■あらすじ
東京都の西側3分の1の規模、総人口230万人のうち8割を学生が占める「学園都市」。その学園都市でも7人しかいない「超能力者（レベル5）」の1人であり、学園都市最強の超能力者「一方通行（アクセラレータ）」は、「打ち止め（ラストオーダー）」を救った代償として脳に損傷を負い、入院生活を余儀なくさせられていた。
（Wikipedia より抜粋）
関連文書
本作は禁書目録や超電磁砲の物語を悪役からの視点で描かれており、その世界観も異質なものになっている。まずは、本作に繋がる話として、重要なシナリオである妹達（シスターズ）編から触れてみたい。前回UPからの続きである。
「絶対能力進化（レベル６シフト）」計画の実験中、一方通行（アクセラレーター）は御坂妹１００３２号を死の直前まで追い詰めたが、途中で上条当麻に阻まれる。１００３２号は生き残り、一方通行（アクセラレータ）と上条当麻の一対一の勝負。学園都市最強のレベル５（超能力者）に最弱のレベル０（無能力者）が挑む形になった。序盤は一方通行（アクセラレータ）優勢だったが、上条の幻想殺し（イマジンブレイカー）により異能を無効化されてからは格闘戦に持ち込まれる。以降、徐々にではあるが上条にペースを握られる。プライドを傷つけられた一方通行（アクセラレータ）は、ただ勝利しただけでは割に合わないとして上条を徹底的に痛めつける作戦にでた。が、これが裏目に出て、上条に協力した御坂美琴と妹達（シスターズ）によって異能の演算を狂わされた。最後は上条から渾身のパンチを浴びて一方通行（アクセラレータ）がダウン。勝負あった。
計画は中止。最強だったレベル５（超能力者）はレベル０（無能力者）に敗北したという噂が拡散。一方通行（アクセラレータ）はチンピラ共から喧嘩を売られることになった。それでも、能力は最強の時と変わらないので、いつも通りの「反射」で瀕死の重傷を負わせて素通りするという毎日。そんな時、妹達（シスターズ）を束ねる上位個体２０００１号・打ち止め（ラストオーダー）が接触。
計画が凍結した為、打ち止め（ラストオーダー）は不完全な状態、いわば１０歳前後の幼女の体型に留まった。又、元研究者の天井亜雄からウイルスを仕込まれた為、打ち止め（ラストオーダー）は覚醒して培養器から脱走。行く当てもないところを一方通行（アクセラレータ）に救われた。
一方通行（アクセラレータ）は打ち止め（ラストオーダー）に寝床を与え、翌日にファミレスまで連れて行って飯を食わせる。素っ気ない態度を取ったのだが、会話の節々に「本当は実験なんてしたくなかった」という本心を見抜かれてしまう。その時、自家用車に乗った天井亜雄に目撃される。天井はそのまま逃げた為、一方通行（アクセラレータ）も打ち止め（ラストオーダー）を残したままファミレスを去る。元研究者の芳川桔梗を訪ねたところ、ミサカネットワークと打ち止め（ラストオーダー）に仕込まれたウイルスについて真相を聞かされる。
天井が打ち上げ（ラストオーダー）にウイルスを仕込み、ミサカネットワークを利用し全人類への無差別攻撃を企んでいると知った一方通行（アクセラレータ）は、芳川と連絡を密にしながら阻止することに成功、打ち止め（ラストオーダー）の命も救った。
しかし、代償はあまりにも大きかった。一方通行（アクセラレータ）は脳に致命的なダメージを受け再起不能。芳川も瀕死の重傷を負った（天井は死亡）。
「どうにもならないことをどうにかする」ことを信条とするカエル顔の医者・冥土帰し（ヘヴンキャンセラー）は芳川を回復させ、更にミサカネットワークを利用して一方通行（アクセラレータ）を復活させた。以降、本作に入る。
主役３人★、その他３人●は以下の通り
★一方通行（アクセラレータ）：本作の主人公、最強にして最凶の「悪」
学園都市レベル５（超能力者）の第一位。天井亜雄の銃撃により脳を損傷。歩行機能・言語機能・演算機能に障害が残り、以降はミサカネットワークを利用した演算補助を受けながら入院生活を送っている。冥土帰し（ヘヴンキャンセラー）が開発した首輪型のデバイスと杖をついている。デバイスの駆動時間はバッテリーの都合上、日常生活で４８時間、能力使用の場合は１５分までと制限される。
能力は運動量・熱量・光量・電気量など体表面を覆うように展開される能力の効果範囲のあらゆる力の向きを任意に操作できる。非常にプライドが高い。
上条との一戦前、彼に学園都市頂点である自分のことを「三下」呼ばわりされたが、一方通行（アクセラレータ）本人は意外にもこの台詞を気に入っているようだ。以降、戦っている敵に対しては時々「～てんじゃねえぞ、三下ぁ～！」と罵倒するようになった。無慈悲で残忍な性格だったが、打ち止め（ラストオーダー）と関わってからは、少しずつ良心を取り戻している。
★打ち止め（ラストオーダー）：本作のヒロイン、１０歳前後の幼女。
妹達（シスターズ）の上位個体、２０００１号。ミサカネットワークを束ねる司令塔でもある。一方通行（アクセラレータ）に絶対的な信頼を寄せており、口調は「～ってミサカはミサカは～してみる（みたり）」
★エステル＝ローゼンタール：死霊術師（ネクロマンサー）の少女。
特殊な死霊術を受け継ぐローゼンタール家の２３代目当主。この能力を悪用しようとする何者かがいる。
●黄泉川愛穂：抜群のプロポーションを誇る警備員（アンチスキル）の一員。
計画を凍結後、無職となった研究員の友人・芳川桔梗を居候させたり、一方通行（アクセラレータ）や打ち止め（ラストオーダー）の面倒をみたりしている。
口癖は「～じゃん」
●冥土帰し（ヘヴンキャンセラー）：カエル顔の医師
どんな怪我や病気も治してしまう、常識はずれの腕前を持つ。
●菱形 幹比古：聖音高等学校に所属する研究者。
偽警備員組織であるDAの協力者。