菅首相による日本学術会議新会員候補6人の任命拒否問題が議論になっている。
日本学術会議は、1949年に設立され、総理府の機関となり、2001年には総務省の管轄下に置かれたが、2005年からまた内閣総理大臣の所轄となって、今日に至っている。経費は国の負担で、現在年間約10億円の予算で運営されている。
日本学術会議法の第2条は、その目的を「科学の向上発達を図り、行政、産業及び国民生活に科学を反映浸透させること」としている。
そして、科学政策などについて、政府は学術会議に諮問することができるし、会議は政府に勧告することができると規定されている。
第3条には、「独立して」職務を行うと規定され、学術会議によって推薦された候補者を内閣総理大臣が任命することになっている（17条、7条）。任命権者は首相なので、菅首相が誰を任命しようが自由だが、学術会議の「推薦に基づいて」ということの事実上の強制力が法的には議論となる。
日本国憲法第6条は、天皇が、「国会の指名に基いて」内閣総理大臣を、「内閣の指名に基いて」最高裁長官を任命すると規定してある。象徴である天皇が政治的判断をすることは、現憲法の措定するところではない。
そこで、学術会議会員も同じで、首相が政治的判断を下して、会議の「推薦」を拒否すべきではないという意見もある。しかし、「推薦」は「指名」よりも強制力が軽く、首相の政治的判断で拒否してもよいという立場もありうる。ただ、問題の本質は、法的解釈論ではない。
設立当時、日本はGHQによる占領下であったが、戦争の反省から社会の雰囲気は戦争反対一色であり、論壇は進歩的文化人に支配されていた。学術会議もそうであり、たとえば、1954年には核兵器研究拒否の声明を出している。
最近も2017年には軍事研究に関する政府の助成制度を「問題が多い」と批判している。しかし、民事と軍事の線引きは難しいのである。
科学についても専門家によって見解が異なるのに、政治的意見となると様々な立場の学者がいるのは当然で、それを組織として1つの見解にまとめて公表することには無理がある。
多様な意見が自由に表明できるのが民主主義である。今回、菅首相によって拒否された6人の学者は、すべて社会科学系である。東大で政治学を講じてきた私は、この組織の会員になどなる気はなかった。研究内容にまで組織が介入するのは不愉快だからである。
根本的な問題は、首相が所轄するような組織に、研究の自由が命である学者が入るべきではないということである。私は、日本学術会議は廃止すべきだと思っている。理科系はまだしも、政治学や法学のような人文科学系の学者が入ること自体がおかしいのである。
学術会議の会員は特別職国家公務員であり、年間4兆円にのぼる国の研究開発予算の配分という利権にも関わっている。そのような点も考慮して、この組織のあり方を根本的に問い直さなければならない。政治指導者は、優秀な学者に個人的に意見を聞けば済む。