劇場版 SPEC～結～ 漸ノ篇 のネタバレを含んだあらすじを紹介します。
バブル
2013年2月、前作から5か月後。
入院中の瀬文は、当麻から青池里子とその娘の潤が病院を抜け出し行方不明になったと聞かされ、現場に復帰する。
その頃、国際会議では、SPEC HOLDERを全滅させる「シンプルプラン」が進行中だったが、日本代表の「卑弥呼」が突然計画中止を訴え、反対するメンバーをSPECで消滅させる。
一方、潤は子供から大人の姿に変わり、里子の傷を癒すなどSPECを発揮し、里子を監禁する。
そしてセカイと共に、自分たちを「先人類の末裔」「ラプラスの悪魔」と称し、この世界を「バブル」と呼び、現人類の愚かさを見下し、彼らに審判が下ることを予告する。
シンプルプラン
当麻たちは里子の行方を掴めない中、野々村が雅とハワイで結婚式を挙げると称して部下たちに引継書を渡し、休暇を取る。
ある夜、当麻の亡き父・天の親友である湯田が当麻の自宅を訪れ、天がパラレルワールドの研究をしてその存在を確認していたこと、それを知ったニノマエのクローン開発者・プロフェッサーJからの誘いを断ったために殺されたこと、そしてSPECの存在がガイアの意志によるものという説を当麻に語る。
しかし、その話の最中に当麻の祖母・葉子が何者かに憑依され、湯田を「裏切り者」と罵って手榴弾をばらまき、爆発させる。
同席していた瀬文に救われた当麻は無事だったが、葉子は死亡し、湯田は意識不明となる。
その後、当麻たちは引継書を通じて、野々村がシンプルプランを阻止しようと単独で行動していることを知る。
能力が暴走する恐怖
当麻は密かに自分のSPECを使おうとするが、能力が暴走する恐怖に怯える。
瀬文に、SPECの暴走への恐れや、使わなければ刑事としてベストを尽くせない葛藤、そして自分がSPEC HOLDERであるために仲間を危険に晒してしまう混乱を吐露する。
瀬文は当麻に、SPEC HOLDERであることを気にせず仲間として大事に思うと伝え、彼女を落ち着かせる。
当麻は瀬文に、自分が道を踏み外した時には撃ち殺してほしいと頼み、瀬文はそれに応じる。
ワクチン
一方、野々村はSPEC HOLDERだけに感染するというウイルスを入手するが、彼の前に里子のバディである宮野が現れ、ワクチン開発のためにウイルスを渡すよう迫る。
野々村は宮野がワクチンを独占しようとする他国のスパイであることを見抜き、銃撃されるが、すでにウイルスを偽物にすり替え、本物は未詳宛てに送付していた。
当麻たちが知人の研究員・福田にこれを元にしたワクチン開発を依頼していたところ、野々村が現れるが、実は彼はすでに射殺されており、その遺体は死体に憑依する敵に操られていた。
敵への殺意
敵は当麻を人質に取るが、野々村の意思が復活し、当麻を助け、瀬文たちに自分もろとも敵を撃たせて倒す。
だが、一同を城旭斎浄海が水芸のSPECで襲い、混乱の中、当麻の手の中でウイルスの瓶が割れてしまう。
当麻に反撃され自らもウイルスに感染した浄海は突然第三者に狙撃されて死亡し、黒幕は不明となる。
警視庁屋上のアンテナの上で、潤たちは野々村の死を嘲笑い、その場にはプロフェッサーJと呼ばれる人物がいる。
野々村の遺体の前で嘆く雅を前に、当麻は敵への殺意を募らせることに・・・。