ため息氏の以下のコメントに接して、学とみ子は少し安心していました。
このため息コメントは、まともでしたね。
2019年6月5日 ため息ブログ
＞あるいは、科学は仮説を立て、その仮説の妥当性を実験・観察で検討するのであって、仮説が誤りであることはいくらでもある。学とみ子の説はそのような仮説なんだから、訂正されるのは、次のステージに登るための一歩である なんてことを言うのでしょうかね？
学とみ子は仮説を披露しているのだろうと、ため息氏はご自身のブログに書かれていました。
しかし、2019/6/8(土)の新たな学とみ子コメントに対しては、又、ため息氏は、元に戻った感があります。
さて、問題の以下の学とみ子コメントです
2019/6/8(土) 午後 3:39に学とみ子コメントです。茶字
学とみ子
＞しかし、ため息氏は、学とみ子はT細胞からキメラはできないと言ったと言い続けます。
ここを、学とみ子バカ呼ばわりの手段にしてます。
今回も、ため息氏は、学とみ子は、胚の感知能により元T細胞は排除されると言ったじゃあないか！と何度も言います。
今回も、ため息氏は、学とみ子は、胚の感知能により元T細胞は排除されると言ったじゃあないか！と何度も言います。
このコメントに対するため息氏が以下のように返信しました。
ため息氏
＞どうやらTCR再構成のあったT細胞からキメラはできないという学とみ子説と２NキメラにTCR再構成があったかのような実験結果（石井委員会で提示されたゲル２、特許申請図２０）との整合性をとるために、前者の説がなかったことにすることを始めたようです。
”学とみ子は嘘つき、ごまかそうとする人”に結び付けないと、ため息氏は満足できないようです。
こうした印象操作にがんばるため息陣営ですが、これからもつづくのでしょうか？
学とみ子がブログで伝えたいと思う時、自由競争の社会においては、当ブログを潰そうとする人達がいたら、学とみ子は受けて立たざるをえないのでしょうかね？
無視すれば良いとは思うのですが・・・・・、
「学とみ子はため息氏に論破されて、手も足も出ない！｝
なんて感じる人もいるらしいから、学とみ子は反応しちゃうのです。
実は、2019/6/8(土) 午後 3:39の学とみ子コメント文章があります。
これに対しても、ため息氏の反応がありました。
学とみ子
＞ジャームラインは、完全型のDNA配列です。将来の個体となる予定の生殖細胞は、より厳密なDNA構造を要求されます。しかし、一方で、胚の免疫寛容が働けば、遺伝子改変細胞から体細胞寄与はOKなのかもしれません。
このジャームラインコメントに対するため息ブログです。青字
ため息氏
→ 意味不明
「生殖細胞は、より厳密なDNA構造を要求」？？
初期の胚には免疫システムそのものがないからキメラ動物ができるのでしょ？これを免疫寛容というの？
「生殖細胞は、より厳密なDNA構造を要求」？？
初期の胚には免疫システムそのものがないからキメラ動物ができるのでしょ？これを免疫寛容というの？
ここについて、学とみ子が少し説明します。
一旦、細胞が配偶子になると、細胞が改善される現象があります。
これから生命体となる細胞は完全なものである必要があるからです。
動物が優秀な子孫を残すために、細胞独自の生き残りスキルです。
こんなこと、医学部の人なら知っていると思いますけどね。
こういう発想が、ため息氏にはないのですかね？
意味が全く分からないと言っています。困った人です。
ため息氏はつかさず、「そういう意味じゃない！」と言うかも・・・。
卵子や精子になると、細胞は改善する現象があり、実験でもジャームラインを通したりしますよね。
ミトコンドリアDNAのヘテロプラスミーは、STAP細胞でも問題になりましたね。
たまたま、西川先生のサイトに以下のような記事がありましたので、貼っておきます。
１０月１９日：凄まじい淘汰のおかげでミトコンドリアの質が保たれている（アメリカアカデミー紀要オンライン版掲載論文）
おそらくタイトルの生殖細胞ボトルネックと言う言葉を知っている方は少ないだろう。これは卵子形成過程で一度ミトコンドリアの数が急速に低下した後、分裂により元にもどる現象を指す。これにより、機能異常をもつミトコンドリアを淘汰していると考えられている。さて、この研究では３９組の母子の細胞内のミトコンドリア遺伝子配列を調べて、細胞内に突然変異を起こしたミトコンドリアがどの程度存在しているのかを調べている。ミトコンドリアの遺伝の理解を難しくしている原因が、ヘテロプラスミーと呼ばれる現象で、一つの細胞に正常と突然変異を持ったミトコンドリアが共存することを言う。ミトコンドリアゲノムが独立性を持つため起こる状態だが、一つのミトコンドリアで突然変異が起こっても、細胞内には多くの正常ミトコンドリアが存在するため異常が表に出ない。ただ、分裂しない神経細胞などで、異常ミトコンドリアの増殖が高まり細胞を占拠し始めると症状がでてくる。他にも、先に述べたボトルネックを通るとき、異常ミトコンドリアの比率が急に増えることがあり、お母さんは正常なのに子供で病気が急に発症したりする。実際今回の研究で、ほぼ全ての親子で、突然変異を持つミトコンドリアが見つかる。また、突然変異の1/8は病気を起こす可能性がある突然変異だ。幸い、その割合は低く、１例を除いてそのままで異常を起こす事はない。また、アミノ酸変異を起こす突然変異は、ボトルネックの際淘汰されるのか子供に伝わりにくい。とは言え、２０代に出産した組を３０代で出産した組と比べると、異常ミトコンドリアが子供に伝わる確率は２−３倍上昇する。さらに３９組中１組で子供の細胞で異常DNAが急激に増加しているケースも発見されている。以上の事から、ミトコンドリアヘテロプラスミーは誰にでも見られる事がわかる。そして、生殖細胞ボトルネックが異常ミトコンドリアの挙動を左右している事も良くわかった。このためこの研究では、ボトルネックでミトコンドリアの数はどの程度低下するのかを計算している。すると驚いた事に、普通なら１０万個程度存在するミトコンドリアが一度は４０個以下に減少する事が計算からわかって来た。とすると、ミトコンドリアは氷河期の人類が晒されたのと同じ様な凄まじい淘汰に毎世代晒されている事になる。この結果が裏目に出る事もあるが、このおかげで私たちは異常ミトコンドリアに占拠されずに済んでいるようだ。地道だが、ミトコンドリア病を理解するためには重要な研究だと思った。
コメント（26）
>> 学さん
ゲル2と特許図にキメラマウス尾部細胞らしきもののTCR再構成のPCR検査結果がある。あなたのご判断は以下です。
>>
(２）TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
従って、写真が偽物であるか、検体に白血球が混じったりしていない限り、キメラ体細胞がT細胞由来であることは証明されたように見える。でも、あなたは小保方さんのこのPCR結果はそれ以外の由来細胞の存在を排除できてないとおっしゃる。
例えばライブセルイメージングでは蛍光細胞が移動していてマクロファージが選別の際に検体の中に残っているのは明確です。おそらくこの時はCD45+のみでFACS選別したんでしょうね。でもゲル2において小保方さんはCD45+とCD3+でT細胞を選別している。TCR再構成を調べるということになって、できるだけT細胞のみを選別しようとしたわけです。そして、酸浴して蛍光しているSTAP細胞にはTCR再構成があった。論文の論旨的には、ここで証明されたことはOct4-GFPが発現していない体細胞であるT細胞が酸浴刺激によってOct4-GFPを発現し、光ったということです。光ったのは他のどんな幹細胞でもなく系譜決定されていたT細胞がリプログラムされたからなんだよと主張した。TCR再構成のPCR検査自体は検体がT細胞のみである限り酸浴前でも酸浴後でもラダーの出るのが当たり前ですね。
そして、いよいよ若山さんが小保方さんの作ったこのときのT細胞由来STAP細胞をキメラ胚に移植して、2Nキメラを作った。そしてこのキメラマウスの、明確には書かれていないが、尾部であろう体細胞組織のDNAをPCRにかけて、小保方さんが論文に書いているプライマーで挟んだらラダーが出たということです。従って上述しているようにこの結果が本物なら、このキメラはES細胞由来ではないと証明されたことになる。つまり桂報告はでたらめだということです。どこにあったかも分からないような太田ESなんかは使われていないということです。
従って、以後は、以下の二つを検討していけばいいわけです。私は今ジムさんのブログでそちらの方向に進んでいる。
①この2Nキメラとされているゲル2写真は偽物である
②本物であるが白血球を除去し忘れている
ところが"ある派"のあなたはもう一つの可能性を主張なさっている。つまり、
③本物であるが、FACSで選別しきれなかったT細胞以外の脾臓構成細胞のSTAP由来キメラである
その根拠は不完全なDNAを持つ細胞は胚の中で排除されるというものですね。脾臓構成細胞の中でT細胞以外で一番多いのはB細胞ですが、無論あなたの説ではこれもありませんね。マクロファージを仄めかしておられましたかね。
酸浴下では細胞は生き残るのが精いっぱいの努力で無論増殖は出来ませんが、FACS選別でわずかに含まれていたリンパ球以外のTCR、もしくはBCR再構成の無い白血球もしくは他の脾臓構成細胞が生き残って、しかも、酸浴でOct4-GFPを発現している細胞が7日目にたくさん残っているということはちょっと考えにくいので、最初に含まれていた割合で少量残る。それを若山さんが20個程度の塊で、100個程度のキメラ胚に入れたわけです。これは由来はともかくとしてキメラ自体は他のケースでたくさんできています。Article Extended Data Figure 7-6で、264個のキメラ胚に対して64個体のキメラを得ています。24%の達成率です。FACS選別ですり抜けた細胞の量を全体の1%とすると酸浴して残るのもそのままの含有率でとみなせる。20個づつ入れるとして5280個の細胞の中の1%というのは52個です。これが均等にばらまかれてすべてキメラになったと仮定するとほぼそういう結果になりますね。ESでも半分くらいしかできないと仮定しても含有率を2%と条件を少し変えるだけで可能になりますね。
①この2Nキメラとされているゲル2写真は偽物である
②本物であるが白血球を除去し忘れている
③本物であるが、FACSで選別しきれなかったT細胞以外の脾臓構成細胞のSTAP由来キメラである
こういう理解で、この3つを検討すればよろしいですか? 以上です。
一言居士さん、考察中です。
＞もしくはBCR再構成の無い白血球もしくは他の脾臓構成細胞が生き残って、しかも、酸浴でOct4-GFPを発現している細胞が7日目にたくさん残っているということはちょっと考えにくいので、
アーティクル論文Fig1dで示されるように、5日目からSTAP細胞の6割位がGFP陽性細胞で、構成されます。こういう論文図表は逃さないでしっかり見て欲しいです。
それから、ホストキメラ由来のTCRクリアバンド（体細胞DNAにTCR－DNAが多く含まれる証拠となる）から、肉眼的に体細胞が元T細胞STAPに由来することが判定できます。研究者はT細胞並みのTCRの検出と表現されています。見る人にはそう見えるということです。しかし、それ以上はわかりませんので、この検査の精度はそこまでです。
臓器には臓器幹細胞が存在していて、特に新生児期の動物には組織幹細胞が多く存在し、初期化しやすいことが知られています。つまり、CD45で選別できる分画の中に、そうした初期化能の高い細胞がいて、それが酸浴刺激で選択されてSTAP細胞になった時、初期化能の高い細胞数が増えた可能性もあります。
この酸浴後7日間で細胞にどのようなイベントがあるのか、誰もまだ調べていません。ハーバード大学の検証実験では、酸浴後細胞を7日間生かしておけていません。
つまり、これでは検証実験ではありません。本来、こうした問題がもっと議論されてしかるべきだったと思います。
キメラをつくったCD45+細胞は、幹細胞になりにくい細胞種だとは思いますが、生体内（胚内）では、生存力が強く、分化能、増殖能が高いであろう細胞です。丹羽先生の実験の写真も参考にしてください。そうした細胞の存在が想像できます。Lさんのアドバイスもありますので、この部分の当ブログ記事を読んで欲しい。
https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15861903.html
この先は、学とみ子の想像ですが、もともと人工的操作された特殊なマウス脾細胞を材料にしたからこその、キメラの成功だったのはないかと？？？
以後、普通のマウス細胞使用では再現性が得られなかったのではないか？？？？
① この2Nキメラとされているゲル2写真は偽物である
可能性は、ラベルの貼り間違えです。もし、本物だったら、このキメラマウス＃１の他の体の部分を徹底的に調べているはずです。そして、アクロシンがばらされても、STAP細胞からキメラができたことの何よりの証拠ですから、著者らは、論文維持に固執するでしょう。
③本物であるが、FACSで選別しきれなかったT細胞以外の脾臓構成細胞のSTAP由来キメラである
CD45＋細胞からキメラができたと論文通りの結果です。“FACSで選別しきれない”とかではないです。最初からCD45＋だけで選別して、キメラ実験に使いました。
>> 学さん
>アーティクル論文Fig1dで示されるように、5日目からSTAP細胞の6割位がGFP陽性細胞で、構成されます。こういう論文図表は逃さないでしっかり見て欲しいです。
あなたは再構成を起こしている白血球はDNAが不完全だからキメラの中で生き残らないのではないかとおっしゃった。ですからそうでない細胞はどういう細胞かということを問題にして、そういう細胞が7日目にたくさん残っていることは考えにくいと申し上げています。つまり最初に入っていた割合でそのまま酸浴後生き残りますねと申し上げている。アーティクル論文Fig1dでたくさんOct4-GFPを発現している大半はT細胞やＢ細胞でしょ。そうでない細胞は少ないですねと申し上げています。学仮説の話はまずそこから始まるんでしょ。確認をお願いします。以上です。
論文ではどの細胞が死にやすいかは調べてませんね。
学仮説と言う程のものでなく、STAP細胞がT細胞からできなくてはいけないというような通説に対して、私は反論したまでです。キメラ、幹細胞にTCRは無くても良いという考え方が私の基本です。
T細胞は勝手に増えない制御条件があり、条件が整わなければ消滅します。iPSは比較できません。
キメラにTCRがあればすごい事だと思っていました。ところが、実験結果にそれがあったわけです。それが、今まで他のブログなどでは騒がれなかったのですよね？
特許の図２０が公開されたのはいつか、確認したいです。
この会話、ため息氏の揚げ足取りの都合良いターゲットになっているので、気をつけていきましょう。彼らは短時間アップも見逃しません。
私とあなたの行違いは、時間が解決していくと思うので、ここで、あまり取り立てて問題にしないようにしましょう。
お互いの理解のずれが、ため息氏に狙われています。ES派は、STAP派のあらゆる失敗を誘い出そうとしています。さらに、ため息グループの他の人達によるそしりや軽蔑の言葉が加わり、STAP潰し花盛りになります。
しかし、今までのいろいろな議論を通じてわかったと思うのですが。ため息氏は自らSTAP細胞の問題点を新たに掘り起こして議論をぶつけてきたりはできません。ため息氏らは、学とみ子や一言居士さんの発言を狙い、間違い呼ばわりで潰してやろうとの戦略です。
キメラホストは、誤解を招く表現でした。
正しくは、
キメラマウス体細胞由来DNAサンプルのTCRクリアバンド（体細胞DNAにTCR－DNAが多く含まれる証拠となる）から、体細胞が元T細胞STAPに由来することが肉眼的に判定できます。
>> 学さん
>今ある細胞が生き残るかどうかです。
あなたはキメラの中で取捨選択が行われるのみではなくて7日間のＳＴＡＰ変換途中でもＴ細胞やＢ細胞はサヴァイヴァルできなくて消滅もしくは減少してしまうとおっしゃってるんですか？ 論文のSTAP細胞は別に白血球でなくてもどんな細胞からでもできるとされている。あなたのおっしゃっている③はT細胞やB細胞ではないという意味でその中の一つになるんですが、これらの細胞群はTCR再構成はありませんから小保方さんのプライマーで挟むとGLがでるだけです。つまり③の主張は同時に①を主張することになりますね。そのことをご確認なさってください。私は学さんと違ってとても頭が悪いもんですから、論理の階段は一段づつしか登れないんです。よろしくお願いします。以上です。
>>
①この2Nキメラとされているゲル2写真は偽物である
②本物であるが白血球を除去し忘れている
③本物であるが、FACSで選別しきれなかったT細胞以外の脾臓構成細胞のSTAP由来キメラである
そのような事は言ってません。T細胞（CD45+CD3+）をあつめてSTAPにしたら、TCRがでましたよね。
7日間に、どの臓器由来細胞も凝集して生き残れると思いますよ。
＞細胞群はTCR再構成はありませんから小保方さんのプライマーで挟むとGLがでるだけです。
陰性コントロールとしてES,繊維芽細胞がでていてGLだけでした。リンパ球は陽性コントロールでした（TCRがある）。図２０の＃１は、リンパ球並みのTCRが出ていたので、問題になっているのですよね。
＞③本物であるが、FACSで選別しきれなかった
CD45＋だけで選別しているので、その中にいろいろな細胞種が混じっています。そのどれかの細胞からキメラができたのですが、＃１のTCRが本物なら、元T細胞からキメラができた証明ができます。そうなると、著者らは、＃１を証拠にSTAPの多能性を証明できるのに、そうした動きはありませんでした
私の書いた
[7日間に、どの臓器由来細胞も凝集して生き残れると思いますよ。]
この意味が分かりにくかったと思うのですが、ここは、各種細胞が生き残れる条件で小保方氏は実験をしているという意味です。
PHに幅があり、毎回微妙な酸性調整が必要なのだと思います。ここにケチつける人もいたけどーー。
ES派研究者層、その支持者がやみくもにサポートするのでしょうが、もう、ここへ来て、ため息コメントも、とんちんかんとしか言い様の無いレベルまで落ち込みました。ご苦労様です。
ため息氏はホントに細胞知識に欠くんですね。というか、文献にあたれば、すぐに身に付くレベルの知識なんですけど、ため息氏は文献検索をしませんね。
各論で敗北したとの反省が、ため息氏にあるためでしょうか？
ここへ来て、学とみ子否定の戦略として、各論攻撃から総論攻撃へと変えたみたいです。
お手並み、拝見です。
>> 学さん
>そのような事は言ってません。T細胞（CD45+CD3+）をあつめてSTAPにしたら、TCRがでましたよね。7日間に、どの臓器由来細胞も凝集して生き残れると思いますよ。
何がキメラになったかに関しての学仮説に対する私の理解に修正を入れて以下でいいわけですね。
>>
③本物であるが、FACSでCD45+選別されたものの中のＴ細胞やＢ細胞以外の細胞や、ＣＤ45+選別しきれずに混入した脾臓構成細胞やのいずれかのSTAP由来キメラである
確認をお願いします。
次に、石井調査資料の事実確認です。CＤ45は白血球の、ＣＤ3、CD90(Thy-1)はＴ細胞の分化抗原ですね。
まずＧｅｌ1です。
①DNA ladder
②ES Cell
③Fibroblast
④CD45+ cells
⑤Sorted-Oct4+ 1
⑥Sorted-Oct4+ 2
⑦Sorted-Oct4+ 3
⑧Sorted-Oct4+ 4
⑨Sorted-Oct4+ 5
⑩Sorted-Oct4+ 6
⑪STAP cluster 1
⑫STAP cluster 2
⑬STAP cluster 3
⑭STAP cluster 4
次はGel2です。
⑮DNA ladder
⑯CD45+/CD3+ 1(100ng)
⑰CD45+/CD3+ 1'(50ng)
⑱CD45+/CD3+ 2(100ng)
⑲CD45+/CD3+ 2 (50ng)
⑳CD45+ 1
㉑CD45+ 2
㉒CD45+/CD90+
㉓CD45+/CD90+
㉔CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉕CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉖CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉗2N chimera 1(CD45 STAP)
㉘2N chimera 2(CD45 STAP)
㉙2N chimera 3(CD45 STAP)
私は学さんのお陰でこの歳になって『喜ばしき知識』以外の何物でもない免疫学の入門教科書に(本体3,200円+税)なる浪費をさせらましたが、先生にはその責任を取られてせめて私が”喜ばしい”状態になるまではご指導願いたいものだと念じております。別に急いではおりません。
まず最初にラダーの数に関してです。小保方さんのプライマーで挟まれるDJリコンビネーションの組み合わせ数はGLを入れて15でいいですね。つまり小保方検査で現れて来うるラダーはあり得る場所を全部数えると15以上ではないと。
ここまでのところを確認いただきたい。たくさんのことを同時にご説明なさっていますが、いずれ先生のコメントは全部拾い出して検討することになります。うち捨てているわけではありません。順番に理解していけば私のような愚鈍な頭でも何れ正解に至ると信じておりますので、よろしくお願いいたします。以上です。
いろいろご勉学なさってますね。
頑張ってくださいね。
細かい細胞種に関するやりとりは誤解を生じ易いので、ここではやりません。学とみ子の日本語能力にも問題あります。但し、学とみ子も易しい話であれば、他の方並みには文章を作れます。今は、ごめんなさい。
ため息陣営が一時も逃さずチェックして、ミスを誘います。彼らはミスでなくともミス呼ばわりです。そうした中で、難しい領域の議論に入ると、彼らの破壊作戦の餌食です。
一言居士さんは、ES混入説ではSTAP細胞を説明できないことを理解できているのだから、後はゆっくり進んでください。小保方氏から何らかアクションが出たら、又、共闘しましょう。