昨日の記事の関連ですね。
旧ルールのときには、「におい」は平仮名一択で、「臭い（クサい）」ｏｒ「におい」で使い分けが必要なものであり、その内容で記事にしました。
新訂ではそれが、「くさい」ｏｒ「臭い（クサい）ｏｒ「臭い（ニオい）」ｏｒ「匂い」という使い分けが必要な、非常に面倒なものになりました。（※面倒言うな）
ただ、今日のお題の「ニオい」自体の使い分けは非常に単純で、用字用例辞典にもその使い分けとして、「匂い」は「主によいにおい」、「臭い（ニオい）」は「主に不快なにおい」と記載されています。
日本語としての意味もそのとおりで、辞書でもしっかり項目が分けて記載されていますから、間違うとちょっと恥ずかしいやつですね。面倒ですが、しっかりとした使い分けが必要です。