学とみ子の説明がでたらめというコメントがつづいていますので、当方のスタンスをはっきりさせたいと思います。
学とみ子は、一貫して、TCR再構成はゲノム情報と言っています。これは最初から、今日まで変わりません。
これに対して、やっぱり氏は、初期の頃は、TCR再構成の作られ方について十分な理解がないようでしたが、やっぱり氏はいろいろ調べてきたようで、その後の理解が進んでいます。
彼も、TCR再構成はゲノム情報と言っています
.学とみ子も、最初からずっと、TCR再構成はゲノム情報と言っているのにもかかわらず、やっぱり氏は、そこを認めようとしません。
学とみ子の理解は、間違っていると言い続けています。
やっぱり氏は、学とみ子はゲノム情報と、細胞表面のTCR蛋白を誤解して書いていると言い続けています。やっぱり氏が、何度も学とみ子に言っても修正しないと言っています。
ため息氏は、ゲノム情報であることを、最初は理解できずにいましたが（昨今のやりとりをご覧ください）、やっと理解してきたようです。
しかし、最近のため息氏は、最初からそんなことはわかっていたというような言い方をしてきます。
学とみ子はこうした情報操作に、悩まされています。
こうしたやり取りの中で一番、悩ましいのがLさんのコメントでした。
そもそも、やっぱり氏とため息氏のスタンスが違うのにもかかわらず、Lさんも、やっぱり氏、ため息氏と同じ意見であるとコメントしました。やっぱり氏とため息氏の見解は違うのです。
最初の頃のやっぱり氏は、TCR理解が不十分だったようでしたが、やっぱり氏は最初からゲノム説です。
でも、印象操作として、学とみ子が誤解していると強調しています。
学とみ子は 最初からゲノム説ですよ。TCR再構成は、医学系は皆知っています。
にもかかわらず、Lさんのコメントは以下でした。青字で示します。
2018/6/12(火) 午前 5:55
指摘せよとの事なので、自分の見解を示しておきます。
（１） 一般論としては、ため息さんやyap*ari*w*katt*na*さんと同じ見解です。T細胞由来であっても、完全に初期化されていれば、細胞表面にTCRを発現しないと予想されるので、TCRを介した反応は起きないと予想します。
2018/6/12(火) 午前 5:55
指摘せよとの事なので、自分の見解を示しておきます。
（１） 一般論としては、ため息さんやyap*ari*w*katt*na*さんと同じ見解です。T細胞由来であっても、完全に初期化されていれば、細胞表面にTCRを発現しないと予想されるので、TCRを介した反応は起きないと予想します。
学とみ子注釈：Lさん、線を引いたところに注目ください。これでは、TCR再構成がゲノム情報にならないですよ。
（２）ただし、T細胞由来STAPやiPSでTCR発現が完全に抑えられている事が実験で確認されていないと、100%断定はできないとも思います。少なくともSTAP論文では、T細胞由来STAPのTCRalpha/beta及びCD3発現を調べた図はなかったように思うのですが。引用されている理研の論文でも 初期化されたJKF6細胞でTCRの消失は確認してないと思います（CD3eの消失は確認しており、仮にTCRの発現が残ったとしてもTCR complexとしては機能しないと思われますが）。
学とみ子注釈：TCR再構成がゲノム情報ですよ。なぜ、消失とかが問題になるのですか？
2018/6/12(火) 午前 3:42
> yap*ari*w*katt*na*さん
ため息さんが、かなり説明してくれてますが、理解してもらえないようです。私が同じ筋で説明しても理解してもらえないと思うので、変化球を投げてます。ご理解下さい。
> yap*ari*w*katt*na*さん
ため息さんが、かなり説明してくれてますが、理解してもらえないようです。私が同じ筋で説明しても理解してもらえないと思うので、変化球を投げてます。ご理解下さい。
学とみ子注釈：ため息氏は、学とみ子に説明なんかしていないです。彼はTCR再構成がゲノム情報であることを知らなかったのですよ。
2018/6/12(火) 午後 4:38
TCR情報をゲノム(遺伝子)とエピゲノム(発現)に分割して考えるという事です。初期化でゲノム情報は変わりませんが、エピゲノム情報はシャッフルされます。
TCR情報をゲノム(遺伝子)とエピゲノム(発現)に分割して考えるという事です。初期化でゲノム情報は変わりませんが、エピゲノム情報はシャッフルされます。
学とみ子注釈：分割なんて、考え方あるのですか？TCRはゲノム情報です。
2018/6/13(水) 午前 4:03
. > T細胞を初期化した後、どうやって元のCTR（TCR）を思い出させるのですか？
これについては、学さんとは別の視点で、興味深いと思っています。通常のT細胞発生では、第一段階としてTCRの初期バージョンが細胞表面に出るプロセスが重要です。元からTCRが再構成されている幹細胞からT細胞に分化してくる場合、この初期バージョンのプロセスがどうなっているのか気になります。
学とみ子注釈：分化T細胞において、TCRの初期バージョンは消え、成熟TCRになっているのです。その時点で、分化T細胞が幹細胞されたり、iPS細胞化されます。
TCR再構成がゲノム情報として残っているのだから、これをiPS細胞化したら、そのまま成熟TCRしか出てきません。
TCRが再構成されているT細胞から作られた幹細胞が、再度T細胞に分化してくる場合でも、幹細胞のTCRは成熟したものだけがでてくるはずです。TCRはゲノム情報でワンパターンに切り貼りされてしまったからです。プレTCRとかをつくる材料となるエクソンはないでしょう？
やっぱり氏は、学とみ子がゲノム情報であると言っているのに、そこを認めようとしないで、間違っていると言い続けているのですよ。
Lさん、このやりとりを再度、ご確認ください。
研究者であるLさんに、このようなコメントされると、学とみ子は困ります。
この話を、一般の方が読んでも、理解はできないです。頭の良い方がなんとか、理解しようと、ここに来られるのは大変うれしいですが、わからない用語の連続で、皆さん、イライラされています。
そうした時、専門者と言われる人たちが、お互いをどう評価しているのかで、一般人は評価します。
あのplusさんですら、「引き返すなら今だよ」と忠告してくれたのです。
学とみ子がまちがいを書いていると、plusさんも心配したのでしょう。
コメント（24）
多分、上記返答が、学さんが他の人の主張を正しく理解していないことを端的に示していると思いますよ。
学さんが「TCR再構成はゲノム情報と言っている」ことを認めないというより、「ゲノムとエピゲノムの区別が出来ていない」ことを皆さん指摘されているのではないでしょうか？
学さん以外の説明は、理研の説明を含めよく分かります。それって内容が難しいという問題ではないことを表しているのでは？
もう一度忠告しましょうか？
===ここから引用＝＝＝
TCRについては、リンパ球からできたSTAP細胞の時点では持っている可能性はありますが、キメラマウスになってから、元のTCRを持つ細胞なんでいなくなっているはずでしょう。キメラマウスのリンパ球は常に産生されていて、体内対外に存在する新たな抗原にめぐりあって新たなTCRを構成するのです。新たに作られる多種のTCRをもつリンパ球が淘汰と増殖をくりかえします。この番組を見ると、まるで、キメラマウスになってからも元のTCRを持ち続けているかのような説明です（元のTCRを持ち続けていないからSTAPがおかしいとの説明になっている）。
ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15511898.html
2018/5/18(金) 午後 10:11学とみ子
===引用ここまで＝＝＝
これが始まり。覚えていますかね。
ここからしばらくを読み返すといいと思いますよ。
＞ゲノムとエピゲノムの区別が出来ていない」ことを皆さん指摘されているのではないでしょうか
ゲノムとエピゲノムの区別なんて、簡単な話ですよ。DNAの塩基の話と、DNAの塩基の周りの周りのメチル化などの構造がエピゲノムですよ、そんなこと、間違えませんよ。ｘｙｚさんの紹介文献見てくださいね。Lさんは、TCRのでき方を誤解されていたと思います。
今は、修正されたと思いますけど。
いや、字義の話じゃなくて…
学さんと想いを共有しない私には、何を言っても伝わらなそうです。はい、学さんの知識にはかないませんし、そこを否定するつもりは毛頭ありません。
>今は、あなたも、いろいろ考えを練り進めていますね。
私は最初から変わっていませんよ。
それで、学とみ子さんとしては、
私が引用した学とみ子さんのコメントは、Nスペの科学者が言ったことが、細胞膜上のタンパクとゲノムのどちらのことを言っているように思いますか？
これはそうなのでしょうかね。
T細胞は自分のDNAが成熟T細胞のものであり、このまま発現していって良いとどうやって知るのでしょうか。
自分自身を攻撃するものの暴走がおこらないように、適切なシグナルのネットワーク内におくことで分化を制御しているからこそ、無能力あるいは用のないあるいは危険なT細胞は自死するのだと思いますが。
L氏の疑問はこの場合のスタートのシグナルが通常のプレTCRが受け取るもので良いのかというものだと思いますね。例えばそのシグナルを受け取ると再度TCR再構成をしようとするかもしれない、などと私は思うのですが。
また、推測ですが、L氏の言うエピゲノムはこの場合に限ってはもっと広い範囲を指しているのではないかと思いますね。例えば自死させる機構の制御ですね。
これらが、誤解に繋がるのでしょうか？
誤解は、思わぬところにあるのかなあ？？
対面なら、誤解は避けられるかも…
元のマウスの型のTCRを作れるゲノム情報がキメラに確認できるか？の問いかけです。
ゲノムか？タンパクか？ではないのです｡
＞理研の説明を 含めよく分かります。それって内容 が難しいという問題ではないことを 表しているのでは？
ES説に反論する者の拠り所は、それはこの実験形態では無理だというところです。
ESを使ったら、小保方氏に犯人が限定されること、若山研究室の多くのスタッフも、GRASもねつ造に協力することが必要です。
>現在、学さんが向かっている相手は
>小保方Stap.学さん否定論者なのは
>理解できますが
学さんは、小保方氏（ＳＴＡＰ細胞）否定しようとしているのが
分かりませんか？
ＳＴＡＰ細胞のキモは分化した細胞が酸性液の処理で初期化する
というものですが、小保方氏はＳＴＡＰ細胞が分化した細胞から
出来たたこと証明できないと言ってます、ＥＳ論以前の根源的な
所で否定しているのですよ！
これが先の私へのコメントに宛てたものかもしれないので補足しておきますね。
初期化でゲノム情報は変わりませんが、エピゲノム情報はシャッフルされます。
というのは、
T細胞から作られたSTAP細胞なりiPS細胞は
ゲノム情報は変わらないので、ゲノムのTCR再構成を調べればT細胞由来とわかるのですが、
遺伝子の発現のオンオフに関係のあるDNAメチル化などのエピゲノム情報はシャッフルされ、もうT細胞のものではなくなっているということです。これによって、T細胞ではオンになっている遺伝子が働かず、新たにTCRを作らないし、T細胞のように短期間でアポトーシスするとは限らないということ
だと思いますよ。
＞ゲノム情報は変わらないので、ゲノムのTCR再構成を調べればT細胞由来とわかるのですが
TCRは、膨大な種類があるということも大事ですね。、
＞遺伝子の発現のオンオフに関係のあるDNAメチル化などのエピゲノム情報はシャッフルされ、もうT細胞のものではなくなっているということです。これによって、T細胞ではオンになっている遺伝子が働かず、新たにTCRを作らないし、T細胞のように短期間でアポトーシスするとは限らないということ
T細胞の生き死には、T細胞の持つTCRとマッチした抗原刺激が必須であること、持ち主の中でしか働けないということです。
>T細胞の生き死には、T細胞の持つTCRとマッチした抗原刺激が必須であること、持ち主の中でしか働けないということです。
STAP細胞やiPS細胞はエピゲノムがシャッフルされすでにT細胞ではないので、そのことが関係なくなっているということだと思いますよ。
そんことはないでしょう。STAP細胞の初期化機序はまだ、何も解明されていませんからね。
キメラができたことから、酸浴が体細胞を変化させたと推論することができます。STAPは、どのようなタイプの細胞からでも誘導できます。
初期の頃の実験で、T細胞にこだわったことで、足をすくわれたのでしょう。
、
>TCRは、膨大な種類があるということも大事ですね。、
STAP細胞論文においては、すでにT細胞としての性質をもっていないSTAP細胞や、それが作り出したキメラの尻尾の組織、これもT細胞ではない細胞にTCR再構成が「ある」という結果がでれば成功だと思いますよ。
どのTCRをつくるTCR再構成なのかはどうでも良いのだと思いますよ。
質問が鋭くなってきてますけど・・・。
ここまで来たら、ご自身の見解も披露してね。
xyzさんの紹介した文献読みましたっけ？iPS化の後で、細胞のエピゲノムがどうなっていたか？について、plusさん、どこかで書いていたと思いますけど。とにかく、まだ、これからの研究分野なのです。
類似文献に、アクセスして、情報を教えてください。
＞これもT細胞ではない細胞にTCR再構成が「ある」という結果がでれば成功だと思いますよ。
T細胞ではない１個レベルの細胞ごとにTCR再構成が「ある」か？を調べるということになるのかな？
元マウスのTCR痕跡パターンは無数ですよね。キメラのT細胞も混じりますよね。それより、TCRで見たいなら、モノクローナルな蛍光付きT細胞（同一TCR）をいれる方が実際的かと思うのですが・・・。
こうした実験仮説の立て方推論は、学とみ子に無理です。理論の破綻が・・・。
>ここまで来たら、ご自身の見解も披露してね。
見解もなにもそういう議論ではないですよ。
T細胞がどうこう以前にSTAP細胞が再現できないので砂上楼閣の推論をすることに意味を見出せませんが。
ここにある議論はSTAP論文にどのように書いてある、という話でしかありません。
学とみ子さんは、論文に書いてあることを捻じ曲げていますよ、という指摘をされているだけです。
>T細胞ではない１個レベルの細胞ごとにTCR再構成が「ある」か？を調べるということになるのかな？
物理的な限界の中で実際にどういう実験をするかは、「キメラでもTCR再構成が認められた」と主張したい人が考えることです。
STAP論文の著者らが行った方法と得られた画像を、SCIENCEの査読者は十分な精度があると考えなかったみたいですね、というだけです。
>STAP論文の著者らが行った方法と得られた画像を、SCIENCEの査読者は十分な精度があると考えなかったみたいですね、というだけです。
SCIENCEの査読者３人の中で、2の方は、尻尾細胞の図は、方法論が間違っているとかいてます。
１の方は、ES論なので論外ですが、TCRというものの理解が、当時は不十分と思います。恐らく、今は修正されているでしょう。査読者と言えど、間違いはあります。笹井氏も、悪意のある査読は読まないと言ってましたね。
驚くべきことに、動物の体がどのように守られているのかの知らないと思います。そうでないと、ES論は信じれないですからね。胚が発生するときに必要な遺伝子って、その後の免疫と関係する遺伝子と、結構、共通していたりします。
３の方は、表現があいまいですが、アクセプトの脈はあります。
学とみ子の日本語がわかりにくい点は、ひきつづき、反省していきます、