核移植に限定しないよう、いろいろな可能性に触れていただくと、分かりやすいかなと思います。
コメント（98）
> 一言居士さん
このコメントは内緒モードですので、アップをしないでくださいね。
届いていたら、お返事ください。
学とみ子が何を書いても、ため息氏らからでたらめ呼ばわりをされるので、当ブログの公開欄にはもう書かないことにします。
申し訳ないですが、あなたのTCRコメントもアップしません。問題のないコメントはアップできますので、できればコメントに順番つけをしないでほしいです。番号が抜けたのが、他の人にわかるので。
TCRは、とても専門的で、私も勉強中です。
とにかく、パターンはさまざまで、一旦再構成されてから、さらに塩基が加わったりするようで、バンドの形は様々に変化します。
科学未来館の詫摩氏のTCRの記事の質疑応答で、吉村氏も参加して議論があります。そこで、吉村氏は以下の様に言っています。
https://blog.miraikan.jst.go.jp/topics/20140317stap-2.html
このコメントは内緒モードですので、アップをしないでくださいね。
届いていたら、お返事ください。
学とみ子が何を書いても、ため息氏らからでたらめ呼ばわりをされるので、当ブログの公開欄にはもう書かないことにします。
申し訳ないですが、あなたのTCRコメントもアップしません。問題のないコメントはアップできますので、できればコメントに順番つけをしないでほしいです。番号が抜けたのが、他の人にわかるので。
TCRは、とても専門的で、私も勉強中です。
とにかく、パターンはさまざまで、一旦再構成されてから、さらに塩基が加わったりするようで、バンドの形は様々に変化します。
科学未来館の詫摩氏のTCRの記事の質疑応答で、吉村氏も参加して議論があります。そこで、吉村氏は以下の様に言っています。
https://blog.miraikan.jst.go.jp/topics/20140317stap-2.html
＞つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、それからどちらかのアレルのVがDJとくっつく。ここで機能的なTCRβができればもう片方のVD組み替えは起こりません。これが対立遺伝子排除といわれる現象です。つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、それからどちらかのアレルのVがDJとくっつく。ここで機能的なTCRβができればもう片方のVD組み替えは起こりません。これが対立遺伝子排除といわれる現象です。
＞もし１個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの１本のみ、GLと組み換えの２本、組み換えの２本、あるいは全く検出できない、となります。よってバンドが見えるとすれば１つか２つでともさんの考えは正しいと思います。
＞もし１個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの１本のみ、GLと組み換えの２本、組み換えの２本、あるいは全く検出できない、となります。よってバンドが見えるとすれば１つか２つでともさんの考えは正しいと思います。
[病院帰り1]
行き帰りの運転中に考えて分かりました。T細胞の受容体再編成は相同染色体上の片方だけに起こるんでしたね。1本の場合は再構成の起きてないT細胞、2本が再構成を起こしているT 細胞ですね。GLと別にもう1ラインですね。0本は分からないままです。以上です。
行き帰りの運転中に考えて分かりました。T細胞の受容体再編成は相同染色体上の片方だけに起こるんでしたね。1本の場合は再構成の起きてないT細胞、2本が再構成を起こしているT 細胞ですね。GLと別にもう1ラインですね。0本は分からないままです。以上です。
TCRレパトワ解析をみると、TCRの多様性がわかります。
それぞれのT細胞は、VDJ遺伝子それぞれ何１０もある遺伝子の中から選んでTCRを構成します。末梢血で同一TCRを持つものは見つけられません。何か、特殊な病気になった時は、同一TCRが増えることもあります。NKT細胞を学ぶと又見えるものがあるかと思います。
https://www.repertoire.co.jp/research/technology/repertoire/
この図では、J遺伝子は14種類あることがしめされています。
どの遺伝子を選ぶのかは多様ですし、D2J２プライマーでみつかるのは、その範囲の遺伝子断片から選ばれた遺伝子がTCRになった細胞だけです。吉村氏は、全体の10%位と言っています。
それから、T細胞といわれるからにはTCRを持ちます。プロとか、プレT細胞と言われている未熟なTCRを持つT細胞もあります。TCRのないT細胞は無いかと・・。
それぞれのT細胞は、VDJ遺伝子それぞれ何１０もある遺伝子の中から選んでTCRを構成します。末梢血で同一TCRを持つものは見つけられません。何か、特殊な病気になった時は、同一TCRが増えることもあります。NKT細胞を学ぶと又見えるものがあるかと思います。
https://www.repertoire.co.jp/research/technology/repertoire/
この図では、J遺伝子は14種類あることがしめされています。
どの遺伝子を選ぶのかは多様ですし、D2J２プライマーでみつかるのは、その範囲の遺伝子断片から選ばれた遺伝子がTCRになった細胞だけです。吉村氏は、全体の10%位と言っています。
それから、T細胞といわれるからにはTCRを持ちます。プロとか、プレT細胞と言われている未熟なTCRを持つT細胞もあります。TCRのないT細胞は無いかと・・。
> 一言居士さん
届いてますか？3本送りました。
今も頻回に、ため息氏がコメントしてきます。
匿名さんという人が、学とみ子を気ちがい呼ばわりしていて、ため息さんは、世の中の人はそう思っていると言ってきます。
しかし、匿名さんのコメントはユニークで、ヤッパリ氏は科学者でないと言ってくれました。ため息氏の行動には、批判的です。
あなたも、何かコメントくれませんか？こうしたものはアップできます。
届いてますか？3本送りました。
今も頻回に、ため息氏がコメントしてきます。
匿名さんという人が、学とみ子を気ちがい呼ばわりしていて、ため息さんは、世の中の人はそう思っていると言ってきます。
しかし、匿名さんのコメントはユニークで、ヤッパリ氏は科学者でないと言ってくれました。ため息氏の行動には、批判的です。
あなたも、何かコメントくれませんか？こうしたものはアップできます。
> 一言居士さん
＞キメラ胚に一個のT細胞STAPを入れてキメラを作製したと仮定した時という意味ですか、それとも実際にそういうことをして検証されている論文がある話なんですか?
T細胞を胚盤胞にいれたなんて、論文ないでしょう。
私はT細胞はキメラ寄与に不利だと思うけど、絶対に寄与しないかはわかりません。ここはしつこく、ため息氏からいやがらせを受けている点です。
＞キメラ胚に一個のT細胞STAPを入れてキメラを作製したと仮定した時という意味ですか、それとも実際にそういうことをして検証されている論文がある話なんですか?
T細胞を胚盤胞にいれたなんて、論文ないでしょう。
私はT細胞はキメラ寄与に不利だと思うけど、絶対に寄与しないかはわかりません。ここはしつこく、ため息氏からいやがらせを受けている点です。
>胚盤胞期というのはE4ですから、ntES作成にかかる日数は4日です。培養確認も行えば、1週間は普通のキメラ出産まで余計にかかる。
これ→ ttp://www.ccn.yamanashi.ac.jp/~twakayama/LSHP/Wakayama%20lab/f_t_ntES.htm←をみれば胚盤胞からES細胞の培養には約1か月かかるようです。
また、これには→ ttp://www.riken.jp/~/media/riken/pr/press/2007/20070220_1/20070220_1.pdf←胚操作した6～7％しかES細胞にならないみたいです。
そして、ntES細胞から4 倍体キメラを作ったが胎盤には寄与せず、受精卵ES細胞と全く同じだったと書かれていますが、1か月余りの余分な時間と手間を掛けて出来たものはES細胞と同じということになると、さて、ntES細胞を使う理由は一体どこにあるのでしょうか？
これ→ ttp://www.ccn.yamanashi.ac.jp/~twakayama/LSHP/Wakayama%20lab/f_t_ntES.htm←をみれば胚盤胞からES細胞の培養には約1か月かかるようです。
また、これには→ ttp://www.riken.jp/~/media/riken/pr/press/2007/20070220_1/20070220_1.pdf←胚操作した6～7％しかES細胞にならないみたいです。
そして、ntES細胞から4 倍体キメラを作ったが胎盤には寄与せず、受精卵ES細胞と全く同じだったと書かれていますが、1か月余りの余分な時間と手間を掛けて出来たものはES細胞と同じということになると、さて、ntES細胞を使う理由は一体どこにあるのでしょうか？
[素朴な疑問さんへの回答1]
>> 素朴な疑問さん
>ntES細胞から4 倍体キメラを作ったが胎盤には寄与せず
上記箇所見つけられないんですが、まずそれを教えてください。マウスntESの胎盤異常(肥大)は知られている研究ですが、私は若山さんは胎盤貢献の件は今まで確認してないのだと思ってました。だからこそ勘違いしたのではとみてました。
それから論文は若山さんの世界初マウスntES作成の発見当初の報告で古い。すでにntES化はプロトコル化されて他の研究グループもやってますよ。以上です。
>> 素朴な疑問さん
>ntES細胞から4 倍体キメラを作ったが胎盤には寄与せず
上記箇所見つけられないんですが、まずそれを教えてください。マウスntESの胎盤異常(肥大)は知られている研究ですが、私は若山さんは胎盤貢献の件は今まで確認してないのだと思ってました。だからこそ勘違いしたのではとみてました。
それから論文は若山さんの世界初マウスntES作成の発見当初の報告で古い。すでにntES化はプロトコル化されて他の研究グループもやってますよ。以上です。
［0本の意味と特許20図1]
>> 学さん
Lさんの書き込みの特許図に関してのコメントについてのみ事実指摘します。
>特許図については、キメラマウスの尾組織からのDNA解析であれば、#6-#9のテンプレート量が多いと思われるサンプルで見られる微かなバンドは、コンタミした血液中のT細胞由来で良いと思います。しかし、これがキメラマウスの脾臓から再度STAP細胞塊を作って抽出したDNAであるならば、理解不能なデータです。「２Nキメラ由来SAC」というのがどういうサンプルなのか、詳細が分からないと何とも言えないです。「SAC由来２Nキメラ 」の間違いではないか、とも思ったりはします。
なお、この図で一番問題なのは#1と思われ、捏造の可能性を疑います。サンプルを取り違えた可能性、とも言えなくもないですが、いずれにせよ問題です。
>> 学さん
Lさんの書き込みの特許図に関してのコメントについてのみ事実指摘します。
>特許図については、キメラマウスの尾組織からのDNA解析であれば、#6-#9のテンプレート量が多いと思われるサンプルで見られる微かなバンドは、コンタミした血液中のT細胞由来で良いと思います。しかし、これがキメラマウスの脾臓から再度STAP細胞塊を作って抽出したDNAであるならば、理解不能なデータです。「２Nキメラ由来SAC」というのがどういうサンプルなのか、詳細が分からないと何とも言えないです。「SAC由来２Nキメラ 」の間違いではないか、とも思ったりはします。
なお、この図で一番問題なのは#1と思われ、捏造の可能性を疑います。サンプルを取り違えた可能性、とも言えなくもないですが、いずれにせよ問題です。
［0本の意味と特許20図2]
Lさんは血液細胞が入ったことを認めておられますね。
>
特許図については、キメラマウスの尾組織からのDNA解析であれば、#6-#9のテンプレート量が多いと思われるサンプルで見られる微かなバンドは、コンタミした血液中のT細胞由来で良いと思います。
Lさんは血液細胞が入ったことを認めておられますね。
>
特許図については、キメラマウスの尾組織からのDNA解析であれば、#6-#9のテンプレート量が多いと思われるサンプルで見られる微かなバンドは、コンタミした血液中のT細胞由来で良いと思います。
［0本の意味と特許20図3]
学さんも英語版お持ちでないようですのでURL貼っておきます。
*ttp://kanda-ip.jp/wp-content/uploads/2014/01/id00000022883817.pdf
> しかし、これがキメラマウスの脾臓から再度STAP細胞塊を作って抽出したDNAであるならば、理解不能なデータです。「２Nキメラ由来SAC」というのがどういうサンプルなのか、詳細が分からないと何とも言えないです。「SAC由来２Nキメラ 」の間違いではないか、とも思ったりはします。
確認されればお分かりのように、事実はLさんの推測通りですね。翻訳が雑なだけです。Lさんも英語版を読まれてないんですね。
学さんも英語版お持ちでないようですのでURL貼っておきます。
*ttp://kanda-ip.jp/wp-content/uploads/2014/01/id00000022883817.pdf
> しかし、これがキメラマウスの脾臓から再度STAP細胞塊を作って抽出したDNAであるならば、理解不能なデータです。「２Nキメラ由来SAC」というのがどういうサンプルなのか、詳細が分からないと何とも言えないです。「SAC由来２Nキメラ 」の間違いではないか、とも思ったりはします。
確認されればお分かりのように、事実はLさんの推測通りですね。翻訳が雑なだけです。Lさんも英語版を読まれてないんですね。
2019年5月29日 1:21 PM
この方、以前、学とみ子ブログにコメントしてきていた匿名さんと同じ方かはわかりません。今回は、僕と言ってます。以前の匿名さんは国際ビジネスウーマンでした。ありとあらゆる悪口を書きに来ていました。
今回も相当にすごい悪口ですが、こうしたものを読むと、職種は違っても、理研裁定を支持する活動グループの存在を思わせます。
そこに共通する攻撃方法を見出だします。
STAP実在を科学的に説明しようと試みる人に対し、徹底的にバカ呼ばわり気違い呼ばわりします。これは異常です。普通、科学的反論できない人というのは、自らの無知を自覚するものです。
アンチSTAPあるいはアンチCDB上層部への共通の思惑での書き込みか？と感じます。
つまり、ES論を支持するというより、ES派の人たちを支持するために活動する組織的な人たちが以前はかなりいたのか？と。
そして、今は減ったが残党はいる？かと。
：「詫摩さんが、・・・・よくわかるように書いてあるんですけどね。
良くわかるように書いてあるなら、これを読めば、誰でもゲル２の意味がわかるということです。
ため息さん、ゲル２に意味がわかりませんね。
わかるような説明になっていないということですよ。
STAP細胞を理解するために必要な知識を読者に授けたいなら、理研が出して引っ込めたゲル２の説明をしないとだめです。小保方氏が要請したとの公式発表のようですが、それはなぜなのか？を説明したらどうでしょうか？
キメラにはTCRが出てるんですよ。陽性、陰性コントロールと一緒に。（図２０）
詫摩さんは、専門的難度の高い事とそうでもない事をごちゃごちゃにしています。
＞例によって，生物なので例外はあり厳密にいうと０〜２本
これは吉村氏が、キメラにT細胞１個が入ったらTCRバンドは０-２本と言った説明部分です。
でも、詫摩氏はそのように説明していません。
バンドが８本というのも、説明がないです。
ここはとても、プロでも難しい部分です。
これでは、STAPを説明するスタンスにたっていません。その理由は、彼女が知識の難易度がわからず、TCRももちろん、STAPの新規性を本当の意味で理解できてないからです。ご自身でゼロから勉強したわけではないからです。
詫摩氏は、TCRの難しい領域まで踏み込みこまず、理解可能なTCRの説明ができたはずです。
詫摩氏がSTAP細胞を理解してたら、ES説の破たんに気づきます。
記事の読者は、STAPの科学を元から知りたいのはなく、疑惑はどこなのか？を簡潔に知りたいのです。読者が知りたいことをやさしく解説するためには、本人が良くわかっていないと、できないことです。
(Fig. 1i)
i, Genomic PCR analysis of (D)J recombination at the Tcrb gene. GL is the size of the non-rearranged germline type, whereas the smaller ladders correspond to the alternative rearrangements of J exons. Negative controls, lanes 1, 2; positive controls, lane 3; FACS-sorted Oct4-GFP+ cells (two independent preparations on day 7), lanes 4, 5.
(Extended Data Fig. 2e–g)
e, Schematic of Tcrb gene rearrangement. f, T-cell-derived STAP cells. Scale bar, 100 μm.
g, Genomic PCR analysis of (D)J recombination at the Tcrb gene of T-cell-derived STAP cells. G.L. is the size of the non-rearranged germline type, whereas the smaller ladders correspond to the alternative rearrangements of J exons (confirmed by sequencing). Negative controls (ES cells), positive controls (lymphocytes) and T-cell-derived STAP (two independent preparations on d7) are indicated.
(マテメソ)
TCR-β chain gene rearrangement analysis
Genomic DNA was extracted from STAP cells and tail tips from chimaeric mice generated with STAP cells derived from CD45+ cells. PCR was performed with 50 ng DNA using the following primers (Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′) that amplify the regions of the (D)J recombination.
The PCR products were subjected to gel electrophoresis in Tris-acetate-EDTA buffer with 1.6% agarose and visualized by staining with ethidium bromide. PCR bands from STAP cells were subjected to sequencing analysis and identified as rearranged genomic fragments of the (D)J recombination.
(マテメソ)には二種の細胞で確認されたと書かれている。
①STAP cells
② tail tips from chimaeric mice generated with STAP cells derived from CD45+ cells.
①はどういう細胞かというと(本文)に書かれているように<FACS-purified CD45+ cells and CD90+CD45+ T cells >を酸浴させて<Oct4-GFP+ cells>になって蛍光している細胞ですね。再構成を受けている細胞がたまたま全部死滅しない限りは<①STAP cells>のPCR検査結果は陽性になるに決まっていますね。そもそも確率的にある程度高く残るのでなければ西川さんのアドヴァイス自体が細胞追跡法としてそんなに良い方法ではないわけです。西川さんはとてもたくさん光ってるから再構成細胞もたくさん入っていると大まかに考えている。
総じてこの実験で明らかになったのは体細胞であるCD45陽性リンパ球を酸浴させてOct4-GFPを発現している細胞の中にTCR再構成を受けている細胞が含まれていることがあるということです。酸浴させた段階でも生き残ることがあるよという証明だけです。
問題は<② tail tips from chimaeric mice generated with STAP cells derived from CD45+ cells.>ですよね。STAP細胞を移植したキメラなんですからここからTCR再構成を受けている細胞が出てきたら、それはSTAP細胞がキメラ形成能を持った証拠なのだという西川さんの細胞追跡法を実践したものです。キメラの尻尾の細胞は血液ではありませんから、ここに再構成があったら、それはSTAP細胞の中に含まれていた再構成細胞が分化してきたものだということになります。再構成を受けているT細胞の割合はどういうことになっているか。以下です。
CD45というのは白血球共通抗原のことですね。マクロファージは単球からの派性細胞ですね。
Balb/C系統♂10週齢マウス白血球構成
リンパ球 70%、単球3%、好酸球2%、桿状核好中球17%、分葉核好中球8%
Balb/C系統♀10週齢マウス白血球構成
リンパ球 82%、単球2%、好酸球4%、桿状核好中球8%、分葉核好中球4%
Balb/C系統♂♀Ave.10週齢マウス白血球構成
リンパ球 76%、単球2%、好酸球3%、桿状核好中球13%、分葉核好中球6%
＞そもそも確率的にある程度高く残るのでなければ西川さんのアドヴァイス自体が細胞追跡法としてそんなに良い方法ではないわけです。
ここで確率は関係無いです。T細胞を集めてSTAPにしてますから、八割死んで二割になってもT細胞です。あなたの核移植では、一つの細胞を選びますから、それがT細胞なら一種類のTCRが増幅されます。そこ、大丈夫ですか？PCRは要りません
以前の議論で結論が出なかったという情報は、学とみ子に貴重でした。Lさんコメントも貴重で、ここでの議論は新しいものだと私は思っているのでーー。
それにしても、ここでの議論の新しさに全くついてこれない人たちが、今もES論に固執してるんだと、ため息ものです。
白血球の中に占めるリンパ球は成体マウスの全身で雌雄平均76%というデータですね。実験は赤ちゃんマウスで、かつ、脾臓からの取得なのでその構成比は違いますが参考にはなりますね。その中の更なる詳細構成はど素人なのでうまく検索できないんですが、マウスの場合でひとつのデータとして仮りに、B細胞:60%、T細胞:30%、NK細胞10%としておきましょうか。
CD45で選別するとT細胞は全体の23%で、かつ脾臓に来た段階でTCR再構成を受けているT細胞の割合はまた少なくなる。仮に半分としても11%です。でも楽にPCRにかかってきますね。CD45+選別だけのSTAP細胞は必ずバンドが出る。それが(Fig. 1i)ですね。
対して(本文)の<CD90+CD45+ T cells>という書き方だと先にCD90でT細胞を選別して置いて、そこからCD45で白血球以外でCD90を発現しているかもしれない細胞を取り除いているんでしょうね。ほぼT細胞だけですね。CD45+ 選別よりもっと確率は高くて少なくとも半分はラダーが出る。出ない集団でもGLはでますから#2が如何に少ないケースに当たったかということは特筆すべきでしょうね。私は小保方さんが多忙の疲れた頭で何か勘違いして、あえて無いものも示すべきというような思い込みで、GLすらない特殊なケースを入れてしまったのではないかと思います。
ではキメラはどうなのか。まず前提としてこのキメラは当然4Nキメラですよね。2Nだとリシピエント胚由来の尻尾の部分の細胞に当たる可能性がある。当然4Nキメラです。この実験は行われたと(マテメソ)にありますね。でもキメラの結果に関しては何も触れられていない。これは編集中にキメラ結果記述が削除されたからですね。笹井さんと丹羽さんが外させているんですね。その理由があるんですね。
再構成のある2Nキメラマウスの尻尾はそれぞれ独立したマウスの尻尾だということですね。そこで以下の御質問になる。大事なところなので、TCR再構成実験のど素人理解開示の途中ですがその問題もからめて検討しましょう。
>あなたの核移植では、一つの細胞を選びますから、それがT細胞なら一種類のTCRが増幅されます。そこ、大丈夫ですか？
大丈夫ではないかもしれませんね。でもその時は僕は自分のntES仮説を間違いだと知って捨て去るだけですよ。大した問題ではありません。僕の探求の目的はSTAP事件の真実理解です。ただし、僕はntES仮説を捨て去ると僕にとってはまだよくわからない共培養仮説程度しか他に乗り換えるべき道を今のところ持ってないんです。ほとんどの可能性ある道は虱潰しに歩きつぶしている。どこかに別の道がありますかねえ。それを知りたくて学さんのブログにきているのです。
まず当たった細胞が①だったとするとこのキメラの体細胞はPCRで調べるとTCR再構成されたラダーのどこか一つしかないゲル写真になります。②の場合はGLラインだけの出るゲル写真になる。③の場合も同じですね。GLだけだ。
ところが、特許図20にはラダーのあるゲル写真が９例あるから、ラダーがあるということは多種の再構成細胞があることを意味しているのだからこれはntES由来ではないということになるというお答えですね。有難うございます。お返事は今頂きました。
では、翻ってその特許図の方の検討に入りましょう。
日本文の特許図20には<2Nキメラマウス由来SAC>とあって意味が分かりにくいですが、元の英文は<2N CHIMERIC MICE DERIVED FROM SACs>で、SACsはStress Altered somatic Cellsの略ですね。ただし、尻尾の細胞で調べたか否かは特許条文には書かれていない。この小保方細胞の名前がSTAPになったのは笹井さんの参加して以降で、それ以前の3誌論文ではSACsでした。
最初にネイチャー投稿した論文を根拠にヴァカンティが2012/4/24に米国特許仮出願したものと、後に理研若山研時代に若山さんが理研の知財と検討していて、ヴァカンティと対立していたころの幹細胞化関連特許原案の作成過程までの経緯を新たなSTAP論文につなげて、理研、ハーヴァード、東京女子医大の三者共同申請に纏めたものがこの特許申請書ですが、TCRのアドヴァイスはネイチャー論文がリジェクトされて西川さんに相談したという小保方さんの手記記載が正しいならは５月前後の実験ですね。セルに載せたのが最初と調査報告されている。
この２Nキメラの尻尾かどうかは確定できないが何らかの特定された部位の体細胞をある程度の量を取ってPCRにかけたらベータ鎖DNA部位が短くなるなり方に違いのある多様な細胞があると分かった。つまりこの体細胞部位には再構成のされ方の異なっている細胞がたくさん含まれているということです。こういうことはどういうケースで起きるか。特定部位は仮に尻尾だとしておきましょう。移植細胞数は２０個程度だとしましょう。
①多様なTCR再構成を持つSTAP細胞を２０個程度移植してその細胞がほぼ全部均等に尻尾に入った。だからラダーが２０程度出ている。
②１、2個のTCR再構成を受けたSTAP細胞だけが尾部に入ったがPCRの元サンプルに血液が混じっているから、再構成されていないT細胞から作られたキメラのリンパ球が新たに各種のTCR再構成を起こしてラダーが出来る。
STAP細胞もSTAP核使用ntESも一つずつは起こしていたとしても一種類の再構成しか起こしていませんね。②のケースは私のntES仮説のケースも含まれますね。
では①はどのくらい起こりにくいでしょうね。キメラ胚に入れた時リシピエント側もドナー側も２０個程度ずつで４０個のインナーセルマスになっている。ここからまず三胚様分化し、各器官に分化発生していくわけですが、ドナーとして20個入れた細胞が増殖してそれぞれの一部が尻尾に20種類ほぼ均等に分配されていくというのはとても考えにくいですよね。でもラダーは9例とも20くらいあるじゃないですか。変ですね。血液が混じってしまっているんだと思っています。だから丹羽さんがこの図を外させた。すでに出ている見方です。
私のntES仮説は取り合えずSTAP事件で知られている諸情報を無矛盾に包摂できている唯一の仮説として考えたものです。ミッシングリングの存在があって、他に同時並行的に成立する仮説もある可能性は否定できませんが、私には思いつけないだけです。また他の仮説はどれも完全論証されていませんね。これは論証なので本当はキメラがntESで作られていると直接実証できる道があれば一番いいのですが、今までのところでは和モガさんの見つけてきた金華豚の論文でmtDNAのヘテロプラズミーを調べる方法をTs.Markerさんとされていましたが、うまく見つかりません。
今学さんから貴重な御批判を頂いたのが契機で私はもう一つ、一個のＴ細胞由来ntESが元となっているはずのキメラの体細胞のTCR再構成の再PCR検査で単一のバンドが検出されないかなとも考えましたが、そういうキメラは凍結されていないでしょうね。
キメラだけでなく、もう一つ私の説ではたとえばＦＬＳは単一のＴＣＲ再構成を持つ幹細胞のはずなんですね。
①再構成されたT細胞
②再構成されていないT細胞
③FACS選別でわずかに混じり込んでくるB細胞等のリンパ球もしくはリンパ球以外の白血球等
②③の細胞がたまたま選ばれていたら普通のntESと同じ結果で、再構成の存在をもって、ntESであると実証する道はありません。でも①だった場合のみは、ちゃんと実験検証して、ntESだったら単一バンドがでますね。
今更そんな検証実験を理研がやってくれるとも思えませんね。受精卵ESであるかntESであるかの識別は相当に困難であるようですね。
例えば近交系マウスであるB6マウスの雌の受精卵から受精卵ES細胞を作る。同じマウスの尻尾の体細胞からリシピエント卵もB6を使ってntESを作る。この二つをそれぞれ識別できるＤＮＡ解析方法はありません。ＤＮＡ配列は全部同じでSNPsも同じで、nonコードDNA領域も識別に使えない。mtDNAのヘテロプラスミーによる識別方も使えない。T細胞を使った今回の特殊な実験でのみ場合によって識別できるということですね。RNAの発現解析によってのみ、おおまかな識別が出来そうですがＥＳ細胞とntES細胞のＲＮＡ発現を細かく調べた研究もありませんよね。レター論文で我々がもたもたするのはその所為ですね。
ど素人の解明手法は搦め手からです。以上です。御批判願います。
＞①多様なTCR再構成を持つSTAP細胞を２０個程度移植してその細胞がほぼ全部均等に尻尾に入った。だからラダーが２０程度出ている。
②１、2個のTCR再構成を受けたSTAP細胞だけが尾部に入ったがPCRの元サンプルに血液が混じっているから、再構成されていないT細胞から作られたキメラのリンパ球が新たに各種のTCR再構成を起こしてラダーが出来る。
吉村先生は、T細胞が1個、キメラに入るとD2J2で検出されるのは、0本から2本といっていますね。D2J2で検出できない部分で再構成が起きると、バンドは出ないだろうと思います。Lさんはゲル２レーン27,28のレーンの形がT細胞と比べて形がおかしいと言っていますが、可能性としては、2-3個のT細胞がキメラに入ったのかもしれないといってますね。このゲル部分のDNA解析を勧めています。
ヤフーには内緒モードがあります。内緒モードで、ブログアドレス教えてもらえませんか？
2019年5月30日2:16.
あちらへ 2:21 PM
やっぱりさんは、何が大事で、何は無視すべきなのかがわかりません。
論文の各図表は、問題にならないように工夫されています。それでも、調査委員会は強引に問題化させて捏造と判定しました。[捏造]の言葉がほしかったんです。小保方氏が主体でやった実験に限定したのです。
そこをいつまでも騒いでいるやっぱりさんです。やっぱりさんの出鱈目や突っぱりは一目瞭然だけど、あちらの人はわからないのですね。疑惑の優先順位を示せないということは、理解できてない事です。大きな疑惑の前では、小さな疑惑は意味無いです。
TCRについては、やっぱりさんにはアドバイザーがいないみたいです。独自で語ってしまうので無知が出てしまうーー。
まさに、STAP事件における誤解の根幹を示します。
それで、ゲル２や特許申請図２０の学とみ子さんの解釈は、２Nキメラ体細胞にTCR再構成が認められる、つまりSTAP現象がTCRで証明されたことを示すということなの？違うの？わからないの？
どれなのか根拠を示して教えてください。
>> 学さん
「議論のためのスペース用です」に私の"あのね"さんへの回答である<学さんこっちでやれと言う意味ですね1～6>がアップされている。ここで私が間を置かずに連続投稿して書き込み禁止になったものですから、ひとつ前の「特殊人たちが集まっている事が示せて、何らかの意味はあったかと思います。 」に<学さんこっちでやれと言う意味ですね7～14>を書き込んだ後、<どのように考えるか1,2>を送りました。後者はアップされて今の議論に繋がっているんですが、前者はアップされていませんので、"あのね"さんや、"おそまつ"さんは僕からの直接的もしくは間接的表現であれ、返事を受け取れていません。御多忙でしょうが、急ぎませんのでアップしていただけるとありがたいです。僕のコメントは最後に必ず"以上です"と入りますから、それが無いときは終わってないということです。連番が欠けていてもアップが無いとわかるはずです。
先生が女性らしい御配慮でもコメントを取捨選択なさっておられるのはわかってますが、私には私の書き込みに関するポリシーがあるんです。私のためにご配慮いだだく必要はありません。書き込みによる自分自身への影響は自己責任と自覚しています。無論ブログ主ですので、取捨選択はご自由で、それが気に入らないコメンテーターはここに来なければいいという選択肢があることも分かっております。
さて本論ですが、「議論のためのスペース用です」にLさんの新しい書き込みがあったということですね。私は学さんへの回答と自分のコメントのアップに注意を取られていて気づいていませんでした。
>>
吉村先生は、T細胞が1個、キメラに入るとD2J2で検出されるのは、0本から2本といっていますね。D2J2で検出できない部分で再構成が起きると、バンドは出ないだろうと思います。Lさんはゲル２レーン27,28のレーンの形がT細胞と比べて形がおかしいと言っていますが、可能性としては、2-3個のT細胞がキメラに入ったのかもしれないといってますね。このゲル部分のDNA解析を勧めています。
私のTCR再構成に関する理解は<TCRの件1～31>に書いていますから、私の理解の程度はご存じのはずなので、私の泥縄の理解レヴェルに合わせてご説明願いたいです。
①吉村先生は、・・・
この情報知りません。出典教えていただきたい。
②T細胞が1個、キメラに入ると・・・
キメラ胚に一個のT細胞STAPを入れてキメラを作製したと仮定した時という意味ですか、それとも実際にそういうことをして検証されている論文がある話なんですか?
③D2J2で検出されるのは、・・・
PCRで最終的に再構成された遺伝子断片を検出した時という意味ですか? アーティクルのマテメソにある二つのプライマーで探している部位のことですね。
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PCR was performed with 50 ng DNA using the following primers (Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′) that amplify the regions of the (D)J recombination.
④0本から2本といっていますね。
PCR産物をゲルに流したときに現れる線が0から2本という意味ですか? 僕はここが理解できませんから、知識に欠如があるんですね。ご指導願います。
因みに私の理解は一個のT細胞由来STAP細胞移植キメラが作られていたとして、そのキメラのドナー細胞由来部分の体細胞をPCRにかけた場合、そのT細胞が受容体再構成を受けていないものだったら、増幅されたPCR産物はGLラインに集まってきて、1本の線が現れる、また、再構成を受けていたT 細胞であった場合は下に下がるほど徐々に短くなって軽くなったものが集まる仕組みのラダーのどこか一種類の線の場所に集まるというものですから、無論、1本現れるというものです。
0本になる場合というのは検体細胞のDNA混合液の中に(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟まれている配列が存在し無いないことを意味するので、こんなことは普通ありません。
<0本から2本>の意味が「0か、長いか、短いかの三通りだ」という意味なら分かりますが、出典を確認していないのでそこもよく分かりません。
⑤D2J2で検出できない部分で再構成が起きると、バンドは出ないだろうと思います
上述の通り、私の泥縄理解ではそれはD2J2領域、もしくはD2、J2のプライマー部位のどちらかが欠失している細胞のDNAだということになる。
⑥Lさんはゲル２レーン27,28のレーンの形がT細胞と比べて形がおかしいと言っていますが、可能性としては、2-3個のT細胞がキメラに入ったのかもしれないといってますね。このゲル部分のDNA解析を勧めています。
これは特許図の話ではありませんし、15-29という一部しかないものですから何とも言えませんね。第一僕の理解を先に修正しないと、間違った理解の頭でこんな話はできません。以上です。ご指導下されたし。私のブログの件はもう少し待ってください。