1.総一郎の葬式
総一郎の葬式が行われる。粧裕は親戚の家へ向かうこととなった。ライトはやる事があると言って一緒には行くわけではないようだ。外では総一郎の部下たちがメロを追いつめる相談をしている。
葬式も終わり外に出ると、日村の携帯電話を使ってメロから電話が掛って来る。ライトがキラである事と断定した物言いで話しかけるメロに対して、知らないふりをするライト。さらには、警察がメロを追いつめる事を宣言する。外では車の中からライトの事を見張るワタリがいる。
2.警察での報告
日村の携帯が使用された事から場所を突き止めたと模木から連絡を受ける。そしてこの情報をもとに報告をする模木。総一郎の死がメロによるものであると報告する。その根拠として、日村の死体が見つかった場所から他の血が出てきたことと、ライトの証言を上げた。ライトは、その時の様子を話すように模木から連絡を受けると、｢日村が総一郎の前にやってきて殺すと言った、そしてその直後に苦しみ出して父親は死んでしまった｣と証言した。
ライトは嘘の証言が終わった後、対策室でワタリから飲み物をもらう。そこにメールが来て、｢言い忘れたが殺すのはお前ら全員だ｣という文面の他に魅上、ミサとビルの屋上で会っている写真が送られてくる。
3.狙われるライト達
3人があっていた写真が送られてきた事をミサと魅上に連絡するライト。3人が出会う場所と、各々身に危険が及ぶ可能性がある事を伝える。
その直後車でひかれそうになるミサ、ブレーキオイルを抜かれる魅上、メロの人形が置いてあり、廃材を落とされそうになるライト。
警戒しながら今後について考えるライトにミサから電話が掛ってきて、3人が集まれるいい場所があると言われる。その場所は表向きメイドカフェだが、奥にはVIPルームがあり、安全に会えると言うのだ。そこでライトは魅上とミサに、今後の予定として、メロを殺したら、対策室のメンバーを殺す事を伝える。ミサは少し戸惑うが、ライトのためならとその考えに従う。
4.最終決戦の場所へ
ワタリはLが残したビデオを見ていた。そこでLは、ニアは冷静だが、Lが殺されるとメロが出て来る可能性が気がかりな事だと言っていた。するとメロからワタリに電話をかかってくる。そこでワタリに指示をする。
警察はメロの足跡を追い、大黒埠頭YB倉庫に潜伏している事を突き止めた。夜神総一郎殺害の容疑でメロを確保に行く。
5.メロとの対峙
メロの名前を見せるため、ライトは魅上を呼ぶ。現場では中に先行して模木たちが突入した。すると銃声が中から聞こえ、模木が撃たれたと松田から伝えられる。中に突入した他の警官は戻ってくる事になったが、その中に傷を追っている様に体を引きずった隊員がいた。メロは日村の自爆で傷を追っていると考えられていたので、それをメロだと見破り追いかけるライト。
部屋の中にはいると行き止まりになっていたので、メロを追いつめるライト。しかし話を始めた時には、声がメロとは異なっていた。実はニアがメロのふりをしていたと言うのだ。そしてニアは｢今がどのような状況かわからないのか？｣とライトを煽る。
その間に隠れて後ろからついてきていた魅上がメロの顔を見て、ニアの名前｢Nate River｣を確認し、ノートに書き込む。
魅上がノートにニアの名前を書きこんだ事を見計らって、今魅上がノートにニアの名前を書いても死なないと宣言する。ノートのすり替えを行った事を告白したため、それはニセのノートだと言うのだ。ところがこれはライトの計算通りで、魅上に偽のノートを作らせておいて、これをすり返させていたのだ。ニアは魅上を呼ぶ。ライトも知り合いだとばれないように、ニアに同意する形で魅上を呼んだ。魅上はあっさり出てきて、その40秒を待った。そして40秒が経った頃、ライトはニアに、｢オレの勝ちだ｣と宣言した。
6.結末
しかし死なないニア。ノートのすり替えは見破っており、魅上は朝にデスノートが有効である事を試し、インターネットで記事を確認していたため本物だという確証があった。ここでニアからワタリの名前が呼ばれる。このインターネットの記事は、ワタリが作成した偽の記事で、魅上のパソコンにハッキングして行ったのだそうだ。
しっかりと証拠をつかんだニアは警察に呼びかけると、警察は中に入ってきてライトに銃口を突き付ける。ライトがキラであることはばれていたのだ。実はこれは、総一郎が死ぬ前日に、ライトに自白させに行くと言った所からバレていたのだ。総一郎は、自分が死んだ場合は、ライトをキラと断定して動き、絶対にライトの言うことは信用しないように指示をされていた。総一郎を殺したと証言していた日村は、実は元FBIでLに救われた事があったということだったため、殺人をすることはあり得ない事も分かっていた。
ここでワタリがLからの最後のビデオを見せる。Lのビデオには、ニアが見事に追い詰めたことと、偽装で妹をさらったことを謝る姿があった。そして、現在の状況は証拠を上げればいいと言う問題ではなく、大勢の前でキラだと認めるか、デスノートに自分の名前を書いて負けを認めろと言った。
少しの間をおいて、ライトは笑い出した。そしてキラだと自白し出した。ライトは極悪人を殺す事で平和を作りだしたと主張し出した。そして犯罪のない世界を自分は作り出せる、と主張するライトに哀れな人殺し以外の何物でもないというニア。しかし実は、Lはキラの正体を暴くかどうか迷っていた事をライトに教える。Lなりに理解しようとしていたのかもしれないと言うことだ。
ライトは音原田九朗を殺した時から、人殺したが犯罪なのは分かっているが、世界を変えるためにはこれをやって行かなければならない事を覚悟していたと続ける。今までの犠牲のためにも負けるわけにはいかない、やめられないと語る。
ライトは魅上とアイコンタクトをとり、魅上にノートを力づくで取り返させようとする。ライトは体に隠していたデスノートに名前を書こうする。しかし松田がライトを銃で撃ち、動けなくなる。松田を罵倒するライト。撃たれたのは手だけだったので、ライトはまだ落としたデスノートを拾いに行く。そこに一斉に銃を撃ち込まれ、ライトは倒れ込み動けなくなってしまう。瀕死になるライトを助けようと、魅上がガソリンに火を付ける。火は燃え上がり、警察達は魅上を確保して避難する。
ライトは血だらけでその場に倒れたまま火事の現場に残っている。デスノートも燃えだしてしまう。これにより魅上とミサの記憶が消えてしまう。2人は記憶をなくしてしまう。もう1冊のノートは、ライトの目の前にあるが、傷ついて拾いに行けない。そのうちにノートに火が付き始めてしまう。なんとか這いずって火がついたノートを手にするライト。しかし時すでに遅くノートはほとんど燃え尽きていた。リュークから話しかけられ、それでも諦めずに新世界をつくらなければいけないと叫ぶライト。燃えているデスノートをつかみ続けるライトに火が燃え移る。ライトはそのまま燃え尽き、息絶えてしまった。
7.エピローグ
Lの墓の前に来るワタリとニア。最後のLからのメッセージは、ニアをおめでとうと祝うものだった。しかしこの後、ライトは正義感が強いので、一緒に探偵をやったらどうか、と言いだす。最後に、このビデオが流れる確率は0.1%もないだろうが、とつけ加わっており、確率の低い事象に対しても配慮している事がうかがえた。