FI-SC3の90%と占めるとされるB6ホモ（かつOct4-GFP陽性）の細胞が、もしES系であれば、GOF-ESかGLSが有力と思われます。これらの細胞でSox21発現がどうなっているか、見る必要がありますよね。RNAseqで解析されたES細胞サンプルは、和もがさんのサイトを見る限りB6129F1の遺伝的背景（少なくともGOF-ESではない）のようで、このES細胞でSox21が発現していないからといって、GOF-ESでも発現していないとは言えません。
若山研からは、２細胞から８細胞期の胚を直接feederにプレートしてES細胞を樹立する方法も報告されており、このような方法で早期胚からGOF-ESが樹立されていた場合（推測です）、Sox21の発現がどうなるか、ちょっと興味深いです。
いずれにせよ、学さんとではなく、Ts.Markerさんや和もがさんと議論すべき事と思います。ここでやるのは不適切なようにも思うので、ここまでにします。もし不適切と思われれば、非開示にしていただいても構いません。
下書きして出そうと思ったら、Ts.Markerさんからコメントがあったようですね。私の論点には変わりありません。
いずれにせよ、学さんとではなく、Ts.Markerさんや和もがさんと議論すべき事と思います。ここでやるのは不適切なようにも思うので、ここまでにします。もし不適切と思われれば、非開示にしていただいても構いません。
下書きして出そうと思ったら、Ts.Markerさんからコメントがあったようですね。私の論点には変わりありません。
一つコメントがはじかれてしまったようです。以下のコメントが２番目に入る予定だったものです。
FI-SC的な細胞が存在するとすれば、それはCdx2とOct4の共発現をsignatureとする細胞であろうと思われます。よって一個のTSマーカー遺伝子だけで何か言うのであれば、Cdx2の発現を見るべきと考えます。Sox21単独ではなんとも言えません。文献的には、ES細胞でもラインによってはSox21 をそこそこ発現している報告（TSほどではありませんが）もありますし、胚発生初期に trophoblast系にコミットする細胞は、むしろSox21の発現が低下しているとの報告もあります。（この論文は、西川先生のサイトで日本語で解説されています。）
FI-SC的な細胞が存在するとすれば、それはCdx2とOct4の共発現をsignatureとする細胞であろうと思われます。よって一個のTSマーカー遺伝子だけで何か言うのであれば、Cdx2の発現を見るべきと考えます。Sox21単独ではなんとも言えません。文献的には、ES細胞でもラインによってはSox21 をそこそこ発現している報告（TSほどではありませんが）もありますし、胚発生初期に trophoblast系にコミットする細胞は、むしろSox21の発現が低下しているとの報告もあります。（この論文は、西川先生のサイトで日本語で解説されています。）
Ts.Markerさんや和もがさんの解釈は、あくまで彼らの考えですので、学さんが彼らのブログを読んで、その内容を理解した上で賛同するのであれば、私がどうこう言う事はないです。私自身の見解は、彼らの解釈とは異なりますが、この点については、学さんとではなく、彼らと議論すべきと思っています。