冒頭を再掲します。
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内閣府のHPに37歳のほうの容疑者が代表になっていると福井新聞ＯＮＬＩＮＥ）にて報じられているＮＰＯ法人「WILLTO」の行政入力情報等がありました。冤罪や同姓同名でない限りはいずれは消される行政情報だと察します。
再掲以上
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法人を管轄するさいたま市役所によると、このような代表役員による不祥事が発覚した場合、まずは市は当該法人に「市民への説明要請」を実施するそうです。
市民への説明要請実施状況（さいたま市HP）
回答が一定期間なかったり或いは回答の内容次第ではNPO法人としての認証は取り消されることになるようです。
冤罪等でなくても法人は取り消されない場合も大いにありえるようです。
今回の場合、,ＮＰＯ法人代表による他県での男児への強制性交等がこの登録法人そのものとは無関係であくまで逮捕された代表個人の私的行動と回答があった場合は法人は解散処分等を免れることが分かりました。
要するに代表の首を別の方に変えることで法人としての地位は安泰の可能性があることが分かりました。
実際はどうなるのかは無論わかりませんが、とりあえずは「市民への説明要請」が上記の市役所画面に掲載されるものと思われますので、、法人側の回答も含め留意しておくことにしましょう。
追記