ため息氏のLさんへのコメント（茶字）です。
http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13222&cpage=1#comment-18404
キメラからホストのT細胞を含まない体細胞を得るというのは、結構面倒なことがわかりましたが、そもそも、これができるという前提でTCR再構成を利用したんでしょうね（１）。
「注入した細胞の再構成パターンをあらかじめ知る必要はない」は素人の私でも考えつくことですが（２）、学さんに何回言ってもわかってもらえないのであきらめました。
キメラからホストのT細胞を含まない体細胞を得るというのは、結構面倒なことがわかりましたが、そもそも、これができるという前提でTCR再構成を利用したんでしょうね（１）。
「注入した細胞の再構成パターンをあらかじめ知る必要はない」は素人の私でも考えつくことですが（２）、学さんに何回言ってもわかってもらえないのであきらめました。
（１） （２）の記載部分において、ため息氏のコメントがおかしいです。
ため息氏にとって、あたりさわりのなさそうなことを選んだつもりでも、そうなっていないのです。
結局、彼のジグソーパズルがつながっていないことを自ら示しています。
多分、ご自身では（打倒学とみ子で）自信をもって書かれた文章でしょうが、見当はずれです。
多分、ご自身では（打倒学とみ子で）自信をもって書かれた文章でしょうが、見当はずれです。
ホスト細胞のT細胞を含まない体細胞を得ることができるとSTAP実験者が思ったと、ため息氏は、言いたいのでしょうか？ため息氏には、実験者の気持ちがわかるのですか？
（１）に関しては、Lさんは実験ミスを指摘しています。
＞問題は、笹井先生と丹羽先生が入ってくる前のサイエンスの段階では、そこに気づいてなかったという事でしょう。（Lさん）
＞問題は、笹井先生と丹羽先生が入ってくる前のサイエンスの段階では、そこに気づいてなかったという事でしょう。（Lさん）
Lさんは、ホストマウスのT細胞が混じらない実験法を模索して説明してくれました。
（可能性ですが）キメラのT細胞の多くはホスト細胞がつくるはずと予想されるため、キメラTCRをPCRで増幅してしまうと、無数パターンのTCR出てきてしまいます。
Lさんの提案は、キメラ内にT細胞がつくれないタイプの免疫不全マウスをホストとして使う、あるいは、ホストがT細胞をつくらないうちに、TCRを解析する方法を提案していました。
その条件で、キメラからTCRが検出できた時、T細胞からキメラができたと言えると、Lさんは説明しています。
Lさんの説明から離れます。
STAP―T細胞が、キメラ構成に寄与した場合を考えます。
STAP―T細胞が、キメラ構成に寄与した場合を考えます。
STAP‐T細胞がキメラの体細胞を形成したことを証明できれば実験は成功だったことは、皆、知っています。”キメラ体細胞にTCRがある”で、”キメラはT細胞からできた”が十分です。
その場合でも、特許の図にあるようなD2J2バンドは、不鮮明になるように思います。
なぜなら、注入したSTAP‐T細胞が、さまざまなTCRパターンを持っているからです（つまり、モノクローナルではない）。
STAP細胞塊に含まれた個々のT細胞が持っていたさまざまなTCRを反映して、D2J2は何本もバンドがでるでしょう。つまり、不鮮明です。
一方、D2J2がクリアなバンドパターンで出るためには、１個（ないし少数）のSTAP‐T細胞が大きく増殖してキメラの体細胞（例えば尻尾の主要部分）にならないといけないはずです。
その場合、D2J2部分をPCRで増幅すると、キメラの体細胞は、１個（ないし少数）に固定されたSTAP‐TCRが増幅されるので、（その細胞数が圧倒的に多い結果で）、D2J2バンドもクリアになるのではないでしょうか？
血液由来のTCRは少なくなるので・・。
すなわち、ハンナさんの実験のように、モノクローナルなB細胞でキメラを作る実験条件に近くなります。
モノクローナルなSTAP‐T細胞でなくともよいが、それに極めて近い状態で同一TCR大多数で存在しないと、PCR増幅D2J2バンドもクリアにならないと思います。
西村先生は、そうした特殊な条件で、D2J2バンドが１－２種類と言ったと思います。
ため息氏は、素人でもわかると言っていますが、それは違います。
研究者たちは、TCRを理解できなくて（若山研究室員ですら）間違ったのです。
ため息氏は、いまだにTCRを理解していないのです。
ため息ブログにおけるLさんのコメントで大事なところ（青字）を書いてみました。Lさん、勝手にこんなことをしてすみません。
詳しくは、ため息ブログ
での議論を見てください。
絶望的に酷い
T細胞発生が抑えられているマウスを宿主に使えばTCRは使えますし、胎生早期でキメラ解析しても使えると思いますよ。
・・・・
あるいは、TCRのデータは全部外して、CD45ソートだけで体細胞からの初期化の議論を展開しても良かったと思います。
・・・・
キメラ体内のT細胞はほぼ100%宿主由来で占められ、正常な免疫機能が保たれると予想されます。
・・・
注入した細胞の再構成パターンをあらかじめ知る必要はない（というか、細胞株化されていなければ技術的に不可能）ですが、
この部分のLさんの説明についてですが、細胞株化されていないと、１個のTCRのT細胞を増やせないという意味です。
しかし、PCR増幅してD2J2バンドをきれいなパターンでみるためには、１個のTCRをもつT細胞が増殖してキメラ内で陣地取りに勝利しないといけないと思います。
こうしたことは、現実的には起こらないと思います。
つまり、ため息氏のせりふ「注入した細胞の再構成パターンをあらかじめ知る必要はない」
の状態では、ゲル図でTCRバンドがきれいに見れる状態にはならないと思います。
ため息氏は、ゲル図のバンドの出方まで考えていないでしょう。
ゲル図で、本当に体細胞由来TCRをクリアに見たい時には、TCRの数が少なく限定されていることが必要と思います。
それはモノクローナルということになるのです。
なぜ、単一なのかですが、少ない種類のTCRなら、バンドはクリアかもしれませんが、キメラのTCRの種類は人工的に調整できないのです。
一方、１個のTCRなら人工的に調整できます。
CD45細胞には、T細胞よりもっと増殖能力に長けた細胞がいます。
T細胞の宿命として、特異的抗原刺激が増殖に必要だと言っても、ため息氏には通じません。
なぜ、キメラのT細胞が、ホスト細胞で占められるのか？を考えてください。
ハンナさんの実験でも、最終段階のBCRをもつB細胞に遺伝子を挿入してもなお、初期化にはとても苦労しているんですよ。
追記です。
以下のLさんのコメントについて、学とみ子が知りたいと思ったことがあります
（すでに、2018/10/7(日) 午前 9:22、コメント欄に書いたことの繰り返しです）
Lさん、もし、お時間許せばですがよろしければ、ご教授くださるとうれしいです。
＞その陽性バンドを切り取ってサブクローニングし、配列を読めば、再構成バンドがSTAP由来TCRか非特異増幅か確定します。（Lさん）
陽性バンドに、母胎側胎盤の血液（子宮を提供しているマウス）由来のT細胞の影響はいかがでしょうか？
理論的には、胎児と母親の血液は混じりませんが、微量では混じります。たとえば、男児を出産したことのある女性は、後にY染色体の断片が体内に残り、後の免疫系の病気のリスクの可能性が指摘されています。今回のキメラの体内の母由来T細胞は、その逆の問題です。
胎児を取り出す時の母胎血汚染もしっかり除去しないとなりません。
この実験をがんばってもバンド陰性の可能性が高くありませんか？陽性でも汚染の指摘がでそうです。
陽性バンドに、母胎側胎盤の血液（子宮を提供しているマウス）由来のT細胞の影響はいかがでしょうか？
理論的には、胎児と母親の血液は混じりませんが、微量では混じります。たとえば、男児を出産したことのある女性は、後にY染色体の断片が体内に残り、後の免疫系の病気のリスクの可能性が指摘されています。今回のキメラの体内の母由来T細胞は、その逆の問題です。
胎児を取り出す時の母胎血汚染もしっかり除去しないとなりません。
この実験をがんばってもバンド陰性の可能性が高くありませんか？陽性でも汚染の指摘がでそうです。
実際にやられていない実験に関する内容で申し訳ないです。
Lさんが、もう線路は続けないということであれば、それでかまいません。
よろしくお願いいたします。
コメント（27）
＞以前、アノさんは[わたし(アノ姐)が(検査?. 実験?)をやると、精度高くやれる]などと自慢していましたが、
このような話題をおっしゃっていませんでしたか？
それと社会的問題のある方々をケアしていたとかも、おっしゃっていませんでしたか？社会的問題を抱える人たちの思考過程が理解できるとか、おっしゃっていませんでしたっけ？
その部分の記録を当方は、すぐ探せないので、もしアノ姐さんが言ったことがないというなら、まずは謝りたいと思います。
そうした情報をネットに載せたことがないのですね？
一般論で恐縮ですが、権威ある医療系組織とは、保健所、厚労省関連を意味します。
そうした関連のことをおっしゃていないと言うことなら、大変失礼しました。ごめんなさい。
そもそも、ネットで相手の職種をうんぬんするのも、大変なエチケット違反ですものね。
議論をする時には、相手の職種がわかっていた方が便利ではありますが、やはり、エチケット違反であることに変わりありません。
「D2J2バンドは、不鮮明になる」でもいいのでは？
体細胞にはそもそもTCR再構成がないのだからバンドがないはすですよね？どんな形でもキメラの体細胞にTCR再構成があれば、不鮮明であれ、鮮明であれ、「”キメラ体細胞にTCRがある”で、”キメラはT細胞からできた”が十分」証明できるのでは？
「ゲル図でTCRバンドが"きれい"に見れる状態」は必要なく「ゲル図で複数のTCRバンドがあればいい」というのが当方の考えです。注入したT細胞が複数でも１ケでもともかくTCR再構成が（免疫細胞を除く、あるいは母体から混入した細胞でもない）体細胞にあればいいという考えのどこがおかしいのか教えてください。
現実にはそのような実験はできないのなら其の理由もね。
Lさんのコメント（ttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13222&cpage=1#comment-18350）には、ホストの動物についてT細胞がない、まだできないのを使えば？ということで、注入するT細胞のTCR再構成パターンがわかっているかどうかは問題にしていませんよ。
以前より、理解が進んだような質問内容になってきました。
以前は答えられないような質問内容でしたからね。
相手を侮辱して、教えてもらえるなんてこんなうまい話は他には無いですよ。
今後、ため池一家の議論を見れば、誰が理解していて、誰が理解できていないかわかります。
ため池一家は、当ブログを攻撃するために全神経を集中しています。
ですから、学とみ子は、承認する必要もないし、答える義務もありませんね。
私は、ため池一家の教育係ではありませんので・・・。
教育係をお望みなら、糞ばあさん、認知症コメントをやめなさい。
そちらのコメントはゼロになりますね。
そちらでは、oTakeさんが、ため池の維持にがんばってくれるようです。
どうぞ、そちらで議論をつくしてください。
又、Lさんもアドバイスをくれるかもしれませんよ。
再び、学とみ子を無能呼ばわで何かを書いて、自らの無知を天下にさらさないことを祈ります。
人の上に立つあなたは、自らの無知はいさぎよく認めてくださいね。
当方からの質問は承認されなかったので、質問はttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13272#more-13272 に掲載してあります。
以前から全く同じ質問だったんですけど、質問の意味がようやく理解できたようですね。その結果答えられないなんですね。了解しました。
これまでも、これからも学さんに教えを乞うことはないと思います。
＞以前から全く同じ質問だったんですけど、
あなたのは質問でなく、あくまで第三者向けのパフォーマンスだ。
やり取りの内容がわからない人からすると、どちらが正論かがわからない。ため息氏は、そうした方に向けて、自らが正しいとパフォーマンスすればよいでしょう。
あなたの社会的地位から、廻りの人は非難しないでしょうし、今まで通り楽しく過ごせますよ。
あくまで、ご自身の優位性を顕示して過ごされたらいいでしょう。
今回でため息氏がやっとTCRを理解できたとしても、最初からわかっていたふりをして、今後も過ごされてください。
学とみ子からすると、このレベルの医学部教官がいることを知って、社会勉強になりました。
ホント、ありがとう。
しつこいようですが、そして絶縁状のようなコメントをいただいているわけですが、学さんの誤解を２点指摘しておきます。
承認されなくても当方のブログに記載します。
まず第一点。
「ホスト細胞のT細胞を含まない体細胞を得ることができるとSTAP実験者が思ったと、ため息氏は、言いたいのでしょうか？ため息氏には、実験者の気持ちがわかるのですか？」
そういう実験を企画、実行したのですから、実験者はそう思ったと推測するのが当然ですね。そのような企画が誤りかどうかとは別のことですよ。
「研究者たちは、TCRを理解できなくて（若山研究室員ですら）間違ったのです。」
研究者たちとは提案した西川氏、実行した筆頭著者、若山氏、議論して論文に一部でも書いた笹井氏、丹羽氏が含まれ、彼らはナンセンスだったと思っているんですね。
「西村先生は」 だれ？西川氏のこと？
第二点。
「T細胞の宿命として、特異的抗原刺激が増殖に必要だと言っても、ため息氏には通じません。」
これも何回も言ったのですが、通常のT細胞はそうでしょうけど、初期化されたT細胞なんですよ。初期化されたんだからどうなるかわからないでしょ。初期化されたんだから増殖能力は抗原がなくてもあると思いませんか？酸浴ではわかりませんが、iPSでは初期化されたT細胞は増殖するわけですね。その例をかつて示しましたしハンナさんはB細胞ですけどBCR再構成のある初期化されたB細胞がキメラになることを立証したわけでしょ。
＞「西村先生は」 だれ？西川氏のこと？
分かりきっているのに、わざわざ「西川氏のこと？」と、違うこと言って学さんを腐した気になっている。
＞（学さん）一部の方は、リプログラミングの必須の証拠として、TCRをあげています。つまり、キメラにTCR再構成がないから、STAPが偽物と言う人がいるのです。
＞＞（ため息さん）どこにこのような発言をした一部の方がいたのですか？具体的に提示してください。学さんの妄想でしょ。
これも分かりきったことを、文章の書き方を取り上げて揚げ足を取ろうとしてるのが透けて見える。
学さんは、このTCR再構成が見られないことについて、あれだけ批判されたのにもかかわらず、著名な論文の著者たちはなぜ平気だったのかという疑問について、真摯に解説されており、いい仕事をされたんですよ。
ため息さんも、持ち前のコネを生かして、最も重要であるにもかかわらず関心が薄い「ホルマリンズ漬けの4Nキメラ」の所在を突き止めたらどうですか？いい仕事ができますよ。
セイヤさんのほうが揚げ足取りそのものですね。学さんはこれまでの議論の中で、専門用語を正しく使っていない、定義のわからない新語を作るという前歴があるので、新しい人物とか、誤った論理を提唱している方がどなたかを確認しているのに、どこが揚げ足取りになるのでしょうかね？わかりきっているのなら、セイヤさんが学さんに訂正をうながしなさいよ。学さんの味方なんでしょ。
で、プレレスリリースがあったんでしょうか？自分で足を使って調べてないでしょ。体内時計さんは自分で行動していますよ。
ちょうどいいチャンスですから4Nキメラの所在はご自分の足で探したらどうでしょ？
ため息氏は、こんなことを言う人なんですね。
＞セイヤさんのほうが揚げ足取りそのものですね。学さんはこれまでの議論の中で、専門用語を正しく使っていない、定義のわからない新語・・
彼は全体を見渡して、相手が何を言わんとしてるかを好意的に解釈して、お互いを理解するとの立場に立てません。相手の言い分をとりあえず聞いて評価するとかの会話のエチケットもありません。
だから、これだけ、用語の使い方をなじってくるのだと思います。
ため息氏は、細かいことにこだわり、相手のレベルの方が低いと周りに印象づけたいのです。
ご自身が理解できないことは、相手の無知無能のせいにします。
学とみ子との会話を聞いている第三者に、ため息氏の優位が示せれば、それでよいのでしょう。
専門家同士の議論の時は、お互いが違う用語で同じものを指していても、理解し合えますし、断りなく省略してもお互いに意味が通じ合います。
しかし、この原則がため息氏には通じません。
やはり、学とみ子の欠陥をみつけることが、会話の目的だからでしょう。
そして、ご自身が知らない事に対して、とてもいら立つ方のようです。
ご自身の正当性、優位性を周りの方にわからせたと、ご自身で満足できるまで、相手への攻撃を続けます。
まさに、今、ため息氏がやっていることです。
とても、大事に育てられた方なのかと思いますけど・・・。
この先は、ますます、そうした傾向になるのですかね。
ため池家族は、ため池主人と同じように、学とみ子の用語使用の問題点を追及してきます。
その同一性に笑ってしまいますね。
それしか知らないということなんですけどね。
ため息氏と議論して、学とみ子は何かを学ぼうとしたのですが、今のところ、その成果がありません。
もうやめようと思います。
学さんと当方は専門が同じではないようです。ブログでのコメントは学会での議論ではありません。お互いの誤解を招かぬような言葉使いは必須です。専門家のみが分かる専門用語は、相手の専門を考慮して使うべきです。必要なら解説も加えたほうが誤解を招きません。いわんや、定義されていない言葉を新たに作る、すでに定義されている言葉があるのに異なった言葉で表現するなどは、相手に理解を求めるのなら極力避けるべきです。好意的に解釈するはいいのですが誤解を伴ってはなんにもなりません。ですので、学さんの言葉に疑問があるから聞くわけですね。誤解を避けたいからですね。「西村さんとは誰？」というわけです。
「この原則がため息氏には通じません。」は当然です。当方と学さんの専門が異なるからです。
ですから、PCRゲル化実験、遺伝子異常感知能力なんて言葉は使わないで頂戴とお願いしているわけですね。学さんと同じ免疫の専門家でもわからないでしょ。
理解していただきたいと思うのなら、タイトルと記事内容を一致させることから始めることをお薦めします。
＞どこが揚げ足取りになるのでしょうかね？わかりきっているのなら、セイヤさんが学さんに訂正をうながしなさいよ。
分かりきっているというのは、「どこにこのような発言をした一部の方がいたのですか？」という言葉に掛かってるんですよ。
TCR再構成がないから駄目だという人は、吉村さん、kaho日記などいっぱいいたじゃないですか。NHKなどは、同一の細胞である事を直接証明していないとして、小保方さんのキメラマウス作成細胞のすりかえを強く示唆して、小保方さんに大きなダメージを与えましたよ。
揚げ足取りというのは「学さんの文章」に掛かっているんですよ。
「リプログラミングの必須の証拠＝STAPが偽物」と言うあたりにイチャモンをつけるだろうという予測です。
学さんの主張は、「捏造の科学者」の笹井さん、丹羽さんのとのメールやり取りを読めば、少しは理解できるんじゃないですか。
＞で、プレレスリリースがあったんでしょうか？
この件はアノ姐さんの「ポカ」なんですよ。それを「三木弁護士のキャッフレーズ説」など持ち上げたりしないであげてください。本人、苦しみますか
「TCR再構成がないから駄目だという人は、吉村さん、kaho日記などいっぱいいたじゃないですか。」
TCR再構成がないから初期化はなかったと吉村氏他がおっしゃったのですか？
TCR再構成がないから初期化の証明に失敗したけれども、初期化を否定できたわけではないでしょ。初期化に成功したがTCR再構成がみられないことはありうることですがらね。
そもそもは「ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15683730.html
2018/9/28(金) 午前 10:57学とみ子：一部の方は、....つまり、キメラにTCR再構成がないから、STAPが偽物と言う人がいるのです。」に始まったのですよ。
だから誰がそんなことを言った？と返したんですよ。
セイヤさんは吉村氏他が言ったというのだから、その根拠となる記事等を示してちょうだい。
吉村氏は、限定的条件の元でバンドが1から2と言いました。現実のSTAP細胞で多くのバンドが出ていてポリクローナル状態です。これのうちどれか一個あるいはごく少数のT細胞が大きく増殖してキメラ構成しないとバンドははっきり出ません。普通は、そうした条件まで想定できません。
学者たちの一部は、分化T細胞には共通的な再構成パターンがあって、D2J2で見ればバンドが1-2個(痕跡が残っている)で出るから、体細胞で確認できれば、T細胞由来だとわかると誤解したと、想像されますね。
キメラ体細胞で、この痕跡が確認できないからSTAPは偽物との誤解が広がりました。。
既にキメラマウスはES細胞由来によるものと分かっているから、キメラマウスのTCR遺伝子再構成のデータは意味が無いね。
以前に、武田教授がこの辺りに触れていました。
論文の言語は、文学とは違い、手段に過ぎません。
論文マテメソなどは、オリジナリティは不用です。論文では、典型的見本に近い文章が読みやすいです。文章の技を競っていないし、簡潔で読みやすいく、読者に誤解をさせないのが良い英文です。
グーグル訳がしっかり機能する文章が望ましいでしょう｡
そうした視点から、以下のはなさん文章を考えてください。
＞小説、創作物その他諸々で剽窃を「それほど関係しない」と許容しますか？
笹井先生が[STAP幹細胞は、ヘテロな集団]といったとの事実は、STAP幹細胞は単一細胞から増殖させたとの論文記載とは結び付かないと思います。
＞TCR再構成がないから初期化はなかったと吉村氏他がおっしゃったのですか？
吉村さんは、ＴＣＲの証拠は無かったから、「Ｔ細胞は酸処理くらいでは増殖可能な万能細胞にはなれない」、「終末分化した細胞のリプログラミングの証拠は無い」、「もともとあった多能性細胞が選ばれた」と結論しています。
また、別の研究者を支持して「DNA配列情報からSTAP細胞もTCR再構成の痕跡が無いと言われている。もしそれが本当なら明らかに論文のPCRの図と矛盾する。」と選択説を強調しています。
このように、TCRの名を借りてのSTAP批判は事実だから、「TCR再構成がないから駄目だという人は、吉村さん、kaho日記などいっぱいいたじゃないですか」とか「キメラにTCR再構成がないから、STAPが偽物と言う人がいるのです。」と言ったっていいじゃないですか。文章の断片でもってあら捜しをするのは未熟な読解力の問題だと言われますよ。
＞セイヤさんは吉村氏他が言ったというのだから、その根拠となる記事等を示してちょうだい。
過去、新聞4紙の同じ記事を示しても信用しないんだから、ヤダ
＞そのソースが問題だったのを理解しているのにもかかわらず、……プレスリリースはなかったと認めた、……これ以上答えはでてこないでしょうから、ここまでですね。
おしまい。
何がおしまいなんですか？人の意見を聞かず、勝手に纏めておしまいとしながら、蒸し返しているのは「ため息さん」ですよ！
私はソースが問題だったとは全然思ってはいません。
この際だから最後に言っときますが、石川さんの件は「窃盗」ですよ。
「不起訴」にしたのは、「犯罪の嫌疑がないか証拠が不十分である」ではなく、「そもそもの被疑事実が罪とならない」と検察が判断したもので、窃盗対象は理研の中を単に移動したに過ぎないという類なんですよ。
警察OBの飛松さんと石川さんにゴリ押しされ、検察に上げたが、警察と違う判断をされたということです。
検察は、被疑者不詳案件ですから、世間に向けてコメントを出す必要があり、「こんなことに煩わされて」とつい「事件の発生自体が疑わしい」と言ったというのが常識でしょう。
新聞記事の主語は「検察」ですよ。STAPは信じなくとも新聞ぐらい信じなさいよ。