ブラック・ボックスを手にしたニキータとマイケル、その回収を急ぐディヴィジョンとオーバーサイト。これまでディヴィジョンが手を染めてきた悪事の情報、ひいては政府の不正の証拠が詰まったブラック・ボックスを巡り、また新たな闘いが幕を開けようとしていた。
ブラックボックスを粉々にして悪事をたたきつけようと言うニキータ。
アレックスの運命を変えてしまい、彼女を失ったことを後悔するニキータだったが、これからの聖戦が正しい事が迷っていた。
しかし、二人は、ディヴィジョンが手がけてきた秘密の作戦の真相を1件ずつ暴くことで、世界を少しずつ正していく決意をする。
そんな2人が最初に選んだのは、"ゲーム・チェンジ作戦"。
2004年、テロリストが大量の資金を強奪する事件が起きたが、そのテロリストはディヴィジョンだった。
捜査にあたったトニー・メリックはその証拠を掴むが、ディヴィジョンはトニーに罪を着せ、彼は刑務所送り。
以来ディヴィジョンの悪事は闇に葬られてきたのだ。
ニキータとマイケルはこの"ゲーム・チェンジ作戦"の真相を暴き、無実のトニーを救うため、さっそく軍刑務所に潜入。
しかし、トニーは脱獄を受け入れなかったため、仕方なく力ずくで彼を脱獄させた二人。
話を聞くと、彼が脱獄を拒んだのは、彼の息子の命が狙われているからだった。
脱獄し、証拠を明るみにすれば、息子が殺されてしまうと言う。
そんなニキータを阻止するためにディヴィジョンはアレックスを使う。
パーシーに代わってディヴィジョンを指揮するアマンダはアレックスと取引きし、彼女の復讐を手伝う代わりにニキータの追跡を命じたのだった。
しかしアマンダは100％アレックスを信じているわけでは無かった。
そこでオーバーサイトから監視役としてショーンをつけるが、彼はアレックスの前に立ちはだかる。
アレックスはニキータから貰った携帯で彼女の居場所が分かると言い、携帯から彼女の居場所を突き止め、アレックスを送る。
アレックスはモーテルの近くから、別の回線でニキータと接触し会いたいと電話をかける。
そこへショーンが強襲チームを率いてやってきた。
銃撃戦となり、ニキータはそこでアレックスの姿も見つけ、騙されたと気付くが、何者かにより助けられる。
気がつくと、どこかの家につれられており、そこにはバーコフが・・・・。
そしてバーコフの協力の元、まずはトニーの息子ジャスティンを探す事に。
彼が使ったクレジットカードをもとに、クラブへ潜入するニキータだったが、当然そこにはディビジョンのチームも居た。
ジャスティンを見つけたニキータだったが、そこにアレックスが現れる。
その頃、時間稼ぎのため、バーコフが暗号化した回線で、マイケルがディビジョンと接触する。
暗号を解読し場所を突き止めようとするディビジョンに対し、バーコフはムキになり相手になる。
ムカついたバーコフはビデオの前に現れ、ディビジョンに文句をたたきつける(笑)
アレックスはジャスティンをディビジョンに連れ帰ろうとしたが、そこにニキータが立ちふさがり銃撃戦。
アレックスと1対1の格闘となるが、ニキータは彼女の腕を折り、足を撃って、その場から離れた。
トニーの証拠をFBIに渡し、上手く操作してもらってトニーは無罪放免。
ジャスティンとも再会を果たしたのだった。
オーバーサイトはカンカンです(笑)