＜系統樹作成による感染経路について＞
昨日中国が盛んに冷凍食品にコロナが付着していて、これから感染が広がったということを主張している点に疑いの目を持っていることをコメントに答える形で書いた。これについて少し説明したい。
https://ameblo.jp/bigsur52/entry-12656262495.html
遺伝子は複製ごとに突然変異をランダムに引き起こす。DNAでもRNAでも同じだが、DNAの場合はその後に突然変異抑制機構が複数あるため、RNA生物よりも100倍近く低く抑えられている。逆に言えばRNAウイルスは変異しやすい。
＊生まれて初めて24歳で書いた論文は、その中のシトシン（C）の自然突然変異についてのもので、1976年のBBRCに出した論文。これは脱線（笑）
https://blue.ap.teacup.com/applet/salsa2001/5442/trackback
さてここで、時系列で考えると感染経路が判りやすい。
最初のウイルスの遺伝子配列をABCDとする。その後で見つかった２つのウイルスの遺伝子配列が決定されたとする。
１つはADCD、もう１つはADADだとする。これを並べてみると、
（１）ABCD
（２）ADCD
（３）ADAD
（１）から（３）が生じたと考えるよりも、（１）から（２）が生じる方が可能性が高く、さらに（２）から（３）が生じたと考えれば無理なく説明できる。
逆に（１）から（３）が生じ（そのためには２つの変異が必要）その後、（３）から（２）が生じたと考えるのは可能性が低い。
つまり結論は（１）＞（２）＞（３）で、（１）＞（３）＞（２）の可能性は低いとする。
この例は非常に単純化しているが、遺伝子配列が大きく、かつ突然変異が複数箇所で起こると、コンピューターを使えば比較的明確に感染経路の判定が可能。
追伸：
厚生省やWHOも冷凍食品を介した感染には完全に否定はしていないが「報告はない」としている。
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/dengue_fever_qa_00001.html#Q2-8
最新のWHOのプレスリリースを検索してヒットしたのは以下の１文のみ。
“Conduct research and share information on transmission, including role of aerosols; presence and potential impact of SARS-CoV-2 in animal populations; and potential sources of contamination (such as frozen products) to mitigate potential risks through preventative measures and international cooperation.”