現在の天皇家は「北朝」の子孫です。
なのになぜ、「南朝が正統」とされているのか？
足利義満が「南朝を正統と認めます」という政治的決着で南北朝を合一したから、です。
そんな馬鹿な、南北朝は「北朝勝利」で終わったから、南朝の子孫は消えて、北朝の子孫が今の天皇に至るのではないのか？
実質的にはそうでも、形式的には、南北朝の分裂は「南朝正統」で決着したんです。
「南北朝の戦い」というのは、実は「源平合戦」と同じくらい、誤解を招く表現です。南北朝時代を「南朝と北朝が戦った時代」と考え「北朝の勝利で終結した」という捉え方は、あまり実情を反映していないからです。
つまり、北朝の天皇は、戦ってもいないし勝ってもいません、実際のところを見れば。
南北朝合一というのは、北朝が勝ったのではなく、北朝を担いで（利用して）いた足利幕府が、三代目の義満の時代になって、南朝の取り込みにようやく成功した、ということなんです。
と、いう経緯を説明します。
足利尊氏や後醍醐天皇のせいで天皇家が二つに分かれちゃったんだと思ってるひと、世の中におおいですけど。
大間違いですよ。
天皇家は、尊氏よりずっと以前、鎌倉時代のうちから、とっくに二つに割れて、交互に天皇を出しながら反目していたんです。
「持明院統」と「大覚寺統」といいます。党ではありません、統です。党派、という意味ではなく、血統、という意味です。
長男より末っ子のほうが可愛いから、そっちを跡継ぎにしたい、と言い出すワガママなヒトって歴史上いっぱいいますが、特に古代から中世の天皇家に多いですね。
なんでですかね。要は「優秀な跡継ぎをちゃんと選ばないと家が没落する」という危機感を抱かなくてもすむ、日本で唯一のエライさんの家、だからでしょうかね。
「保元の乱」もそうですよね。白河上皇が、長男の崇徳天皇が気に入らず、弟の近衛天皇に位を無理やり譲らせたのが戦争の発端ですからね。それで国ぢゅうが大乱になって皆が迷惑したのに、天皇家、ぜんぜん懲りないんですよね。
とにかく、鎌倉時代にも、おんなじように、そういう困った天皇がいたんです。
後嵯峨上皇という人が、末っ子が可愛いからといって、兄の後深草天皇に迫って、強引に天皇の位を弟に譲らせたのです（亀山天皇）。
当然、兄は不満ですから、「なら次の天皇はオレの子だ」と主張します。でも、弟は一旦天皇になった以上は自分の子供に継がせたいと譲らない。
天皇家が二つに分かれて、醜い争いを始めます（兄の家系が持明院統、弟の家系が大覚寺統、何度も言いますが「党」ではなく「統」です）。
ここで仕方なく鎌倉幕府が乗り出してきます。承久の乱の結果、皇位の継承については幕府が監督するという決まりになっていたので、仕方ないです。
そこで双方を説得して「交互に天皇を出す、ということで何とか」と話をつけてやります。
つまり、皇統分裂は決して鎌倉幕府のせいではありません。幕府はむしろ調停に苦労して、なんとか丸く治めようとしたのです。鎌倉幕府の陰謀で天皇家が分裂したわけではないんです。
ところが、この約束を、またまた反故にしようとする困った人が出ます、それが、後醍醐天皇です。
天皇家の相続にだって、ルールというものがあります。
でも、なかには「そんなルールは破ってかまわない、だって、俺はこの国で一番偉くて尊いんだから。オレがルールブックだ!」って考えちゃう天皇が、たまに（しょっちゅう？）でます。
みんな困るんですよね、そういう天皇さんが出ると。
大覚寺統から出た後醍醐天皇は、「鎌倉幕府打倒」を叫び、そこに「北条氏の政治は限界だ」と感じた武士が馳せ参じ、まあいろいろあって、結果、幕府は滅び、建武の新政が始まります。
ここまではいいでしょう。
ところが後醍醐天皇は、鎌倉幕府を滅ぼして朝廷に政権を取り返したのは俺様の手柄なんだから、今後は朕の子孫が永久に天皇になる、と言い出します。もはや持明院統には皇位は渡さない、というのです。
両統迭立（交代で天皇になる）というルールは僭越にも鎌倉幕府が作ったケシカラン仕組みであって、その鎌倉幕府を自分が滅ばしたのだから当然だ、というのです。
これはものすごく没義道な言い分で、なおかつ事実関係の認識も間違っています。
ただ、中国流の独裁者である「皇帝」になろうとした後醍醐からすれば、当然のことかも知れません。自分は「新しい王朝の創設者」なのですから。
こういう独裁者タイプの人物は、日本史にはたまに出てきます(天智天皇、平清盛、織田信長、豊臣秀吉)。しかし、大抵は「和をもって尊し」が基本の日本では受け入れられず、途中で潰されるか、本人が死んだ途端に政権は崩壊します。そして、みんなに担がれる御神輿タイプに取って替わられます。
討幕の最大の功労者・足利尊氏はまさに典型的な御神輿タイプで、「武士をないがしろにする後醍醐の政治は許せん」という声に押される形で担がれて決起し、後醍醐を追放しようとします。
とはいうものの、日本では「とにかく天皇には反逆してはいけない」というのは絶対です。どうしましょう。
おお、ちょうどここに、元々のルールからいけば後醍醐の次に天皇になっていいはずの持明院統の皇族がいるじゃあないですか。
こちらに天皇の位を（強引にでも）譲らせて、その新天皇から「征夷大将軍」の位を貰えばいいわけです。
後醍醐は怒って、京都を脱出して吉野に逃れます。そして、足利を快く思わない武士たち（どんなときだって、つねに不満分子というのはいます）に「こっちに味方しろ」と呼びかけます。「朕が正しい天皇だ、譲位などしていない、その証拠に三種の神器もこっちにあるぞ」というわけです。
これが「南朝」です。
現実的・客観的に見れば単なる辺境ゲリラみたいなもんですが、なにしろ「まだ譲位してないもん、だからこっちがホンモノだもん」という理屈の筋は一見通っています。
ですから、尊氏と対立した者はとりあえず「南朝に味方します」といえば、単なる謀反人ではなく、大義名分のある正義の軍、主観的には官軍になれちゃうのです。
実際、尊氏と弟の直義が対立すると、直義が南朝に降ったり、尊氏が直義に負けて都を追われると、その当の尊氏がなんと「南朝に味方します」と言い出したり、メチャクチャなねじれ現象が起きはじめます。
地方で隣の領主に押されてる者、一族の相続争いで劣勢な者が、続々と「南朝方」を表明して、内乱が複雑になっていきます。国内のゴタゴタはいつの時代にもありますが、「天皇が二人いる」ことが、混乱に拍車をかけていきます。
足利幕府は最初から「北朝の天皇のために戦っている」わけでは毛頭ない、利用しているに過ぎないのだけれど。
同様に、南朝についている武士だって、別に天皇家への忠誠心で戦っているわけではないわけです。
吉野の南朝は軍事的には圧倒的に劣勢なのに、「アニキが北朝なら、オレは南朝にいこう」というような不満分子の「受け皿」として存在し続けているのです。こいつらは、後醍醐の天皇ファースト思想になんか全然共鳴してないけど、そんなの関係ありません。だから、やがて自分が優勢になると北朝に鞍替えしてきます。すると、劣勢になったほうは南朝側に駆け込みます。
これでは、いつまでたっても室町幕府は安定しません。
さあ、どうしましょう、てところで、足利義満が出てきます。
足利義満は、南朝に「対等合併がご不満なら、大幅に譲歩しますので」と持ちかけます。
つまり、南朝の天皇に京都に帰ってもらう条件として、「いままではそちらが正統だったということを認めましょう。三種の神器もそっちにあったわけだし。だから、その正統な天皇位を、こちらの北朝の天皇に正式に譲位して、三種の神器も渡してください。今後は従来どおり、両統で交代に天皇を出しましょう」というわけです。
ここまでの北朝を「ニセモノ」と認めるというんですから、大変な譲歩です（実際、肝心の北朝の天皇・上皇は、義満の交渉内容をあとから知らされて激怒したそうですが）。南朝は条件を呑んで、神器を渡して正式に譲位します。「南北朝合一」です。
「南北朝統一」ではありません、合一です、「豊臣秀吉の全国統一」とは意味が全く違います、ここ重要ですので間違わないように。
つまり、義満が南朝方の大名をぜんぶ平定した、軍事的に勝利した、って話とは全然違う、ってことです。
この時点で、南北朝の争いは、形式上は「南朝の判定勝ち」で終結したのです。歴代の天皇を全部「ニセモノ」と認定されてしまった北朝は、明らかに「負け」です。
しかし予想通り、義満は「政治家」であり「タヌキ」でした。天皇家が二つあったら、またいずれ「反対勢力」が片方を担ぎだします。それはダメだ、というわけで、「交互に」という約束は反古にされ、天皇位は代々「北朝」の系統で受け継がれ、無視された南朝の子孫は、多少は抵抗しつつも、結局は消えていきます。
義満というのは、豊臣を騙して堀を埋めてしまった（とされる）家康に、とってもよく似ているといえます。嘘でも詐欺でも、分裂の旗頭になるような存在は消しておくことが天下人の義務なのです。
というわけで、名分論でいけば、南北朝の争いは「南朝が正統」で決着したのです。ただし、南北朝合一のときに、完全に合意のもとに正式に譲位されたのだから、以後の北朝の子孫（現在の天皇に至る）も「正統」になった、ということでいいわけです。
「神器を譲る」という儀式が「南北朝合一」の象徴的セレモニーとされたことから、これ以降「なるほど、神器を持っていたほうが正統、ってことね」という認識が、より強くなったといえるでしょう。
江戸時代、「大日本史」を編纂した水戸光圀が採用したのも、この「神器を持っているほうが正統」というルールです。
強い尊王思想の持ち主だけに、「天皇が二人いる」という状態を許せなかった、どうしても、どちらかに決めたかったわけです。
神器を持った後醍醐天皇こそホンモノであり、それに反抗した将軍・足利尊氏が、いくら別の天皇を立てても、それはニセモノである。
この考えは一見、征夷大将軍であることを根拠に日本を支配している徳川家の正当性を揺るがしかねない危険思想にも見えます。しかし別の言い方をすれば、御三家の三番手であり永遠に将軍になれる目はなさそうな水戸家としては、「天皇だけが絶対で、将軍もそれ以外の武士も、みなひとしく天皇の臣下である」という考え方は、むしろ快いものだったわけです。
そして実際、幕末の動乱期に水戸斉昭が（水戸に幕府権力を奪取しようとして）振り回した「尊王攘夷」思想が、やがて倒幕のイデオロギーとなり、明治維新に繋がっていく、ということになるのは皆様御存知のとおりです。
「天皇に逆らう幕府は、正義ではない」という「南朝正統」ストーリーを宣伝することは、倒幕側にきわめて都合がよかった。
そいつらが作った明治新政府ですから、当然、「南朝正統」の歴史観を定着させようとします。
そこで、明治時代の政治家も学者も皆、足利義満の（一種のペテンに近い）「政治的決着」の手続きを追認したわけです。
これで、「現天皇は完全に正統である」ということを確認し、一方で、南朝に味方した楠木正成たちを「勤皇のヒーロー」に仕立ててプロパガンダに使うことも可能になった、ということです。
「でも、薩長の担いだ明治天皇は、北朝の子孫でしょう？ それなのに、なんで南朝を持ち上げるの？ 大丈夫？」
もちろん大丈夫です。何度も言うけど、足利義満のときに、正式な手続きで譲位したのですから、そのあとの北朝は完全に正統なんであって、てゆうか、そういう興醒めなコトを言うんじゃない! 折角、「尊王攘夷の大先輩」楠木正成の銅像を、皇居の前にドーンと立てちゃったんだから。いいんだよ、天皇てのは「錦の御旗」に過ぎなかったんだから。
結局、幕末維新の「尊王攘夷」の志士たちだって、「天皇のために戦って幕府を倒した」っていうより、「幕府を倒すための旗印として天皇を利用した」っていう意味では、南北朝のときに北朝を旗印として利用した足利幕府と同じ、ってことなんですよ。
