを実験的にどうやって証明するのか?でしょう。


話をすり替えるのは止めましょうね。


>2018/5/18(金) 午後 10:11 学とみ子
>TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。


キメラマウスの体細胞の遺伝子上に目印としてのTCR再構成があるのかないのかという話ですよ。 それを調べるための方法論は既に議論済みですし。

学さんが、一体何が論点なのか、まるで理解する知能が欠損しているようです。

再度言います。

TCR再構成を持つ多能性細胞からキメラマウスを作成した場合、その多能性細胞由来の体細胞の遺伝子上にはTCR再構成が見られます。

このことが間違いというなら科学的な根拠を示して否定してくださいね。削除
2018/10/16(火) 午前 8:27[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん

>このことが間違いというなら

ここは正しいです。
根幹で両者に誤解があるのかも----削除
2018/10/16(火) 午前 9:04学とみ子返信する
>元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。

Lさんが元T細胞STAPは、体細胞になっても、リンパ球にはなれないだろうと貴重なアドバイスをくれました。そうなると胚で育たず生まれないとなります。生まれたら、その子は不利な部分は克服している。削除
2018/10/16(火) 午前 9:12学とみ子返信する
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> セイヤさん

ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15626366.html
当初は;
「幹細胞からB細胞への成熟の過程の研究は、STAP細胞は逆方向ではあるが、細胞の分化増殖の研究には、多能性に戻るための研究も並行して進んでいく。 」
でした。この文を読んでセイヤさんは意味が理解できるのでしょうか?phrase salad という言葉がぴったりでしょ?

当方から批判され、以下のように、ひっそりと書き換えられていました。
「この論文は、幹細胞からB細胞への成熟の過程の研究であるが、体細胞を起点とするSTAP研究とは一見、逆方向である。しかし、細胞における分化機序を解明する研究は、1方向性ではない。分化研究は、同時に体細胞から未分化細胞へと戻る機序の研究でもある。」
意味のわかる文に変更されました。つまり、学さん自身がわからない文だったと認識し、書き換えたわけで、意味がわからん・推敲しなさいよという当方の意見が適切であった・あることを示しています。当方がケチをつけたわけではないのが、学さん自身が訂正したことからも明らかですね。削除
2018/10/16(火) 午前 9:17[ ため息 ]返信する
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> セイヤさん

セイヤさんが「STAP細胞=ES細胞というのは真実を語っていない」と思うのは勝手です。真実はたくさんあるようですからね。共鳴箱に済んでいる方はいざしらず、それが真実不在という言葉であるとは誰もわかってくれないでしょうね。まともな方は、セイヤさんと違い、STAP幹細胞=ES細胞だったという事実を認識してるからですね。

「なぜES細胞を使って残存試料の通りに作って見せないのか?」

桂委員会の役目ではありません。ES細胞だったで十分なのです。異議があるのなら、筆頭著者の考えを支持する研究者(いるとは思えませんが)がやってみて論文にすればいいのです。御本人を含めた複数の方が再現実験に失敗していてSTAP細胞自体の存在が怪しまれるのに、貴重な研究費と人材を使ってだれがそのような実験を実施すると思います?もう4年も経過しているのに誰もいないようですね。

疑念に思う、不満に思うのなら、セイヤさん自身が実験する、できないのならクラウドファンドでも立ち上げてサポートしてあげたらいいじゃないですか。擁護の方々はたくさんいるんでしょ?やってみなさいよ。できないの?削除
2018/10/16(火) 午前 9:18[ ため息 ]返信する
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> 学とみ子さん

「TCRがSTAP誤解につながったと、当ブログ読者は皆、理解するようになりました。」
ご冗談でしょ。学さんの変竹林な説ーTCR再構成があるT細胞は脆弱でキメラに貢献できない、元の遺伝子再構成の配列がわからないと、キメラ体細胞では検出できない、だから、TCR再構成を利用した実験は原理的に無意味であるーを間違えだとようやく理解しただけですね。誰も{TCR再構成がキメラにないからSTA現象がない」なんて言っていないのに、藁人形を立てて擁護しているわけでしょ。

「体細胞になっても、リンパ球にはなれないだろう」というLさんの発言を引用して、「胚で育たず生まれないと」結論しているけど、どうしてそのようなことが言えるんだろ?
例の「遺伝子異常感知能力」なんですかね?削除
2018/10/16(火) 午前 10:25[ ため息 ]返信する
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学さん、続きです。

>Lさんが元T細胞STAPは、体細胞になっても、リンパ球にはなれないだろうと貴重なアドバイスをくれました。

Lさんがそんなことを言ってましたっけ?
またまた学さんの誤解、妄想ではないでしょうか?
Lさんの言葉を正確に引用して理解することをお勧めします。

STAP論文発表の当初から、複数の研究者からTCR再構成のあるSTAP細胞由来のキメラマウスでは免疫不全が起こるのではないかという指摘はありました。それはあくまでT細胞に分化して、TCR再構成が起こる段階で正常なT細胞のような再構成ができないであろうから、というものです。

何度も何度も説明したはずですが、T細胞以外の体細胞の遺伝子上にTCR再構成があったとしても、TCR部分をタンパクとして発現しない細胞では特に問題になるとは考えにくく、キメラマウスとして生まれることには何の問題もないと考えられます。生後、T細胞においては免疫機能に問題は生じるかもしれませんが、、、

学さんは、「生存に不利」と「生まれない」の違いがまともに認知できていないのではないでしょうか?削除
2018/10/16(火) 午前 10:30[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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「体細胞になっても、リンパ球にはなれないだろう」というLさんの発言 Lさんがそのようなことをおっしゃったかどうか確認していませんので、Lさんの発言部分は保留です。削除
2018/10/16(火) 午前 10:31[ ため息 ]返信する
キメラ体細胞でTCRが確認できる場合、それもPCR増幅ゲル図でバンドで確認できるようになるには、一個あるいは極めて少数の元T細胞に限定して、キメラ体内で大きく増殖できるとの条件を満たす必要があると思います。削除
2018/10/16(火) 午前 10:58学とみ子返信する
> ため息さん

>体細胞になっても、リンパ球にはなれないだろう」というLさんの発言 Lさんがそのようなことをおっしゃったかどうか

その旨、おっしゃっています。削除
2018/10/16(火) 午前 11:00学とみ子返信する
> ため息さん

「遺伝子異常感知能力」
がなければ、動物は今日まで生き残れません。

2NキメラのT細胞はほぼホスト由来での構成が予想されると、Lさんは推論してます。

だから、2Nキメラが健康で子供も生まれた事実と関連するのではないでしょうか?。

学とみ子は、元T細胞のSTAP細胞は、競争相手である他のSTAP細胞や、ホスト細胞にも、増殖せめぎ合いに負けると予想します。

私は、元T細胞は、胚の感知能力をクリアしない(体細胞になれない)だろうと考えました。。

もし、運良く、元T細胞が体細胞になれたとしても、TCRバンドを目で確認できるまでには増殖できないと考えます。

但し、この予想は、プロとしての経験ではありません。。削除
2018/10/16(火) 午前 11:44学とみ子返信する
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学さん

話を拡散せず、一つ一つ、しっかりと確認していきましょう。
具体的な実験手法の件は、後回しにして、
まずは論点①: TCR再構成のある体細胞由来の多能性細胞(STAP細胞)から作成されたキメラマウスの体細胞には、元のTCR再構成が見られる。

このことは正しいと認められるわけですね?

これが正しいのであれば、以下の学さんの意見は間違いということですよ。ご確認ください。

>>2018/5/18(金) 午後 10:11 学とみ子
>TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。削除
2018/10/16(火) 午後 0:19[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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補足しておきますが、、、

>2NキメラのT細胞はほぼホスト由来での構成が予想されると、Lさんは推論してます。

Lさんの推測の根拠は不明ですが、ここで言われているのは、あくまでもキメラマウスの「T細胞」です。 T細胞以外の細胞のことではありません。
そもそも、注入された多能性細胞由来の体細胞がなければキメラマウスができたとは言えないのですからね。削除
2018/10/16(火) 午後 0:39[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん

この文章は間違いではありません、
私は、まず胚細胞相互の感知能力を優先しました。

そもそも多種の細胞を一緒に入れ込めば強いものが生き残ります。
こんな実験系は他にないでしょう?
あなただって、すべて推論じゃあないですか?
それも、人工的な実験室での経験でしょう。

生きたマウスの免疫研究者なら、教えてほしいですけどね。
そうした立場の研究者なら、臨床医の経験を大事にします。
それが出来ないあなたは、実験室に籠っているタイプ。

一つ、一つ、あなたと議論した挙げ句、学とみ子は、嘘、出鱈目と来るんだから、これ以上は議論しません。

あなたが私の意見を尊重するなら議論しても良いですが、もう遅すぎます。削除
2018/10/16(火) 午後 0:39学とみ子返信する
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学さん

>一つ、一つ、あなたと議論した挙げ句、学とみ子は、嘘、出鱈目と来るんだから、これ以上は議論しません。

まあ別にかまいませんけど、そうやって逃げ回っているだけで何一つ科学的な根拠が示せない、科学的に間違った推論しかできないのは学さんですよ。

その場その場で意見もコロコロかわりますよね。

以前は、T細胞由来のSTAP細胞が生き残れないのは、T細胞にはアポトーシスが起こるからだとか書いてたでしょ。

T細胞と、T細胞以外の細胞(遺伝子上には目印としてのTCR再構成はある)の区別がつかずに混同した事ばかり書いてるから、嘘、出鱈目と言われているのですよ。 理解してまsうか?削除
2018/10/16(火) 午後 0:49[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん
>注入された多能性細胞由来の体細胞がなければキメラマウスができたとは言えないのですからね。

STAPキメラは、光ったのですから、そこは証明したでしょ?削除
2018/10/16(火) 午後 0:52学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

>私は、まず胚細胞相互の感知能力を優先しました。

「遺伝子異常感知能力」???
オカルトですか?

単純に、遺伝子に異常があれば、その遺伝子がコードするタンパクに異常が生じたり産生されなくなって、それが生存に必須のものであれば生存できなくなる、というだけで説明できる現象です。

胚が、その細胞の遺伝子のわずかな欠損を感知するなんて、どこに科学的な根拠があるのでしょうか???


>あなただって、すべて推論じゃあないですか?
>それも、人工的な実験室での経験でしょう。

STAP研究は人工的な実験室で行われたものです。
私の推論?は、私のものではなく、STAP論文で著者らが述べていることです。
それを理解できないのは、学さんに論文を読む力が無いとしか言いようがありません。削除
2018/10/16(火) 午後 0:56[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん

>既存のES細胞からできたものという解析結果が出ており

論文を素直に読んで、おかしなところがあれば、そこを説明するためには、どう考えれば良いか?を最初に考察すべきです。

使用マウスが合ってるか?残存サンプルが正当か?を、まず第一に調査するのです。証言調査で、関係者が言わない、あるいは食い違うなら、議論させれば全貌は見えるでしょう。

ESを誰かが混ぜたという説は、犯人が自首した時に初めて考えることです。削除
2018/10/16(火) 午後 2:48学とみ子返信する
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> yap*ari*w*katt*na*さん

>胚が、その細胞の遺伝子のわずかな欠損を感知するなんて、どこに科学的な根拠があるのでしょうか???

僅かな欠損だと、なぜ言えるのですか?
科学は証明してこそです。勝手に想像しないでください。
胚の気持ちになってください。
GLが欠けた仲間なんて、なんて変な奴!かもしれませんよ!削除
2018/10/16(火) 午後 4:39学とみ子返信する
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> ため息さん

>Lさんの発言はどこにあるのでしょ?学様のブログですか?

重要なLご教授です。どこに書いてあるかは思い出せなくても、Lさんがそう言ったということは、一発で記憶にとどめましょうね。学とみ子はすぐ記憶しました。

大事なことなので、私は「これは使える」とすぐ思いました。
とにかく、Lご教授は天の声ですから。

それでも、ため息家族には、Lご教授に反論する人がいるんですね?それも、内容を誤解したまま・・・。

Lさんも、省略が多いですよ。Lさんは、誤解されると困る立場だから、わかる人だけわかるような書き方しかしません。

Lご教授がどこにあるかは、自分でおさがしなるか?弟子たちに聞いたらいかがですか?削除
2018/10/16(火) 午後 4:51学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

>僅かな欠損だと、なぜ言えるのですか?
>科学は証明してこそです。勝手に想像しないでください。

遺伝子の塩基対は約30億あるのはご存知ですよね?

TCR再構成の際に欠損するのは せいぜい数百塩基対ですよね。

30億と比べて、数百を僅かと表現するのは特に違和感はないと思いますよ。



>胚の気持ちになってください。

はあ? 胚に気持ちなんてあるのですか?
科学は証明してこそです。勝手に想像しないでください。


それから以前にも紹介しましたが、遺伝子欠損などの操作によって特定のタンパク質を発現できないようにしたノックアウトマウスが近年何百と作成されてきましたが、胎内で死亡するのは約15%、すなわち85%は生きて生まれてくるという報告がありました。

何千何万の塩基対を欠損させてもその程度だとすると、GL部分が数百短くなっただけのマウスが胎内で死亡するのが当然と考える方が異常ではないでしょうか?
科学の証明としては弱いですけど、客観的なデータに基づく議論にしたいですね。削除
STAPはESとは違うと多彩な実験で語られている。ESねつ造派は、この説明をしない。   
今回のSTAP事件では、専門家がほとんどコメントをしない中、探求心が旺盛な非専門家の人たちにより事件解決に向けての努力が続けられている。
これは、とても“今的”だと言える。

とかく、“今的”情報過多社会はマイナス要素として語られることがあるが、STAP事件は、情報過多社会のプラス要素として、興味深い社会現象ではないか?と思う。

非専門家の意見は、最初から正しいものでなくとも、洗練されていなくとも、考察や情報交換をする過程で、正しいことや、常識的なことが残っていく。

複数の人たちによる試行錯誤の中で、間違いは修正されるし、現時点で答えのないものは答えがないと認識されていく。
世に出ている情報で、その人自身が知識を深める過程を楽しむのである。

STAP事件は、科学を楽しみ、社会を知り、人の心を考える人生三大要素がある。

和モガ氏が以下のように書いている。http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-177.html
「STAP細胞事件」-誰も知らなかったSTAP細胞の実像
阿塁未央児氏が、公共データベースに登録されているSTAP細胞のTruseqデータの遺伝子発現パターンは「XEN細胞」のパターンに似ていると言っているとの情報から、和モガ氏が以下のように書いている。青字

STAP細胞のTruseqデータとは、Oct3/4の発現が低く、ダメSTAPと思われていたものであるが、「XEN細胞」の遺伝子マーカーGata4、Gata6、Sox17が高発現していた。(詳細は阿塁未央児氏のOneDriveの「XENとSTAPの遺伝子プロファイルの酷似」)
・・・
残念なことに、この事実は小保方氏自身も気付いていなかった。もし、STAP細胞は3者の幹細胞間で揺らぐと一言でも書いていたら、STAP細胞はES細胞を混入して作ったなどという言い掛かりは誰も出来なかっただろうと思う。

生体は、ひとつの受精卵から分化していくのだから、ある時期には移行状態の細胞があるだろう。体内には、分化を止めて存在している細胞群もある。

つまり正常細胞の分化において後戻りしないように鍵をかける遺伝子発現の条件設定は、どのようになっているのか?

その仕組みの探求のために、山中氏らは、人工的な遺伝子導入操作をした。
一方、別のアプローチとして、異変をきたした細胞を調べることで得られる知見もある。

正常な体の機能を調べるためには、病気になった人を対象に、いろいろ考えていくことから出発することが多い。近代医学は、病気を元に正常機能を解明していった。
正常に機能している体は、とっかかりを出さない。じょうずに調節されている体は、どうなっているのかがわかりにくい。

例えば、
今年も、2月の末からかなり数が増えてきた花粉症の原因物質IgEは、体内にごく微量しか存在しない。
この未知で微量な物質を測定することがいかに難しいことかは想像に難くない。
だから、最初の研究は、IgEを過剰につくってしまう病気の人(IgEミエローマ、骨髄腫)の血液から精製して、ものとして取り出すことをしてから、IgE研究が可能になったのだ。

STAP細胞も元の細胞の遺伝子構造に異常が多くあり、自然の仕組みが狂っていたからこそ新発見があったのではないか?
それは、人工的に細胞操作をする研究につながっていくだろう。

STAP細胞は、人工的条件(培養)で、機能の異なる細胞の行きつ戻りつが観察できるということだ。これをみつけたのは若山研究室であろうし、そのための実験も行ったのだろう。
ESねつ造論を採用されたのでは、自らの研究室としてのプライオリティを失う。。

その細胞の柔軟性に、笹井氏も、丹羽氏も興味を持ち、さらに実験を追加した可能性がある。
小保方氏にとって初めての経験が多く、若山氏、笹井氏、丹羽氏の一流上司たちの研究協力の成果がSTAP研究だ。

論文発表後のトラブル発生時には、プロトコールエックスチェンジなども丹羽氏が書いたと、「あの日」に小保方氏が書いている。

なんと言っても、若山研究室で主要なSTAP実験が行われ、方向付けられていたSTAP論文が、若山氏の同意無しにその後の追加実験で様相が変わってしまったことが、若山氏を不快にさせたようだ(想像です)。

しかし、STAP論文の図表の多さ、内容の多彩さからみると、多くの研究者の努力が見える。
だからこそ、小保方氏単独のESねつ造では、論文の説明がつかないのである。
STAPはESとは違うと、多彩な実験で裏づけながら語られている。

STAP論文の目的は、細胞の柔軟性の追求であり、和モガ氏曰く、“STAP細胞は3者(ES,TS,Xen細胞)の各幹細胞間で揺らぐ”である。

実は、レター論文の679頁には、以下のように書いてある。
ここには、和モガ氏の指摘と同様に、ESとTS間の変動、すなわち両細胞間の揺らぎが書かれている。青字

STAP細胞が単一細胞として取り出せないことで疑問点が残る。
STAP細胞集合体としてみれば、多能性の2方向(ESとTS)は確認できても、単一細胞レベルで全能性(ESにもTSになれる)を保有するのか?、それとも一方的なTS、ESの能力の保有なのか?あるいは、TS,ESの間を行き来する(fluctuating)のかの答えは、今後次第ではある。

しかし、今回のSTAP実験でのFI細胞の動態を見る限り、ES細胞、TS細胞としての機能を持つ細胞が別々に存在するとの考え方はしにくい。
STAP変換とは、多能性(ES)変化のみでなく、TS変化も可能であるというものだ。



コメント(56)
Lさんがため息ブログで貴重なご見解を書かれています。そちらでご確認ください。

2018年10月13日 6:15 AM
レター論文は謎が多いですが、桂報告書は突っ込んだ検討をしていません。あえて避けたのか、不要と考えたのか不明ですが-----レター論文の問題点はほとんど解決すると思います。削除
2018/10/13(土) 午前 8:12学とみ子返信する
> Ooboeさん
ため息ブログの線路は続くよ どこまでものタイトルの真ん中あたりです。ここのコメントは日付順でないです。

Lさんの意見はとても示唆に富むものですが、Lさん自身がポスト持ちの将来性ある研究者なので、あまり負担をかけない方が良いように思います。削除
2018/10/13(土) 午後 1:47学とみ子返信する
体内時計さんがため息ブログに書いています。

>という謎に包まれた答えが返ってきました。

つまり、誰が何をしたのか?調査では解明できません。実験をした人の証言が合わないわけです。食い違う実験者同士の議論をさせていません。

多額の税金を使って、正当性不在のサンプル調査をしても、真相解明はできません。素人はそこまで気付かないと思った理研関係者がいるのです。

つまり、ES混入の事実があったかを誰も決められないし、証拠、証言も得られません。それでも、小保方氏に重い責任を負わせたのですから、桂報告書は、再考されるべきです。

須田文庫本に追記された調査委員の様子は、新たな展開につながるかもしれません!

桂報告書が、キメラ、幹細胞の責任をしっかり特定して、小保方氏反撃の道を残した----と言えそうです。削除
2018/10/13(土) 午後 2:11学とみ子返信する
アノ姐さんは、以下のようにコメントしてます。

ご自身が正しいと思ったことは、絶対に正しいと、アノ姐さんは最初から決めつけています。調査委員は正しく認識しているが、小保方氏が狂っている。調査委員は真実を知っているとの大前提です。

真実不在の事件であることの認識は微塵も感じられません。

須田氏に情報提供した人は、まさにES派です。
須田氏は、こうした人からのみ、情報操作されていた事を、ここでも暴露しています。

>述べた内容が客観的な事実と明らかに違ったりすることもあった。「あとで冷静になって他の情報もつきあわせるととても理論が成り立たず、間違っている発言もかなりあったと思わざるを得ない」削除
2018/10/13(土) 午後 3:37学とみ子返信する
----間違っている発言もかなりあったと思わざるを得ない」

間違っているかは不明である事についても、小保方氏は間違った事ばかり言っている❗️と読者に思わせることを目論んだ巧みな表現になっている。

小保方氏が、間違った事を言っていると断定したわけでないとの言い逃れがきく表現だ。削除
2018/10/13(土) 午後 5:23学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

>小保方氏が、間違った事を言っていると断定したわけでないとの言い逃れがきく表現だ。

研究論文に関する調査報告書という題目なのですから、調査した結果を淡々と報告すべきなのに、

「たまたま小保方氏と共同研究する立場にはなかった大部分の研究者も、もし自分が共同研究をしていたらどうなったかを考えると、身につまされることが多いだろう。」
という調査者の「感想文」が入っています。これは、「小保方氏が、間違った事を言っていると断定した」のことと同然で、報告書の品位が疑われると思います。削除
2018/10/13(土) 午後 6:19[ WAINSHUTAIN ]返信する
> WAINSHUTAINさん
同感です。
理研には、常識的なSTAP派と、小保方無能論、混入犯で事件を終息させようとするES派がせめぎあっていたと思います。

ご指摘の文章は、公的報告書に書き込むような内容ではありません。
こうした公文書の格調を落としてしまうような文章を書き込んでしまったのはES派ですが、それをSTAP派が見逃したのも、小保方側からの名誉毀損の戦いを有利にするためではないか?と感じています。削除
2018/10/13(土) 午後 8:06学とみ子返信する
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たまたま、テレビの再放送で「相棒」を見ていたのですが、若手有望画家に、偽ピカソを書かせる詐欺事件が題材でした。画家は苦しみながらも、贋作をかいたのですが、画家は、ブルーの時代のピカソ絵の中に、近所の喫茶店のコースターを書き込みました。この絵が贋作であることに周りが気づいてほしいとのメッセージでした。

犯行が確定されていない小保方氏の悪口がこのように調査書に書き込まれてしまった裏の背景に、「戦ってほしい」と、理研STAP派が報告書に込めたメッセージとして読むことはできないでしょうかね?削除
2018/10/13(土) 午後 8:34学とみ子返信する
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ため息さん、

つまらないことにからまないでください。
>アノ姐さんは、以下のようにコメントしてます。
のすぐ下の文章に、又、アノ姐さんと言う言葉がでてくるのだから、まだ、学とみ子の引用は始まっていないのですよ。引用の印>はちゃんと入っているでしょ。

WAINSHUTAINさんも、学とみ子の文章を理解してます。

学生の中には頭の悪い人がいるかもしれませんが、そうした学生のレベルに合わさせたような指導を持ち出すのを止めてください。

それより、オタクの体内時計さんも、plusさんも、Lさんの貴重なコメントを正しく理解していないようですよ。
Lさんのコメントが、間違って解釈されていたら、Lさんに迷惑がかかりますよ。
そちらをアドバイスしてあげてください。
彼らがSTAPを正しく論評できるよう、お役目をお願いします。

以下の体内時計さんのコメント、これの意味って何ですか?

>Lさんは「一ヶ月もあれば十分だったと思います」と書かれていますが、調査委にこれ以上の調査を望むことは不可能だったのではないでしょうか削除
2018/10/13(土) 午後 9:03学とみ子返信する
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つづく
>須田氏が須田氏を暴くのはありえないので、

須田氏が自らの未熟性を暴露しているという意味ですよ。
本人が意図しなくても、バレちゃいます。削除
2018/10/13(土) 午後 9:04学とみ子返信する
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>「間違っている発言もかなりあったと思わざるを得ない」これも桂委員会のある委員の発言を須田氏が著作に書いたものです。前のコメントにすぐ続くコメントですから、この記述をもって「読者に思わせることを目論んだ」のが須田氏なのかアノ姐さんなのかこれではわからない。どっちなんでしょ?

読者に目論んだのは、研究者です。研究者は、須田氏が記事を書くのを知っていて、須田記事を読んだ読者が、「小保方ってでたらめな奴なんだ!」と思うような内容で、研究者が須田氏にしゃべっているという意味です。

なんで、ため息さんもそうした解釈にならないのかが、不思議ですけど・・・。削除
2018/10/13(土) 午後 9:17学とみ子返信する
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>『「真実不在の事件」であることの認識は微塵も感じられません。』とはなんでしょね?

アノ姐さんは、STAP事件が未解決な事件であることの認識がなく、ES派の調査委員の言っている事が正しく、小保方氏の言っていることはでたらめに決まっている!から、一歩もでていないという意味ですよ。

ため息一家は、STAP事件の内容を理解できていない結果、ESねつ造説に疑問を持たないというのが学とみ子の主張ですから・・。もちろん、一家全員がそうだとは言っていませんけどね。削除
2018/10/13(土) 午後 9:29学とみ子返信する
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> ため息先生

不完全な学とみ子でご迷惑をおかけしています。
多くの省略があり、書き手の気持ちが読み手に伝わらないことがあると思います。

それぞれの人たちの知識のバックグラウンドも違いますし、理解の行き違いが起きると思います。

しかし、それは私の文章だけに限りません。
他の方も、それぞれに表現の理解が難しいです。

短すぎて、意味の分からない方
容易に、相手の知識を否定する方
根幹での理解が足らなくて、そこに触れずに文章をつくるため、結局、意味が分からない方

論じているSTAP事件が学術的に難しい、不明なことが多い、情報操作があちこちにある・・・

このように、STAP事件は、人びとを右往左往させる要因が多いと思います。

ですから、こうした問題を論じるには、お互いにエチケットが必要と思うのですが、このエチケットを、私を含めて皆もが守っていないと思います。

つまり、STAP論議の性格上、お互いに相手を否定せざるを得ない状態になっています。
ここで論じる人、皆が陥っているのではないでしょうか?削除
2018/10/14(日) 午前 7:48学とみ子返信する
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ため息さん

>「須田氏が自らの未熟性を暴露しているという意味ですよ。」
>>‥だから「須田氏が須田氏を暴くのはありえない」という当方の言葉の使いかが正しいと思うわけですな。「自らの未熟性をさらけ出している」が適切な表現でしょう。

「須田氏が自らの未熟性を(自ら)暴露しているという意味です。」と大人は()を入れて読むのです。そうして暴露行為に等しいと言ったと理解して問題にしないのです。
いちいち揚げ足を取らないで、もう少し学さんに自由に語らせてあげたらどうですか?

学さんは、「長いものには巻かれろ」と桂報告書の矛盾に沈黙してしまう科学社会の人々の中で、同じく桂報告書に疑念を持つ一般人に、真摯に応えてくれている人です。
出来たら3年前に言ってほしかったとは思いますけどね。
あの一研究者グログの「在米ポスドグ」さんも、「思うことはあるが、火中の栗を拾い、怪我をして自分の将来をダメにしたくない」とポロっと言ってましたから。
(つづく)削除
2018/10/14(日) 午後 0:31[ セイヤ ]返信する
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ため息さん

(つづき)
>推敲がなされてないからだと指摘したわけです。

推敲々と人に言われますが、ため息さんが私に投げ返した、「小生はセイヤさんを『「当方の頭はボケている」とか言って』いませんよ。どこに書いてあるんでしょ?」とのコメントは推敲されたうえでのことですか?
ため息さんが、自らそのように言ってる追加コメントは消されたかと思ったら、まだため息ブログに残ってますよ。あなたの言う推敲って「天保水滸伝」のことなの?

ため息さんのすごい記事があります。(侮辱罪ーmjもんた君へ2018年9月25日 sigh)
>一方、mjもんた君は、ある方の職業、所属先、氏名を明確にして誹謗中傷行為を行いました。mjもんた君が示した属性をもった実在する方がいた場合、その方がmjもんた君が本来対象としているかどうかとは関係なく、別人であっても、その方の社会的評価を低下させたことになります。

ある方って誰?
ため息さんであろうという人は、ブログで言われていて顔写真まで出てるのに、別の人がいるんだったら大変だッ。すぐ否定してあげなきゃ、その人は削除
2018/10/14(日) 午後 0:36[ セイヤ ]返信する
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> gen**ronさん

暴露について様々な意味を提示し、コンテクストから意味を読み取れと発言するのは結構ですが、gen**ronさんは学さんの主張を理解きるのですか?「真実不在の事件であることの認識は微塵も感じられません。」の意味、弁解がある前に理解できました?
学さんの発言スタンス「公的文書のような精度や信頼性は求められません。」を承認できるのですか?
単に同じ擁護グループだといって横から茶々を入れるのはご自由ですけど、それが学さんをサポートすることになってると思っているんでしょうか。
サポートするのなら、記事、コメントを意味がわかるように書くように意見を差し上げたらどうでしょ。そのようなことができるのが仲間でしょうが。仲間でもないため息が推敲したらいかがでしょと言うのはおかしいでしょ?削除
2018/10/14(日) 午後 0:44[ ため息 ]返信する
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> 学とみ子さん

>犯行が確定されていない小保方氏の悪口がこのように調査書に書き込まれてしまった裏の背景に、「戦ってほしい」と、理研STAP派が報告書に込めたメッセージとして読むことはできないでしょうかね?


返事が遅くなり申し訳ありません。

委員のメンバーを見れば、「戦ってほしい」と思う人はいないですね。仮に理研STAP派がお願いしても聞く耳を持たないでしょう。削除
2018/10/14(日) 午後 1:45[ WAINSHUTAIN ]返信する
> ため息さん
須田氏が暴露したのは、明らかに小保方批判の強い方が調査委員にいたという事実です。この方のコメントを須田著作に載せたのはまずいでしょう。

ライバルミューズ細胞の東北大学、山梨大学の調査委員がいます。この方々が小保方批判だったかは確定できませんが、調査結果からして、その可能性は高いです。削除
2018/10/14(日) 午後 5:00学とみ子返信する
Lさんが、ため息ブログに以下のコメントされています。これこそ、高度な専門分野の議論です。

>仮に20個とすると、アレルは計40本、D2J2再構成アレルは5本、と推測されます。結構自信ありますが、

これは、丹羽氏への疑問提起でもあり、もし、学会の場であったら、二人の研究者は、激しく議論を展開する場面でしょう。聴衆は、神経を集中させて聞き入ります。

STAP細胞とは、こうした高度な専門知識を要する研究分野でした、

Lさんがいろいろやさしく解りやすく解説してくれましたが、ため池家族から、Lさんが予想しないような思わぬ誤解が出ています。

ええっ、そこなの?みたいな----。
それでも、各人の誤解が解決出来れば、一歩前進します。

難しいけれど、これからも理解を深めていきましょう。

打倒!ES派の知識人削除
2018/10/14(日) 午後 8:43学とみ子返信する
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> ため息さん
> >「須田氏が自らの未熟性を暴露しているという意味ですよ。」
> 『スーパー大辞林:『ばくろ 1【暴露・曝露】(名)スル
> ① 他人の秘密・悪事などをあばいて明るみに出すこと。』
> だから「須田氏が須田氏を暴くのはありえない」という当方の言葉の使いかが正しいと思うわけですな。

この言明に対して、「自らの未熟性をさらけ出している」よい事例と思って、「暴露について様々な意味を提示」したわけです。
たしかに「つまらないこと」(どうでもいいこと)ではありますが、ちょっと気になったもので。

> gen**ronさんは学さんの主張を理解きるのですか?

「須田氏が自らの未熟性を暴露しているという意味ですよ。」
この個所は普通に理解できましたが。削除
2018/10/14(日) 午後 9:28[ gen**ron ]返信する
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調査委員会委員の利益相反問題については、学さんと同じように違和感、疑問を感じました。
この問題は、桂調査委員会の発足当時からネットで指摘されていたと記憶しています。

桂調査委員会の委員7人中、五十嵐和彦(東北大学大学院医学系研究科生物化学分野教授)、久保田健夫(山梨大学大学院総合研究部環境遺伝医学講座教授)(※肩書きは当時)と、利益相反関係にある大学の研究者が2人も入っています(弁護士の委員2人をのぞくと生物系研究者5人中2人になる)。
これを問題なしという人は、京都大学の生物系の研究者が入っていても問題なしというんでしょうか。
やはり東北大学と山梨大学、そして京都大学は調査委員からはずすというのが、一般社会的(今風にいえばコンプライアンス的、コーポレートガバナンス的)常識と思いますが、科学コミュニティでは違っているのかな。削除
2018/10/14(日) 午後 10:44[ gen**ron ]返信する
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文庫版あとがき
から引用します。

【私はいま、同僚とともに、衰退の実態と背景に迫る毎日新聞科学面の長期連載(幻の科学技術立国)に取り組んでいる。
この取材を通して、本書の末尾に書いた
(科学者が誠実にいられる研究環境)を
実現するための道筋を探りたいと
思っている。】

そこで私の皮肉

【ジャーナリストが誠実でいられる
メディア環境】を是非、実現する道筋を
探って下さいませ、、、

STOP事件最重要事案の理研検証実験、
桂報告の
取材を割愛してまで、大宅賞ノミネート
期日締切前日の出版に間に合わせた
ジャナリスト須田氏の

前著、帯びタイトル
【このままの幕引きは
科学ジャーナリズムの敗北だ】削除
2018/10/16(火) 午前 3:55[ Ooboe ]返信する
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【このままの幕引きは
科学ジャーナリズムの敗北だ】
とは
ES混入犯人を明確にされないままの
理研幕引きに須田氏は
「ジャナリスト」として許せないと
帯びタイトルに訴えたのです。

須田氏は「混入犯人」を灰色疑惑決着
でなく
黒色特定にしたかったんですね
気持ちが収まらない思いが
帯びタイトルから伺えますが

そこで石川氏が動いてくれました。
アンチStapの皆さん
期待したことでしょう

不起訴になった時、ある有名な
理研研究者
石川氏を讃え
「一石を投じてくれました。」と
犯人特定への期待があったからでしょう削除
2018/10/16(火) 午前 4:24[ Ooboe ]返信する
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さて、クイズ
皆様、前著表紙の若山氏のネクタイは
何色でしょうか?と興味を抱いて
並べたて見比べました。
前著は灰色
文庫版は青色と分かりました。

文庫版では、印象誘導灰色画像処理を
改めましたが、
そもそも
大きく
「捏造の科学者」とまるで
確定されたようなタイトル上に
小保方氏、笹井氏、若山氏の画像を
掲載したまま、悪意の存在が続いてます

そして帯びタイトルには
無神経な【大宅賞受賞作】自賛、とは
???。削除
2018/10/16(火) 午前 4:56[ Ooboe ]返信する
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文庫版
417pから419p
はとくに貴重な情報記述です

調査委員会の委員に2015年1月末2月
取材した記述です。

パートナは
2014年9月から12月まで
桂調査委員会議事録(全15回)を
情報公開請求から保有しています。

また9月の発足に当たり、委員会に
提出された
理研予備調査報告書(調査事務局作成)
も保有していますから
須田氏取材の委員達のコメント記述は
貴重な対比検証情報になります。削除
2018/10/16(火) 午前 6:45[ Ooboe ]返信する
> Ooboeさん
すごいもの持ってるんですね。
調査委員会が新たに調べたもの、発足前からすでに出ている調査結果内容、及び、それがどのように改変されたか?など----興味深いです。
実験実態の調査と、関係者証言で、調査委員たちには本当の実態が解ると思います。

サンプルの再調査は、この委員会が、その正当性を確認できない事を考えると、委員たちが、公正に関係者から証言聞いたか?になりますね。
それらが、ある程度わかるのでしょうか?削除
2018/10/16(火) 午前 7:11学とみ子返信する
Plus氏が以下のようなことを書いています。
この諭すような印象のPlus氏の文章に対し、相手の問題点を指摘し続ける学とみ子の文章を見比べると、学とみ子側の方が不利に見えます。

つまり、学とみ子は非常識的に激昂し相手を攻撃している人、Plus氏はそれを諭す人にみえるかもしれませんね。
Plus氏は、以下のようなこんな説得調文章も書けるのですね。青字

>尊敬し合える議論がしたければ、専門外と見るや見下したり、他の誰にもわからないオリジナルな言葉を使ったりしないことです。
他の人のコメントに真正面から答える努力とか、まず自分ができる努力があるんじゃないでしょうか。学さん以外の他の人はそういう努力をしているのではないでしょうかね。
あとは時々自分が過去にした発言を見直す努力も必要だと思いますね。
認知症と言われるのが悔しいならそう言われないようにするための努力があるのではないでしょうかね。

過去において、Plus氏は、学とみ子が何を書いても激しくけなして、学とみ子をねつ造者呼ばわりしてきた人です。plus氏の科学の自説を披露し、学とみ子を否定してきました。学とみ子の科学の説明は間違っていると、現在に及んでいい続けています。
学とみ子が同じ意味の事を言い方を変えて説明しても、plus氏は、根幹の理解が無いので違う意味にとるようです。

わざわざ学とみ子語録を書き出してくれているようですが、意味は同じです。

やっぱり氏も同じような書き出し作戦をしていますが、学とみ子語録の伝える所は同じです。伝えたいことの趣旨はぶれていません。しかし、読む方には通じていないようで、同じと認識できないようです。

とても医学的な話なので、質問無くしては理解できない題材です。



彼らには、違うもののように感じてしまうのでしょう。


>認知症と言われるのが悔しいならそう言われないようにするための努力があるのではないでしょうかね。

こうした物言いも、醒めた感じですごい!学とみ子の認知症は、周りでは自明だよ!と、言ってます。

相手(学とみ子)をつぶすのに手段を択ばない言葉を使って、潰しを目的に頑張ってきた人が、その潰しの果てに、こうした言葉をなげるというのも、そこが目的なのだなあと感心します。
相手をグサっとさせたい気持ちを表したものでしょう。

体内時計さんも小保方氏の悪口を並べた後に、小保方擁護の人たちは小保方氏のためにならない!、小保方氏が気の毒だ!みたいな意味の事を書いて、手法的には似ていますね。

plus氏は、若山研究室を守りたいという立場の人ではなく、若山氏を切り捨てるような発言もしてきました。
彼がここへ来てSTAP派を激しくアジる目的は一体、何なのか?
そうした疑問を感じる人たちは、STAP派のコメンテイターの方にも複数でいましたね。

STAP事件は、冤罪事件だとおもいます。
専門知識を持つ人たちが、知識を持たない層をだました!との感を持ちます。
難しい科学議論に、一般人の誰もがついてこれないことを利用して、最後は新人研究者に全責任を負わせた!

例えば、歴史的には、過去にもそうしたことはたくさんあります。
自国の戦争能力の脆弱性を国民に知らせずに、無謀な戦争へと追いやる政治家や軍人たち、
でたらめがん医療で、患者さんをだます医者たち
権力、知識力などの立場を利用した弱いものいじめはあちこちで起きています。

学とみ子は、分子生物学の専門家ではないけれど、桂報告書がごまかした学術的部分について、多くの人にわかってもらいたいと思います。

私はこうした目的意識を持ってブログを書いているのですが、plus氏は、こうした学とみ子のチャレンジに対し、不愉快な感情を募らせています。

plus側は先手として、相手(学とみ子)をけなしてけなして、最後は怒らせ、相手が激しい言葉を使うようになると、その状態をチャンスと見て、醒めた言葉をかけてくるのです。
そして、その相手の様を上から見て、楽しいと思うということでしょうか?

「君、そんなに激高して意味ないよね。そんな状態になったのは君の不徳の結果だよ。
君は、大いに反省すべきなのさ!
最初から、心を入れ替えて、人生をやりなおすんだね・・・」

的な事を、plus氏は言いたのでしょうか?

ああ、学とみ子の今までの人生で、こういう趣味の人って初めてです。
学とみ子のこれからの人生で、こうした人に絡まれたら、今回の経験を生かして、当方の対処が早くできるようになるかもしれません。
相手(plus氏)の挑発には絶対に乗ってはいけないですね。

ため息氏の場合は、一生懸命に科学的疑問を書いてきてくれるので、こちらの方がましです。
彼は、いろいろな意味で、おぼっちゃまです。
plus氏のようなたちの悪さは無い・・・。

plus氏は、ため息氏とは絶対あわないタイプの人だと思うけど、打倒学とみ子では仲良しになれるようで・・・。



コメント(41)
ため息氏が以下のコメント書かれています。

>現実世界と御本人の世界が合致せず御本人の世界が壊れちゃうのが予想できるからでしょ。

犯罪学の本を書いているような精神科医の言うことは、興味本位とマスコミ受けを狙ったものだ。

嘘ばかりついて、嘘を全て忘れてしまい、尚、知識人として社会に通用する人があなたの周りにいるか?

須田氏は、複数の人から小保方捏造の情報を吹き込まれていて、それを暴こうと小保方氏にアポを求めてくる。須田氏の科学の理解は乏しく、ES派から吹き込まれたままを信じている。こうしたマスコミ人と面接しても、間違った事実を書かれるだけだ。

マスコミの記事をチェックする権限は小保方側にはなく 社会的評価がまだ確立してない人に対しては、マスコミ側の攻撃も激しい!まさに差別社会だ!

記者が科学記事を書くときは、取材先の人を尊敬しないといけないが
ここはそうした状況に無い❗️

STAP理論の理解が不十分な人をわからせる作業は大変で、ここがSTAPの悲劇だ。削除
2018/10/11(木) 午前 7:03学とみ子返信する
はなさんのご質問です。

>論文のマテメソについて、武田教授が触れていたように、オリジナリティーを出そうと自分で下手な英語で書くより

論文のマテメソと言えど、他人の著作物なので、そのままではダメです。当然、著者自身の文章に直す必要があります。
そうすると、文章の精度も格調も落ちますが、他人の文章のままではいけません。
小保方氏はそうした修正を忘れたと思いますが----。

はなさん、
あなたに、剽窃について語った研究者とおぼしき方は、あなたを情報操作したのではないですか?

その方は、何気なさを装って、この話(剽窃するような奴の書いた論文は偽物確定)をしたのではありませんか?

今度、その方にお会いになったら、そうした視点から観察されてみたらいかがでしょうか?削除
2018/10/11(木) 午後 1:15学とみ子返信する
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ため息さん

ため息ブログにある続き。
>(続き)
「捏造の科学者」の笹井さん、丹羽さんのとのメールやり取り は何ページにどのようにかいてあるから どうだ と教えていただけませんか。そうでないとセイヤさんがなにをおっしゃたいのか理解しがたいので。

丹羽さん(p58)
「このSTAP細胞からSTAP幹細胞になる過程で、TCR再構成を持ったSTAP細胞はなにか不利な点があり、淘汰されると考えています。
もっとも、八系統のSTAP幹細胞を検査しただけですから、全く出来ないとまではいえません。ただ、我々は現実のデータを正直に述べたにすぎません。」

笹井さん(P63)
「いろいろな細胞が存在するリンパ球では、こうした解析に限界もあるので、他の組織で、もっと均一な細胞からスタートさせて実証する実験を進めたいと思っております。」

これは、TCR再配列が見られない場合があっても、何ら不思議でもないこと。実験とは、「やってみなきゃわからぬ」ことが多いので、STAP細胞の実験は続ける必要があるということを示していると思う。
(つづく)削除
2018/10/11(木) 午後 4:10[ セイヤ ]返信する
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ため息さん
(つづき)
「TCR再構成がないから駄目だ」と言う人が、論文不正の4件を含め結果として、STAP細胞を潰してしまったということです。そういう人のには「ため息さん」も含まれるんじゃないですか?

笹井さんの論文被引用回数1224、雑誌名Neuron、掲載年2000
若山さんの論文被引用回数2275、雑誌名Nature、掲載年1998
こういう先生方が、電子顕微鏡で確認した細胞を「ため息さん」は、東北のポット出の一ポスドクが言う「自動焦点により移動した細胞の自家蛍光」という説を吹聴していましたからね。

>セイヤさんがプレスリリースがあるとおしゃったから、どこにあるの?ということになったわけでしょ。ごまかさないでちょうだい。

ごまかすも何も、何度も説明してきたのに今頃なんですか!
それでも先生ですか?そういえば追加記事で「当方の頭はボケている」とか言ってますね。

「○○の学生諸君、ボケている先生が教える大学なんてもう行くな!大学に行かなくても偉い人にはなれるよ。田中角栄さんを見ろや。徳川家康、豊臣秀吉、織田信長だって大学出てないぞッ」。削除
2018/10/11(木) 午後 4:13[ セイヤ ]返信する
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> セイヤさん

何回もキメラ体細胞にTCR再構成が見つからなくてもSTAP現象の否定にはならないと言っているでしょ。。初期化されキメラに貢献したけど、TCR再構成が認められないことは、丹羽氏や笹井氏の解説・弁解にあるような原因、あるいは他の理由で、生じうるわけです。だから誰が「TCR再構成がないから駄目だ」と言ったのだ聞いているのです。吉村氏でも遠藤氏でもないでしょ?そのへんのおっさんじゃだめですよ。

STAP仮説がつぶれちゃったのは、4件の不正と、もっとあるようだけどデータを提出できないから、当時の理研の規則では不正と認定できないというのが理由であって、当方は潰れても当然だと思うのですが、セイヤさんは誰かが潰したというわけですね。

誰かが潰したのではなく、そもそもインチキだったわけで、早々にご退場願ったのは、そこそこ税金を無駄使いしてしまったけど、さらに使うことがなく、幸いだったわけですね。削除
2018/10/11(木) 午後 7:59[ ため息 ]返信する
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(続き)
笹井氏、若山氏は立派な業績のある研究者です。でもだまされちゃったんですね。すごい方だったようなのは、捏造の科学の完全版の第12章にあるように桂委員会の委員の方々も一瞬同情してしまったことからも伺えます。

意見の比較は、どちらが理論的に説得性があるかで判断します。権威の有無ではありません。

「何度も説明してきたのに今頃なんですか!」:プレスリリースがあったというのだから証明してちょうだいと要求しているのにいまだ説明がないです。

小生はセイヤさんを『「当方の頭はボケている」とか言って』いませんよ。どこに書いてあるんでしょ?当方のブログでは、mjもんたのブログとは異なり、多重ハンネを使ってコメントしている方はいません。削除
2018/10/11(木) 午後 8:00[ ため息 ]返信する
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体内時計さんが、以下のように書かれています。

>plus99%さんのコメントを拝見し、改めて調査報告書のTCR再構成の部分を読んだのですが、何度も読んだはずであった箇所にも拘わらず、受ける印象は今までとは異なるものでした。

そちらのブログで良いのですが、TCRに関して、どこの理解が進んだのか、以前の理解がどのように修正されたのかを教えてくれませんか?
私の説明の仕方の参考にしたいです。

STAPをフォロウしている方は、今回のTCR議論で、TCRなるもの理解が進んだとは思うのですが、それでもTCRのハードルは高いと思います。TCRで誤解していた部分、解消できた部分はどこなのでしょうか?

Plusさんとの体内時計さんの会話は、何を議論しているのかがわかりません。

plusさんの文章
>プロトコルエクスチェンジにネガティブな結果を得ていたことを記載しなければ、随分濃いグレーなのだと読むべきではなかろうか

>プロトコルエクスチェンジは書かれなかったでしょう。そうするとほぼ黒なのに、不正調査もないです。削除
2018/10/11(木) 午後 9:27学とみ子返信する
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続き

これらの意味につき、体内時計さんの理解の内容はどうなってますでしょうか?削除
2018/10/11(木) 午後 9:28学とみ子返信する
今日の話ですが、plus氏が以下のようなことを書いています。

>リプログラミングの証明がないのにリプログラミングと称しNatureに載り補助金を得て、特許が取られたと思うのです。大きな車が動き出したらちょっとの瑕疵では止まりません。

これもTCRが無いからだめだと言っているのでしょう。

TCRが無いからSTAPねつ造との意見は、ずいぶんと広くはびこりましたよ。

後追いの学とみ子は、NHKの解説をひどいと感じましたしね。
その後、情報提供で、関氏の動画を見た時も、ひどい!と思いました。その驚きをこのブログにも書きました。

須田さんだって、最後までTCRにこだわっていました。
今もそのままじゃないですか?

学とみ子は、文庫本をまだ読んでいませんが。どなたか、読まれた方は、須田さんがTCRにコメントしている部分がありましたでしょうか?削除
2018/10/11(木) 午後 10:09学とみ子返信する
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学さん

>学さん
私は、ため息ブログに「アクセス禁止」になったようです。
学さんにはご大変ご迷惑をかけて申し訳ございませんでした。
お世話になりました

これって本当にセイヤさんのコメントなのか正直、疑問です。
以前にも、偽m投稿も何度かありましたし、どうなんでしょうかね。削除
2018/10/11(木) 午後 11:25[ m ]返信する
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体内時計さんの引用です。

>調査報告書P.28
「TCR 遺伝子再構成に関しては、最初小保方氏が再構成を確認したとされたが、その後 の CDB 若山研メンバー、および小保方氏自身の追試で失敗した。その事実にもかかわら ず、実験結果を自分たちのアイデアに沿うようなものを採用した」

この部分の桂報告書も、論文の不正を調査するとのミッションからはずれて、小保方氏の資質を批判していると感じます。若山研究室メンバーが皆で議論した内容まで、報告書に書き込む必要はないと思います。できあがった論文だけの調査のはずです。

桂報告書はTCR問題も小保方氏不正につなげていると感じます。論文に”尻尾細胞”を書き込んでしまったのは著者らのミスですが、結果がないので不正ではありません。論文に書かれたSTAP細胞のTCRに関しては、全く問題ないです。切り取られた部分は単なるコントロールです。削除
2018/10/12(金) 午前 5:51学とみ子返信する
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> Ooboeさん

学とみ子は、実験の実態を解説することはできないです。実験室の現場にいた研究者ではないので。
つまり、この実験についての評価までコメントできません。

うっかり書くと、ピラニア軍団の餌食です。

大事なことは、実験の実際を理解することでなく、その結果から導けることを理解すればよいのではないでしょうか?
ES細胞では反応し、STAP細胞では反応しないといった具合に、反応の違いを利用して、両者が違うものであることを証明した実験です。ES細胞が死滅する条件でも、STAP幹細胞なら死滅しないとかの実験です。
実験の内容は、グーグル訳でも行けると思います。

plus氏のアドバイスですが、訳がだめなら、文章を切ると良いとのことです。

結果だけを理解していくだけで十分と思います。削除
2018/10/12(金) 午前 6:05学とみ子返信する
桂報告書には、TCRの部分は直接的な評価がかかれていますが、インヒビター実験の場合では、そうした記述はありません。

レター論文の実験の実態に触れない事が、桂委員会のミッションでした。

以前、当ブログに、レター実験で行われたESとの比較実験の様相と簡単な解説を、図表番号順に載せています。

これらの図表と記述は、STAP論文は著者らを守る貴重な証拠に満ちていると、以前から学とみ子が言ってきた論拠です。

体内時計さんのご推薦の方の説明を、学とみ子も聞きたいです。
よろしくお願いいたします。削除
2018/10/12(金) 午後 0:57学とみ子返信する
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学さん

STAP幹細胞のTCR再構成について、調査報告と「あの日」「捏造の科学者(古い版)」の記載を比較したブログ記事があります。
かなり納得感はあるように思いますが、どうでしょうか。
ご参考までに

「TCR再構成がないことにショックを受けた?」
ttp://mitsuo.blog.jp/archives/1064113881.html削除
2018/10/12(金) 午後 2:05[ xyz ]返信する





ため息氏は以下の様に言っています。青字
以前から同じ質問をしているのですけどね。理解が進んだのは学様の方で、ようやく質問内容をご理解できたようです。しかし、理解したが故に、答えられないようです。

TCRに関する当ブログでの議論は2回あります。
最初の1回目は、plus 氏、やっぱり氏が参加して、そこにため息氏も入り、三つどもえで学とみ子を攻撃しました。
この時から、ため息氏はTCRを理解していませんでしたが、今回の2回目のTCR論争においても同様です。
しかし、前回と違うところは、前回は、(ため息氏)は、「専門家ではないから知らなくても良いのだ。」風でしたが、今回は、「私(ため息氏)はわかっているが、学とみ子は間違っている」という論調に変わりました。

その理由は、相変わらず、学とみ子を貶めようとするため池一家に対して、学とみ子側が、はっきりと「ため息氏は間違っている」と言うようになり攻撃性を増したからだと思います。

直近のため息コメントは、以下の青字部分です。

>そういう実験を企画、実行したのですから、実験者はそう思ったと推測するのが当然ですね。そのような企画が誤りかどうかとは別のことですよ。

ため息氏も学とみ子も、単に後でいろいろ議論しているだけの非専門家の人です。
当時、実際に実験をした科学者(若山研究員?)が当時、何を考え、何を目的としていたかを、その場にいない素人が推測したらいけないでしょうよ!というがここでの私の意見です。
ホストのT細胞を含まない体細胞を得ることができると考えたから、(若山研究員?が)実験をやったのでしょうか?
ハンナさんの実験の様に、STAP実験者は、体細胞のTCRをPCRゲル化実験で検出できると思っていたのかもしれませんよ。実験者は、尻尾細胞のTCRが1パターンと考えていたかもしれませんし・・・。
ため息さん、私がこう言ったことに対し、意味をイメージできますか?

こうした実験手法は実験者の裁量部分なのですから、第三者にはわからないと思いますよ。
ここまで何で、学とみ子がいちいち解説しないといけないのですか?
(答える私もバカだけど・・・)

>これも何回も言ったのですが、通常のT細胞はそうでしょうけど、初期化されたT細胞なんですよ。初期化されたんだからどうなるかわからないでしょ。初期化されたんだから増殖能力は抗原がなくてもあると思いませんか?

思いません。
Lさんが、キメラのT細胞は、ホストがほとんどを作ったと解説しています。
なぜ、そうした想定が出てくるのか、考えてください。
成育するための条件が揃ったからこそ、キメラは生まれてくることができたのではないですか?

酸浴初期化の実態は解明されていません。ただ、事実があるのみです。
iPS細胞は、圧倒的な増殖能を獲得できます。
iPS細胞と、何が違うかなどは解明されていません。
一般人は、iPS細胞並みの多能性がSTAP細胞に無ければ意味がないと言います。
素人的な考えですが、ため息氏は素人ではないでしょう?

iPS細胞は何年も研究されますが、その初期化メカニズムはまだ探索中です。
こうしたことを過去にも言っているけど、ため息氏の頭に残っていない・・・。

少なくとも、遺伝子挿入された細胞は強力なんですよ。ハンナさんの実験でもそうでしょう?
酸浴するとT細胞の命運はどうなるか?
マウスの脾臓に浸潤していたT細胞は、脾臓に特異抗原があったかもしれません。
そこで活躍できたはずのT細胞は、胚盤胞内へ突然動かされてしまい、新たな環境の変化に耐えられません。
初期化されていても、その実態は不明です。
なんでいちいち説明させるのですか?
(答える私もバカだけど・・・)

今回記事先頭部分、ため息氏の責任押し付け戦法の話題に戻ります。

当初、ため息氏の論調は、「そんな専門的なこと知らない~と!」でしたが、ここへ来て、戦法を変えました。
ため息氏の戦略は、「私は間違ったことを言う学とみ子を正そうとしたが、彼女はそこを理解できず、質問にもまともに答えられなかった」
です。

上記の青字部分は、まさにそうしたため息氏のすり抜け作戦(ため息が正しく、学とみ子が間違ってるよ~ん)が透けて見えます。

立場のある科学者でも、こうしたすり抜け、押し付けをする人がいるんですね。
専門的議論は、一般の人にとって、どっちが正しいかはわかりません。
ため息氏は、何が何でも自分の方が正しいとする目くらまし戦法でしょう。

実は、STAP事件も同じような様相と考えると、理解が進みます。
STAPの科学議論が分からない人たちの誤解によってSTAP細胞は攻撃され、「お前の方が悪い!」で、小保方氏はつぶされてしまいました。
何しろ一般人はねつ造犯小保方が悪いと誤解しているのですから・・・。

社会的地位のある人は守るものが大きく、他人のせいにして言い逃れるというのは、案外、一般人以上かもしれません。
社会的身分が高ければ、そこに属する人たちが、ボスを守ろうとしますから。
ため息氏も、ため池一家を養っていて、加勢する人が多いでしょう。

彼はこれからも、「学とみ子がまちがった」というなら、学とみ子も言われたままではいませんよ。
ローカルな意地の張り合いはみっともないかもしれませんが・・・。
しかし、その論争を通じて、人々のSTAP事件の理解が進むなら、その方向での啓発法もありかな?・・・と思います。

STAP細胞事件は、当ブログのようなローカルな意地の張り合いではなく、日本の信用にかかわる問題と言われました。
渦中の小保方氏は消耗し、犠牲者も出しました。

当時、STAP細胞の成果に関して、科学者たちは厳しい見方をしました。
科学者たちは、皆、激しくライバル同士なのですからね。
Lさんのご意見も厳しいですよね。
ただ、Lさんの「CD45だけで、TCRを全部除けば良い」というのは賛成できます。

吉村氏の、バンドが1-2個というのも、モノクローナルなSTAP細胞を入れた時に出てくる現象を言っています。
つまり、ポリクローナル細胞を入れたSTAP実験とは乖離しているのです。
しかし、一般人には到底、わかりません。

科学者層で、STAP理解に好意的な人は少なかったです。
しかし、科学者たちの層ですら、吉村氏の限定的条件を考慮できず、STAPねつ造につなげるようになったのです。

日本科学未来館の詫摩氏もそうですし、科学館のホームページに登場するともさんという生化学者も誤解しています。

Gentronさんご紹介の本庶氏も、当時、誤解をまねく発言をしました。
基礎学者として厳しい注文の物言いが、一般人の誤解をさそいました。

ため息氏は、ご自身が何がわかって、何がわかっていないのかの自覚があるのでしょうか?
学とみ子がまちがっているなどと、なんで言えてしまうのですか?
両者のやりとりをしっかりフォロウしている人がいるとの自覚を、ため息氏は持ってください。
さすれば、上記のような発言は遠慮するでしょう。

ため息氏は「私は学とみ子を論破した」は、仲間内で通じると考えているのではありませんか?あるいは、学生向け、秘書さん向けパフォーマンスですか?
ため息パフォーマンスのせいで、学とみ子はでたらめ言ってる人にされちゃうんですよ。

今回も、ため息氏は以下の様に言っています。青字
>「D2J2バンドは、不鮮明になる」でもいいのでは?
 体細胞にはそもそもTCR再構成がないのだからバンドがないはすですよね?どんな形でもキメラの体細胞にTCR再構成があれば、不鮮明であれ、鮮明であれ、「”キメラ体細胞にTCRがある”で、”キメラはT細胞からできた”が十分」証明できるのでは?

なんて言っています。
特許の図は、バンドが出ているのか?出ていないのか?がわからない図でした。
特にPCRで増幅すると少ないものまで増幅されるので、最初にしっかりDNA量がないとバンドが不鮮明で何も言えなくなります。
こうした連想が、ため息氏にはありません。
ゲル図では、同一状態のDNAがある程度にまとまらないとバンドが見えません、

 「ゲル図でTCRバンドが"きれい"に見れる状態」は必要なく「ゲル図で複数のTCRバンドがあればいい」というのが当方の考えです。
注入したT細胞が複数でも1ケでもともかくTCR再構成が(免疫細胞を除く、あるいは母体から混入した細胞でもない)体細胞にあればいいという考えのどこがおかしいのか教えてください。

不鮮明な何本あるのかわからないようなゲル図では困るのです。
混入したT細胞があっても、ゲル図ではわかりません。

学とみ子は、「理論的には、AとBは違う。しかし、実際の実験で、AとBの違いを確かめることができない」との話をしています。
その時に、ため息氏は、「AとBは違いますか?違いませんか?違う場合は、その違いはわかるはずです」みたいな議論の展開をしてくるのです。

Lさんも微妙な言い方をしています。茶字

>特許の2NキメラでのTCR再構成バンド、確かに怪しいです。が、論文中には配列も読んだと書いてあるんですよね。この怪しいバンドの中に、一本でも再構成されたTCRとして矛盾しない配列が得られていれば、 意味があるデータである可能性も残る(宿主由来が否定できる条件である事を前提としますが)と思います。

Lさん曰く
(宿主由来が否定できる条件である事を前提としますが)と思います。
ここを完全に満たすのは難しいでしょう?

そして、特許図のように不鮮明なバンドがいくつもでてしまったら、そのうちの本物はどれ?
どうやってそこを決めるのか?になります。

結局はハンナさんのような実験系になってしまうのではないですか?
もちろん、増殖しないSTAPでは、この条件での実験は無理だとおもいます。

STAP実験を批判した科学者たちは、できないことをできるかのような言い方で批判し、そこを詰めていないSTAP論文は、認められないになったのです。
ため息氏のLさんへのコメント(茶字)です。
http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13222&cpage=1#comment-18404
キメラからホストのT細胞を含まない体細胞を得るというのは、結構面倒なことがわかりましたが、そもそも、これができるという前提でTCR再構成を利用したんでしょうね(1)。
「注入した細胞の再構成パターンをあらかじめ知る必要はない」は素人の私でも考えつくことですが(2)、学さんに何回言ってもわかってもらえないのであきらめました。

(1) (2)の記載部分において、ため息氏のコメントがおかしいです。
ため息氏にとって、あたりさわりのなさそうなことを選んだつもりでも、そうなっていないのです。
結局、彼のジグソーパズルがつながっていないことを自ら示しています。
多分、ご自身では(打倒学とみ子で)自信をもって書かれた文章でしょうが、見当はずれです。

ホスト細胞のT細胞を含まない体細胞を得ることができるとSTAP実験者が思ったと、ため息氏は、言いたいのでしょうか?ため息氏には、実験者の気持ちがわかるのですか?

(1)に関しては、Lさんは実験ミスを指摘しています。
>問題は、笹井先生と丹羽先生が入ってくる前のサイエンスの段階では、そこに気づいてなかったという事でしょう。(Lさん)

Lさんは、ホストマウスのT細胞が混じらない実験法を模索して説明してくれました。
(可能性ですが)キメラのT細胞の多くはホスト細胞がつくるはずと予想されるため、キメラTCRをPCRで増幅してしまうと、無数パターンのTCR出てきてしまいます。

Lさんの提案は、キメラ内にT細胞がつくれないタイプの免疫不全マウスをホストとして使う、あるいは、ホストがT細胞をつくらないうちに、TCRを解析する方法を提案していました。

その条件で、キメラからTCRが検出できた時、T細胞からキメラができたと言えると、Lさんは説明しています。

Lさんの説明から離れます。
STAP―T細胞が、キメラ構成に寄与した場合を考えます。
STAP‐T細胞がキメラの体細胞を形成したことを証明できれば実験は成功だったことは、皆、知っています。”キメラ体細胞にTCRがある”で、”キメラはT細胞からできた”が十分です。

その場合でも、特許の図にあるようなD2J2バンドは、不鮮明になるように思います。
なぜなら、注入したSTAP‐T細胞が、さまざまなTCRパターンを持っているからです(つまり、モノクローナルではない)。

STAP細胞塊に含まれた個々のT細胞が持っていたさまざまなTCRを反映して、D2J2は何本もバンドがでるでしょう。つまり、不鮮明です。

一方、D2J2がクリアなバンドパターンで出るためには、1個(ないし少数)のSTAP‐T細胞が大きく増殖してキメラの体細胞(例えば尻尾の主要部分)にならないといけないはずです。
その場合、D2J2部分をPCRで増幅すると、キメラの体細胞は、1個(ないし少数)に固定されたSTAP‐TCRが増幅されるので、(その細胞数が圧倒的に多い結果で)、D2J2バンドもクリアになるのではないでしょうか?
血液由来のTCRは少なくなるので・・。

すなわち、ハンナさんの実験のように、モノクローナルなB細胞でキメラを作る実験条件に近くなります。
モノクローナルなSTAP‐T細胞でなくともよいが、それに極めて近い状態で同一TCR大多数で存在しないと、PCR増幅D2J2バンドもクリアにならないと思います。
西村先生は、そうした特殊な条件で、D2J2バンドが1-2種類と言ったと思います。

ため息氏は、素人でもわかると言っていますが、それは違います。
研究者たちは、TCRを理解できなくて(若山研究室員ですら)間違ったのです。
ため息氏は、いまだにTCRを理解していないのです。

ため息ブログにおけるLさんのコメントで大事なところ(青字)を書いてみました。Lさん、勝手にこんなことをしてすみません。
詳しくは、ため息ブログ
での議論を見てください。

絶望的に酷い

T細胞発生が抑えられているマウスを宿主に使えばTCRは使えますし、胎生早期でキメラ解析しても使えると思いますよ。
・・・・
あるいは、TCRのデータは全部外して、CD45ソートだけで体細胞からの初期化の議論を展開しても良かったと思います。

・・・・
キメラ体内のT細胞はほぼ100%宿主由来で占められ、正常な免疫機能が保たれると予想されます。
・・・
注入した細胞の再構成パターンをあらかじめ知る必要はない(というか、細胞株化されていなければ技術的に不可能)ですが、

この部分のLさんの説明についてですが、細胞株化されていないと、1個のTCRのT細胞を増やせないという意味です。

しかし、PCR増幅してD2J2バンドをきれいなパターンでみるためには、1個のTCRをもつT細胞が増殖してキメラ内で陣地取りに勝利しないといけないと思います。
こうしたことは、現実的には起こらないと思います。
つまり、ため息氏のせりふ「注入した細胞の再構成パターンをあらかじめ知る必要はない」
の状態では、ゲル図でTCRバンドがきれいに見れる状態にはならないと思います。
ため息氏は、ゲル図のバンドの出方まで考えていないでしょう。

ゲル図で、本当に体細胞由来TCRをクリアに見たい時には、TCRの数が少なく限定されていることが必要と思います。
それはモノクローナルということになるのです。
なぜ、単一なのかですが、少ない種類のTCRなら、バンドはクリアかもしれませんが、キメラのTCRの種類は人工的に調整できないのです。
一方、1個のTCRなら人工的に調整できます。

CD45細胞には、T細胞よりもっと増殖能力に長けた細胞がいます。
T細胞の宿命として、特異的抗原刺激が増殖に必要だと言っても、ため息氏には通じません。

なぜ、キメラのT細胞が、ホスト細胞で占められるのか?を考えてください。

ハンナさんの実験でも、最終段階のBCRをもつB細胞に遺伝子を挿入してもなお、初期化にはとても苦労しているんですよ。


追記です。
以下のLさんのコメントについて、学とみ子が知りたいと思ったことがあります
(すでに、2018/10/7(日) 午前 9:22、コメント欄に書いたことの繰り返しです)

Lさん、もし、お時間許せばですがよろしければ、ご教授くださるとうれしいです。

>その陽性バンドを切り取ってサブクローニングし、配列を読めば、再構成バンドがSTAP由来TCRか非特異増幅か確定します。(Lさん)

陽性バンドに、母胎側胎盤の血液(子宮を提供しているマウス)由来のT細胞の影響はいかがでしょうか?

理論的には、胎児と母親の血液は混じりませんが、微量では混じります。たとえば、男児を出産したことのある女性は、後にY染色体の断片が体内に残り、後の免疫系の病気のリスクの可能性が指摘されています。今回のキメラの体内の母由来T細胞は、その逆の問題です。

胎児を取り出す時の母胎血汚染もしっかり除去しないとなりません。
この実験をがんばってもバンド陰性の可能性が高くありませんか?陽性でも汚染の指摘がでそうです。

実際にやられていない実験に関する内容で申し訳ないです。
Lさんが、もう線路は続けないということであれば、それでかまいません。
よろしくお願いいたします。    




コメント(27)
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アノ姐さん、

>以前、アノさんは[わたし(アノ姐)が(検査?. 実験?)をやると、精度高くやれる]などと自慢していましたが、

このような話題をおっしゃっていませんでしたか?

それと社会的問題のある方々をケアしていたとかも、おっしゃっていませんでしたか?社会的問題を抱える人たちの思考過程が理解できるとか、おっしゃっていませんでしたっけ?

その部分の記録を当方は、すぐ探せないので、もしアノ姐さんが言ったことがないというなら、まずは謝りたいと思います。

そうした情報をネットに載せたことがないのですね?

一般論で恐縮ですが、権威ある医療系組織とは、保健所、厚労省関連を意味します。

そうした関連のことをおっしゃていないと言うことなら、大変失礼しました。ごめんなさい。

そもそも、ネットで相手の職種をうんぬんするのも、大変なエチケット違反ですものね。

議論をする時には、相手の職種がわかっていた方が便利ではありますが、やはり、エチケット違反であることに変わりありません。削除
2018/10/8(月) 午前 1:43学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

「D2J2バンドは、不鮮明になる」でもいいのでは?
体細胞にはそもそもTCR再構成がないのだからバンドがないはすですよね?どんな形でもキメラの体細胞にTCR再構成があれば、不鮮明であれ、鮮明であれ、「”キメラ体細胞にTCRがある”で、”キメラはT細胞からできた”が十分」証明できるのでは?

「ゲル図でTCRバンドが"きれい"に見れる状態」は必要なく「ゲル図で複数のTCRバンドがあればいい」というのが当方の考えです。注入したT細胞が複数でも1ケでもともかくTCR再構成が(免疫細胞を除く、あるいは母体から混入した細胞でもない)体細胞にあればいいという考えのどこがおかしいのか教えてください。

現実にはそのような実験はできないのなら其の理由もね。削除
2018/10/8(月) 午前 8:32[ ため息 ]返信する
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つづき

Lさんのコメント(ttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13222&cpage=1#comment-18350)には、ホストの動物についてT細胞がない、まだできないのを使えば?ということで、注入するT細胞のTCR再構成パターンがわかっているかどうかは問題にしていませんよ。削除
2018/10/8(月) 午前 8:45[ ため息 ]返信する
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ため息さん、

以前より、理解が進んだような質問内容になってきました。
以前は答えられないような質問内容でしたからね。
相手を侮辱して、教えてもらえるなんてこんなうまい話は他には無いですよ。

今後、ため池一家の議論を見れば、誰が理解していて、誰が理解できていないかわかります。

ため池一家は、当ブログを攻撃するために全神経を集中しています。

ですから、学とみ子は、承認する必要もないし、答える義務もありませんね。
私は、ため池一家の教育係ではありませんので・・・。

教育係をお望みなら、糞ばあさん、認知症コメントをやめなさい。
そちらのコメントはゼロになりますね。

そちらでは、oTakeさんが、ため池の維持にがんばってくれるようです。

どうぞ、そちらで議論をつくしてください。
又、Lさんもアドバイスをくれるかもしれませんよ。

再び、学とみ子を無能呼ばわで何かを書いて、自らの無知を天下にさらさないことを祈ります。

人の上に立つあなたは、自らの無知はいさぎよく認めてくださいね。削除
2018/10/8(月) 午前 10:09学とみ子返信する
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> 学とみ子さん以外の方々へ

当方からの質問は承認されなかったので、質問はttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13272#more-13272 に掲載してあります。

以前から全く同じ質問だったんですけど、質問の意味がようやく理解できたようですね。その結果答えられないなんですね。了解しました。

これまでも、これからも学さんに教えを乞うことはないと思います。削除
2018/10/8(月) 午前 11:06[ ため息 ]返信する
> ため息さん

>以前から全く同じ質問だったんですけど、

あなたのは質問でなく、あくまで第三者向けのパフォーマンスだ。

やり取りの内容がわからない人からすると、どちらが正論かがわからない。ため息氏は、そうした方に向けて、自らが正しいとパフォーマンスすればよいでしょう。

あなたの社会的地位から、廻りの人は非難しないでしょうし、今まで通り楽しく過ごせますよ。

あくまで、ご自身の優位性を顕示して過ごされたらいいでしょう。

今回でため息氏がやっとTCRを理解できたとしても、最初からわかっていたふりをして、今後も過ごされてください。

学とみ子からすると、このレベルの医学部教官がいることを知って、社会勉強になりました。
ホント、ありがとう。削除
2018/10/8(月) 午後 0:02学とみ子返信する
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>学さん

しつこいようですが、そして絶縁状のようなコメントをいただいているわけですが、学さんの誤解を2点指摘しておきます。
承認されなくても当方のブログに記載します。

まず第一点。
「ホスト細胞のT細胞を含まない体細胞を得ることができるとSTAP実験者が思ったと、ため息氏は、言いたいのでしょうか?ため息氏には、実験者の気持ちがわかるのですか?」

そういう実験を企画、実行したのですから、実験者はそう思ったと推測するのが当然ですね。そのような企画が誤りかどうかとは別のことですよ。

「研究者たちは、TCRを理解できなくて(若山研究室員ですら)間違ったのです。」

研究者たちとは提案した西川氏、実行した筆頭著者、若山氏、議論して論文に一部でも書いた笹井氏、丹羽氏が含まれ、彼らはナンセンスだったと思っているんですね。
「西村先生は」 だれ?西川氏のこと?削除
2018/10/8(月) 午後 4:31[ ため息 ]返信する
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> 学とみ子さん

第二点。
「T細胞の宿命として、特異的抗原刺激が増殖に必要だと言っても、ため息氏には通じません。」

これも何回も言ったのですが、通常のT細胞はそうでしょうけど、初期化されたT細胞なんですよ。初期化されたんだからどうなるかわからないでしょ。初期化されたんだから増殖能力は抗原がなくてもあると思いませんか?酸浴ではわかりませんが、iPSでは初期化されたT細胞は増殖するわけですね。その例をかつて示しましたしハンナさんはB細胞ですけどBCR再構成のある初期化されたB細胞がキメラになることを立証したわけでしょ。削除
2018/10/8(月) 午後 4:31[ ため息 ]返信する
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> ため息さん

>「西村先生は」 だれ?西川氏のこと?

分かりきっているのに、わざわざ「西川氏のこと?」と、違うこと言って学さんを腐した気になっている。

>(学さん)一部の方は、リプログラミングの必須の証拠として、TCRをあげています。つまり、キメラにTCR再構成がないから、STAPが偽物と言う人がいるのです。
>>(ため息さん)どこにこのような発言をした一部の方がいたのですか?具体的に提示してください。学さんの妄想でしょ。

これも分かりきったことを、文章の書き方を取り上げて揚げ足を取ろうとしてるのが透けて見える。
学さんは、このTCR再構成が見られないことについて、あれだけ批判されたのにもかかわらず、著名な論文の著者たちはなぜ平気だったのかという疑問について、真摯に解説されており、いい仕事をされたんですよ。
ため息さんも、持ち前のコネを生かして、最も重要であるにもかかわらず関心が薄い「ホルマリンズ漬けの4Nキメラ」の所在を突き止めたらどうですか?いい仕事ができますよ。削除
2018/10/9(火) 午後 0:21[ セイヤ ]返信する
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> セイヤさん

セイヤさんのほうが揚げ足取りそのものですね。学さんはこれまでの議論の中で、専門用語を正しく使っていない、定義のわからない新語を作るという前歴があるので、新しい人物とか、誤った論理を提唱している方がどなたかを確認しているのに、どこが揚げ足取りになるのでしょうかね?わかりきっているのなら、セイヤさんが学さんに訂正をうながしなさいよ。学さんの味方なんでしょ。
で、プレレスリリースがあったんでしょうか?自分で足を使って調べてないでしょ。体内時計さんは自分で行動していますよ。
ちょうどいいチャンスですから4Nキメラの所在はご自分の足で探したらどうでしょ?削除
2018/10/9(火) 午後 6:24[ ため息 ]返信する
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> セイヤさん
ため息氏は、こんなことを言う人なんですね。

>セイヤさんのほうが揚げ足取りそのものですね。学さんはこれまでの議論の中で、専門用語を正しく使っていない、定義のわからない新語・・

彼は全体を見渡して、相手が何を言わんとしてるかを好意的に解釈して、お互いを理解するとの立場に立てません。相手の言い分をとりあえず聞いて評価するとかの会話のエチケットもありません。
だから、これだけ、用語の使い方をなじってくるのだと思います。
ため息氏は、細かいことにこだわり、相手のレベルの方が低いと周りに印象づけたいのです。
ご自身が理解できないことは、相手の無知無能のせいにします。
学とみ子との会話を聞いている第三者に、ため息氏の優位が示せれば、それでよいのでしょう。

専門家同士の議論の時は、お互いが違う用語で同じものを指していても、理解し合えますし、断りなく省略してもお互いに意味が通じ合います。
しかし、この原則がため息氏には通じません。削除
2018/10/9(火) 午後 7:29学とみ子返信する
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議論して、お互いの理解を前に進めようする方ではないです。
やはり、学とみ子の欠陥をみつけることが、会話の目的だからでしょう。
そして、ご自身が知らない事に対して、とてもいら立つ方のようです。

ご自身の正当性、優位性を周りの方にわからせたと、ご自身で満足できるまで、相手への攻撃を続けます。
まさに、今、ため息氏がやっていることです。
とても、大事に育てられた方なのかと思いますけど・・・。
この先は、ますます、そうした傾向になるのですかね。


ため池家族は、ため池主人と同じように、学とみ子の用語使用の問題点を追及してきます。
その同一性に笑ってしまいますね。
それしか知らないということなんですけどね。

ため息氏と議論して、学とみ子は何かを学ぼうとしたのですが、今のところ、その成果がありません。

もうやめようと思います。削除
2018/10/9(火) 午後 7:33学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

学さんと当方は専門が同じではないようです。ブログでのコメントは学会での議論ではありません。お互いの誤解を招かぬような言葉使いは必須です。専門家のみが分かる専門用語は、相手の専門を考慮して使うべきです。必要なら解説も加えたほうが誤解を招きません。いわんや、定義されていない言葉を新たに作る、すでに定義されている言葉があるのに異なった言葉で表現するなどは、相手に理解を求めるのなら極力避けるべきです。好意的に解釈するはいいのですが誤解を伴ってはなんにもなりません。ですので、学さんの言葉に疑問があるから聞くわけですね。誤解を避けたいからですね。「西村さんとは誰?」というわけです。

「この原則がため息氏には通じません。」は当然です。当方と学さんの専門が異なるからです。

ですから、PCRゲル化実験、遺伝子異常感知能力なんて言葉は使わないで頂戴とお願いしているわけですね。学さんと同じ免疫の専門家でもわからないでしょ。

理解していただきたいと思うのなら、タイトルと記事内容を一致させることから始めることをお薦めします。削除
2018/10/9(火) 午後 8:04[ ため息 ]返信する
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> ため息さん

>どこが揚げ足取りになるのでしょうかね?わかりきっているのなら、セイヤさんが学さんに訂正をうながしなさいよ。

分かりきっているというのは、「どこにこのような発言をした一部の方がいたのですか?」という言葉に掛かってるんですよ。
TCR再構成がないから駄目だという人は、吉村さん、kaho日記などいっぱいいたじゃないですか。NHKなどは、同一の細胞である事を直接証明していないとして、小保方さんのキメラマウス作成細胞のすりかえを強く示唆して、小保方さんに大きなダメージを与えましたよ。

揚げ足取りというのは「学さんの文章」に掛かっているんですよ。
「リプログラミングの必須の証拠=STAPが偽物」と言うあたりにイチャモンをつけるだろうという予測です。
学さんの主張は、「捏造の科学者」の笹井さん、丹羽さんのとのメールやり取りを読めば、少しは理解できるんじゃないですか。

>で、プレレスリリースがあったんでしょうか?

この件はアノ姐さんの「ポカ」なんですよ。それを「三木弁護士のキャッフレーズ説」など持ち上げたりしないであげてください。本人、苦しみますか削除
2018/10/9(火) 午後 10:04[ セイヤ ]返信する
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>セイヤさん

「TCR再構成がないから駄目だという人は、吉村さん、kaho日記などいっぱいいたじゃないですか。」
TCR再構成がないから初期化はなかったと吉村氏他がおっしゃったのですか?
TCR再構成がないから初期化の証明に失敗したけれども、初期化を否定できたわけではないでしょ。初期化に成功したがTCR再構成がみられないことはありうることですがらね。
そもそもは「ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15683730.html
2018/9/28(金) 午前 10:57学とみ子:一部の方は、....つまり、キメラにTCR再構成がないから、STAPが偽物と言う人がいるのです。」に始まったのですよ。
だから誰がそんなことを言った?と返したんですよ。
セイヤさんは吉村氏他が言ったというのだから、その根拠となる記事等を示してちょうだい。削除
2018/10/10(水) 午前 9:37[ ため息 ]返信する
科学未来館に今でも載ってますね。

吉村氏は、限定的条件の元でバンドが1から2と言いました。現実のSTAP細胞で多くのバンドが出ていてポリクローナル状態です。これのうちどれか一個あるいはごく少数のT細胞が大きく増殖してキメラ構成しないとバンドははっきり出ません。普通は、そうした条件まで想定できません。

学者たちの一部は、分化T細胞には共通的な再構成パターンがあって、D2J2で見ればバンドが1-2個(痕跡が残っている)で出るから、体細胞で確認できれば、T細胞由来だとわかると誤解したと、想像されますね。

キメラ体細胞で、この痕跡が確認できないからSTAPは偽物との誤解が広がりました。。削除
2018/10/10(水) 午後 1:49学とみ子返信する
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馬鹿みたいに、TCR遺伝子再構成のことを語ってる婆さん医師がいると聞いていたが、物凄く酷くて、言葉が出ないね。
既にキメラマウスはES細胞由来によるものと分かっているから、キメラマウスのTCR遺伝子再構成のデータは意味が無いね。削除
2018/10/10(水) 午後 2:12[ ハイポリマー ]返信する
はなさん、
以前に、武田教授がこの辺りに触れていました。
論文の言語は、文学とは違い、手段に過ぎません。

論文マテメソなどは、オリジナリティは不用です。論文では、典型的見本に近い文章が読みやすいです。文章の技を競っていないし、簡潔で読みやすいく、読者に誤解をさせないのが良い英文です。
グーグル訳がしっかり機能する文章が望ましいでしょう。

そうした視点から、以下のはなさん文章を考えてください。

>小説、創作物その他諸々で剽窃を「それほど関係しない」と許容しますか?削除
2018/10/10(水) 午後 3:46学とみ子返信する
oTake氏がSTAP幹細胞はモノクローナルか?の問題点にコメントしています。学とみ子はわかっているのかよ?と書かれています。

笹井先生が[STAP幹細胞は、ヘテロな集団]といったとの事実は、STAP幹細胞は単一細胞から増殖させたとの論文記載とは結び付かないと思います。削除
2018/10/10(水) 午後 4:17学とみ子返信する
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> ため息さん

>TCR再構成がないから初期化はなかったと吉村氏他がおっしゃったのですか?

吉村さんは、TCRの証拠は無かったから、「T細胞は酸処理くらいでは増殖可能な万能細胞にはなれない」、「終末分化した細胞のリプログラミングの証拠は無い」、「もともとあった多能性細胞が選ばれた」と結論しています。
また、別の研究者を支持して「DNA配列情報からSTAP細胞もTCR再構成の痕跡が無いと言われている。もしそれが本当なら明らかに論文のPCRの図と矛盾する。」と選択説を強調しています。

このように、TCRの名を借りてのSTAP批判は事実だから、「TCR再構成がないから駄目だという人は、吉村さん、kaho日記などいっぱいいたじゃないですか」とか「キメラにTCR再構成がないから、STAPが偽物と言う人がいるのです。」と言ったっていいじゃないですか。文章の断片でもってあら捜しをするのは未熟な読解力の問題だと言われますよ。

>セイヤさんは吉村氏他が言ったというのだから、その根拠となる記事等を示してちょうだい。

過去、新聞4紙の同じ記事を示しても信用しないんだから、ヤダ削除
2018/10/10(水) 午後 6:02[ セイヤ ]返信する
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> ため息さん

>そのソースが問題だったのを理解しているのにもかかわらず、……プレスリリースはなかったと認めた、……これ以上答えはでてこないでしょうから、ここまでですね。
おしまい。

何がおしまいなんですか?人の意見を聞かず、勝手に纏めておしまいとしながら、蒸し返しているのは「ため息さん」ですよ!
私はソースが問題だったとは全然思ってはいません。
この際だから最後に言っときますが、石川さんの件は「窃盗」ですよ。
「不起訴」にしたのは、「犯罪の嫌疑がないか証拠が不十分である」ではなく、「そもそもの被疑事実が罪とならない」と検察が判断したもので、窃盗対象は理研の中を単に移動したに過ぎないという類なんですよ。
警察OBの飛松さんと石川さんにゴリ押しされ、検察に上げたが、警察と違う判断をされたということです。

検察は、被疑者不詳案件ですから、世間に向けてコメントを出す必要があり、「こんなことに煩わされて」とつい「事件の発生自体が疑わしい」と言ったというのが常識でしょう。
新聞記事の主語は「検察」ですよ。STAPは信じなくとも新聞ぐらい信じなさいよ。削除
2018/10/11(木) 午後 8:46[ セイヤ ]返信する

                        削除                      

ため池一家には、住み込みのコメンテイターがいらしゃいますが、その中で、科学に明るいのは、oTake氏と軒下管理人のようです。
他のコメンテイターの方は、科学のプロ的な発言はなさっていません。

ブログ主のため息先生はどうかと言えば、ため息先生は、科学のプロですが、どうやら細胞や、免疫は弱いようで、STAPに関しては、ため池一家のコメンテイターの方々と似たような程度とお見受けします。
そんなため池一家のブレインであるoTake氏は、一家の教育係でしょう。

以前に、そんな立場のoTake氏の解説をこちらで紹介させて記事を書きました。
https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15686815.html

今回は、第二報として、oTake氏バージョン2となります。

”敵に塩(生命維持に必須)を送る”という言葉があります。
oTake氏は、ため池一家の塩でしょうから、その塩を盗むというか、その塩を利用させていただくというか、とにかく、oTake氏のコメントに続けて、当ブログの文章を作りたいと思います。

oTake氏は、学とみ子の文章はグダグダとしていると批判しています。
誰でも、相手にわかってもらおうと思うと、グダグダしちゃいます。

oTake氏の文章もグダグダ文と思います。
学とみ子より総論的な記述があるので、結果、文章がグダグダしています。

学とみ子は、総論的な知識はあまり書きません。
総論的な文章というのは、書いた人の理解が書かれているだけで、意味がないです。
少なくとも、学とみ子は、総論は無駄な解説と感じます。
ブログは学校とは違います。その人の考えを書いて欲しいです。
つまり、総論や用語の説明を書こうとなると、グダグダ文でしかなりえません。
しかし、貴重なるoTake氏の解説文をここで取り上げて、当ブログの”塩”としたいと思います。

まずは、注目すべきoTake氏のLさん宛ての文章(青字)の紹介を先にします。
>oTake  
 2018年10月3日 9:04 AM  

・・・“キメラのTCR遺伝子再構成のデータがない”ということは、その時点でT細胞由来の多能性細胞がキメラに寄与しているとは言えなくなり、“何らかの多能性細胞”が寄与しているという話になります。
 笹井先生、丹羽先生、若山先生の話を伺って分かるのですが、“T細胞由来の多能性細胞を示す”ということは絶対条件ではなく、“体細胞由来の多能性細胞”を示せれば良いと考えたのだと思います。
キメラが出来ているということは“何らかの多能性細胞”が関与していることは言えるわけですが、では、その“何らかの多能性細胞”が ES 細胞や TS 細胞ではない、ということを示せば(JAKiやMEKi等の他の実験)、といった消去法的な絞り込みを行うことで“体細胞由来の多能性細胞”であることを示そうとしたのであろうと考えます。

学とみ子: oTake氏も、STAP細胞が“何らかの多能性細胞”で作られたことをお認めいただいています。
つまり、oTake氏のご指摘の、ESとの比較実験(JAKiやMEKi等の他の実験)等を、誰がやったのか?はとても大事な部分でありながら、桂報告書では一切を非公開にされた部分です。
小保方氏によるエア実験、ねつ造実験との証拠・証言があれば、理研はその事実を出したはずです。
ちゃんと実験をやった人が別にいるのです。

>STAP細胞にしても、STAP 幹細胞にしても複数の細胞が含まれています。
学とみ子:  幹細胞は、モノクローナルではないのですか?

>『筆頭著者にばかりフォーカスしていると、本質を見失う気がします。』についてですが、これは“誰に責任があるか”、“誰を守らなければならない”ということが念頭にあるからです。

今回の騒動で私はかなり関係者に近いところで話をしてきました。データや話がおかしいと感じたら、それを聞いたりしてきています。そもそもおかしなデータがあった場合、誰が出したのか分からないと話も聞けない。お陰で私はFBがんばれの西岡さんに『告白しろ』だなんて言われてます。何のことか分からないので『何をだよ?』って話にしかならないんですけどね。

 (このコメントを書いている間に、そのFBがんばれでは『TCR再構成への異議は若山さんの実験のせいだ』なんて出てるという話が入ったんだけど…やれやれ…)
 支援者たちがあまりに変に突っかかるので、理研は『今更、何を隠すんだよ』と言ってましたよ(まぁ、私は必要上、出してない話はあるだろうと思ってますが)
 (全部話書こうかな…)
 今から仕事なので、一時中断します。
 (Lさんには関係無いことばかりですみません)

このoTake氏の証言は重要ですね。告白ありがとうございます。
参考になりました。ぜひ、将来、いろいろぶちまけて欲しいです。
期待しています。

>oTake  
 >2018年10月4日 1:30 PM
学とみ子氏が可哀想になってきた。認知症じゃなくて、ある事に気が付いて、必死に誤魔化そうとしているようにしか見えないんですよ。

別にごまかすことなんてありませんよ。ごまかす必要なんかありません。
とても素直に当ブログに、学とみ子の主張を書いているつもりです。
しかし、私が”でたらめを書いている”と、すごい勢いで攻撃されていますね。
そちらのため池一家の住み込みの方々に、「もう、かわいそうだからやめたら?」と、oTake氏から言ってくれませんか?

私の書いている”内容はでたらめではない!”と読者にわかってもらいたい学とみ子の姿は、確かに必死であると言えます。

最近、ため池一家に加えて、aruimi氏も打倒学とみ子に参加しましたし・・・。

結果、学とみ子が他人への批判的な攻撃を書くのも、私の主張の方が正しいということをわかってもらいたいからです。私の性格では、あまりやらないことですけど。背に腹は代えられません。

何しろ、学とみ子は認知症と書かれていますし、学とみ子の脳は糞でできていると言われていますので・・・・。

とにかく、自明の事実に関することを言っても、学とみ子は勘違いをしている、出鱈目を書いていると言われますからね。
aruimi氏の「学とみ子は酷い」という言い方も、ネガティブな印象を不特定多数に与えるので、ホント、困ります(涙)

>・・・キメラマウスに TCR 遺伝子再構成があったとしたら、普通、免疫不全になる?可能性が高いでよね、キメラマウスは健康ということだし、データがあったら出しているだろうし、何か怪しいね、と皆で言っていたわけですよ。当然、実験データが無いものだから、理論的・経験的なものから論理的に考えていたわけです。

学とみ子: キメラマウスに関しては、若山研究室の問題と思いますが、小保方氏はこのことに関しては、社会的影響が大きく公表しないと決心しているのだと思います。

>そして、その後、理研はこの問題の説明に Gel1 と Gel2 の合成という理研の説明がなされたんですが、その際、Gel2 に 2N キメラマウスの TCR 遺伝子再構成のデータが載っていたんですよ(特許の図 Fig.20 のものと同じ。)・・・
—–(私の以前書いたコメント)
 一応、私は TCR 遺伝子再構成があるデータについては『PCR で思わぬバンドが出ている場合を考えると“ノンスペ”・異物の“コンタミ”の類いが有力ですね(誤解の無いようにいうとこれは研究不正の可能性もあるが、エラーの可能性もある問題です。)』という見解です。
—–
学とみ子氏もバンドの数の不自然さに気が付いるんでしょうね。
 『普通に考えると、キメラマウスにおいては、ホスト細胞のTCR(BCR)パターンも混ざってしまう。このホスト細胞のTCR(BCR)パターンも多様だから、もう、何がなんだか、わからなくなってしまうだろうなあ~。』
と言っていることから分かります。違いますかね? 混じってはいけないものが混じってると…・・・
ロジカルに考えると、『キメラマウスの体細胞に TCR 遺伝子再構成が見られるならば、それは T細胞由来である。』となるわけですど、これは PCR で使われているサンプルが体細胞のみと言えるとき。しかし、色々混じっちゃってるとなると、それが言えない。

学とみ子: キメラ体細胞ですら、元T細胞由来だったのか(TCR再構成がある、かつ、TCRの多様性も不明)、あるいは、それ以外の細胞由来だったのか?も不明です。ここらがため息先生が理解できていないのではないですか?oTakeさんがため息先生と話合ってみてください。

>学とみ子氏は“ 2N キメラマウスの遺伝子のデータは方法が悪くて証拠にならないや…何か良い方法ないかなぁ。”という趣旨のことを言ってしまっている。これは学とみ子氏自身が“Gel2 に載っていた 2N キメラマウスの TCR 遺伝子再構成のデータ(特許の図 Fig.20 )は根拠にならないと自覚しているものと同じです。

>学とみ子氏ははじめ『T細胞由来の初期化細胞はキメラ化出来ない。』とあれだけ言っていたわけで、キメラ化出来ないなら、その個体サンプルが得られることは絶対に無いわけですから、今、得られたデータの“complexity”性を問題にする、キメラマウスの TCR 遺伝子再構成の調べる『方法』を模索しているのはあり得ない話で、非常に滑稽としか言いようがないですね。

学とみ子: 『T細胞由来の初期化細胞はキメラ化出来ない。』理由は、胚が自然能力的に保有している遺伝子異常感知能力です。ここにまず注目しました。

奇形児が生まれないために、自然の防衛反応です。
臨床医にとって、これは、常識です。
普通、問題が生じた胚は育ちません(流産)。
ダウン症など、ごく一部で胎児の生存が可能ですが、遺伝子異常は排除されます。
まず、臨床家ならそこを考えるのは当然です。
しかし、一般人や実験者ではどう考えるのかはわかりません。
核移植細胞だって、生まれてこれるか?の率は低いし、問題のある胚は生まれてきません。
運が良い条件がそろう時にしか、特殊な人工胚は生まれません。

この前、oTake氏は、T細胞からキメラは生まれるし、免疫不全など若干の問題があるけど研究室内で生存可能などと言っていたではないですか?
T細胞由来キメラが生まれて当然と言った話は、吉村氏も含めて広く流布したのです。
情報操作的に、キメラはT細胞由来が当然であるかのように言われたのです。

しかし、いろいろな方とTCRの議論を経て分かったことがありました。
科学マニアの一般人はもちろん、基礎の科学者が、生体において、T細胞TCRの再編成パターンが個々のT細胞でさまざまに違うという認識を持っていないことを知りました。
例えば、動物1個の血液からとってきたT細胞のTCRは同じものが無く、個々にばらばらのTCRを持つ事実を知らない人が多いのです。

学とみ子がいくら説明をしても、ES派の皆さんそこのところを理解しません。
そうした説明の延長で、T細胞からキメラが出来たらの話を持ち出してみました。

私が見たのは、キメラの尻尾細胞のTCRゲル図がとても不鮮明な特許の図でした。(今は載っていないのですよね?)
私は、このゲル図のことを言っています。どうやら、お互いに見ていたゲル図が違うようです。
aruimi氏のtwilogのキメラのゲル図Gel2は今回、初めてみました。こんな鮮明に複数のバンドがでている?・・・。これは、私が説明した図ではありません、これとは違います。これも不思議な図ですね。

学とみ子が記憶しているのは、TCR(と思われる)パターンが無数に出ているゲル図です。
(私が見た)実際のゲル図は、多数のTCR(と思われる)パターンが不鮮明に出てしまいました。
これは胚盤胞に入れた細胞がさまざまな種類だったので、その影響と考えました。TCRを多様化させた原因を、私はいろいろと考えました。

aruimi氏が、ホスト細胞の血液細胞のコンタミは無視できるとか、血液細胞はファックスで除けるとか、いろいろ言い出してきました。
つまり、aruimi氏は、STAPキメラの場合、注入したT細胞のTCRがすでに最初から多様ということを、考えていないように感じました。元TからできたSTAP細胞の時点でTCRが多様、かつ、T細胞以外からも、STAP細胞が臓器を作ります。キメラ体内でSTAPからの構成細胞も多様なTCRを生じないと、動物は生きられないでしょう。iPSの条件とは違うし、細胞一個のTCRはペアであることの考慮も必要でしょう?
キメラ尻尾細胞のTCRゲル図は、その元となった細胞が何であったか?は全くわからないという問題の方が重要でしょう。

T細胞以外のSTAP細胞が血液細胞に寄与すれば、さまざまな種類の血液細胞を作ります。
結果、多様なTCRパターンのT細胞を作ります。
キメラホスト細胞が血液細胞を構成したかもしれません。

(できないと言ったじゃないか!と怒られるでしょうが)
元T細胞由来のさまざまなTCRをもつ細胞が尻尾になったかもしれません。そのTCRが多数種類か?限定的な種類か?もわかりません。
それらすべてが尻尾細胞のTCRを複雑にしたということです。




コメント(29)
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>学とみこさん

すごく説得力のある記事で感心致しました。
丹羽先生も医学博士で、癌研究のレスキュー実験など色々されていたので
STAP現象の検証を担当された訳なのですから、やはり学とみこさんのこの記事は
「説得力がある」と誰でも思うでしょう。削除
2018/10/5(金) 午後 11:21[ WAINSHUTAIN ]返信する
>キメラからホストのT細胞を含まない体細胞を得るというのは、結構面倒なことがわかりましたが

とため息先生は、ご自身のブログでおっしゃっています。理解していただいたようです。
今まで、これに関して学とみ子は何度も言及し説明しました、

>「注入した細胞の再構成パターンを----、学さんに何回言ってもわかってもらえないのであきらめました。
冗談じゃ無いですよ。
ご自身が正しく、学とみ子が間違っているかにように言わないでください。削除
2018/10/6(土) 午後 1:14学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

余談ばかりで申し訳けありませんが、

>ダウン症など、ごく一部で胎児の生存が可能ですが、遺伝子異常は排除されます。
まず、臨床家ならそこを考えるのは当然です。

ダウン症の出生率は20%なのですね。エドワーズ症候群やバトウ症候群は女児の生存率が高いですが、これは、例えば女性の方が染色体の活性と不活性のことに長けているということなのでしょうか?削除
2018/10/6(土) 午後 1:49[ WAINSHUTAIN ]返信する
> WAINSHUTAINさん
とりあえずの知識ですが、男児胎児の方がより多く淘汰されますね。生下時も男児の数が多く、今でも乳幼児(特に一歳まで)の病気は男児が多く、死亡も多いです。男性はつまり淘汰されやすく、生物としての選択圧が高い。

男性を強くしている男性ホルモンは、又、男性を滅ぼすもの(発ガンや易感染など)です。

女性より知性が高いとため息をつく男性は、知性をひけらかそうとして、自ら、その知性で滅びるのです。

WAINSHUTAINさん、脱線してすみません。削除
2018/10/6(土) 午後 4:15学とみ子返信する
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> 学とみ子さん

ご回答有難うございます。

なるほど、「勇力の男児は勇力に斃れ、文明の才子は文明に酔う」のですね。削除
2018/10/6(土) 午後 4:54[ WAINSHUTAIN ]返信する
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>>STAP細胞にしても、STAP 幹細胞にしても複数の細胞が含まれています。
学とみ子: 幹細胞は、モノクローナルではないのですか?

樹立された当初のSTAP幹細胞はSTAPが雑多な集団なのですから、当然、そのキャラクターを引き継ぎ、雑多な集団です。
自己増殖能を獲得しているので、且つ又単一細胞に乖離してもその自己増殖能を発揮してくれるので、シャーレやウェルプレートに播いて培養します。
当然のようにモノクローナルな細胞集団(ポピュレーション)を得ることが出来ます。削除
2018/10/6(土) 午後 8:57[ aruimiouji ]返信する
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出鱈目を書いているとする人(学とみ子)に対して、ため息氏はなんで質問などしてくるのですか?
ため息氏はこんな風にも質問してきます。

>ホストのT細胞の混入について”学さん”がメンションした記事を教えてください。

ホスト細胞が混じることは、キメラとは、最初からそういう動物です。こうしたことを、ため息氏がしつこく追及するのは、学とみ子を知識不足と貶めたいからなのです。学とみ子を質問の相手とみなしているのでなく、ただただ、けなしたい相手なのです。
ため息氏は何度も同じことを聞いて、学とみ子が無能無知であると印象づけたいのです。削除
2018/10/6(土) 午後 10:21学とみ子返信する
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ため息氏の質問です。

>ご冗談でしょ、もし、キメラのT細胞ではない体細胞の遺伝子配列にTCR再構成があったら、原因は?何回も質問したのに答えてくれず、・・・

何度も説明しています。学とみ子が、どこに重点をおくのか?が違うだけです。上記記事で、再度、T細胞はキメラ体細胞形成に不利だと書いています。それでも、元T細胞からキメラができたと想定すると、元T細胞が尻尾細胞のTCRゲル図への影響を考えなければなりません。削除
2018/10/6(土) 午後 10:22学とみ子返信する
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山の住人さんは、学とみ子がため息氏の質問に答えないのは、学とみ子が答えられない無知の人!なんて言っていました。
山の住人さんにとっては、両者の言い分の内容が難しいと思いますが、専門的な議論なやりとりなので、わからないのは普通の事です。

しかし、ため息氏が学とみ子を否定するために言葉を駆使する様を見ると、普通の人でもそこに悪意があることが理解できると思います。ため息先生は、ジグゾーバズルの合わないパーツにいら立つのでしょう。さらに、ため息氏は、言いがかり的に学とみ子を侮辱します。相手の言葉尻をとらえて、ため息ご自身の優位性を示そうとしています。
例えば、TCR再構成と呼ばれる用語についても、ため息氏は、学とみ子が「TCR再合成と言うような無教養・無知識の人!」となじります。学とみ子に言わせれば、TCRはかつて、再編成、再合成と呼ばれた時期があるのです。こうした言葉尻にこだわるのも、ただただ、ご自身の方が優位なんだ!と去勢をはりたいのでしょう。削除
2018/10/6(土) 午後 10:30学とみ子返信する
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今以上で、学とみ子が言及しているのは、TCR(と思われる)パターンが無数に出ていた特許のゲル図です。

これとは違う図(aruimiのtwilog)が一時的に出ていたことは知りませんでした。これは、当時、どのような説明だったのでしょうか?削除
2018/10/6(土) 午後 10:35学とみ子返信する
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Lさん、ため息ブログでのご解説ありがとうございます。

「線路はつづくよ」などとおっしゃると、そのまま、学とみ子の無能論をLさんも認めた!になります。
ため池一家が、私のことを糞ばあさん、認知症と呼んでいる現状を、どうぞご考慮ください。

Lさんが、学とみ子の小保方擁護の立場に批判的であることを十分に承知しています。

私は論文でものを言っている立場にすぎません。
実際に研究実験が組めるのか?実験で探索が可能なのか?などについては、私は考察はできないです。

お答えいただけないかもしれませんが、学とみ子の感想を書いてみました。
線路はつづいて恐縮です。削除
2018/10/7(日) 午前 9:19学とみ子返信する
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>その陽性バンドを切り取ってサブクローニングし、配列を読めば、再構成バンドがSTAP由来TCRか非特異増幅か確定します。

陽性バンドに、母胎側胎盤の血液(子宮を提供しているマウス)由来のT細胞の影響はいかがでしょうか?

理論的には、胎児と母親の血液は混じりませんが、微量では混じります。たとえば、男児を出産したことのある女性は、後にY染色体の断片が体内に残り、後の免疫系の病気のリスクの可能性が指摘されています。今回のキメラの体内の母由来T細胞は、その逆の問題です。

胎児を取り出す時の母胎血汚染もしっかり除去しないとなりません。
この実験をがんばってもバンド陰性の可能性が高くありませんか?陽性でも汚染の指摘がでそうです。
実際にやられていない実験に関するコメントで申し訳ないです。削除
2018/10/7(日) 午前 9:22学とみ子返信する
>山の住人さんのため息ブログのコメントです。

>小保方と面会して話を聞いたときに、とても話がうまくて引き込まれたそうですよ。

興味深いお話です。小保方さんのイメージが膨らみます。

若く美しく、話もうまい!
こうした人にたいしては、一般人は憧れる一方で、強い反発も同時に沸くのだろうと思います。

まして、捏造者❗️と信じて疑わない人にとっては、小保方さんが許せない❗️んでしょうね。

人を惑わす排除すべき捏造者と感じてしまうでしょう。

マスコミが彼女の排除に尽力したのは、人を引き付けるドラマ性がある事件で、書けば売れる現実があったのでしょう。
文春もそう言ってました。削除
2018/10/7(日) 午前 11:38学とみ子返信する
学とみ子は、悪意に満ちたアノ姐さんのコメントはあまり熱心には読まないようにしています。アノ姐さんが何か新しく学ぶと、それを他の人にも披露したくなる方のようです。もうみんな知ってることですが、盲目的にひけらかしたいようです。

以前、アノさんは[わたし(アノ姐)が(検査?. 実験?)をやると、精度高くやれる]などと自慢していましたが、私は、彼女が何をしている方なのかは少し気になります。

なぜなら、相変わらず、彼女は学とみ子を血道上げてけなしているからです。男性陣のけなし方とは質が違う----。

こんなのもあります。

>疾患を疑ってしまうのも理由のひとつです。私の職業病かも?(笑

アノさんは医療関係者なのでしょうが、医者にはみえません。こんな医者がいたら困ります。患者さんを決めつけ、かつ、自らの自慢話をいつも患者さんに聞かせるでしょうから。

アノ姐さんは、法律的に権威ある医療組織に勤めているために、廻りの人は(あきらめて)反論できず、アノさんは中途半端な知識を、言いたい放題に振り回しても、恥ずかしいと思わなくなったのでしょう。職業病です。削除
2018/10/7(日) 午後 5:16学とみ子返信する
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>理論的には、胎児と母親の血液は混じりませんが、微量では混じります。たとえば、男児を出産したことのある女性は、後にY染色体の断片が体内に残り、後の免疫系の病気のリスクの可能性が指摘されています。今回のキメラの体内の母由来T細胞は、その逆の問題です。

誰もが参照できるはっきりとしたエビデンスを探しているのですが、中々、見つかりません。恐らく余りに微量過ぎて問題にならないと思います。違いますか?。
それから、学さんが張り付けたサザンブロット図のMEF-iPSでBCR再構成のバンドが見られない理由を明確にして頂けませんか?。意を汲むと「多様性」ということのようですが……。普通はこの時点で学さんが自己矛盾を露呈しているのを見抜きます。……ちゃんとした基礎知識の積み上げのある人は。削除
2018/10/7(日) 午後 7:54[ aruimiouji ]返信する
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>学とみこさん


>上記の勉強、お願いします。ため息先生、ジグゾーバズルをつなげてください。

学とみ子側も努力いたします。

アルイミオオジ氏ご紹介の
ttp://www.jimmunol.org/content/185/3/1622.full
も参考になると思います。

上記のサイトでは、
確率問題のマルコフ連鎖の考え方でシュミレーションしています。
この式は、イオンの拡散の広がり方は指数関数となるということを
考慮し、それを確率的にシュミレーションするというものでしょう。
あと別のサイトで創薬の人がイオン同士の引き合う力(クーロン力)も考慮して
シュミレーションしていることも興味深いです。削除
2018/10/7(日) 午後 10:15[ WAINSHUTAIN ]返信する
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> WAINSHUTAINさん
ご紹介ありがとうございます。
少し見てみましたが、数式が多いですね。
これはこの方向での科学ということでしょう。
数式は難しそうですね、

しかし、数式の理解がなくても、STAP実験でのTCRの意義は理解できると思います。
結局、DNAゲル図の手法で、体細胞のTCRを確認できるかどうかが問われています。一旦、動物体内となるとTCRは無数にでてきてしまいます。TCRのパターンでゲル図みるためには、TCR数を限定させる必要があると思います。ため息氏は、ここがわかっていないのに、学とみ子の方が間違っていると言います。
この方、臨床家でなくて良かったと思います。





いろいろ、議論が激しくなっています。

今、問題になっているのは、やはりSTAP実験におけるTCRについてです。
ここに、皆さんの問題が戻るのですね。

STAP論文には、最終的に論文から取り除かれた尻尾細胞のTCR図というのがあります。
これは複雑なラダー(バンドがはっきりしない)図で、ゲル図実験の失敗と考えられています。

そして、当時、このゲル図を除いたことで、
「STAPがT細胞から出来た事が証明できなかったから、著者らが多能性をごまかすために取り除いた。」
と言われてしまいました。
尻尾細胞のTCRは、こうした曰く付きのものです。

なぜ、ラダーが多く出てしまったかの理由ですが、増幅されたTCR遺伝子D2J2再構成部分にさまざまなパターンがあったからです。

つまり、ホストマウスの作ったT細胞と、STAP細胞由来(寄与すればの話です)の多様なD2J2再構成部分が入ってしまったと考えられたのです。

つまり、もし、元T細胞由来のSTAP細胞が尻尾細胞を構成した場合があったとしても、この方法では、その証明ができないのです。

このラダー図の実験法では、いかなる細胞由来かとは無関係に、D2J2再構成部分を増幅してしまいます。

この増幅にかかってくる多様なTCR状態の影響で、ラダーは不鮮明になってしまいました。
どの細胞がどのように含まれているかがわからないのです。
尻尾細胞を構成したSTAP細胞のTCRは多種類かもしれません。
いろいろなTCRパターンのSTAP細胞や、ホストマウスのT細胞のTCRが混ざってPCRで増幅されてしまった可能性があり、ラダーは複雑化しました。
吉村氏の言ったような1個、2個ではなくなります。

吉村氏は、ハンナさんの実験のようなイメージで、T細胞由来STAP細胞からキメラができれば、バンドは1個、2個とおっしゃったのでしょう。

(ハンナさんの実験では、TCRパターンがSTAP細胞とは違ってBCR均一性が高いのです。
シングルセルから増殖させています。B細胞をiPS単細胞にして増殖させ、セルラインにしてキメラマウスを作っています。)


Lさんは、以下のように言っています。青字
ホストT細胞の混入はこの実験系の問題点の一つ(もう一つはD2J2再構成T細胞の脾臓での頻度)で・・・

つまり、論文から省かれた尻尾細胞TCRには、起源の異なる別の種類の細胞の問題があったと思います。

aruimiouji氏は、混入するホストT細胞の割合を少なくする方法とかを盛んに言っていて、1000分の1にできるとかの議論していました。
しかし、STAP細胞として注入された元T細胞のTCRの多様性には触れていません。

aruimiouji氏は、STAPの元となったCD45細胞内のTCRが、元々多様であったことを考えていないのです。
基礎学者が、ここを間違って理解していた可能性があります。
STAP細胞を作った時に、脾臓から取りだしたT細胞のTCRはすでにこの時点で多様なのです。
尻尾細胞の実験系で、STAP細胞由来細胞が尻尾一本を作り上げたとしても、そのTCR分布は不明です。
多様であったり、限定的に見られていたかもしれません。
1個のTCRを持つSTAP細胞のみが増殖したかもしれないし、多数の異なるパターンのTCRをもつSTAP細胞がそれぞれに増殖し、尻尾を構成したかもしれません。

このように書くと、学とみ子はT細胞は競合に負けるから、元T細胞からはキメラ構成はしないと言ったじゃあと、又、多数で非難します。
特殊に人工的な調整をした細胞と、STAP実験の質が違うことを理解しない人が多いです。誤解を自覚できず、当方が間違っていると言います。
元T細胞がキメラ構成細胞になれない場合でも、ホストマウスの混入するT細胞のTCRは多様であり、ゲル図が不鮮明化します。
この説明だって、理解してもらえないでしょう。

こうした説明を何度もしても、個々のT細胞のTCRが多様であるという原則論を理解していない反STAP論者は、学とみ子の方が間違っていると攻撃してきます。
そのやりとりを傍観している人たちも又、学とみ子が答えていない、ごまかしていると、まわりの人たちにふれまわります。

とても、学とみ子は困った状態なのだが、実は、こうしたことが実際に当時起きたことが、STAPの悲劇なのだと感じるようになりました。
STAP細胞で話題になっていることは、とても専門的で、専門者が集まって考察する問題点であるはずが、そうでない人たちが勝手な解釈をして、STAP細胞を否定してしまった・・・。

一方、ハンナさんの実験では、人工的に遺伝子で改変させた均一性の高いBCRを持つB細胞を使ってキメラを作成しています。ここにホスト細胞由来のBCRがあったとしても、臓器細胞のTCRに比べて数が少ないので無視できます。

aruimiouji氏は、ご自身がイメージした言葉を、唐突に吐いてくる方なのです。
ご自身がイメージした言葉とは違う解釈でこちらが質問を返すと、もう、相手(学とみ子)は無知無能者です。
ダブルポジティブという言葉を唐突に言い出して、何についての言及なのか、学とみ子はこまりました。BCRの種類か?と聞いたら、すぐ、切り捨てられました。
細胞はファックスを使えば血液細胞由来か、そうでないかが分けられるのだ!
とおっしゃる・・・。そんなことも知らないのか!とも・・・(涙)。
何度も学とみ子を酷い!とも言っています。
しかし、当の学とみ子にとっては、細胞を分けるなんて話はどこにもしていないけど・・・。

aruimiouji氏ご自身で、はなくそ!と自らおっしゃっている人にしては、他人に対しての切り捨てが早すぎませんか?

幸い、Lさんが、二人の間の行き違いを説明してくれました。ありがとうございます。
Lさんの言葉は青字

アルイミさんの言う「ダブルポジティブ」というのは、レパトア解析やクラススイッチの話ではないと思いますよ。例えば、単純にB細胞マーカーのCD19とT細胞マーカーのCD3で二重染色して、ソートでこれらの細胞を取り除くような実験をイメージしていると思います。

aruimiouji氏は、学とみ子が無能無知と言っています。(aruimiouji氏の文章は茶字)

>「免疫細胞とその他の体細胞の分離」が不十分で実験系がそもそも成り立たないと考えていますか?。
そんな研究者は誰もいないと思います。
ちょっとでもこの分野を理解していたなら。

学とみ子は、細胞を免疫細胞と体細胞に分ける方法論の話などは、どこでもしていない。
STAP論文において、免疫細胞と体細胞を分ける話題はどこにも出てこない。

aruimiouji氏がイメージしたものにすぐ反応できないような相手は、彼は、無能者として切り捨てます。
aruimiouji氏がイメージしたものと、同じものを相手もイメージしていないと、彼はその相手を切り捨てます。
相手が考えている別の事を、彼は決して想像しようとしない・・・。
aruimioujiさん、ここは直さないといけないよ。

aruimiouji氏は、(学とみ子が)意地を張らなければよいが・・・などとも、平気で書いてしまっています。
まあ、aruimiouji氏はそういう方ということでお付き合いをする必要があるということです。
TCRがなぜ、そのように多様なのか?免疫の原点に戻ってお勉強をお願いします。

aruimiouji氏は、以下のようにも書かれています。
ピラニア軍団をあっちにもこっちにも作ってしまったから、さあ大変!(爆。


aruimiouji氏から情報提供されたジェイコブ・ハンナ氏のセル誌の論文の一部です。

単一のBCRを持つB-iPS細胞を数種作製して、ハンナさんは以後の実験をしています。
ウイルスで転写因子を強制的に注入して、B細胞に初期化と増殖能力を獲得させています。
B細胞を初期化するのは難しいらしく、2回にわたりウイルスを使って転写因子の導入を行い、培地の工夫をしています。

胚盤胞の時点で、注入された単一のBCR再構成済の細胞と、ホスト細胞が競合してキメラの臓器を作りますが、図6Cは、再編成済の細胞で臓器ができた証拠が示されています。
キメラ率が高く、図で示された臓器はB-iPS細胞で作られています。
B-iPS細胞が増殖しない時は、ホスト細胞の増殖によりその部分の臓器を構成したのでしょうが、それはゲル図に載せていないのでしょう。4Nなら、全細胞に元になった単一のBCRが検出できます。つまり、BCRを単一化しないと、このようなゲル図は見れません。

一方、STAP細胞の元T細胞のTCRはさまざまな再構成パターンで構成されています。
最初に脾臓から採取したT細胞のTCRは個々の細胞で違います。
B細胞も入るし、その他の細胞も同時に胚盤胞に入ります。
つまり、STAP実験は、ここがハンナさんの実験とは根幹で異なります。

ハンナさんの実験では、B-iPS細胞ですから、iPS細胞の強力な細胞改変能力がB細胞に導入されています。
一方、STAP細胞は、環境変化に伴う細胞の持つポテンシャルに依存しています。
ここにも、人工的操作か、そうでないかで、思考の変更を必要する部分です。




イメージ 1

Because of the inability clone STAP cells from single cells, we must await future technical advancement to examine whether their dual-directional differentiation potential at the population level may reflect one totipotent state at the single-cell level or two different states  of STAP cells coexisting (or fluctuating between  them)  in  culture
.
狸氏が、上記の記事の英文を楽しく解説してくれた。http://giveme5.hateblo.jp/
落語のようにオチ付きであるが、これを考えるのに、どの位の時間がいるのか?
いづれにしろ、才能の無い人では思いつかない文章だ。
狸さん、話題作りをありがとう。

確かに、この英文をグーグル訳に入れると、全然訳さず、とんでもない日本語になってしまうことがわかった。
グーグル訳は、英文の医学論文を、医学論文らしい日本語で訳す。
そのための秘密は、訳の参考となる専門用語に関連する周辺知識をさがし、それとふさわしい日本語言い回しも選ぶ仕組みにあるようだ。
今回は、主語の判断が難しかった・・・。

この訳の話題からはなれるが、学とみ子がレター論文の後半に書かれた英文を紹介したのは、大事なことを伝えたいと思ったからだ。

STAP研究が途上にあること、未知の部分が多いことを、上の英文は語っている。
今後、STAP細胞を単一の細胞として検索をしていった時に、STAP細胞がどのような初期化状態にあるのか?がわかるかもしれなかった・・・。

元の細胞の何がキメラの体細胞を構成することができたのか?
STAP細胞を単細胞とした場合、細胞1個単位で胎盤と胎児になれる能力を持つのか?
TS様細胞とES様細胞の別々の細胞のミックスなのか?
TS細胞と、ES細胞が分かれる時、遺伝子制御はどう変化するのか?
注入された胚盤胞が着床する時、胚が子宮の状態を見回すとしたら、その時の遺伝子発現はどうなるのか?
着床後の胚では、元の各細胞間で、陣地取り合戦はどうなるのか?

上記のように、単一細胞としてのSTAP細胞の検索と、集団としてのSTAP細胞の検索との2方向で、研究が進むのかな・・・。

集団としてキメラマウスの臓器を作っていく過程の研究において、元T細胞やB細胞由来STAP細胞でもキメラの体細胞になれるのか?
同時に、STAP細胞単離への努力も続くだろう。

STAP細胞は、元の細胞が何かがわからない。
CD45のもろもろ細胞集団のままで、ESとされて研究が終わらされてしまった・・・。


学とみ子が落ち込んだところで、話題を変えていこう。
注入されたSTAP細胞が、T細胞やB細胞由来であったとする場合を考えてみる。
キメラマウスで運よく増殖できて体細胞となった際、それらの細胞のTCR(BCR)の再構成パターンはまちまちである。
キメラマウスを調べても、いろいろなTCR(BCR)パターンがでてきてしまえば確認はできない。
だから、査読者2氏のようなアドバイスになるのだろう。
単一のTCR(BCR)を持った細胞が、大規模に増殖でき、どこかの臓器を形成すれば、その臓器ではサザンブロッティングで証明できるのかも・・・?

普通に考えると、キメラマウスにおいては、ホスト細胞のTCR(BCR)パターンも混ざってしまう。
このホスト細胞のTCR(BCR)パターンも多様だから、もう、何がなんだか、わからなくなってしまうだろうなあ~。

どなたか、ご意見ありますか?




コメント(46)
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学さん

免疫系の細胞を除く体細胞(以下、単に体細胞)にはTCR再構成は生じません。ですからキメラの体細胞にTCR再構成があったら、その再構成されたTCR遺伝子の由来は注入されたTCR再構成があったT細胞からなのです。再構成遺伝子のパターンはなんでもいいのです。注入されたT細胞の遺伝子構成パターンがわからなくてもいいのです。遺伝子配列にともかくTCR再構成が見られればいいのです。

ですからキメラ体細胞のTCR再構成の有無を調べようということになったのです。なかったわけです。あったらSTAP説が成立しますが、なくてもSTAP説の否定にはなりません。なにか他の理由でできなかったのかもしれないからです。

この議論は4年前のことです。ご理解できますか?削除
2018/10/3(水) 午前 5:35[ ため息 ]返信する
> ため息先生
>遺伝子配列にともかくTCR再構成が見られればいいのです。

それを、キメラマウスで証明するための方法についての議論です。
ため息先生なら、どんな実験の組み立てを勧めますか?
そこを含めて解説する事が必要かと----。

実験系であっても、生きたマウスのTCRパターンから、元ドナーTCR再構成パターンをどう探索するんですか?
以後、お返事次第で(読者が)混乱する内容であったりする場合は、先の議論は、ため息先生のサイトでお願いするかもしれません。
解説は建設的にお願いします。削除
2018/10/3(水) 午前 8:31学とみ子返信する
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学さん

>普通に考えると、キメラマウスにおいては、ホスト細胞のTCR(BCR)パターンも混ざってしまう。

普通ではありませんね。異常な考え方です。

ホスト由来の細胞については、当たり前ですが、T細胞以外の細胞にはTCR再構成は見られません。
一方、目印としてTCR再構成をもつ多能性細胞由来の細胞には全てTCR再構成が見られます。


つまり、キメラマウスのT細胞以外の細胞にTCR再構成があるかを調べればよいのですよ。

ドナーである多能性細胞のTCR再構成のパターンが複数であっても問題ありません。 TCR再構成を確認する手法、PCRの原理が理解できていれば判るはずですが、、、
Nature論文で「改ざん」と認定された電気泳動の画像がどのような実験手法で作られたのか、理解してますよね???削除
2018/10/3(水) 午前 8:51[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> 学とみ子さん

キメラの尾っぽでも、どこでもいいから体細胞をとりだしTCR遺伝子の構成を調べるのです。具体的なTCR遺伝子構成の調査方法は、私は専門家でもないので知りませんが、できるわけで、行ったのでしょ?その結果、キメラの体細胞にはTCR再構成はなかったわけでしょ?

ここまで(1)は同意していただけますか?

TCR再構成のパターンは関係ないのです。本来(キメラでも)体細胞ではTCR再構成がないからです。「元ドナーTCR再構成パターン」はどうでもいいのです。どんな形でも再構成があればいいのです。あれば、その由来はTCR再構成のあった注入したT細胞にあるのです。つまり初期化されたT細胞が増殖分化してキメラの体細胞になったわけです。STAP現象の証明ができたことになります。

これ(2)は同意していただけますか?

(続く)削除
2018/10/3(水) 午前 9:11[ ため息 ]返信する
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> 学とみ子さん

(続き)

方法の議論ではないです。ロジックです。学さんは注入したT細胞のTCR再構成パターンがわからないから、論理的にできないとおっしゃっているんでしょ?その意見はちがうと私は言っているのです。

実験の組み立ては専門ではないので実験方法を知らないから、当方にはできません。もし(実際にそうでしたが)TCR再構成が認められなければ、方法の議論をしてもいいです。(丹羽氏が解説したように)本来はあるべきなのに、検出できない理由を議論してもいいのです。しかし、その議論ではSTAP現象があったともなかったとも結論できないでしょう。削除
2018/10/3(水) 午前 9:12[ ため息 ]返信する
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>普通に考えると、キメラマウスにおいては、ホスト細胞のTCR(BCR)パターンも混ざってしまう。
このホスト細胞のTCR(BCR)パターンも多様だから、もう、何がなんだか、わからなくなってしまうだろうなあ~。

「免疫細胞以外の体細胞」と「免疫細胞」を適切に分離できれば、「ホスト細胞の内の<免疫細胞以外の体細胞>」から遺伝子再構成を検出することは出来ません(機器の精度の限界は勿論あります)。
またそれらの適切な分離の上にしか、論文には採用されなかったとは言え、笹井氏が参加して以降の特許書類にも採用されている「2Nキメラの電気泳動図」も存在しえません。
ジェイコブ・ハンナの論文でも同様です。
ttps://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(08)00447-9
この「分離」の実施に関して、彼の論文に具体的直接的な記載があることを期待したのですが、そうはっきりしたものではなかったです。が、FACSソートで実現していることは十中八九間違いないでしょう。
マテメソに97%以上の精度があると書かれています。削除
2018/10/3(水) 午後 0:09[ aruimiouji ]返信する
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続きです。
>TCR再構成があるかを調べればよいのですよ。

だから、それをどうやって調べるか?ですよ。探索方法をご解説ください。

例えば二種類の免疫系に特異的な抗原を利用し(論文の別の実験では、ダヴル陽性細胞などが頻繁にあられます)、二回に分けて(か、同時に出来るのかも実地の実験経験がないので分からないですが……)、ソートを実施したとして、(3/100)^2で、9/10000≒1/1000の精度です。1000個に1個しか免疫系細胞は混じりません。
実験系の正当性を担保するに十分です。
ジェイコブ・ハンナの論文で、具体的直接的に記載されていないのは、恐らくあまりに常識的過ぎるからでしょう。削除
2018/10/3(水) 午後 0:18[ aruimiouji ]返信する
aruさん、
ハンナさんの論文のセルラインやキメラのサザンの図からの考察を書き込んでください。

そして、他の方にも2008年のハンナさんの論文を読むように勧めてください。
他の方も、STAP実験との違いが理解できると思います。削除
2018/10/3(水) 午後 0:20学とみ子返信する
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STAP論文でのTCR遺伝子再構成を利用したリプログラミングの証明論では、正にSTAP細胞が雑多な集団で単一細胞に乖離して培養系で増殖/維持させることが出来なかったが故に、B-iPSを用いたジェイコブ・ハンナの論文のようには「単一の遺伝子再構成を持つポピュレーション」をキメラアッセイに利用することは出来ませんでした。従って、培養系で維持された「胚盤胞注入前の遺伝子再構成を持つ細胞」と「キメラアッセイで体細胞から見つかった遺伝子再構成を持つ<免疫細胞以外の体細胞>」の同一性を示す実験を必須としていません。
多くの人が認めるSTAP論文に於ける<リプログラミングの証明論>では、STAPの元細胞とキメラアッセイでキメラ寄与した体細胞(細分化後は免疫細胞以外)の同一性証明は不要なのです。
それは、「単一細胞に乖離して培養系で増殖/維持させることが出来なかった」STAP細胞の特徴をポジティブに汲んだ結果です。
まあ、立論者によるものなので当然と言えば、当然ではあります。削除
2018/10/3(水) 午後 0:21[ aruimiouji ]返信する
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>PCRで増幅したDNAをゲル展開した2NキメラマウスのTCR遺伝子再構成を示した結果は、サイエンス誌査読で間違いと指摘されたではないですか?
このレフリーの指摘を理解していたら、なぜ、著者らがこの図をとりさげたかの理由もわかるのと思います。

簡潔にまとめれば、STAP細胞には増殖能はなかったので、その事実を事実として真摯に受け止めれば、サイエンスの「査読者2」の査読は常識的な擁護派(具体的に誰なんだ?、とツッコまれると困りますが……最後の砦はJISAIさんだけになってしまったようなので(^^A)には、無理難題を押し付ける過剰なイチャモン査読に写っていると思います。
学さんのユニークな点は……内緒話にしませんか?。
ツイッターには「ダイレクトメール」という機能が付いていて、内緒話が出来ます。そっちは文字数制限はないですよ(^^A。削除
2018/10/3(水) 午後 0:36[ aruimiouji ]返信する
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> 学とみ子さん

>だから、それをどうやって調べるか?ですよ。探索方法をご解説ください。

Nature論文のMETHODに書いてある方法(TCR-b chain gene rearrangement analysis.)で調べればよいでしょ。

STAP細胞ではFig1.iのように「TCRパターン?が個々に違う」ので、ラダーのようなバンドになってますが、仮にそのうちの1つのSTAP細胞がキメラに寄与した場合には、そのラダーの中のどれかがバンドとして見えるでしょうし、複数のSTAP細胞が寄与した場合には複数のバンドとして見えるでしょうね。削除
2018/10/3(水) 午後 1:13[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
> aruimioujiさん
さっそくのコメントありがとうございます。

>キメラアッセイに利用することは出来ませんでした。

だから、STAP特許の図では、たとえ、元のT由来細胞があってもPCRゲル図ではそのTCRはみえない。

>同一性証明は不要なのです。
同一TCRを証明するというのではなく、同一TCRでないと、ゲル図で見る事ができないからです。

ハンナさんは、B-iPSにおいてBCR遺伝子切り取り状態(再構成)を単一化させたセルラインを使っています。複数のセルラインを作って、それぞれのセルラインBCR遺伝子ごとに、ゲル図を展開させています。ここを揃えないと、ゲル図でラインが多すぎちゃいます。特許図のように。

携帯にて作文しており、説明不足ですみません。削除
2018/10/3(水) 午後 1:26学とみ子返信する
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続きです。
簡潔にまとめれば、STAP細胞には増殖能はなかったので、その事実を事実として真摯に受け止めれば、サイエンスの「査読者2」の査読は常識的な擁護派(具体的に誰なんだ?、とツッコまれると困りますが……最後の砦はJISAIさんだけになってしまったようなので(^^A)には、無理難題を押し付ける過剰なイチャモン査読に写っていると思います。
学さんのユニークな点は……内緒話にしませんか?。
ツイッターには「ダイレクトメール」という機能が付いていて、内緒話が出来ます。そっちは文字数制限はないですよ(^^A。削除
2018/10/3(水) 午後 3:02[ aruimiouji ]返信する
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>キメラアッセイに利用することは出来ませんでした。

だから、STAP特許の図では、たとえ、元のT由来細胞があってもPCRゲル図ではそのTCRはみえない。

ttps://twilog.org/aruimiouji/nomen
特許図はこちらが元になっていますので、こちらを載せます。
TCR再構成を示すバンドは写っています。
これなしに吉村先生の立論はあり得ません。

>ここを揃えないと、ゲル図でラインが多すぎちゃいます。特許図のように。

一つのレーンに複数写っているバンドのことを言っていますか?。
僕は尻尾を十本もまとめてPCRに掛ける前の下処理をすればいいと、吉村説には取り敢えずの反論をしています。但し、「キメラ1」「キメラ2」という表記がそれぞれ一匹のキメラマウスを表すのなら、的外れな「原理論的な批判」に過ぎなくなりますが。
キメラはかなりの数があったと推定できます。削除
2018/10/3(水) 午後 3:33[ aruimiouji ]返信する
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学さんは、自分自身が何を書いたのかの記憶も自覚も無いようなので、TCR再構成に関してどのように記載されていたのかをいくつか抜き出しておきますね。


2018/5/20(日) 午前 10:55 学とみ子
でも、もし、何らかの別の方法で、元のマウス由来T細胞が確認できたら、遺伝子の一部が切り取られた細胞が生き残り、遺伝子欠損のまま増殖し、かつ次の生き物になれるというすごい発見になりますね。そう思いませんか?


2018/5/20(日) 午前 11:44 学とみ子
TCR再合成の無いマウスは生まれない(胎内で淘汰、流産する)と考えるのが普通ですけどね。


2018/5/21(月) 午後 1:29 学とみ子
もし、遺伝子が切り取られたT細胞で、キメラ部分が構成されていたら、元マウス由来T細胞がその部分を作ったことになり、4Nだったら全胎児を作ったことになりますね。
こうしたマウスは生まれてこないと考えます。


2018/5/21(月) 午後 10:10 学とみ子
DNAが切り取られたT細胞は、(周囲環境が変わり)抗原刺激がない状態では使い捨て細胞とし削除
2018/10/3(水) 午後 4:32[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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上のコメント、ちょっと最後の部分が切れてますが、まあ問題は無いでしょう。

「他の方にも2008年のハンナさんの論文を読むように勧めてください。」とのことですが、、

そもそも、aruimioujiさんがハンナ論文を持ち出した目的は、上記のような「TCR再構成のある多能性細胞からキメラマウスは生まれない」という学さんの出鱈目な考え方に対する反証だったはずですが、、

学さんは本当にハンナ論文を読んで、この点について理解されたのでしょうか?

「TCRやBCRの遺伝子再構成のある多能性細胞を用いてもキメラマウスは生まれる」ということと、

「単一のTCR再構成パターンを有する多能性細胞か、複数のTCR再構成パターンを有する多能性細胞か」の相違は、基本的に無関係であることは理解できていますか???削除
2018/10/3(水) 午後 4:39[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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> aruimioujiさん

>例えば二種類の免疫系に特異的な抗原を利用し(論文の別の実験では、ダヴル陽性細胞などが頻繁にあられます)、二回に分けて(か、同時に出来るのかも実地の実験経験がないので分からないですが……)、ソートを実施したとして、(3/100)^2で、9/10000≒1/1000の精度です。1000個に1個しか免疫系細胞は混じりません。
実験系の正当性を担保するに十分です。

タブルポジティブというのは、2種類のBCRがでる事があるという意味ですか?
BCRは分化の過程で、細胞表面に表出するBCR蛋白の種類を変化させていきますよね。その過程で、二種類のBCRが出るという意味でしょうか?削除
2018/10/3(水) 午後 7:41学とみ子返信する
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つづき
いづれにしても、キメラ臓器に浸潤するホストB細胞の率が低いはずという話なら、それだけではバンドの複雑性は説明がつきません。

ハンナさんの実験では、キメラ臓器を構成する元B細胞のBCRを揃えているからこそ、きれいなBCRのバンドが出ます。ハンナさんのキメラマウス全体が、単一BCRのB-iPSとホスト細胞で構成されています。単一BCRを持つ細胞から臓器が構成されているので、バンドがクリアです。

STAP実験の場合は、尻尾細胞に寄与したT細胞のTCRは元から多様ですから、バンドが無数に出てしまいます。そこにさらに、ホスト細胞のTCRも混じります。削除
2018/10/3(水) 午後 7:44学とみ子返信する
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>タブルポジティブというのは、2種類のBCRがでる事があるという意味ですか?
BCRは分化の過程で、細胞表面に表出するBCR蛋白の種類を変化させていきますよね。その過程で、二種類のBCRが出るという意味でしょうか?

こんな質問したらピラニア軍団大喜びです。
悪いことは言いません、ツィッターで内緒話を一杯しましょう。
申し訳ないけれど、その中で大分学んで貰わないと。
ごく基本的なことなので、検索エンジンという凄い武器が現代にはあるので、自分で調べて下さい。削除
2018/10/3(水) 午後 8:12[ aruimiouji ]返信する
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>普通に考えると、キメラマウスにおいては、ホスト細胞のTCR(BCR)パターンも混ざってしまう。

ttps://www.abcam.com/protocols/fluorescence-activated-cell-sorting-of-live-cells
FACSによるセルソーティングの良く出来た概要です。
ジェイコブ・ハンナのその部分のマテメソは読みましたか?。
まだ「免疫細胞とその他の体細胞の分離」が不十分で実験系がそもそも成り立たないと考えていますか?。
そんな研究者は誰もいないと思います。
ちょっとでもこの分野を理解していたなら。
学さんが「分離不可能説」に立つのなら、ジェイコブ・ハンナの該当図表はどう理解されているのでしょうか?。
単一細胞から始まっても、原理的分離不可能性の中で立ち往生しますけれど……原理的に保証された混合率ということで、実験の正当性が担保されるのでしょうか?。
そんなふうに考える研究者は誰もいないと思います。削除
2018/10/3(水) 午後 8:12[ aruimiouji ]返信する
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> aruimioujiさん
免疫学のダブルボジティブというのは、いろいろあると思いますが、何のことを言っていますか?

ピラニア軍団は、TCRを理解していません。もう相手にするのはやめようと思います。

恐らくあなたも、十分に理解しているのかどうかは、私にはわかりません。
TCR、BCRが動物の中で非常に多様に存在していることを理解しているのでしょうか?削除
2018/10/3(水) 午後 8:38学とみ子返信する内緒
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> aruimioujiさん

>「免疫細胞とその他の体細胞の分離」が不十分で実験系がそもそも成り立たないと考えていますか?。
そんな研究者は誰もいないと思います。

「免疫細胞とその他の体細胞の分離」についてなど、一言も言ってませんよ。ファックスを使えば、CD4、CD8で、T細胞を分けられるとかの話なのでしょうか?

もしかすると、私の言っていることの大きなところであなたの誤解があると思います。たとえば、人の末梢血には、T細胞、B細胞がありますが、そのTCR,BCRパターンは皆違うのですが、そこのコンセンサスは大丈夫でしょうか?

あなたが、ツイッターで学とみ子が酷いというと、ピラニア軍団が大喜びするので、できれば止めて欲しいです。

あなたが、学とみ子をへし折りたいなら、どうぞ、攻撃なさってください。

短い言葉しか発せずして、相手がすべて理解すると思わないでくださいね。削除
2018/10/3(水) 午後 9:04学とみ子返信する内緒
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> aruimioujiさん

私たちは、お互いに立場も、知識を得てきた環境についても知らず(何を良く知っていて、何を知らないかが、お互いにわからない)者同士ですから、それをふまえて議論する必要があります。

私は科学実験はしていないし、ファックスの経験もありません。私は、論文に出てきた結果をみてものを言っているだけで、実験の方法論は知りません。

人の病気を考える上で、必要だと思うので、基礎医学の論文も読むだけの人です。

その私が、STAP論文の潰し方が理不尽だと思うので、このブログを書いています。削除
2018/10/3(水) 午後 9:11学とみ子返信する内緒
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スト細胞であろうが、ドナー細胞であろうが、FACSによるセルソーティンクで高い純度で<免疫細胞>と<免疫細胞以外の体細胞>を分離してくれます。
この技術を使うのに、細胞の表面に現れる抗原とそれに結合する抗体を利用した、「免疫蛍光染色」という細胞生物学では余りにも良く知られた基礎的な技術が用いられます。
免疫蛍光染色についてのリンクです。
ttps://www.thermofisher.com/jp/ja/home/life-science/cell-analysis/cell-analysis-learning-center/molecular-probes-school-of-fluorescence/imaging-basics/labeling-your-samples/immunolabeling.html削除
2018/10/3(水) 午後 10:26[ aruimiouji ]返信する
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>つづき
いづれにしても、キメラ臓器に浸潤するホストB細胞の率が低いはずという話なら、それだけではバンドの複雑性は説明がつきません。

細胞の浸潤というような話は一切していません。
FACSによるセルソーティングです。
STAP特許に於ける「2Nキメラ」の電気泳動図や、ジェイコブ・ハンナのB-iPS由来キメラのサザンブロット図の正当性を担保するための重要な下処理です。
兼ねてから学さんは、「免疫系細胞とそれ以外の体細胞の分離不可能性」を説いてますよね?。
それがごく単純な間違いであると指摘しています。
ジェイコブ・ハンナ論文のマテメソ、「Flow Cytometry Analysis and Cell Sorting」には、例えばCD19とCD220が載っています。削除
2018/10/3(水) 午後 10:37[ aruimiouji ]返信する
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続きです。
ttps://en.wikipedia.org/wiki/CD19
ウィキでは『CD19は、形質細胞に分化までB細胞の開発の全ての段階において広く表されます』とあります。
「CD220」はCD45の異名です。
この2つの抗体を用いて2回セルソーティングを行えば、3/100×3/100=9/10000≒1/1000で、学さんの心配している「普通に考えると、キメラマウスにおいては、ホスト細胞のTCR(BCR)パターンも混ざってしまう。」は杞憂に終わります。
ホスト由来の免疫細胞も、ドナー由来の免疫細胞も実験を擾乱するノイズですが、それらを1/1000の割合にまで締め出すことが出来るからです。
またホスト由来の「免疫細胞以外の体細胞」に遺伝子再構成がないのは自明です。
実験の正当性を担保するのに十分です。削除
2018/10/3(水) 午後 10:39[ aruimiouji ]返信する
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ジェイコブ・ハンナ論文マテメソの該当箇所を……大して意味ないけれど……念のため。
「Flow Cytometry Analysis and Cell Sorting」
The following fluorescently conjugated antibodies were used for FACS analysis and cell sorting: anti-SSEA1 (R&D systems), anti-Igκ, anti-Igλ1,2,3, anti-CD19, anti-B220, anti-c-Kit, anti-CD25, anti-sIgM, anti-sIgD (all obtained from BD-Biosciences). Cell sorting was performed by using FACS-Aria (BD-Biosciences), and consistently achieved cell sorting purity of > 97%.削除
2018/10/3(水) 午後 10:42[ aruimiouji ]返信する
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いくつか提案したい事がありますので、書いてみます。未承認で構いませんが、学さんから皆さんに、何らかの形で伝えていただけると幸いです。

最初に、京大(当時は横浜理研)の河本先生の、胎児胸腺細胞におけるTCRb再構成追跡の論文
ttp://www.jimmunol.org/content/jimmunol/179/6/3699.full.pdf

を見て下さい。Double negative (DN) T細胞の培養系を用い、TCRb再構成の多様性を追跡しています。DN1やDN2の細胞を、シングルセルから培養して増やすと、その間にTCRb再構成がランダムに起き、多様な再構成パターンが見られる事が、PCRを用いた網羅的なD1J1及びD2J2の再構成検出により示されています。「ポリクローナル」な細胞集団の多様な再構成パターンを、PCRである程度 網羅できる事を示しています。PCRの場合、増幅サイクルを増やしたり、増幅プロセスを2段階にする事により、 再構成されたTCRが1コピーでもあれば検出可能(理論的には)ですから、モノクローナルである必要はないです。削除
2018/10/4(木) 午前 2:53[ L ]返信する
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ホストT細胞の混入はこの実験系の問題点の一つ(もう一つはD2J2再構成T細胞の脾臓での頻度)で、やっぱりさんのコメントは言い過ぎと思います。ほとんどの組織は血液から酸素供給を必要とし、血管が入り組んでいます。よって成体マウスの組織採取では、混入する血管内のT細胞由来TCR を検出する可能性が高く、混入T細胞を完全に除去するプロセスを挟む必要があります。おそらくフローサイトメトリーを用いた手法になりますが、その純度の問題は次のアルイミさんへのコメントで書きます。よって、ホストT細胞の混入を防ぐためには、Rag-KOやNOG-SCIDなど、T細胞がないマウスをホストとして用いる、あるいは発生学的にホストT細胞ができる前段階(例えば、検証実験でキメラ解析された胎生10日あたりであれば、ホストのT細胞はまだできてない時期と思われます)での解析が必要になります。特許の2NキメラでのTCR再構成 実験でどんなサンプルを用いたものか不明ですが、もし胎生10日のキメラサンプルであれば、 非特異増幅でないことをシーケンスで確認できれば、データとしての意味があったでしょう。削除
2018/10/4(木) 午前 2:54[ L ]返信する
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アルイミさんのFACSソートのコメントですが、「97%の純度」と言った場合は、最終的に分離された細胞の純度になります。抗原ごとの純度ではありませんので、二種類の抗原を組み合わせても、1/1000の純度にはなりません。例えば、採取した組織サンプルから血液細胞と血管内皮細胞を除去するためにCD45(血液マーカー)とCD31(内皮マーカー)でダブル染色し、CD45-CD31-の非血液、非内皮細胞をソートで分離したとしても(ちなみにこの分離は一回の染色でできますが、二回繰り返しても良いです)、その純度は97%、すなわち3%は血液あるいは内皮の細胞が混じっているという事です。前述のように、PCRの感度は高いので、このコンタミ率は無視できません。ソートのコンタミは、CD45ソートでSTAPを作った場合にも問題になります。ちなみに、アルイミさんの言う「ダブルポジティブ」というのは、レパトア解析やクラススイッチの話ではないと思いますよ。例えば、単純にB細胞マーカーのCD19とT細胞マーカーのCD3で二重染色して、ソートでこれらの細胞を取り除くような実験をイメージしていると思います。削除
2018/10/4(木) 午前 2:54[ L ]返信する
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サイエンスの査読者の最大の誤解は、STAP細胞はモノクローナルでキメラに寄与すると思い込んでいた事です。ポリクローナルな細胞塊の形で胚盤胞に注入した事を強調して論文に記載していれば、このような誤解は避けられたかもしれませんが、一方で、ポリクローナルである事は多能性の証明においてかなりdisadvantageなので、Natureに通すためにはあまり強調できなかった面もあったのでしょう。何れにせよ、論文の書き方としては相当巧み(NHKの番組では、阪大の仲野先生が、「手練れ」と表現されてました)ですが、本来ならば論文記載の仕方ではなく、データの質で勝負すべきだったと思います。本庶先生はこの辺を気になさっていたのではないかと思いますよ。削除
2018/10/4(木) 午前 2:54[ L ]返信する