
外部塗装は薄緑と薄黄のツートンカラーをベースに、量産車では前面非常用貫通扉上部には北海道を模したシンボルマークがあった。20編成までは2000形と同様に、客用ドアに札幌市章が描かれている。
内装の化粧板には札幌市内の建築物のイラストが描かれており、継ぎ目にも合わせて作られているためにデザインに凝った芸術性の高い作りになっている。
11編成は一時期丸井今井の広告ラッピング車両として運転されていた。この際、同編成は6000形では唯一、車体に札幌市章ではなくSTマークを掲示していた。なお、札幌市営地下鉄で車体全体を広告ラッピングした車両はこの11編成のみであり、全部で5パターンが存在した。