懸賞金の語呂で大事なのは（A）海軍が知っていることと（B）読者が知っていることを区別することだと思います。基本的には（A）の観点から語呂を考えたほうがいいと思います。ただし最終章に入ってから色々と読者に隠された新事実が分かる可能性はあると思うので（B）に含まれないことも念頭に置かなければいけないかもしれません。
黒ひげの懸賞金３９億９６００万ベリー
39と96を別々に考えるなら三つ首（39）黒（96）なのかなと思います
ヤミヤミの実はウシウシの実 幻獣種 モデル「キダ」 | ワンピース(ONE PIECE)考察123 (ameblo.jp)
三つ首はヤミヤミからの連想であり黒もヤミヤミの実からの連想と黒ひげという名称から来ているのではないかと思う。
39と96を続けて読むならサンキュー（39）黒（96）ちゃんなのかなと思う
黒ひげは神の騎士団か？ | ワンピース(ONE PIECE)考察123 (ameblo.jp)
要件人間 | ワンピース(ONE PIECE)考察123 (ameblo.jp)
七武海脱退後にジュエリー・ボニー戦闘していたがなぜか海軍に彼女の身柄を渡そうとしたり、最近ではサボの電話シーンでカタリーナ・デボンの可能性が出てきており、世界政府とのコネクションがあるように見える。現時点では読者にそのことは伝わっていないが、コネクションがあるならサンキューというのは意味深かもしれません。ただし、ご褒美として懸賞金を挙げることは海賊として箔が付くとは言え、敵から狙われやすくなることでもあるので、実力に全幅の信頼を置かない限り、少し理解できない行動のようにみえます。あり得るがそこまでの実力があるのかなと思う。
ハンコックの懸賞金１６億５９００万ベリー
おそらくはイム（16）様用補給（59）パーツなのかなと思います
若い女性が消える世界 | ワンピース(ONE PIECE)考察123 (ameblo.jp)
イム様の「脱皮」と「悪魔の実」そして「不老不死」 | ワンピース(ONE PIECE)考察123 (ameblo.jp)
イム様は能力者か？ | ワンピース(ONE PIECE)考察123 (ameblo.jp)
個人的には、イム様は若くて美しい女性の「肉体」を乗り換えながら「不老不死」を続けていると考える
一つ懸念点があるとすればハンコックの「肉体」にはメロメロの実の「能力」が宿っている点である
ただし、黒ひげのヤミヤミの実によって「能力者」を「非能力者」にすることが出来れば
ハンコックの「肉体」には何の「能力」が宿ってないことになるので
イム様がハンコックの「肉体」を奪い取る可能性が出てくる
厳密にはゾオン系の暴走状態になり「肉体」の主導権を手に入れるであるが。。。
ここで注目したいのが海軍の懸賞金を付ける人物がイム様の存在を知っていることである。海軍と世界政府の主従関係は明らかだとは思うがある程度独立した組織だと考えていたが、イム様の存在というトップシークレットを知っているとなれば、かなりズブズブなのかなと思う。ここで懸賞金に16が使われている賞金首を振り返ることにした。該当者は二名である
リンドバーグ ３億１６００万ベリー
3が何を意味するかは分からないが「3」という数字の形状は耳たぶに見えなくもない。つまりイム様が革命軍に送ったスパイの可能性はないだろうか？現時点では断定できないが語呂としてはあってもいい。
クロ 1600万ベリー
元クロネコ海賊団のメンバーにも16が使用されている。この人物がどうこうなるということではないが、黒ひげを連想させるクロに16が使用されているのは若干意味深かもしれません。