2019/12/03
体内時計さんが、興味深いコメントを紹介してくれました。
＞ワトソンさんと在米ポスドクさんの議論を彷彿とさせますね。
”彷彿とさせますね” の意味は、よくわかりませんね。
ため息さん（在米ポスドク側）が、学とみ子（ワトソン側）を説得しているという構図ですか？
体内さんは、まだ、ため息氏をヨイショしているのですか？
今度のため息コメントは、大丈夫なんですかね。
では、ワトソンさんの議論をみていきましょう。
>615. J・ワトソン
2015年03月01日 09:45
614. マウス取り扱い経験者さん
＞親が持っていた変異のうち、親の細胞全てに固定されていたSNPならば、FES1と2ににも固定され、検出されるはずです。しかし、これらは二つの細胞に共通するSNPとなるので、そのFES1固有のSNPではなく、取り除かれます。
報告書（ｂ）の３）には、FES1とFES2についてこう書いてあります。
＊＊＊＊＊
ES細胞FES1とES細胞FES2の樹立当時、交配に用いられた親マウスの遺伝的背景は均一ではなく、第6、第11、第12染色体のこれらの領域がB6のSNPsのものと129のSNPsを持つものが併存していたと推定される。そして、ES細胞FES1とFES2は、樹立時にそれぞれ異なるSNPsを持つ染色体を親マウスから受け継いだ可能性が高い。
＊＊＊＊＊
つまり、FES1とFES2の親マウスは当然同じではなく、近交系と言っても遺伝的には「不均一」であり、異なる「SNPs」をもっていたということでしょう。・・・
>622. J・ワトソン
2015年03月01日 18:19
618. 在米ポスドクさん
＞「そして、ES細胞FES1とFES2は、樹立時にそれぞれ異なるSNPsを持つ染色体を親マウスから受け継いだ可能性が高い。」
＞この記述を素直に読めば、FES1とFES2が同じ親マウス由来で、それぞれ異なるSNPsを持つ染色体を受け継いだ、と解釈することになるでしょう。
しかし、その前に、「ES細胞FES1とES細胞FES2の樹立当時、交配に用いられた親マウスの遺伝的背景は均一ではなく」とあります。この記述を素直に読めば、親マウスは別だとしか読めないのです。遺伝的背景が均一でない同一マウスというのも想像しにくいですから。
＞報告書の続きには、
＞ 「ES細胞FES1とFES2でのみ異なるSNPsに関して、両者の遺伝的背景の相違によると判断された上記第6、第11、第12染色体のSNPsクラスターを除外し、」
とあるため、この遺伝的不均一性は今回の解析には影響していないのではないですか？
問題は除外されなかったSNPsの方です。こちらが「遺伝的背景の相違によらない」と「判断された」根拠が示されていないのです。
639. J・ワトソン
＞ 2015年03月02日 11:44
在米ポスドクさん
何度も繰り返し言っていることですが、報告書（ｂ）の結論はFLS3とFES1が「同一と言ってもよいほどの高い類似性を示した」なのです。ですから、FLS3とFES1を直接比較したデータがない限り、この二つの細胞の同一性については何も言えないのです。それを出していない時点で、「アウト！」です。
ワトソンさん（青字）は、ESの混入でないと主張するために、盛んに在米ポスドクさんと議論していたのですね。
＞つまり、FES1とFES2の親マウスは当然同じではなく、近交系と言っても遺伝的には「不均一」であり、異なる「SNPs」をもっていたということでしょう。
ワトソンさんの言う通り、FES1とFES2の親マウスは当然同じではないし、そのSNPは異なります。
さらに、SNPの違いの様相から、FES1とFES2の親マウスは同時期のものではないのでは？と、調査チームは、疑っていますね。
FLS3、CTS1、１２９/GFP ES （FES1）で、SNPが一致するのですが、そのSNPは、交雑した親マウスから来たものでなく、細胞になってから獲得した突然変異によるSNP変異である可能性を、調査チームは指摘しています。
ですから、調査チームは、親マウスにないSNP変異が複数にある事を証拠にして、１２９/GFP ES (FES1) が混入したと言っています。
桂報告書では、１２９/GFP ESの混入であると言っているのは、もう誰でも理解しています。
5-7頁では、その根拠を科学的に書いてあります。
ところが、桂報告書では、13ページ以後になると、小保方氏が混ぜたと思わせるような書き方をしています。
印象操作を目的に書かれた部分ですので、5-7頁を書いた人とは別の人ですね。
格調の落ちる調査員が後で足したのではないか？と疑りたくなるような書きぶりです。
調査チームが、5-7頁で書きたかった内容とは違うと思います。
ESの混入は、幹細胞の実験中に混じったと、桂報告書は言っていますね。
しかし、多くの読み手の理解は、十分でないようです。
当時、ワトソンさん、在米ポスドクさんもそんな読み方をしていませんし、議論になっていないようです。
STAP論文に記載された作り方では、元マウスが違うのでFLS３, CTS１の遺伝子は、そっくり同じになるはずがないです。
ところが、現実には、両者の遺伝子構成は同じでした。
さらに、１２９/GFP ESとも同じ遺伝子構成でした。
１２９/GFP ES、FLS３, CTS１は、同じ遺伝子構造でした。
その理由は、幹細胞作製時のミスです。
１２９/GFP ESが混じり、FLS３, CTS１が、生存力の強い１２９/GFP ESに入れ替わってしまったというストリーが書けます。
１２９/GFP ESの混入は、幹細胞作製時のミスを、桂報告書は疑っています。
桂報告書は、その可能性をはっきりと書けなかったということなのでしょう。
近交系マウス由来同士に、予期せぬ交雑がおきると、別の系統のSNPが、マウスに入ります。
さらに、交雑が進むと、別の系統のSNPをホモでもってしまうことがあります。
かつて混じったというと証拠でしょうが、近交系コロニーに戻して年数が経つと、次第に別の系統由来SNP変化が少なくなり、ワトソンさんらは、薄まると表現されたと思います。
以前に、専門家の方が、ヘテロはホモに収束するとか書ていたのを見ましたが、細胞は独自に、SNPの修復を行うと考えて良いのかな？、ここは確かでないです。
しかし、年数が経つと、新たに、継代に伴い、細胞自体に1塩基の突然変異が起きてくるので、又、別の1塩基変異が加わってきます。細胞独自で獲得したSNP変異が、2種の細胞間で共通した時、同一細胞である強力な根拠になるということだと思います。
調査チームの解析でも、（親にはない）細胞自体の塩基の突然変異を、2細胞で共有する事が、細胞の同一性判断に利用されています。
追記
plusさんのコメントです。
＞その人たちの目には学おばあちゃんの頭の程度はどう映っているであろうかと。
この方、いろいろな学とみ子の指摘に気づいていても、自らの科学知識不足への腹立たしさから他人に攻撃的となり、学とみ子を全面否定したくなるようです。
体内時計さんからのコメントです。
＞在米ポスドクさんが仰るように「遺伝的背景」の意味がわからないがために発するコメントだと思いますし、それに同調する学さんも同レベル、ということになるのでしょうね。
＞このような出鱈目を書いていますし、在米ポスドクさんのコメントを紹介するだけ無駄でしたね。
学とみ子の説明の理解ができてません。ESが混じったという桂報告書の裁定は、ポスドクさんと同様に、学とみ子も理解して、その根拠と理由をここで書いているのに、体内時計さんは、読み取れていません。体内時計さんが、小保方捏造説をフォローした専門家の見解を紹介してきても、学とみ子は、学とみ子の見解を書くことはできます。
科学は、印象操作をサポートしません。これって、大事です。
勘違いのため息さんが正しいと信じる立場を離れないと、体内時計さんは、STAP事件を誤解したままで、学とみ子が腹立たしくてたまらないと思います。体内時計さんの素朴な疑問は、初心者向けですから、後からSTAP事件をフォローする人には有用でしょう。
でも、体内時計さんの認識は、間違いだらけ。だから、初心者は、そこから学べます。
親マウスが過去に混じっても、その後にどのような塩基変化が、マウスコロニーや作成後の幹細胞に起きたか？について、学とみ子は、書いています。
体内時計さんからのコメントです。
＞①STAP幹細胞や FI 幹細胞の作製時にES細胞が混入した可能性
②ES 細胞作製時に STAP 幹細胞や FI 幹細胞が混入した可能性
２ は、単なる付け足し。１ を言いたくて、２ があります。そういう分かりにくい無駄な印象を与える文章に、鍵があります。
研究者なら、盗んで捏造説より、実験中のミスの方が、想像しやすいです。まずは、そこから考えるのが普通でしょう？だから、STAP事件は、特殊です。
学とみ子の主張が変わったというのは無く、いろいろ考えています。
＞ワトソンさんと在米ポスドクさんの議論を彷彿とさせますね。
”彷彿とさせますね” の意味は、よくわかりませんね。
ため息さん（在米ポスドク側）が、学とみ子（ワトソン側）を説得しているという構図ですか？
体内さんは、まだ、ため息氏をヨイショしているのですか？
今度のため息コメントは、大丈夫なんですかね。
では、ワトソンさんの議論をみていきましょう。
>615. J・ワトソン
2015年03月01日 09:45
614. マウス取り扱い経験者さん
＞親が持っていた変異のうち、親の細胞全てに固定されていたSNPならば、FES1と2ににも固定され、検出されるはずです。しかし、これらは二つの細胞に共通するSNPとなるので、そのFES1固有のSNPではなく、取り除かれます。
報告書（ｂ）の３）には、FES1とFES2についてこう書いてあります。
＊＊＊＊＊
ES細胞FES1とES細胞FES2の樹立当時、交配に用いられた親マウスの遺伝的背景は均一ではなく、第6、第11、第12染色体のこれらの領域がB6のSNPsのものと129のSNPsを持つものが併存していたと推定される。そして、ES細胞FES1とFES2は、樹立時にそれぞれ異なるSNPsを持つ染色体を親マウスから受け継いだ可能性が高い。
＊＊＊＊＊
つまり、FES1とFES2の親マウスは当然同じではなく、近交系と言っても遺伝的には「不均一」であり、異なる「SNPs」をもっていたということでしょう。・・・
>622. J・ワトソン
2015年03月01日 18:19
618. 在米ポスドクさん
＞「そして、ES細胞FES1とFES2は、樹立時にそれぞれ異なるSNPsを持つ染色体を親マウスから受け継いだ可能性が高い。」
＞この記述を素直に読めば、FES1とFES2が同じ親マウス由来で、それぞれ異なるSNPsを持つ染色体を受け継いだ、と解釈することになるでしょう。
しかし、その前に、「ES細胞FES1とES細胞FES2の樹立当時、交配に用いられた親マウスの遺伝的背景は均一ではなく」とあります。この記述を素直に読めば、親マウスは別だとしか読めないのです。遺伝的背景が均一でない同一マウスというのも想像しにくいですから。
＞報告書の続きには、
＞ 「ES細胞FES1とFES2でのみ異なるSNPsに関して、両者の遺伝的背景の相違によると判断された上記第6、第11、第12染色体のSNPsクラスターを除外し、」
とあるため、この遺伝的不均一性は今回の解析には影響していないのではないですか？
問題は除外されなかったSNPsの方です。こちらが「遺伝的背景の相違によらない」と「判断された」根拠が示されていないのです。
639. J・ワトソン
＞ 2015年03月02日 11:44
在米ポスドクさん
何度も繰り返し言っていることですが、報告書（ｂ）の結論はFLS3とFES1が「同一と言ってもよいほどの高い類似性を示した」なのです。ですから、FLS3とFES1を直接比較したデータがない限り、この二つの細胞の同一性については何も言えないのです。それを出していない時点で、「アウト！」です。
ワトソンさん（青字）は、ESの混入でないと主張するために、盛んに在米ポスドクさんと議論していたのですね。
＞つまり、FES1とFES2の親マウスは当然同じではなく、近交系と言っても遺伝的には「不均一」であり、異なる「SNPs」をもっていたということでしょう。
ワトソンさんの言う通り、FES1とFES2の親マウスは当然同じではないし、そのSNPは異なります。
さらに、SNPの違いの様相から、FES1とFES2の親マウスは同時期のものではないのでは？と、調査チームは、疑っていますね。
FLS3、CTS1、１２９/GFP ES （FES1）で、SNPが一致するのですが、そのSNPは、交雑した親マウスから来たものでなく、細胞になってから獲得した突然変異によるSNP変異である可能性を、調査チームは指摘しています。
ですから、調査チームは、親マウスにないSNP変異が複数にある事を証拠にして、１２９/GFP ES (FES1) が混入したと言っています。
桂報告書では、１２９/GFP ESの混入であると言っているのは、もう誰でも理解しています。
5-7頁では、その根拠を科学的に書いてあります。
ところが、桂報告書では、13ページ以後になると、小保方氏が混ぜたと思わせるような書き方をしています。
印象操作を目的に書かれた部分ですので、5-7頁を書いた人とは別の人ですね。
格調の落ちる調査員が後で足したのではないか？と疑りたくなるような書きぶりです。
調査チームが、5-7頁で書きたかった内容とは違うと思います。
ESの混入は、幹細胞の実験中に混じったと、桂報告書は言っていますね。
しかし、多くの読み手の理解は、十分でないようです。
当時、ワトソンさん、在米ポスドクさんもそんな読み方をしていませんし、議論になっていないようです。
STAP論文に記載された作り方では、元マウスが違うのでFLS３, CTS１の遺伝子は、そっくり同じになるはずがないです。
ところが、現実には、両者の遺伝子構成は同じでした。
さらに、１２９/GFP ESとも同じ遺伝子構成でした。
１２９/GFP ES、FLS３, CTS１は、同じ遺伝子構造でした。
その理由は、幹細胞作製時のミスです。
１２９/GFP ESが混じり、FLS３, CTS１が、生存力の強い１２９/GFP ESに入れ替わってしまったというストリーが書けます。
１２９/GFP ESの混入は、幹細胞作製時のミスを、桂報告書は疑っています。
桂報告書は、その可能性をはっきりと書けなかったということなのでしょう。
近交系マウス由来同士に、予期せぬ交雑がおきると、別の系統のSNPが、マウスに入ります。
さらに、交雑が進むと、別の系統のSNPをホモでもってしまうことがあります。
かつて混じったというと証拠でしょうが、近交系コロニーに戻して年数が経つと、次第に別の系統由来SNP変化が少なくなり、ワトソンさんらは、薄まると表現されたと思います。
以前に、専門家の方が、ヘテロはホモに収束するとか書ていたのを見ましたが、細胞は独自に、SNPの修復を行うと考えて良いのかな？、ここは確かでないです。
しかし、年数が経つと、新たに、継代に伴い、細胞自体に1塩基の突然変異が起きてくるので、又、別の1塩基変異が加わってきます。細胞独自で獲得したSNP変異が、2種の細胞間で共通した時、同一細胞である強力な根拠になるということだと思います。
調査チームの解析でも、（親にはない）細胞自体の塩基の突然変異を、2細胞で共有する事が、細胞の同一性判断に利用されています。
追記
plusさんのコメントです。
＞その人たちの目には学おばあちゃんの頭の程度はどう映っているであろうかと。
この方、いろいろな学とみ子の指摘に気づいていても、自らの科学知識不足への腹立たしさから他人に攻撃的となり、学とみ子を全面否定したくなるようです。
体内時計さんからのコメントです。
＞在米ポスドクさんが仰るように「遺伝的背景」の意味がわからないがために発するコメントだと思いますし、それに同調する学さんも同レベル、ということになるのでしょうね。
＞このような出鱈目を書いていますし、在米ポスドクさんのコメントを紹介するだけ無駄でしたね。
学とみ子の説明の理解ができてません。ESが混じったという桂報告書の裁定は、ポスドクさんと同様に、学とみ子も理解して、その根拠と理由をここで書いているのに、体内時計さんは、読み取れていません。体内時計さんが、小保方捏造説をフォローした専門家の見解を紹介してきても、学とみ子は、学とみ子の見解を書くことはできます。
科学は、印象操作をサポートしません。これって、大事です。
勘違いのため息さんが正しいと信じる立場を離れないと、体内時計さんは、STAP事件を誤解したままで、学とみ子が腹立たしくてたまらないと思います。体内時計さんの素朴な疑問は、初心者向けですから、後からSTAP事件をフォローする人には有用でしょう。
でも、体内時計さんの認識は、間違いだらけ。だから、初心者は、そこから学べます。
親マウスが過去に混じっても、その後にどのような塩基変化が、マウスコロニーや作成後の幹細胞に起きたか？について、学とみ子は、書いています。
体内時計さんからのコメントです。
＞①STAP幹細胞や FI 幹細胞の作製時にES細胞が混入した可能性
②ES 細胞作製時に STAP 幹細胞や FI 幹細胞が混入した可能性
２ は、単なる付け足し。１ を言いたくて、２ があります。そういう分かりにくい無駄な印象を与える文章に、鍵があります。
研究者なら、盗んで捏造説より、実験中のミスの方が、想像しやすいです。まずは、そこから考えるのが普通でしょう？だから、STAP事件は、特殊です。
学とみ子の主張が変わったというのは無く、いろいろ考えています。