これは、よい香りのときは平仮名なのかと一瞬思いそうですが、「臭い」のほうは読みが「くさい」です。
つまり、何かの香りは本来漢字は「臭」と「匂」を使い分けるんですが、用字用例辞典的にはよい香りだろうが嫌な香りだろうが「におい」です。
そして、実際に嫌なにおいがする場合は「臭い（くさい）」です。また、同じ読みで、「疑わしい」「大げさ過ぎてわざとらしい」など、ほかの意味のときも漢字表記をします。
（例）ニンニク臭いにおいが漂ってきて不快だ。
臭い芝居はもう十分だ。
青臭い正義感を振りかざす若者たちがいる。
ただし、「臭い」の場合、例外があるので注意が必要です。
用字用例辞典には「あほくさい」「しゃらくさい」「照れくさい」「ばかくさい」「面倒くさい」とありますが、いま一つその平仮名にした基準がわからないので、「臭い」が出てきたときには、一々用字用例辞典を引いて確認することをお勧めします。