第一報は2009年４月、ＷＨ０（世界保健機構）からもたらされた。
「メキシコや米国で、ヒト‐ヒト間の豚インフルエンザウイルス（Ｈ１Ｎ１亜型）による呼吸器疾患が発生している」という。
当時、東南アジアを中心に鳥インフルエンザ（Ｈ５Ｎ１亜型）が流行しており、このウイルスが鳥から人に感染する事例が数多く報告されていた。この鳥インフルエンザのウイルスが突然変異し、人から人へと感染する新型インフルエンザが発生して世界的大流行（パンデミック）となる可能性がかねてより示唆されていた。そのため、厚労省では、鳥インフルエンザ対策を国家の危機管理に関わる重要な課題と位置付け、流行に備えた準備を早急に進めていた最中の報告だった。
「鳥ではなく豚？」
予想もしていなかった事態に、省内ではあらゆる情報が飛び交った。今では季節性インフルエンザと同じく「弱毒性」であり、死亡率も０・０４５％程度とされている新型インフルエンザだが、当初はメキシコを中心に非常に高い死亡率を記録していることが報じられていたことも危機感を煽った。
情報が少なく、新型インフルエンザの実態がいっこうにつかめないままに、私は迅速な対応を迫られた。私は、河村建夫官房長官（当時）に、「対策本部を立ち上げる必要が出てくるかも知れません」と伝え、まずは「官邸連絡室」を設置し、最悪の事態に備えた準備を急がせた。
同年４月27日、ＷＨＯの緊急委員会は世界的流行の警戒水準をフェーズ３（人から人への感染はないか極めて限定的）からフェーズ４（人から人への感染が増加している）に引き上げた。
これは一刻の猶予もない。「すぐにこの事実を公にしなければならない」
４月28日、朝７時からの緊急記者会見で私は、厚労相として「新型インフルエンザ等感染症」の発生を宣言。同時に、首相を本部長とする「新型インフルエンザ対策本部」の設置を発表。「正確な情報に基づき、冷静な対応をお願いしたい」と呼びかけた。記者団の質問にも答えた。
記者「今日の昼のアメリカからの直行便から、アメリカ、カナダも加えて機内検疫を行うという話を伺っていますが」
舛添「検疫官の数が足りるかどうか非常に懸念をしております」
記者「検疫が強制力を発すると、個人の人権とのバランスというのが問題になると思いますが……」
舛添「飛行機の中に入ってやります。サーモグラフィを持って、一人一人問題があれば、それはきちんと対応をしてもらう。まず自分の命を守ってもらわないといけない。それから感染を防いでもらわないといけない。ですから、法律に基づいて、過剰なことがないように、しかし、やはりある程度の強制力をもってやる必要があると思います」
記者「今後の広報体制は？」
舛添「本日のような非常に重大な事態があれば、私が会見を行います。とにかく一番大事なのは即座に必要な情報を提供することですから、情報提供は確実に行いたいと思います」。