劇場版 SPEC～天～警視庁公安部公安第五課未詳事件特別対策係事件簿のネタバレを含んだあらすじを紹介します。
シンプルプラン
2012年9月、海上を漂流するクルーザーで全員が死体で発見される事件が未詳に持ち込まれた。
被害者たちは、かつて殉職した未詳の仲間と同様にミイラ化していた。
犯人のSPEC HOLDERたちは「シンプルプラン」という対SPEC HOLDER計画を中止するよう警告する。
捜査中の当麻と瀬文は、何者かに追われる美鈴に助けを求められる。
駆けつけた二人は内閣情報調査室（CIRO）の特務班と遭遇し、その中には瀬文の元恋人・青池里子がいた。
思わぬ再会で、瀬文は里子に一人娘の潤がいることを知り、自分の子ではないかと疑う。
美鈴は日本の影の支配者・御前会議が進める「シンプルプラン」に関する陰謀を偶然知ってしまい、追われていた。
ファティマ第三の予言
未詳には死んだはずのニノマエが現れ、当麻を自らの組織に誘う。
断られると、ニノマエは以前からスカウトしていた美鈴を連れ去る。
美鈴は去り際に当麻に「ファティマ第三の予言」を阻止するよう訴える。
ニノマエたちは御前会議のダミーメンバーたちを殺害し、一連の犯罪の犯行声明を送りつける。
公安零課トップの津田助広は対ニノマエの緊急会議を開き指揮を執るが、ニノマエは警視総監と潤を人質に取り体制側を脅す。
チームは御前会議の会場に突入するが、マダム陽のSPECに苦戦しつつも撃破。
しかし、瀬文と里子は重傷を負い、当麻の封印したはずの左手のSPECが暴走し始める。
刑事魂
撤収した当麻たちの元に、美鈴からニノマエの居場所を知らせる電話がかかる。
受話器の向こうからは銃声が聞こえ、その死を暗示する。
当麻はSPECに対する複雑な思いに引き裂かれ、封印した力は自己の意思を越えて動こうとする。
その異常な様子に気付いた瀬文と当麻はついに銃を向け合うが、お互いを撃つことはできなかった。野々村は二人に「刑事魂」を説き、励ます。
翌朝、当麻の作戦による対策チームは再度ニノマエのアジトを襲撃。
津田の自爆攻撃により屋敷は破壊される。
当麻は逃げようとするニノマエの正体が陽太のクローンであることを暴き、彼と伊藤淳史に仕掛けた罠を発動。
作戦は成功し、ニノマエは死亡するが、瀬文は当麻をかばい瀕死の状態となる。
泣き叫ぶ当麻の前で、病室の瀬文は息を吹き返し、二人は一生お互いを支えることを誓う。
結末
その病院の屋上には、ニノマエのクローン4人が現れ、新たな動きを見せようとするが、謎の白い服の青年・セカイによって存在が完全に消される。
セカイは潤を連れていずこかへ向かう。
そして2014年、正汽雅は野々村からの「ファティマ第三の予言」に関する遺言のような手紙を読む。
西暦がどんどん進んでいく様子が映り、荒野と化した東京の風景が広がっていた。
ラストシーン
場面は切り替わり、当麻と瀬文が登場する。
瀬文が「起、承、転」と言うと、当麻は「結をやると思ったら大間違いだぞ！」と鋭く言う。
すると、瀬文は背中から「欠」と書かれた紙を取り出し、「欠（ケツ）でいいか」と言い、幕は閉じる。