御蔵島は、東京都心の南約200km、三宅島の南南東19kmの太平洋上に位置する。島はほぼ円形をしており、中央に御山（851m）を擁する。島全体が豊かな原生林で覆われているため、島としては珍しく水に恵まれている。火山としては、伊豆諸島の中では比較的古い時代に活動を停止しており、御蔵島火山の本体部分の活動は7,000年前よりも古い時代、そして島南東部に噴出した溶岩ドームは約5,000年前に活動を終了していると考えられている。この長期間で山体の海面付近は波による浸食を受け、島の海岸周辺は最大500mにもなる絶壁で囲まれている。
島北部には、唯一の港である御蔵島港と空の玄関である御蔵島ヘリポートの他に、小中学校、郵便局、警視庁三宅島警察署、産業センターなどが1ヵ所ずつある。島南部にはかつて南郷と呼ばれる集落が存在し、小中学校の分校まであったが、今は衰退し集落としての姿は留めていない。
暮らしは定期船の入港に左右され、悪天候が続けば食料やその他物資などが不足することもある。そうした場合、東京から八丈島経由でヘリコミューターを使った輸送を行うこともある。