地質調査中の土地に何者かが侵入し、捕まえようとした警備員が穴に落ちて撃ち殺される。その穴からミイラ化した人間の親指が発見。全部で11個空いている穴には遺体が埋まっていたと推測された。そんな時、キャサリンの元にFBIの友人からある情報が入る。

穴に落ちた被害者はチャド・トレーズ。
他にも11個の穴があり、それらは墓穴だったことが分かり、電車が通る前に遺体を掘り出していたのでは?と推測される。
被害者らは、ジム、ケン、ステイシー。
ヤクザと関係があり、二人の殺人の容疑者にマイケル・ノシムリが浮上。
ダニーとチンがマイケルに話を聞きに行くも、彼は犯行を否定。

一方でコノは、アダムに直接会いに行き、そこでヤクザと出会った事を話す。
そして佐藤と言う名前を聞いたと。
しかしアダムはヤクザと最後の関係を断ち切ろうとしているところだと言う。
彼と別れてからアダムが誰かに電話を入れていた。
コノが作ったクローン携帯が作動したのだ。

コノは発信元を調べ、現場に一人で乗り込み、掘りかえされた遺体を発見するも、そこで銃撃を受けてしまい、コノは病院へ搬送される。

一方で、キャサリンがやってきてスティーブに、FBIの友達からある情報が入る。
FBIのデータベースにドリスがハッキングしていることが分かる。
ドリスはマイクロフィッシュを盗んだ容疑者が分かったと言い、スティーブに内緒で調べていたのだ。
ジェームズ・オースティンが雇われて盗みに入り、雇い主はタイラー・ケインでCIAのドリスの元同僚だと言う。
ケインが上院議員になるために不利益になる情報がマイクロフィッシュに入っていると言う。
マイクロフィッシュはホノルルタワーにあることが分かっているため、スティーブを含め4人で作戦を実行することに。

病院に搬送されたコノを見舞うアダムは、コノがクローン携帯を作っていたことを知ってしまう。
ホノルルタワーに侵入したスティーブと母ドリス。
マイクロフィッシュを確保した二人だったが、警報が作動し、ドリスが捕まってしまう。

ドリスをほっておけないスティーブは、何とか逃げたもののドリスを助けに戻る。
ドリスを助けたければマイクロフィッシュを渡せというケインだったが、スティーブはデータを火に投じてしまう。

ケインは仕方なく二人を解放。
ドリスはマイクロフィッシュを燃やしたスティーブを責めるが、スティーブは手品で本物のマイクロフィッシュを隠し持っており無事に確保することが出来たのだった。

のちに回収した遺体を調べてマックスは、衝撃の事実をスティーブらに話す。
一つの遺体からコノの銃から発せられた弾が見つかったのだと・・・・