厚生労働省は、この平成13年度厚生科学特別研究「鯨由来食品の有害化学物質によるヒト健康に及ぼす影響に関する研究」を踏まえ、鯨類（特にハクジラ類）については、農林水産省と連携してさらに汚染実態調査を行うこと、妊産婦、若齢者、鯨類を含む魚介類多食者に関しては、魚介類についての汚染実態調査に基づく水銀摂取量の推計を行うこと、これらの調査結果等を踏まえて、適切な食事指導の内容等必要な方策について検討すること、農林水産省と連携して、鯨由来食品について鯨の種類と捕獲海域が表示されるよう指導することなどの方針を示しました。
さて、平成15年6月3日開催の薬事・食品衛生審議会食品衛生分科会乳肉水産食品・毒性合同部会において、「水銀を含有する魚介類等の摂食に関する注意事項」がとりまとめられました。
さらに、この注意事項に関して厚生労働省がＱ＆Ａを公表しました。
この注意事項に関しては、「今後とも、魚介類等の中の水銀濃度及び摂取状況等を把握するとともに、胎児への影響に関する研究等を行い、その結果を踏まえ、今回の摂食に係る注意事項の内容を見直すものとする。」とされていました。
その後、見直しの結果、平成17年11月2日に、薬事・食品衛生審議会食品衛生分科会乳肉水産食品部会から、「妊婦への魚介類の摂食と水銀に関する注意事項」が出されました。
この注意事項では、
「魚介類は、健康な食生活を営む上で重要な食材です。
多くの魚介類は、特定の地域に関わりなく、微量の水銀を含有していますが、一般に含有量が低く、健康に害を及ぼすものではありません。
しかし、一部の魚介類については、自然界の食物連鎖を通じて、他の魚介類と比較して、水銀濃度が高くなるものも見受けられます。
近年、魚介類を通じた水銀摂取が胎児に影響を与える可能性を懸念する報告がなされています。
この胎児への影響は、例えば音を聴いた場合の反応が１／１，０００秒以下のレベルで遅れるようになるようなもので、あるとしても将来の社会生活に支障があるような重篤なものではありません。
妊婦は、注意事項を正しく理解するように努めて下さい。
魚介類は健やかな妊娠と出産に重要である栄養等のバランスの良い食事に欠かせないものです。
本注意事項は、妊婦に水銀濃度が高い魚介類を食べないように要請するものではありません。
また、本注意事項は、胎児の保護を第一に食品安全委員会の評価を踏まえ、魚介類の調査結果等からの試算を基に作成しました。
注意事項の対象となった魚介類を偏って多量に食べることを避け、水銀摂取量を減らすことによって魚食のメリットを活かすこととの両立を期待します。」
として、 以下のような「妊婦が注意すべき魚介類の種類とその摂食量（筋肉）の目安」が示されています。