当ブログへようこそ!
当ブログは、コメント議論のあるFCブログに本拠地があります。
このブログを読みに来られた方で、ご興味があれば、リンク先のサイトに飛んで、他の方からのコメントを見てください。

 

ため息さんはコメントしました。ここは、大事ななので、別立て議論です。

>「誰かがFES1を失敬して解凍して幹細胞作成に使った」の誰がが小保方氏では説明がつかないと言う理由がわかりませんな。ご高説をお聞かせください。

FES1と129/GFP ESの関係についての、皆様のご意見をお聞かせください。


joさんのコメントです。
>2019年12月11日 10:41 PM

>何が仰りたいのかわからないのですが、むしろそんなに変異の起こり易いものが時を隔ててかくも一致する事は考えにくい、との桂報告書を学さんは是認されているのでしょうか。

joさん指摘の意味が今一つわかりません。

桂報告書は、そんなに変異の起こり難いものが時を隔ててかくも一致する事は考えにくい、と言っているのですよね。

第3第8の欠失は、起こりにくいと、桂報告書にあります。
joさんの指摘は、SNPの話ですよね。
細胞集団のSNPも、すぐできるものでないです。起こりにくいですよね。

確認です。joさんの打ち込みミスですか?




追記
plus99%さん、コメントしました。そっちの方向ですか?というような内容です。
2019年12月13日 8:33 PM

>FES1由来の細胞がどのようにして行為者の手に渡ったのか、フリーザーから出てきた細胞は誰が入れたのか、混入は故意なのかは3つの独立したブラックボックスです。

ES混入は、誰も気づかず起きた。だから、論文発表まで進むことができたんです。ES混入と、STAP細胞のポテンシャルは、全く、別の話です。

それでも、犯罪的なものがあったのは、発表後のES騒動です。研究者なら、誰かの実験中にESが混じったという状況で考える事は、誰かによるすり替より、実験中にミスが起きたのでは? だと思います。




アノ姐さんのコメントです。
2019年12月13日 7:03 PM
>しかも、そのテラトーマのサンプルたるや、Acr-CAG-GFPが挿入されたES細胞から作成されたテラトーマに、ホストマウスのものと思われる正常組織を一緒に固めたインチキなものでしたよね。

どんどん、非現実論になってきますね。結局、アノ姐さんは、実際にありそうな話がどれなのかの見当がつかない人なのだな。

小動物から臓器組織する状況など、アノ姐さんは全く知らない。

このミスが起こりやすい、こちらのミスは起こりにくいといったメリハリがない。

己の無知をしっている人は、知らない領域についての発言を控える。
それができないのが、ため息グループの人たちだ。

レベルの低い陰謀ドラマのデタラメと同レベルだ。

当てずっぽうで言ってみることに抵抗がない。ため息ブログの劣化を象徴している。


追記
ため息さんのコメントです。

>2005年にFES1が樹立され凍結されました。その後2012年にSTAP幹細胞等の作成に使われました。この7年の間、いつから解凍され継代培養されたのかわかりませんが、SNPsの変化が生じるに十分な時間があったのではないでしょうかね。

若山研究室は、FES1があることも知らず、当然、一切さわってないと証言した。
アクロシン入りマウスは、飼育しているから、129と掛け合わせたマウス由来のESは、いつでも作れる。論文になくても、マウスがいればESは作れるが、マウスのSNPは変異していると、ESも、それを引き継ぐ。

太田氏が作ったESは、論文にかかれないものもあったでしょうし、他の研究者に配慮するのが業界の価値観でしょうね。

小保方氏は、偶然に見つけたかもしれない?、混ぜたかもしれない?
と、疑う人にとっては、FES1のSNP(SNV)が、129/GFP ESへと速やかに変異していくとの証拠立てが必要です。





追記
plusさん、何言ってるのかわからない。

>と意味が解れるのだ。文の脈略を読み、頭を論文から離せ!

改行すると意味が違うという意味なの?
解れるは、分かれるなの?
頭を論文から話せ!の意味もわからない。

plusさんは、ご自身ではわかっているのだろうけど、読者には通じない。

お互いの日本語能力の欠如です。

生体の幹細胞の機能は全貌は解明されていない。細胞の生息状況により、セレクションとリプロミングが平行して起きている。特に、生体内では、柔軟な生命現象の結果、生命が維持される。

素人は、どちら一方的に起きる相反する現象であると考えたらしい。

だから、はなさんのようなデタラメ解釈をする。

そういうデタラメを、素人に教え込んだのは、マスコミだ。笹井氏の 仮説の戻ったとの言は、マスコミは正しく解説できなかった。

 

ため息さんが、譲りたくない論点は?

ため息さんはコメントしました。

>減数分裂の結果である配偶子が均一ではないので同じ親からあるいは同じコロニーのマウスの子には large SNP clusters that differ between FES1 and FES2 が生じたと説明した

と、こだわっています。違うコロニーは、認めたくないようです。その先で困ることを予想してますね。

そもそも、調査チームは、太田氏から、どのような状況で、FES1と2を作成したのか?を聞けば、ここの論点にかなりの答えが出ます。でも、言わない、聞かない! のだと思います。
BCA論文でも、(ES捏造論者に遠慮して?) 精一杯の表現だったのかな?

BCA論文は、ES混入を指摘し、幹細胞作成中のES混入を示唆するものの、STAP作成中の意図的混入には触れていません。調査チームは、故意のES捏造を否定して、実際に可能性の高い混入原因を示したと思います。

若山氏が説明すべきは、調査チームが遠慮しつつ示唆した、実験手技ミスの可能性についてです。

FES1と2の関係は、今後の議論の焦点です。

体内時計さん、今までさんざん議論されて解決済みだと言うなら、その議論のサイトを教えてもらえるとありがたいです。


当時、論文発表されていたのは、129マウスの違う種類のものであったり、いろいろ違うようです。

FES1は、論文には使われずに、他の実験で培養が繰り返され、129/GFP ESとなったとの考察をしたら、それも、若山研究室に不利でしょうね。



追記
天ぷら先生のコメントです。
2019年12月11日 7:05 AM
>忘年会で科学系の人たちと話してきました。科学論文をGoogleで訳して専門家気取りの話をしたらみな大爆笑でした。

何で、仲間たちにそんなことを言うのでしょうかね?
天ぷら先生のレベルと性格が見えたり。こういう人は、先生にはならない方が良い。
あっ、先生ではなかったけ?




ため息さんのコメントです。

>FES1を解凍して培養増殖を繰り返したのは若山研究室ではないとされているんですよ。

SNPの変化には、長い時間がかかります。それをしたのは、小保方氏ですか?そういえば、以下のため息文章があります。

2019年12月10日 12:41 AM
>2005年に作成・凍結されたFES1から、例えば2012年にFES1を解凍して何回か分裂増殖させた(この時30%のSNPsが異なった)細胞株(129/GFP ES相当株)があって、これを使ってFLSとCTSを作ったという事があったのでしょという意味が書いてあるのです。



追記
yap*ari*w*katt*na*さん、待望のコメントなのに、今の混乱に必要なコメントでないで、がっかりです。学とみ子の主張と同じだと思います。
2019年12月11日 8:35 AM
2019年12月11日 8:16 AM

>「FES1とFES2で異なるSNPsのみを使用して比較」したものであって、ゲノム全体の相似性を示すものではないんですけどね。

そんなこと、図をみれば、誰でもわかります。わからない人向けに、学とみ子バカと思わせるための書き込みでしたね。

ES捏造論者は、小保方氏が何を言おうとも、社会が信じないように、彼女の悪口を過去に遡ってまで書き立てましたね。同じ作戦ではないですか?

yap*ari*w*katt*na*さんは、ため息さんの説明に不安を感じているようですね。ぜひ、以下の体内時計さんの誤認を修正してあげてね。
この誤認は、ため息さんも同じです。びっくりですね。

体内時計さんの主張は、ハードルが高い高みにあると、仲間から評価されてるんですね。天地がひっくり返る位のびっくりでした。その同僚の本心を探ってみたいです。


>報告書P.13に『マウスから培養細胞を樹立する時にしばしば新しい変異(欠失や塩基置換)がランダムに生じたり』とありますが、それと同様、FES1を解凍、培養して129/GFP ESを作成した際、細胞分裂を起こし変異が起きてSNPが変化した、ということでしょうね。



追記
アノ姐さんを誉めてあげたのに、今度は、何を言ってるのかわからない!

マウス受精卵で生じた1塩基変化と、培養細胞で起きる塩基変化の違いを、体内時計さん、ため息さんに教えてあげてください。

以下のコメントの意味がわかりいくいけど、学とみ子がFES1と2を、1世代と2世代での違いだと勘違いしているのではないか?の、アノ姐さんからの指摘なのかな?
それとも、別の意味なのか?


>「F2(129とB6を交配してから2世代目)」になってしまいます。学様が問題と言っているFES1とFES2は、129系統の同じ母親の卵子とB6系統の同じ父親の精子を受精させた、つまり兄弟である受精卵から同じ時期に作成されたES細胞なわけですよね。

以下のようにアノ姐さんが書いたが、FES1と2は、同じ受精卵でないのは確かです。129とB6の子供ではあるが、飼育されていた環境が違います。

>129系統の同じ母親の卵子とB6系統の同じ父親の精子を受精させた、

>学様が妄想しているように「129B6F1」のコロニーは存在しないのですよね。仮に学様の妄想にあわせて、

「129B6F1」のコロニーは存在しないです。だって、どんどん遺伝子が多様に変化してしまいますもの。兄弟で交配させたら、そのコロニーマウスの遺伝子は異なってしまいます。
素人の誤解は、奇想天外ですね。



追記
わざわざ、文章の意味をねじ曲げるのね。そんなに、みんなで、学とみ子をバカバカ大合唱したいのね。
学とみ子は、携帯で、ひとつひとつの文字入力は疲れる。
fcブログは、全体の文章が見渡せないのです。
学とみ子は、皆さんにわかってもらいたいと思うからこそ、早く返事を携帯で書こうと思うのです。
それすら、バカにしますね。
学とみ子が急いで書いた結果、ため息グループから、返ってくる返事は、罵倒とでたらめ扱いですね。

一体、何人の勉強不足の人の誤解を、学とみ子は相手にしなくてはいけないのでしょう。
もう、ホント、やめようと思います。
どんなに誠意をもって返事しても、ため息グループは、大事なポイントを理解する力が無い。
勉強不足を丸出しにして、ため息グループ各人、ごまかすために、学とみ子を攻撃する。
ため息氏などは、学とみ子の文章内容にかかわらず、でたらめというのが習慣になっている。

しかたないわね。勉強不足の人は、勉強不足同士で、盛り上がりたいのだから。
学とみ子のような人は、皆で排除が当たり前なのだわ。



山の住人さんのコメントです。
2019年12月11日 3:27 PM
>「FES1と2は、同じ受精卵でないのは確かです。129とB6の子供ではあるが、飼育されていた環境が違います。」
おいおい、ES細胞って飼育するのか。バカか。


言葉をしっかり補って理解しましょうね。
では、括弧内の文章を補足します。山の住人さんも、当然、補って理解したくせに、わざわざ、難癖を言うのですね。
性格悪すぎです。

「FES1と2は、同じ受精卵でないのは確かです。(FES1と2は) 129とB6マウスの子供(F1マウスに由来するES細胞)ではあるが、(FES1と2の親マウスは) 飼育されていたコロニー環境が違います。

(それが、FES1と2のSNPの違いに反映されます。つまり、閉鎖環境で飼育された親マウスの129コロニー、B6コロニーは、それぞれにコロニー固有のSNP状態となってます。F1マウスは、それぞれの親マウスコロニー固有のSNPを引き継ぎます。ここがおかしいから、FES1とFES2の親マウスでは、コロニーが違うのではないかの疑問が出てくるのです)


勉強不足の人は、勉強不足故の誤解をする。
plusさんは、科学知識間違いが平気の人で、間違いを書くことをいとわない。
plusさんがでたらめを書くときの文章は、ひどく読みにくい。
そんなくせして、エラソに説教する。

plusさんのコメントです。
>いわゆるアンチ派だけではなく、一言なんとかにも擁護の誰だったかにまで言われるほど、誤字脱字校正ミスが多いのだから、せめてブログの管理画面に直接書き込むのをやめりゃいいのにね。その誰かも勧めるようにテキストエディタで書いて、少し時間をおいて点検してからアップしたらいいんですな。
その上間違いを指摘されてもこれが正しいと強弁するからどんどん深い穴に落ちていくんですな。



plusさん、相変わらずのの憎まれ口満載です。
でも、デタラメ科学、独自学を平気で書いて、真面目な相手を貶めて知識を盗みとるplusさんのマスコミ的戦術には、もう学とみ子は反応しません。
plusさんは、独自理解の創作科学を書きながら、知識を増やしてきましたね。
そして、その研鑽の成果あって、ため息さん、体内時計さんのひどい勘違いも、もうわかりましたかね?

彼らは、減数分裂や受精卵の時点でおきる塩基突然変異(マウス遺伝子全体変異を起こす)と、培養細胞で1細胞単位で起きる塩基突然変異の違いが全くわからないようです。
ため息さんは、相同染色体が複数の時点で混じることすら知らない。
体内時計さんは当然でしょうが、ため息さんも、マウスと培養細胞の1塩基変異の違いを知らないのは驚きでした。
もし、小保方氏が、凍結融解で培養を何回か行ったら、数十個の塩基はすぐ変化してしまうと、彼らは考えているのですね。
SNPがそんな壊れやすいものなら、細胞鑑別に使えないと思わないのですね。
plusさんは、もう、ここに気づいたのでしょうから、彼らに教えてあげてくださいね。

体内時計さんから、知恵者と思ってもらえてよかったね。だから、教えてあげてね。
学とみ子が言うと、又、角がたつからね。


ため息グループは、一言居士さんや、和モガさんたちとは、根幹で異なる。
一言居士さんや、和モガさんたちは、独自の勉学を積んできた。
一方のため息グループがチェックするのは、ネット情報のみで、科学書に当たったり、教科書、論文類いを参考にすることはしない。
ため息グループは、STAP事件と無関係な中立的にかかれた科学知識は、一切参考にしない。
中立的な立場で書かれた科学読みものは意味がわからない。
バイアスのかかった科学者が説明してくれたもののみ、表面的に理解する。
そして表面的理解にすぎないとの自覚がない。

ため息グループが見るのは、バイアスのかかったネット情報ばかりだ。
彼らには、中立的知識はいらない。
そんなもので勝負したら、自身が張り子の虎であることがばれる。
自身の信じたことが正しいとしてくれる人のみ認め、それ以外は排除する。
間違いは認めず、反論してくる相手に対しては、相手が間違いと信じて疑わない。

デタラメ自説の問題点に気づけない。
気づけない同士で誉めあう。
不勉強同士なら、気楽だ。
でも、今回の天ぷら先生は、学とみ子を傷つけようとして、plusさんを傷つけた。
天ぷら先生、そこにも気づけず、知らん顔ぷりだ。

反論してくる人がいても、反論の正当性を評価できる知識がなく、相手はでたらめをいっているとしか自覚しない。
更に、反論者に向けて、人格攻撃におよび、相手を嘘つきと触れ回る。そして、最後は子供っぽい憎まれ口で〆る。

こんなやり方の人たちがいてこそのSTAP事件だ。


追記
アノ姐さん、ごまかしましたね。
さすがに、ご自身の文章がみっともなかったと思ったのでしょうね。

F1マウスから作られたマウスは、F2になると、アノ姐さんの説明です。
”FES2を提供したマウスは、FES1(F1)を提供したマウスの子供だから、F2と呼ぶ” と、アノ姐さんは書きました。
FES1の子供だから、表記としてFES2とネーミングされたと、学とみ子は誤解した!
と、アノ姐さんはそう言いたかったようです。
アノ姐さんは、学とみ子がそう勘違いしたからと思い、ご自身の誤解に気づかず、あざ笑いました。

でも、書いた後で、アノ姐さんは、やっぱり、その誤解はないだろう?と気づいたのでしょう。
自ら、低レベルの誤解だと気づいたようですね。
さらに、その後のコメントで、低レベルの誤解をごまかしました。

せっかく、そう書いてくれた二つの文章をコピペしておきますね。
それにしても、ひどい、見当はずれな勘繰りでした。
アノ姐さんのレベルが暴露されました。
いぜん、アノ姐さんが、小保方氏を生活破綻者になぞらえた時も、びっくりしましたし、今回も、びっくりな誤解ですね。
奇想天外な方なんですね。

2019年12月11日 11:38 AM
>「129B6F1のマウス」といったら、129系統(純系)のマウスの卵子にB6系統(純系)のマウスの精子を受精させて生まれた一世代目のマウスを表しているわけで、さらにこの129B6F1同士で交配させてその子マウスが生まれると「129B6F2(最初の129系統とB6の交配から2世代目)」と表記するのですね。以下この129系統とB6系統から生まれた子マウスを交配するごとにF3、F4、・・・となっていきますね。
では「129B6F1のES細胞」と言ったらどうなるでしょう?この場合は、129系統の卵子にB6の精子を受精させると、この受精卵が「129B6F1」ということになります。これを胚盤胞まで育て、内側の細胞取り出して作成したのが「129B6F1のES細胞」ですね。だから、「129B6F1」のES細胞は129系統の母親とB6系統の父親マウスを持っているわけで、学様が妄想しているように「129B6F1」のコロニーは存在しないのですよね。仮に学様の妄想にあわせて、「129B6F1」の兄妹マウスをコロニーにして、そこからES細胞を作成したらこのES細胞はF1から生まれたので「F2(129とB6を交配してから2世代目)」になってしまいます。学様が問題と言っているFES1とFES2は、129系統の同じ母親の卵子とB6系統の同じ父親の精子を受精させた、つまり兄弟である受精卵から同じ時期に作成されたES細胞なわけですよね。学様はこの全く常識レベルの理解もされてないことが明らかです。


アノ姐さんは、ご自身の勘違いを、以下のようにごまかしました。2019年12月11日 5:51 PM
学とみ子が、 「129B6F1」でひとつのマウス系統だと思い込んでいるなんて、考えるのは、実質、アノ姐さんだけですよ。
でも、ため息グループの皆さん、ソーダ、ソーダと言ってくれますよ。よかったですね。

管理者さん
>学様は、きっと「129B6F1」のF1の意味が理解できず、「129B6F1」でひとつのマウス系統だと思い込んでいるのだと思います。だから親マウスのコロニーなどという突拍子もない主張になるのだと思います。(笑
だから、言わずもがなのコメントで懇切丁寧に説明したのですが、やっぱり文章読解能力が決定的に欠けているようです。


どんなことでもよい、いいがかりでもよい、意味が通じなくてもよい、学とみ子がでたらめを言っていると雰囲気が出るように作文しておきたいナ!との、アノ姐さんの願望がよく出た文章です。


>懇切丁寧に説明したのですが、やっぱり文章読解能力が決定的に欠けているようです。

上記文章ですが、ご自身の文章を、読み直してくださいね。体内時計さんと同様、アノ姐さんは、学とみ子の方に問題がありと責任転嫁してますけど、アノ姐さんオリジナル文章がひどいのです。

構成がメチャクチャです。これでは、役所の課長クラスには行けませんね。

学とみ子の誤解を書いた部分と、一般事実を書いた部分が区別されていません。読み手は、奇想天外(常識的生物学知識から外れる)なアノ姐さんの発想が理解できません。

アノ姐さん、誰でも知ってる事をだらだら書いて、最後に自身の意見を少しでも書いてしまうと、そこだけ全部、まちがっちゃうという現状は、反省ですね。

アノ姐さんが論理的、学とみ子が非論理的といってはばからないため息さんて、もう学者仲間から相手にされません。
FES1と2の意味を、学とみ子は誤解していると、アノ姐さんが書いたことへの論評なんて、ため息さんにできませんよね。アノ姐さんの突拍子もないコメントても、ため息さんは、それには触れず!、アノ姐さんにヨイショです。

ため息さんは、ご自身の専門分野の講義はできても、それ以外には相手にされません
ため息さんは、素人の思いつきをサポートする道を選びましたね。


>sigh
2019年12月12日 10:25 AM
しかし、アノ姐さんも、よもやフレーズ・サラダで構成される文章を書く学とみ子にアノ姐さんの書いた文章が「構成がメチャクチャです。」と言われるとは思わなかったでしょうね。



どんなに間違いを書き込んでも、誰も注意をしない。ため息ブログは、来るところまで来た! となった。


アノ姐さんのコメントで、「129B6F1」でひとつのマウス系統だと思い込んでいるのだと思います。

とか、

FES1から作られたマウスの子どもから作られたESだから、FES2とネーミングされた。

とか、

素人まるだしのデタラメがひどすぎる。ブログ主が、これら途方もないコメントを容認する。



かつて、一般人たちは、非科学的であってはいけないと、お互いに遠慮しあっていた。

間違っているかもしれませんがー ー ー とか、

ここはよくわかりませんがー ー ー
とか、言う人がいた。

非科学的な素人丸出しで、ため息さんに恥をかかせてはいけないとの配慮が、コメントする人たちにあった。

何といっても、ため息さんは元偉い人であったらしいから。
ため息さんのブログだから、コメントには注意しよう。
そのため息さんに恥を書かせてはいけないと、コメントする側の人は考えた。

そうした、良い時代があった。

ところが、今は、どうだろう。この偉い人だった人は、自ら、デタラメを言うようになった。偉い人であった片鱗もなくなった!

学とみ子が言ってなくても、言った!言った!と、ため息さんは言うようになった。
その様子をみている本物素人たちも、同じになった。



追記
FES1と129/GFP ESの関係については、プロはコメントしません。しかし、数年にわたり?凍結融解培養を繰り返さないと、細胞集団レベルのSNPは変化しないと思うんですけど。
ため息さんは、いとも簡単に、小保方さんと言った!エエッ?

yap*ari*w*katt*na*さん、皆様のご意見をお聞きしたいです。
 

 

 

体内さんのコメントです。体内時計さんは、青字
>私は学さんとバトルをするつもりは毛頭ありません。そこまで暇ではないので。

子どもっぽい、憎まれ口ですね。
ため息ブログに長くいると、人はおかしくなるのでしょうか?

ブログ主からして 学とみ子に対し、「失礼なことを言うな!」 なんて、言ってます。
そちらの方々の方が、もっと、もっと、失礼極まりないでしょう?
ブロググループ全員で、学とみ子を婆さん呼ばわりで、でたらめ!でたらめ!を連呼しています。

そうした中で、体内さんも学とみ子に対抗してきますね。

学とみ子が、体内さんの問題点を遠慮せずに書くのは、その言動が、私の常識を超えるからです。
今回も、(体内さんは)「わからないから教えてなさいよ!」 と言わんばかりです。

体内さんは、わからないことばかりで困っているのでしょうが、教わることを命令してませんか?
ボールは、体内さん側にあるのですが、体内さんは打ち返せません。
体内さんは、学とみ子の主張が理解できず、とても いらついています。

別に、学とみ子は意地悪しているわけではありません。
一生懸命に説明しています。
昨今の学とみ子コメントは、携帯で書いているので、後から読むと、同じことを繰り返したりで、読みにくい日本語と思います。
そこは申し訳ないですが、それでも、ちゃんと、何度か言い方を変えて自説を説明しています。

>学さんがちゃんとわかるような日本語で説明してくだされば、議論に参加させていただきますよ。

読みにくいのは、学とみ子の日本語のせいばかりではありませんね。
体内時計さんの理解センスの悪さのためです。
理解センスとは、理解できない理由を考えて、理解できるようにする能力のことです。
体内時計さん、ブログの文章で、STAP科学の全貌が理解できるようになるとは考えないことです。

体内時計さんがここを理解するためには、もっと必要なものがあるのです。

たとえば、簡単な話に置き換えますが、パソコン知識に疎い学とみ子が、文字のやりとりだけで、パソコン知識を深めることができないようなことです。
実際に、指導員がそばについて、いろいろ指図してくれれば、学とみ子は前に進むことができます。
しかし、文字のやりとりで理解するには、限界があるということです。
STAP科学は、パソコン知識とは質が違いますから、もっと難しいです。

学とみ子も、かつて、馴染みのない領域の論文を読むときはいらいらしました。
この著者は、なんでわざわざ、こんなにわかりにくく書くのだろうかと、学とみ子は、慣れない分野の論文にいらついたものです。
でも、今はあまりそうしたイライラはなくなりました。わからなくてもしかたないのです。
自らの知識レベルを考えれば、わからなくても当然です。

学とみ子は、その分野に興味を持つ、あるいは知らなければならないと感じた領域については、知識の獲得に努力します。
他人はあてになりません。

その人にとって、わからないと感じることは、その人の今の知識では、手が届かないということです。
もちろん、勉学により将来は、改善していくかもしれません。

しかし、現在の体内時計さんは、理解できない自身の力より、学とみ子の説明能力の不足と思うのです。

STAP細胞事件の解明に向けて、多くの一般人が議論に参加しました。
人気が出た理由は、若く輝く女性がねつ造疑惑をかけられたからだけではありません。
最新科学にもかかわらず、一見、明快に科学が解説され、我も我もと、一般人でも議論に参加できる状況になったからです。
それをしかけたのは、画策学者とマスコミです。

画策学者とマスコミが、とても難解な話を、興味本位の単純ストリーに変えたのです。
ジュース程度の酸度の液につけたら、「細胞が若返ったって?そんなバカな!」「そんなの、ねつ造にきまっている」 となりました。

しかし、実際には、STAP疑惑を考えるのはとても難しいと思います。

>③「FES2が必要だった」という意味がわかりません。報告書のどこにその様な記述がありますか?
>④Acr-GFPが入っているES細胞がntESG1,ntESG2,FES1だけであったら、混入に使用されたES細胞が特定できなかった、ということですか?


体内時計さんは、学とみ子が説明すれば理解できると考えているのかもしれませんが、学とみ子は、すでに十分に説明しました。
これ以上じょうずな説明は、私にはできません。
ため息さんも、理解できなければ、理解できるまで自力でがんばってください。
ため息さんは、その力があるはずですが、バイアスをかけて理解を拒否しているのかもしれません。

少し補足しますが、調査チームの発表では、各細胞間の近縁率が高い確率で紹介されました。
例えば、FLS3とFES1は、99.33%、 FLS3と129/GFP ESは、99.95%, ntESG1と ntESG2は99.95% でした。

これでは、近縁率はわかりにくいですよね。分母の数が多いので、こうした表記になるのです。
しかし、有意なSNPをピックアップして、正確に、幹細胞とESの塩基の共通性(一方が他方から作られたとの意味)を論じました。
BCA論文に書かれたSTAP幹細胞とFES1ののSNPの差異が30%となり、わかり易くなったのは、なぜだか、体内さんにわかりますか?
そうしたことが、体内さんはわかることが必要なんですよ。

和モガ説は、生きてますよ。どちらかの細胞が先に作られたかどうか?の話になり、反論が出ましたが、塩基の突然変異の共通性の考え方は、生きてますよ。
この議論をフォローできてますか?
体内時計さんは、否定されたと根拠なく思っています。反論あるなら、体内時計さんの言葉で反論ください。

STAP細胞にはわからないことが多いと、考えるのがつらいと思います。

理解できない理由ですが、体内さんは、”理解のセンス”に問題があります。
学とみ子はしばしば、感じるのです。
学とみ子の日本語が悪いから理解できないと、体内さんが感じるのは、、”理解のセンス”の問題です。

さらに、ジャクソン研究所の話の時も、学とみ子はそう感じました。
ジャクソン研究所のコンタミ事件より、1プライベート研究室の方のコンタミ事件の可能性が高いと学とみ子が書きました。
すると、体内時計さんは、ジャクソン研究所のコンタミ事件をわざわざ紹介したのに、「学とみ子はどこを読んでいるんだ!」と怒りましたね。
しかし、学とみ子は、ジャクソン研究所のコンタミ事件の事実は認めていますよ。
認めた上で、1プライベートにすぎない若山研究室の方のコンタミ事件の可能性の方が高いと言ってるのです。
なんで、そうした状況が、体内さんにはわからないのでしょうか?

>凄いですね。科学雑誌の記述内容よりも、ご自身の陰謀論の方が正しいと思えるなんて。

科学雑誌を記述した例の3記者らは、専門家たちなんて、学とみ子は思っていません。
書いてる内容が専門家のものではありません。努力はしたと思いますが、科学記者にすぎません。
そうしたところも、体内時計さんの理解センスの悪さです。
ESねつ造説を画策しようとする学者たちから、全面的に吹き込まれて記事を書いていると学とみ子は想像しますので。むしろ、体内さんが、彼女たちの書いていることが正しいと思うことが、不思議です。
なんで、そうした状況が、体内時計さんにはわからないのでしょうか?

暇だから、暇でないからの問題ではなく、お互い、人生の時間をこれだけ使っているということは、私も体内さんもブログ書き込みの優先順位が高いのです。
それぞれに、大事なことだからではないですか?

追記
相変わらず、体内時計さんの理解センスの悪さが満開です。

ジャクソン研究所の話は、以前から出ています。皆さん知ってますよ。そこを、話題にしたって意味無いでしょう?それよりは、どこで混じったのかの推論に話題は移っています。そうした流れに逆らってしまうのが、体内時計さんの理解センスの悪さです。

>彼女らのSTAPに対する知識は学さんとは比較にならないほど豊かだと思っています。

みんな、笑いますよ。彼女たちの仕事は、書き捨てです。マスコミは、不得意な分野へは、決して戻ってきません。マスコミ記事が正しいと信じている体内時計さんは、これだけ議論が出た後でも、少しも進歩してません。まさに、ため息さんの意図する方向です。ES説は破綻しているとの根拠を、体内時計さんは、これからも理解できないのでしょう。その悔しさは、学とみ子デタラメで、自己処理するのでしょう。

plusさんの科学が正しいなんて言ったら、本人が困りますよ。

あのねさんが、マウス情報を出してますので、そちらの皆さん、しっかり勉強してください。



追記
学とみ子が、SNP解析を書いた記事を、理解しましょうね。99塩基、4塩基、1290塩基が、それぞれどのような意味を持つのか?考えてみましょう。 2019/11/28付けの当ブログです。藍字

構造異常とSNPsが一致する同一遺伝子細胞が、異なる実験から得られた場合、細胞が混じったと考える。

2019/11/28
構造異常とSNPsが完全に一致する2種の細胞が、異なる実験結果として得られた場合、一方の細胞が他方の実験中に混じったと考えられる。

異なる実験において、最終的に得られた幹細胞が、全てDNA構造が一致していたら、混入し選択され、すり替わったと考えるということだ。

さて、調査チームがESの混入と考えた根拠とした、桂報告書の説明を、今回も又、見て行こう。

何度でも、見て、考えていくことが必要だと思う。今まで、何度も触れてきたことであるが、何を書こうと、ため息氏は、学とみ子のでたらめというだろう。2005年説に何も疑問を感じないのだろう。ため息氏は、コロニーが違うという意味がイメージできない。ため息氏レベルの人が、顛末が理解できるように、桂報告書は、書き方を工夫すべきだ。もちろん、それが出来ない状況であったことを、学とみ子は理解する。

桂報告書は、誰でもわかるようには書かない。恐らく、書けない状況があった?誰に配慮して書くか?を、決めたのは誰か?

裁定結果に不服な研究者なら戦う!が、業界の価値観だろう。

”STAP(幹)細胞は、ES細胞だ”と、GOFマウス細胞で、一番、自信をもって、桂報告書が示したと、以前に当ブログに書いた。

そこから、もう少し、まとめてみよう。
以下が、桂報告書7-8頁である。青字
STAP 幹細胞 GLS1 と ES 細胞 GOF-ES 細胞がほぼ確実に同一で あることが判明した理由である。

1)全ゲノム上の SNPs 分布(C57BL/6 マウス背景)が同一
2)挿入遺伝子の種類、コピー数、挿入領域の配列が同一
3)由来するマウスの性別(メス)が同一
4)X 染色体上の構造異常(大きな欠失+末端重複逆位接続)が同一
5)マウス個体で X 染色体上に上記のように大きな構造異常が生じた場合、その染色体 は世代を超えて安定に維持されないこと
6)ES 細胞 GOF-ES の元となった親の GOF マウスには、X 染色体構造異常が認められなか ったこと
7)GOF マウスの SNPs 分布が、STAP 幹細胞 GLS1 および ES 細胞 GOF-ES の SNPs 分布と異 なっていたこと
8)STAP 幹細胞 GLS1 以外の全ての独立な GLS 株でも、STAP 幹細胞 GLS1 と同じ X 染色体 上の構造異常が見つかったこと

細胞の同一性は、遺伝子の構造異常と、 SNPs 分布が大事な二大根拠である。
2種の細胞は、親のマウス(細胞)に無い遺伝子異常を持ち、かつ、2種の細胞の SNPs 分布で同一性があれば、自信をもって一方が他方から作られたとなる。

(ただし、SNPs 分布の場合は、方が他方から作られた直後は一致していても、2種の細胞がそれぞれ培養を繰り返すと、塩基の突然変異が重なってしまってSNPs 分布の同一性が離れてくる。この違いで細胞の作製時期を考えることができる)

GOF-ES の場合は、この原則が良く満たされていた。
つまり、”STAP 幹細胞 GLS1 は、GOF-ES から作られた”である。
まず、ここからアプローチしてみよう。

一般人は、ESから作られたとの桂報告書を目にした時、小保方氏が混ぜたと言っていると早合点をしたのだが、実はそうではなく、STAP 幹細胞 GLS1 を作る時、GOF-ESが混ざって、それに置き換わったと言っているのである。

>GOF マウスから STAP 細胞を経て STAP 幹細胞 GLS が作製された 過程でこの ES 細胞 GOF-ES の混入が生じ


次は、FLS,CTSの場合である。
桂報告書は、以下のように言っている。

STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、ES 細胞 FES1、および小保方 研で見つかった 129/GFP ES の、常染色体に存在する 129 ホモの SNPs が、突然変異、 あるいは遺伝的背景の不均一性によるものとしても、もしこれらの幹細胞がそれぞ れ独立に作製されたものであるなら、これらの 4 か所に共通の SNPs が観察される 可能性は低く、これら4種類の幹細胞が共通の細胞に由来することを強く示唆する。

ここでも、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kb の欠失(第8染色体は129系統由来;第3染色体はB6系統由来)の構造異常の遺伝子の構造異常が指摘され、かつ、SNPs 分布の一致をあげている。

STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、ES 細胞 FES1、 129/GFP ES は、同一の細胞なのである。
特に、上記の記載でわかるように、4か所で生じた1塩基の突然変異をもって、細胞の同一性を証明している。
少ない数でも、突然変異が一致していることが、同一性の証明になる。

違う時期に作られたはずの幹細胞が、同一の細胞になっている理由は、幹細胞作製時に混じったとの理屈だ。
個々にSTAP細胞が作られたなら、ここが説明できない。

桂報告書は以下のような言い方をしている。

>これら 4 種類の細胞 が、論文に示されていた(129 x C57BL/6)F1 マウスから直接作製された株ではないこ とを明確に示している。

>STAP関連11細胞株の全ゲノム解析から、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kb の欠失(第8染色体は129系統由来;第3染色体はB6系統由来)が上記STAP幹細胞FLS3、 FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 FES1 並びに 129/GFP ES だけに共通に存在することが 判明した。

ここまでは、問題が無かったが、そこに、FES2解析を持ち出したことで、ES1の出自に問題が生じた。

FES1とFES2は、同一日の同一実験者の実験条件で作られた。
ところが、その遺伝子型は、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kbの構造異常も共有していないし、SNPsも合わない。
FES1を樹立するときに、2か所の欠失が生じ、FES2を樹立するときに欠失が生じなかったという可能性を考えて良いが、それだとSNPsが合わないのが説明できない。SNPsも合わない理由を、調査チームは、マウスのコロニーが違うと説明している。

そして、FES1とFES2で、SNPsの違いに注目し、近縁の細胞はどれかを見たのである。

FES1作成から2年後に作られた ntESG1,G2は、使用した親マウスがTerであり、STAP細胞の129X1とは異なるが、ntESG1,G2を、比較に用いた。
ntESG1,G2は、両者同士の近似率99.95%と高く、FES2とは、SNPsは62-78%で一致している。


つまり、FES1は、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1と(混入の結果)一致するのは当然だが、FES1の元となったマウスはどこにいたのであろうか?ここは誰も説明ができない。
調査チームは、FES1の出自に疑問を感じて、FES1とFES2のSNPsの違いについて、NGSを用いて、詳しく調べたのだと思う。
そして、理研は公開していないが、FES1と類似のSNPsを持つ細胞あるいはマウスを把握していたかもしれない。
ー ー ー ー





追記

ため息さんの低い想像力を暴露する文章です。

>きちんと説明すれば、文字情報だけで十分なのです。

わかってしまった人は、わからない人の気持ちがわからなくなります。ため息さんは、わかっている自分自身を自慢する事しかできません。教育者としては失格です。かつて、自身がわからなかった時のこと等、思い出しもしません。俺は、いつでも、最初からわかっている優れ者と言いたいのでしょう。学者は、専門領域なら自慢しても良いでしょうけど。

学とみ子は、自らの経験を書いてます。

ここで、ため息さんは言うでしょう。学とみ子は、バカだから、そうなると。

plusさんのコメントです。薄青字

>テラトーマはどうしてそうなったんじゃろうかと考察を進めて行けばよろしいのではないかと思いますな。

解析されたのは、いくつかのひとつでしょう?謎はあるけど、そこを考えるための記述が、桂報告書とBCA論文に無いです。
上記の二つは、ES混入ストーリーを説明しただけで、論文の背景となった研究全体を説明してません。




追記

体内さんのコメントです。
>BCAは論文なので「129/GFP ESが捏造に使われた」可能性を明確に書いているのだと思います。
もっとも、この”30%”についても、結論ありきで感想さんが秀逸なコメントをされています。「非専門家」の和モガ氏の主張を支持したいのならば、読んでもスルーしているのかも知れませんが。


専門家は嘘は言いません。
BCA論文は、ねつ造とは言ってません。混じったとしか、言ってません。
しかし、ネットで発言する専門家の中には、バイアスのかかった方がいます。
”小保方ねつ造による若山研究室とばっちり説” をサポートする方がいます。

在米ポスドク氏も、結局、小保方氏のESねつ造を確信していたわけではないのに、印象操作しました。
とにかく、今後の研究界でキャリアップしたい研究者たちにとって、STAP細胞擁護にかかわるのは危険だと思います。

和モガ氏には、そうしたバイアスもリスクもありません。
だから、感想さんも、和モガ氏を警戒したと思います。

実験サンプルの由来は、実験した人の言う通りだと、当時、誰もが思っていました。
尊敬する一流研究者は嘘をつかない。
そうした当時、和モガ氏は、実験者の主張通りではないかも?・・・と、警告しました。
つまり、出来上がったサンプルは、目でみたら皆、同じ状態でしかありません。
実験者が本当のことを言わない場合、詳細な科学的検討でも、由来の確定が難しいことを、和モガ氏は一般人に教えてました。

和モガ氏の先駆的な主張は、才能なくしてはできないです。
特別の情報を持たない素人たちでも、ゼロの知識から専門分野の解釈に挑み、読みを深めることができるだということを示しました。
こうした彼の洞察力は、素晴らしいです。
一般人であるだけに、その考察に取り繕われたものがありません。
一旦出した仮説でも、その後に否定されたものもありました。
自然な考察をしている証拠でもあります。


才能という話で思い出すのですが、もし、女性ジャーナリスト3人が、独自に取材して、STAP事件の問題点を暴露したら、すばらしい才能だったでしょうね。マスコミの勝利ですね。

理研は隠す、実験者も隠す。そうした状態にめげず、嫌がる研究者をジャーナリストが追い詰め、情報暴露を行えたら、すごいことでした。

しかし、現実は、研究者間の抗争に、マスコミが利用されただけなんですよね。
そうした経緯が、「ねつ造の科学者」にしっかり、書かれています。
研究者は、素直な女性ジャーナリストに近づき、違法な手段でマスコミに向けて情報提供をいくらでもしました。
それも、暴露する研究者たちは、複数で、大手マスコミ相手に情報を分散させて分け与え、各社を競わせることまでしました。

本当にひどい話ですが、世の中、この位の事はある!ということなのでしょう。
研究界は、秀才がしのぎを削り、多くの人は競争に負けていくのだから、こうなるのは仕方無いと思います。
 

 

 

ため息氏の新記事だ。

>在米ポスドクさんはきちんと説明している。学とみ子が理解できないだけ。ワトソンさんは誤解しているだけ、学とみ子は理解していなかっただけ。

ポスドクさんが、説明したのは、ESが混じったとの説明だけです。ため息氏は、ワトソンさんの当時の疑問を、まだ理解できないままです。

でも、お互い、理解できないままでも、もう良いと思います。ここに、更に、非専門家三人目が加わったら、もうやってられない。

ため息ファンや、そちらの人相手に知恵者を演じ続ければよろしいでしょう。

学とみ子否定に熱をあげないで、持論説教に徹したら良いです。

でも、ここには答えておきます。以下のため息氏コメントです。

>FES1とFES2の違いに何の異議があるの?

幹細胞とESの比較の時、膨大なSNPのなかから意味のあるSNPを選ぶために、FES2が必要だったんです。
なんで、そう考えない?
天をあおぎます。


朝のレスポンスありました。結局、ため息氏は、理解できなかった。
それでも、学とみ子の間違いと言い続ける人だ。

科学がなくても、自らは正しいとする人が集まっている。

もう、そんなグループを相手にしても無意味だ。ため息氏の限界がわかった人から離れていくだろうから、それで良い。
元々、ES捏造説がデタラメなのだから、仕方ない。


>デタラメな情報を発し続けるのは当事者にとって良いこととは思えませんがね。

 

 

桂報告書は、ESの混入としたが、限られたサンプルを解析して得た結果からの答えである。
調査チームが他にどのような情報を持っているかについては、一般人はわからないが、調査チームといえど、すべての真実を知るのは無理である。
調査チームは、残存サンプルが正当なものとみなして、解析をするしか手段がない。
すり替え、入れ替えなど、個人的な犯罪的行為をできるだけ考えないで、誰でも納得のいく説明はないものか?

小保方氏は、自ら作り続けたSTAP細胞の能力を知っていただろうし、小保方氏の知るSTAP多能性は、キメラで高い寄与率をしめすような能力ではなかったであろう。
しかし、上司からキメラができたと言われた。

そして、上司は、さまざまな実験結果を部下に譲り渡して、小保方氏に、論文を急いで書くように勧めた。
この写真は、これらを撮ったもの、この図表は、こうした実験で得られたものと、小保方氏は、若山氏と若山研究員から教えられた。
小保方氏は自らの実験成果と、上司から言われた通りの実験結果とを加えて論文を書いた。
しかし、発表後、上司から論文記述を否定され、STAP実験は正しいことは一つもないとまで言われてしまった。

こうした事件の展開がとても奇妙であり、それがおかしいと感じた一般の人達は少なくない。
彼らは、一研究者ブログでさまざまな意見交換をしていた。

一研究者ブログは、膨大過ぎて、学とみ子の手には負えないが、ふと、学とみ子が気になったら、時に、過去の投稿を覗いて論評をしてみようと思う。


>1106. 在米ポスドク
2015年03月13日 22:29
>>1103. 1103さん(これが書ける日がこようとは・・・)
>>1105. 1103さん

STAP論文騒動が特に話題になったのは、理研による発表時の過剰な宣伝が最大の原因であることは論をまたないですが、他の不正・捏造と比較しても異質なものを感じます。

>>どこも特殊な事件ではなかったのではないか
職業柄、たくさんの「あやしい」論文を存じておりますが、多くは、ワトソン氏の言う「お化粧」であったり、データの解釈を甘くしていたり、と、「不正」には違いないけど論文の結論が変わらないものです。(それでも故意である事が発覚すれば地位を失います。故意でないと主張して、論文に訂正を出して済ませる人が多いようです。)
しかし、STAP論文のように、完全に主張の全てに根拠がない論文は、あまり類を見ないように思います。思いつくものでは、3大捏造の他の2つとか、スペクター事件とか、阪大のPTEN論文くらいかな。

故意であったかどうかは分かりません。
故意であれば言語道断ですし、たとえ過失であってもデータを丹念に検討する誠実さをわずかでも持っていれば未然に防げたはずです。結果的に、「誠実さ」を科学者全体が失っているかのような印象を国民に与えてしまった点が非常に残念です。



以上は、在米ポスドクさんであるが、ESを使ってSTAP細胞を作製したら、研究不正の悪質性は極めて高いと言っている。
学とみ子も同感だ。
しかし、その悪質性に見合うようなバッシングは、科学界からは起きていない。
だからこそ、小保方氏のESねつ造を信じている人は、少ないのだと思う。
ESねつ造者小保方氏が真実であったら、科学界の小保方バッシングは、相当に厳しいものであろう。

つまり、生物を専攻している科学界は、小保方氏のESねつ造など信じていない。
その理由は、小保方氏によるねつ造は、手技的にも極めて難しいからだ。
小保方氏が混ぜられる時期が極めて、限られる。
運よく、小保方氏が故意にESを混ぜられたとしても、その後の引き続きの実験は、別の実験者の手にわたり、別の実験者が実験を行う。
こうした実験形態で、最初の実験者が質の違う別の細胞を渡して、次の実験者をだます事などできないからである。


桂調査委員会が確定した小保方氏の研究不正は、上でポスドク氏が指摘した、いわゆるお化粧である。
それも、小保方氏は、上司から、どう指導されたのかはわからない。

若山研究室では、メチル化実験はよくやられる実験であった。
しかし、メチル化実験などは、生物を用いた実験なので、結果判定にばらつきがある。
メチル化実験手技に精通し、手慣れた若山研究室の実験者たちが、小保方氏に判定基準を教えたら、小保方氏はその基準に従って、結果判定を出すだろう。
実験や、結果判定に熟知しない実験者は、それで良いと思ってしまうものではないのか?

後から、調査チームから、厳しい基準を持ち出されて、ねつ造だ!ねつ造だ!と言われたら、新人はどうしようもないだろう。


以下のコメントは愚民氏である。

愚民氏は、理研が小保方氏を訴訟しないのは、理研は、小保方氏が混入犯とは思っていないからだと、論じている。
そう思って言う人たちは、多いと思う。

結局、桂報告書は実験ミスを示唆したが、これでは、STAP細胞体の多能性とは別の評価である。

小保方氏がESを使ってSTAP細胞をねつ造したのが事実であるなら、そして、理研がその証拠をもっていたら、理研は、損害賠償を請求する行動にでなければいけない。

STAP論文は、複数の部署の別の研究員がかかわっている。
ESねつ造が事実なら、小保方氏の行動を不審と思ったり、おかしな実験結果に疑問を感じた人も多いだろう。
そうした人たちはすぐ証人になる。
理研は、疑惑を感じた人の証言なぞ、やすやす手に入るはずだ。
多くの実験結果の記録からでも、容易にESねつ造の証拠などつかめるはずだ。
論文が発表になるまで待たない時点で、すでに大騒ぎになるのだ。

愚民氏は以下のように、書いている。

1159. 愚民
2015年03月19日 18:28
> ドクターT氏も指摘していましたが、告訴見送りは事実を推定するにあたってわりと大きな意味を持ちます。
もしも理研が、小保方氏が単独でES混入をした可能性が高いと判断していた場合、暴挙としかいえない石川氏の場合と違って理研には告訴するだけの根拠がありますし、刑事告訴し事件化した方が詐欺師に騙された被害者の立場を取れるので、理研にとっては大きなメリットがあります。小保方氏が単独で詐欺行為を働いていた場合、理研が小保方氏を守る理由などどこにもないわけで、被疑者不詳の偽計業務妨害罪で告発して捜査を司法に任せることで、名誉毀損などの訴訟を起こされる危険を負うこともなく真相解明に繋げることが出来ますし、それが理研の信用回復のために最も効果的な対応と言えるでしょう。

もし本当に誰かが故意に混入させた可能性が高いのであれば『告訴の要件に該当するような疑義がない』とはならないわけで、仮に捜査が行われた結果として犯罪性が認められず立件に至らなくても理研には何の責任も生じません。理研は被害の報告をすれば良い事なので、そこに犯罪性があるかないかは理研が立証すべきことではありません。←ここ勘違いしている人も多い。基本的には告訴によるデメリットはあまりないのです。
なのに告訴をしなかったということは、理研本部も小保方氏はやっていないと認識している可能性が高く、それは即ち石川氏が刑事告発した窃盗事件も存在しないということだし、そうなると告発者側に何らかの嘘がある可能性も出て来ます。あるいは、不正調査にあたって関係者がなんらかの不法行為を働いていて、それを表沙汰に出来ないという可能性もあるかも知れません。
いずれにせよ、小保方氏の故意による混入の可能性はかなり低くなったと言えるでしょう。



追記
一言居士さんのコメントです。

>まして、登録されていない新たにできたSNPsなんて調べられてはいません。

学とみ子が言及してるのは、FES1と2及び、129/GFP ESの間でSNPが違うという話で、それぞれ独自にSNP変化(1塩基突然変異変異を含む)し、その変化が、お互いのどの細胞に近いかのを論じてます。


追記
はなさんのコメントです。この方のコメントは、ホント、質が悪くて、無視すべきカテゴリーです。

>今では「ああ、いたね。酷かった。あの事件の所為で実験ノートの取り扱いが厳しくなって使いづらくなって困る」と言っていました。

科学者なら、分野を問わず、STAP事件は、謎が多いと認識できます。そう思わない科学者なら、レベル低いです。

科学音痴のはなさんに反STAP情報や、小保方悪口を吹き込んで、はなさんにコメントを書かせていますね。

無批判に小保方悪口を、書き込ませようと画策する人が、はなさんのそばにいます。
はなさんも、喜んでこの画策者たちに利用されています。
はなさんは、彼らとのお付き合いの毎日なのでしょう。

一方、アノ姐さんは、ご自身で、いろいろ考えているようで、はなさんとは質が違いますね。

ため息さん、アノ姐さんの疑問に答えてあげて!


追記
一言居士さんが、学とみ子の文章を添削している。こうした行為は、やめてほしい。元の文章の意味が違ってしまう。[てにおは]や[も]は、単純ミスの場合がある。それを承知で、皆さん読む。日本語に慣れない人が書いた!とか言わないでほしい。
どうしてそういう評価をするのか?

一言居士さんは、以下の[も]がおかしいと言っているが、学とみ子のミスです。狭い画面のFcブログの制約下で学とみ子は、短時間で書いた結果です。混乱させてすみません。一見居士さんは茶色

>129もB6の両マウスは、マウス交雑の結果ヘテロであることから、F1において、

この後に、特異的SNPとかの文字を、一言居士さんは補足してるけど、これでは間違いになる。

129やB6特異的SNPの話なんかしていない。そもそも、学とみ子は、特異的SNPの具体的塩基は知らない。そんな専門的なことまで、桂報告書にはかかれていない。学とみ子は、ただ、桂報告書にあることを解説してるだけです。一言居士さんは、1塩基単位で起きる突然変異について、考慮できてないです。だから、同じく、そこが理解できないため息氏と議論すればよいです。

学とみ子は、他の遺伝子構造の話はしていない。一言居士さんの添削により、どんどん違う方向の学とみ子文章になってしまう。

ため息氏を教育したいなら、一言居士さんの作文でお願いします。ご自身の理論を展開したら、それで十分でしょう?他人の文章には、書き手の著作権があります。
勝手に直したり、文章を足してはいけません。


以下の一言居士さんの文章も、とんでもなくヒドイので、止めてほしい!
ため息氏は、SNPの理解ができてないし、一言居士も同様にできてないから、ため息氏が正しいと感じてしまう。

一言居士さんは、特異的SNPなどと、不用意に出してきたり、一般的SNP頻度の話を持ち出してきたりしてはいけない。ここは、そうした話では無い。特異的SNPは、除いた後に、塩基の差異を比較しての議論だ。そうした認識が、一言居士さんに欠けている。

>同時期に同じ近交系マウス同士の親を交配して作ったらしきFES1とFES2のSTRが違ってるなんてありえないと知らねばなりませんね。

こうした、当たり前の事は、議論の対象でない。ため息氏は、お弟子さん向けに教科書を書いてパフォーマンスしてるだけです。

ため息氏は、議論のリーダーシップをとってるかのように装うために、初歩的なことを、しつこく書いてくる。

学とみ子が問題視しているのは、初歩的主張の先だ。ため息氏は、まだ、到達できてない。そうしたやり取りを、一言居士さんは捉えて、ため息氏は正しい、学とみ子は間違いと言う。ホント、こうした展開を止めて欲しい。


一言居士さん、ため息グループおちょくりのターゲット材料を提供しないでください。
一言居士さんが以下のように書くのは、学とみ子潰しにあらゆる罵倒を繰り返すため息氏に美味しいおかずを提供する事だ。

>私はこれをスピン屋同士の芝居だと見做したわけですけど、Ooboe さんはそうではないとおっしゃるので、学さんの誤解だとして指摘し続けなければならないようです。


スピン屋同士の芝居とみるなら、それでいいですよ。
学とみ子は、学とみ子の考察を続けます。

学とみ子の誤解と決めるために必要な科学論拠は、今の一言居士さんにはないです。

後から、裁判沙汰になっても、理研の調査チームは負けないだけの理論武装をしています、
幹細胞作製時のミス(可能性)と、桂報告書に書き込んだのも、そのためです。
BCA論文に、FES1 FES2の作製時期に関する疑問を盛り込んだのもそのためです。
そして、小保方氏のねつ造は図表の不正だけの認定でした。
小保方氏のESねつ造には証拠がなく、実行不可能でもあるけど、一般向けに印象操作して、そう思わせる方向づけをしたのです。
理研は、実質的には、ESが混じった原因として、複数の可能性を用意して訴訟に備えています。

一見居士氏は、自身の日本語は完全と言いたいのだろうが、彼の文章は意味がわからないところがあり、読むのが疲れる。

学とみ子が一言居士さんの文章を読んでも意味がわからず、他の部分を読んで初めて、前の意味不明だった文章の意味が学とみ子にわかる。一言居士さんが言いたかった事が、後になって初めてわかるといった具合である。

一言居士さんの文章に、興味深い記事が書かれていても、断片的で終わってしまう。学とみ子がなるほどと思って、一言居士さん文章をフォローしていると、視点がずれていく。

それで、あっちも、こっちも、想像しながら、読者が一言居士文章を読まないと、読者には意味がわからず、結果、読者は疲れてしまう。

基本となる知識が、読者と共有できてないから、こうしたチグハグが生じる。


今回の一言居士さんは、学とみ子が間違いと露骨に書いてきたので、アルイミ氏と同じになった。
だから、今後は、一言居士さんの文章は、読まないようにしようと思う。

最後に、一言居士さんのこれだけの文章の中にも間違いがある。

>学さんは新たに増えたものを調べていると思われているが、そんなところは調べられてない。

膨大にあるSNPの違いの中から、調査チームは、FES1と2の間で差異がある塩基変異を選んだ。
FES1,FES2のそれぞれの細胞が、他のどの細胞と近縁であるかを見るためである。
近縁である程、一方の細胞は、他方から作られてから時間が経っていないということがわかる。
細胞は、培養をくりかえすと、1塩基変異が増えてくるので、最初は同じ細胞でも、違う塩基の細胞になってしまうのである。

調査チームが調べたのは、塩基差異の一部であろうが、親マウスからも来ていない(と考えられる)の塩基の1290箇所を選んだ。
ここは、FES1あるいはFES2が独自に塩基変異した部分と思われる。親マウスから来ていないと言ったときに、登録されたSNPは、すでに除外されているが、そうした基本を、一言居士さんは読めていない。それにも関わらず、学とみ子の方が間違いと言う。



調査の結果、この場所の塩基が、FES1とSTAP幹細胞で共通だったとの結論だ。
だから、STAP幹細胞は、FES1から作られたと判断されたのである。
しかし、それでも、STAP幹細胞、FES1とは、30%で塩基が異なっていた。
ぴったり一致したのは、129/GFP ESなのだ。
つまり、FES1を何度も継代すると129/GFP ESになる可能性を、調査チームは指摘している。

129、B6として登録されたSNPの話では無い。
なぜ、調査チームが、FES1と2の違いを調べたかの理屈を、一言居士さん、ため息さんは、理解してない。
アノ姐さんも考えて到達できたストリーを、ため息さんは考えていなかった。

そして、ため息さんは、こんなごまかしを言った。青字
>培養中に生ずる変異については、あえて書きませんでした。

ため息さんとは、そうした人なのだ。
後からいくらでも、直すし、ごまかして、相手の間違いと言い張る。

でも、たぶんまだ、調査チームが、FES1と2の違いを調べたかの理屈をため息さんは理解できていない。
理解できたら、又、学とみ子の無知と持っていくのだ。
さんざん、ご自身が書いてしまった文章は、都合よく又、書き直すのでしょう。

見苦しいため息さんです。青字
>当初は調査報告書には書いていない「SNPsも合わない理由を、調査チームは、マウスのコロニーが違うと説明している。」ことを自説に合うことを捏造し、理解できていなかったからです。
学とみ子は自説・解釈に誤りがあっても、決して認めず、話をずらしますので、しつこく言っているわけです。


桂報告書になく、BCAにある記載については、学とみ子は、報告書と書かずに、調査チームという言葉を用いている。
遺伝子の構造的な変化は、減数分裂時に生じやすく、1塩基変化は、マウスでも細胞でも起きうるので、どこで起きたのかはわからない。
マウスコロニーでの塩基変化と、幹細胞になってからの塩基変化とは、後からでは、必ずしも区別できない。
そうした意味で、下記の論文もprobablyとかの語句が入っている。
学とみ子にいろいろ指摘されても、こうした大事な思考材料を、ため息さんは思いつかないのだ。
そして、最初からわかっていたとごまかす。

そもそも、ここの問題点が最初から、把握できている学者なら、もっとスマートに立ち回れるよ。


These differential SNP clusters probably arose from chromosomal heterogeneity in the parental mouse colonies when FES1 and FES2 were established. It is highly unlikely that the Acr/cag-GFP STAP cell lines and FES1 all independently acquired these two unique deletions and inherited the same three mosaic chromosomes from parental mice. An ES cell stock,129/GFP ES, was also found to share all these genomic features (Extended Data Table 1). After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005. Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFPES cells are nearly identical、but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.

 

 

ため息さんの質問に、学とみ子は答える立場に無い!。
なぜなら、ため息さんの学とみ子否定は、単に科学的論争にとどまらず、人格否定にまで及ぶから。

さらに、ため息ブログ全体のメンバーが発する学とみ子否定の言葉は、どの人もきわめて攻撃性が高く、悪質度も高い。
どの人も、「学とみ子なんて大っ嫌い!反社会的な奴!」のオーラやメッセージを漂わす。

それだけなら、人の好き嫌いの範疇と学とみ子はあきらめるが、「学とみ子はでたらめを書いている!」とため息グループが言うから、当方もムキになる。

結果、学とみ子側も右に倣え!とばかりに、相手への攻撃性が激しくなる。
特に、科学者であり、一般人でないため息氏に対しては、学とみ子は遠慮をする必要はないと思う。

一般的に、コメントは匿名であるからして、議論相手をどんなに否定しても、罵倒しても、知らん顔ができる。
やり直したいときは、HNを変えれば済みだけの話だ。
オホホポエムの書き手と、似たようなメンタリティーと思う。

そうした攻撃性の強い人たちは、知識層や科学者層にはいるし、そうしたタイプの人たちが起こしたのがSTAP事件だ。
小保方氏は、知識人として努力したが故に、悪質な知識人から攻撃され、その犠牲になったと思う。


2019年12月5日 7:53 AM の ため息コメントだ。

>近交系とは、兄妹の掛け合わせを繰り返し、相同染色体が同一染色体で構成されるようにしたコロニーでしょ。この場合、配偶子作成時に交叉が生じても同じものが交換されるだけだから均一な配偶子になるわけですな。

そもそも、昔のひげをはやした偉い人をまねて、ため息氏、plus氏らは、えっへん!と言わんばかりの言葉使いになる。
なぜ、もっと、対等な議論の席につけないのでしょうか?
これこそ、男性特有の差別主義者、そのもののような気がします。

激しいため息グループから人格攻撃を受けながら、それでも、学とみ子がブログを書くのは、STAP事件について、議論の輪を続けたいと思うからです。

そうした意味で、学とみ子は気を取り直して、今回も、若干、ため息さんからの質問に答えてみようと思います。

学とみ子は、ため息さんに、勉強してから考察を書くように言ったのに、ため息氏は、全く、それをしていません。
近交系は、クローンマウスではないので、98%で一致しても、残りの2%で一致しなければ、減数分裂で配偶子に多様性が生まれます。
近交系マウスの2%の差異の影響は、配偶子形成後の多様性に無視できないのだよ、ため息さん。
もっとも、調査チームが、FES1 FES2問題を論じているのは、ここではないけどね。
調査チームは、幹細胞成立後に起きた塩基変異が焦点だ。

何度も出てくるが、桂報告書の以下の6頁部分が、FES1 FES2問題の鍵となると思う。

今回 4 種の幹細胞には、第 6、第 11、第 12 染色体上に 129 に特徴的なクラスターが、また第 17、第 18、第 19 染色体等に C57BL/6 のクラスターが 認められることから、TaqMan PCR によって観察された 129 ホモの SNPs はこれら幹細胞 の作製に使用したマウスに存在した遺伝的背景の不均一性によるものと結論づけた。 ES 細胞 FES1 と FES2 でのみ異なる SNPs に関して、両者の遺伝的背景の相違によると 判断された上記第 6、第 11、第 12 染色体の SNPs クラスターを除外し、残った 1,290SNPs を用いて比較を行うと、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 129/GFP ES は同一細胞株といって良い程の高い類似性を示すことが判明した。従って、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および 129/GFP ES は同一の細胞由来であり、ES 細胞 FES1 と同 一、あるいはそれから派生した株の可能性が高い、と結論づけた。

FES1 FES2の作製時、親マウスがどのような状態であったかはわからない。
但し、同じ受精卵由来でないことはわかるが、両者のSNPが離れている原因が謎になっている。
それをワトソンさんも問題としていた。
ポスドクさんは、この問題には直接には答えていない。

それぞれ、129もB6の両マウスは、マウス交雑の結果ヘテロであることから、F1において、129/B6とならずに、129/129、B6/B6の組み合わせができうる。
2003年に若山研究室に入導入されたアクロシン入りB6マウスは、FES1 FES2の親となったが、その遺伝子の詳細は公表されておらず、やはり129マウスのコンタミは起きていた。
つまり、FES1 FES2のSNPの様相は、ヘテロな親から引き継いだものと、ES作成後に生じてきた1塩基変異を合わせて考える必要がある。

TaqMan PCR 法を用いた SNP 解析でまず、調査チームは、以下のように言っている。桂報告書の5頁

>本来は全ての SNPs で 129 と C57BL/6 のヘテロ接合体になるべきと考えら れたが、実際は、FES2 を除く 4 株では、調査した 99 か所中 4 か所において 129 由 来のホモ接合体になっていた。このことは、これらの幹細胞を作製したマウス系統 の遺伝的背景に不均一性があったため生じた可能性と、これら 4 か所において突然 変異が生じた場合とがあることを示していた。実際、若山研で飼育されていた Acr-GFP/CAG-GFP マウス(遺伝的背景は C57BL/6)には、その遺伝的背景に不均一 性が見られた

大事なのは、”4か所の突然変異が起きた” の桂報告書の記載である。
この結果から、調査チームは、これら幹細胞が作成後も塩基変化したと考えて、次に、NGS解析をした、
親マウスのヘテロの影響を除いて、調査チームがFES1 FES2間において、塩基変異を1290箇所、見つけた。
桂報告書にも書かれているが、以下のBCA論文でもはっきり書かれている。

After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005.


このようなSNPが重なっていくためには時間軸が影響し、細胞培養を繰り返す必要がある。
FES1 あるいは、FES2は、細胞培養を繰り替えした結果、新たな塩基変異が加わり、SNP(突然変異を含む)が離れてしまったのではないかと、調査チームは考えている。

ため息さんは、ここの記載を十分に考慮できていない。
ため息さんの頭の中は、親のヘテロしか考えられないのである。

ため息コメント
①②も似たような質問だが、
>②「交雑した親マウスからの影響を取り除いても、説明できない塩基変化が、FES1と2の間にあるという話」てなぁに?

ため息さん、ここまで、説明したから、もう、理解しなさいね。

ため息さん曰く
>学とみ子曰く:「この意味がどのような重みをもつか、生物学を少しでも知識を持ち合わせる人であることが必要でしょうね。」
シュレディンガーの狸さんのご意見がもっともです。
学とみ子は揚げ足取りだとか、意味を読み取れない方がおかしいと言うでしょうが、このような意味不明な文章が非常に多く散見されます。推考してから①、②の答えは公開するようにね。

失語症のブローカ野に障害のある方の発言のようなんだよね。



失語症の人が、健康の人に何かを教えることができるの?

学とみ子は、「この意味がどのような重みをもつか、生物学を少しでも知識を持ち合わせる人であることが必要でしょうね。」
と書いた。
この玉虫色の文章は、相手への攻撃性を減じて婉曲表現したいからです。

もちろん、学とみ子は文章が上手ではないですが、この文章に触れた人たちは、なんで、意味が通じないと感じるのでしょうか?
そうした勘が悪い人のために、学とみ子は文章を補いましょう。

「この意味がどのような重みをもつか、(もし、あなたにわからなければ、今からでも遅くありません。ぜひ、勉強してください。Octの微妙な変化を見出した研究者たちと喜びを共有したいなら、あなたは)生物学を少しでも知識を持ち合わせる人であることが必要でしょうね。」

 

 

ため息さんのトンデモコメントです。

>同じ親から生まれた兄弟姉妹のSNPsは同一ではないでしょ。お医者さんなんだから理解してよね。恥ずかしいな。


[学とみ子はここすら理解できてない] と、ため息さんは、デタラメを書きます。これだけ、ハッキリとため息さんがでたらめを書けば、誰の目からも、印書操作であるとわかります。
ヒドイですねえ。

学とみ子が言ってないことまで、ため息氏は [言っている!] とのデタラメを書く。こんなデタラメを書いて、なんで、ため息さんは気がとがめないのかな?

ため息作文を、学とみ子が [言った!][言った!] と騒ぎ回るため息氏です。

さすがにここまで露骨に印象操作すれば、ため息さんの本質がわかりますね。

ご自身が理解できないことを、学とみ子が書くことが、ため息さんは腹立たしくてたまらないようです。困ったものです。甘やかされた人生ですね。


>FES1とFES2のSNPsを調べたら一致していないというのは親が同一であっても近交系でないということで説明できるわけですな。

もう、そうしたレベルの話ではないのですが、ため息さんはついてこれなくて、初心者向け解説を繰り返しているだけです。


>「SNPの違いの様相から、FES1とFES2の親マウスは同時期のものではないのでは?と、調査チームは、疑っています。」なんていう発言は、少なくとも昔細胞生物学・発生学を勉強したはずの医師とは思えない発言なので恥ずかしいから撤回したらどうでしょ。


どうして、学とみ子がそう言っているのか?を、ため息氏は考えることができないようです。交雑した親マウスからの影響を取り除いても、説明できない塩基変化が、FES1と2の間にあるという話が全く理解できないのでしょう。

ただただ、ため息さんの頭では理解できてないだけです。ため息さんが理解できない事は、デタラメと判断するのですね。

なんで、勉強しないのですか?お弟子さんの前で、なんとか反論しないとまずいでしょう?

兄弟の遺伝子が違うなどを持ち出してきて、学とみ子が間違っているなどと触れ回るのは、科学者の文章ではないでしょうし。

ため息さん、
母性、父性の染色体が、どこで混じり、かつ離れていくかの基礎知識に戻って勉強しなおすこと。複数の機会で染色体が混じり、離れるのは、どの時点か?。

それが済んだら、
系統の違うクローンマウスの掛け合わせで、子マウスの遺伝子に何が観察出来るか?

同じく、近混系マウスの交配では、どうか?

マウスや細胞を継代すると、遺伝子に何が起きるか?

遺伝子のイベント時期がわからなくても、後から調べてどこまでわかるか?

勉強したら、皆さんに教えてください。
 

 

 

体内時計さんが、興味深いコメントを紹介してくれました。

>ワトソンさんと在米ポスドクさんの議論を彷彿とさせますね。

”彷彿とさせますね” の意味は、よくわかりませんね。
ため息さん(在米ポスドク側)が、学とみ子(ワトソン側)を説得しているという構図ですか?

体内さんは、まだ、ため息氏をヨイショしているのですか?
今度のため息コメントは、大丈夫なんですかね。


では、ワトソンさんの議論をみていきましょう。


>615. J・ワトソン
2015年03月01日 09:45
614. マウス取り扱い経験者さん
>親が持っていた変異のうち、親の細胞全てに固定されていたSNPならば、FES1と2ににも固定され、検出されるはずです。しかし、これらは二つの細胞に共通するSNPとなるので、そのFES1固有のSNPではなく、取り除かれます。

報告書(b)の3)には、FES1とFES2についてこう書いてあります。
*****
ES細胞FES1とES細胞FES2の樹立当時、交配に用いられた親マウスの遺伝的背景は均一ではなく、第6、第11、第12染色体のこれらの領域がB6のSNPsのものと129のSNPsを持つものが併存していたと推定される。そして、ES細胞FES1とFES2は、樹立時にそれぞれ異なるSNPsを持つ染色体を親マウスから受け継いだ可能性が高い。
*****

つまり、FES1とFES2の親マウスは当然同じではなく、近交系と言っても遺伝的には「不均一」であり、異なる「SNPs」をもっていたということでしょう。・・・




>622. J・ワトソン
2015年03月01日 18:19
618. 在米ポスドクさん
>「そして、ES細胞FES1とFES2は、樹立時にそれぞれ異なるSNPsを持つ染色体を親マウスから受け継いだ可能性が高い。」
>この記述を素直に読めば、FES1とFES2が同じ親マウス由来で、それぞれ異なるSNPsを持つ染色体を受け継いだ、と解釈することになるでしょう。

しかし、その前に、「ES細胞FES1とES細胞FES2の樹立当時、交配に用いられた親マウスの遺伝的背景は均一ではなく」とあります。この記述を素直に読めば、親マウスは別だとしか読めないのです。遺伝的背景が均一でない同一マウスというのも想像しにくいですから。

>報告書の続きには、
> 「ES細胞FES1とFES2でのみ異なるSNPsに関して、両者の遺伝的背景の相違によると判断された上記第6、第11、第12染色体のSNPsクラスターを除外し、」
とあるため、この遺伝的不均一性は今回の解析には影響していないのではないですか?

問題は除外されなかったSNPsの方です。こちらが「遺伝的背景の相違によらない」と「判断された」根拠が示されていないのです。



639. J・ワトソン

> 2015年03月02日 11:44
在米ポスドクさん

何度も繰り返し言っていることですが、報告書(b)の結論はFLS3とFES1が「同一と言ってもよいほどの高い類似性を示した」なのです。ですから、FLS3とFES1を直接比較したデータがない限り、この二つの細胞の同一性については何も言えないのです。それを出していない時点で、「アウト!」です。






ワトソンさん(青字)は、ESの混入でないと主張するために、盛んに在米ポスドクさんと議論していたのですね。

>つまり、FES1とFES2の親マウスは当然同じではなく、近交系と言っても遺伝的には「不均一」であり、異なる「SNPs」をもっていたということでしょう。


ワトソンさんの言う通り、FES1とFES2の親マウスは当然同じではないし、そのSNPは異なります。
さらに、SNPの違いの様相から、FES1とFES2の親マウスは同時期のものではないのでは?と、調査チームは、疑っていますね。

FLS3、CTS1、129/GFP ES (FES1)で、SNPが一致するのですが、そのSNPは、交雑した親マウスから来たものでなく、細胞になってから獲得した突然変異によるSNP変異である可能性を、調査チームは指摘しています。
ですから、調査チームは、親マウスにないSNP変異が複数にある事を証拠にして、129/GFP ES (FES1) が混入したと言っています。


桂報告書では、129/GFP ESの混入であると言っているのは、もう誰でも理解しています。
5-7頁では、その根拠を科学的に書いてあります。
ところが、桂報告書では、13ページ以後になると、小保方氏が混ぜたと思わせるような書き方をしています。
印象操作を目的に書かれた部分ですので、5-7頁を書いた人とは別の人ですね。
格調の落ちる調査員が後で足したのではないか?と疑りたくなるような書きぶりです。

調査チームが、5-7頁で書きたかった内容とは違うと思います。
ESの混入は、幹細胞の実験中に混じったと、桂報告書は言っていますね。
しかし、多くの読み手の理解は、十分でないようです。
当時、ワトソンさん、在米ポスドクさんもそんな読み方をしていませんし、議論になっていないようです。

STAP論文に記載された作り方では、元マウスが違うのでFLS3, CTS1の遺伝子は、そっくり同じになるはずがないです。
ところが、現実には、両者の遺伝子構成は同じでした。
さらに、129/GFP ESとも同じ遺伝子構成でした。
129/GFP ES、FLS3, CTS1は、同じ遺伝子構造でした。
その理由は、幹細胞作製時のミスです。
129/GFP ESが混じり、FLS3, CTS1が、生存力の強い129/GFP ESに入れ替わってしまったというストリーが書けます。
129/GFP ESの混入は、幹細胞作製時のミスを、桂報告書は疑っています。

桂報告書は、その可能性をはっきりと書けなかったということなのでしょう。

近交系マウス由来同士に、予期せぬ交雑がおきると、別の系統のSNPが、マウスに入ります。
さらに、交雑が進むと、別の系統のSNPをホモでもってしまうことがあります。
かつて混じったというと証拠でしょうが、近交系コロニーに戻して年数が経つと、次第に別の系統由来SNP変化が少なくなり、ワトソンさんらは、薄まると表現されたと思います。

以前に、専門家の方が、ヘテロはホモに収束するとか書ていたのを見ましたが、細胞は独自に、SNPの修復を行うと考えて良いのかな?、ここは確かでないです。

しかし、年数が経つと、新たに、継代に伴い、細胞自体に1塩基の突然変異が起きてくるので、又、別の1塩基変異が加わってきます。細胞独自で獲得したSNP変異が、2種の細胞間で共通した時、同一細胞である強力な根拠になるということだと思います。
調査チームの解析でも、(親にはない)細胞自体の塩基の突然変異を、2細胞で共有する事が、細胞の同一性判断に利用されています。



追記
plusさんのコメントです。

>その人たちの目には学おばあちゃんの頭の程度はどう映っているであろうかと。

この方、いろいろな学とみ子の指摘に気づいていても、自らの科学知識不足への腹立たしさから他人に攻撃的となり、学とみ子を全面否定したくなるようです。

体内時計さんからのコメントです。

>在米ポスドクさんが仰るように「遺伝的背景」の意味がわからないがために発するコメントだと思いますし、それに同調する学さんも同レベル、ということになるのでしょうね。

>このような出鱈目を書いていますし、在米ポスドクさんのコメントを紹介するだけ無駄でしたね。

学とみ子の説明の理解ができてません。ESが混じったという桂報告書の裁定は、ポスドクさんと同様に、学とみ子も理解して、その根拠と理由をここで書いているのに、体内時計さんは、読み取れていません。体内時計さんが、小保方捏造説をフォローした専門家の見解を紹介してきても、学とみ子は、学とみ子の見解を書くことはできます。

科学は、印象操作をサポートしません。これって、大事です。


勘違いのため息さんが正しいと信じる立場を離れないと、体内時計さんは、STAP事件を誤解したままで、学とみ子が腹立たしくてたまらないと思います。体内時計さんの素朴な疑問は、初心者向けですから、後からSTAP事件をフォローする人には有用でしょう。
でも、体内時計さんの認識は、間違いだらけ。だから、初心者は、そこから学べます。

親マウスが過去に混じっても、その後にどのような塩基変化が、マウスコロニーや作成後の幹細胞に起きたか?について、学とみ子は、書いています。



体内時計さんからのコメントです。

>①STAP幹細胞や FI 幹細胞の作製時にES細胞が混入した可能性
②ES 細胞作製時に STAP 幹細胞や FI 幹細胞が混入した可能性

2 は、単なる付け足し。1 を言いたくて、2 があります。そういう分かりにくい無駄な印象を与える文章に、鍵があります。
研究者なら、盗んで捏造説より、実験中のミスの方が、想像しやすいです。まずは、そこから考えるのが普通でしょう?だから、STAP事件は、特殊です。
学とみ子の主張が変わったというのは無く、いろいろ考えています。

 

 

hidetarouさんのコメントです。
ここの記事に貼り付けます。

>Teabreakt2さんへ
もし、此処のブログを閲覧しておられるなら、スタップ特許の最新情報として日本の特許サイトのリンクを貼ります。
現在の状況は、拒絶査定が出たあと3ヶ月の期間延長を申請したあと代理人変更届けと意見書を提出していました。
是非ともご意見を聞かせて欲しいです。
https://www.j-platpat.inpit.go.jp/c1800/PU/JP-2015-516812/4D92FD4AEBCC7C813319CF58F47322014AE0C30B0CE7C9F998A6F49668E6F57A/11/ja

 

 

桂報告書の難解な部分です。専門家でも難しいのだから、私たちも議論を続けていきましょう。

桂報告書 6ページ 青字
ES 細胞 FES1 と同時に樹立された ES 細胞 FES2 は、 ES 細胞 FES1 とかなり類似した SNPs 分布を有するものの、第 6 染色体、第 11 染色体お よび第 12 染色体の一部に ES 細胞 FES1 と異なる領域が存在していた。これら 3 領域で は、 ES 細胞 FES2 で B6/B6 の SNPs が ES 細胞 FES1 ではおしなべて B6/129 となっており、 また、ES 細胞 FES2 で B6/129 の SNPs は ES 細胞 FES1 で全て 129/129 であるという極め て特徴的な SNPs パターンの相違を示した。このことから、ES 細胞 FES1 と ES 細胞 FES2 の樹立当時、交配に用いられた親マウスの遺伝的背景は均一ではなく、第 6、第 11、第 12 染色体のこれらの領域が B6 の SNPs のものと 129 の SNPs を持つものが併存していた と推定される。そして、ES 細胞 FES1 と FES2 は、樹立時にそれぞれ異なる SNPs を持つ 染色体を親マウスから受け継いだ可能性が高い。ES 細胞 FES1 と FES2 で異なる SNPs を 示すこれら3つの染色体領域に関して、2012年に樹立されたとされるSTAP幹細胞FLS3、 FI 幹細胞 CTS1 および小保方研ストックの由来不明 ES 細胞 129/GFP ES は、ES 細胞 FES1 とほぼ同一の SNPs パターンを示し、ES 細胞 FES2 とは異なっていた。 上記の 129 由来のホモクラスターは、染色体上の狭い領域に突然変異によって生じた SNPs が点在するものであり、今回 4 種の幹細胞には、第 6、第 11、第 12 染色体上に 129 に特徴的なクラスターが、また第 17、第 18、第 19 染色体等に C57BL/6 のクラスターが 認められることから、TaqMan PCR によって観察された 129 ホモの SNPs はこれら幹細胞 の作製に使用したマウスに存在した遺伝的背景の不均一性によるものと結論づけた。 ES 細胞 FES1 と FES2 でのみ異なる SNPs に関して、両者の遺伝的背景の相違によると 判断された上記第 6、第 11、第 12 染色体の SNPs クラスターを除外し、残った 1,290SNPs を用いて比較を行うと、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 129/GFP ES は同一細胞株といって良い程の高い類似性を示すことが判明した。従って、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および 129/GFP ES は同一の細胞由来であり、ES 細胞 FES1 と同 一、あるいはそれから派生した株の可能性が高い、と結論づけた。


幹細胞の遺伝子構成を考える時は、幹細胞を作製したマウス系統 の遺伝的背景の不均一性と、幹細胞を作成後の培養継代の結果に生じる塩基突然変異を、共に考えなければならない。
後から、いつの時点での変化であったかを決めるのは難しいというところでしょう。
幹細胞を作製した時の、マウスの遺伝子情報があるわけではないし、幹細胞作製時の細胞イベントの現場をつかまえられるわけでもない。

ため息氏の最大の混乱の元は、近交系では、129系あるいはB6系がそれぞれのコロニーで、遺伝子の同一性が維持されている話、そこからF1を作った細胞についての話、さらに過去において、129とB6が混じった話がごちゃごちゃのようです。

F1では、129とB6がランダムに混じりますので、子どもごとに違う遺伝子構造ですが、129B6ES1~6の例でもわかるように、両親がそれぞれ、同じ遺伝子構造なので、その子どもごとに129とB6が混じり方が違っても、それでも、子どもの遺伝子の類似性が高いことがわかります。


ため息さんのコメント 2019年12月2日 4:45 PM

>学とみ子のせいちゃんへのコメントhttps://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1145.html#comment5109の意味が不明ですな。
これで、この二人は意思疎通ができるのですjか。



F1の場合は、それぞれ近交系で、129コロニー、B6コロニーでは、ほぼ同一遺伝子状態であっても、交配してしまうと、できてくるF1マウスは、それぞれ129とB6の混じり方が異なってくる。
FLS、CTSは、129とB6は、同じ遺伝子状態にはならない。
ところが、実際には、FLSと、CTSの遺伝子型が同一だった。
それは、別の1種類の細胞(129/GFP ES)が混じってしまったからである。

学とみ子はそうした話を、セイヤさんとしているのに、ため息さんはここがわからない。
セイヤさん、この領域の話は、ため息さんにはわからないようですよ。
だから、ため息氏がどんなに揚げ足をとっても、気にせず、議論をしていきましょうね。
幹細胞作製時に、ESが混じったというのは、STAP実験の一部での出来事だと思います。

それにもかかわらず、ため息氏は、理屈に合わない話をし続けていて、ご自身で混乱しているようです。
以下のコメントでも、そうした姿勢が見て取れます。これを書いたため息氏の頭は、129とB6が過去に混じった事故のエピソードを考えているだけではないですかね?混じってヘテロになったら、そのヘテロがずっとそのまま続くとでも思っているのでしょうか?
マウスコロニー内での変化を考慮できていないと思います。

>誰も問題にしていないのは両親がヘテロだたでわかるからですね。


このコメントも、ため息氏のご乱心です。です。

2019年12月2日 4:12 PM
>学とみ子は両親がヘテロザイゴート のとき作成される配偶子は均一にならないからその子供同士のSNPは一致しないのがわからない?
近交系というのは兄弟同士等を掛け合わせて、すべての遺伝子(DNA)をホモザイゴートにしたマウス のことでしょ?ホモザイゴートだと減数分裂にのとき、交叉が生じても配偶子の遺伝子構成は変わらないから兄弟のSNPsはほぼ一致する。


ため息さんの頭の中には、過去に129とB6が混じってしまった話と、自然に生じる塩基変化で遺伝子型が変化していく話とが区別つかず、混乱しているようです。

ホモザイゴートとは、129のみで維持、B6のみで維持の場合ですよ。事故的に他のマウスが混じっても、又、ホモザイゴートのコロニー内で、マウスの遺伝子は変化していきますよ。