マイケルの裁判の証人を殺した弾がコノの銃から発砲されたことがわかり、コノは殺人事件の容疑者として警察に追われる。そんな時、謎の飛行機が発見され、中には5人の遺体が…。現場を見たスティーヴは、政府による極秘の囚人引渡しだと推測する。
コノを連れて車で逃走するスティーブとダニー。
途中でコノを降ろしパトカーを巻き、時間が欲しいと頼む。
そんな時、飛行機の中で5人の遺体が見つかる。
囚人の護送と見たスティーブはキャサリンにも協力を頼む。
政府に情報を求めると、飛行機から逃げた囚人はラファエル・サルガドという男。
情報によるとアメリカ国内でテロがあると・・・。
一方、コノはアダムの元へ行き、隠れる事に。
倉庫から浅沼の遺体が見つかり、その遺体からコノの弾丸が見つかったことをアダムに話すと、マイケルは派閥を作ってアダムの敵を作ろうとしていると言う。
そんな時、容疑者サルガドの隠れ家が分かり、突入すると、元彼女がそこにいた。
サルガドの本名はペドロ。
彼の息子が元彼女と住んでいたのだが、息子ジャックがさらわれてしまっていた。
サルガドが連れ去ったのか？
何か情報を得るために、スティーブは投獄されているウォー・ファットの元へ。
サルガドの写真を見せると、アルトゥーロ・ケイシーという男を調べろと言う。
帰る時、看守に、「昨日、ドリス・マクギャレットも面会に来た」と言われたスティーブ。
とりあえずケイシーを拘束し、情報を求める。
すると、サルガドの車が判明し、キャサリンに追跡を頼む。
そしてドリスを本部に呼び出し、ウォー・ファットに会った理由を問い詰めた。
ドリスは、夫を殺したウォー・ファットの顔が見たかったと言うがスティーブは信じない。
スティーブはドリスとウォー・ファットの関係を話せと。
その時、サルガドの車が見つかり、追跡を始めたスティーブとダニーは彼を拘束したが、彼は子供がヤツにさらわれたと言う。
一方で、アダムは以前、組織が使っていた倉庫へコノを連れて行った。
そこでコノは、血まみれのグローブを見つける。
しかしそこにマイケルが現れ、コノは慌てて隠れ、アダムはとっさに「銃が欲しい」とマイケルに頼んだ。
するとマイケルは金庫の中から銃を渡し、アダムはその倉庫から出て行った。
何とかコノもグローブを持って何とか脱出し、鑑識のチャーリーと落ち合い調べてもらうことに。
サルガドを尋問すると、息子をNLM（テロ組織）から守るためにハワイに戻ってきたと言う。
政府に確認すると、確かにサルガドが情報を話さないように息子をさらったのではないか？と言う。
サルガドは子供と交換の場所に向かって居たと言い、テロの標的はサンフランシスコだと言うが、息子の顔を見てから特定場所を話すと言う。
サルガドを連れて車で息子の引き渡し場所へ。
またチャーリーの調べで、グローブの内側からマイケルのDNAが、外側から浅沼のDNAが検出され、コノに報告。
コノの容疑はこれで晴れる。
しかしそこにマイケルが現れ、チャーリーを刺してしまった。
さらにマイケルはアダムの元へ行き、コノに銃を向けてビジネスを仕切り直すと言う。
がアダムが止めに入り、マイケルを銃弾を受けて死んでしまった。
一方、サルガドが引き渡し場所へ行くと、テロ組織は息子に銃を向けた。
サルガドが息子を守り銃弾を受ける。
病院で瀕死のサルガドはスティーブを呼び、場所を教え、彼らはテロを防ぐ事ができたのだった。
コノから事情を聞いて飛んできたチンは、マイケルの仲間が復讐に来るから逃げろと言う。
そしてドリスの手引きで、コノも一緒にアダムを上海に逃がすことに。
ドリスとウォーの関係については事態が収拾されてから・・・と言う事に。
しかしスティーブはもう一度ウォーの所へ行き、ドリスとの関係を問いただす。
その変わりにココから出してくれと言う。
その時、外で銃撃が・・・・。
ウォーを救出に来た連中ではなく、殺しに来たのだと言う。
ここでシーズン3が終わり(笑)
人の良いスティーブなので、シーズン4はウォーと逃げる所から始まるんでしょうね。