5256. L 2019年06月02日 19:36 学ブログに昨日追加でコメントしましたが、時間差承認のトリックで論旨をミスリードされているようです。昨日の投稿分のうち、やっぱりさんや一言さんへの回答が未承認なので、抜粋でここに貼ります。
ため息さんのところでの、やっぱりさんからの質問に対する回答。
（１）Fig 1iのリンパ球レーンは、ゲル２の#16ですから、CD3で純化したT細胞（リンパ球とラベルするのは不適切）サンプルです。純化したT細胞の場合でも、理論的にはD2J2がGLで残る可能性がありますが、PCRではより小さい再構成バンドの増幅の方が効率よく起きるため、GLのバンドが見えなくなる事があってもおかしくないと思います。Oct4-GFP STAPサンプルでは、D2J2.1からD2J2.6まで６本の再構成バンドとGLバンドが見られ、生き残ったCD45陽性細胞（B細胞、T細胞、非リンパ球が混ざっている）の所見として矛盾しないと思います。
（２）Ext Fig 2gでは、LymphocyteのレーンでGLの直下に変なバンドがあり、このバンドはT cell (CD90+CD45+) STAP#1でも見られます。これは再構成バンドではなくGLに関連したバンドではないかと私は考えており、CD90+ではT細胞を純化できない（TCRbがGLで維持されているCD90+CD45+造血前駆細胞が混じっている）と考えます。興味深い事に、この図のレジェンドには、「配列を確認した」と書いてあるのですが、どのバンドがどのような配列だったのか、桂調査委で確認してもらえたらよかったんですけどね。
一言さんへは、今回限りの回答で、
（１）０本については両アレルでD1J2再構成を起こせば説明できる。
（２）DJ再構成はほとんどの末梢T細胞で完了しているので全体がGLで残ることはないが、D1J1再構成を起こしたアレルでは、下流のD2J2に限りGLで残る可能性がある（吉村氏によれば、実験的に10%）。
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D1J2で再構成すると、D2上流のプライマー結合配列が切り取られ、D2J2プライマーペアでは検出不能。よって両アレルでD1J2再構成だと0本。
学さんのallelic exclusionの説明を理解する事が先決。再構成は両方のアレルで同時進行し、機能性（インフレーム）のVDJ再構成が一方で完了したところで、もう一方の再構成が止まる。その後、胸腺から末梢（脾臓など）へ出る。この時点でDJ再構成までは両アレルで終了しており、DJ全体がGLであるT細胞は脾臓にはほとんど無い。ただし、D1J1で再構成した場合は、D2J2はGLで残る可能性があり、これが実験的に10%の末梢T細胞で見られるという事。
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