パーシー亡き後、ディヴィジョンの運営はライアンの手に委ねられる。過去の過ちを正すべく、“新生ディヴィジョン”が活動を開始。彼らの最初のミッションは、ニキータらの呼びかけに応えず逃亡した、凶悪なエージェントの捕獲だった。
場所は香港。
デイビスという男の元にある男が現れ、突然デイビスは心臓発作で死んでしまう。
デイビスを殺した男はマーティン。
ライアン率いる新生ディヴィジョンがこの男を追っていた。
ヨガを楽しんでいたニキータを迎えにマイケルがやってくる。
新生ディヴィジョンに来るのは始めてだったニキータ。
そこにはバーコフも。
パーシーが死んだ後、帰還命令が出たにも関わらず、追跡装置が切られ戻ってこなかった男だと言う。
この男がデイビスを殺したのは彼がCIAのスパイだったからだと分かる。
さっそく香港へ発つニキータとマイケル。
バーコフの調べでマーティンの恋人らしき女性リン・キャプショーを発見。
彼女が自宅にいるかどうかをバーコフが確認するも、マーティンはそれに気づき、警察に通報。
彼女の家を訪ねたニキータとマイケルは、そこでリンの死体を発見。
そこに警察が来たため、マイケルはニキータを逃がし、自分がおとりになって捕まってしまう。
部屋から逃げ出したニキータをマーティンが銃で狙うが、ニキータは彼を取り逃がす。
しかしマーティンが逃走に使った車に追跡装置をつけ、バーコフに追わせた。
ニキータをサポートするためにウルフチームが現地に向かう。
このチームにはアレックス、ショーンがいた。
バーコフの追跡で、マーティンはまだ国内にいることが分かる。
マーティンは次の標的、中国の富裕層と繋がっているCIAのメンバー6人を狙っていると言う。
ライトという男を救出に行ったニキータだったが、当然そこにはマーティンがおり、ニキータは彼を連れて車で逃走。
ウルフチームはマイケル救出に向かう。
アレックスは警備の気をそらしている間に、電話回線を遠隔操作できる装置をつけ、ショーンが弁護士のフリをしてマイケルに接触。
マイケルを尋問していた男にライアンが電話をかけ、上層部を装い、マイケルを釈放するように指示する。
しかしマーティンは自分の雇い主の国家安全部長に電話を入れ、マイケルを足止めするように頼む。
マイケルが収監されている所に国家安全部長が現れ、護送の手続きをしていた。
ニキータの元にマーティンから電話が入り、マイケルを返してやるから、あと4人の射殺が終わるまで手を出すな！と言いだす。
マイケルはマイクでバーコフに「収監されている部屋の鍵をロックしろ」と頼み、鍵をかけ、時間を稼ぐ。
ニキータはマイケルを救出する作戦を立てるが、ライアンは猛反対。
仕方なくニキータは、国家安全部長の元へ行き、彼に銃を向け、マイケルを解放しろと言う。
そしてマイケルが表に出てきたところ、マーティンが狙撃しようと試みるがアレックスが彼を射殺。
無事にマイケルを救出することが出来た。
残り、29人の発見が新生ディヴィジョンの任務。
さらにライアンは大統領から、少しでもディヴィジョンの存在がばれるような事があれば、武力行使すると脅されていたのだった。
今回の任務終了後、ニキータはマイケルからのプロポーズを受けるのだった。