土岐家は、京都の幕府幕府から、美濃(岐阜県南部)の家「守護」に任ぜられています。建前は京都から派遣されている県警本部長みたいなものですが、実際は代々世襲しているので、実際は美濃の国主のようなものです。
守護は京都に住むことを義務付けられていて、任地にはたまにしか帰りません(守護在京制、といいます、参勤交代といってきっちりした制度はまだない)ので、地元の政治は「守護代」という地元採用の家来に任せきりになることが多い。そのため多くの守護は、この「守護代」に実質的に国を乗っとられて、飾りものになったり、追放されたりすることになるケースが多い。この現象を「下剋上」といいます。
同じ土岐の家来の斎藤氏は「上司」ではあっても「主君」ではありません(今のところ)。
道三の正室(小見の方・帰蝶の母)は、明智光安(西村雅彦)の妹です。当時の武家では、「正室」は同盟の手段ですから同格の家から貰い、「側室」は子供を産むためのスペアですから家来の家から取ります。
小見の方が正室になっているということは、明智は斎藤の家臣ではなく、同格である、ということになります。
ただし、道三は守護の土岐頼純を毒殺し、さらに頼芸(尾美としのり)を追放して、名実ともに美濃の国主になり(戦国大名といいます)、国人たちを名実ともに家臣に組み込んでいきますので、次第に主君っぽくゾンザイになってきます。
こういう例は日本の歴史ではどこでも普通にあります。朝廷では天皇が飾り物になり藤原氏の摂政関白が権力を握る、鎌倉幕府では将軍が飾り物になり北条氏の執権が権力を握る、このミニ版がどこの国でもある、ということです。「権威」と「権力」は分離するのが、日本のあらゆる組織のセオリーです。
ちなみに尾張の守護は斯波氏(足利一族の名門)ですが、これも応仁の乱だなんだと京都で内乱してるうちに、守護代の織田家に尾張を乗っ取られ、いまは飾り物として小さな城に住まわされている、美濃の土岐氏と同じ境遇です。織田信秀の家(織田弾正忠家)は、さらにその分家の、奉行から実力で成り上がってます。ちょうど、土岐氏と斎藤道三の関係と似たようなものです。
守護は飾り物とはいえいちおう主君ですから、無視しているわけではありません。形式的に承認を求めますかど、あくまで単なる形式です(いまの天皇陛下が、政府や国会が決めたことにハンコ押すのと同じ)。