■あらすじ（第一話）
学園都市すべての学校が参加して7日間にわたって開催され、全世界にその様子が配信される『大覇星祭』。一大イベントを前に街中がお祭りムードの中、美琴と初春、佐天は『残骸（レムナント）』事件で重傷を負った黒子を見舞う。黒子は入院中にもかかわらず自分のせいで美琴が『大覇星祭』を楽しめないのではと気に病んでおり、3人は心配せずにはいられない。しかも黒子は早々に退院して『風紀委員（ジャッジメント）』の巡回に参加すると息巻いていると聞き、初春は黒子の分まで頑張らねばと張り切ることに。そんな日常の裏側では、『大覇星祭』の開会式で『超能力者（レベル５）』に選手宣誓をさせようという企てが持ち上がり、さっそく7人への打診が試みられて……。
ご存知、とある魔術の禁書目録のスピンオフ作品。
東京西部に位置する巨大な学園都市。その総人口は２３０万人、８割が学生で占める。この街では科学の最先端テクノロジーを駆使して治安を維持。学生たちは超能力開発の為、授業で特殊なカリキュラムを実施する。
いわば科学が中心となるここ学園都市では能力者の学生が普通に生活している特殊な環境であり、学生達の能力も６段階に分けられている。
殆ど一般人と変わらないレベル０（無能力者）、手品に毛が生えた程度のレベル１（低能力者）、超常的な力こそ持つものの実用性は乏しいレベル２（異能力者）、実用的で便利な能力を駆使出来るレベル３（強能力者）、非常に高い能力を持っており戦闘向きともいえるレベル４（大能力者）。レベルが高い能力者程、少人数となり、現時点で最高といわれているレベル５（超能力者）は学園都市２３０万人の中でも、たった７人しかいない希少な存在。レベル５（超能力者）は、それぞれ単独でも軍隊相手に互角に戦える力を持っている。
こういった科学サイドの力によって街の治安を守るというのが学園都市の表向きの姿なのだが、実際には悪意を持った能力者達や彼らを利用する科学者によって様々な事件が勃発している。
事件を防いだり、通報を受けてやってくるのが能力者の学生で組織された風紀委員（ジャッジメント）や学校の教師で組織された警備員（アンチスキル）なのだが、それぞれの活動範囲は違う。風紀委員（ジャッジメント）は基本的に校内か担当の学区内でしか動けないの対し、警備員（アンチスキル）は校外を管轄とする。
本作の舞台は学園都市２３学区あるうちの第７学区。
ここには、お嬢様学校として名高い常盤台中学があり、校内の女生徒は全てレベル３（強能力者）以上の能力者で占められている。
この物語は、主人公を含む４人の少女たちによって学園都市で起きる様々な事件を解決。同時に、彼女たちの中で育まれた友情を描いた話でもある。
物語の主役４人★と、その他４人●は以下の通り
★御坂美琴：本作の主人公。常盤台中学の１４歳にしてエース的存在。
学園都市２３０万人の頂点・レベル５（超能力者）７人のうちの第三位。
最強の電撃使い（エレクトロマスター）こと常盤台の超電磁砲（レールガン）といえば校外でも知らない者はいないと言われる有名人。性格はお嬢様に似合わず、竹を割ったかのようにさっぱりしている。
校内では羨望の的。寮では同室の白井黒子から必要以上に慕われている一方、事件発生の際は風紀委員（ジャッジメント）が到着する前に１人で悪者を退治していることも少なくない。又、自販機にお金を払わず、中段蹴りを浴びせて出てきた缶ジュースをタダ飲みしたり、異能が効かない上条当麻に対しては喧嘩を売ったして自身の電撃を暴走させ、街中を停電に陥れたりすることもしばしばある。カエルのマスコットや可愛らしい子供向けの水着に愛着がある。
★白井黒子：茶髪でツインテール。「～ですの」が口癖だが実は変態。
常盤台中学１年生・風紀委員（ジャッジメント）第１７７支部所属
レベル４（大能力者）・空間移動（テレポーター）
常盤台中学に入学する前は、超電磁砲（レールガン）の存在こそ知っていたものの「どうせ能力を笠に着た上から目線のいけ好かない奴」と決めつけていた。
しかし、風紀委員（ジャッジメント）の任務中、自分のミスで銀行強盗に苦戦していた時、見ず知らずの中学生から救われたことがあった。黒子は、この中学生こそが超電磁砲（レールガン）こと御坂美琴と確信。以降「お姉様」と慕うように。
★初春飾利：黒子の幼馴染。短髪に造花の飾り。物語の語り手でもある。
柵川中学１年生・風紀委員（ジャッジメント）第１７７支部所属
レベル１（低能力者）・低温保存（サーマルハンド）
ネットワークを使った情報処理が得意。お嬢様に憧れている。
★佐天涙子：初春のクラスメイト。都市伝説好き。禁書目録の本編には登場しないが同作の前半と後半のOPには、こっそりと登場している。
柵川中学１年生・レベル０（無能力者）、初春に連れられて美琴や黒子と交流をもった。天真爛漫を絵に描いたような人物だが内面は少し違う。常盤台中学に対してあまり良い印象を持っておらず、又、美琴と初対面の時も多少の警戒心があったが、友達想いの美琴や黒子に対して少しずつ心を開いていく。反対に自分にない能力者としての力に憧れるようになり、何の力もない自分が嫌になるようになる。
そんな理由から幻想御手（レベルアッパー）に手をだし、一時的に低能力の空力使い（エアロハンド）になれたという場面がある（シリーズ１作目前半）。
趣味は初春のスカート捲り。
●食蜂操祈：常盤台中学最大派閥の女王様（金髪のロング）。美琴とは不仲。
レベル５（超能力者）７人のうちの第五位・心理掌握（メンタルアウト）
常にリモコンを所持、他人の読心から記憶操作まで何でもござれな能力。
●御坂妹：「量産型能力者（レディオノイズ）」計画により生み出された美琴の軍用クローン２００００人のうちの１人。但し、能力はレベル２～３程度の欠陥電気（レディオノイズ）。表情が乏しく「～と、御坂は～します」と話す。
●上条当麻：禁書目録の主人公。生まれながらの不幸体質、説教好き。
レベル０（無能力者）ながらも右手には幻想殺し（イマジンブレイカー）を宿している。超能力・魔術を問わず、どのような異能をも無効化出来る。
美琴とはツンデレの仲だが、どちらかといえば好意を持たれている。
●削板軍覇：本作初登場。昭和のヒーロー的キャラ。口癖は「根性」。
レベル５（超能力者）７人のうちの第七位。能力の詳細はよく解っていない。
豪快だが、上条と同じく「困った人を放っておけない」という性格。なので、原作にはなかったが、本作OPのように戦闘の中で上条と軍覇が組めばどのような展開になるのか楽しみといえば楽しみである。「予測不能コンビ」なんて呼ばれている。
第７学区では無敵の美琴でも、レベル５（超能力者）の中では第三位。
更に強力な第二位と第一位の存在がある。
また、科学サイドの闇では「絶対能力進化（レベル６シフト）」計画なんてとんでもないものまであったりする（シリーズ２作目前半）。
既に神アニメになりそうな予感がする本作の「T」とは、同シリーズ３作目。
学園都市の全校が競う体育祭「大覇星祭」から始まる。