桂委員会は、結局、怒れる理研内部の研究者たちをなだめるための委員会だったと言われれてもしかたない

桂報告書による検証調査の質について、整理しておきましょう。青字

１）論文や実験の正当性については検証しない。
２）若山氏、若山研究室から提出されたデータの正当性については問わない。
３）実験の詳細について、若山氏が忘れてしまったものはそこを問わない。
４）理研（自己点検グループが中心の内部調査員）が提出した検体サンプル、保存されている検体サンプルは、すべて正当なものとみなす。調査対象となる検体サンプルはすでに理研が確保しているものとする。
５）理研（自己点検グループが中心の内部調査員）からの要請が無い調査はしない。
６）実験ノート、実験データが提出されない場合は、不正認定をしない。裁判で理研側が不利にならないための対策となる（これについては、当ブログへのコメントがありました。）
７）論文著者や実験者の了解と協力の元で調査を行う。
 
以上の役割を担った桂調査委員会は、第三者機関の公平性を期すため、理研が外部委員を選んで発足させたものでした。しかし、上記の約束ごとを見ても、人選のやり方を見ても、第三者とは名ばかりのものでした｡/div>
 
そして、この桂調査委員会が出した調査結果は、“STAPはESの疑いが極めて濃厚だが、犯行自白も目撃者も無く、犯人の認定はできない”でした。
 
それまでの理研の内部調査員たちにより、小保方単独犯のストリーはできあがったものでしたが、新たに、保存検体サンプルの検査を加えたことで、理研の小保方犯行のストリーが強固になったはずでした。

しかし、保存検体サンプルが解析可能な状態で理研GRASにあった事実は、このデータが外部に流出していたとしてもおかしくないとの疑いも高まりました。
つまり、このねつ造を疑わせるデータが、以前から理研に存在していたことが証明されたのです。
 
このデータにアクセスできれば、桂調査委員会より以前に、（禁じ手を使い？）解析できてしまうのです。
この疑惑については、このブログで何度も指摘してきたことです。
 
桂調査委員会が小保方氏をねつ造犯としなかったことは、理研の内部調査員の一部の人の怒りをかったかもしれません。
しかし、彼らは、小保方氏への怒りをあらわにしても、刑事告訴はしないという方針を支持しました。反対の人もいたでしょうが、告訴しない理由は、理研が、証拠を用意できないこと、彼女を単独犯だと決められなかったからでしょう。内部調査員の中にも、小保方氏がねつ造したとは思っていなかった人もいたでしょう。

桂調査委員会就任に要請された教授たちにしてみると、論文や実験の正当性は問わないとの条件で、やっと引き受けてくれたのかもしれません。　
 
委員たちは、STAP細胞はESだったにしたら、その後はどうにもならない矛盾にはまることがわかっているのです。ですから、理研は彼らに委員要請をする際、論文の正当性は問わないことにせざるをえなかったのです。
 
警察なら、保存検体サンプルの正当性については必ず元に戻って調べます。
STAPがESから作られたとなると、２論文もすべてねつ造になり、若山研究室の追うべき罪は、小保方氏を超えるものだったと思います。

内部調査員たちは、そうした展開は望んでいなかったのです。
若山研究室の仕事を否定することは、研究所としての理研を否定することになります。
 
桂調査委員会がSTAPはESとの裁定したことについて、生物学の科学者たちからは、たいした反論がでないのは残念でした。
 
生物学の専門家からは、否定的意見がでませんでしたが、分子生物学会に遠慮もあったかもしれません。
しかし、委員会の裁定とSTAP論文の内容との関係に戸惑った人は人は多くいたでしょう。
学者たちが理研の実験の正当性を疑ったり、研究室員総出の集団ねつ造事件と思ったりはしなかったと思います。

一部の学者たちは、この時は、たまたま特殊な細胞ができたのではないか？と考えたかもしれません。
STAPがESとしても、万能性の高いESがたまたまこの時だけあっても不思議はないと考えていたのかもしれません。
 
新規の生物学の実験は個別性が強く、著者の裁量権はたいそう高いものなのでしょう。
つまり、第三者が干渉できない質のものと思っているではないでしょうか？
 
生物学者たちは、一回だけたまたま成功したけど、後は再現できなかったとの経験もあるでしょう。
論文著者がそうだと言えばそうであるし、著者がそうでないと言えばそうでなくなるものでもあるのでしょう。
”正当性は、その後に引き続く実験の成果あってのみ証明される”との暗黙の了解があるのかもしれません。
 
つまり、第三者が、著者の裁量権を突き崩して、ねつ造論文だと判断することは、相当の証拠が必要になると思います。
 
若山研究室が、TSとESの両方の動きをするFI細胞をみつけたと言った時、そんなのあるものか！再現してみせろ！と要望する権利が、第三者にはありません。
 
FI細胞の実験をやった若山研究室の助言も指導もない状態で、小保方氏が持ち込んだFI細胞は、実験に使われたと言う証拠能力にもなりません。
 
今回の事件は、著者が存在を否定したので、論文が撤回になっているのです。
今回、若山氏が小保方氏にだまされてES細胞を使って実験してしまったというなら、なぜ、特殊な細胞ができたのか、若山研究室は、推論でもコメントすべき立場ではないでしょうか？
 
若山氏が無言を続けて、FI細胞の実在性について、全くコメントせず、その他の人が、FI論を語る事などできないはずでしょう。
 
もしねつ造を唱える人がFI細胞を否定するなら、若山氏のねつ造実験も同時に指摘すべきです。
さらに、レター論文の実験結果がFI細胞があるかのように書かれている理由について、ねつ造論者は推論を披露すべきでしょう。
 
税金で運営されている理研が、無駄な実験に税金を浪費したとの抗議をしたいなら、その矛先は若山研究室です。
 
結局、今回、コスト、労力、汗の遺伝子検索をして調べても、結論に導けませんでした。
遺伝子検査をしても、結論が特定できないことは、最初から予見できたことのように思います。
 
結局、桂調査委員会は、遺伝子解析を中心とする自己点検グループの描いたストリーを、受け入れました。
委員会のトップは、遺伝子研究の桂氏ですし、遺伝子学の遠藤氏の独断的で結論ありきの調査を肯定しています。
結局、遺伝子調査関連の研究者たちをなだめるための委員会だったと言われれてもしかたありません。
 

 

小保方氏がSTAP細胞作製担当とすると、FIや、幹細胞担当の若山氏は、大変な捏造者

kahoこと、理研の遠藤氏の文章です。


この論文にかぎらず，インフォマティクスのチームをもっと重視して，・・・・・
私自身は今でも周囲に十分すぎるほど配慮してもらっているのですが，従来的な分子生物学の成果が華やかな研究機関ではインフォマティクスがその陰に隠れがちな印象があります．NGS解析が身近になった現代の生命科学研究では，彼らに対する敬意が適切に払われるよう期待していますし，今まではこの種の技術に馴染みのなかった研究者の方々にも，インフォマティクスに興味を持っていただけたらと願ってやみません．
 
生物学研究に必要とされる遺伝子解析者の現在の状況と、その立ち位置に対する不満が書かれています。
 
遺伝子解析の重要性は増したにも関わらず、逆に専門性が薄れ、その研究的立場が昨今変化（低下）しているとの遠藤氏の意見です。インフォマティクスのチームをもっと尊敬すべきとのことです。
 
遺伝子解析の普及に伴い、その学術的立場が低下しつつあるため、生物学の研究者たちが遺伝子解析を軽視する傾向になっていることを嘆いています。
 
生物学の研究者たちが、好き勝手にサンプルを解析室に持ち込み、結果だけ欲しがるのは、遺伝子解析者にとって不愉快だという気持ちはわかりますが、遺伝子解析技術の変化はいやおうなしに進むものです。専門性の中身は常に変化してしまいます。しかし、遺伝子研究の進化は、とどまるところをしらず、研究分野は無限であるような気がします。
 
ある技術を持って働いてきた人間が、社会的変化に巻き込まれて専門性を失っていくのとは、訳が違うと思います。むしろ、インフォマティクスのチームを尊敬すべきとの提言しても、低頭して頼め！ということなら、人心を失うだけです。
いづれにしろ、生物学の実験者と、遺伝子解析者の間には、現時点で、相当の確執があるのが伺えます。こ確執が事件を生んだと言えるのでしょう｡
 
やった！、やられた！の、激しい競争業界における、複雑な人間関係を想像させます。
当然、多くのトラブルが起きるであろうことが予想でき、一歩間違えば、研究者としてひどい目にあるかもしれないところのようです。
こうしたところで起きた事件は、一方的な情報だけでは決して判断できないということでしょう。
 
若山研究室も、遺伝子解析のやり取りで、技術者間でのトラブルを何度も経験しているのでしょうから、その結果、解析サンプルの中身を正確に記載しないで、GRASに持ち込むという状況があったのかな？と思います。
 
結局、STAP研究は、ねつ造情報を得ていた研究者たちによって潰されてしまいました。
 
桂報告書の結論は、小保方氏一人の不正行為であり、大きくかかわったはずの若山氏は、不正は認められないという結論でした。
 
前々回のブログに、レター論文で使われた図を一点だしましたが、著作権という意味から望ましくないことと思いつつ、再度、アップします。
 
この図を見ると、STAP細胞、STAP（幹）細胞のすべてが存在しなければ図が書けるものではないことが理解できると思います。これ以外にも、論文で作られた図表も文章も、STAP（幹）細胞が実在しなければ、作れないのです。
もし、STAP細胞が無くて、こられの図表を使って論文作製したなら、中身はすべてねつ造しないと書けないという事なのです。
 
この図は、酸につけたリンパ球がSTAP細胞となり、培地（FGF4）の条件によって、胎児と胎盤になれる細胞（FI細胞）になったり、この培地とは異なる培地（ACTH+LIF）で、STAP細胞を培養すると、胎盤形成能を失うSTAP幹細胞となっていくとの経過が書いてあるものです。
 
つまり、このストリーは、STAP細胞の変幻力を示したものであり、STAP（幹）細胞がESであったら、こうした変幻自在は発揮できません。

つまり、STAP（幹）細胞がESであったら、STAP（幹）細胞の変化に伴った遺伝子発現の変化は観察できません。
もし、STAP細胞が無いのなら、小保方氏と若山氏とそのスタッフたちが、すべて、データと写真のねつ造作製に精をださないといけないのです。
 
小保方氏、若山氏が土台として実験や文章を用意し、笹井氏は、生物学の歴史的背景をふまえ、有名論文を的確に引用しながら、格調高い文章に進化させたのでしょう。
 
しかし、笹井氏にそれをやってもらうためには、ストリーの元になる詳細なデータをつくらなければなりません。
小保方氏が若山氏をだますだけでは、レターもアーティクル論文もつくれません。
アーティクル論文は、研究の歴史的背景が感じられるように謳うようになめらかな展開です。
レター論文は、若山氏とそのスタッフの気合の入れ方が伝わってきます。

STAP細胞が無いなら、小保方氏と若山氏とそのスタッフたちは協力して想像力を駆使して、STAP細胞からSTA幹細胞、FI幹細胞へと変化していく過程のストリーをつくりださなければなりません。ねつ造の指揮をとるのは、若山氏でしょう。

例えば、ES細胞で確認できる蛋白が、STAP（幹）細胞では見られないと想像し、実験せずして文章を作る必要があります。
ES細胞にしか発現しない蛋白や遺伝子の種類、その発現の時期など、すべてふまえて比較用に実験データを提供し、新細胞の特徴をねつ造する必要があります。
存在しない細胞から、タンパク合成や遺伝子発現の様子を、ES細胞と比較して論文化するためには、図表はすべてねつ造しなければなりません。
これをねつ造と言わずして、他にねつ造とよべるものがあるのでしょうか？
 
小保方氏が細胞増殖曲線をねつ造したのとは、罪の重さが違います。細胞は増殖することが分かっているので、何日目にはどの量になるかは、だいたい予想できます。小保方氏は、そうした予想で丸印を足したのかもしれません。でも、本人が足していないと言ったら誰も足したとは言えないでしょう。

小保方氏のねつ造と断定された図の一部改変とは違って、無い細胞を使って実験し、すべて想像で図表と文章を作り出すといったねつ造行為は極めて罪が重いです。
 
小保方氏がSTAP細胞作製しか関与していないとすると、FIや、幹細胞をつくった若山氏とそのスタッフは、大変なねつ造研究者であるはずです。
しかし、桂報告書は、若山氏、丹羽氏には不正は無いと結論しました。
 
桂報告書は、わかりきった裁定ミスをなぜしたのでしょうか？
 
以前にも書きましたが、桂報告書には、調査の大前提があります。理研の提出した細胞、サンプルは理研のお墨付きの正当なものと判断して調査するとの前提です。
ですから、この前提が壊れた場合には、一切の責任を負わないという事なのでしょう。
 
桂報告書は、論文や実験そのものの正当性を問う気はありません。ただ、理研の提出した検体やサンプルを検証しただけです。桂報告書は、論文や実験の正当性を調査したわけではないのに、まるで、そうであるかのように装って一般人をケムにまいたと思います。多くの知識人と言われる人がだまされているのです。
 
この点は、一般人の理解が進むよう、今後も強調していきたいと思います。
 
調査委員会は解散して何も影をとどめません。
当時の委員たちはもはや関与せず、理研の事務の職員に責任が引き継がれたのでしょう。
しかし、事務職たちは専門家ではないので答えられないと、困った表情で言うだけでしょう。出向の管理職のエリートたちは、論文のだいたいを理解するもわからないふりなのでしょう｡
 

 

遺伝子を検査する人たちは、“法医学的”との立場であると、自らが言っている。

桂報告書２６頁　青字

2013年3月の Nature再投稿に際して、図のスタイル変更とサンプル名付加の要請が小保方氏よりあっ た。その際、小保方氏はCallus1とCallus2がそれぞれSTAP細胞とCD45+細胞であると資料 に書き込み、それに従って図の改訂を行った。 ・・・・・・
 
（評価）  CDB 若山研における Callus という言葉の使用は、のちに STAP 細胞と呼ばれるものを示 していた。CD45+細胞は Callus/STAP 誘導に用いる細胞であり、CD45+細胞サンプルに Callus という名称をつけサポートユニットへ解析依頼するという行為は、混乱を招く可 能性が大きいものであった。CDB 若山研では異なるサンプルに区別困難な類似名称を付与 することが散見されたが、そのような慣習も遠因となった可能性がある。
 
 
この部分の記載であるが、若山研究室には、遺伝子解析用に持ち込むサンプルについて、まぎらわしい名前をつけてGRASに持ち込むことが時々あったと書かれている。小保方氏も、“Callus1とCallus2がそれぞれSTAP細胞とCD45+細胞であると資料 に書き込み・・・”とある。

なぜ、若山研究室スタッフは、まぎらわしい名前を持ち込みサンプルに書き込むのか？と、桂委員会が問題視している。
そうした若山研究室のやり方は、小保方氏が遺伝子解析サンプルを持ち込む時の混乱につながったとしている。
報告書では、”遠因”などと表現を使っているが、委員たちの本心は、困ったものだ！の抗議だろう。
なぜ、若山研究室がそのようなことをしているにかについて、誰か推論しているのだろうか？以前に、若山研究室は細胞の質が明らかになるのは避けたいのではないかのコメントをいただいた｡
 
若山研究室があえて、そうした事をしていた理由を考えてみたい。
GRASの人たちにサンプル中身を、あれこれと検索させないためではないか？と思える。
 
若山研究室は、新規の細胞つくりをしている研究室である。
クローンマウスは、世界のお墨付きを得ているものの、この研究室が次はどんな細胞を作り出すのか？
何か不正があるのではないか？と、チェックの目が向けられていたのではないだろうか？
 
遺伝子を検査する人たちは、“法医学的”との立場であると、自らが言っている。
つまり、他人の研究をあれこれ解析して、不正をチェックする役割を担っているらしい。
この言葉を聞いた時、学とみ子のSTAP事件への理解が一歩も二歩も進んだ。
 
若山研究室は、自己点検に熱心な人たちによる水面下のチェック活動に神経をとがらせていたのかもしれない。
こうしたことを考えると、若山研究室は、サンプル名をわかりにくく、ESでないものをESとラベルして、遺伝子検索をGRASに依頼することなどをしていたとしても、おかしくはないだろう。
若山研究室は、GRAS及び親派の連中に、研究の中身を知られないようにしたのではなないか？と思う。
紛らわしいネーミングをしておけば、自己点検グループによる”法医学的”チェックを牽制できるかも・・・というところだ。
 
一方、新人研究者に過ぎない小保方氏は、周りからのチェックの包囲網に疎かったかもしれない。
そして、小保方氏は、３度も問題あるサンプルをグラスに持ち込んでしまった。
それがチェックの網につかまってしまったのだが、逆に、この出来事は、小保方氏の無罪主張のツールにすることができると思う。
 
その位、この自己点検グループは、泣く子もだまる勢力があったのではないだろうか？
理研が古い歴史を誇るだけに、旧体制の力は強かったのではないかと思われる。
こうした研究者たちは、新しく創立されたCDBのような実力主義、任期付き研究員ポストなどにも、強い反発があったであろうと思われる。
 
話しはずれて恐縮だが、私のブログは、・・・・だろう、・・・かもしれない・・・と想像できる、などの表現が満載であるとの批判がある。他の方のブログで、学とみ子のブログは、想像ばかりで意見を述べているとは言えないなどの批判をいただいている。
しかし、このブログは想像で書いているので、研究現場の実情を知らない学とみ子としては、しかたないことなのだ。想像表現が多くて、読みにくい点はご容赦願いたい。
 
本題に戻るが、ライバルたちから足元をすくわれる職場環境の研究者は、学術的な競争以外にも、研究妨害などについても戦い続けなければいけない職種なのだろう。
そして、足元をすくわれたら、徹底的に敵と戦うことも、研究者に求められることだろう。
 
学とみ子の帰路となる駅のそばに予備校塾がある。
予備校塾の窓には、にぎやかに多くの合格者の名前やら合格校が貼ってあって、子供たちのライバル意識をあおっている。
 
子供たちが、一斉に予備校塾から出てくる時間には、外の道路で、親たちが車の中で子供を待っていたりする。
親と子が一緒に参加している受験競争だ。
 
そして、予備校から出てくる元気な女の子を見ていると、この子の将来は順調だろうか？と考えてしまう。
勉強して努力して良い学校に入っても、その後にひどい目にあうなら、勉強などしなければよかった！と、この子は思うだろうか？
 
男性は、もともと、頭が良く策略にたけている。
そして、てっぺんを取りたがって、家来を作りたがる。
その軋轢の下になり、体力の無い女性がつぶれていくならつまらない世の中になってしまうと思う。

 

詳細な実験をしている研究者でなくとも理解できる。全体の雰囲気を読み取ることはできるし無駄にはなり

京葉線の東京駅に東京フォーラムがあり、そこに相田みつを美術館があります。その中で、相田みつをはこのようなことを言っています.。
 
人の為と書いて、偽りという字になるんだといっています。
若くして天才的な書の能力を持ちながら、彼は、臨書に限界を感じ、新規の書の芸術を極めようとするあまり、もういかなる書も書けなくなっていったようです。
 
彼は戦争で二人の兄弟をなくしたようです。戦死した兄弟は、体もりっぱで健康だったゆえに徴兵されたとのことでした。残された相田みつをは虚無感に悩まされたようです。
戦争は、人のため、日本のためとして始まりました。
〇〇の為という言葉の偽善性を、彼は指摘しています。
 
imh*****様から、以下のコメントをいただきました。青字
本日はこれがお題です。

その良心を自ら手放した小保方氏を擁護する事は、果たして彼女にとってプラスになるのでしょうか？
因みに、小保方氏が理研の人事選考の際に提出した研究計画書にも不適切な画像掲載の疑義が出ていたということです。
STAP問題ではミスでは説明がつかない事柄があまりに多く、小保方氏しか知り得ない真実があります。
それが語られないことには、STAP問題の真相は明らかにされないのではないでしょうか。
 
STAP事件も、科学のため、正義のため、ねつ造は許さない、ねつ造は徹底的に解明させるべきとの追及がなされました。しかし、ねつ造の証拠などはないのです。
桂調査委員会も、結論を出しませんでした。
 
STAP事件では、小保方氏の知らないこと多くあり、知っていることには限界があります。
すべての実験データを出させようとしても、すべての中身は彼女のみ知ることです。
彼女が実験データだと思わない資料ば提出されません。
論文とは、著者の裁量権はすごく高いものであると思います。
論文作成者は、尊重され、一目置かれているのだと思います。
 
小保方氏の実験上でのミスは、いづれもねつ造疑惑に比べては小さなことです。

彼女の研究歴は、細胞に外的刺激を加えて、幼弱化を観察するとの研究でした。何度も何度も、くり返し、細胞や刺激を変えた実験をずっとしていたようです。
この部分に、それまでの研究歴のすべてを費やしていたのですから、他の部分まで手がまわりません。
酸浴実験では、世界中で実験している人は他にいないのでしょうから、小保方氏の独断場でしょう、
彼女はここではベテランでしょうが、その他の遺伝子やFACSの操作に未熟なミスが出ます。女性はしばしば機械に弱く不利なところがあります。
 
アーテイクル論文を読んでいると、この論文を仕上げるまでの著者らの努力を、いろいろ感じます。
論文には読者を引き込ませる力があります。

小保方氏は、論文で細胞が動くとか、突起を出すとか言っています。きっと、すごく集中して、細胞の動きを追っているのだろうと思います。顕微鏡下で、長時間、目をこらしながら、必死に細胞を追っていた様子が伺えます。
 
私たちの神経細胞も、機能に応じて突起をだしたり、突起を消したりしているようです。
だから、ピアノの演奏でもわかるように、練習をつめば神経が密に連携し合うようになります。
上手にすばやく指を左右別に動かせるようになるわけです。細胞は常に動的なのです。
 
細胞を混ぜた時は、遺伝子も混ぜた条件で測定できます。
誰かが偽装のため、ESとTSを混ぜて、１種類の細胞と言ったとします。
１種類の細胞が、ESとTSの遺伝子発現を持つとごまかすことができます。
しかし、その後に、この混ぜ物細胞を培養などでいじくりまわすと、細胞のせめぎあいが起こり、あったはずの細胞がいなくなってしまいます。ESとTSのそれぞれの最適培地や条件が違います。
 
アーテイクル論文に引用された写真、図表はすごく多彩ですし、実験の内容も多岐にわたっています。
そのアーテイクル論文で、細胞増殖曲線が、小保方氏の不在日なのに書き込まれているとか、メチル化図は書けるはずがないとか、エラーバーがおかしい、FACS使用法に慣れていないなどなど、それはそれは、小保方氏のミスの追及は激しいものでした。
 
厳しい実験成果を、自らにも他人にも追及する研究者はいるでしょうし、そこは尊敬できます。
しかし、実験者にミスがあっても魅力ある論文というのはあります。
しかし、論文ミスについて、マスコミをからませて新聞で議論することは望ましくはありません。
 
STAP細胞は新たに出来てくる細胞ではなく、リンパ球（体細胞）が変化して、幼弱化してくるのだというのが、STAP研究の主題です。
そうしたことが書かれている、アーテイクル論文を読んでいくと、ESねつ造では説明できない箇所が出てきます。

STAP細胞が、ESとは異なる部分のアーテイクル論文の紹介です。
 
桂調査委員会は、本気でねつ造認定などをしようとしていたわけではありません。
桂調査委員会がES混入と追及しないでそのままで残った部分は多くありました。
 
刑事事件のような犯人逮捕のための徹底した調査など、論文審査では意味がないのです。
この部分でも、マスコミも全く間違えていたと思いますが、彼らはSTAP記事で、十分ペイしたでしょう。
 
The Oct4-GFP+ cells demonstrated a characteristic small cell size with little cytoplasm and also showed a distinct fine structure of the nucleus compared with that of parental CD45+ lymphocytes (Fig. 1g). The Oct4-GFP+ cells on day 7 were smaller than non-treated CD45+ cells (Fig. 1g, h and Extended Data Fig. 2c) and embryonic stem (ES) cells (Fig. 1h), both of which are generally considered to be small in size. The diameter of low-pH-treated CD45+ cells became reduced during the first 2 days, even before they started Oct4-GFP expression (Fig. 1f), whereas the onset of GFP expression was not accompanied by cell divisions. Consistent with this, no substantial 5-ethynyl-2′-deoxyuridine (EdU) uptake was observed in the Oct4-GFP+ cells after the stressor (Extended Data Fig. 2d).
Oct4-GFP +細胞は、細胞質の少ない特徴的な小さな細胞サイズを示し、元になったCD45 +リンパ球と比べて核の明確な微細構造を示した（図1g）。 7日目のOct4-GFP +細胞は、非処理CD45 +細胞（図1g、hおよび延長データ図2c）および胚性幹細胞（図1h）よりも小さく、両方とも一般に サイズが小さい。 低pHで処理したCD45 +細胞の直径は、Oct4-GFP発現を開始する前（図1f）であっても、最初の2日間は減少したが、GFP発現の開始は細胞分裂を伴わなかった。 ストレッサー後のOct4-GFP +細胞には、5-エチニル-2'-デオキシウリジン（EdU）取り込みは観察されなかった（拡張データ図2d）。
 
 
Comparative genomic hybridization array analysis of STAP cells indicated no major global changes in chromosome number (Extended Data Fig. 5c).
STAP細胞の比較ゲノムハイブリダイゼーションアレイ分析は、染色体数に大きな変化がないことを示した（拡張データ図5c）。
 
 
STAP cells, unlike mouse ES cells, showed a limited capacity for self-renewal in the LIF-containing medium and did not efficiently form colonies in dissociation culture (Fig. 2f, g), even in the presence of the ROCK inhibitor Y-27632, which suppresses dissociation-induced apoptosis28, 29 (Fig. 2h). Also, even under high-density culture conditions after partial dissociation (Fig. 2i), STAP cell numbers started to decline substantially after two passages. Furthermore, expression of the ES cell marker protein Esrrβ was low in STAP cells (Extended Data Fig. 5d, e). In general, female ES cells do not show X-chromosomal inactivation30 and contain no H3K27me3-dense foci (indicative of inactivated X chromosomes), unlike female CD45+ cells and EpiSCs. In contrast, H3K27me3-dense foci were found in ~40% of female STAP cells strongly positive for Oct4-GFP (Extended Data Fig. 5f, g).
 
STAP細胞は、マウスES細胞とは異なり、LIF含有培地中での自己再生能が低下し、ROCK阻害剤Y-27632（解離誘発アポトーシスを抑制する28,29（図2h））の存在下の解離培養で、コロニー形成を欠いた（図2f、g）。STAP細胞数は2継代後に実質的に減少し始めた。 さらに、ES細胞マーカータンパク質Esrrβの発現は、STAP細胞では低かった（拡張データ図5d、e）。 一般に、雌のES細胞は、雌CD45 +細胞およびEpiSCとは異なり、H3K27me3-dense部分（不活性化X染色体を示す）を示さない。 対照的に、H3K27me3-dense部分は、Oct4-GFPの強いSTAP細胞の約40％に見出された（拡張データ図5f、g）。
 
In addition to their expandability, we noticed at least two other differences between STAP stem cells and parental STAP cells. First, the expression of the ES cell marker protein Esrrβ, which was undetectable in STAP cells (Extended Data Fig. 5d, e), was clearly seen in STAP stem cells (Fig. 5e). Second, the presence of H3K27me3 foci, which was found in a substantial proportion of female STAP cells, was no longer observed in STAP stem cells (Extended Data Figs 5f and 8k). Thus, STAP cells have the potential to give rise to expandable cell lines that exhibit features similar to those of ES cells.
我々はSTAP幹細胞と親STAP細胞との間に少なくとも2つの相違点があることに気づいた。 最初に、STAP細胞では検出されなかったES細胞マーカータンパク質Esrrβの発現が、STAP幹細胞において明らかに見られた（図5e）。 第2に、STAP幹細胞では、メス由来STAP細胞のかなりの部分に見出されたH3K27me3-dense部分はもはや観察されなかった（拡張データ図5fおよび8k）。 したがって、STAP細胞は、ES細胞と類似の特徴を示す細胞を生みだす能力を有する。
 
詳細な実験をしている研究者でなければ理解できないわけではありません。全体の雰囲気を読み取ることは無駄にはなりません。
 
STAP細胞、STAP幹細胞、ES細胞が、それぞれに異なる細胞であると言っていることが、一般人でもかぎとることはできると思います。

 

論文と著者に敬意を払う人なら、誰でもねつ造判定などはしたくはないでしょう。

何を言ってるやら様から、以下の興味深い情報をいただきました。ありがとうございました。青字
 
桂調査委員会の第一回目の会合が2014年9月23日に開かれるまでの間に予備調査が実施されています。この予備調査で挙げられた疑議に対して、調査対象者から聞き取りを行って、若山氏は実験ノートやパソコンのデータを提出し、自分の疑惑を晴らすことができたのだと思います。筆頭著者は実験ノートもパソコンのデータも最後まで提出しなかったわけです。
 
何を言ってるやら様は、ねつ造派の方で、レター論文も問答無用で成り立たないと言っているのに、若山氏は疑惑を晴らすことができたとおしゃっていることが、少し不思議です。
データさえ出せば、許されるという意味でしょうか？
 
何を言ってるやら様からの情報によると、桂調査委員会の発足前に、理研が予備調査を行っています。
予備調査は誰の責任かは明らかにされていないとのことですが、ここでは、仮に内部調査員と呼びます。
 
若山氏は内部調査員に対し、実験ノートやパソコンのデータを提出し、一方、小保方氏は出さなかったのです。この事実は、今までもしばしば指摘されてきたことです。
 
理研のこの時の調査について、擁護派から言わせると以下のようになります。
“本来、容疑者であるはずの若山氏を、善意の調査協力者として扱い、若山氏の容疑は問われず、小保方単独犯で結論付けた！”です。
 
理研が新たな調査委員会の発足を宣言してから、３か月後に第１回の桂調査委員会の会合があり、第１回の会合までに、どの項目について調査を依頼するか、内部調査員は若山氏・小保方氏と話し合っています。
 
この時の内部調査員が桂調査委員会に提出すべき調査項目を選ぶ時、内部調査員は自らの役割をどのように自覚していたのでしょうか？論文を書いた専門者に対して十分な尊敬の念をもって接していたのでしょうか？
少なくとも、「あの日」を読むと、決してそうではないように思えます。
 
専門施設（病院や研究室など）で不祥事が起きた時、調査する人は、調査される人（被疑者）をまず信用して、被疑者たちから信用を得なければなりません。

専門的調査は、判定が難しいものであり、被疑者はあくまでも被疑者でしかありません。その後に、疑いは晴れるかもしれないのです。内部調査員は、まるで警察権力を得たかのように、被疑者に対し高圧的になれば、被疑者は心を素直に開きません。
今回の内部調査員は、自ら警察官、裁判官のような権限を持つかのような錯覚に陥っていたと思われます。
 
内部委員の要請に逆らい、実験データを出さなければ、小保方氏にとって不利ですが、内部調査では公正な調査をするはずがないと彼女は考えたでしょう。
実際に、内部調査に協力しても、小保方氏のデータを好意的に扱ってくれたとは思えません。
要請に従わない小保方氏に対して内部調査員たちは、さらに怒りを募らせた状況が、容易に想像できます。
 
一方の若山氏とその研究室員は、内部調査員たちの要請に応じて、いろいろと実験ノートや実験データを出したようです。しかし、最も大事な論文に使われたマウスの情報を出しませんでした。
 
若山氏は、メモから調べたとか、記録していなかったとか言って、提出を逃げています。若山氏とその研究室員にとって、不利になる（小保方有利になる）データは、提出するはずがありません。
それでも、若山氏に対しては、内部調査員は寛大でした。
 
では、実際にその後に発足した桂調査委員会は、この難題にどう対応したのでしょうか？
桂調査委員会は、他大学の教授たちが委員となりました。
委員要請が来た教授たちは、ずいぶん困った仕事を押し付けられたと感じたでしょうし、訴訟のリスクを背負うことになりました。しかし、彼らは委員を受けざるを得なかった・・・。
 
本当にSTAP事件を再調査をするなら、資料の正当性に戻って行うべきですが、理研はさらされそのようなつもりはありません。
 
それまでに調べられた論文関連資料は、すり替えされている！などの疑問があったわけですが、そうした疑惑をゼロから調べ直すとかの調査ではありませんでした。
 
桂調査委員会の目的は、怒れるねつ造派、こぶしをあげてしまった分子生物学のお偉方、マスコミを納得させるのがその任務でした。
本来、研究不正など、関係者、専門者だけで解決すれば良いことが、こんなに大事件になってしまったのは災難です。
 
桂調査委員たちが、新たな検体を入手できる立場になく、新たな検査手段やスタッフを募れるわけでもありません。内部調査員の提出した問題点を机上で議論するしかありません。
どの教授がどのパートに責任を持つとかもありません。
報告書の内容は、すべて、内部の調査員の仕事ぶりに依存するしかありません。
理研から出でてきた結果を発表したら解散し、その後の窓口はなくなり、委員たちは口を閉ざすといった委員会でした。
 
あえて言えば、理研残存の検体サンプルを再検討するための調査委員会と言ってもよいかもしれません。
マスコミはこのサンプルを調べろと激しく攻撃していましたから。
 
CDBのGRASに小保方氏が持ち込んだとされる遺伝子サンプルが、極めて怪しげであることは世界中に知れ渡っていました。このねつ造広報活動には、若山氏も参加しているのですから、小保方氏はたまりません。
 
STAP細胞はES近似の遺伝子結果があることから、桂委員会は、ES説を採用せざるを得なかったものの（これを認めなければ、ねつ造派が納得しない！）、桂委員会委員たちは論文の独創性には敬意を払いました。
 
若山研究室に配慮し、図表のねつ造認定を避けました。
 
科学者であれば、論文を読めば、研究者の独創性、新規性に気づきます。
そして複数の研究者が関係しているのがわかります。
論文と著者に敬意を払う人なら、誰でもねつ造判定などはしたくはないでしょう。
 
桂調査委員たちは、内部調査員たちが、レター論文を否定していないことを知り、レター論文を問題視しなくても良い事に気づいたのです。
 
桂報告書には、小保方氏のミスや未熟性をテンコ盛りに盛り込みました。
そうすれば、内部調査員たちの怒りが治まるかもしれない、理研の責任を果たせるかもしれないと考えたのでしょう。
 
桂氏も、記者会見の席上で、薄ら笑いをうかべ、小保方氏の未熟性を肯定するかのようにふるまいをしました。
しかし、桂調査委員会は、内部調査員たちの味方であるようなふりをしただけではないかと思うのです。
 
STAPをESとするなら、桂調査委員会はレター論文もすべて否定しておく必要があったのですが、そうしませんでした。
桂調査委員たちは、レター論文をねつ造判定しなかったことは、ES説を裏切ったのだと思います。
 
桂調査委員たちは同じ研究者同志として、論文の著者らに敬意を払ったと思います。
ねつ造の疑いがあっても確定できない以上、他の要因も考えなくてはいけないと、科学者ば思うからです。
 
桂調査委員たちは、筆頭著者の小保方氏に対しても、ねつ造判定をしませんでした。
訴訟を恐れるだけでなく、新人でありながらも新規論文へのチャレンジしたことを評価したと思います。
論文には、研究者の努力と新規性を見出せるからです。
 
そして、今後に、小保方氏自らが疑惑を晴らす戦いを始めるなら、レター論文は、彼女の戦いの材料となるはずと、委員たちは考えたかもしれません。

 

STAP細胞が単にESにTSが混じったものだけであったなら、培地条件の違いにより、増殖しない！

何を言ってるやら様より以下のコメント(青字）をいただきました。
他にも有用なコメントをいろいろとありがとうございます。
本日は、これをお題といたします。
 
調査委員会がletter論文をスルーしているという認識は誤りです。石井調査委員会はletter論文の調査はしませんでしたが、桂調査委員会はletter 論文の調査も行いました。調査報告書ではarticle とletterを分けて書いてないのでわかりづらいのですが。調査したからこそletterにしか出て来ないFI幹細胞もES細胞であるとほぼ断定できるという調査結果がでているのです。
 
確かに、桂報告書は、レター論文にも言及しています。
何を言ってるやら様のご指摘の通り、FI細胞も、ES１がまじっていたのではないか？と言っています。

しかし、桂報告書でも書かれていますが、若山氏は、レター論文で使われたOct4入りマウスからは、FI細胞を作っていないと言っています。
桂報告書（青字）の下から２行目に、“GOFマウス由来のSTAP細胞から樹 立されたFI幹細胞に”との記載があり、桂報告書は、若山氏が否定しているにもかかわらず、GOFマウス由来FI細胞が存在していた可能性を書いています。
 
論文で使用したマウス由来のFIがみつからないと、桂報告書は、レター論文の問題点を指摘はしているものの、レター論文のストリーそのものを否定していないのです。
“図表がねつ造と断定する”などの強い言葉も使っていません。
 
Oｃｔ４＋のFI細胞が無いとの若山発言には、がっかりしますが、研究者たちがこれだけ、苦労して完成させた世界初の細胞をなぜ、つぶしてしまうのでしょうか？
ESとTSを混ぜて作った細胞では得る事のできない実験結果だと思いますが・・・。
 
使用マウスが違っていたからの理由で、論文撤回するのは仕方無いとおもうのですが、なぜ、世界初の細胞を生み出す努力を止めてしまうのでしょうか？
 
若山氏は、レター論文で得られた実験結果を、どのように考察するのか、何年先でも聞きたいものです。
 
学とみ子の勝手に想像では、遺伝子構造の痛んだ細胞を用いると、遺伝子の柔軟性がでてくるのではないか？です。（学とみ子は、STAPはクローンマウス由来の可能性を書いています）。
 
話しが飛んで恐縮ですが、がん細胞を考えてみます。
私たちの遺伝子は、ひとりひとり違っていますが、体内にできたがん細胞の遺伝子異常も、患者ひとりひとりで違っています。ですから、各患者ごとのがん細胞の遺伝子異常をみつけて、そこを攻撃できる（その患者用の）免疫細胞を活性化することができれば、がんを消退させることにつながります。つまり、患者ごとに、攻撃細胞を人工的につくります。今はそこまで詳細に、免疫細胞を人工的に操作することができないので、がん治療の難しさにつながっています。
がんからの知見でも、体細胞の遺伝子の機能は、条件では変わりうるものだと思うのです。
この方面の新規の遺伝子操作の研究は、ねつ造騒ぎでつまづいていないで、玉石混交でも、進んでほしいものです。

元の話題に戻ります。
レター論文の否定は、今後の若山研究室の仕事へのダメージの大きさは、計り知れないものでしょう。
しかし、実験を行った当人がFI細胞を作っていないというのだから、桂報告書では追及を進めていません。
 
それでは、レター論文で書かれたSTAP、FI細胞を用いた実験を、桂報告書ではどのように扱っているのでしょうか？桂報告書は、レター論文の軸となる根幹部分には触れていないのです。
そして、ありがたいことに、桂報告書では、レター論文の図表がねつ造であるとは言っていないのです。
唯一、ESが混じったかも・・・？と言っているだけです。
桂報告書は、末梢的でしかない、小保方未熟性についての追及に熱心です。
桂報告書２３頁１０）で、レター論文のFACS画像への言及があります。
小保方氏のFACSの操作に慣れないためのミスが起きていると指摘しています。
 
レター論文は、STAP細胞が培地を変えるごとに細胞機能を変化させていく過程を研究したものです。
このような性質を持った細胞は他にありません。
この世に存在する細胞では、レター論文に書かれたSTAP細胞の動態と類似させることができません。
 
以上、今まで述べてきたことについて、実際の桂報告書を紹介します。
 
桂報告書２４頁には、論文で使用された細胞（Oct-4の入ったFI細胞）はみつからないと言っています。
レター論文のFig2（aからｋまで１０種類と、Fig3（aからｆまでの６種類）等の、主要な実験で使用されたFI細胞は、無いのではなく、みつからないのです。その部分の桂報告書の一部です。
 
実際の桂報告書　青字
１０）Letter Extended Data Fig.5g、Letter Fig.3c-d について  GFP 蛍光と integrin alpha7(PE)蛍光の漏れこみの補正が行われていない(もしくは、 加えて、検出器の感度設定がサンプル間で異なる)ことが疑われる点  Letter Fig.3c、3d では FACS-Sorting 法で integrin alpha7a+と dim の FI 幹細胞を分 取しているが、上記の疑義により、これらの細胞集団の解析結果の信頼性にも疑問が 生じる点
23
 
（調査結果） 小保方氏と関係者への聞き取り調査から、小保方氏は主に CDB に設置されていた装置 （FACS Aria）を用いて FACS 解析を行っていた。しかし、装置と技術に習熟する機会が ないまま、実験を行っていたことを確認した。 上段と下段のプロットでは、右 45 度方向に多くの細胞が分布していることから、死細 胞除去が適切に行われていなかった、あるいは GFP とインテグリン抗体に付与した蛍光 色素の間で光の漏れ込みがあったと考えられ、十分な条件測定がなされていなかったと 考えられた。・・・・・・この点で不自然なデータと考えられた。 このように問題を多数含む FACS データについて、共同研究者から問題点を指摘された ことはないと小保方氏は説明した。 使用された装置に残っていたデータを再解析したが、論文の図に合致すると思われる ものを特定することはできなかった。
 
・・・・・・・の実験についても適切な測 定条件のもとに実施されたのか、疑問が残るが、オリジナルデータを調査することはできなかった。よって、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。
 
 
１１）Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、 Fig.6について Oct4-GFP の FI幹細胞が保存されておらず、作製されたとされるこの幹細胞の実在が 確認できない点（Oct4-GFPの挿入を持つFI幹細胞がLetter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、Fig.6で使用されているが、小保方研とCDB若山研のストックのFI幹細胞を調査した限りでは、Acr-GFP/CAG-GFP遺伝子を持つものしかなく、Oct4-GFPを有するFI幹 細胞が見当たらない。系統として樹立されなかったのではないか）
 
（調査結果）  若山氏と小保方氏への書面調査により、FI幹細胞CTS1は、若山氏が渡したCAG-GFPを有 する129X1とB6Nを掛け合わせて誕生したF1マウスを材料に小保方氏が作製したSTAP細胞 から、若山氏が2012年５月に樹立したもの（5月21日に作製開始してより5月28日樹立完 了）であることが判明した。  また若山氏の実験ノートから、上記のあと（2012年7月9日）にも若山氏がFI幹細胞株 を作製していることも判明した。このときは使用したマウスの記載がなく、遺伝的背景 は不明であった。ただし、若山氏の聞き取り調査から、CAG-GFPを有する129B6F1マウス 以外（論文記載のOct4-GFPの挿入を持つマウスを含む）からFI幹細胞を樹立した記憶は ないことが明らかになった。なお、小保方氏は論文に使ったFI幹細胞を樹立したことは なく、以上のFI幹細胞株の樹立はすべて若山氏が行ったことが明らかになった。  以上の2回に分けて作製されたFI幹細胞株は、CDB A棟のフリーザー内に「Call TS-1」、 「Call TS11〜TS13」として保管されていた。またこれらは、若山氏の実験ノートの記載 「2012年5月25日作製（１ライン）」と「2012年7月9日作製（3ライン）」に一致してい た。  このうち論文（Fig.2など）に使用されたFI幹細胞CTS1（Call TS-1）に対して理研が ゲノム解析を実施した結果、論文に記載されたOct4-GFPの挿入は確認できず、代わりに Acr-GFP/CAG-GFP遺伝子が挿入されていることが判明した。またFI幹細胞CTS1のゲノム配 列パターンは、それ以前に作製されていたES細胞FES1（2005年にAcr-GFP/CAG-GFPマウス より樹立）とSTAP幹細胞FLS3（2012年1月28日～同年2月2日にAcr-GFP/CAG-GFPマウスよ り樹立）と完全に一致することが判明した。  なお小保方氏への書面調査で、小保方氏はSTAP細胞を作製する際に若山氏から渡され たマウスの遺伝的背景を把握していなかったこと、また、若山氏から（Oct4-GFPを有す る）GOFマウスを渡されたものと思っていたことが明らかになった。
 
（評価）  Letterに使用されたFI幹細胞CTS1にOct4-GFPの挿入がないことが実証された。またこ の細胞株以外にOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞が作製された事実も明らかにできなかっ た。  一方、2回目のFI幹細胞作製の際の若山氏の実験ノートにマウスの遺伝的背景の記載は なかったことから、2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹 立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入し、これが残存した可能性は否定できなかった。
引用終わり
 
レター論文の一部はこんな感じです。
 
STAP細胞はES細胞とは異なり、胚および胎盤組織の両方に寄与する。マウスSTAP細胞はACTHとLIFの培地で胎盤に寄与する能力を失う。FI細胞をLIF培地で培養するとES様になり、STAP細胞をACTH+LIF培地で培養するとSTAP幹細胞となり、この細胞はもはやTS細胞様の遺伝子は発現せず。細胞が培地の条件に依存して、形態機能が変化し、遺伝子発現も変化する。
STAP細胞をFgf4培地で培養すると、FIとなる。FI細胞は胚および胎盤組織の両方に寄与する。
定量的ポリメラーゼ連鎖反応（qPCR）分析において、STAP細胞は、ES細胞とは異なり、Cdx2（図1d）などの栄養膜マーカー遺伝子を発現する。
 
STAP細胞とは対照的に、STAP幹細胞は胎盤組織に寄与する能力を示さない（図1e、レーン2~4）。STAP幹細胞は栄養膜マーカー遺伝子の発現をほとんど示さない（図1f）。STAP細胞クラスターを培養すると図2、 Fgf4誘導細胞は、インテグリンα7（Itga7）およびEomes（図2c、d）およびマーカー遺伝子（例えば、Cdx2;図2e）を強く発現した。
 
実験は多岐にわたることがわかります。細胞にコロニーをつくらせたりしているので、2種類の細胞が混じったものではないはずです。STAP細胞が単にESにTSが混じったものだけであったなら、それぞれの培地条件の違いにより、増殖できなくなるのではないでしょうか。
 
STAP細胞は、CD45という体細胞から作られています。すでに体の一部となって体内に無数に存在する細胞から作ることができます。病気になった時、再度、体細胞から初期化させて、臓器を再生する道を開く研究です。
 
受精卵はすべての細胞になる能力がありますが、細胞分裂をくりかえすにつれ、それぞれの臓器しか作らなくなって行きます。
胎盤をつくように分化したTS細胞は、もはや胎児をつくることができません。しかし、STAP細胞は、培養条件を変えると、胎盤胎児をつくるFI細胞になったり、ES様細胞になったりもできます。
 
それについて、一般人でもわかりやすく書かれたものが、レター論文の図４です。下記に引用しました。
胎児の細胞のように自由に人工的に臓器を操作できるようにするのは、人類の夢でしょう。
がんの治療だって、遺伝子操作で解決できてしまうかもしれません。
 
 
イメージ 1
 

 

 

レター論文がスルーされた理由は、ねつ造派が、小保方氏の関与が薄い実験には興味を示さなかったからか

tsu*isa*u*15 様より以下のコメントをいただきました。青字
本日は、これをお題といたします。
 
グラフの捏造は画像の捏造よりも簡単です。グラフソフトの入力データをいじるだけです。残る画像も偽造あるいは偽装であるものばかりです。恐らくレターが丸ごと捏造であることが石井調査委員会の段階で明白になったので、理研はレターは調査しないと言い続けたのだと思います。その姿勢は桂調査委員会にも引き継がれ、レターはまともに調査されていません。
 
石井調査委員会がレター論文を問題にするのは当然ですよね。
こちらの方がねつ造の質が高等ですから・・・。しかし、調査委員会は追及するのを止めたのでしょう。
 
マスコミが、レター論文を追及しない理由は、論文に書かれていることをマスコミが理解していないと思えるのです。ねつ造派の学者たちも、マスコミにレター論文の問題点を吹きこまなかったからでしょう。
 
図や写真の場合は、うっかり間違えがありますね。
挿入すべき図・写真を他のものとうっかり間違えはありえます。
しかし、ねつ造でグラフを作った場合は、うっかりミスとの言い訳は難しいです。
意識的にねつ造用に偽の数値を入れ込まないと、ねつ造図表は作れませんので、作者の罪の意識は深いでしょう。

複数の人が実験にかかわっている場合は、グラフのねつ造は、とても困難で気を使う作業になると思います。STAPが無いと、レター論文の図表はすべてがすべてねつ造、それも意識的な言い訳のできないねつ造図表となります。
それも複数の研究者たちが皆でねつ造した！となります。そんなことができるのでしょうか？
（学とみ子は、STAP、FIはあったと考えた方が良いと思います）
 
STAP細胞がねつ造で、実態はES細胞（あるいはTS細胞入り）であったとすると、STAP細胞の能力を実験したレター論文がすべてねつ造であるはずなのに、桂委員会は十分な追及をしませんでした。
 
ここを少し考えてみましょう。
学とみ子の意見を言わせてもらえば、レター論文の実験は、小保方氏の関与が少ないために、調査委員会からの追及を逃れたのでは？と思います。
 
FI細胞の動態を発見したのは若山研究室であり、遺伝子解析などの詳細な実験をしたのも若山研究室でしょうから・・・。

若山研究室は、調査委員会に、どの実験について、小保方氏がメインに行ったのかについての報告をしています。その報告に基づき、桂調査委員会は、小保方氏の関与した実験に集中して調べたのです。

なぜ、そうした偏向した調査であったかの理由ですが、外からの圧力だと思います。
小保方氏の問題点を追及して欲しいとの要望が、理研内部側から強かったからではないか？と思います。
 
自己点検委員会の流れを組む小保方捏造派の学者たちから、理研の上層部は強い圧力を受けていたと思います。捏造派の人たちは、小保方ねつ造の証拠となる遺伝子データを持っているとしていました。
 
上層部は、最初、再現実験をやって、残存検体サンプルなどは解析させないつもりでした。理由は、上層部は、残存検体の正当性に疑問を感じていたからでしょう。
 
しかし、上層部は、マスコミ、分子生物学会、理研内部の怒れる人々を納得させられる報告書を作らなければなりません。さらに、報告書の作成には、理研内部の研究者たちの協力が必要でした。
 
上層部は第三者機関を立ち上げ、この桂調査委員会に後を任せました。
結果、実質の実権は、自己点検委員会の流れを組む小保方捏造派の学者たちが握りました。
「君たち（ねつ造派）に、もう好きなようにやっていいよ！」と、報告書作製とマスコミ対応を任せたのだと思います。
この時の自己点検委員会はやりたい放題で、小保方氏に返金させたのも彼らではないでしょうか？
 
ねつ造派は、日本だけでなく世界にいました。バカンティ研のあったハーバード大にも執拗なねつ造派がいました。彼らもねつ造の証拠となる遺伝子データをもっていました。
その結果、この遺伝子データをしっかりフォロウする報告書が作られたのです。
そして、若山氏の責任が重く、小保方捏造がぼやけるレター論文は、無視されました。
 
桂報告書は、ねつ造派の意向が強く反映され、遺伝子解析を中心にまとめられ、“STAP細胞はESの疑いが濃い”となりました。訴訟を考慮して、捏造は小保方氏が行ったとは結論しませんでした。
 
桂報告書は、小保方氏が関係した実験のみ集中的に叩き、その他の人がかかわった実験はスルーしたのです。
 
桂調査委員会にとっては大事なのは、大騒ぎをしているねつ造派を納得させる報告書を作成することでした。
桂調査委員会の委員たちは、レター論文をあいまいにしておいても、ねつ造派からそれほどの反発がないことがわかり、そのままにしたのです。ねつ造派は、小保方氏の関与が薄い実験には興味を示さなかったのでしょう。
 
レター論文は、たとえ撤回された論文であっても、ネットで簡単にダウンロードできて読めてしまいます。
読者は、レター論文を読んで、論文そのものが大変なねつ造だったと思うかもしれませんし、逆に、STAP細胞のような現象は実存するのかしれないと思うかもしれません。ここに何らかの実験のヒントを感じる新人学者もいるかもしれません。
 
では、レター論文のアップは、小保方氏にとってはどうかを考えてみると、無実の証明につながります。
この論文が桂調査委員会で叩かれず、図表がねつ造ときめつけられなかったことはラッキーであったと思います。
この実験を主としてやったのは若山研究室であり、そこにはESでは説明のできないSTAP細胞の性質が丁寧に実験され証明されているからです。STAPが無ければ、これらも皆ねつ造になると、小保方氏は主張できます。
 
桂調査委員会の委員たちの中にも、レター論文の位置づけを理解し、あえて全面否定をせず保留すれば、小保方氏に有利に使えるだろうと予測したかもしれません。
声を出さない学者たちの中には、STAP騒動に批判的な人がいると思います。
 
今後の小保方氏が、これらの証拠をどう利用していくのかは不明ですが、無実の材料はいろいろにあると言えるのは確かでしょう。

 

STAPがESだったら、レター論文そのものが成り立たないではないですか？

STAP様から、以下のコメントをいただきました（青字）。ありがとうございます。
別立てとして、本日のブログといたします。
 
>データのシークエンスの作業は、DNA（RNA）の塩基の配列を調べる事、解析作業は、塩基の配列の欠損、重複、SNPｓなどを調べて、細胞の起源を知る作業であると、学とみ子は理解しています。ここが違うのですか？
 
>これに関して、小保方氏が行なったRNA-seqやCHIP-seqは、遺伝子発現プロファイルを調べる事にのみ使われ、細胞の起源を知る事には使われていない、と私から意見させて頂きましたが、先生のご理解は変わっておりませんでしょうか？
 
最初の文章は、シークエンスと解析の違いについての、学とみ子の理解を書きました。解析というのは、多くの意味を含むと思います。
特にSTAP事件では、STAPはESから作られたか？が問われたのですから、解析の目的は細胞の起源を知る作業であると書きました。
 
実際には、解析というのは、もっと広い意味を持つと思います。RNAや蛋白をしらべることにより、細胞の機能が見れるとおもいます。逆にしてDNA構造もみれるのでしょう。但し、RNA解析は一部だけ調べるとか、構造が不安定だとかあるのかと思います。

小保方氏らがRNA-seq 用として持ち込んだサンプルから、実際には、多くの情報がえられたのでしょう。
調査委員会は、このサンプルを解析することでESだと言いました。

公開ベースとアップしたRNA-seqが高精度で調べられ、世界中でねつ造とされてしまったのですよね。
 
レター論文では、本文中に、STAP（幹）細胞、ES,TS細胞の違いについて、遺伝子の発現の違い、タンパクの偏在、インヒビターに対する、各細胞の反応の違いが書かれています。
STAP関連細胞と、ES,TSとの違いが論文の軸になっています。
そしてgenome-wide RNA-sequencing による系統樹も書かれています。
 
しかし、FI細胞としてレター論文実験に使われたはずの、OCT４入りのB6マウスから作ったFI細胞はなかったという若山証言があり、実験で使われたFI細胞は存在しないになってしまいました。
これでは、レターの軸となる仕事はすべてねつ造だったということです。

レター論文のESとSTAP由来のキメラの画像も、両方STAPだということを、若山氏が言い出して、つまり両方ともESですよね。
 
Warblerの解説も、図表の問題点ばかりを指摘していて、この根幹の問題についてはっきり書いていないような気がします。
STAPがESだったら、レター論文そのものが成り立たないではないですか？
つまり、若山氏はレター論文のすべてを否定したかったのだと思います。
このあたりのこと、おしえてくれませんか？

 

調査委員会が小保方氏に聞いても、本人が混ぜてませんといっていれば、責任をとらされることはない！

2017/6/13(火) 午前 10:01 [ みずどり ]様より以下のコメントをいただきました。青字

>GRASのメンバーが、小保方氏から供給されたサンプルを取り違えたり、出て来たデータを改竄したり、執筆者との相談なく勝手な系統樹を作成していたとすれば、責任は取らされるでしょうが、そのようなことはなかったのだと思いますよ。
 
これに応じて、学とみ子が本日のブログを書きます。

小保方氏の場合も同様に、調査委員会が小保方氏に聞いても、本人が混ぜてませんといっていれば、責任をとらされることはないはずと考えてはいけませんか？
GRASに持ち込んだFI細胞に関しても、小保方氏はESもTSも混ぜていないと言ったのだろうから、認められて良いのではないですか？
難しい質問なので、スルーされてもかまいません。
学とみ子は、このように思うということです。
 
[ みずどり ]様より
>しかし、もし、一回目のRNA－seq解析で出されたデータ（FI-SC1)を用いて、論文のFig2iの系統樹に類したものが描かれれば、再解析はなかったと思うのです。
 
レター論文には、Pluripotency marker genes、Bivalent pattern genes、 Trophoblast marker genesの発現がESとFIで違うとか、JAK inhibitor、MEK inhibitoの影響の違いなどが書かれています。
６７９頁図４aに、FI-SCのポテンシャルが書かれていて、その根拠として、FI細胞が条件によって、ES様にもなるとか書かれています。完全にはフォロウできていませんが、ESでは発揮できないSTAP関連細胞の多能性が書かれていると思います。
 
みずとり様が、論文のFig2iの系統樹に類したものが描かれれば、再解析はなかったと思うと書かれています。
この意味について、もう少し語ってくれませんか？
レター論文でも、RNA sequencing and ChIP sequencing analysesがなされていて、その結果でSTAP関連細胞が語られています。
これとは別に、公開データ用に、小保方氏がGRASに３回、新たにサンプルをもちこんでいます。
持ち込み検体がアクロシン入りのESだったら、同じ結果がでるわけないです。
 
現在検索可能な撤回されたレター論文についてですが、最初に幹細胞化の仕事をした若山氏がかかわった頃のレター論文の内容とはかなり違っているのでしょうか？
笹井氏の修正が入ってからは、かなり変化してしまったのか、何か情報あればですが・・・。
学とみ子には、レター論文を読み解くほどの知識がありませんので、お聞きしたいです。
 
「あの日」には、若山氏が、「笹井氏に（論文を）書いてもらえば良かった」などと発言したとあります。
これは、本気でそう思ったわけではなく、全くの反対の気持ちでしょう。
レター論文が、若山氏の意向とずれていってしまい、若山氏は論文を読む気もしなくなったのであろうと思います。怒りを抑えて、大人としてふるまったのでしょうか？
結局、若山氏が撤退し、大事な画像が、若山氏の管理からはずれてしまったのですから。
共同研究の難しさですが、特許問題以外にも、さまざまなトラブルがあったかと・・・？
 
こうした話題は、たとえ噂を聞いたとしても、コメントできませんね。
 
１０００枚以上の画像の話は、ねつ造の科学者」５０頁に書かれています。
 
小保方氏が１回目のGRASの結果を、どこを想定外と思ったのかどうかについては、調査結果には書いてありません。ここは、小保方氏が説明してくれるまで、待つしかありませんね。
 
本日、婦人公論を立ち読みしました。今年の５月の日記が掲載されています。
小保方氏は、だいぶ、元気になられたようですが、まだ、事件当初の底の底の闇の時期の心境は、書いていないそうです。思い出すのは苦しい事とも書いてありました。
 
現在も、「あの日」の編集者がいろいろ、小保方氏にコンタクトを取っているようなので、今後に期待したいです。