■あらすじ
東京都の西側3分の1の規模、総人口230万人の内8割を学生が占める「学園都市」。そこでは学生全員を対象にした超能力開発実験が行われており、全ての学生は「無能力者（レベル0）」から「超能力者（レベル5）」の6段階に分けられ、様々な能力を開花させている。学園都市でも7人しかいないレベル5の一人であり、電撃を操るその能力から「超電磁砲（レールガン）」の通称を持つ御坂美琴は、学園都市で起こる様々な事件を解決していく。
（Wikipedia 「とある科学の超電磁砲」より抜粋）
関連文書
本作の「S」とはシリーズの２作目。
前半に禁書目録１作目と関わる重要なシナリオがあるので少しだけ触れてみたい。
発端は、御坂美琴のクローンが大量製造されているという都市伝説から始まる。
「超電磁砲量産（レディオノイズ）」計画というものだが、これは後の「絶対能力進化（レベル６シフト）」計画の布石だった。
「絶対能力進化（レベル６シフト）」計画、それは学園都市の総人口２３０万人の中でも７人しかいないレベル５（超能力者）を、未曾有のレベル６（絶対能力者）へと人工的に引き上げる為のものだった。但し、７人のうち、レベル６（絶対能力者）に成れるのはたった１人。学園都市最強、レベル５（超能力者）の第一位である一方通行（アクセラレータ）だ。世界中の軍隊を総動員しても到底及ばない化け物なのだが、実験では一方通行（アクセラレータ）に美琴のクローンを順番に戦わせ、殺させることにより彼自身が経験値を獲得。クローンを２００００体殺した時にレベル６（絶対能力者）へと進化するらしい。
クローンは妹達（シスターズ）とよばれ、ネットワーク（ミサカネットワーク）により、情報を共有する。戦闘を繰り返すことによりクローンも強くなっていくのだが、１００００体近く殺された時点においても、一方通行（アクセラレータ）の敵にはならなかった。又、妹達（シスターズ）も自分達が、ただの実験動物であることを自覚しており、殺されることに何の感情も躊躇もなかった。
自分のクローン達が無残にも殺されていくことに悲しみと怒りを覚える美琴は自ら一方通行（アクセラレータ）へ戦いを挑むのだが、第一位と第三位では絶対的な実力差があり、惨敗してしまう。それでも、こんなイカれた実験は止めなければならないと決意し、研究施設を次々と破壊。その最中、美琴は研究者からの依頼で施設の防衛に当たっていた暗部組織「アイテム」からの襲撃に遭うが辛くも成功。
それでも実験は続いていた。美琴は「全ての責任は自分にある」と自らを追い詰めた。樹形図の設計者（ツリーダイアグラム）は、一方通行（アクセラレータ）がレベル６（絶対能力者）へ進化する為には「妹達（シスターズ）２００００体の殺害」と、もうひとつ「１８５手で超電磁砲（レールガン）を殺害する」という予測演算をつけていた。もはや樹形図の設計者（ツリーダイアグラム）は何者かに撃墜されている為、条件を再演算することは不可能。これに気づいた美琴は「１８５手」という条件を変えられれば実験を中止させられるのではないかと考え、勝ち目のない戦いに出ようとする。妹達（シスターズ）を救う為、これ以上自分のせいで犠牲者を出したくない為、自ら死を選んだのだ。
主役６人★と、その他６人●は以下の通り
★御坂美琴：本作の主人公。常盤台中学の１４歳にしてエース的存在。
学園都市２３０万人の頂点・レベル５（超能力者）７人のうちの第三位。
最強の電撃使い（エレクトロマスター）こと常盤台の超電磁砲（レールガン）といえば校外でも知らない者はいないと言われる有名人。性格はお嬢様に似合わず、竹を割ったかのようにさっぱりしている。
校内では羨望の的。寮では同室の白井黒子から必要以上に慕われている一方、事件発生の際は風紀委員（ジャッジメント）が到着する前に１人で悪者を退治していることも少なくない。又、自販機にお金を払わず、中段蹴りを浴びせて出てきた缶ジュースをタダ飲みしたり、異能が効かない上条当麻に対しては喧嘩を売ったして自身の電撃を暴走させ、街中を停電に陥れたりすることもしばしばある。カエルのマスコットや可愛らしい子供向けの水着に愛着がある。
★白井黒子：茶髪でツインテール。「～ですの」が口癖だが実は変態。
常盤台中学１年生・風紀委員（ジャッジメント）第１７７支部所属
レベル４（大能力者）・空間移動（テレポーター）
常盤台中学に入学する前は、超電磁砲（レールガン）の存在こそ知っていたものの「どうせ能力を笠に着た上から目線のいけ好かない奴」と決めつけていた。
しかし、風紀委員（ジャッジメント）の任務中、自分のミスで銀行強盗に苦戦していた時、見ず知らずの中学生から救われたことがあった。黒子は、この中学生こそが超電磁砲（レールガン）こと御坂美琴と確信。以降「お姉様」と慕うように。
★初春飾利：黒子の幼馴染。短髪に造花の飾り。
柵川中学１年生・風紀委員（ジャッジメント）第１７７支部所属
レベル１（低能力者）・低温保存（サーマルハンド）
ネットワークを使った情報処理が得意。お嬢様に憧れている。
もしも、現実にいれば、男性から最もモテそうなのが彼女と思うのだが、作中では平凡すぎて人気なし。まあ、その逆が上の二人なんだろうけど（見世物としては面白いが、現実に居れば引いてしまうのは間違いない。特に白井黒子は）。
★佐天涙子：初春のクラスメイト。都市伝説好き。禁書目録の本編には登場しないが同作の前半と後半のOPには、こっそりと登場している。
柵川中学１年生・レベル０（無能力者）、少なからず能力者に憧れている。
幻想御手（レベルアッパー）の恩恵を受けて一時的に低能力の空力使い（エアロハンド）になれたという場面がある（シリーズ１作目前半）。
趣味は初春のスカート捲り。都市伝説好き。基本的にミーハーだが女子力は強い。
元々、常盤台中学というお嬢様学校に対して悪印象を持っていた。特にレベル５と呼ばれる超能力者に対しては「人を見下したムカつく奴」というイメージがあったので、第１期の１話で御坂美琴と初対面した時は、警戒心を解かなかった。しかし、「とある事件」をきっかけに「美琴の友達を想う気持ちは普通の女子と変わりない」というのと、その正義感がゆえに諸悪に１人敢然と立ち向かい、持っている能力をフルに行使するという真っすぐな姿に尊敬の念を抱く。また、レベル０の自分にも差別することなく、友達として平等に接してくれる美琴と接したことで自身の偏見は無くなり、今ではすっかりとお嬢様にあこがれている。
★妹達（シスターズ）：「絶対能力進化（レベル６シフト）」計画の為に大量生産された御坂美琴のクローン達。感情に乏しく「～と、御坂は～します」と話す。
★上条当麻：禁書目録の主人公。生まれながらの不幸体質、説教好き。
レベル０（無能力者）ながらも右手には幻想殺し（イマジンブレイカー）を宿している。超能力・魔術を問わず、どのような異能をも無効化出来る。本人曰く、この右手により、最強のレベル５（超能力者）が最弱のレベル０（無能力者）に負けることになれば樹形図の設計者（ツリーダイアグラム）の予測演算は覆る。
●布束砥信：「絶対能力進化（レベル６シフト）」計画の研究員。
長点上機学園３年生。実験の過程で妹達（シスターズ）へ情が移り、計画を阻止すべく様々な妨害工作を行う。
●麦野沈利：暗部組織「アイテム」のリーダー（大学生の美女）
学園都市２３０万人の頂点・レベル５（超能力者）の第四位。
能力は原子崩し（メルトダウナー）。電子を波と粒子のどちらでもない曖昧な状態に固定し、自在に操る能力。いわゆる、多方向にビームを発射できる。火力では美琴を上回り、身体を使った格闘能力にも長ける。普段は冷静だがミスには厳格。仲間の裏切りにも容赦がない。好物はシャケ弁。外見に似合わず下品で非常に口が悪い。研究施設の防御任務中に美琴とサシで勝負、散々苦しめたが…
最後の最後で「とある」事が原因で形勢を逆転され…逃げられた。
●絹旗最愛：暗部組織「アイテム」の構成員（１２歳の女の子：短髪）
レベル４（大能力者）・窒素装甲（オフェンスアーマー）。窒素を使った防御能力に長ける。又、窒素を自在に使え、自動車を持ち上げることも出来る。
口癖は頭に「超～」がつく。逝っちゃってる感のあるアイテムの中では、唯一マトモな人間と思われる。自分だけが貧乳なので、とても気にしている。
●滝壺理后：暗部組織「アイテム」の構成員（ピンクジャージの女子高生）
レベル４（大能力者）・能力追跡（AIMストーカー）。一度記憶したAIM拡散力場の持主を補足し追跡できる能力。つまり、能力者が無意識に発生させている微力な属性の力場を補足出来る。更に開花すれば、その能力を制御したり乗っ取ったり強化・改変出来るがこれは諸刃の剣。
研究所での御坂美琴との戦いにおいて、アイテムが戦況を有利に進められたのは、滝壺のAIMストーカーによって常に標的の位置を補足出来ていたからである。
●フレンダ＝セイヴェルン：暗部組織「アイテム」の構成員（金髪碧眼の女子高生）
「アイテム」の中では、唯一能力に頼らず、格闘に長ける。武器や爆弾・心理戦も得意としている。しかし、抜けているところもあり、時々致命的な失敗をやらかす。味方にすれば頼りなく、敵にすれば厄介、というどちらからも好まれない困ったキャラ。外見は可愛くて幼く見えるが、実は御坂美琴よりも年上。性格は品性がなく、結構いい加減。好物はサバ缶。口癖は最後に「～な訳よ」。研究所では御坂美琴をギリギリまで追い詰め、リーダーの麦野沈利にバトンタッチ。しかし…
自分が用意した爆弾の後始末を１機だけ回収し忘れていたせいで、本来なら勝てていた対戦を棒に振る。爆弾のせいで麦野は橋から落下。その隙に逃げられた。
●一方通行（アクセラレータ）：白い肌、白い髪、赤い目
学園都市２３０万人の頂点・レベル５（超能力者）の第一位。触れた物全てを自由にベクトル操作できる。普段は「反射」に設定しており、どのような攻撃をも跳ね返す。最強最悪のダークヒーロー。世界中の軍隊を総動員しても倒せない化け物だが、更に圧倒的な力を求め「絶対能力進化（レベル６シフト）」計画に参加。実験では妹達（シスターズ）を大量殺戮。第三位の美琴でも全く歯が立たなかった。