Nhm-v2-00の実行手順(preprocessディレクトリを作ったりで、自分仕様になってます。)
*デフォルトにはpreprocessディレクトリなど無し。
簡単なので、沢田さんのマニュアルと併用するのが望ましい。

①Nhm-v2-00/Tools/preprocess/unzip
  wgrib.manal.shでMANALデータを解凍。
  ファイル名など変えるのを忘れずに。
  解凍するデータ(grbファイル)は /mnt/raid2000/manal_data/ 内に格納しておく。
  ⇒解凍されたデータは preprocess/mkinit_manal/manal_data内に出力される。

②preprocess/mkinit/manal_data
  解凍したデータをconnect_manal.shでつなぐ。
  (もちろん、計算する時間分のデータをつなぐこと)
  つながれたデータはconnect_dataディレクトリに出力される。
  ちなみに、つなぐ以前の.Vや.TMP等のファイルは削除されるようにしてある。

③preprocess/mkmedi/script
  中間ファイルの作成。
  readmanal.shを必要に応じて書き換え、実行。
  preprocess/mkmedi/script/medial_dataに出力。

④preprocess/mkinit_manal/script
  初期値・境界値の作成。
  manal2nhm.shを書き換え、実行。
  詳しくは沢田さんのページ参照→http://wind.geophys.tohoku.ac.jp/~sawada/main/node17.html
  できあがったデータは、mkinit_manal/work${size}にディレクトリごと作成される。

  プログラムについて…
  nflmanal2007_sst.f→OISSTのみ使用バージョン
  nflmanal2007_msst.f→OISST,MSST併用バージョン
  どちらを使うかによって、manal2nhm.sh内で指定を変更。

④'地形・SSTの準備(↑で使います)
 
  preprocess/mkinit_mamal/mkorg/ :逐次版バージョン
  preprocess/topo_make/ :新バージョン(?)
  地形の作成。NHM間では互換性があるので、どちらで作ってもオッケー。
  使いやすい方でどうぞ。

  SST置き場はこちら→OISST:/mnt/raid1200/OISST
               MSSTについては新世代海面水温開発グループのサイトからDL

⑤Nhm-v2-00/Parm/Pf/FCST
  パラメータカード(parm_XXXなど)の書き換え。
  沢田さんによるnamelist一覧を参考にしながらがよい。
  計算・出力する要素、パラメタリゼーションの設定、出力間隔等を設定。
  大事なところです。

⑥Nhm-v2-00/Ss/Pf/FCST
  実行シェル(fcst_XXXなど)の書き換え。
  ⇒実行!

*モデルの実行サイズが大きすぎでエラーになる場合は
 ulimit -s unlimited
 とコマンド入力後、実行。メモリ制限を外しての実行。

⑦Nhm-v2-00/Data/Pf/FCST/work_${size}
 モデルのログはここ。
 実行の様子は tail -f log.fcst.XXXX でチェック。

⑧Nhm-v2-00/Tools/postprocess/nhm2grads
 ここで、実行結果をgradsで見れる形に変換する
 n2gr_{SPEC}.shを書き換えて実行。
 (結果が多いほど時間がかかる)
 同じディレクトリ内にgrads~(自分が指定した形)で結果が出る。
 あとはgradsで見るだけ!

⑨Nhm-v2-00/Tools/postprocess/vertical
 Nhmの結果を緯度・経度に沿わない形で切りたいときは、このツールを使う。
 使い方は”経度・緯度によらない鉛直断面”の項を参照。
 ただし、Nhm用のシェルはfig_make_vcs.shである。

NHMでのエラー記録、およびエラー対処について。その1。

☆NHMで計算終了後、ネストするとき
n2n~.shを実行した時にZS/DYなどの値が無限ループするエラー。
このエラーが発生した時は、シェルが自動で止まらないので注意。

ZS/DY等は、地形の勾配を計算しているところ。
スムージングの設定でうまく条件をクリアできないと、このエラーが発生する。

この場合は
Nhm-v2-00/Tools/preprocess/mkinit_manal/mkorg/src/にあるstep2-4.f90中で
地形をなまらせる計算をしてやる。
私のシェルでは371行目~がそれに当たる。
一番外側のループ回数を設定(nnの値を変更)し、改めて地形を作り直す。
→エラーが出なくなるような地形を作成する。

これにて対処完了。
rsyncコマンドをcronで実行することで、
自動バックアップができる。
方法は以下の通り


自分のところで
>crontab -e
と入力。

するとviが開く。
ここに
* * * * * rsync パックアップ元 バックアップ先
と入力。

* * * * *は左から 分 時 日 月 曜日 を表す。
*の部分に関しては、以下を参考に入力。
分:0~60
時:0~23
日:1~31
月:1~12
曜日:0~7(0と7は日曜)
*のままにしておくと、毎日・毎月などとなる

◆rsyncオプション
 -a アーカイブモード
 -c ファイルサイズをチェック
 -o ファイルのオーナーを保持
 -u 変更したファイルのみコピー
 --delete 削除されたファイルを削除する

(例) 30 12 * * * rsync -a --delete /mnt/abc/ /mnt/def/
   ↑毎日12:30に /mnt/abc/から/mnt/def/にバックアップを取る

入力が終わったら保存(viのコマンドでは:wですよ)。
これで完了。

ただし、時間はみんなが使わない時間にしておくのが良い。
負荷がかからないように。

また、XXXX.cshみたいなスクリプトファイルを書いておいて、
それを実行することでもバックアップは可能。
これまでメモしたやつをおいときます↓↓

①fortran90のコンパイルをifortでやる場合には
  "- assume byterecl"のオプションが必要

②動画gifの作成
  convert -adjoin XXX.gif YYY.gif ・・・とつなげていく。

③テキストの切り出し
  cut -b nn - mm < file.txt
  file.txtのnnバイト目からmmバイト目までを切り出す。

④integer:マシン依存性あり
  16bit⇒2、32bit⇒4、64bit⇒6
テキストエディタviの高機能版。
特徴として、コマンドを打ち込むと色が変わる(自分で変更可)、Tab⇒スペースに自動変換(変換offにもできる)などなど。
カッコいいエディタです。

設定は、各linux機にある自分のホームディレクトリに「.gvimrc」を置くだけ。
あとは「gvim XXXX(ファイル名)」とすると、別ウインドウで開きます。

「.gvimrc」を編集することで、各機能のon:offを切り替えることができる。
*set expandtab⇒Tab→スペース自動変換のon:off設定。コメントアウトするとTab扱い(off)になる。
*colorscheme koehler⇒ブラックベースの配色に。コメントアウトで通常の配色。
*set bs⇒これは外しちゃいけない。allow backspacing。