前エントリー記事に続きます。議論には流れがありますので、学とみ子とやっぱり氏の議論について、それぞれの赤字で示したタイトルに戻って、両者の議論の流れをたしかめてください。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。
ノフラー氏に言わせると、サイエンス誌でこれだけ反論のあったSTAP論文が、なぜ、ネイチャー編集部はアクセプトしたのか？となってしまうのです。
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/8(金) 午前 9:04
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> Lさん
＞しかし、検証実験で得られたデータについては、信頼性が高いと考えて良いと思っています。
＞よって、検証実験のデータについては、「誰が何を言っているか」ではなく、「データが何を語っているか」で判断するのが、研究者の仕事だと思います
これについては、同意します。
私が言及したのは、Nature論文に記載されている実験結果、データを真正のものとして扱うのは危険である、ということですので。
私が言及したのは、Nature論文に記載されている実験結果、データを真正のものとして扱うのは危険である、ということですので。
＞桂報告書を読めば誰でもわかる事ではなく、データをしっかり読まないと見えてこない事をコメントしたいと思っています
これも了解です。 期待しております。
ただ、論文だけでは見えてこない経緯等の情報も、ある程度重要と思っています。 先に紹介した時系列ですが、CDB自己点検検証によれば、
「2012年の3月に西川GDのアドバイスを受けた小保方氏は、2012年中ごろ、STAP細胞を含む細胞の塊及び一部のSTAP 幹細胞にTCR 遺伝子再構成が起こったとするデータを若山研究室内で報告していた。」とありますので。 ご参考まで。
「2012年の3月に西川GDのアドバイスを受けた小保方氏は、2012年中ごろ、STAP細胞を含む細胞の塊及び一部のSTAP 幹細胞にTCR 遺伝子再構成が起こったとするデータを若山研究室内で報告していた。」とありますので。 ご参考まで。
ノフラー氏に言わせると、サイエンス誌でこれだけ反論のあったSTAP論文が、なぜ、ネイチャー編集部はアクセプトしたのか？となってしまうのです。
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/8(金) 午前 8:51
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> Lさん
＞検証実験がプランされた段階では、STAP論文の不正はそこまで明らかになっていなかったので、ある程度はきちんと実験されたとの前提に立って、問題点をクリアにするための実験を組むべきだったと思います。
Ｌさんのお考えは、それはそれで妥当だと思いますが、検証実験においては、単に疑義のあったTCRやCD45の解明だけにフォーカスせず、もっと広く「STAP細胞は本当にできるのか？」という目的があったように思えます。
Nature論文には無いATP刺激も試みたのは、そのような意図を感じる部分です。同じく論文にはない肝細胞ーCreシステムを使って初期化の検証を試みたのも理解できます。
Nature論文には無いATP刺激も試みたのは、そのような意図を感じる部分です。同じく論文にはない肝細胞ーCreシステムを使って初期化の検証を試みたのも理解できます。
当時の丹羽氏の場合、例のプロトコルでSTAP幹細胞にはTCR再構成が無かったという事実に対して、TCR再構成のあるSTAP細胞は生存に不利で淘汰されたとの説明仮説を挙げていただけに、TCR再構成だけで初期化を示すストーリーに不安もあったのではないでしょうか？
Creに対してＬさんが「失望、ミスジャッジ」とまで言うのは、Ｌさんの造血細胞仮説を重視するあまりではないかと思えるのですが
キメラマウスは、分化したT細胞からできたのではなくとも、脾細胞由来の酸浴後細胞が初期化したことを証明したことを、査読者とネーチャー編集部は認めたのです。
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午後 7:56
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やっぱり、学さんは遺伝子とタンパクの違いが認識できていないようですね。
T細胞のアポトーシスは非常に複雑な制御があるようですが、そのアポトーシスは基本的に細胞膜上にタンパクとして存在しているTCRを介して起こるのですね。
遺伝子配列上ではTCR再構成があってもタンパクとしてTCRを発現していない多能性細胞に対しては、T細胞のようなアポトーシスは起こらないという発想ができないのでしょう。
キメラマウスは、分化したT細胞からできたのではなくとも、脾細胞由来の酸浴後細胞が初期化したことを証明したことを、査読者とネーチャー編集部は認めたのです。
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yuu*ach*_h*g*rashi ]
2018/6/7(木) 午後 6:25
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学さん
>遺伝子挿入しないでT細胞が初期化されたというのが無いでしょうから…
えつ！ 小保方氏の擁護者だと思ってたら、ＳＴＡＰ細胞全否定ですか？
キメラマウスは、分化したT細胞からできたのではなくとも、脾細胞由来の酸浴後細胞が初期化したことを証明したことを、査読者とネーチャー編集部は認めたのです。
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午前 9:06
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つまり、学さんがエラそうに述べている
＞分化済（痕跡のある）T細胞はすでに用済の細胞であり、細胞死に向かうタイプの細胞だからです
というのは、Ｔ細胞に分化してから起きる事であり、
ただ単に遺伝子配列上でTCR再構成があるだけで、タンパクとしてのTCRを発現しない細胞には関係のない話です。
ただ単に遺伝子配列上でTCR再構成があるだけで、タンパクとしてのTCRを発現しない細胞には関係のない話です。
発生が進んで、このTCR再構成された多能性細胞からＴ細胞になった際には免疫不全の状態になるのではないか？ というのが吉村先生らの疑問だったと理解してますが、、
学さんは、TCRをタンパクとして発現しているＴ細胞の話を、ただ単に遺伝子配列上にTCR再構成を残していてタンパクとしては発現していない多能性細胞に、間違って当てはめているのではないでしょうか？
キメラマウスは、分化したT細胞からできたのではなくとも、脾細胞由来の酸浴後細胞が初期化したことを証明したことを、査読者とネーチャー編集部は認めたのです。
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午前 8:55
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学さん
やっぱり、学さんは根本的に判っていないのですね。
＞元の動物固有の持ち物であるTCRを発現している分化したT細胞は、次の別の動物の中では増殖しないと考えられます。
「分化したＴ細胞」からキメラを作ろうとしたのではありませんよ。
「分化したＴ細胞から作られたSTAP細胞」からキメラを作ろうとしたのです。
Nature論文著者らの主張によれば、「STAP細胞は三胚葉のいずれにも分化しうる多能性細胞であり、皮下に埋めこめばテラトーマを形成し、初期胚に移植すればキメラマウスになる多能性細胞である」ということです。
すなわち、ES細胞やiPS細胞のような多能性細胞であって、Ｔ細胞ではないのですよ。 そこが理解できていないのではないですか？
（１）TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない（２） TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午前 8:38
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学さんのいつもの手口で、厳しい指摘コメントは未承認にして逃げ回るのでしょうが、、、
改めて、指摘しておきます。
改めて、指摘しておきます。
私のコメントについて、勝手に学さんが捻じ曲げておいて、私が意見をすり替えたなどと非難して騒ぎ出す。
NHKスペシャルの説明についても、科学的に正しいことを述べているのに、学さんが勝手に脳内変換で捻じ曲げて、この学者は間違っているとか騒ぎだす。
ES混入についても、混入の対象はキメラやテラトーマだというものなのに、学さんが勝手に脳内変換して「STAPとESの比較実験はES混入では説明できないのでES説は破たんしている」などと、気が狂ったような説を持ち出して騒ぎ出す。
こんなのばっかりですよ。
他人の意見や報告書の内容を、もう少しまともに理解してくださいね。
（１）TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない（２） TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午前 8:31
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なぜか、後ろの数文字が消えてますが、まあ、意味は通じるでしょう。
学さんの（１）（２）は、科学的には少し不正確な記述ですが、まあ、大意はかわらないので、そのまま使わせていただきますが、、
すなわち、私は最初から（２）であることを説明しているのに、勝手に学さんが脳内変換で捻じ曲げて、「貴方の意見は（１）なんですね」と聞いてきたので、 「どこをどう読んだら（１）になるのか理解できない、私は最初から（２）だと言っている」という回答をしていた訳ですよ。
にもかかわらず、その説明が理解できないのか、さらに脳内変換で捻じ曲げたのか判りませんが、私の主張が（１）から（２）にすり替えたように感じた、という、寝ぼけたことを学さんが書いているのです。
理解できませんか？？？
（１）TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない（２） TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午前 8:26
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（当該部分です）
2018/5/21(月) 午後 8:33 学とみ子
キメラやテラトーマは、遺伝子欠損した細胞で構成されていなければ、STAPから作られたと言えないとの主張ですね
キメラやテラトーマは、遺伝子欠損した細胞で構成されていなければ、STAPから作られたと言えないとの主張ですね
2018/5/21(月) 午後 8:43[ yap*ari*w*katt*na* ]
> 学とみ子さん
> 学とみ子さん
人の意見を勝手に捻じ曲げるのはやめてほしいですね。
私の意見は本日午後0:54のコメントの通りです。下記に再掲します。貴方の捻じ曲げとの違いが分かりますか？
そもそも、STAP細胞なるものが、MUSE細胞のように元々存在していてセレクションされたものではなく、酸性刺激によって分化した体細胞が初期化したものである、ということを示すために、TCR再構成が起こったＴ細胞を材料としてSTAP細胞を作成して、そこにはTCR再構成を示すバンドがある、というのが、例の改ざん研究不正とされたFIG.1iの電気泳動の画像だったわけですが、、
すでに査読の段階で、STAP細胞が初期化された細胞だというなら、STAP細胞由来のテラトーマやキメラマウスにもTCR再構成を確認すべきとい
（１）TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない（２） TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
万能細胞 iPS ES STAP
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[ yap*ari*w*katt*na* ]
2018/6/7(木) 午前 8:24
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> 学とみ子さん
＞＞「（１） にすり替えた」とは、誰がすり替え たのかを示さない限り、
＞やっぱりさんとの議論で、すり替えたとかんじました、｡その議論の記録がのこっています、５月１６日のタイトル「この事実は…」のコメントの真ん中あたりですね｡
おやおや、もう学さんの記憶って、滅茶苦茶なんですね。
学さんが勝手に、私の意見を（１）ですね、と誤解してきたので、
そのことを明確に否定したのに、、
そのことを明確に否定したのに、、
大丈夫ですか？
今は時間が無いので、一言だけ。
＞今回のyap*ari*氏の “学とみ子TCR理解できないの説” は間違っていますし、
こうやって、人の意見を捏造するのは止めて下さいね。
学さんは「STAP論文におけるTCR再構成の意義」が理解できていないといっているのです。 免疫学におけるTCRを理解していないと言ってません。
そして、この議論において「免疫学におけるTCR」の話を持ち出してくることが、まるで議論の本質を理解していないということなんですよ。
もう一度、真摯な心で私の連続投稿をよんで、その意味を理解して下さいね。
お時間がある時、なぜTCRの作られ方、働き方が関係ないかを説明してください。御手数ですが、よろしくお願いいたします
STAP論文におけるTCR再構成の意義が判っていれば、当然判るはずなんですが、、。
＞なぜTCRの作られ方、働き方が関係ないか
この文章におけるTCRは、受容体タンパクとしてのTCRとして質問されていますか？
前者の「作られ方」というと、遺伝子配列を組み替える「TCR再構成」のことと思われますし、「働き方」となると受容体タンパクのことだと思われますが、、
STAP論文においては、TCR再構成は遺伝子配列上の目印でしかありません。その目印がどのように作られたのかはどうでもいいことです。単なる遺伝子配列上の目印なんですから。
そして、その目印を持つ多能性細胞から、分化誘導して他の様々な細胞を作ったり、テラトーマやキメラマウスを作成した場合、およそ全ての細胞にこの目印は複製されます。（Ｔ細胞を除いて）
Ｔ細胞以外の細胞においては、この「TCR再構成」の遺伝子配列から受容体タンパクであるTCRを発現することもないと考えられるので、TCRの働き方を考える必要はありません。そういうことです。
＞この文章におけるTCRは、受容体タ ンパクとしてのTCRとして質問され ていますか？
両方ですね｡
両方の意味を持たせたTCRの作られ方、働き方と、TCR再構成は、離して考えるとのご意見ですね｡確認です。
キメラがT細胞由来であるとTCRを手がかりに証明したい時、どんな手段がありますか？
＞ 両方の意味を持たせたTCRの作られ方、働き方と、TCR再構成は、離して考えるとのご意見ですね｡確認です。
当たり前のことです。
遺伝子配列とタンパクを明確に区別しないから、学さんとはまともな議論にならないのです。
まだ理解していないのでしょうか？
＞ TCRを手がかりに
このTCRは、どちらの意味ですか？
両方の意味を持たせたTCRの作ら れ方、働き方と、TCR再構成は、離 して考えるとのご意見ですね｡確認 です。
質問が分かりにくくてすみません｡
TCRはここではDNAとタンパクどちらも意味しているとしてます｡
TCR（DNA）が作られる過程と、TCR再構成が別の事とあなたが考えているのかを知りたいです。
そして、TCRタンパクの働き方と、TCR再構成が別の事とあなたが考えているのかを知りたいです。
以下の二番目の質問はいかがでしょう？
＞キメラがT細胞由来であるとTCRを 手がかりに証明したい時、どんな手 段がありますか？
私は、TCR（DNA）とタンパクの違いは、最初から正しく理解してます｡
そこは前提条件です。
ここを離れて議論ください。
＞そして、TCRタンパクの働き方と、 TCR再構成が別の事とあなたが考えているのかを知りたいです。
上記質問の補足です｡
抗原捕捉のためのTCRタンパクの働き方と、TCR再構成との関係を私は質問してます｡
まったく私の回答を理解できないまま、頓珍漢な質問を重ねるのは止めて下さい。
＞質問が分かりにくくてすみません｡
＞TCRはここではDNAとタンパクどちらも意味しているとしてます｡
この部分は、私の2018/6/20(水) 午後 5:11のLコメント
＞＞ TCRを手がかりに
＞ このTCRは、どちらの意味ですか？
に対するもののようですが、「TCRを手がかりに」とあるように、学さんの２番目の質問についてのことです。
一番目の質問については、すでに2018/6/20(水) 午後 2:22 のコメントで回答したように、
「作られ方」というのは、TCR再構成という遺伝子配列の話と考えらられるし、「働き方」というのは受容体タンパクの話としか考えられません。（TCR再構成の遺伝子配列自体は、タンパクとして発現されなければ何も働かない）
として、すでに回答済みです。
２番目の質問については、その質問文にある「TCR」は、遺伝子かタンパクか、明確にしてくれないと回答できないと言っているのです。
学さんは「STAP論文におけるTCR再構成」の意味を理解しておらず、「免疫学における教科書的なTCR再構成」の話を度々混在させてくることに諸悪の原因があります。
今回の質問も、「STAP論文におけるTCR再構成の意味」を理解していれば、出るはずのない質問なんですけどね。
ついでに、記事本文より
＞学とみ子は科学者でもないし、TCRは専門領域だからなじみがないだろう・・、間違っているだろう…、臨床医はそんな専門的な知識はないだろう・・・とあなたは邪推し、臨床家を馬鹿にしているのです。
私は、学さんのように相手の肩書などによって先入観を持って批判してはいません。学さんの記述内容を見て、「STAP論文におけるTCR再構成の意味」を理解できていないと判断して、間違いや出鱈目を批判しているだけです。
受容体タンパクとしてのTCRは、極端に言えば、STAP論文においては全く考える必要のないことなんです。
学さん、ただ一人だけが理解できていないようですが。
＞キメラがT細胞由来であるとTCRを 手がかりに証明したい時、どんな手 段がありますか？
STAP-T細胞の話ですから、まずは、DNA情報に決まってます。
学とみ子は、最初から、DNAと蛋白のストリーはわかってますよ。そんな初歩的なところを間違ったりしないと何度も言っています。
ただ、相手が専門者の場合、私は、TCRを区別して書いていないのです。両方の意味をもつ場合も多いですしね。
ところが、あなたは、DNAと蛋白の違いに気をとられていて、その先に進めません。私から、何を指摘されているのかがわからないので、同じ答えをくりかえすのです。
ひきつづき、TCR再構成のDNA上におけるあなたの理解をお聞きしたいです。
それから、以下の二番目の質問への答えも聞きしたいです。
キメラがT細胞由来であるとTCR（DNAあるいは蛋白)を 手がかりに証明したい時、どんな手 段がありますか？
＞学とみ子は、最初から、DNAと蛋白のストリーはわかってますよ。そんな初歩的なところを間違ったりしないと何度も言っています。
STAP論文におけるTCR再構成の意味は遺伝子配列上の目印でしかない、ということを理解しているなら、受容体タンパクとしてのTCRの話は一切関係ないということが理解できるはずなんですが、、
未だに、受容体タンパクとしてTCRの話を混ぜてくる段階で、学さんは全く理解できていないということです。
私の説明は、STAP論文における著者らの主張を説明しているだけのことです。
西川先生も、笹井先生・丹羽先生はじめSTAP論文の著者らも、Natureの査読者も、NHKスペシャルの解説者も、吉村先生も、全員が理解していることです。
そしてこのブログ投稿者で科学的な議論ができる人、Ｌさんやplus99%さんやため息さん、xyzさんまで、ほぼ全員が理解しています。
唯一、学さんだけが理解できず、未だにTCR受容体タンパクの話を持ち出してくるのですよ。 もういい加減にしてほしいですね。
Ｇ＞キメラがT細胞由来であるとTCRを 手がかりに証明したい時、どんな手段がありますか？
Ｙ＞このTCRは、どちらの意味ですか？
Ｇ１＞STAP-T細胞の話ですから、まずは、DNA情報に決まってます。
Ｇ２＞キメラがT細胞由来であるとTCR（DNAあるいは蛋白)を手がかりに証明したい時、どんな手段がありますか？
たった一つのコメント欄で、「DNA情報に決まってます」と言ったり、「（DNAあるいは蛋白)」と言ったり、、
こんな出鱈目な人間に真面目に回答する気が起きると思いますか？
STAP論文においては、TCR再構成は 遺伝子配列上の目印でしかなく、PCRでその目印を調べるという以外の実験はありませんし、考える必要もありません。
「あるいは蛋白」という言葉を使うこと自体、私は無知で馬鹿ですと宣言してるのに等しいことが判らないのでしょうか？
（すでにブログ主に呆れ果てて、このような所は見ていないかもしれませんが、、）
以前、TCR再構成のバンドに関するみずどりさんのコメントに対して、「塩基配列を調べた」という記載について、私は横から「PCRで分子量の違いを見ただけ」というコメントをしてしまいましたが、、、
例の改ざんのあった Fig.1iの説明では sizeとしか書いてないのですが、、似たような意図の PCRの電気泳動の画像： Extended Data Figure 2のｆには、
the smaller ladders correspond to the alternative rearrangements of J exons (confirmed by sequencing).
との説明があり、「confirmed by sequencing」即ち、塩基配列でも確認したとの記載がありました。 ご確認ください。
みずどりさん、 みずどりさんの記載を誤解のように扱ってしまい、大変失礼しました。 お詫びの上、訂正いたします。
＞Ｇ１＞STAP-T細胞の話ですから、まずは、DNA情報に決まってます。
“まずは”と断っています。キメラになった時、そのキメラ細胞にTCR情報があるかどうかを見つけるためにはどうしますか？の質問ですね。元STAPのTCRをみつけるためにDNAで調べるのか？キメラT細胞になった時に元TCR蛋白の種類でみるのか？が、私の質問です。しごく、普通の質問です。
＞ Ｇ２＞キメラがT細胞由来であるとTCR（DNAあるいは蛋白)を手がかりに証明したい時、どんな手段がありますか？
＞たった一つのコメント欄で、「DNA情報に決まってます」と言ったり、「（DNAあるいは蛋白)」と言ったり、こんな出鱈目な人間に真面目に回答する気が起きると思いますか？
＞STAP論文においては、TCR再構成は 遺伝子配列上の目印でしかなく、PCRでその目印を調べるという以外の実験はありませんし、考える必要もありません。 「あるいは蛋白」という言葉を使うこと自体、私は無知で馬鹿ですと宣言してるのに等しいことが判らないのでしょうか？
私は無知で馬鹿でもありません。
キメラの細胞にSTAP-T細胞が入ったかどうかの痕跡を確認したい時、Jエクソンの痕跡部位で見れば良いのか？と私は聞いてるのです。
キメラT細胞のTCR蛋白でも見れるのか？吉村先生のおっしゃっていたFACSの手技内容について聞きたいです。
＞元STAPのTCRをみつけるためにDNAで調べるのか？キメラT細胞になった時に元TCR蛋白の種類でみるのか？が、私の質問です。しごく、普通の質問です。
STAP論文にある通り、DNA配列をPCRで調べれば十分でしょうね。
敢えて言うなら、Ｌさんの指摘にもあり、STAP論文にも記載があったように（結果のデータはないけど）、PCRで増幅されたバンドの塩基配列を見れば、より確実ですね。 なにせ、「目印」なんですから。
「キメラT細胞になった時」という発想をすること自体、頭がおかしいとしか思えませんね。 それこそ、何を見てるのか判らなくなるだけです。
遺伝子配列上にTCR再構成の目印がある多能性細胞からキメラマウスを作成した場合、その多能性細胞由来の細胞（4Nキメラなら全ての細胞）には、その目印が残ります。 それを見れば十分ですね。
＞ 遺伝子配列上にTCR再構成の目印がある多能性細胞からキメラマウスを作成した場合、その多能性細胞由来の細胞（4Nキメラなら全ての細胞）には、その目印が残ります。
もしかすると、Ｔ細胞まで分化した細胞については、すでに一度再構成された遺伝子配列がどうなるかは判りませんが、、
そのようなＴ細胞以外の全ての細胞の遺伝子配列上に同じ目印があるのですから、尻尾から採取した細胞にわずかにＴ細胞が混ざったとしても、PCRでは圧倒的に目印にあたるバンドが濃くでるでしょうね。
どうしても、そのようなＴ細胞のノイズが気になるなら、Ｔ細胞を除いた細胞を集めてPCR分析を行えば良いでしょう。
＞ 一応、哀れで無知でお馬鹿な方（やっぱりさんとは言ってません）の為に補足しておくと、
精一杯の反論のつもりなのでしょうが、そもそも補足の対象となるまともな見解も無いのに補足しておくと、なんて馬鹿丸出しの惨めな行為だと気づかないようですね。
＞ あなたにとって、TCR再構成の意味は
あらあら、まだ理解できないのですか？
私の意見ではなく、STAP論文に書いてあることですよ。
学さんはSTAP論文を読んだことがないのですか？
学さんは、STAP論文の著者の主張も無視して、一体全体、何を論じて何処に行こうとしているのでしょうか？？？
あなたにとって、TCR再構成の意味は、STAP論文で示されたJエクソンの変化のことだったのですね。あなたまわりの細胞学者はどう考えていたのでしょうね。
＞Ｔ細胞まで分化した細胞については、すでに一度再構成された遺伝子配列がどうなるかは判りませんが、、
ここは微妙な言い方になりましたね。これって、再構成されたJエクソンの塩基が変化していくかもしれない・・ですか？
そもそも、STAP-T細胞のTCR再構成パターンはさまざまで、このさまざまなT細胞が複数でキメラに入ったと考えられるわけですから、TCRを目印にはできないのではないですか？
キメラT細胞のTCR蛋白でも見れるのか？吉村先生のおっしゃっていたFACSの手技内容について聞きたいです。
科学的に正しいかどうかという次元ではなく、人間として誠実に対話をしているのかどうかというところに来てしまっていますよ。