1984年の上陸以降、このような厳戒態勢が取られるようになりました。
第一種警戒態勢
Gの活動が物理的以外の、化学、地質、気象、精神など、いかなる点でも１つ確認された場合
第二種警戒態勢
Gの活動が声、動きなど、物理的に確認された場合
第三種警戒態勢
Gが出現した場合
第四種警戒態勢
Gが日本のある特定地域に上陸することが確実とされた場合
というそれまでの見出しとは異なる中ではじまり・・・
1984年時のゴジラ襲撃に伴い、ゴジラとスーパーXとの戦いなどで残されたゴジラの表皮から摘出された核エネルギーを吸収するGーセル、すなわちゴジラ細胞を巡って各国がスパイ戦を展開していました。
日本人科学者の白神博士は、ゴジラ細胞をサラジア共和国で研究し、バックスポンサーの大河内財団の援助を受けて、ゴジラの細胞を様々な方面に応用できる事を突き止め、実用化にこぎ着けようとしていたところで、米国のバイオテログループのバイオメジャーの襲撃で娘の英里花を失い、失意のうちに帰国して、ゴジラ細胞の研究から足を洗ったかのように見えましたが・・・・・・。
そのバイオメジャーが、日本にある白神博士の研究資料である核抑制物質「抗核エネルギーバクテリア」を渡さなければ、三原山の火口に眠るゴジラを起こすと脅迫し、政府は仕方なくそのデータを渡そうとしますが、サラジア国は工作員SSS9を差し向け、バイオメジャーとの取引をぶち壊し坑核エネルギーバクテリアを横取りしてしまい、結果ゴジラは三原山から復活してしまいます。
ゴジラ迎撃に、自衛隊の最新兵器、スーパーXIIが出動！
スーパーXIIの攻撃に一時は苦戦するゴジラでしたが、底知れぬパワーでスーパーXIIに損害を負わせ、芦ノ湖へ向かいます。
芦ノ湖でゴジラを待っていたのは、白神博士がバラに自分の死んだ娘の細胞を組み込ませ、さらにゴジラ細胞まで組み込んだ結果誕生してしまったバイオ怪獣ビオランテでした。
芦ノ湖でゴジラは、自分の細胞から生まれた怪獣と激突。
ツタの攻撃に手こずりながらもゴジラはビオランテを焼き払い、核エネルギーを吸収しようと西へ進路を取ります。
ゴジラに水中シーンはつきものですが、泳ぐゴジラというのを明確に映像化したはじめての作品が、この『ゴジラvsビオランテ』なのは、意外に知られていない話（1カットだけだけどね。）。
ゴジラは大阪に進路を変え、若狭湾の原発（再稼働したヤツラ、全員死刑！！＃）へと向かって上陸します。
どうにかSSS9から奪回した坑核エネルギーバクテリアをゴジラの体内に撃ち込む為に、スーパーXIIが再度ゴジラと戦います。
しかし、ゴジラ誘導に成功する最終段階で弾切れとなり、自滅覚悟で溶けたファイアーミラーを展開したものの、遂にスーパーXIIは力尽きました。
権堂一佐（演じるは故峰岸徹）の犠牲を払い、どうにかゴジラ体内に坑核エネルギーバクテリアを撃ち込むことに成功し、自衛隊のサンダーコントロールシステムの攻撃で体温（マグロ食いのネタに使われたわね）を上げられ、坑核エネルギーバクテリアが効き始めた若狭湾の原発に向かうゴジラの前に・・・
芦ノ湖で敗れたはずのビオランテが変貌し、ゴジラに立ち塞がります。
バクテリアの影響でふらつき始めたゴジラと、更に怪獣へと変貌したビオランテとの激突
戦いの末、ゴジラは戦闘力を無くして倒れ込み、ビオランテは「ありがとう・・・・・・」という英里花のメッセージを遺して消滅し、昇天していきました・・・・・・。
SSS9は白神博士を殺害するものの、その後は飾り職人の秀・・・じゃなかった桐島博士と自衛隊によって退治され、ゴジラは日本海へと消えました。
「いつからこんな時代で生きるようになってしまったのでしょうか？たぶん、神に向かって歩き出してしまったあの時から・・・あの時の事を思い出して下さい、もう一度・・・・・・・。」
沢口靖子のラストメッセージで、おしまい。