ファイルのアーカイブ・圧縮

①アーカイブ作成
　　.tarというファイルで作成するのが一般的。

　　アーカイブの作成
　　tar -cvf hoge.tar（作成するファイル名）　XXXX.grd XXXX..sh（アーカイブするファイル） …など

　　アーカイブの展開
　　tar -xvf hoge.tar（展開するファイル名）

　-以降のオプションに関しては他ウェブページを参照。

②ファイルの圧縮
　　.gzと.Zの形式がある。

　◆.gz形式に圧縮
　　gzip hoge.tar（圧縮するファイル名）
　　もしくは
　　gzip -r hoge.tar（ディレクトリ名）

　◆.Z形式に圧縮
　　compress hoge.tar（ファイル名）
　　もしくは
　　compress -r hoge.tar（ディレクトリ名）

　◆展開
　　.gz形式→ gunzip hoge.gz
　　.Z形式→　uncompress hoge.Z

③一発でアーカイブ作成と圧縮を行う
　・・・といっても、tarとgzipをパイプでつなぐだけだけど。

　tar -cvf - hoge.grd(アーカイブするファイル) | gzip -c > hoge.tar.gz

　gzipの-cオプションは標準出力のオプション。

NHMトラブルシューティング その３

今さらですが、トラブル対処の基本を書いておきます。

コンパイル時に『-check -traceback』を入れる。
例）　ifort -check -traceback～
これを入れると、詳しいログが出る。
もしプログラムの処理が止まっても、ログを見て原因を解明することが可能。
止まった場合は、どのプログラムの何行目で止まったのかログに出るので、
止まった箇所を見て原因を考えて見ましょう。
単に場所の書き間違えだったりするものです。


また、シミュレーションする前に、設定を良く考えましょう。
シミュレーションが終わってから、「見たい要素を出力し忘れた！」なんてことのないように。
parmカードの設定”NAMMSW”や”NAMKDD”、”NAMNST”あたりは要注意。
NAMKDDの設定によっては、後でお絵かきできる要素が限られてしまいます。

GrADSでctlファイルを２つ開いて…

GrADSで２つのctlファイルＡとＢを開いたとする。
Ａの要素とＢの要素を同じ図に描きたいときは

ga> d rh.1　→rh.1は１つ目に開いたctlファイル中の要素rhを描くってこと
ga> d qr.2　→qr.2は２つ目に開いたctlファイル中の要素qrを描く

とすればよい。
「set dfile 1」や「set dfile 2」で使用するctlファイルを変えられるが
明らかに rh.1 などとする方が便利。

ちなみに、ctlファイルを開く順としては、鉛直層の数やTsizeが多いものをはじめに開くようにする。

つまりNHMのoutputの地形gradszs.ctlとgrads3d.ctlを併用したい場合は
はじめに　open grads3d.ctl
その後に　open gradszs.ctl
とする。
＊地形を描く時の注意
　　ただ「d zs.2」とするのではなく、「d zs.2(t=1,z=1)」とすること。
　　そうしないとエラーで描けない。

NHMトラブルシューティング その２

スパコンでの実行時エラーについて。

ログ中に「Invalid operation～」などのエラーが出た場合。

①エラーが出たプログラムと、プログラム中のどこでエラーが出たのか確認。

②エラー箇所がどのように最適化されているか確認
　　→Module/Bin/_fcst_nfx.cmp/～.L などのファイルを見ることで確認可能。
　　ちなみに.Lのファイルはコンパイルする際に「include.mk」というファイル内で
　　オプション「-R5」を書いてやると作成される。

③ベクトル化されたところ：V、ベクトル化されないループ：＋、
　　並列化されたところ：Pなどを確認。

④エラー箇所がベクトル化・並列化されていたら、
　　とりあえずベクトル化・並列化しないで計算をやり直す。
　　自動ベクトル化する/しない　!cdir vector/novector
　　自動並列化する/しない　　　!cdir concur/noconcur
　　↑これらはループの前などにおく。

スパコンの使い方（for NHM-v2-00）

①jmanhm-rel-02-00.tgzをgenにfrontからコピー

(scp jmanhm-rel-02-00.tgz （利用者番号）@gen:)

②NHMを展開。その際、コマンドは、
tar zxvf jmanhm-rel-02-00.tgz
オプションの所にハイフンをつけてはいけない。

③config/mri/config.sx7(沢田さんによる修正済)を
tsugita or takuyaのとこからgenにコピー
Mk/fcst_nfxもコピー

④genにて
sh configure -c config/mri/config.sx7
make libfakempi.a
make fcst_nfx

mpi関連で文句を言われるので
"Nhm/Module/Src/fakempi/mpif.h" を
"Nhm/Module/Src/JMANHM/"の中にコピーして、もう一度

"make libfakempi.a"

"make fcst_nfx"

これでfcst_nfx(実行ファイル)の作成完了。

◆補足

jmanhm-rel-02-00.tgz をコンパイルする際、
1つ1つのコンパイルが終わって、リンクするときに

mpicomm.oに関連するエラーが出るかも。
もしエラーが出たら、

"Nhm/Module/Src/fakempi/mpif.h" を
"Nhm/Module/Src/JMANHM/"の中にコピーして、

もう一度"make fcst_nfx"を行う。
これでfcst_nfxができるはず。

⑤初期値・境界値と放射のファイルを
実行シェルfcst_XXXX.shの中を参照してgenにコピー

＊実行シェル中、"fcst_nfx"を実行する前の部分に、以下の一行追加。

F_RECLUNIT=BYTE; export F_RECLUNIT

意味は出力するバイナリの単位をバイト(BYTE)にするということ。
これをしないと、ワード(WORD)単位となるので、

異様な量のデータが出力されてしまう。

⑥実行
qsub -q p8 fcst_XXXX.sh　など

(p16とかp32もある→使いたいcpu数に応じて変更)

qstat ←ジョブ待ち状況、投入したジョブの状況を表示

(-Q をつけると全体のジョブの状況表示)

kill 12345(job number) ←ジョブの強制終了

qdel [-k] リクエストID　←リクエストの取り消し

（-kあり：ジョブの状態に関わらず取り消し、-kなし：実行待ちのジョブのみ取り消し）

⑦計算結果は、置いておかないようにする。

　　ファイル使用量のチェックが入るのは土曜の朝4時くらいという噂。

　　ちなみに、scpを使う場合typhoonを通じてのみコピー可（計算機の設定による。2007.9現在）

　　例）　scp output hoge@typhoon.～jp:/mnt/～

　　↑typoon経由でmntにファイルを移動