慶応4年（1868）に生まれた純文は、廃藩置県により家族と共に上京し学習院へ入学。明治15年（1882）には、嘉納治五郎が創設した「講道館」の3番目の入門者となっています。
農科大学を卒業後、明治29年（1896）に近衛騎兵連隊へ入隊。明治31年には陸軍騎兵少尉となります。また、高等農学校講師、大日本農会農芸委員を歴任し、明治33年（1900）には東宮侍従となって、明治41年（1908）の皇太子（後の大正天皇）の韓国訪問に随行。明治43年（1910）には東久邇宮附宮内事務官に就任しています。
有馬純文は、昭和8年（1933）に65歳で亡くなり、谷中霊園の父の墓の隣りで眠っています。
谷中霊園甲3号1側