ちょうどいい機会なので、考えられる原因と対処方法を紹介いたします。
検索条件が間違っているワイルドカードの辞書を用いる場合には、ワイルドカードのチェックをオンにしましょう。
これ、意外とよくある間違いです。
以下赤枠内で検索条件を設定します。
部分一致用の辞書なのに、辞書ファイル名の先頭にPMDIC_をつけていないぱらぱらの検索条件には、「完全に一致する単語だけを検索する」に相当するチェックボックスがありません。
デフォルトの設定では、「完全に一致する単語だけを検索する」はオン
辞書ファイル名の先頭にPMDIC_とつけると、「完全に一致する単語だけを検索する」の条件が オフ
この時、辞書ファイル名の欄が黄色になります。
詳しくは、こちらのページ をご覧ください。
辞書ファイル（置換用の用語集）を使う順序が間違っている辞書ファイルを使う順序も大切です。
専門性の高い辞書ファイルからご利用ください。
「置換した用語の一覧」ファイルを確認して、どの語句がどの辞書ファイルの用語で置換をされたのか核にするといいと思います。
以下の赤枠内の１～１２の順番で辞書ファイルが用いられます。
辞書ファイル内の用語の順序が文字列の長さ順になっていない置換は、辞書ファイルごとに行われます。
辞書ファイルに記載されている文字列の長さが長い順で置換をします。
Ver. 2.05 からは、辞書ファイル内の用語を文字数の長さで自動的に並べ替えて置換をするようになりました。（元の辞書ファイルの内容は変更しません。置換するときだけ並べ替えます）
それよりも前のバージョンの場合には、あらかじめ文字数順に並べ替える必要があります。
並べ替える方法は３つあります。
Excelを用いた並べ替え方法
山猫の爪とぎ（ぱらぱらに付属するExcelマクロ）を用いた並べ替え方法
テキスト形式の用語集の並べ替えソフト「長さでソート」を使う方法
辞書ファイルの保存形式が間違っているぱらぱらで用いる辞書ファイルには、テキスト形式（.txt）とWord形式（.doc, .docx）の2種類があります。
日本語・英語の用語集以外を使う場合には、Word形式で辞書ファイルを保存してください。
【原因】
日本語・英語のペア以外の言語を用いる場合（例えば、中国語と日本語など）には、テキスト形式で辞書ファイルを保存しようとすると、文字化けが起こります。
テキストファイルには、1つの文字コードしか保存できません。通常はShift JIS（日本語用の文字コード）で保存されます。
その場合、中国語フォントは対応する文字がないことがあり、その時に文字化けしてしまいます。
【対策】
Word形式で保存すれば日本語・中国語の用語集を正しく保存し、ぱらぱらで用いることができます。
WordのバグWord 2002では置換のバグが報告されています。
こちらの記事をご覧ください。
【Wordマクロ】Word 2002における置換エラーへの対処方法
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