札幌市交通局3000形電車は、2003年にLED式行先表示器が設置（02編成のみ）され車内放送も自動化（02 - 05編成）された。また、すべての連結部に転落防止用外幌が備え付けられた。2003年4月1日から01編成が使用休止となり、2005年3月に廃車、同年5月に解体処分された。その後は4編成が在籍していたが、03編成は2007年7月より運用から離脱して2008年7月に運用復帰、同時期に02編成が運用離脱して2009年1月から復帰、そして2010年には03編成が完全に運用から離脱して、2011年には02編成と04編成も運用から離脱した。
2012年3月25日をもって最後まで残った05編成の営業運転を終了し、南北線の営業車両は5000形に統一された。