クリスタやTracemanで二値化する場合は色数の制限がありますが、動画作業時から二値ペンで書くのであれば、それこそ何色でも使えることになります。
ただし、一見同じ黒に見えていても、(0,0,0)と(0,0,1)は別の色です。
それらが混ざると非常に塗りにくくなるので、やはりレイヤーカラーなどを使って、似て非なる色にならないように描きましょう。
また、二値ペンで描かれた線は、「もう少し太い(細い)線がいい」と思っても、なぞるか削るか以外に太さの調整が出来ません。
クリスタ上でベクターで描かれてるなら出来ると思いますが、仕上工程にはtgaなどで出力されたラスター画像で渡されるので、不可能です。
（その内、可能な技ができるかもしれませんが…）
その作品、そのカットで適正な太さを動画時に把握できてないと後工程が困ります。
色数はいくらでも使えるけど、後工程での太さの調整が困難な点や、ドット絵で描くことになるので、私自身は「絵を描いてる気がしない」ため、可能であれば、二値ペンでの作業は避けたいです。
原画さんが二値ペンで描いてくることもありますが、原画と動画で解像度が違う時、ぼやけた絵から線を拾うことにもなるので、やりづらいとも感じました。
二値ペンの方が描きやすいという人もいるので否定しませんが、二値ペンで書かれた線は「後工程で太さの調整が難しい」ということを理解しておいてください。
また、二値ペンで4色以上の色トレスを使った場合は、Paintman向けに出力できません。
線画のみで出力してください。
塗り分け参考はTracemanでの二値化同様、線画とは別に出力してください。