持統朝、というのは実は蘇我系王朝である、って話は以前も書きましたので詳細は繰り返しませんが。藤原不比等は、持統の実家でありバリバリの蘇我王朝であった「近江朝」遺臣団のホープであり、その縁で持統に引き立てられ、蘇我の一族の姫を妻に貰ったおかげで持統の一族になり、出世を極めました。
んで、その「蘇我の姫」である不比等の正妻、蘇我娼子が生んだのが、武智麻呂、房前、宇合の三兄弟です（宇合はトシが離れているので養子かもしれませんが、武智麻呂と房前は確実）。つまり色濃く「蘇我一族」です。
彼らは「プリンセス・ソガ」である持統の血統を守り立てていくべくして生まれた「蘇我なかま」なんです。
しかし、不比等の四男の麻呂だけは、娼子ではなく、「五百重媛」の子です。五百重媛は鎌足の子で不比等の異母妹、天武に嫁いで新田部親王を産み、天武の死後に不比等が取り戻してできたのが麻呂です。
新田部親王と藤原麻呂の異父同母兄弟は、蘇我氏の血を引いていません。
不比等とその子供たちのミッションは、蘇我の血をひく天智ー持統の血統を守り立てていくこと、これに尽きます。この件では、麻呂と新田部は、ちょっと部外者ってことになります。
蘇我の血を引かない新田部親王は、皇位継承順位はかなり低い。もちろん藤原一族ですから（逆らわないかぎりは）敵ではありませんが、皇位を望める位置には全くいない。それだったらむしろ、母方から蘇我系の血を引いていた長屋王のほうが、まだしも可能性があったわけです。