わからない病気や症状を前にして、学とみ子の頭がぐちゃぐちゃになることはあります。
次々に機序が理解できない現象が起きてくる場合には、私は、ぐちゃぐちゃ頭になるのですが、今はそうした状態ではありません。
STAPやがん免疫の話題に関しては、頭がぐちゃぐちゃになることはないです。
かつて、頭の中に詰め込んだ知識の引き出しを開けて、そこから勝手きままに繰り出しているだけです。私の説明は一貫していると思うのですが、日本語文章の稚拙さから、人々に誤解を与えるようです。
ですから、今の情報は、ネット情報を助っ人に、学とみ子がかつて、詰め込んだものをひきづり出しております。
学とみ子が、現時点で、わからないと思うことはわからないと言っていますし、間違ったら間違ったと言っています。
私の話は、学説と言っていますが、狸氏ご指摘の通り、格調高い本物の「学説」ではありません。
ため息氏とのバトルが続いていますが、お互いに用語でのトラブルが大きいようです。
当方が、DNA切り取りと言ったのがいけないようで、DNA切り貼りと言わないとわからないと、ため息氏に言われました。
学とみ子は、ため息氏からの質問に対しては、誠意をもって答えているつもりですが、ため息氏に怒られます。
もう少し、学とみ子の誠意を見せたいので、問答を続けたいと思います。
本日も、ため息氏から以下の投げかけがありました。
ため息氏 青字 学とみ子 茶字でいきます。
本日、新たなお題が以下です。
ため息氏:なるほど、細胞死を運命付けられているT細胞は初期化しても死に行くと、あくまで主張するのですね。それも、学とみ子の推測なんですね。根拠は生体でのT細胞の性質、すぐ死んじゃう、からなんですね。
当方は違いますよ。初期化したらT細胞の特徴がなくなり増殖できるですね。その例として理研の記事を引用しているのだから。
いいですよ。学さんが想像するのは。勝手ですからね。
これについての学とみ子の答えは、本日の、yap*ari*w*katt*na*さんの以下の質問
yap*ari*w*katt*na*さん:
>学さんの主張する短命というT細 胞の特徴(TCRを介するアポトーシ ス)は示さない、
への返信コメントと同じです。以下、貼り付けます。
学とみ子: 短命なのは、STAPのように他の体内に移されてしまった場合です。
T細胞は、重症感染症やがんがある人であれば、それを殺傷するために増殖します。
そして、T細胞のアポトーシスは抑えられます。
重症感染因子やがん細胞を見分けるのが抗原提示細胞で、TCRを介してT細胞がその情報をもらい増殖します。
他の動物胚に入れ込まれたSTAPーTとは違います。
ため息氏:西川氏のアイデアを学さんはありえないと否定しているんだからね。
学とみ子:西川氏が、実際、著者らとどのような会話をしたかなんて、わからないではないですか?
学とみ子の質問「その細胞に元のTCRを思い出させるのですか? 」に対する答え
ため息氏:理研の記事に書いてあるでしょ。解説するくらい読んだのでしょ。誘導分化させるんだよ。わからないの?
学とみ子のミス:CTR(TCRのミスタイプミス)すみません。
学とみ子からため息氏への質問「TCR再構成がどこで起きているかが」
ため息氏:議論のキモ?? 説明してちょうだい。第2、第14、第22染色体の免疫グロブリンの遺伝子座のようですね。
学とみ子:ここは、BCRだよ。ここは、ため息氏が100%間違ったね!
ため息氏:再構成を再編成とか再合成と言葉を変えて説明するのは誤りです。
ここは理解しました。切り貼りした行為を再編成とか再合成とか表現してはいけないということですね。私が先生の学生なら、以後、絶対守ります。
ここは理解しました。切り貼りした行為を再編成とか再合成とか表現してはいけないということですね。私が先生の学生なら、以後、絶対守ります。
ため息氏:「キメラからTCRが証明できないとの過去の実験結果を知っている人」とは誰?論文は?
尻尾の細胞から抽出したDNAのゲル図が、サイエンス誌に載っていたのではないか?との噂になってます。この情報がマスコミに流出して、STAPは偽物と騒がれました。
尻尾の細胞から抽出したDNAのゲル図が、サイエンス誌に載っていたのではないか?との噂になってます。この情報がマスコミに流出して、STAPは偽物と騒がれました。
ため息氏:「iPS化は、ある程度に分化した細胞をその細胞の能力を維持したまま、遺伝子を挿入して無限に増殖できるように、改変したもの。」は生きているの?そんな細胞があるの?どこが当方の誤認なの?
学とみ子:ここがいつまでも溝が埋まらなくてかなしいですね。
理研のがん研究のピンク飾り細胞は、ピンク飾りをいつでも作れる(多様なTCRの種類の中から間違えずに、ピンク飾りをつくれるレシピを自らの遺伝子の中に切り貼りしてしまい込んである。こうしておけば、細胞が増える時、そのまま遺伝子もコピーされていくので、ピンクTCRがつくれる)
理研のがん研究のピンク飾り細胞は、ピンク飾りをいつでも作れる(多様なTCRの種類の中から間違えずに、ピンク飾りをつくれるレシピを自らの遺伝子の中に切り貼りしてしまい込んである。こうしておけば、細胞が増える時、そのまま遺伝子もコピーされていくので、ピンクTCRがつくれる)
TCR再構成の能力をもったまま、iPS細胞になるということです。この説明で、どうか、ご納得ください。
たまたま、ネット情報ですが、生体にとって、同一のTCRを作ることが確率的にいかに難しいのか?が書かれていました。生きた動物は、この無限のTCRを保有するT細胞を抱える状態なので、TCRを解析する作業はいかに労力がいるかが理解できると思います。
だからこそ、T細胞は、あらかじめTCR遺伝子を切り貼りしておいて、その情報を維持するということです。
参考になりますよう、載せておきます。青字
T細胞レセプター分子が、T細胞を介する免疫応答および免疫機構に重要な役割を果たしていることから、これら免疫応答および免疫機構の解析には、個々のT細胞レセプター分子を得ることが必要である。しかし、膜表面タンパク質を細胞から精製すると、10の10乗個の細胞からせいぜい10μg程度しか得られない。しかも、T細胞レセプターの多様性により、一種類のT細胞レセプターを分取するためには、それぞれのT細胞レセプターを持つT細胞株を樹立し、その各々からT細胞レセプターを単離することが必須となる。しかし、T細胞のT細胞レセプターレパートリーは10の10乗種類にも及んでおり、10の10乗種のT細胞株を樹立することは、実質的に極めて困難である。
【0006】
他方、T細胞表面に存在する膜表面タンパク質であり、抗原認識を担うT細胞レセプターには、α鎖・β鎖から成るヘテロ二量体とγ鎖・δ鎖から成るヘテロ二量体の二種類が同定されている。T細胞レセプター遺伝子は免疫グロブリン遺伝子と同様に、可変領域(V:variable)、多様性領域(D:diversity)、結合領域(J:joining)からなり分子の多様性を生じるVドメインと、細胞外定常領域、膜貫通領域、細胞内領域を含む定常領域(C:constant)からなるCドメインにより構成されている。これらのアミノ酸配列はT細胞ごとに異なっていることから、T細胞レセプターは抗原認識分子であると同時に個々のT細胞の目印にもなっている。このT細胞レセプターの多様性は後天的なT細胞レセプター遺伝子の再構成によって生みだされており、T細胞レセプターβ,δ鎖はV-D-Jを、T細胞レセプターα,γ鎖はV-Jを再構成することが知られている。
【0007】
T細胞の初期分化は、B細胞と同様にT細胞レセプターのα鎖及びβ鎖遺伝子の再構成と密接に関わっている。T細胞レセプターβ鎖遺伝子の再構成はDN-T細胞(double negative:CD4-8-)の段階で開始され、β鎖遺伝子の再構成に成功した細胞はβ鎖タンパク質と代替α鎖(preTα)の複合体、つまりプレT細胞レセプターを細胞表面に発現する。そして、CD4及びCD8分子の発現が誘導され、DP-T細胞(double positive:CD4+8+)へと移行し、DPとなったT細胞は、次にT細胞レセプターのα鎖遺伝子の再構成に成功した細胞のみが、T細胞レセプターを表面に発現できることが知られている。
【0008】
T細胞レセプターβ鎖の遺伝子構成に関しては、ヒトゲノム遺伝子配列情報データベースによれば、T細胞レセプターβ鎖の遺伝子は約30種類の亜族(遺伝子自体は約70種)からなるV遺伝子、2種類のD遺伝子、14種類のJ遺伝子、2種類のC遺伝子によって構成され、Vβ中に2つの可変領域(CDR1、CDR2)が存在することも知られている。これらの中からVβ、Dβ、Jβが各1つずつ選ばれて結合し、T細胞レセプターβ鎖をコードするDNAが構成されている。この際、Vβ-Dβ-Jβの結合部にはランダムな塩基の挿入や欠失が起こり、無限に近い多様性が生みだされている。このVβ-Dβ-Jβの結合部位(連結部分)は、CDR3(相補性決定領域3:third complementarity determining region)、結合部(junctional)領域と呼ばれ、T細胞レセプターの中で最も多型性に富む部分であり、塩基の挿入・欠失が起こるため、各遺伝子構成が同じであっても連結部分も含めて同一配列になることは極めて稀である。
【0009】
また、T細胞レセプターα鎖の遺伝子構成に関しては、ヒトゲノム遺伝子配列情報データベースによれば、T細胞α鎖の遺伝子は約40種類の亜族(遺伝子自体は約50種)からなるV遺伝子、約60種のJ遺伝子、1種類のC遺伝子によって構成される。T細胞の分化の過程で起きる遺伝子組み換えによって、前述の中からVα、Jα、Cαが各1種ずつ選ばれて結合し、染色体上でT細胞レセプターα鎖をコードするDNAが構成される。染色体上で構成されたT細胞レセプターα鎖遺伝子は発現してそのタンパク質が細胞表面に表出する。T細胞α鎖のVα-Jαの結合部位(連結部分)は、多型性に富む部分であり、塩基の挿入・欠失が起こるため、各遺伝子構成が同じであっても、連結部分を含めて同一配列になることは極めて稀である。
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> ため息さん
私は、あなたがわからないという部分がわかりません。私はごまかすとも、そらすとかも、考えた事はありません。
これは、特殊な知識ですから、ブログだけのやりとりでの説明に限界あります。
TCR再構成が行われいるのは、図で言えば、ピンク飾り(これがTCR)を作る時です。
T細胞が分化して、自らの複数の染色体部分に分かれて存在する、TCRを作るための遺伝子情報を持つDNA配列を見渡します。
100を越える種類の遺伝子の中から一種類を選んで切り貼りし、T細胞は、ピンク飾りを作れるDNA配列を染色体上で作り直します。
これをTCR再構成と言います。
このT細胞をコピーしていけば、T細胞は、いつでもピンク飾りのTCRを作ります。
理研では、がん知識を目的に、このピンク飾りのT細胞を、iPS細胞化しました。
携帯打ち込み、限界です。
私のお仕事あります。
私は、あなたがわからないという部分がわかりません。私はごまかすとも、そらすとかも、考えた事はありません。
これは、特殊な知識ですから、ブログだけのやりとりでの説明に限界あります。
TCR再構成が行われいるのは、図で言えば、ピンク飾り(これがTCR)を作る時です。
T細胞が分化して、自らの複数の染色体部分に分かれて存在する、TCRを作るための遺伝子情報を持つDNA配列を見渡します。
100を越える種類の遺伝子の中から一種類を選んで切り貼りし、T細胞は、ピンク飾りを作れるDNA配列を染色体上で作り直します。
これをTCR再構成と言います。
このT細胞をコピーしていけば、T細胞は、いつでもピンク飾りのTCRを作ります。
理研では、がん知識を目的に、このピンク飾りのT細胞を、iPS細胞化しました。
携帯打ち込み、限界です。
私のお仕事あります。






> 匿名さん
>論理的に説明する機構が働いてい ないようにお見受けします。
お久し振りです。こんな難解なやりとりをフォロウしてくれてありがとう。
私の説明は、多くの言葉が省かれています。それは、ため息氏が医学部の先生だからです。きわめて省略化してますので、理解出来ないのが普通です。
でも、私には彼の基礎的医学知識がわかりません。ため息氏がは、もとより、私を否定の目的をお持ちなので、さらにやりとりが複雑化してます。
いづれにしろ、もとより特殊な状況での会話であり、一般論での評価は難しいようです。
感想氏は、若山擁護なので、中立な方ではありません。
Lさんも、ES派です。
匿名さんから、ため息氏へのコメントも、同時にいただきましたが、ここでは、承認できません。
御手数ですが、ため息氏のブログに御願いします。
>論理的に説明する機構が働いてい ないようにお見受けします。
お久し振りです。こんな難解なやりとりをフォロウしてくれてありがとう。
私の説明は、多くの言葉が省かれています。それは、ため息氏が医学部の先生だからです。きわめて省略化してますので、理解出来ないのが普通です。
でも、私には彼の基礎的医学知識がわかりません。ため息氏がは、もとより、私を否定の目的をお持ちなので、さらにやりとりが複雑化してます。
いづれにしろ、もとより特殊な状況での会話であり、一般論での評価は難しいようです。
感想氏は、若山擁護なので、中立な方ではありません。
Lさんも、ES派です。
匿名さんから、ため息氏へのコメントも、同時にいただきましたが、ここでは、承認できません。
御手数ですが、ため息氏のブログに御願いします。

> 学とみ子さん
> 私の説明は、多くの言葉が省かれています。それは、ため息氏が医学部の先生だからです。きわめて省略化してますので、理解出来ないのが普通です。
多くの人に同様の指摘をされているにも関わらず、このように「(論理の問題ではなく)言葉が省略されているだけ」、「(定義が不正確なのではなく)内容が読者にとって難解なだけ」と、自らを省みることなく読み手に責任転嫁されるのですね。これこそが「居直り」です。
一般に主題、理由付け、具体例、結論が簡潔・明瞭に関連付けられることで、文章は「論理的」になります。一方、学さんの文章は、これらの関係が複雑・不明瞭・不整合なだけでなく、往々にしてジャンプ(飛躍)しています。この「ジャンプ」を可能にするのが「想い」なのでしょうね。
ため息氏宛のコメントは非承認ですか。。。相変わらず承認・非承認の基準がよく分かりません。投稿済みのコメントは残していませんし、あのブログにはコメントしないことにしているので、残念ですが私のコメントはお蔵入りです。
> 私の説明は、多くの言葉が省かれています。それは、ため息氏が医学部の先生だからです。きわめて省略化してますので、理解出来ないのが普通です。
多くの人に同様の指摘をされているにも関わらず、このように「(論理の問題ではなく)言葉が省略されているだけ」、「(定義が不正確なのではなく)内容が読者にとって難解なだけ」と、自らを省みることなく読み手に責任転嫁されるのですね。これこそが「居直り」です。
一般に主題、理由付け、具体例、結論が簡潔・明瞭に関連付けられることで、文章は「論理的」になります。一方、学さんの文章は、これらの関係が複雑・不明瞭・不整合なだけでなく、往々にしてジャンプ(飛躍)しています。この「ジャンプ」を可能にするのが「想い」なのでしょうね。
ため息氏宛のコメントは非承認ですか。。。相変わらず承認・非承認の基準がよく分かりません。投稿済みのコメントは残していませんし、あのブログにはコメントしないことにしているので、残念ですが私のコメントはお蔵入りです。

STAP論文におけるTCRの意義に関して、
頭がぐちゃぐちゃになっているのは、学さんと、科学知識のないooboeさんだけでしょうね。
(最初から頭がぐちゃぐちゃの多ハン虫は対象外)
最近、ここに投稿しているほぼ全ての人は、学さんの考え方が生物学的に間違っている、論理的に破たんしているということを理解していますよ。
また勝手に誤解するといけないので補足しておきますが、
T細胞に関する教科書にあるのと同様の説明や、理研のT細胞-ips細胞の研究に関する記載通りの説明について、間違っているといっているのではなく、
「T細胞由来のSTAP細胞から作成されるキメラマウス」に関する学さんの説が、生物学的に間違っており、T細胞の教科書的説明や理研のIPS細胞の説明からは論理的に破たんしているということです。
頭がぐちゃぐちゃになっているのは、学さんと、科学知識のないooboeさんだけでしょうね。
(最初から頭がぐちゃぐちゃの多ハン虫は対象外)
最近、ここに投稿しているほぼ全ての人は、学さんの考え方が生物学的に間違っている、論理的に破たんしているということを理解していますよ。
また勝手に誤解するといけないので補足しておきますが、
T細胞に関する教科書にあるのと同様の説明や、理研のT細胞-ips細胞の研究に関する記載通りの説明について、間違っているといっているのではなく、
「T細胞由来のSTAP細胞から作成されるキメラマウス」に関する学さんの説が、生物学的に間違っており、T細胞の教科書的説明や理研のIPS細胞の説明からは論理的に破たんしているということです。


>「iPS化は、ある程度に分化した細胞をその細胞の能力を維持したまま、遺伝子を挿入して無限に増殖できるように、改変したもの。」は生きているの?そんな細胞があるの?
という設問は
例えばTCRをつくる能力を持った細胞からiPS細胞を作ったら、そのiPS細胞は分化していない、無限に増殖する状態でTCRを作るのか?ということでしょう。
また、この細胞を例えば肝臓に分化させてもTCRを作るのか、ということですね。
逆に、肝臓の細胞からiPS細胞をつくってもT細胞に分化させればTCRを作るのではないのですかね。
「生体内にあった時のDNA上のTCR再構成情報はiPS細胞になっても消えない」ということなら「能力を維持している」とは言わないと思いますけれどね。
という設問は
例えばTCRをつくる能力を持った細胞からiPS細胞を作ったら、そのiPS細胞は分化していない、無限に増殖する状態でTCRを作るのか?ということでしょう。
また、この細胞を例えば肝臓に分化させてもTCRを作るのか、ということですね。
逆に、肝臓の細胞からiPS細胞をつくってもT細胞に分化させればTCRを作るのではないのですかね。
「生体内にあった時のDNA上のTCR再構成情報はiPS細胞になっても消えない」ということなら「能力を維持している」とは言わないと思いますけれどね。



> 学とみ子さん
>私が承認しない理由は彼とは関係したくないとの私の強い希望です。
私のコメント(2018/6/13(水) 午前 9:32)は、ため息氏宛に「もう関わるのをやめては?」という趣旨のものです。そのコメントを「ため息氏と関係したくないから承認しない」というのは、一般には理解不能だと思います。恐らく、学さんの中では説明ができているのでしょうけど、(想いを共有じない)読み手にしてみると、論理のジャンプが起こって伝わりません。
>あなたも同じ思いをお持ちなのはわかりました。
これは恐らく私の「あのブログにはコメントしないことにしている」に対するものと思われます。学さんは、私が「メールアドレス入力が求められるからコメントしない」という理由も確認することなく、私のコメントを誤解されていますね。
>私が承認しない理由は彼とは関係したくないとの私の強い希望です。
私のコメント(2018/6/13(水) 午前 9:32)は、ため息氏宛に「もう関わるのをやめては?」という趣旨のものです。そのコメントを「ため息氏と関係したくないから承認しない」というのは、一般には理解不能だと思います。恐らく、学さんの中では説明ができているのでしょうけど、(想いを共有じない)読み手にしてみると、論理のジャンプが起こって伝わりません。
>あなたも同じ思いをお持ちなのはわかりました。
これは恐らく私の「あのブログにはコメントしないことにしている」に対するものと思われます。学さんは、私が「メールアドレス入力が求められるからコメントしない」という理由も確認することなく、私のコメントを誤解されていますね。


TCR再構成がどこで起きているかというと「学とみ子:ここは、BCRだよ。ここは、ため息氏が100%間違ったね!」??
当方は免疫については学さんと異なり素人です。教えてください。
BCRとは何?BCRとはB細胞受容体のこと??
TCR再構成とは遺伝子の「切り貼り」のことだからDNA/染色体のどこかで生じているのとは違うのですか?
で、どこで生じているかが今回の議論のキモ? わからないです。詳しくお願いします。話をそらさないでね。」