やっぱり氏や、ため息氏、そしてL氏、ES派の方々の攻撃が続いています。
当ブログに浴びせられるやっぱり氏のスタンスを少し、まとめてみました。
やっぱり氏は、学とみ子は誤解しているとのメッセージを流し続けています。
正直、議論していることが、本当に専門領域に入り込んでいます。
TCRに関しては、専門家と言われる人たちも、間違ってしまった領域なんですね。
でも、科学は皆のものですから、少しづつでも理解が進むと、科学的視野が広がります。
TCR議論が始まった頃の、yap*ari*さんは、このようにコメント（青字）しています。
2018/5/21(月) 午後 0:54
. STAP研究におけるTCR再構成の意義を（学とみ子が）まるで理解されていない、あるいは大きく誤解されているのではないでしょうか？
. STAP研究におけるTCR再構成の意義を（学とみ子が）まるで理解されていない、あるいは大きく誤解されているのではないでしょうか？
・・酸性刺激によって分化した体細胞が初期化したものである、ということを示すために、TCR再構成が起こったＴ細胞を材料としてSTAP細胞を作成して、そこにはTCR再構成を示すバンドがある、というのが、例の改ざん研究不正とされたFIG.1iの電気泳動の画像だったわけですが、、
・・・
すでに査読の段階で、STAP細胞が初期化された細胞だというなら、STAP細胞由来のテラトーマやキメラマウスにもTCR再構成を確認すべきという指摘されていたわけです。
この対象はＴ細胞ではありませんよ。
STAP細胞由来のあらゆる細胞には、STAP細胞のDNA配列が複製されているはずなので、それを調べろという意味です。
学さんが主張しているのは、キメラマウスでもＴ細胞は作られているということですが 話が滅茶苦茶になっていることに気が付きませんか？
学とみ子注釈：学とみ子は最初から、TCRはゲノム情報といっているが、やっぱり氏は、学とみ子がそのように考えているとは言わず、間違って解釈していると決めつける。
やっぱり氏は、誤解の証拠として、学とみ子がT細胞のことを言っていると指摘する。
私はそんなことは言っていないです。
ゲノム情報ならコピーされていくが、学とみ子はそれが理解できていないと決めつける。
印象操作の典型的な文章です。
2018/5/21(月) 午後 8:43
.そもそも、STAP細胞なるものが、MUSE細胞のように元々存在していてセレクションされたものではなく、酸性刺激によって分化した体細胞が初期化したものである、ということを示すために、TCR再構成が起こったＴ細胞を材料としてSTAP細胞を作成して、そこにはTCR再構成を示すバンドがある、というのが、例の改ざん研究不正とされたFIG.1iの電気泳動の画像だったわけですが、、
.そもそも、STAP細胞なるものが、MUSE細胞のように元々存在していてセレクションされたものではなく、酸性刺激によって分化した体細胞が初期化したものである、ということを示すために、TCR再構成が起こったＴ細胞を材料としてSTAP細胞を作成して、そこにはTCR再構成を示すバンドがある、というのが、例の改ざん研究不正とされたFIG.1iの電気泳動の画像だったわけですが、、
すでに査読の段階で、STAP細胞が初期化された細胞だというなら、STAP細胞由来のテラトーマやキメラマウスにもTCR再構成を確認すべきという指摘されていたわけです。
学とみ子注釈：ここも、STAP細胞、キメラ、テラトーマも、TCRがなければいけないと読める文章がならんでいます。これは、以前に議論されていた（１））（キメラにもTCR再構成が必要）の考え方であり、この頃のやっぱり氏は、この説を強調していました。
そこで、学とみ子は以下の様に質問しました。2018/5/21(月) 午後 8:33
.キメラやテラトーマは、遺伝子欠損した細胞で構成されていなければ、STAPから作られたと言えないとの主張ですね。
.キメラやテラトーマは、遺伝子欠損した細胞で構成されていなければ、STAPから作られたと言えないとの主張ですね。
つまり、（１））（キメラにもTCR再構成が必要）説でなければいけないのか？と聞いてみました。
[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/5/21(月) 午後 6:52
学さんってもしかしたら、「Ｔ細胞の細胞膜上に発現しているタンパクとしての抗原受容体分子TCRと「そのTCRをコードしている遺伝子配列の再構成の区別がついていないのではないでしょうか？
STAP細胞でPCRを使って調べられているのは「再構成された遺伝子配列部分」ですよ。大丈夫ですか？
2018/5/21(月) 午後 6:52
学さんってもしかしたら、「Ｔ細胞の細胞膜上に発現しているタンパクとしての抗原受容体分子TCRと「そのTCRをコードしている遺伝子配列の再構成の区別がついていないのではないでしょうか？
STAP細胞でPCRを使って調べられているのは「再構成された遺伝子配列部分」ですよ。大丈夫ですか？
学とみ子は、理解できていないと、決めつけました。学とみ子は、TCRをタンパクのことと間違えたと言います。ヤッパリ氏は、誤解しているふりをしています。
学とみ子がゲノム変化だと言っているのに、そこを認めないやっぱり氏の卑怯な戦法が見えます。
[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/5/22(火) 午前 8:06
「TCR再構成されたＴ細胞から作成したSTAP細胞を用いて、テラトーマやキメラマウスを作成して、そこの細胞にTCR再構成が見られればSTAP細胞は初期化された細胞であることの証明になる」
というのは、そもそもNature論文の主張でもあるわけです。
2018/5/22(火) 午前 8:06
「TCR再構成されたＴ細胞から作成したSTAP細胞を用いて、テラトーマやキメラマウスを作成して、そこの細胞にTCR再構成が見られればSTAP細胞は初期化された細胞であることの証明になる」
というのは、そもそもNature論文の主張でもあるわけです。
学とみ子注釈：ここが、最初（１）（キメラにもTCR再構成が必要）と、やっぱり氏が主張をしていたのに、（２）（キメラに再構成があればSTAP由来と言える）へと、やっぱり氏が主張を切り替えた時点です。
そして、学とみ子がまちがっていると主張し続けます。
2018/5/21(月) 午後 10:47
いやもう、学さんは自分が間違っていることを全く理解できないようですね。
もはや、放置するしかないようですな
いやもう、学さんは自分が間違っていることを全く理解できないようですね。
もはや、放置するしかないようですな
2018/5/22(火) 午前 8:52
もしそうならば、基本的に通常の細胞の増殖においては、30億塩基対はほぼ正確に複製されますので、キメラマウスの中のSTAP細胞由来の細胞には、この再構成されたTCR遺伝子配列は残り続けます。
もしそうならば、基本的に通常の細胞の増殖においては、30億塩基対はほぼ正確に複製されますので、キメラマウスの中のSTAP細胞由来の細胞には、この再構成されたTCR遺伝子配列は残り続けます。
また、もしTCRのタンパクの話なら、そもそもSTAP論文におけるTCR再構成の意味がまるで理解できていないおばかさんということですね。いずれにしても、学さんは間違っているということです。
2018/5/22(火) 午前 8:46
一番目の文章におけるTCRは、再構成された遺伝子配列のことですね。 学さんは遺伝子欠損とも言われてますが、30億塩基対の内のVDjunctionの部分の数百？の塩基対が欠損しただけのことで、ES細胞並みの多能性を獲得していたのなら、キメラマウスとして誕生する可能性は十分にあるでしょうね。
ここの記載は、下線部分で、やっぱり氏はまちがっていますね。
再構成について、やっぱり氏の知識が十分ではありません。
なんのために、TCR再構成が起こるのかの理由もわかっていないでしょう。
TCR再構成とは、DNA一部が切り取られたとする生体反応ではありません。
複数の染色体に及んで存在している１００種をこれる遺伝子機能を持つDNA遺伝子配列の中から、組み合わせ１種が特別に選ばれてくる壮大な現象が、TCR再構成の意味するところです。
2018/5/22(火) 午前 8:23
理研（丹羽氏）発表のプロトコルにおいて、STAP幹細胞にTRC再構成が見られなかったときの解釈を持ち出す方は、一体何の議論になっているのか、まるで理解できていないようですね。 この時の解釈は完全に理解した上での議論なんですが、、。
理研（丹羽氏）発表のプロトコルにおいて、STAP幹細胞にTRC再構成が見られなかったときの解釈を持ち出す方は、一体何の議論になっているのか、まるで理解できていないようですね。 この時の解釈は完全に理解した上での議論なんですが、、。
あいかわらず、学とみ子がまちがっているとの指摘をし続けます。
最近のコメントも同様に、学とみ子はいくら言っても理解しないと言い続けています。
2018/6/12(火) 午後 3:19
何度も何度も、学さんはTCRという言葉で、遺伝子配列とタンパクを混同していると指摘してきたのですが、まるで通じないし、他人のコメントまで捻じ曲げているのですよ。
いい加減にして下さいね。
いい加減にして下さいね。
皆さま、このような巧みなやっぱり氏の戦略を鑑賞しましょう。
数日前、図の説明として、学とみ子は、”DNAが隠し持った情報”と表現しましたが、これは、T細胞が抱えるTCR再構成を意味していました。
しかし、plusさんは、”DNAが隠し持った情報”と”TCR”は関係が無いでしょう？とおっしゃっいました。
同じ言葉であることを理解するのは、plusさんですら、難しいということですね。
このコメントを読んで、学とみ子は、みなさまの誤解が減らせるように、言葉の使い方にもっと気をつけないといけないと感じました。
言葉たくみなES派に、反ES論がつぶされないように、学とみ子は何とかふんばりたいと思います。
多分、上記返答が、学さんが他の人の主張を正しく理解していないことを端的に示していると思いますよ。
学さんが「TCR再構成はゲノム情報と言っている」ことを認めないというより、「ゲノムとエピゲノムの区別が出来ていない」ことを皆さん指摘されているのではないでしょうか？
学さん以外の説明は、理研の説明を含めよく分かります。それって内容が難しいという問題ではないことを表しているのでは？
もう一度忠告しましょうか？
===ここから引用＝＝＝
TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。キメラマウスのリンパ球は常に産生されていて、体内対外に存在する新たな抗原にめぐりあって新たなTCRを構成するのです。新たに作られる多種のTCRをもつリンパ球が淘汰と増殖をくりかえします。この番組を見ると、まるで、キメラマウスになってからも元のTCRを持ち続けているかのような説明です（元のTCRを持ち続けていないからSTAPがおかしいとの説明になっている）。
ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15511898.html
2018/5/18(金) 午後 10:11学とみ子
===引用ここまで＝＝＝
これが始まり。覚えていますかね。
ここからしばらくを読み返すといいと思いますよ。
＞ゲノムとエピゲノムの区別が出来ていない」ことを皆さん指摘されているのではないでしょうか
ゲノムとエピゲノムの区別なんて、簡単な話ですよ。DNAの塩基の話と、DNAの塩基の周りの周りのメチル化などの構造がエピゲノムですよ、そんなこと、間違えませんよ。ｘｙｚさんの紹介文献見てくださいね。Lさんは、TCRのでき方を誤解されていたと思います。
今は、修正されたと思いますけど。
いや、字義の話じゃなくて…
学さんと想いを共有しない私には、何を言っても伝わらなそうです。はい、学さんの知識にはかないませんし、そこを否定するつもりは毛頭ありません。
>今は、あなたも、いろいろ考えを練り進めていますね。
私は最初から変わっていませんよ。
それで、学とみ子さんとしては、
私が引用した学とみ子さんのコメントは、Nスペの科学者が言ったことが、細胞膜上のタンパクとゲノムのどちらのことを言っているように思いますか？
これはそうなのでしょうかね。
T細胞は自分のDNAが成熟T細胞のものであり、このまま発現していって良いとどうやって知るのでしょうか。
自分自身を攻撃するものの暴走がおこらないように、適切なシグナルのネットワーク内におくことで分化を制御しているからこそ、無能力あるいは用のないあるいは危険なT細胞は自死するのだと思いますが。
L氏の疑問はこの場合のスタートのシグナルが通常のプレTCRが受け取るもので良いのかというものだと思いますね。例えばそのシグナルを受け取ると再度TCR再構成をしようとするかもしれない、などと私は思うのですが。
また、推測ですが、L氏の言うエピゲノムはこの場合に限ってはもっと広い範囲を指しているのではないかと思いますね。例えば自死させる機構の制御ですね。
これらが、誤解に繋がるのでしょうか？
誤解は、思わぬところにあるのかなあ？？
対面なら、誤解は避けられるかも…
元のマウスの型のTCRを作れるゲノム情報がキメラに確認できるか？の問いかけです。
ゲノムか？タンパクか？ではないのです｡
＞理研の説明を 含めよく分かります。それって内容 が難しいという問題ではないことを 表しているのでは？
ES説に反論する者の拠り所は、それはこの実験形態では無理だというところです。
ESを使ったら、小保方氏に犯人が限定されること、若山研究室の多くのスタッフも、GRASもねつ造に協力することが必要です。
>現在、学さんが向かっている相手は
>小保方Stap.学さん否定論者なのは
>理解できますが
学さんは、小保方氏（ＳＴＡＰ細胞）否定しようとしているのが
分かりませんか？
ＳＴＡＰ細胞のキモは分化した細胞が酸性液の処理で初期化する
というものですが、小保方氏はＳＴＡＰ細胞が分化した細胞から
出来たたこと証明できないと言ってます、ＥＳ論以前の根源的な
所で否定しているのですよ！
これが先の私へのコメントに宛てたものかもしれないので補足しておきますね。
初期化でゲノム情報は変わりませんが、エピゲノム情報はシャッフルされます。
というのは、
T細胞から作られたSTAP細胞なりiPS細胞は
ゲノム情報は変わらないので、ゲノムのTCR再構成を調べればT細胞由来とわかるのですが、
遺伝子の発現のオンオフに関係のあるDNAメチル化などのエピゲノム情報はシャッフルされ、もうT細胞のものではなくなっているということです。これによって、T細胞ではオンになっている遺伝子が働かず、新たにTCRを作らないし、T細胞のように短期間でアポトーシスするとは限らないということ
だと思いますよ。
＞ゲノム情報は変わらないので、ゲノムのTCR再構成を調べればT細胞由来とわかるのですが
TCRは、膨大な種類があるということも大事ですね。、
＞遺伝子の発現のオンオフに関係のあるDNAメチル化などのエピゲノム情報はシャッフルされ、もうT細胞のものではなくなっているということです。これによって、T細胞ではオンになっている遺伝子が働かず、新たにTCRを作らないし、T細胞のように短期間でアポトーシスするとは限らないということ
T細胞の生き死には、T細胞の持つTCRとマッチした抗原刺激が必須であること、持ち主の中でしか働けないということです。
>T細胞の生き死には、T細胞の持つTCRとマッチした抗原刺激が必須であること、持ち主の中でしか働けないということです。
STAP細胞やiPS細胞はエピゲノムがシャッフルされすでにT細胞ではないので、そのことが関係なくなっているということだと思いますよ。
そんことはないでしょう。STAP細胞の初期化機序はまだ、何も解明されていませんからね。
キメラができたことから、酸浴が体細胞を変化させたと推論することができます。STAPは、どのようなタイプの細胞からでも誘導できます。
初期の頃の実験で、T細胞にこだわったことで、足をすくわれたのでしょう。
、
>TCRは、膨大な種類があるということも大事ですね。、
STAP細胞論文においては、すでにT細胞としての性質をもっていないSTAP細胞や、それが作り出したキメラの尻尾の組織、これもT細胞ではない細胞にTCR再構成が「ある」という結果がでれば成功だと思いますよ。
どのTCRをつくるTCR再構成なのかはどうでも良いのだと思いますよ。
質問が鋭くなってきてますけど・・・。
ここまで来たら、ご自身の見解も披露してね。
xyzさんの紹介した文献読みましたっけ？iPS化の後で、細胞のエピゲノムがどうなっていたか？について、plusさん、どこかで書いていたと思いますけど。とにかく、まだ、これからの研究分野なのです。
類似文献に、アクセスして、情報を教えてください。
＞これもT細胞ではない細胞にTCR再構成が「ある」という結果がでれば成功だと思いますよ。
T細胞ではない１個レベルの細胞ごとにTCR再構成が「ある」か？を調べるということになるのかな？
元マウスのTCR痕跡パターンは無数ですよね。キメラのT細胞も混じりますよね。それより、TCRで見たいなら、モノクローナルな蛍光付きT細胞（同一TCR）をいれる方が実際的かと思うのですが・・・。
こうした実験仮説の立て方推論は、学とみ子に無理です。理論の破綻が・・・。
>ここまで来たら、ご自身の見解も披露してね。
見解もなにもそういう議論ではないですよ。
T細胞がどうこう以前にSTAP細胞が再現できないので砂上楼閣の推論をすることに意味を見出せませんが。
ここにある議論はSTAP論文にどのように書いてある、という話でしかありません。
学とみ子さんは、論文に書いてあることを捻じ曲げていますよ、という指摘をされているだけです。
>T細胞ではない１個レベルの細胞ごとにTCR再構成が「ある」か？を調べるということになるのかな？
物理的な限界の中で実際にどういう実験をするかは、「キメラでもTCR再構成が認められた」と主張したい人が考えることです。
STAP論文の著者らが行った方法と得られた画像を、SCIENCEの査読者は十分な精度があると考えなかったみたいですね、というだけです。
>STAP論文の著者らが行った方法と得られた画像を、SCIENCEの査読者は十分な精度があると考えなかったみたいですね、というだけです。
SCIENCEの査読者３人の中で、2の方は、尻尾細胞の図は、方法論が間違っているとかいてます。
１の方は、ES論なので論外ですが、TCRというものの理解が、当時は不十分と思います。恐らく、今は修正されているでしょう。査読者と言えど、間違いはあります。笹井氏も、悪意のある査読は読まないと言ってましたね。
驚くべきことに、動物の体がどのように守られているのかの知らないと思います。そうでないと、ES論は信じれないですからね。胚が発生するときに必要な遺伝子って、その後の免疫と関係する遺伝子と、結構、共通していたりします。
３の方は、表現があいまいですが、アクセプトの脈はあります。
学とみ子の日本語がわかりにくい点は、ひきつづき、反省していきます、